2XM2A

Btgh84 in complex with lognac
Total Genus 239
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
239
sequence length
711
structure length
635
Chain Sequence
LQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVERNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPEIELDAIYPGENIQINSAGLQKAPVKFVRFFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Inhibition of a Bacterial O-Glcnacase Homologue by Lactone and Lactam Derivatives: Structural, Kinetic and Thermodynamic Analyses.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
total genus 239
structure length 635
sequence length 711
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2010-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2xm2A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xm2A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2xm2A01
4AZ7A 4H8VA 3N1AA 4D6DA 5CZKA 3SCQA 3CMGA 4EAMA 3K4AA 3A3HA 4DWSA 1MW1A 3WNOA 1PBGA 2GJPA 2YA2A 1E55A 4C7FA 3PZ9A 1OIFA 2BVDA 1R7AA 4HMEA 4AIOA 2WLZA 2OWCA 4P7NA 1CZ1A 4MAZA 4LYRA 4ZE4A 2C8NA 3E1F1 3WNLA 3VOCA 3BAIA 3SCTA 2X09A 3VIFA 3TTOA 5HDRA 1ISZA 4JZ5A 3WY1A 3OG2A 1XRVA 7TAAA 2RGMA 1UYQA 4GZIA 1UG6A 4N0RA 4HZ7A 4CD4A 3WD0A 4AD2A 1W3KA 4F8XA 1JD9A 3N15A 4B3KA 2O9OA 1UA7A 3CUGA 3O2LA 1SR0A 2ZX6A 1MYRA 3EDFA 4PRWA 1V3JA 5A6MA 3WELA 2J74A 3BAKA 2ZX7A 4PTMA 4CU7A 3CPUA 3ZR6A 1EA9C 1E4MM 3WUBA 4X0VA 3W6LA 2J7BA 3SCWA 4RE2A 4AEFA 1VEMA 3VMNA 4GZEA 1G0CA 1XSIA 4UTFA 1V3KA 3VDAA 2XIBA 4J3UA 3CMJA 3B9DA 4FK9A 1QI0A 2XSBA 2EPLX 3CIVA 1JDDA 4GO8A 1A47A 1J0ZA 2VZTA 4Z2GA 4FMVA 2HISA 3DC0A 2J25A 1WDPA 1ZBVA 1WE5A 4ACZA 1FH9A 3NCOA 4PMDA 2XVPA 2PI6A 1V6XA 5FL0A 4FLSA 4Q22A 2WNWA 4NRSA 4TX8A 3WEMA 3QGVA 3WH5A 1WZKA 3UR7A 5M5DA 4WSJA 5JBEA 1UZ1A 2E8YA 1I1WA 3AYRA 4E8DA 2YJQA 4HPHA 1PX8A 5CPSA 4CCDA 1J0YA 5CJ5A 5KEZA 4NSBA 1MQQA 1VBUA 2PWEA 4HTYA 