2XM2A

Btgh84 in complex with lognac
Total Genus 239
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
239
sequence length
711
structure length
635
Chain Sequence
LQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVERNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPEIELDAIYPGENIQINSAGLQKAPVKFVRFFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Inhibition of a Bacterial O-Glcnacase Homologue by Lactone and Lactam Derivatives: Structural, Kinetic and Thermodynamic Analyses.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
total genus 239
structure length 635
sequence length 711
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2010-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2xm2A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xm2A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2xm2A01
1BYAA 3WDRA 2HVMA 5D9PA 2QMKA 1E6PA 2WC7A 4HZ6A 4OKDA 4BZYA 1CXFA 2J4GA 2WHJA 1QI3A 1MQRA 1G5AA 4PSPA 4OIFA 1UUQA 5GNZA 1O6IA 1JXKA 1GQIA 1JG9A 1GHSA 4AISA 3II1A 3NYDA 1JYVA 3N13A 2IXVA 4CU7A 3PZQA 3AXIA 1GQJA 3IAQA 3WQ4A 2ZXBA 1H49A 1V6YA 3RPMA 2XIBA 5AY7A 4C7GA 3GBDA 4W5ZA 1FFQA 3IANA 3WBEA 3FAWA 3WD4A 2XJ7A 4N42A 5DF0A 2ZXDA 5DMYA 2ZXAA 1N82A 1W9UA 3GXFA 5A2BA 4ZXLA 3ARUA 4FLQA 1JF5A 2BVTA 4TVDA 1WNOA 4HOWA 2RGMA 4RE2A 1QNQA 3BCDA 2EPOA 2NW0A 5A6MA 4MJ2A 2J7EA 2J7BA 4MNLA 4C7DA 4HA3A 3GBEA 1C8QA 4TVUA 3FAXA 2BV9A 3OZOA 3O9NA 1KQZA 2G3IA 2YL9A 3SUUA 3SUSA 4W84A 2ZWYA 5D9NA 2JEPA 2CKSA 1RD6A 4NRRA 4XB3A 1HVXA 3QHNA 4DWSB 3CLWA 3MS8A 2E3ZA 1MW0A 4R5EA 4JCLA 2ZWZA 1UWRA 4LYRA 5CG0A 2YLLA 1TA3B 5I78A 1EO5A 1UR2A 1VFFA 3B8SA 3DHUA 4D6GA 3PZVA 4MADA 4C90A 3IJ7A 1VENA 2PC8A 3BC9A 4PMUA 4E8DA 5A95A 4F9DA 4EANA 4WLCA 1FFRA 1KB3A 3W37A 3ZR6A 1XD0A 2VRKA 3CZKA 4D1JA 1W1YA 2BXYA 1JZ2A 2WMIB 2WNWA 4H2CA 4OOUA 2WB5A 2DSWA 2DSVA 3TTSA 3WUBA 5FKYA 