2XM2A

Btgh84 in complex with lognac
Total Genus 239
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
239
sequence length
711
structure length
635
Chain Sequence
LQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVERNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPEIELDAIYPGENIQINSAGLQKAPVKFVRFFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Inhibition of a Bacterial O-Glcnacase Homologue by Lactone and Lactam Derivatives: Structural, Kinetic and Thermodynamic Analyses.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
total genus 239
structure length 635
sequence length 711
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2010-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2xm2A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xm2A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2xm2A01
1U33A 3FHAA 2Y24A 3ARUA 4HU0A 4X9YA 3CZEA 4KGJA 1ITXA 1SMAA 3BSGA 3MU7A 2OSYA 2WYSA 3GNPA 4TTGA 3OLDA 1UHVA 1OWQA 1E56A 1B90A 1UR2A 3VD7A 3AZSA 5FL0A 2WCSA 3ZSTA 3SCUA 2XWDA 1BTCA 3MV11 1EO5A 1V08A 4LX4A 4C7DA 1OT2A 4MAZA 1PEZA 1W3KA 2VVSA 1IZJA 1HJQA 3GM8A 5BXTA 1W9PA 1RH9A 3L4VA 1MW3A 3WH6A 4R5EA 1CGWA 1TFVA 3NJ3A 3BMVA 3I3EA 3AISA 4GXPA 2WPGA 1WDRA 4NRRA 1UD6A 3GXIA 4PMRA 3RM4A 3AJ7A 3VGGA 1IV8A 3AXHA 5JIWA 2G3MA 1CLXA 4DUWA 1QNOA 1WKYA 1V6XA 1XHGA 1HJWA 3CZGA 1GUVA 2VOTA 1W9XA 2G4FA 1DWFM 1N82A 4DWSC 1UZ4A 3GNOA 3PZUA 3WBAA 2V5DA 3WL0A 1KQZA 3WQ4A 4UR9A 3WDQA 5EFFA 2OYMA 3ARSA 4J3VA 1FHDA 3PZMA 3B9EA 2QPSA 4Z2JA 1S46A 2BVYA 2O9PA 1KGWA 2D0FA 3AS1A 5E70A 1EA9C 1V0LA 1UD4A 4DWSD 4WKHA 1B3YA 1J0ZA 1PX3A 2BHUA 3ZJ8A 1B2YA 3WQ5A 2W91A 2GFTA 1UR8A 4M82A 1QI4A 3HN3A 3ZJ7A 3OGVA 2FDMA 3MUAA 3VDAA 4AXNA 2XFYA 4ZE4A 3AHVA 1DWHM 2WK2A 2XTKA 3TTYA 5DMYA 1ZU8A 2EO7A 1AQ0A 2ZXQA 2W62A 3WNNA 5FIPA 1BAGA 1LL7A 1UWTA 1C91A 1C7SA 4EK7A 2GJXB 3WEZA 