2XM2A

Btgh84 in complex with lognac
Total Genus 239
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
239
sequence length
711
structure length
635
Chain Sequence
LQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVERNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPEIELDAIYPGENIQINSAGLQKAPVKFVRFFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Inhibition of a Bacterial O-Glcnacase Homologue by Lactone and Lactam Derivatives: Structural, Kinetic and Thermodynamic Analyses.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
total genus 239
structure length 635
sequence length 711
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2010-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2xm2A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xm2A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2xm2A01
2J75A 4OIFA 4C7GA 2WBGA 4DUXA 2QPSA 2ZWZA 1TA3B 1XH1A 4P7RA 2YL9A 2DT3A 5A8OA 1VBUA 3ZT5A 1KWGA 1C8XA 4PMRA 1C7TA 2WWDA 5CJ5A 2FGZA 2BHYA 1M01A 3POHA 4R27A 5CZKA 4QLKA 3ALGA 3POCA 1V6UA 2JALA 4W5ZA 4AIEA 2Q8XA 5EB8A 3AFBA 1GZJA 3TTQA 1WAWA 1CXIA 1UOKA 2D0FA 5HDRA 2VRKA 1VJZA 3ZR5A 4AZIA 4HZ7A 5KZ6A 4U2ZA 1BAGA 4FMVA 3VIIA 4MB4A 1GQKA 3VGBA 2XFYA 1NM9A 2O9RA 3ARRA 4MB1A 3PZMA 4ZE4A 2EO7A 3AIBA 1WDPA 2YLLA 2D0GA 4LX4A 4F9JA 4PTMA 3FNDA 4BZYA 3MV11 1PAMA 1LLOA 2DEPA 1B3VA 3CZEA 1NWUA 1BYDA 4NZCA 4C90A 2DSKA 2WBKA 1BGAA 1Q6EA 3TTYA 3VMOA 5I79A 4AXNA 2W66A 1BYCA 2D24A 1DEDA 1JZ7A 4NRRA 3THDA 4PMQA 4AC1X 3CBWA 4PBGA 4YPJA 4Z2GA 1EHNA 5I5RA 3WEOA 3U7VA 3W24A 2J4GA 1XH2A 1ZBKA 5CPQA 3VUPA 1UH4A 3I3BA 1QOXA 3OIHA 5E70A 1KCLA 2ZXQA 3EMCA 3W4RA 4LYPA 1UUQA 5GNXA 1A47A 4P8WA 2WLYA 2ZX7A 1UWUA 4E8DA 2J8FA 3ZQ9A 4AY1A 1CEOA 2ZUNA 4U2YA 4HOXA 3CZGA 3VILA 7CGTA 1HKIA 5ABFB 2G8ZA 1BG9A 1HN1A 4AWEA 3LPFA 4YN5A 2ZE0A 4ZXLA 2J7HA 2XVGA 3AIEA 1GJWA 1QI0A 