1VENA 3ZT7A 4Z2IA 1HKIA 3VDBA 4JFUA 4MB5A 1LWHA 3EMZA 3VTRA 1JFHA 4HA1A 5ABHA 1NOFA 1V0MA 1KWGA 1QVBA 3BMVA 4CU8A 2CPUA 5DT5A 2QMKA 1J9YA 2DSZA 4U2ZA 4UQ9A 4WIWA 3OZPA 3W27A 2IXVA 4CN4A 2E0PA 4EKJA 4ZEPA 5BCAA 1CNVA 1ZBWA 2CHNA 4Z2HA 3M46A 2WVVB 3K8MA 4CCEA 2W67A 3NSNA 4AIEA 3A4AA 3ZJ6A 3GXIA 4K68A 4ZE5A 3SCPA 1EDQA 1J0IA 1NQ6A 4UZSA 2CITA 2VX6A 3CUFA 2DPEA 4W7WA 1VEOA 4XZBA 4MNMA 2FGLA 5FKYA 4OOZA 3W82A 1PPIA 4HMCA 3VGBA 1W2VA 3J7HA 5IXEA 2XVKA 3FXYA 4PTVA 2VT0A 5I78A 2WYSA 2XUCA 5I6SA 1KFWA 4V28A 3PZVA 3WH6A 1EXPA 4ATWA 2VR5A 2J7GA 3BGAA 5EMYA 1CXKA 1HL9A 2CNCA 4W89A 1CXHA 4PMUA 3AISA 1DEDA 1VIWA 3WEOA 4J3VA 2GFTA 3K4DA 3AROA 3VNZA 1F4HA 2YA1A 1XC6A 2YA0A 5LA0A 3RJYA 4A4AA 1B31A 4MDPA 1E15A 2D20A 1E0XA 1MW3A 4JKMA 1FP9A 3DHUA 2EBNA 1QHPA 2ZUUA 1UR1A 1HP4A 3FAXA 2WC3A 2VL4A 1OB0A 1VRXA 1US3A 1FFRA 3OGSA 1OGBA 4E4PA 2ZICA 1WDQA 3GTNA 2YOCA 1BYAA 4QFUA 4CGTA 3GH7A 4TUFA 3GZAA 1E3ZA 4W87A 2WKLA 4MJ2A 2XGIA 2EEXA 2YL5A 1SMAA 4B3LA 1KGWA 4D6IA 1CBGA 3AMCA 3MO4A 3BH4A 2FHCA 1UD8A 1N82A 2ZX9A 4AZBA 4UZUA 2BHZA 1H41A 3OIHA 7CGTA 4J7RA 3ZJ8A 5D8WA 2E9BA 1HJQA 3WF4A 3OGRA 1KB3A 2V38A 1U33A 4HZ6A 3SCOA 3SEPA 1J11A 3VU2A 3TTQA 2VVNA 2XFYA 3DECA 5DFAA 2DT2A 3L4UA 1DWAM 1UR0A 3FHAA 3I3BA 2XFRA 2FHBA 2X0HA 3W4RA 2IXUA 2VCBA 2D24A 1KR0A 3AMLA 1KXVA 4D1IA 4OOUA 3LMYA 1CDGA 1RP8A 3LPPA 1JZ6A 1QNQA 1UD4A 3L4XA 5I3DA 3WUGA 2OWWA 3WEZA 1H5VA 5EB8A 4LYQA 5D9OA 2VQTA 3KE0A 1I1XA 4RE4A 2CKSA 2YIHA 5A94A 4BS0A 3ARZA 1XH0A 3PZTA 2WZEA 3CZJA 2D0FA 1GQIA 3WMCA 5BWFA 1K6AA 4BQ3A 1HNYA 2J78A 1B9ZA 1ZJAA 1WZLA 2CXGA 2J7HA 3ZO9A 3WH7A 5ABGA 1W1TA 4LPCA 1ISXA 1E73M 2DSUA 3W26A 2WMGA 2VRQA 4GQRA 1AQMA 2JE8A 3N04A 4PTWA 4WKFA 1JXKA 3W0KA 1C3FA 4UOQA 3CO4A 3PZGA 3ARVA 1JI2A 3ARSA 1W1PA 4JFSA 4Y7EA 4CU6A 1UQZA 4OBSA 4M1RA 1UH3A 4D71A 3GDBA 4D1JA 4GI9A 2YDSA 2D0GA 1Y7VA 1JZ7A 1OGGA 1JXJA 