2XM2A

Btgh84 in complex with lognac
Total Genus 239
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
239
sequence length
711
structure length
635
Chain Sequence
LQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVERNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPEIELDAIYPGENIQINSAGLQKAPVKFVRFFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Inhibition of a Bacterial O-Glcnacase Homologue by Lactone and Lactam Derivatives: Structural, Kinetic and Thermodynamic Analyses.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
total genus 239
structure length 635
sequence length 711
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2010-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2xm2A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xm2A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2xm2A01
4TX8A 2OLHA 3VKKA 4W85A 4J27A 5KEZA 2XIIA 2A3CA 1WZMA 2UY4A 4AZ6A 1XCWA 1M7XA 4HPGA 4J3XA 1GQJA 4LXFA 1W1YA 1PAMA 2RGMA 4P8UA 1ODUA 4CGTA 2E4TA 1UQZA 1HJXA 3ARPA 3RJYA 3VGDA 2NT0A 1VAHA 2WSKA 2XFFA 2ZOXA 4C7DA 1MQRA 3CO4A 3DC0A 2EPOA 1E3XA 4NI3A 3U5YA 1HJWA 1GQIA 1C8QA 1JF5A 3AICA 3VIKA 4HOXA 2HISA 4UOQA 1GORA 4PTMA 2GK1B 3NYDA 4GO8A 2EPKX 2BHUA 4LGXA 3PZIA 3W25A 4JL1A 5A8NA 2VCBA 4GO9A 1J0KA 4A3YA 3VGBA 3GXMA 5I2UA 1L0PA 1JAEA 3W82A 1B3XA 1OBAA 2DPEA 3WQWA 1B1YA 2Y4SA 4OUEA 1UZ4A 1R85A 2GJXB 4JHOA 1VFFA 2FHBA 3WMCA 1YQ2A 3DHUA 2DIEA 2D20A 4BCEA 5ABHA 4BQ3A 5M17A 2D23A 2NT1A 2VTFA 3D3AA 1B30A 1XYZA 1V6UA 3RPMA 3MUZ1 3CPUA 2WC7A 3W26A 3VX1A 2BFGA 1E70M 1JI1A 4AZGA 3EDFA 3AHYA 1B31A 5A2AA 1I1XA 4F66A 3L4YA 3VD4A 4F79A 3ZMRA 3ZSTA 2VZUA 5A94A 4TX6A 1GPFA 2AAAA 3L2MA 1E6NA 3ZM8A 4F9JA 5ABFA 3CZ8A 2PI6A 4W93A 3WL0A 3UG3A 5JIWA 4GI9A 1V3HA 3AXIA 1OT2A 3EDEA 1FFRA 3IJ8A 3QHNA 3L4XA 1PIFA 1W3HA 3BXWA 4FK9A 3A3HA 4W84A 4Y7EA 3CUIA 2ZX7A 1X1NA 2WC3A 1KQYA 3WD2A 4HU0A 2E0PA 2X0HA 3VDHA 5A6AA 3VVGA 2XVNA 1UR8A 3ARXA 1V0MA 1OB0A 3VILA 2PC8A 1CYGA 1DWAM 4BZYA 1AQMA 3SCNA 3OLIA 1E6PA 3GH4A 5M5DA 1E43A 1ZBWA 3PN8A 3WUBA 4GI6A 2J74A 5CSUA 2GDUA 4AEFA 4Z2HA 