3AJ7A 4CU7A 3EDEA 2Y5EA 3GM8A 4JFVA 4JKLA 4DWSB 3VDCA 4LYQA 1K6AA 1C91A 2YBTA 4CVUA 2CXGA 1B3YA 4AD0A 1OIFA 4H7VA 4WLCA 1NWTA 1JIBA 3QOMA 5HNNA 1NWSA 1UWRA 1B90A 1UQZA 4GQRA 1EDQA 3VM5A 2BFGA 1QW8A 3AIRA 3LMYA 2D2OA 2WMIA 1DTUA 1V0LA 2D3NA 4QLLA 4HZ8A 4JZ5A 3L4VA 4JHZA 5BXSA 1W3KA 3F5JA 1SMAA 1V3IA 1W1PA 5JIPA 5ABGA 2GDUA 1A3HA 4AZ7A 4MTVA 2OSWA 3ARSA 4JFSA 1QNSA 5FIPA 3SCRA 4ZENA 3W6MA 2O9TA 4HTYA 2WHLA 3A4AA 4AEEA 2VZTA 1JD9A 5D9MA 2BY1A 3B8SA 4Z2JA 4D6IA 1XSIA 1HP5A 3NSNA 4TTUA 2E9BA 3QGVA 5C8BB 4UOJA 3WUBA 5DF0A 1D7FA 1JZ6A 1DWHM 2O9OA 1ISXA 1DWIM 4W93A 2CNCA 4D6DA 1TG7A 2VOTA 3VGHA 4L4PA 3ZM8A 2E9LA 2BV9A 4AYSA 3BLPX 3EDFA 3WMSA 1UQYA 2WZEA 2FH8A 3DHPA 4JL2A 2EEXA 4L4OA 1C90A 2X2YA 4PTXA 4X0VA 2X0HA 3VGDA 4LYRA 1M04A 1E6ZA 5F7UA 4U33A 1VFOA 3PHAA 4P7LA 5BXTA 4XV0A 1ISYA 3VIGA 3RM9A 2ZXDA 3K8MA 2V5CA 3GNRA 2XG9A 4U3CA 3TTSA 3WD3A 2IXUA 2PB1A 2G3IA 1OGGA 2UY4A 1UWSA 2XPKA 3WEMA 1MQQA 1H2JA 5A6AA 5A6LA 2XFFA 5A95A 4DM2A 3DYMA 3F4VA 3W38A 2XM2A 3MSGA 2C8NA 3MANA 1JDDA 3MUAA 4TVCA 3VGEA 3EMZA 1TR1A 1GONA 3CZ8A 2XTKA 2W91A 1EA9C 3VMNA 3FXYA 3AYRA 1HVXA 2VQTA 1XH0A 1UZ4A 3ZOAA 1HT6A 5CGMA 4HOWA 2ZUTA 1C8QA 4WKHA 4C7FA 1QI3A 1KQZA 4AZCA 2WZIA 1EO5A 3PZTA 4AD3A 2XIBA 4NSBA 3MUIA 3K46A 4OJYA 2Y2WA 1GQIA 1KGXA 3N17A 1UR1A 1CXLA 1ISWA 4EKJA 3W37A 2FHBA 2ZX8A 1S46A 3UG3A 3ECQA 3QOKA 2W67A 1SFSA 5A69A 1JDCA 2VX6A 1MQPA 3QHNA 4AIUA 3FN9A 3WDPP 4UFIA 1E3XA 4WSKA 2FGLA 3VD7A 3CIVA 1E4LA 2G3MA 4B9YA 1FH9A 5FL0A 2GUYA 1MXDA 2B31A 5A8QA 3J7HA 1UH3A 3AHYA 1UG6A 1GQLA 3LPGA 1JI1A 1UR8A 4UQEA 1E40A 1XCWA 3FAXA 3A47A 1J12A 1TCMA 3KZSA 3WBEA 3T2OA 3WDRA 4XX6A 4ACYA 2EPOA 1E6XM 4U31A 3WDJA 4Q7NA 4JFWA 1WE5A 1UD8A 3WNNA 2NW0A 5FKYA 1E73M 3ARYA 4D1JA 4FLSA 2VMFA 4C91A 4FF5A 4QAWA 3PTQA 1W3HA 1LJYA 3RDKA 3PZQA 2WXDM 1AQ0A 5DT5A 1BLIA 1QNQA 1ISVA 3BSGA 3UEQA 2J8GA 4TX6A 5LA1A 