1E5JA 1QBAA 3UR8A 1KCKA 1JAEA 5BYWA 2JEQA 4DWSB 4N0RA 6A3HA 4PSRA 1HVXA 5JBEA 4MB1A 3AIQA 4W7VA 4AIOA 4MDPA 3VGHA 3O6AA 1MVYA 3O2LA 3GBDA 1EDQA 2J75A 3VIFA 4V28A 3VUPA 1FH8A 3SUSA 1V6VA 5GNZA 2CXGA 1RP8A 2ZUUA 3ARTA 3BGAA 2NT1A 4P8XA 4FLOA 2A3BA 4PUDA 1QI5A 3LPFA 2JEPA 1UWSA 4D6GA 3T08A 3CO4A 3WMCA 4XUYA 1SMDA 2GJRA 3AMDA 1E5NA 1PX8A 2WVVB 4GO8A 5DFAA 2BVTA 1A47A 3RM8A 1UZ1A 5E09A 5EMYA 5FKYA 1XSJA 4PMZA 1UR4A 1UR0A 4UOJA 2XYLA 2XM2A 3PTMA 2VNCA 3AMLA 1H1NA 1VF8A 1GCYA 3G6LA 4GO9A 4TUFA 1K9FA 3WF4A 2YIHA 1UKPA 3CH9A 1E0XA 1QHPA 1WE5A 1H49A 1O6IA 4BQ4A 1E15A 2WMGA 3CUGA 1GOQA 1UH2A 3FAXA 2DIJA 1J10A 1EHNA 1Y7VA 1XH2A 2PWFA 3OZPA 1WPCA 3WH7A 5CG0A 1JD7A 2CETA 1NOWA 1UWUA 2PF0A 1CGTA 4UOZA 3RMEA 1JD9A 3SCOA 3VIGA 1JDAA 4L4PA 2PBOA 4MNKA 1UD2A 2BY0A 2IXUA 4PMNA 1JZ2A 5A6MA 3UG3A 1BYAA 3PHAA 3CZLA 5I6SA 2BY3A 4GPNA 5CPQA 1E73M 1LQ0A 4FLQA 4JFWA 4TOQA 2WC4A 1K6AA 3GBEA 5D9PA 2X09A 3PZTA 4OUEA 1ISXA 4JL1A 4R27A 3LPPA 4J3TA 4GQQA 1E1FA 4ACYA 1BYDA 4AD1A 3ARWA 1C8YA 1E0VA 4LYPA 1JAKA 3F5KA 3A4WA 3DYPA 3RCNA 3S2CA 4CCCA 1K9TA 4V27A 4TXEA 4WSKA 4AZ7A 5A8OA 1KB3A 1K9EA 3WNMA 1OBAA 2XSBA 4NRSA 1XD0A 1TR1A 3AIWA 4CD7A 4S3KA 1KWKA 3T0DA 4UQAA 3WDHA 2GJPA 5BWFA 4PBGA 3IK2A 4JFSA 3VMNA 1F4HA 3THCA 1EOKA 3NYDA 2OWWA 4M24A 1BQCA 2JF7A 2XSAA 1XCXA 1X6LA 5JIPA 2VUYA 3LMYA 2GDVA 4UTFA 4HP5A 1EGZA 3TOPA 5D4YA 1FP8A 1GNXA 4CGTA 4PRWA 5I79A 3WMBA 4PCSA 4ZFMA 5A2CA 3VIHA 5A3HA 1W1VA 3SCWA 1GJWA 2YDRA 2WZHA 1BG9A 1GOOA 1GVIA 4W7WA 2OLHA 3MS8A 2CCRA 1J11A 1OCQA 3VIMA 1E72M 4M81A 5I24A 2VMFA 4KRTA 3CUJA 1UR9A 1DP0A 2EXOA 3E1F1 1OGSA 3ARPA 4JKKA 4BA0A 3IAQA 5HBFA 3PZ9A 3RIKA 1V3IA 1NARA 1BPLB 4UOQA 4GKLA 4QFUA 1LWJA 3SCTA 4ATWA 1E6QM 4PMQA 1ODZA 1V0KA 2WNWA 1HIZA 5EFDA 4UQEA 1VBUA 2G3IA 1AQHA 1NH6A 1QNRA 2W4XA 1FHLA 1UOKA 5CGMA 2F2HA 1FH7A 1QNPA 1D7FA 1ZBCA 1ZBWA 4W93A 4LQ1A 5A6KA 