2XM2A

Btgh84 in complex with lognac
Total Genus 239
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
239
sequence length
711
structure length
635
Chain Sequence
LQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVERNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPEIELDAIYPGENIQINSAGLQKAPVKFVRFFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Inhibition of a Bacterial O-Glcnacase Homologue by Lactone and Lactam Derivatives: Structural, Kinetic and Thermodynamic Analyses.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 239
structure length 635
sequence length 711
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2010-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2xm2A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xm2A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2xm2A01
1MQRA 3CO4A 1MW3A 2JE8A 1B2YA 2ZXQA 3QOKA 1JNEA 4UZSA 4QLKA 1GJUA 4W86A 1CXEA 1RD6A 3RM8A 4UQDA 2BVTA 3A3HA 4CN6A 2EPKX 1B3YA 1RP9A 1C8YA 1HKMA 4C91A 5A6BA 3T0DA 2VZTA 1WPCA 5DO8A 1ECEA 3EDJA 1MXDA 1CPUA 4P8XA 3NSNA 3CUIA 3GBEA 1X6LA 3W6MA 4AY1A 3EDKA 1KXQA 3AXIA 1HIZA 3F5JA 2WMKA 4QDMA 1OT2A 4QLJA 4CGTA 1UD5A 1DWHM 1VRXA 1C91A 4A4AA 2WCSA 3ZQ9A 4A3YA 4PRWA 3AISA 2NSXA 2VMFA 4CCEA 4HOZA 1AMYA 3W82A 1CIUA 2G3NA 1KXVA 3KWXA 1OSEA 4GXPA 3ZT5A 1CYGA 3UEQA 4D1JA 2XWDA 1QBAA 3WH8A 4BQ3A 1U33A 4FF5A 5BXSA 3PZNA 2D24A 4GI6A 2A3CA 2BS9A 1BAGA 1MXGA 3PN8A 1K9DA 3AROA 5A6AA 1ZJBA 1CXIA 1R8LA 3SEPA 3NDZA 5M03A 1UQYA 3GXMA 4YPJA 4JHOA 2ZUVA 3VDBA 1KR1A 5M5DA 4ZENA 4QP0A 2ZX6A 2WHLA 2QLYA 4B9ZA 4TVCA 3WQ8A 4E2OA 2PC8A 5C70A 4WSKA 1OIMA 2ZX7A 3W26A 2W4XA 3KEHA 3WEMA 3VPLA 4AD4A 5A6SA 1UZ1A 2ESCA 1UR0A 5EMYA 1H4PA 2WYSA 2XM1A 3WL1A 2EPLX 1PIGA 4WF7A 3THCA 4E8CA 1ISYA 3VO0A 4U5IA 3QOMA 4PBGA 1WDQA 2GK1A 3BAJA 4CU8A 1D7FA 1GUVA 2JEPA 1V0KA 4M29A 3BMVA 1WCGA 