3N13A 4HA3A 1OCQA 4F66A 3WQVA 2BHZA 4B3KA 3VO0A 3D3AA 3N12A 4CU8A 5CSUA 3O2LA 1PPIA 5EMYA 3TTOA 1MVYA 4X0NA 1K9DA 2NSXA 3II1A 4PEEA 3VD5A 3WN6A 1DHKA 3IJ8A 4EAMA 1JZ4A 3BSHA 5A2AA 5JBDA 4UFLA 3AMCA 2XVKA 4HU0A 4OBSA 1UWIA 1XC6A 2RGLA 2DPEA 4PSPA 3CUGA 2DSWA 1GW1A 3HJEA 4P8UA 5BXRA 2YL8A 4D6HA 4JKMA 3N9KA 4J28A 3WF4A 3AZSA 1BVNP 1PEZA 4HU8A 3OG2A 3A6OA 3T08A 3KE0A 7TAAA 2WVUA 3N11A 4UNIA 3HN3A 2WK2A 5DFAA 4B9ZA 4H41A 1US3A 2FDMA 3VD4A 1VEPA 1L8NA 5I23A 1ECEA 3WD4A 1E55A 1QI5A 1HJXA 4AD2A 1OSEA 2ZX5A 1E4MM 1RP8A 1C7SA 3L2LA 2ZUWA 1CPUA 1NP0A 4GI8A 1LWJA 2BVYA 3VX1A 2CESA 3QR3A 2PWEA 5CQ1A 4EE9A 1K9FA 2CHOA 5DO8A 4DWSD 2A3HA 4TVUA 4EK7A 1W91A 1GJUA 5A6KA 3SCUA 5BXPA 4PRWA 3GXFA 1PBGA 1B3ZA 5E0CA 2G3NA 3IANA 1E43A 2W4XA 4MNKA 4UOZA 4HMEA 5DT7A 3FHQA 2JEPA 3EMQA 3VX0A 1OGBA 4UZSA 4D6JA 4CN1A 2AMGA 5BRQA 2CBVA 1JF6A 1MXGA 4W7WA 1BG4A 1PX3A 2FHCA 1W1YA 4W88A 4K68A 1HP4A 1R87A 4E8CA 5ABEA 1XV8A 1E3ZA 1J11A 5E6YA 1FHDA 2Z1KA 2RGMA 3RM8A 4MAZA 3ARXA 2XUCA 4MADA 1QHPA 4UFMA 1OT1A 5I78A 1GVIA 2J7CA 3K8LA 3ZSTA 4UTFA 1LL7A 2WB5A 1C92A 1E0WA 3SCQA 1EOMA 1UR2A 2Y8KA 2WMIB 4J3UA 3VDBA 1FH7A 3T2QA 4UQ9A 3W25A 4CCDA 3WUFA 4PUEA 1J0HA 3PBGA 4LXFA 5DMYA 1GOIA 3FAWA 4ZE5A 3MKKA 2A3AA 4TUFA 2WSKA 9CGTA 3W26A 4IUGA 1QPKA 3W53A 4J3TA 2OYMA 2WSPA 1GNXA 5IDIA 1UKQA 2VX7A 2UY2A 3MMWA 2BVTA 2IXVA 1B30A 4W7VA 2WMKA 3VTRA 3SUSA 3S6TA 3PZIA 4BQ3A 3WSUA 2J74A 4OUEA 4UQCA 5A6BA 2JF7A 1OT2A 1BQCA 1VENA 5E9AA 2WNWA 4JFUA 2UY5A 1V0NA 1TVPA 2V3FA 3WH5A 4TX8A 3KL5A 3EDJA 4GPNA 2YA1A 4JAWA 3D5HA 1C93A 4OOZA 3I3EA 3WNLA 1GQJA 3W28A 4JCLA 1F4HA 3W0KA 3WDHA 2AOSA 3KL0A 4PYSA 1OB0A 1G5AA 3AQUA 2X05A 2VZOA 2OLHA 1V6VA 2OYLA 4ATWA 2VT0A 2EJ1A 5CXPA 4QCFA 2HVMA 1GUVA 2CERA 2OWCA 2PC8A 4YHEA 3GNPA 3NDZA 2EPMX 1KBKA 5HXMA 1XD1A 3RPMA 1E9LA 1ZU8A 2V5DA 3WUGA 2XJ7A 1XRVA 4LPCA 1TVNA 3VIMA 3VIHA 5D4YA 