5TD4A 3K8LA 2PC8A 1OM0A 3HMCA 4TX6A 2QHAA 2V3GA 4AC1X 1US2A 4ATLA 2W91A 4P8UA 1ITXA 1JYVA 4GINA 1KXHA 1XCXA 2VRJA 3PZUA 4MB4A 1EGZA 2D3LA 3WF0A 1MFVA 1HJUA 1GPFA 2V3EA 1NWRA 3UG5A 4AD3A 4JCMA 1HP5A 3AOFA 3WNKA 2BV9A 2EJ1A 1BVNP 5M17A 5JBFA 3VM5A 3T0DA 3B8SA 1GQJA 2F8QA 5GNYA 1E6ZA 1CTNA 2X1IA 1E5JA 3NSXA 2FGZA 2ZUTA 1C7TA 2DIJA 1QBBA 1K9EA 1V6VA 1U30A 1E1EA 4D6CA 1BFNA 1PJ9A 1ODZA 2FH8A 3NJ3A 4V2XA 4ZXLA 1CLXA 3WL0A 2XVNA 1E0WA 4UFIA 4JFWA 4DWSD 4DM2A 3VD9A 1GVIA 3II1A 2E3ZA 4M29A 2CBUA 3BCFA 2NT0A 2WW5A 1QW9A 4MADA 4OKDA 3RIKA 3T0AA 4FLRA 4UQBA 2XM2A 1R85A 4U3CA 4L4PA 1C93A 4JL2A 1J10A 2WPGA 5I5RA 4D6FA 5A6BD 5GQBA 2WVVA 4AYSA 3B9AA 1H0GA 5D9PA 1VEPA 2WC4A 2DT3A 4HZ8A 3EDJA 4PUDA 1WZMA 3SCSA 3MKKA 1D2KA 5DEZA 2VX4A 3T2QA 3W25A 4AWEA 1UH4A 2VNCA 4LX4A 3VIKA 4PMRA 4Z2KA 4P8VA 5CQ1A 2ZX5A 1E71M 1Q4NX 2J7FA 4LYPA 3DYOA 1KGXA 3VD4A 4QLKA 2XHYA 2PWGA 1RPKA 2WWCA 5HPOA 1FHLA 2WMFA 1ZBCA 1QPKA 1XH2A 2GVYA 2YL9A 2V3FA 1LQ0A 4GI8A 4B16A 2Y8KA 5DMYA 4TTUA 1BQCA 2QPSA 3VINA 3DYPA 4MNKA 2VC9A 3WUEA 3G6MA 3AMKA 2CESA 2W5FA 2AMGA 5JBDA 3TONA 1UUQA 3G6LA 3A47A 4F9DA 2J4GA 5D9MA 3ZSTA 1XD0A 1V08A 3L4VA 4Z2JA 1CEOA 4PMYA 2W62A 1C8XA 4UR9A 2BXZA 4HPGA 4CN1A 4BCEA 3BLKA 1JD7A 2YLLA 4W8BA 4ZFMA 5I77A 5CG0A 2VTFA 2YDRA 2BNJA 1WP6A 3WENA 1W3JA 4PSRA 1DWGM 5A8OA 3VD3A 3K8KA 1YHTA 3WQWA 1XYFA 3M07A 1UR9A 4NF7A 1UOKA 1HXJA 2YL6A 1V6WA 1V0KA 3CUHA 1CGUA 3WF3A 1H0IA 2PB1A 4WK9A 2WCSA 3WH8A 3NYDA 4DUVA 7A3HA 3MS8A 5A6AA 1W1VA 1X1NA 4AY1A 4BA0A 4B9ZA 4KGJA 2DH2A 4GQQA 2BY3A 4MB3A 4D72A 3WDQA 1BHGA 4QDMA 1JNDA 5BROA 3ARPA 1UWTA 2HVMA 3BMWA 3MANA 3WN6A 5BXTA 3AMGA 3SCUA 1SYTA 3GM8A 3MMDA 4XUYA 2DDXA 3I3DA 3MSGA 4E2OA 2VI0A 1OBAA 3JUGA 1RP9A 2G4FA 2WSPA 3BCDA 1JZ2A 5I79A 1UR2A 4H8UA 3VIOA 1HVXA 3BSHA 1J01A 2X8RA 4MNJA 3VGEA 3WDHA 1J12A 1MQPA 3WMSA 2Z1SA 3VPLA 6TAAA 3T09A 1XGZA 1K9FA 