3AZSA 5I79A 1H09A 1QNSA 5BRQA 2J8FA 1Q4NX 1QPKA 2CBUA 2DSUA 5CGTA 1L0PA 4JHZA 3QHMA 1VEPA 3EDDA 4HZ7A 1YHTA 2CITA 1UR9A 1W1VA 2XPKA 4LGXA 2BFGA 1QNOA 4DM1A 2Z1KA 4LYRA 4TTGA 3POHA 2PWHA 5E6YA 4KWUA 4J28A 1JDDA 4UOJA 2VZOA 3LPPA 1VENA 1E1EA 4JFVA 3ARXA 2GSJA 1W1TA 1I75A 2F61A 1B90A 3AIBA 2W66A 4Z2KA 2O92A 2F2HA 4OKDA 3CPUA 4PMVA 2B31A 2YDSA 3T08A 3K1DA 3WY1A 1QOXA 1C90A 2JIEA 3T2PA 4GQRA 1CGVA 2J8GA 2VI0A 3TONA 1H41A 4S3KA 2VR5A 4R27A 4UFJA 3ZJ6A 5I23A 2WVTA 4PEEA 1OM0A 4J3VA 4D6JA 5FD0A 2WZHA 1UG6A 2WXDM 1D2KA 1AVAA 1R7AA 1X6NA 4NRRA 4PMYA 1OGGA 4UQCA 2XVNA 4U3CA 4JL1A 2EEXA 2EPOA 4MDOA 7TAAA 1JYXA 1E15A 1HP5A 1MW1A 2WVVB 1PX4A 4UFHA 1HXJA 1JI2A 1NOFA 1PPIA 3GH5A 1G9HA 1V3LA 1NOWA 3CGTA 2GJXB 3HN3A 1P6WA 2XIIA 1EHAA 1R85A 2HISA 2XFYA 3GH4A 3ZIZA 2YL8A 1GCYA 3WNLA 1EH9A 2DSVA 3N18A 1SMDA 3TA9A 1XSJA 4M8UA 4U2YA 5A2AA 1V3MA 5A8NA 3VDAA 3MSGA 2YKKA 2CERA 1J0JA 3VIHA 4F66A 1CZ1A 1UD6A 3VD7A 3MUAA 4GZEA 3IJ7A 4HPGA 5BXPA 1XYZA 2ZICA 2D3NA 5IXEA 3SCSA 3SCPA 1UQZA 4DWSB 3CTTA 2F8QA 3BH4A 3MANA 2Y2WA 1XSIA 4OIFA 2DSKA 3UG4A 1JZ4A 1UD8A 2QPUA 2EPMX 1DEDA 4QCFA 5A3HA 2E40A 2J25A 3MUY1 2JEQA 2E9MA 3W25A 1UKQA 2X0HA 2WBGA 4M81A 2GDVA 2WSKA 3WBEA 5AYIA 2WM0A 5CPTA 1SMAA 3BAXA 3ARYA 4MJ4A 4Z2JA 3EMCA 1BLIA 1AQMA 2VURA 1QI4A 3SUWA 2D0GA 1BGAA 4L4OA 4HZ8A 3E1F1 1KGXA 5I0DA 1E6ZA 2XSAA 3BSHA 4PMQA 1KBKA 2Y8KA 2BHUA 1DWAM 1QHPA 1FHLA 1OINA 1HJVA 1CECA 2XVLA 1C8XA 3W81A 4J3WA 4KH2A 1E3XA 3TTYA 4WK9A 4PTMA 2DT3A 4UCFA 2WSPA 1UR8A 3VDHA 1UD3A 2WVUA 1CGUA 3A4AA 3VGHA 1C8QA 2EJ1A 2X1IA 3SUVA 2FH8A 4D6HA 1N82A 2GJXA 3RDKA 1IZJA 3CZKA 3S2CA 3GTNA 3WD2A 3K4AA 1H11A 3HJEA 2D1ZA 5I6SA 3AICA 2ZWZA 4PTWA 2BY1A 2XSBA 5A94A 3II1A 2BY3A 4MPKA 3MO4A 3SCRA 1MFUA 1QW8A 3ARVA 1US3A 3RCNA 3G6LA 2J7HA 5A6JA 4PTXA 1EOKA 3WENA 1GQLA 2OWWA 4M24A 5CJ5A 3AJ7A 3UG5A 2WKGA 4DWSA 1TFVA 1KXTA 1VFFA 