4ZXLA 3ZSSA 2YL5A 2D2OA 4CCEA 2ZICA 4J3SA 5EB8A 1R87A 4GKLA 2A3BA 3NSXA 3U5UA 1C91A 2BY3A 3DHPA 4UQEA 2YL8A 4J3TA 1HP4A 4MB1A 3LMYA 2ESCA 3EDDA 1AQHA 4QLLA 1R7OA 1J11A 2D3NA 1V08A 4PTXA 4K68A 7CGTA 4W88A 4E2OA 4AZCB 3NSNA 4L4PA 1KGXA 1JZ2A 4DM2A 1W9UA 4P7QA 2WMGA 4BQ4A 2XWEA 2G3NA 3VGGA 4NZCA 1JAKA 3A47A 4MB5A 3SCUA 1M03A 3WKZA 4U31A 4PMOA 3SIMA 2XGIA 3AMLA 5CLWA 3WBEA 1QNQA 3TTSA 2ZWYA 4PUEA 2F8QA 3T0BA 1MFUA 4R5EA 4BA0A 5A69A 2BS9A 2VC9A 1UWSA 1OCQA 1HN1A 2VVNA 1M01A 2WCGA 3SEPA 2VZTA 4TVCA 4M82A 3MU7A 3TTYA 5ABEA 1NOUA 1UHVA 4TTGA 2W5FA 2E8ZA 2J62A 4GQQA 1E6RA 2V38A 5I24A 2BVDA 1JD9A 4V27A 3CHDA 3VX0A 1ZL1A 2QPSA 3UEQA 1E9LA 4PRWA 8CGTA 2OWCA 2W62A 2YLAA 4GIAA 3W28A 3UCQA 4TUFA 3ZJ6A 5JBEA 2QLYA 1OGBA 3PTQA 1GOQA 4U2YA 5EBAA 1C93A 5AY7A 9CGTA 1ITCA 3VIMA 1W2VA 2XJ7A 3AYSA 1W9PA 1U33A 5JUVA 4Z2GA 5DMYA 2WKLA 3CZLA 3VDCA 2QMJA 4F9DA 1VRXA 1S46A 2VT0A 3FNDA 4JFTA 1KGWA 1E5JA 1VBRA 3GNOA 5AYBA 3AMDA 5GPRA 1HKJA 3S6TA 2ZXBA 2HVMA 2XVKA 2EPLX 5A1AA 1KBKA 2ZUTA 4P7LA 1BSIA 1E6ZA 1KXVA 2F61A 2YOCA 5GNYA 3MSGA 4JFSA 4M56A 1ISXA 5C8BB 4UQAA 8A3HA 3BAKA 1C3FA 4ATDA 2E9MA 5EFDA 1KBBA 1JYVA 3KWXA 4Q22A 1VIWA 3NDYA 2W91A 1GOMA 4MNLA 3AMGA 3AIEA 1KWKA 4RE3A 4W89A 1JF6A 1KFWA 3QHMA 4FF5A 1A47A 3VOCA 5HNNA 1XYFA 4EK7A 1G94A 1VEMA 2GK1A 2BV9A 5A6LA 1W9BM 4CU8A 4MDOA 1BVNP 2WPGA 3TONA 3GYCA 4MTVA 3EMZA 3BH4A 2JIWA 4OOZA 2QPUA 1GOIA 2JF6A 4U5IA 1E15A 2YBUA 2GVYA 2W66A 5D9NA 5E09A 5C70A 4Z2JA 3CZJA 2NSXA 2V5CA 4AC1X 2GJXA 1EIBA 3UESA 3GXDA 3ZT5A 1HVQA 1SFSA 3EYPA 2OSWA 1KWGA 4W87A 1NWTA 5ABFB 4NRSA 5HPOA 3MUAA 1GVYA 1TUXA 2PWHA 4LPCA 3N04A 2WHMA 5IDIA 2E8YA 4UQDA 1JZ5A 2OSYA 3AHVA 1QVBA 2WANA 1WNOA 2XM1A 3WQ5A 1UD2A 1G5AA 3BLPX 3WD3A 1SMAA 3PZVA 3U7BA 1H41A 4LX4A 1W1VA 1WKYA 4GQRA 4KGJA 1GHSA 5JIPA 1FA2A 1HKKA 4GINA 5CXPA 3PZ9A 4U5KA 4W86A 1XH0A 2CHOA 1ISZA 4DWSC 2E9BA 3VD9A 1BYDA 1NWRA 1JZ7A 1XD1A 2DDXA 2EBNA 2J47A 4KH2A 1QNOA 2RGLA 4IPLA 3DYMA 4UNIA 3RM9A 3BSGA 3WDJA 3K8MA 3AZRA 2G8ZA 3SUTA 3ZIZA 5A6KA 3F5JA 3O2LA 1V0NA 5HBFA 1CNVA 1QI5A 1E3ZA 2O9PA 4UZSA 3I3DA 3MV11 4H2CA 