2XM2A

Btgh84 in complex with lognac
Total Genus 239
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
239
sequence length
711
structure length
635
Chain Sequence
LQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVERNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPEIELDAIYPGENIQINSAGLQKAPVKFVRFFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
publication title Inhibition of a Bacterial O-Glcnacase Homologue by Lactone and Lactam Derivatives: Structural, Kinetic and Thermodynamic Analyses.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 239
structure length 635
sequence length 711
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2010-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2xm2A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xm2A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2xm2A01
1J0KA 1CLVA 4CU7A 3AHZA 1BVZA 4Z2LA 1I1WA 4W85A 2VX7A 2NSXA 2WVTA 1VFFA 3W37A 2J7GA 4TVDA 4D6DA 4UNIA 2VCCA 4PCSA 1QW9A 1D2KA 4M29A 2CXGA 4ZFMA 4OOUA 1W1YA 4QCEA 1UH4A 4Y7EA 2O9RA 2D1ZA 3ZR6A 1MVYA 3OLEA 4AXNA 2D22A 4FK9A 2BY0A 2WC3A 1OT2A 3CHDA 4AW7A 2Z1KA 5ABEA 2ZXBA 3FHAA 3GTNA 4FLRA 4DUVA 1C3FA 3ZIZA 3PN8A 1FP8A 1UD8A 5EB8A 4Q22A 3TTQA 1PEZA 1US2A 2GUYA 1E43A 5FIPA 1GOMA 3AYRA 7CGTA 3PHAA 1RP8A 2XUCA 3AOFA 3PZNA 4X0NA 2X09A 4J3UA 4E4PA 4WKFA 1UR1A 3PZVA 4AD3A 1E0VA 4UFLA 1HX0A 5I23A 1XSJA 2VX4A 1OM0A 4NSBA 5D9MA 1UWIA 1K9FA 1QI5A 2G4FA 5DT5A 2X2YA 1Q6EA 3AFBA 1NOFA 2QPUA 3AISA 2XJ7A 3DHUA 5EMYA 1R86A 4XZBA 4PMOA 1AQMA 3WDIA 2Y24A 1J01A 2ZOXA 2ZUNA 2ZX8A 1Q4NX 3WH7A 2RGLA 1BPLB 5DT7A 3D5HA 1DWIM 4A3YA 1V0MA 2DT1A 3SUWA 3NCOA 3IJ7A 4UCFA 3F4VA 4S3JA 1DWAM 3RILA 1B3VA 4DM1A 2F2HA 2J4GA 1JNEA 3W24A 1XH2A 5JBFA 2VO5A 1QI3A 3K8LA 3NUKA 5A6SA 3N12A 1CGTA 3I3EA 3NYDA 3IANA 3MMWA 1IZJA 1XD1A 1V6XA 1W9VA 2PWEA 1U30A 1QBBA 4GZJA 4ACZB 1C7TA 4JCMA 3AJ7A 1TVPA 5CGMA 1DP0A 3WNPA 4CCEA 1W3JA 1VBRA 1VBUA 3BXWA 3GBDA 3QOMA 3WDHA 1LF1A 1H3GA 4ZXOA 2VVNA 4B9YA 3WBAA 2ZXAA 3SCWA 1PZ2A 2BHUA 3B9EA 2VI0A 1V0LA 4GINA 2CBJA 1UD2A 1JFXA 7A3HA 2OWXA 1UA3A 