1C8XA 4W5ZA 3HJEA 3BAJA 5E9AA 3AXIA 1BYCA 5AYBA 1W1TA 2WCAA 3PZIA 4TVCA 3LPGA 2GK1B 2O9RA 2WZIA 2WW5A 1VRXA 1UD5A 1OIMA 4MNLA 3QOKA 1HX0A 1YQ2A 5FCZA 5D8WA 1Q6GA 3W53A 5ABFA 2VQUA 2FH8A 3L2MA 1EOMA 5A8NA 2VT0A 3N17A 4CKQA 1O7AA 3RJXA 1V3KA 1OSEA 2Q8XA 1BSIA 1J12A 3M46A 1HJXA 4EAMA 3VM7A 3WBEA 5I5RA 2WHMA 4UFHA 5D8ZA 3GXDA 4F8XA 1PZ2A 1HVQA 4UFLA 1JFXA 2VRJA 8CGTA 3EDJA 1W3LA 4B16A 1DWGM 4D6HA 4C90A 1DWJM 1JXJA 3AXXA 1TVNA 4WKFA 1KBBA 3AIUA 5JBDA 1XH1A 1D3CA 7A3HA 1QI2A 2X0HA 4F9JA 3F5JA 2X2YA 3BC9A 1JDCA 2XFFA 5TD4A 2CNCA 3QHMA 3D3AA 4GQRA 3WUBA 2E9LA 3QHOA 1KXTA 3APGA 2WMIA 4D6DA 3FY1A 1OD0A 2UY4A 2NW0A 5M03A 2Z1SA 3VIIA 2VTFA 4K68A 2ZE0A 1VB9A 2ESCA 2BXYA 2AOSA 3U5YA 4AD5A 1SR0A 2WVSA 2QMJA 4W87A 3CMGA 3NDYA 2YBTA 2WSPA 1E6ZA 2BXZA 3M7SA 3ARRA 4A3YA 4UQBA 4TVUA 1P6WA 3CMJA 1E4IA 1W3HA 4YN5A 1DEDA 2FH6A 1BF2A 2Z1KA 1BYBA 4LPCA 3W26A 3EDEA 5ECUA 2FHBA 1JZ6A 4CUCA 2W63A 1WDPA 4JCLA 4U31A 3SUTA 1E6RA 2TAAA 3M07A 2CBVA 4HZ6A 1C8QA 1LJYA 2DDXA 1JFHA 1QBBA 3GXMA 5C70A 1W1YA 1KGUA 4P8WA 5GQBA 2CEQA 1HJUA 3VPLA 3ZSSA 1PPIA 1HF6A 1JDDA 2DQXA 3KWXA 3VOCA 3N15A 1E6PA 2E3ZA 1WCGA 5JUVA 3WKZA 1UQZA 4KGLA 3WD3A 2VC9A 5M17A 2UWFA 4JHZA 4ZE5A 2D1ZA 1R8LA 2ZXDA 4CCDA 1HN1A 1G1YA 2JIEA 5LA2A 1MQRA 2A3AA 2VQTA 2CPUA 1MQPA 3FW6A 1JI1A 4UCFA 1LF1A 1H3GA 1HJSA 1V0MA 3CUHA 4MADA 4D1IA 1TG7A 1RPKA 2IXVA 1XV8A 1H4PA 3VGEA 3AMCA 3QR3A 4TX6A 2HVMA 4YPJA 1CYGA 3AIVA 4AZCA 3NDZA 1UQYA 3CTTA 4UFIA 5JBFA 2VX5A 3CUFA 5GNXA 4HA1A 1BG4A 2OWCA 1ZBKA 2V38A 4UZUA 1QOXA 4AZCB 3WH8A 4V2XA 2FHCA 1BFNA 3VTRA 5IFTA 2EEXA 1VFMA 1OGGA 3L4YA 4GINA 1JYVA 1GHRA 4F79A 2ZICA 3ZJ6A 3VIPA 5IHRA 4HPHA 3OB8A 4E4PA 2VX4A 1WZKA 4U2ZA 3SURA 1OIFA 2VX7A 2CHOA 3DC0A 1ISWA 4F9DA 2YJQA 3WUEA 1JNDA 3BAYA 3CPUA 3SUUA 2DSZA 1CWYA 3GH7A 4HMCA 4JKLA 4AD3A 2ZWZA 1CLVA 1M04A 1W2PA 1XCWA 3QHNA 3SCQA 4CVWA 1JGIA 1MXGA 