3VMPA 1R85A 3A4WA 1QI5A 4GO9A 5DT5A 1CLXA 4EK7A 5CQ1A 3VX0A 4JL2A 1IZJA 2ZX5A 1F4AA 2JF7A 1WDPA 1BVZA 3BXWA 2QPSA 4X9YA 3CZLA 5F7UA 3AIEA 3PN8A 4J3WA 3L4WA 3VIGA 2XSBA 4AZCB 1HF6A 4DWSA 4PMYA 4OBRA 2WK2A 5IXEA 1TG7A 2YBTA 1UZ1A 3K46A 4PCTA 1D2KA 1TA3A 1CXKA 1GPFA 3BAXA 3OGSA 2VTFA 2ZX6A 4E8CA 4AZHA 1CDGA 3AMGA 3PZTA 1CGVA 5A6BD 3L4YA 2WMGA 1UHVA 5FD0A 2VX7A 1HJXA 4BCEA 1BPLB 3ZOAA 3EMQA 4NF7A 2XM2A 3LPFA 2ZUVA 2VC9A 2WMIA 5GNYA 1PPIA 3KL0A 3S6TA 1W3KA 4AEFA 5DEZA 1W3JA 3SUWA 4HMCA 2V3GA 1GOKA 1US3A 3WENA 2WSPA 3VVGA 2PF0A 3F4VA 4LXFA 4P7QA 1ECEA 1LF1A 4PMZA 1ISWA 1UD8A 3UG5A 4J27A 1FP8A 4AZCA 2X09A 5M17A 4ZXOA 2XFRA 5GQBA 1V3LA 3VIPA 3WF2A 2HISA 1J0HA 1SYTA 2EJ1A 3JUGA 4W7UA 4PRWA 1XH2A 2E0PA 4XZWA 1TVNA 3G6MA 1XV8A 3VD3A 9CGTA 6A3HA 1E1EA 5IDIA 4U33A 4PTMA 4IPNB 4GINA 3APGA 1X6LA 1QHPA 1H1NA 3AI0A 4M8UA 2J62A 1I75A 1ITCA 2WM0A 3D5HA 5JIWA 4YHGA 1HXJA 2D23A 3WUGA 3W6LA 4JHOA 1V6XA 5FCZA 4A4AA 2C8NA 3GZAA 1PBGA 2J8FA 3WQ8A 2D22A 1UR1A 1WE5A 1J18A 5M03A 4UQDA 1E5JA 2DEPA 3A4AA 2XYLA 2VR4A 3DC0A 5TD4A 3IJ9A 1ZJAA 2BXZA 3WELA 3MUIA 2VQTA 3MUY1 1JYWA 2JIEA 2W67A 4UZUA 3M6DA 4XZBA 1PX4A 2W5FA 1JZ4A 4P7OA 4F79A 2DGAA 1LWJA 4NRSA 3PZIA 3CHFA 2BVYA 1V6VA 1E70M 3VDCA 8A3HA 2D0GA 4GI9A 2J74A 2W63A 1G1YA 2CXGA 3MO4A 4CCDA 1XSJA 1LG1A 3THCA 3WDJA 1E9LA 5LA1A 3WF4A 2BHZA 4M24A 2AOSA 3ZMRA 4D6JA 4BQ4A 4PMXA 4QCFA 2GK1B 1H4PA 3WUEA 3VIKA 1CGYA 5A8MA 1KGXA 3OIHA 1O7AA 5JBEA 3CTTA 4MB3A 2VZSA 2X8RA 3A4XA 5A6AA 1XH0A 1EDGA 1JIBA 2ZOXA 3T0BA 2WLYA 4M56A 5EMYA 3VPLA 1CGWA 4V28A 4XX6A 1QVBA 4UQAA 3TTYA 1TFVA 4OOZA 3VD4A 3T08A 1XH1A 1BYCA 3N11A 1EH9A 3N18A 1VFOA 1JD7A 1E3XA 1BYDA 3M07A 1UA7A 1EDTA 1E3ZA 4GZEA 1CIUA 1UQYA 1CYGA 5A6LA 1AMYA 3K8KA 3PTMA 3MV11 2YOCA 4JZ5A 3ZT7A 2C0HA 3AQUA 1NOUA 2WVSA 2GK1A 3AHXA 1QI4A 1QNRA 3WDPP 1NWRA 3W29A 5A94A 4JHZA 1E5NA 2WYSA 4F66A 2TAAA 