1H49A 4TXEA 3VM5A 1FFQA 5D4YA 3MS8A 3GNRA 4AZIA 4M80A 3KE0A 1J12A 1WPCA 1SR0A 2V5CA 1TA3B 1HJSA 4AD0A 4HOWA 1K9DA 4C90A 3I3DA 1BGGA 4W87A 2J7CA 5IFPA 3PZUA 2E0PA 3QR3A 1BG4A 3SCSA 1B0IA 4PMRA 5EBAA 1WNOA 1UA7A 1W91A 3NDZA 4GI9A 4UOQA 4D6JA 2D20A 2JEPA 2ZUVA 4AZGA 1MW3A 4OUEA 1CDGA 3VILA 1E73M 1KQZA 2VRQA 1JL8A 1GW1A 3AIWA 2GDVA 1ITXA 5GNYA 3RDKA 1OGSA 2E9LA 5CSUA 2YL8A 4OOZA 2DT2A 1M01A 2AOSA 2XHYA 4HZ7A 1LG2A 3VIKA 4AZCB 5CGTA 1F4AA 2X0YA 3AXXA 2VTFA 2YKKA 5ABFA 3CMJA 3A4AA 3VDCA 3D3AA 3JUGA 3OGRA 3SCOA 3ZJ7A 2W61A 3GYCA 3DYOA 4DWSB 4BS0A 1E0WA 4YN5A 1WZMA 3W6LA 1G0CA 1WB0A 1BAGA 4WKHA 3TONA 2YBUA 3CBWA 1BYAA 1JDCA 1ZJAA 2CKSA 4B16A 1MQQA 2DSZA 4CVUA 5DF0A 1FFRA 1W9DM 3SCRA 3N18A 1GQIA 1MQRA 2EPOA 3ZT6A 2V3EA 4X9YA 2YDQA 4HMEA 3TTSA 3UR7A 1UZ1A 2VUYA 1NWTA 1BFNA 3TOPA 2E9MA 1TFVA 4PUEA 3WD1A 4CD4A 2YIHA 1ISVA 5A8PA 4W93A 2BHZA 1V6YA 4HU8A 3QHOA 4P8VA 7TAAA 5I3DA 3OLGA 4QAWA 1KWGA 1KGWA 1E4LA 1ZL1A 3ZJKA 2F8QA 2V3DA 1MYRA 5GNZA 4MAVA 2UY5A 3VM7A 2J62A 1FA2A 3ZJ6A 1CEOA 2WHLA 5KEZA 5E6YA 4UQEA 4WF7A 1UHVA 3ALGA 1YQ2A 3MUZ1 1AQ0A 4AWEA 2A3CA 1TE1A 4P7QA 3VDHA 3WNNA 3K8MA 4Z2IA 4WKAA 4LXFA 5A3HA 3W27A 3VGDA 3WBEA 2CPUA 1XD0A 3FAXA 1JG9A 4ZE5A 4M1RA 4P8WA 1FH7A 3BLPX 3UEQA 1CXKA 3W53A 4UQCA 1CXEA 3RJYA 1CZ1A 3VGEA 2ZUMA 2XWEA 2BFGA 1C93A 3GNPA 2IXUA 1VAHA 1X6NA 5CQ1A 3AHVA 2G3MA 3CTTA 3L4YA 5E70A 4E8DA 5LA2A 3ARYA 3VTRA 3CHEA 4W8AA 3BGAA 3OGVA 1ESWA 4J28A 4TUFA 3SCUA 2JEQA 3PZIA 5E0CA 3VNYA 1J0YA 4ACYA 3W6MA 5A2BA 3THDA 3AYSA 3RM8A 3W28A 1VB9A 4NI3A 3RPMA 2JFEX 2XVLA 2Y4SA 2FDMA 2EPNA 4QFUA 3IAPA 4C7DA 3WD3A 4U3CA 1KXVA 1Y7VA 3N11A 3NIYA 1E1FA 3VIJA 1G1YA 2ZE0A 1FP9A 1XH1A 3CLWA 4P8UA 5BXPA 4UZSA 2CCRA 1E4NA 3WH6A 1FH8A 3M46A 1AVAA 1Q6FA 4GKLA 2VMFA 5DMYA 1XH0A 1G5AA 1LQ0A 3IK2A 3FW6A 2CHNA 3CH9A 4Z2HA 3CUGA 4AIEA 3POHA 6TAAA 3ARZA 4J7RA 2OYKA 4EE9A 1H0IA 3WUBA 2EPLX 4JL2A 1C8XA 2EEXA 2WWDA 4TX6A 3PTMA 3T08A 2VNCA 2JIWA 5I24A 1JNDA 2NW0A 1EA9C 2VCAA 1UKPA 5M5DA 1B2YA 2XTKA 3SCQA 1J11A 2OYMA 5A69A 4D1IA 3WQVA 4XZWA 1KGXA 4M56A 3RIKA 3N9KA 2V5DA 2W91A 4GQQA 2EO7A 3WD0A 