3EMQA 1E40A 3K8KA 2DH2A 1U30A 5LA1A 2BVDA 3AHTA 2W62A 4NSBA 4AIEA 2PWEA 4MADA 2XJ7A 4AZGA 3WKZA 2W91A 3CUGA 5F7UA 3IAQA 2OSYA 1JZ2A 2V3GA 4PTVA 1K9TA 3SURA 3WNKA 3RJXA 2RGMA 3WFLA 1FH8A 1VB9A 1VEOA 1VAHA 3GXFA 1Q6DA 2OLHA 5E9AA 4JAWA 2WCAA 3NSXA 2ZX8A 3AIRA 4D6FA 1K9EA 5BRPA 3CBWA 5HNNA 2PB1A 2DQXA 3OLEA 1CDGA 2JALA 2YDQA 3WIJA 3OGRA 1BYDA 1KQYA 3W0KA 1H0GA 3ARQA 2C7FA 1L8NA 1JZ6A 4AZ7A 4FLRA 2VNCA 2XGIA 2WHMA 4PSRA 3BCDA 3ARRA 3G6MA 4JL2A 4GI9A 1ZBKA 3MUIA 3SUTA 4FMVA 4CUCA 1V3HA 3AIQA 4M80A 3SCOA 3PZMA 4B9YA 5IFPA 4FLSA 1UYQA 2JF7A 5I2UA 1C3FA 2YLAA 5IHSA 1FH7A 4P8VA 3WDRA 3RJYA 1B31A 4F9JA 4W89A 5A8PA 2XYLA 5CQ1A 3LPOA 2W67A 5E70A 1B9ZA 3L2MA 4UFMA 1FHDA 2CIPA 3VGGA 2FHCA 2WHKA 1GOWA 2UY4A 1PAMA 3T0AA 5A6KA 5I77A 5JBDA 3ZT6A 2E3ZA 2VX7A 3ARSA 3WDPP 1DTUA 4XZWA 1UA7A 1TUXA 2FHBA 5GNZA 4WKFA 4DWSC 1JZ7A 5CPQA 5A2CA 4U31A 5GNYA 1GVIA 1UZ4A 4ZEPA 1W1PA 4IM4A 1XH1A 2VCAA 4D6IA 3WD3A 3NSMA 1HJWA 4GZIA 2VJXA 4AZCA 2E4TA 3L2LA 1CXLA 4GI8A 1UH2A 4PMZA 4JCLA 3BLPX 3GXDA 3AQUA 3FN9A 1KXHA 1XCWA 2VZVA 1G5AA 4AYSA 3DYOA 3ZJ7A 1E6RA 4M82A 2BNJA 4BCEA 4BQ2A 3F4VA 4URIA 1J0KA 4Z2HA 3WMCA 1E9LA 3WFZA 1QVBA 2Y24A 2ZOXA 3DC0A 3A4XA 3CLWA 5E0CA 3MMWA 1KB3A 1XHGA 1BYCA 2ZWYA 3VNZA 2OYKA 1JYWA 1KCLA 1F4HA 4IPLA 2WVSA 2CNCA 5FIPA 4PMOA 1JNDA 5CGMA 2VX4A 2FDMA 2DSZA 1J11A 3MKKA 4X0VA 4CD7A 4JFSA 2GK1B 1BYBA 4H8HA 1GPFA 4KGLA 1ODZA 3CIVA 3CUHA 1PJ9A 5I78A 1WZKA 4LXFA 3VGFA 4RE4A 2O9TA 3VTRA 3VIKA 4HA1A 1MWOA 4DM2A 1CNVA 2CCRA 4ZE5A 2J7GA 5HDRA 4D6EA 2A3AA 4CU7A 1BG4A 3N11A 3GH7A 2XTKA 1V3IA 1IZKA 3VNYA 4BQ5A 2GJRA 4KRUA 3WD1A 2WC7A 1Q6FA 1TMQA 1BQCA 3MV01 3T2OA 3VMOA 1XH0A 1JIBA 5M3WA 4NI3A 1WDRA 4UFKA 3CZJA 3B9AA 4B3LA 4J27A 4AZ5A 3BAIA 3WH7A 1EDGA 4WJXA 3VM5A 3WELA 1JZ5A 1GJWA 3K8MA 3FXYA 1HJXA 3VVGA 3SCQA 3KL0A 1V0MA 1IV8A 1V6XA 5BXTA 3SCVA 1W1YA 5AY7A 4N42A 4Q22A 1BG9A 