4HP5A 4IM4A 3CZGA 1Z32X 1GQLA 1E6RA 1LG2A 1AQHA 2XJ7A 3CZLA 3PN8A 2D2OA 1QW8A 4U5IA 2WZIA 1TUXA 2V5DA 4FF5A 2E4TA 2NSXA 1C92A 1UR4A 1DTUA 3LPGA 3RM9A 1EO7A 5E0CA 1WDRA 3RMEA 5ECUA 2BY2A 3TP4A 1OT1A 3BAXA 1B30A 2X2YA 5JIPA 2GK1B 2GJRA 1VFOA 4AD1A 2WHLA 1JFXA 3VIPA 2ZOXA 5FIPA 2CEQA 1H2JA 5ABFB 1R8LA 4UQDA 3NSMA 1BPLB 3UEQA 2XG9A 5LA1A 5A8PA 2DSVA 4GXPA 1IV8A 3ARWA 1HN1A 1V03A 5DO8A 2Y24A 2W66A 3POHA 3SUWA 1PZ3A 1EIBA 4W93A 1E9LA 4Z2LA 3OLGA 3ARXA 1RD6A 5IHSA 1HJWA 5F7UA 1HJXA 1OWQA 1ZBKA 3AXHA 4E8CA 3APGA 4PUEA 1WB0A 1GOMA 1WDSA 2VX7A 1OGSA 1UKPA 3EDKA 3VKKA 4WLCA 1E4IA 4WSKA 2DH3A 1JZ8A 1LJYA 5A2BA 1WNOA 2GDUA 4GKLA 1SMDA 3GYCA 4MDOA 3ZT6A 1UWIA 3AXXA 5M3WA 1CXEA 1O6IA 1W9BM 3VVGA 3SCNA 1HL8A 4OZOA 3L2LA 4NZCA 1NWTA 4TVDA 1LL4A 5D4YA 4MPKA 2CKRA 2WVUA 4HU0A 3ZOAA 4H8HA 2ZUMA 1BSIA 3W29A 1WZAA 2YLAA 4QLJA 4F66A 4U31A 2A3CA 2ZUVA 4GO9A 4PSPA 1M7XA 5AC5A 1ZS2A 4MB1A 5AY7A 2EPNA 5CPQA 4M80A 3PTKA 2QF8A 1KBBA 1E72M 4IUGA 1E40A 2BFGA 3QOKA 2UY2A 1MQRA 2J7EA 3MUY1 3OLDA 3QOMA 2DQXA 4OIFA 4DUXA 4W86A 4PCTA 2DEPA 1TZ7A 3PBGA 4EK7A 4WKAA 4JFVA 3GXMA 1MWOA 1JDAA 2DSWA 2JIEA 5CGMA 2WLYA 4J3SA 2WXDM 2DT1A 4W85A 3WSUA 1JAKA 3CHEA 1BTCA 3ZMRA 1S46A 2GJXB 4DUWA 3WFLA 4AEEA 1W3LA 3EYPA 4UFKA 4C91A 3F4VA 3MMWA 3ALGA 3A4WA 5E9AA 3AZRA 1UZ4A 2E9LA 3NIYA 2JFEX 2WHJA 4U5KA 1JZ3A 3TTYA 3W6MA 3AS0A 1HVQA 5KZ6A 2BY1A 2PBOA 3VIJA 3PZMA 4H41A 2UY3A 5E6ZA 5CSUA 1GHRA 3MUAA 1BYDA 1ISWA 3HJEA 2XVGA 1FHDA 1D7FA 3WD3A 4W8AA 3AICA 1NOUA 3GNOA 4HA3A 4XZWA 4RE3A 4JIEA 2OSWA 3T2PA 3WDPP 1UD5A 3THDA 1EQPA 1BG4A 1OD0A 1CIUA 4RL3A 1UKQA 4XB3A 3WQ4A 1MXDA 1Q6DA 2NW0A 3T0BA 2G3NA 2WMIB 4J27A 1JGIA 1UWSA 2J47A 4C90A 3MU7A 4YHEA 1JIBA 3FNDA 3K1DA 3VX1A 2QMJA 2ZXBA 2PWDA 1F4AA 1QBAA 3IJ8A 3MUIA 5A69A 2ZUWA 1EDTA 3W81A 2TAAA 3AIUA 3EBVA 3VIHA 2ZIDA 2WVTA 4AZCB 3SIMA 1GJUA 1LLOA 1DWFM 2BVYA 4U2YA 2VO5A 