3WENA 3MO4A 2VO5A 3OLIA 4CN4A 2CBJA 3A4XA 3L4UA 3MUZ1 4MB4A 5A8PA 2WVUA 4GI9A 2X8RA 4TTUA 1GPFA 1HL9A 2D24A 3L4TA 3O9NA 2ZUVA 2BVDA 3QGVA 1VJSA 3ARXA 4ZXOA 1LG1A 1Z32X 4UQCA 3AYRA 2FGZA 2J62A 4JHOA 2DT2A 4Q7NA 2XGIA 3MMDA 4MJ2A 3KL3A 4ML4A 1UD3A 3K4DA 1CGVA 2XG9A 4BF7A 4AZIA 2ZX5A 1CXIA 1CBGA 2YA2A 4QP0A 4QLLA 1AQMA 2ZUSA 2DPEA 2WMJA 4N42A 3WDJA 3W25A 4GZJA 2WBGA 4KH2A 3PZQA 4PTXA 1VENA 2D3NA 4RE3A 2GJXA 3VMPA 5CPTA 4CCEA 1HKKA 2ZUNA 1CZ1A 4DWSA 1XC6A 1J0YA 2CKSA 6CGTA 4W7UA 4HMDA 3CBWA 2WB5A 5ABGA 4OIFA 1VEPA 1VIWA 1W9UA 2WWDA 1C3FA 1UG6A 4CU6A 1ZBVA 2VX6A 1C93A 4OKDA 5A6JA 3MSDA 1QNSA 4WJXA 5E6ZA 1L0PA 1G0CA 1EH9A 1NOFA 4U3AA 2WVVA 2X05A 1W1PA 1OGBA 1B30A 4CD5A 3ARVA 4FK9A 3ZT5A 1GOWA 5CSYA 5BROA 4AD0A 2O9TA 1GOIA 3THDA 3GTNA 1UA7A 1R87A 1CENA 3DECA 2VZVA 3MMWA 4KWUA 1JF5A 2WSKA 2NT0A 2YOCA 4IPLA 1GOMA 1OB0A 2WLYA 2AMGA 5CZKA 3CIVA 1TVPA 3PN8A 1I1XA 2D20A 1B3ZA 4CVUA 1GJUA 1PZ3A 4UFJA 5A8MA 4IPNB 3BAXA 3AS0A 2UY3A 1BVZA 1GQIA 1XYZA 4WKAA 1C7TA 1KCLA 1DHKA 1MWOA 4H8UA 3JUGA 4H2CA 3NIYA 2J7CA 2VJXA 4QCFA 3WQVA 2ZX8A 1PAMA 1VEOA 1AMYA 4D6EA 4W89A 3VD9A 1VEMA 4WIWA 3VKKA 3SUVA 4PN2A 1HP4A 4JKMA 3UCQA 5BCAA 1X1NA 3IJ7A 4RL3A 4DUVA 5CSUA 4E8CA 1B1YA 1TCMA 3W28A 3N18A 3ZM8A 2ZXAA 4YHEA 2RGLA 1EDTA 4ZENA 2D22A 4AWEA 4Z2KA 2E40A 3N9KA 3BAIA 4B3LA 3PZGA 2W61A 2X0YA 3BLPX 4MJ4A 4PMDA 1BGAA 4IUGA 5FOOA 2G3JA 1UR1A 5HPCA 4BQ3A 1FOBA 1V3HA 4D6CA 2CBIA 1JZ7A 1PBGA 3UG5A 4Y7EA 1E71M 4AISA 1CIUA 4W85A 3KEHA 3K4AA 9CGTA 1H0GA 2V5CA 4H04A 5HOSA 1B9ZA 1UD8A 1H09A 3GYCA 3VM5A 4YHGA 4B15A 3WD2A 1LL4A 5I23A 1J01A 1JZ5A 1FA2A 2WKLA 2CBUA 3BSHA 3EDFA 5HXMA 1GQLA 3RILA 5I77A 1UWRA 1E6SM 2VRQA 5FD0A 1GVYA 3AQUA 1FP9A 1WDSA 1E4NA 3AOFA 4GI8A 2CESA 1E43A 2CIPA 3GZAA 3WDPP 2DSVA 4B3KA 3ZR6A 2JFEX 2EPOA 3VD4A 5GPRA 3K1DA 4EE9A 3OA5A 1NWRA 1KWGA 4XZWA 2ZX6A 3F4VA 3ZR5A 5KZ6A 2PI6A 4A4AA 