1TA3A 5I24A 3NJ3A 4UR9A 4TX6A 3VIMA 2OYMA 2QMKA 3VD5A 4U5KA 2YL5A 1J0HA 1WDSA 3L4VA 2VCBA 3W28A 2ZXDA 1OIFA 1NWRA 1DWFM 5D9MA 1UUQA 3VM7A 1V6WA 4MB5A 2J78A 1E70M 2V5CA 4PYSA 1ITXA 3T09A 1NP0A 3DHUA 3AS3A 3QHNA 2WHJA 1XC6A 2XG9A 3BGAA 3HMCA 4YHGA 3WQ4A 5IHRA 1M01A 2BHZA 1HVQA 1LL4A 2FH6A 1VEMA 3AMKA 3CZLA 4WLCA 4EE9A 3PZGA 4PCSA 4TX8A 3RO8A 5HPCA 2ZE0A 1E4IA 4Z2GA 5C8BB 4PN2A 1CGTA 1XCXA 1WB0A 2WPGA 3WH6A 1JXJA 4XX6A 2A3EA 5DF0A 4DUVA 1I1XA 1W3LA 3RM4A 4MTVA 1OD8A 3F5LA 1GORA 1E3ZA 3WF0A 3VIPA 2YL6A 4AD2A 1OD0A 2VRJA 5KEZA 1UA3A 2RGLA 1LL7A 2BY0A 5C71A 3PTKA 1EO5A 1FFQA 1XH2A 4CN1A 1SFSA 4D6DA 3VILA 3L4TA 2VVSA 1BHGA 5A8OA 1B1YA 3NYDA 2IXVA 2CESA 1HNYA 1R86A 2WCGA 1ESWA 4JFUA 4AD5A 3PZUA 3N15A 1A47A 1TVPA 1VJSA 1QHZA 3RIKA 3ZSTA 4Z2LA 3WMBA 4HTYA 4V27A 2YA0A 3KL3A 5A6BD 2W61A 4V28A 1JYNA 3AYRA 5DMYA 1UOKA 2AOSA 3CHCA 2IUZA 4UOQA 1NWUA 4TVUA 5E0FA 1UWIA 1E4NA 5EFDA 1CXHA 4MB1A 3D5HA 1UWTA 4OZOA 1E71M 1ZJAA 3WEZA 1CGWA 3CHFA 1RH9A 2J74A 1UD4A 1JF5A 1OT1A 5GQBA 3TOPA 3M6DA 3WN6A 3AYSA 3WUBA 2NT0A 5CPSA 2V3DA 1H3GA 5D9OA 2G3JA 4TUFA 1CXFA 2YLLA 1ZS2A 3TTOA 2EO7A 3T2QA 2E8YA 3UG3A 1F4AA 2WANA 3N12A 1E55A 3IK2A 4AEFA 4GKLA 2OSXA 1XSKA 4AZHA 2JIWA 3ALGA 6CGTA 1VJZA 4AIUA 4A3HA 4C7FA 4M1RA 1W32A 1MW0A 4TVDA 3ALFA 4C7DA 4OOUA 1J0ZA 1LG1A 2XIBA 4B15A 1CLXA 1V0LA 5BXRA 2OYLA 2CBIA 4CD4A 2WAGA 1FA2A 3GYCA 3ZJ8A 4CVUA 3WQVA 4HPHA 1W2PA 2BV9A 4Q7NA 2VZSA 2DT0A 2UY3A 3TP4A 4LYPA 4NZCA 1J18A 5AYBA 3RM9A 4MB3A 1HJQA 3N04A 4AW7A 3AHVA 5JIPA 1FH9A 3CZEA 2O9OA 3ECQA 2XVGA 4FLOA 1ISXA 5HPOA 2XWEA 5IDIA 4PUEA 3W6LA 1UR4A 3AZTA 3D3AA 3VIIA 5BWFA 5AC5A 3WNMA 5CXPA 1G0CA 1GOOA 1XD0A 2ZUUA 4D72A 4H41A 3AMLA 4J3TA 3SCWA 3WDQA 3DYPA 2XGBA 1Q6GA 3L4YA 1W3KA 3WH9A 1E6NA 1LWJA 4ZFMA 2ZXBA 5BYWA 3VGDA 4LQ1A 4MAVA 1JXKA 1PZ2A 2VC9A 4ACYA 3FW6A 6A3HA 1B0IA 4AZBA 3QHOA 3UCQA 3MV11 3SUSA 