4HPGA 4MJ4A 3ZSSA 2YLAA 2DT0A 1VBUA 4HPHA 2YDRA 3UR7A 4AD1A 5E0CA 3WL1A 2YDSA 4Q22A 3FW6A 2ZX7A 1C7TA 2GJPA 4QLLA 4KGLA 3D3AA 1G0CA 2CBUA 4BQ5A 4HA4A 2WZHA 4D1IA 5JBFA 2J77A 3ZR5A 1YHTA 2PWGA 1E6NA 1MQQA 1VEMA 3SCPA 1LL4A 1K9TA 4PUDA 3GXMA 2J7GA 1CWYA 1EXPA 2WVTA 4B9ZA 3LPGA 1W91A 2J79A 2NSXA 2EPNA 1MXDA 3WDHA 4P8WA 4D71A 4AIOA 4AZ7A 1J01A 5A6BA 3CO4A 1QI2A 1NM9A 1UG6A 4W8BA 2DSZA 2WXDM 1E6QM 2XFFA 3WFLA 1KR1A 4UCFA 3AICA 4FMVA 1Q6EA 1WCGA 2GJRA 4AYSA 3EDJA 3HU7A 1OT2A 1U33A 4CN1A 2BHYA 2EEXA 2V3FA 2Y5EA 5BXTA 5BYWA 2V3EA 2ZIDA 1JNEA 1E1FA 1QW8A 3CGTA 3SCSA 3GNOA 4A3YA 2VZUA 1V3JA 1LJYA 1UR9A 2XG9A 1CXHA 1ISYA 4UZSA 4NZCA 3WD0A 1ZBWA 1UKOA 3AHYA 1DHKA 3ARYA 1DP0A 3AMLA 1V0MA 1HP5A 2CITA 1ISXA 5CGMA 1QNOA 1SMDA 3W27A 2VQUA 5IHSA 1NP0A 1QHOA 3WUFA 2EXOA 3RM9A 4P7NA 3NSNA 4AZGA 2FGZA 2X2YA 3SEPA 4AD0A 1KBBA 1P6WA 4LQ1A 4J3XA 1G01A 1Q6FA 4H7VA 4PN2A 3VIIA 2YBUA 3VM7A 2EO7A 1AQ0A 3PZ9A 3DYOA 1E4LA 4AZIA 1GHRA 1I1XA 3DYPA 4AMCA 2XWDA 2GVYA 4MAVA 2YL6A 1CXIA 2DIEA 3TOPA 2WZIA 1K6AA 3LMYA 3RCNA 1NQ6A 3RJYA 5DO8A 1XSIA 1RP8A 2CIPA 3KZSA 3AMKA 3U5UA 1E55A 5HPCA 4DM1A 5CPQA 4TTGA 3VM5A 1CENA 4MB1A 3N15A 2OSWA 1CBGA 2EPLX 2WWCA 2Y8KA 1M03A 3ZJKA 1KWGA 3EYPA 1H5VA 1D7FA 2YL5A 4AD4A 1QBAA 3AIUA 4U31A 1CGXA 3BAKA 3PZUA 2J7DA 1E43A 3ZSTA 2J75A 3WD2A 3WDQA 4MAZA 2AMGA 4JCMA 3ZJ6A 1JZ8A 3VGBA 5IFPA 1SR0A 2QPUA 4QAWA 4XUYA 7TAAA 1BG4A 3TTQA 4EAMA 4NI3A 4C91A 3CHDA 2Z1SA 5I2UA 2VOTA 3WY1A 3U7VA 2WW5A 1IT0A 1EHNA 4W8AA 3CUGA 1JI1A 1NOFA 2FDMA 1EDQA 5CXPA 1M53A 2PWHA 3ARZA 4K68A 3MV01 3IK2A 1PX8A 3WMBA 1HJUA 4DWSC 1B9ZA 5A6SA 1JDAA 3VUPA 2OWCA 5D9MA 1UWSA 5C8BB 1WDQA 4HMDA 2CERA 1OD0A 2GJXB 2VURA 4ZE4A 4GPNA 4UFKA 2VRQA 1ODUA 1NH6A 3WIJA 2Y4SA 1EO7A 4UFIA 3WMSA 1UKQA 1C90A 4JFWA 3L4XA 2Q8XA 2CBIA 3CBWA 3RM4A 1S46A 2DH2A 4H8VA 2GSJA 3B9EA 4LX4A 4GQQA 4HOXA 2WHLA 1MQPA 2WMKA 