1HNYA 4RE4A 5CSYA 3N13A 1W32A 4P7OA 1WZAA 3RM4A 1H4PA 3KZSA 2AOSA 3B9DA 2JE8A 2O9TA 2V3FA 4AZIA 1DWIM 2XHYA 2CESA 1W2PA 1ZS2A 4PN2A 5I0DA 2CHNA 3UERA 3MMDA 4LYPA 5A6MA 1LQ0A 3RO8A 2DGAA 1NP0A 1Q4NX 2FHCA 1V6WA 3GNPA 1HJVA 1X6NA 4H8HA 3L4ZA 3PZTA 3O6AA 5BXTA 2XPKA 5HXMA 4XX6A 1PZ2A 4AZCA 1HL9A 1HP5A 3BCFA 1UH2A 3IJ9A 3GXFA 2VZSA 2WMIA 4HA1A 3OZOA 3WD1A 1CGTA 3WNLA 3WEZA 2WVVA 5A95A 1AMYA 4MJ4A 3OB8A 4WJXA 1VB9A 4E8CA 1I75A 5TD4A 1EH9A 1JDCA 1MW3A 1N82A 4OJYA 3KL3A 3MO4A 1BTCA 3VD5A 3G6MA 1E0VA 3GH5A 1QI4A 2V3DA 4FLSA 1ZU8A 2J79A 2WAGA 3MS8A 4MNMA 3AYRA 3MMWA 1PX8A 4EKJA 2VZOA 1JNDA 3N15A 4QCFA 1BYAA 2YDRA 2IUZA 4AD2A 3SUUA 3N11A 2E3ZA 3ZO9A 3WNNA 1IZKA 3WMBA 1W3KA 4PMNA 3II1A 1J0IA 1DTUA 1JXJA 2VR4A 5LYRA 1HX0A 2WNWA 1GNXA 1UQYA 3N1AA 4AIUA 1JIBA 4JKKA 1ZJAA 1PIGA 1B3ZA 1UKTA 4D6JA 3WFLA 3IAQA 4CUCA 1XH2A 1WE5A 1PPIA 2D0HA 3OGRA 1E55A 1TR1A 3ARRA 4D1JA 1CXFA 1IV8A 5A6JA 1H5VA 1DWGM 4M80A 2A3HA 1HJQA 2PBGA 1VFOA 1CXEA 1CGXA 1WB0A 3J7HA 4JKMA 3OLEA 1D7FA 3AIRA 3AHZA 1V02A 1PZ3A 4JL2A 3AI0A 1J01A 1NQ6A 1EO5A 4AD5A 3CUGA 2YDSA 2YA0A 4IPNB 7TAAA 4F8XA 2Y24A 2NW0A 3WDRA 3UETA 1WZKA 3BSHA 3OA5A 1M04A 1OGGA 2QF8A 4WSJA 2FHFA 1MVYA 1D2KA 2JALA 3SCSA 1VBUA 1SR0A 4GZIA 3VGFA 4RE2A 2OWXA 1BG4A 1GOWA 5CJ5A 2FGLA 2X2YA 2CNCA 3JUGA 4HTYA 3GDBA 4CU6A 1BHGA 4YHEA 4LYQA 2XVPA 4NRRA 3U57A 1FOBA 3TTOA 2VCAA 4DWSA 4AD4A 1UKPA 4WKFA 3M7SA 2XFRA 4UFHA 1VENA 2DT3A 4Q7NA 5M3WA 4V28A 2DSWA 1O7AA 1V3LA 3AS3A 3D5HA 1KCLA 2DT1A 5CPQA 1GQLA 2WMKA 1GHRA 1C8XA 3ARWA 5E6YA 4JFUA 2D1ZA 4LYRA 1UD8A 3AMCA 4L4OA 5AC5A 1DP0A 1Z32X 4E4PA 1ECEA 2CERA 3CHEA 2FGZA 2X8RA 2JF7A 4Z2IA 1KCKA 2IXVA 4DUXA 1E5NA 5A3HA 3N9KA 3NIYA 4QCEA 4JZ5A 1V02E 1RP9A 2J7FA 2DT2A 4D6HA 1X6LA 2A3EA 3K4DA 2ZUSA 1CGWA 3TP4A 4J3VA 3GZAA 4AD1A 1V6YA 1NH6A 2VURA 2ZX9A 3WQ6A 3NCOA 2XIBA 3OIHA 4W8LA 4NF7A 4PMDA 3ARSA 5GQBA 1ISYA 3PZQA 4C90A 4OZOA 1VF8A 1CIUA 3SURA 3M6DA 1BYCA 5BWFA 4B9ZA 4U33A 3AXHA 2WVUA 3PTKA 1ZB5A 3VGEA 2C7FA 3SCVA 1UWRA 3WH7A 1HJUA 1EGZA 4UR9A 4GZEA 1VEPA 4N0RA 5CZKA 4PMVA 3QHOA 3QGVA 4W8BA 3HMCA 2J8FA 1EQPA 1XV8A 