3DHUA 4UNIA 7TAAA 2XIBA 4M56A 1JIBA 5E0CA 1CNVA 4WK9A 1JF6A 5A6LA 4D6JA 2XJ7A 4U5KA 2VZOA 3K8MA 2W5FA 4NF7A 4F66A 3VNZA 1WNOA 1MFVA 4BQ2A 3B9AA 2G8ZA 3DYMA 3VILA 1WB0A 4OZOA 3WH9A 3CHEA 1XGZA 2WMKA 2CKRA 3T09A 4AIUA 1JNEA 2DGAA 2WMFA 4MB5A 3NSMA 4WSJA 5BRQA 2CERA 2YL8A 4PMYA 4AZGA 1HJVA 1QPKA 3CHDA 3MMUA 3ZJKA 2GK1A 3PZVA 2ZX9A 2VZTA 1M53A 1WO2A 1NWTA 3WQWA 4HTYA 1E0WA 1JZ4A 3ALGA 4CD4A 2OSWA 3WNLA 2E9BA 1CPUA 3ALFA 4DUXA 1ESWA 4D71A 2BNJA 2J77A 3MUY1 1ZL1A 3A4AA 6TAAA 3WF2A 2XVLA 3RO8A 2XVNA 2XWEA 3W81A 2XPKA 1WAWA 3L4ZA 5AY7A 1US2A 1W3JA 4W8BA 2J25A 2WC3A 3UR7A 2BY1A 3L2LA 4PMOA 4AYSA 4JAWA 3WD0A 1M01A 1NP2A 2WAGA 3GXFA 3ARZA 2PWEA 3IJ8A 2WM0A 1TZ7A 2VCAA 3I3DA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1U33 A;  3FHA A;  2Y24 A;  3ARU A;  4HU0 A;  4X9Y A;  3CZE A;  4KGJ A;  1ITX A;  1SMA A;  3BSG A;  3MU7 A;  2OSY A;  2WYS A;  3GNP A;  4TTG A;  3OLD A;  1UHV A;  1OWQ A;  1E56 A;  1B90 A;  1UR2 A;  3VD7 A;  3AZS A;  5FL0 A;  2WCS A;  3ZST A;  3SCU A;  2XWD A;  1BTC A;  3MV1 1;  1EO5 A;  1V08 A;  4LX4 A;  4C7D A;  1OT2 A;  4MAZ A;  1PEZ A;  1W3K A;  2VVS A;  1IZJ A;  1HJQ A;  3GM8 A;  5BXT A;  1W9P A;  1RH9 A;  3L4V A;  1MW3 A;  3WH6 A;  4R5E A;  1CGW A;  1TFV A;  3NJ3 A;  3BMV A;  3I3E A;  3AIS A;  4GXP A;  2WPG A;  1WDR A;  4NRR A;  1UD6 A;  3GXI A;  4PMR A;  3RM4 A;  3AJ7 A;  3VGG A;  1IV8 A;  3AXH A;  5JIW A;  2G3M A;  1CLX A;  4DUW A;  1QNO A;  1WKY A;  1V6X A;  1XHG A;  1HJW A;  3CZG A;  1GUV A;  2VOT A;  1W9X A;  2G4F A;  1DWF M;  1N82 A;  4DWS C;  1UZ4 A;  3GNO A;  3PZU A;  3WBA A;  2V5D A;  3WL0 A;  1KQZ A;  3WQ4 A;  4UR9 A;  3WDQ A;  5EFF A;  2OYM A;  3ARS A;  4J3V A;  1FHD A;  3PZM A;  3B9E A;  2QPS A;  4Z2J A;  1S46 A;  2BVY A;  2O9P A;  1KGW A;  2D0F A;  3AS1 A;  5E70 A;  1EA9 C; 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