4HZ7A 3HN3A 4D72A 1XD1A 5E6YA 2UY2A 2WBGA 3SUVA 3SCNA 2DQXA 2F61A 4MB4A 2BY0A 3OB8A 2E8YA 1JL8A 1DWHM 3VGGA 1W3LA 3W6MA 2E9MA 1LL7A 3N1AA 4D6DA 4ZENA 2GJXA 2X0YA 3ZO9A 2VNCA 2J7CA 1KBKA 1JYXA 3RJXA 1NOWA 2XVNA 4PTVA 1EA9C 5IHRA 2C7FA 4GZJA 2Y24A 1ITXA 4GO8A 1C3FA 3CH9A 2ZUSA 2O9TA 1H0IA 4D6FA 1A3HA 1MYRA 3GXIA 2JIWA 4P8VA 4BQ3A 3N9KA 4Z2KA 3CZGA 4U2YA 2ZUUA 6TAAA 3THDA 1M7XA 1K9DA 2E9BA 1SFSA 1JZ5A 4W87A 1Y7VA 4IPLA 5M3WA 2V38A 4AD3A 1ZBCA 5GPRA 3TONA 1W2VA 2VUYA 3VO0A 3F5KA 4BF7A 1U30A 2QMJA 1E6SM 1RPKA 3W24A 5BRQA 3MSGA 4HU8A 1TUXA 2DPEA 2FH6A 3QGVA 2W62A 3BMVA 4Z2JA 4ACZB 3ARRA 1C93A 1ODZA 3WH8A 4HOZA 3BAYA 1J0KA 1FOBA 1V0LA 1GOWA 1H2JA 2DH3A 3WEZA 4W93A 5I23A 5IFTA 5C70A 5FL1A 4YN5A 2VI0A 3VMNA 4P7LA 3VDHA 5FOOA 3BH4A 2D0HA 1XCWA 4Z2GA 1FHLA 4DM2A 1CLVA 3VDBA 3WD3A 2Z1KA 3AOFA 3WDIA 3TA9A 2YIHA 2CHOA 1OGSA 2O92A 3VNZA 3WH5A 2Y8VA 3GYCA 5CSYA 4S3JA 5E9AA 2WCSA 3WKZA 1ZS2A 3L2LA 1V02E 5HXMA 3SCQA 2PWEA 2VO5A 3NDYA 1OIFA 2E8ZA 2WAGA 1EGZA 2W91A 2YJQA 3EDEA 1VB9A 4QLKA 3WNOA 1MVYA 4FK9A 4ACZA 1BG9A 1FH9A 4IISA 4KMQA 3BGAA 5JUVA 3OBAA 1L8NA 1JDDA 2ZXQA 5BXRA 2VVNA 8CGTA 1K9FA 4PCSA 2CKRA 3KWXA 3I3EA 3GNRA 2EBNA 5CJ5A 1HP4A 2WMJA 1UKPA 5DFAA 3K4AA 2EQDA 4X0VA 1ZJBA 4D6IA 1TZ7A 4D6EA 1HJQA 5I5RA 2XVPA 5AC5A 1HX0A 4U3CA 4JIEA 3W38A 4MNKA 2DT3A 1IZKA 3GXDA 3WEOA 4J7RA 3ZIZA 1NWTA 5FL0A 2G8ZA 3CZJA 3FN9A 4NSBA 4PMQA 1KXHA 1WP6A 1UD3A 1M01A 5A6KA 2VCBA 1HIZA 4TXEA 3SURA 1VFMA 2VVSA 1ZL1A 1B3YA 2BHUA 3NJ3A 4BA0A 1RH9A 5LA2A 2XPKA 1UWQA 3CMJA 3ARXA 1W9PA 3OLEA 4MPKA 5CLTA 1K9EA 5I3DA 2XIIA 2ZICA 4CD8A 3SUTA 2OWWA 1J11A 4OZOA 3ALFA 2VZTA 1JZ7A 5BWFA 2BY1A 1L0PA 1W2PA 5I24A 2PBGA 4WJXA 3OLDA 1VIWA 1WZMA 2VRJA 1PJ9A 2CHNA 3WH9A 5E6ZA 3AHZA 3GH5A 3UESA 2GFTA 1KXQA 2JF6A 3AIBA 3EMCA 5AYIA 2OLHA 2D2OA 2J7FA 2W4XA 4MNJA 2WMFA 4PTWA 1V3KA 4WK9A 4AY1A 3VNYA 4UTFA 5KZ6A 1UD5A 