1J9YA 1E1FA 3OBAA 1UKTA 4F8XA 2WNWA 3PBGA 1E0VA 4UTFA 2VX6A 2BXYA 1NP2A 5CSUA 5FL1A 1TVNA 1KGUA 2WW5A 4CN4A 1BYAA 1DWJM 3AHYA 4XUYA 3AFBA 1NWTA 4HOWA 2CEQA 2VVNA 2O9PA 4JKKA 1B3VA 3CHDA 3FHQA 3OGSA 5GNXA 2YBTA 1QNRA 5IFTA 4HMCA 4K68A 4CU6A 1GQJA 2VL4A 4HU8A 1V6UA 1UH4A 4W7UA 3PTMA 4AZCB 2WZIA 3LPFA 5LYRA 1ZU8A 1IT0A 4W84A 2YA2A 3K46A 1PX8A 3CUFA 2X8RA 4C90A 1E73M 3IJ8A 2WMIB 3WQ5A 3VGBA 4XB3A 1NH6A 5E6ZA 1C7SA 4BZYA 1RP8A 3ZSSA 3O9NA 2J7FA 1JG9A 3KE0A 1CWYA 1W9PA 2J4GA 1J01A 4Y7EA 4W5ZA 3M7SA 1TR1A 2Y5EA 4W8AA 2Z1SA 1C93A 1QHOA 1VIWA 5A2BA 2WLZA 5CZKA 4ATLA 1V02E 1ZBCA 3BLKA 3M46A 3AIVA 4W88A 3VD3A 3M07A 1E6XM 4J3XA 4P7LA 1A3HA 4GZJA 4F9DA 2X0YA 1LLOA 4PMRA 3VU2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1MQR A;  3CO4 A;  1MW3 A;  2JE8 A;  1B2Y A;  2ZXQ A;  3QOK A;  1JNE A;  4UZS A;  4QLK A;  1GJU A;  4W86 A;  1CXE A;  1RD6 A;  3RM8 A;  4UQD A;  2BVT A;  3A3H A;  4CN6 A;  2EPK X;  1B3Y A;  1RP9 A;  1C8Y A;  1HKM A;  4C91 A;  5A6B A;  3T0D A;  2VZT A;  1WPC A;  5DO8 A;  1ECE A;  3EDJ A;  1MXD A;  1CPU A;  4P8X A;  3NSN A;  3CUI A;  3GBE A;  1X6L A;  3W6M A;  4AY1 A;  3EDK A;  1KXQ A;  3AXI A;  1HIZ A;  3F5J A;  2WMK A;  4QDM A;  1OT2 A;  4QLJ A;  4CGT A;  1UD5 A;  1DWH M;  1VRX A;  1C91 A;  4A4A A;  2WCS A;  3ZQ9 A;  4A3Y A;  4PRW A;  3AIS A;  2NSX A;  2VMF A;  4CCE A;  4HOZ A;  1AMY A;  3W82 A;  1CIU A;  2G3N A;  1KXV A;  3KWX A;  1OSE A;  4GXP A;  3ZT5 A;  1CYG A;  3UEQ A;  4D1J A;  2XWD A;  1QBA A;  3WH8 A;  4BQ3 A;  1U33 A;  4FF5 A;  5BXS A;  3PZN A;  2D24 A;  4GI6 A;  2A3C A;  2BS9 A;  1BAG A;  1MXG A;  3PN8 A;  1K9D A;  3ARO A;  5A6A A;  1ZJB A;  1CXI A;  1R8L A;  3SEP A;  3NDZ A;  5M03 A;  1UQY A;  3GXM A;  4YPJ A;  4JHO A;  2ZUV A;  3VDB A;  1KR1 A;  5M5D A;  4ZEN A;  4QP0 A;  2ZX6 A; 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