4JHZA 1E0XA 3GXDA 3HJEA 5A8MA 4E8CA 2ZICA 2QV4A 4LYRA 4ZXLA 1QW8A 5D9OA 2D3NA 2GK1B 4TX8A 4TVCA 1QI4A 2B31A 1FHLA 3N17A 4KRTA 3M07A 3G6LA 1UKQA 3M7SA 3AZRA 1H11A 1UWQA 4PMUA 3ZT5A 1JI1A 4N0RA 2VL4A 2FGZA 1WKYA 3HU7A 1H4PA 4H2CA 5CG0A 4AZHA 4HOZA 4PMYA 4ATDA 2DSKA 4MNMA 3BSHA 4QDMA 2XFFA 2AMGA 2PF0A 1UR9A 1UQZA 3K46A 3KWXA 4MPKA 3WNMA 3VVGA 1NWRA 3U7BA 1XYZA 2WKLA 2WSPA 2QLYA 3VIGA 3BAKA 3N15A 4CN6A 1GPFA 4H7VA 5DFAA 2D2OA 1CXFA 1NP2A 4P7OA 3CZEA 1CGYA 1IT0A 1C91A 4MB5A 4V2XA 4WJXA 4B3LA 1QOXA 1VEMA 3VMOA 1NH6A 4D6HA 2EBNA 1QNOA 3L4VA 3BCFA 2OSYA 2PBGA 2BVDA 4ZE4A 2CNCA 1JF6A 1GONA 5I78A 1JYNA 3T2PA 1WCGA 4RL3A 1W9BM 4PCTA 3WL1A 4HTYA 3MANA 2EQDA 2O9TA 3ZOAA 3OBAA 4PTXA 2DIJA 1I75A 4AZ6A 3WN6A 1GQLA 1EDGA 1W9PA 4MNKA 1JYVA 4J3SA 1JAEA 1DWFM 4QLJA 5C70A 2ZWYA 2BXYA 2CEQA 2EJ1A 3RMEA 3DECA 1HN1A 1ISYA 1CTNA 5HDRA 1B1YA 1GCYA 4KGLA 1A47A 2WZEA 3EDFA 2WVVA 1KBBA 1QNQA 2YA0A 2W92A 3WMBA 2WANA 3PZMA 4LYPA 3DYPA 1TMQA 4CD7A 2WMIB 1DWHM 2WBGA 2BXZA 2HVMA 4PEEA 1V03A 4AEEA 4MDOA 1HL9A 2J8FA 1HNYA 2X0HA 4LX4A 1LLOA 2YL5A 2WVSA 2XGIA 3FXYA 1CXLA 3WH5A 2D0GA 1ZS2A 1V3JA 4N42A 5BYWA 3WF1A 1E56A 4A4AA 3BMWA 3AS1A 3M6DA 3OB8A 2VQTA 1NP0A 4FMVA 3A47A 4TVUA 3MSGA 1MW1A 2CBVA 3NJ3A 2YL6A 1MFVA 1ZB5A 2VZUA 1B3ZA 3CUFA 3SEPA 3W38A 4D6IA 1UUQA 4UTFA 8CGTA 3VD4A 3CZ8A 1UWRA 3CUIA 4M24A 5FKYA 2Z1SA 2W5FA 3AHYA 4HPHA 1K9TA 3SIMA 4D6GA 1RH9A 4OJYA 4XB3A 5FD0A 1BVNP 3WD4A 4AZBA 4DWSD 2VR5A 1XSKA 1QNRA 4W7UA 5CJ5A 4AEFA 4V28A 2PWHA 1VJSA 2E4TA 3W29A 3CHFA 3WFLA 2OLHA 1V0NA 4NF7A 4C7GA 3VINA 3J7HA 1VFMA 3AZSA 4IM4A 4JFUA 1JZ5A 1PJ9A 2BNJA 2ZWZA 4CD8A 2WMKA 3WF0A 5LA1A 2IXVA 2BS9A 3TA9A 1DHKA 1QNPA 3L4TA 1BYCA 1GOKA 1KCKA 1OINA 2WHJA 2WMFA 1M04A 2WMGA 1IZKA 1OIFA 3WQ5A 3VDBA 1V3IA 3UETA 5CLTA 5ECUA 3WNOA 1H41A 1LG1A 4CN1A 3O9NA 1YHTA 9CGTA 1PX3A 4CKQA 3UG3A 4PMQA 3VPLA 4ZENA 3CZJA 1JDAA 4D1JA 4RE2A 2G8ZA 2XVPA 2FH6A 4GI6A 1VRXA 1Z32X 2GVYA 2Y5EA 4UFKA 1FOBA 1J10A 5FCZA 1J0JA 1MXGA 4UZUA 1SMAA 5CLWA 2WM0A 5F7UA 3AIBA 2JF7A 1WDSA 1E5NA 2J7EA 1IV8A 1S46A 2OSXA 2DH2A 3MO4A 3WEMA 1CGWA 2E40A 2XVNA 