1Q6DA 1V3MA 5AYBA 4F8XA 3ARVA 1Q6GA 3UESA 1NP2A 1XYZA 3N18A 1CGXA 5TD4A 4PUDA 4XUYA 1W32A 1JDAA 4TTGA 2DT0A 3AXIA 1H49A 4AZBA 1JXJA 1RPKA 3U57A 1PIGA 3AICA 4AZCB 4HPGA 3M7SA 2IUZA 1QHOA 4MAVA 3SUTA 2E0PA 3SIMA 4KMQA 3HU7A 1Q6FA 4W84A 3NUKA 1CGUA 4PCSA 2E9MA 1E0XA 4W7UA 1E6PA 1G94A 4UOQA 3WMCA 2J78A 3OLEA 3WY1A 3RJYA 1EQCA 4M1RA 1UR0A 1ZJAA 1I1XA 3DYOA 3ZR6A 4B3LA 4LQ1A 4A3HA 4RE4A 4AIOA 1OM0A 1V3HA 2CEQA 4AISA 1UHVA 4HA4A 4BCEA 1GORA 1WB0A 3SCWA 6A3HA 3ARZA 4AD4A 1CGYA 3CZLA 4D6FA 4ZXOA 2WMFA 4PMXA 4IISA 3GBDA 1UD5A 4CD4A 2CBUA 2D3LA 4U3AA 2JE8A 2VZVA 4JL1A 4GZJA 1B2YA 5AC5A 5A6SA 2PF0A 2D0HA 2YDSA 1RD6A 4CU6A 3CHCA 1FH8A 1LG1A 3SUWA 2QV4A 1B3WA 2DH2A 2WC3A 1E5JA 1UKOA 2VZSA 3VIJA 5FD0A 3GTNA 1V08A 3GXDA 3T2PA 1XGZA 1JZ8A 2W92A 4V27A 1XYFA 2ZIDA 2EPKX 1EGZA 4ACZA 1E1EA 1PX4A 5M5DA 3AMDA 1M03A 1ZJBA 2J7DA 3CH9A 1V6WA 2JIEA 3IJ7A 4WJXA 5A94A 4S3KA 2WAGA 2WVSA 1JYXA 2WHKA 3AS0A 2WCGA 3BCDA 4HPHA 3ZJKA 1E0VA 3FY1A 3VIOA 2GJRA 1YHTA 3APGA 3BLKA 3TA9A 3VGGA 3NDYA 4MB3A 1HNYA 3WQ5A 2E4TA 4GINA 1WPCA 4WF7A 1VJSA 2XYLA 2QHAA 1SR0A 3PZ9A 3WF0A 4IPNB 4GQQA 4V2XA 1R7AA 1K9TA 1W9UA 4TOQA 4CKQA 1H5VA 2BHUA 2WMGA 2ZXBA 4M56A 2BY2A 2YOCA 3JUGA 6TAAA 4Y7EA 1OWQA 3L4TA 1BGGA 3WIJA 3L4ZA 2WM0A 3BC9A 3AXXA 2Y8VA 5CLWA 1CNVA 3S2CA 5LYRA 3SEPA 2XVNA 1QNRA 4M8UA 4CGTA 4J3XA 5CSYA 1VFFA 3A3HA 1LF1A 1LL6A 3T0DA 4CD8A 5A8NA 4H04A 4KRUA 3T0AA 3PZNA 4C7DA 1LG2A 3SCTA 2UY3A 4AW7A 4P7QA 5I0DA 1HVQA 3MMUA 3DC0A 4QP0A 2VX5A 3L2MA 3O9NA 5AC4A 4NF7A 5CG0A 4P7OA 1SMDA 5HPCA 3ZT6A 1D2KA 2XFRA 3SCOA 1NARA 4BQ5A 2DSZA 5E0FA 1HJUA 2YKKA 3AIVA 2PI6A 3MO4A 2EPLX 3L4XA 1KB3A 2Y24A 2CHNA 3OZOA 4N42A 2BVDA 3I3DA 1Q6CA 1TMQA 3AMGA 4M24A 1TFVA 7A3HA 5HOSA 3W27A 4AZGA 3AHVA 3K8KA 3NSXA 5D9OA 2BY3A 4R5EA 4J7RA 2VRJA 1TE1A 1HL9A 5A2BA 2W5FA 3F5LA 4PMYA 4PTWA 1WKYA 4CD7A 1J0IA 4EANA 3IK2A 1CYGA 3WL0A 1VFMA 3CUJA 3W29A 2EBNA 2GJPA 3MSDA 3AHXA 1HXJA 1KXVA 1JF5A 1UA7A 1VIWA 1B0IA 4UQAA 3PZUA 5M17A 1CTNA 1JXKA 1V6YA 4UQDA 1GOQA 1UD6A 3LPOA 4IM4A 1MFVA 4MDOA 3RM4A 2PWHA 4PCTA 3WH7A 4W8AA 3MMDA 1UA3A 4GO9A 1VFUA 1CGTA 2J7FA 6CGTA 2VUYA 3TONA 1VRXA 3WF1A 3SUUA 3VD9A 5M03A 4AZ6A 4D71A 1W2VA 4H8UA 1WZAA 4JFTA 3U5YA 1EIBA 3VKKA 2DDXA 4KGLA 3IAPA 4BS0A 1CZ1A 1H0GA 1PZ3A 1KXQA 5EFDA 3N15A 1HJVA 3ZO9A 4YHGA 1L0PA 1WZMA 3PN8A 3GDBA 3WQ6A 4XZWA 2XSBA 1E6QM 3DYPA 3N1AA 3AISA 1QNPA 4MB5A 4S3JA 3WFZA 3AS2A 3GH5A 3VNYA 1ZBCA 2W61A 4CUCA 4W85A 1X6LA 2WLZA 3ZMRA 4MJ2A 2A3CA 2ZUMA 4OKDA 1CDGA 2A3BA 3OA5A 4D1IA 1HKKA 2QF8A 3AXHA 1FFRA 2XGBA 4P7NA 2UWFA 1WO2A 5ABHA 3ARTA 3AHTA 2WZHA 3CTTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2J75 A;  4OIF A;  4C7G A;  2WBG A;  4DUX A;  2QPS A;  2ZWZ A;  1TA3 B;  1XH1 A;  4P7R A;  2YL9 A;  2DT3 A;  5A8O A;  1VBU A;  3ZT5 A;  1KWG A;  1C8X A;  4PMR A;  1C7T A;  2WWD A;  5CJ5 A;  2FGZ A;  2BHY A;  1M01 A;  3POH A;  4R27 A;  5CZK A;  4QLK A;  3ALG A;  3POC A;  1V6U A;  2JAL A;  4W5Z A;  4AIE A;  2Q8X A;  5EB8 A;  3AFB A;  1GZJ A;  3TTQ A;  1WAW A;  1CXI A;  1UOK A;  2D0F A;  5HDR A;  2VRK A;  1VJZ A;  3ZR5 A;  4AZI A;  4HZ7 A;  5KZ6 A;  4U2Z A;  1BAG A;  4FMV A;  3VII A;  4MB4 A;  1GQK A;  3VGB A;  2XFY A;  1NM9 A;  2O9R A;  3ARR A;  4MB1 A;  3PZM A;  4ZE4 A;  2EO7 A;  3AIB A;  1WDP A;  2YLL A;  2D0G A;  4LX4 A;  4F9J A;  4PTM A;  3FND A;  4BZY A;  3MV1 1;  1PAM A;  1LLO A;  2DEP A;  1B3V A;  3CZE A;  1NWU A;  1BYD A;  4NZC A;  4C90 A;  2DSK A;  2WBK A;  1BGA A;  1Q6E A;  3TTY A;  3VMO A;  5I79 A;  4AXN A;  2W66 A;  1BYC A;  2D24 A;  1DED A;  1JZ7 A;  4NRR A;  3THD A;  4PMQ A;  4AC1 X;  3CBW A;  4PBG A;  4YPJ A;  4Z2G A;  1EHN A;  5I5R A;  3WEO A;  3U7V A;  3W24 A;  2J4G A;  1XH2 A; 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