2VX4A 3VDAA 1LWJA 2BHZA 4S3JA 4CU7A 5CQ1A 4AEEA 4UFIA 5BRPA 4U2ZA 2AMGA 3AZTA 2J4GA 4UFLA 1LG2A 3IAPA 5IHRA 4YHGA 5E70A 2VX6A 3VIJA 1KR0A 3VMNA 1KXQA 2F2HA 4DWSD 3O9NA 1JFXA 1VFMA 1G01A 2B31A 2PWGA 2VRQA 1ESWA 4JFVA 3AHTA 2J7CA 5ECUA 5KZ6A 3K8KA 3F5LA 1CWYA 3CMJA 1NARA 3AIUA 4KWUA 1OM0A 4C7GA 3BAWA 1R8LA 2WMIB 1I1WA 2VL4A 2WVVB 3A4XA 4PMQA 1K9FA 3MSDA 3T09A 5A2CA 2WZEA 3HN3A 2XWDA 3OLDA 3POHA 3I3EA 4OBSA 2DSKA 3NSMA 1K9TA 3T2OA 4AD3A 3KE0A 4ATLA 4X0NA 1C7TA 1XCXA 3WNPA 1J0ZA 4HMDA 1SYTA 4QFUA 5DO8A 3KEHA 1E4IA 4UCFA 5BRQA 1CGVA 3AJ7A 1HXJA 1HVXA 3WL1A 3ALFA 4OOUA 2G3JA 3T2QA 5GNZA 3MKKA 4AZHA 4WK9A 2WVSA 3WH6A 2WKGA 3VIFA 1M53A 1CTNA 2D3LA 3WDPP 2CXGA 4P8WA 3RILA 1UKQA 3WBAA 1GJUA 4MAZA 1UD3A 4YN5A 2G41A 3BAYA 1XC6A 4MNKA 3ARTA 4LQ1A 2UY3A 5CPTA 2DH2A 3PZGA 1MW1A 4UOZA 2ZX8A 3AIBA 5D9OA 1QI3A 2Y8KA 1DWFM 3FAXA 1E6SM 1W3LA 4AW7A 3KL0A 1TA3B 4B3KA 4M29A 3QOKA 4M24A 2YL9A 3VTRA 5A6BD 4B3LA 3OGSA 1JZ6A 4H7VA 2YA2A 1WAWA 4ZE4A 1F4AA 4ML4A 2BY2A 1QNRA 2WZIA 2WM0A 2EXOA 3WUGA 2JEPA 2TAAA 1Q6GA 2ZUMA 5I5RA 3OG2A 1LLOA 3WF3A 1H0IA 5CGMA 3WH8A 4W5UA 4WKAA 1UYQA 4J3WA 1K6AA 2FH8A 1GUVA 2WBGA 2J77A 5CLTA 1OSEA 2DEPA 4DWSB 1UH3A 3T0DA 4ATWA 1O6IA 5BXPA 1BYBA 1G1YA 3SCPA 1IT0A 4TXEA 1UKSA 2Y5EA 2WWCA 1XSKA 4XZBA 3RM8A 3LPPA 3BCDA 1JDDA 1RH9A 3CIVA 3N17A 1FP8A 1UWIA 1CXHA 3WD0A 1NM9A 4ZEPA 1E1FA 1FP9A 3WF2A 1E0XA 1LL6A 7A3HA 2UY5A 2XGBA 4WSKA 2VRJA 4CCDA 5I6SA 1B0IA 2W67A 2BY1A 1U30A 3AFBA 4GXPA 3CZKA 3WQ8A 2MANA 4JCMA 5D8WA 5DEZA 5HDRA 3W53A 3ARUA 4QDMA 1DEDA 1W1PA 3VMPA 2W63A 1UA7A 3ARZA 2G4FA 3L4WA 4PYSA 4UZUA 1TE1A 1BLIA 3WUFA 3LPOA 1FHLA 4HZ8A 3WEMA 5E6ZA 2XUCA 3ARQA 1CZ1A 2PB1A 1H3GA 4CVUA 1UR1A 2QHAA 3SUSA 4QLKA 1U2YA 4HPHA 2X09A 2PWEA 3VNZA 1WDQA 3WQVA 2VX5A 1V0LA 2VX7A 4IM4A 4D6EA 3HU7A 5I77A 1BFNA 3DECA 3OGVA 2VMFA 5FOOA 4AIEA 1B3WA 4BF7A 2J78A 3SCOA 1JZ3A 3VM5A 3L4VA 2ZUUA 3AISA 2X1IA 2WHKA 2J7HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2PU0 A;  1WXY A;  1GZG A;  4FXR A;  4KGL A;  2PDG A;  2DZS A;  4US6 A;  3OBK A;  1EC8 A;  3NGF A;  2WW5 A;  1V9D A;  4KMQ A;  1EOK A;  4ACZ A;  5JRC A;  1MXD A;  3DCP A;  4KEU A;  1XD0 A;  1H50 A;  2ZM8 A;  2EQD A;  4A4A A;  3PBG A;  2XM2 A;  5A2B A;  3SM0 A;  1MEH A;  3CXO A;  4PMJ A;  4GI4 A;  5B7Y A;  4C6L A;  4COF A;  3VR8 A;  1LF1 A;  4MBQ A;  1SZN A;  1ZBC A;  5CPL A;  5BXR A;  4BF5 A;  3FJ4 A;  2B7O A;  1RV8 A;  2N2N A;  4PCS A;  2DUA A;  4IIS A;  1EDQ A;  2WBK A;  1P0N A;  4MJ2 A;  3PAJ A;  4H8U A;  4XK2 A;  1OX5 A;  2VDH A;  1OJX A;  3LK3 B;  2PF0 A;  4PC8 A;  4PR4 A;  1UD4 A;  3UXD A;  3W1Q A;  4MFE A;  4XSL A;  2GJR A;  4AWE A;  2E40 A;  2V5L A;  4JN7 A;  1EIX A;  2GSH A;  4M81 A;  2V5D A;  1S38 A;  1OCB A;  2ZUV A;  3FJN A;  4RV8 A;  2J88 A;  1LLZ A;  2O9R A;  3SUV A;  1UR4 A;  4O1D A;  1J0H A;  2VR5 A;  4IUG A;  5LBM A;  4URI A;  4XUY A;  1OD0 A;  3SO7 A;  1KFY A;  5M03 A;  4FIQ A;  4IQE A;  2X66 A;  4IGS A;  5I79 A;  1XGE A;  3AMK A;  4Z08 A;  3GH7 A;  3I7R A;  2MOZ A;  3A64 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4TX8 A;  2OLH A;  3VKK A;  4W85 A;  4J27 A;  5KEZ A;  2XII A;  2A3C A;  1WZM A;  2UY4 A;  4AZ6 A;  1XCW A;  1M7X A;  4HPG A;  4J3X A;  1GQJ A;  4LXF A;  1W1Y A;  1PAM A;  2RGM A;  4P8U A;  1ODU A;  4CGT A;  2E4T A;  1UQZ A;  1HJX A;  3ARP A;  3RJY A;  3VGD A;  2NT0 A;  1VAH A;  2WSK A;  2XFF A;  2ZOX A;  4C7D A;  1MQR A;  3CO4 A;  3DC0 A;  2EPO A;  1E3X A;  4NI3 A;  3U5Y A;  1HJW A;  1GQI A;  1C8Q A;  1JF5 A;  3AIC A;  3VIK A;  4HOX A;  2HIS A;  4UOQ A;  1GOR A;  4PTM A;  2GK1 B;  3NYD A;  4GO8 A;  2EPK X;  2BHU A;  4LGX A;  3PZI A;  3W25 A;  4JL1 A;  5A8N A;  2VCB A;  4GO9 A;  1J0K A;  4A3Y A;  3VGB A;  3GXM A;  5I2U A;  1L0P A;  1JAE A;  3W82 A;  1B3X A;  1OBA A;  2DPE A;  3WQW A;  1B1Y A;  2Y4S A;  4OUE A;  1UZ4 A;  1R85 A;  2GJX B;  4JHO A;  1VFF A;  2FHB A;  3WMC A;  1YQ2 A;  3DHU A;  2DIE A;  2D20 A;  4BCE A;  5ABH A;  4BQ3 A;  5M17 A;  2D23 A;  2NT1 A;  2VTF A;  3D3A A;  1B30 A;  1XYZ A;  1V6U A;  3RPM A;  3MUZ 1;  3CPU A;  2WC7 A;  3W26 A;  3VX1 A;  2BFG A;  1E70 M;  1JI1 A;  4AZG A; 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