4F8XA 2GSJA 1XHGA 1C8QA 1V3HA 5CPTA 3VNZA 1DEDA 4E2OA 1OT1A 2W66A 2XPKA 2BHYA 1G94A 3L4UA 1W3KA 3UCQA 2DIEA 2WXDM 3PZQA 3S2CA 5A6AA 2CKRA 1C7SA 2NT0A 2YLLA 3T0BA 1QI2A 1WP6A 4HMDA 1CWYA 3BLKA 4W89A 1J9YA 2UWFA 4UFIA 3CMGA 2DSUA 1JGIA 4ZEPA 2QHAA 2G3JA 2XSBA 3SUTA 1OD8A 2J7HA 1UKTA 3KL5A 4HU0A 2XIIA 1K6AA 5E9AA 3OG2A 3SURA 4TTUA 3L4WA 3VIOA 2TAAA 4J3WA 1BHGA 1UD6A 3AS2A 3BAXA 3WQ6A 4GI8A 1B30A 1B9ZA 1WZAA 4BQ2A 1DWJM 3SCVA 4DUXA 4WLCA 3WDJA 1QI0A 2YA2A 1EO7A 1JYXA 2ZIDA 3MKKA 1NWUA 4MB4A 3WENA 2C7FA 1X1NA 1QBAA 5I77A 3FN9A 3VX0A 3N13A 3WNKA 5BROA 2WVUA 5JBDA 1XC6A 4RE4A 1OBAA 4W8BA 1TUXA 1KBKA 2PWGA 1V3KA 3K1DA 2WC4A 5HBFA 4PRWA 1TCMA 1JD9A 4F79A 3AHTA 1VF8A 3NSNA 1CGUA 1O7AA 1RPKA 3NSMA 1J0ZA 3B9DA 1E6XM 1HJVA 2BVYA 1EDTA 3E1F1 2FH8A 1V6VA 2VQUA 1BF2A 1HJQA 5KZ6A 3VD5A 4UQBA 3LPGA 1XCXA 3VUPA 3AMKA 5CPSA 3CUHA 1ODZA 1CBGA 3ZR5A 3GXFA 1M03A 4HA1A 1KXQA 2ZUSA 3WEZA 3K8KA 1OWQA 1VEPA 3EMZA 4OKDA 4MNJA 3CIVA 5EFFA 5I0DA 1XSIA 2WKGA 1FHDA 4AZ5A 3UERA 3WUEA 4GO9A 4P7NA 1HP5A 3U5YA 3SCTA 3PZTA 3B8SA 4ACZA 4F9JA 3L4ZA 3I3BA 2WC7A 4PMDA 1E4IA 4MJ2A 3CGTA 2GFTA 5JIWA 4H41A 1U2YA 4M81A 3VDAA 2J7BA 2PB1A 2VJXA 4H8VA 2ZX6A 2ZUWA 2GJXB 1GVYA 1H0GA 1KGUA 3CO4A 1VFOA 3ARUA 2Q8XA 1ECEA 1MFUA 2CITA 1R7AA 1E3XA 3A4XA 3UESA 4LQ1A 2VZOA 1W1VA 3WNLA 4J27A 4UOZA 1EDQA 3EMQA 3VD3A 5HNNA 1EH9A 6A3HA 2CETA 2WCAA 1L8NA 1LWHA 1TA3A 4YHGA 4W5UA 4K68A 3N1AA 1H09A 3BAJA 3BCDA 1OCQA 1AMYA 3CZGA 1JD7A 1GZJA 1CGVA 5A8OA 1XGZA 1V6WA 4HP5A 1XRVA 1EGZA 1W1TA 5A95A 3UG4A 1HVXA 4M82A 5A8NA 3T0AA 2CBUA 3L2MA 2G3NA 4XV0A 1B31A 3VX1A 1TVNA 4U5KA 2J78A 2O9PA 1GJUA 2ESCA 3O6AA 4JKKA 1R85A 5I5RA 5LYRA 1JFHA 4R5EA 1Q6GA 2W62A 4IUGA 5DO8A 4CCCA 4AZCA 4MAZA 4ATLA 4U2YA 4FF5A 5BRPA 5GQBA 2X05A 5E6ZA 3PTKA 4JFTA 3UR8A 3ARQA 1VJZA 2XG9A 2V38A 4DWSA 1ZU8A 2OWWA 4GPNA 3EDDA 3GNOA 1ZBWA 1OSEA 3ARPA 2YL9A 2E9BA 2VR4A 1NOUA 3QGVA 3EDKA 1G01A 3AIEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2FGB A;  3U2O A;  3MMD A;  5D9P A;  1JUL A;  2KAU C;  4HCD A;  3BAW A;  2QGH A;  2VCB A;  3UU6 A;  1T99 A;  3O2L A;  2YZ5 