4Y7EA 5A8QA 1GUVA 5EFFA 5ABHA 1BTCA 1WDRA 7A3HA 3UERA 3G6LA 1VAHA 5E0FA 4QDMA 3L4UA 1G94A 4CN6A 4MDOA 2J78A 4U5KA 2D20A 1B1YA 1PAMA 1ZBVA 1W3HA 2D1ZA 3W4RA 2XWEA 3WQ5A 4CN4A 3K4DA 3CUIA 1JGIA 1Q6DA 4ZE5A 6CGTA 3VD5A 1M04A 2RGLA 2ESCA 4CU6A 1VBRA 2DT1A 3O2LA 4UQEA 5CLWA 2B31A 4CD5A 2WANA 1BFNA 4DUWA 2A3BA 2VT0A 2FHFA 4B3KA 4P8UA 1W9XA 3J7HA 4HU0A 1UR0A 1HL8A 1J10A 3VOCA 3O6AA 4WSJA 4ATLA 4AIEA 3OG2A 1KWKA 3UG3A 3PHAA 1E0WA 5BCAA 5JIPA 4FLRA 4J3VA 3WEMA 3NUKA 1UQZA 1D3CA 4AWEA 1FH8A 3EBVA 3QR3A 1KGWA 1E56A 1VF8A 3VGHA 3WF0A 3PTQA 1WZKA 3POCA 3WNLA 4WF7A 5D4YA 5EFDA 2QLYA 1GOOA 3A47A 1HNYA 3N12A 2WBKA 1DWFM 2BY3A 4EKJA 3EMZA 3VIFA 3FHAA 1NWSA 1GJWA 2WHKA 4PEEA 3QOKA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1BYA A;  3WDR A;  2HVM A;  5D9P A;  2QMK A;  1E6P A;  2WC7 A;  4HZ6 A;  4OKD A;  4BZY A;  1CXF A;  2J4G A;  2WHJ A;  1QI3 A;  1MQR A;  1G5A A;  4PSP A;  4OIF A;  1UUQ A;  5GNZ A;  1O6I A;  1JXK A;  1GQI A;  1JG9 A;  1GHS A;  4AIS A;  3II1 A;  3NYD A;  1JYV A;  3N13 A;  2IXV A;  4CU7 A;  3PZQ A;  3AXI A;  1GQJ A;  3IAQ A;  3WQ4 A;  2ZXB A;  1H49 A;  1V6Y A;  3RPM A;  2XIB A;  5AY7 A;  4C7G A;  3GBD A;  4W5Z A;  1FFQ A;  3IAN A;  3WBE A;  3FAW A;  3WD4 A;  2XJ7 A;  4N42 A;  5DF0 A;  2ZXD A;  5DMY A;  2ZXA A;  1N82 A;  1W9U A;  3GXF A;  5A2B A;  4ZXL A;  3ARU A;  4FLQ A;  1JF5 A;  2BVT A;  4TVD A;  1WNO A;  4HOW A;  2RGM A;  4RE2 A;  1QNQ A;  3BCD A;  2EPO A;  2NW0 A;  5A6M A;  4MJ2 A;  2J7E A;  2J7B A;  4MNL A;  4C7D A;  4HA3 A;  3GBE A;  1C8Q A;  4TVU A;  3FAX A;  2BV9 A;  3OZO A;  3O9N A;  1KQZ A;  2G3I A;  2YL9 A;  3SUU A;  3SUS A;  4W84 A;  2ZWY A;  5D9N A;  2JEP A;  2CKS A;  1RD6 A;  4NRR A;  4XB3 A;  1HVX A;  3QHN A;  4DWS B;  3CLW A;  3MS8 A;  2E3Z A;  1MW0 A;  4R5E A;  4JCL A;  2ZWZ A; 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