3F5KA 4YPJA 2E9MA 1WKYA 3RJXA 4HOZA 2XVLA 1VFMA 4UFHA 3WH9A 1KGUA 1B2YA 4W7VA 2BVTA 1UQYA 3WD4A 4TVCA 3M7SA 1AQ0A 1V6YA 4BZYA 5HXMA 3DHPA 1JF5A 4J3WA 4UFMA 2VR4A 4AMCA 2CETA 4AZIA 4S3KA 1NH6A 3WDIA 1J0JA 1GNXA 1BGGA 4WF7A 1EOMA 1HT6A 1W1YA 5HNNA 1PX4A 4DWSC 1M03A 1LF1A 1E1FA 2Y8VA 3L2MA 3MMUA 1IZJA 3ZIZA 2XIIA 2D1ZA 1FA2A 4M24A 1B3ZA 1UR8A 3AIVA 6A3HA 4PN2A 1GOWA 2J8GA 2XWEA 4P7RA 3BAJA 4FLQA 4TXEA 4YN5A 1KXTA 5BRPA 1KCLA 1V0NA 2YKKA 1QNOA 3HU7A 2DIEA 1TCMA 2WMKA 4QCFA 1L0PA 2G3MA 2GK1A 3GNRA 4J3TA 4EE9A 2WVSA 3OB8A 2ZUSA 3SURA 3AI0A 5CSYA 1V02E 4UFJA 5E09A 4D6HA 5ABFA 4LQ1A 3WQVA 3WNPA 2Y5EA 2PBGA 2Y4SA 1R87A 1YQ2A 3HN3A 1QI2A 4DM1A 1VFFA 2J77A 3FAWA 2XYLA 5A2CA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4AZ7 A;  4H8V A;  3N1A A;  4D6D A;  5CZK A;  3SCQ A;  3CMG A;  4EAM A;  3K4A A;  3A3H A;  4DWS A;  1MW1 A;  3WNO A;  1PBG A;  2GJP A;  2YA2 A;  1E55 A;  4C7F A;  3PZ9 A;  1OIF A;  2BVD A;  1R7A A;  4HME A;  4AIO A;  2WLZ A;  2OWC A;  4P7N A;  1CZ1 A;  4MAZ A;  4LYR A;  4ZE4 A;  2C8N A;  3E1F 1;  3WNL A;  3VOC A;  3BAI A;  3SCT A;  2X09 A;  3VIF A;  3TTO A;  5HDR A;  1ISZ A;  4JZ5 A;  3WY1 A;  3OG2 A;  1XRV A;  7TAA A;  2RGM A;  1UYQ A;  4GZI A;  1UG6 A;  4N0R A;  4HZ7 A;  4CD4 A;  3WD0 A;  4AD2 A;  1W3K A;  4F8X A;  1JD9 A;  3N15 A;  4B3K A;  2O9O A;  1UA7 A;  3CUG A;  3O2L A;  1SR0 A;  2ZX6 A;  1MYR A;  3EDF A;  4PRW A;  1V3J A;  5A6M A;  3WEL A;  2J74 A;  3BAK A;  2ZX7 A;  4PTM A;  4CU7 A;  3CPU A;  3ZR6 A;  1EA9 C;  1E4M M;  3WUB A;  4X0V A;  3W6L A;  2J7B A;  3SCW A;  4RE2 A;  4AEF A;  1VEM A;  3VMN A;  4GZE A;  1G0C A;  1XSI A;  4UTF A;  1V3K A;  3VDA A;  2XIB A;  4J3U A;  3CMJ A;  3B9D A;  4FK9 A;  1QI0 A;  2XSB A;  2EPL X;  3CIV A;  1JDD A;  4GO8 A;  1A47 A;  1J0Z A;  2VZT A;  4Z2G A; 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