A;  3SFE A;  2EXO A;  2PJQ A;  2WHK A;  3P62 A;  4JTD A;  4R9O A;  4WQ6 A;  2PP3 A;  3W25 A;  2C18 A;  1VFU A;  4WXZ A;  5L47 A;  4ZQO A;  5B7Z A;  4Q3M A;  4XX6 A;  3KBN A;  1XIH A;  3KS5 A;  1LL6 A;  3TSD A;  3THU A;  4H9M A;  1C92 A;  3JRK A;  4O0Q A;  1D0Y A;  5CPM A;  3QLD A;  4IL2 A;  4LAZ A;  1HL8 A;  4B4H A;  2WLY A;  4GK8 A;  2D24 A;  4UXD A;  3U3I A;  3POC A;  2ACS A;  1LBL A;  3EEG A;  4JYE A;  4GXW A;  3GXI A;  3AZT A;  2XQ6 A;  4AYS A;  4JX4 A;  4MG4 A;  4HNT A;  2PFV A;  1O60 A;  1O95 A;  4DBD A;  4IJB A;  3S5O A;  4PMZ A;  5CKS A;  1ZNN A;  4S3D A;  1TX0 A;  3NZP A;  2BY3 A;  1XQK A;  3OZO A;  1EC9 A;  5HQM A;  4JGD A;  1EXB A;  4UTJ A;  1DIE A;  3E02 A;  2HHH T;  3BK0 A;  4LW7 A;  1QAT A;  3ZMS B;  3N6Q A;  4J40 A;  2C91 A;  4G63 A;  4DJE C;  4LVD A;  2W79 A;  2JGY A;  3VO0 A;  4GAB A;  2ISS A;  1WOA A;  1XX1 A;  1HGY A;  1LWJ A;  4X5T A;  1DQU A;  3UXA A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1J0K A;  1CLV A;  4CU7 A;  3AHZ A;  1BVZ A;  4Z2L A;  1I1W A;  4W85 A;  2VX7 A;  2NSX A;  2WVT A;  1VFF A;  3W37 A;  2J7G A;  4TVD A;  4D6D A;  4UNI A;  2VCC A;  4PCS A;  1QW9 A;  1D2K A;  4M29 A;  2CXG A;  4ZFM A;  4OOU A;  1W1Y A;  4QCE A;  1UH4 A;  4Y7E A;  2O9R A;  2D1Z A;  3ZR6 A;  1MVY A;  3OLE A;  4AXN A;  2D22 A;  4FK9 A;  2BY0 A;  2WC3 A;  1OT2 A;  3CHD A;  4AW7 A;  2Z1K A;  5ABE A;  2ZXB A;  3FHA A;  3GTN A;  4FLR A;  4DUV A;  1C3F A;  3ZIZ A;  3PN8 A;  1FP8 A;  1UD8 A;  5EB8 A;  4Q22 A;  3TTQ A;  1PEZ A;  1US2 A;  2GUY A;  1E43 A;  5FIP A;  1GOM A;  3AYR A;  7CGT A;  3PHA A;  1RP8 A;  2XUC A;  3AOF A;  3PZN A;  4X0N A;  2X09 A;  4J3U A;  4E4P A;  4WKF A;  1UR1 A;  3PZV A;  4AD3 A;  1E0V A;  4UFL A;  1HX0 A;  5I23 A;  1XSJ A;  2VX4 A;  1OM0 A;  4NSB A;  5D9M A;  1UWI A;  1K9F A;  1QI5 A;  2G4F A;  5DT5 A;  2X2Y A;  1Q6E A;  3AFB A;  1NOF A;  2QPU A;  3AIS A;  2XJ7 A;  3DHU A;  5EMY A;  1R86 A;  4XZB A;  4PMO A;  1AQM A;  3WDI A;  2Y24 A;  1J01 A;  2ZOX A;  2ZUN A;  2ZX8 A;  1Q4N X; 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