2XM2A

Btgh84 in complex with lognac
Total Genus 239
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
239
sequence length
711
structure length
635
Chain Sequence
LQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVERNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPEIELDAIYPGENIQINSAGLQKAPVKFVRFFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Inhibition of a Bacterial O-Glcnacase Homologue by Lactone and Lactam Derivatives: Structural, Kinetic and Thermodynamic Analyses.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
total genus 239
structure length 635
sequence length 711
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2010-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2xm2A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xm2A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2xm2A01
3GH7A 2NT0A 3MMUA 3AOFA 3WQWA 1F4AA 1M53A 3GTNA 1TVNA 3WF1A 2EXOA 3AZTA 2BNJA 3VX1A 2C7FA 3WUEA 3KL0A 1E4MM 3B9AA 2XIBA 4W88A 2EJ1A 4WKFA 2DEPA 4GO9A 1J18A 5A6KA 1IZJA 2A3CA 1M04A 2CYGA 1BHGA 1VB9A 3VMPA 1HL8A 4UFKA 3AHZA 3WD2A 3WQ5A 2E8YA 3BGAA 4U33A 1JDDA 2W61A 3MUAA 5TD4A 2ZUWA 1NWUA 5C71A 3T0DA 2VCCA 3ZM8A 3PZTA 5GNXA 2VR4A 2E9LA 1GJWA 3F5KA 1W1YA 4FLSA 4JKKA 2B31A 1W3LA 1CXFA 3VINA 5A6SA 5CQ1A 3CHFA 3WF4A 3MANA 3N1AA 3NUKA 4OJYA 2VQUA 3L2MA 1XRVA 3GNRA 4U31A 4MNKA 1JZ7A 4U5IA 1QOXA 2XWDA 2WYSA 2E3ZA 1E73M 1GQLA 4AD3A 5D4YA 4H8UA 1YQ2A 1SYTA 1MQPA 1UOKA 1XYZA 3VIJA 3MUY1 5BRPA 5I2UA 1QI3A 2VX6A 3SCUA 2JALA 1UH2A 1JAKA 1HVXA 3K4DA 5ABFA 5ABFB 1OIFA 1E5JA 2CERA 1V6UA 2GUYA 4WIWA 3AHVA 3T0AA 1FP9A 2W67A 1A3HA 2ZUTA 1CPUA 4UQAA 3WNKA 3SCOA 3N04A 3BCFA 1UWUA 1VBUA 3SUUA 2YA1A 1W9XA 3EMZA 2WHLA 4B16A 2RGLA 4XX6A 4LPCA 1JFHA 3POCA 2E9MA 1JAEA 1RPKA 3HMCA 4H7VA 3EDKA 2F61A 2OYKA 2GJRA 4ML4A 1GOOA 3FW6A 3W82A 4LQ1A 5EBAA 1JD9A 4TVDA 3CHEA 4FK9A 4MPKA 4AWEA 1W9DM 3BC9A 1TVPA 4PN2A 1ITCA 1E56A 3ZSTA 4CGTA 3ARXA 1QBAA 4QLKA 1VAHA 3B9EA 6CGTA 2V3DA 4GQRA 1DWIM 3D3AA 3WDQA 1X1NA 1TUXA 1PBGA 4GZEA 1GVYA 1LL4A 1KWKA 1ISYA 1J0ZA 1H49A 3EBVA 4WF7A 1UD2A 5CXPA 2D23A 2XTKA 3GXMA 1TA3A 1TA3B 2PF0A 2YBUA 2Y8KA 5A3HA 1Q4NX 3UG3A 1JIBA 3SUSA 1DTUA 4UTFA 4FMVA 1UD5A 5BWFA 4ATWA 3POHA 1JXJA 3THCA 5E70A 1ISWA 3N18A 2WXDM 3VDAA 1PJ9A 2EPMX 1E6NA 1WPCA 4URIA 1UR8A 3PHAA 4GQQA 1WDQA 1BGAA 2IUZA 2GFTA 1BG4A 2YLAA 1UWSA 3VD9A 5CPQA 1CBGA 5I3DA 3PZOA 1HJQA 1G0CA 4JL2A 1C8YA 4XUYA 3OB8A 3A47A 4EE9A 3CUJA 1UR9A 2BHYA 1X6LA 4TVUA 1JZ6A 1CNVA 3AIWA 3VUPA 1JI1A 2EEXA 1V0KA 1UR4A 5HOSA 1WNOA 4H8VA 5D8ZA 3VVGA 4HU0A 5FL1A 2WZIA 2XVLA 4TVCA 1GOKA 3VD3A 1V6XA 1HT6A 2FH8A 4AW7A 1IT0A 1PAMA 3SUTA 3WEMA 3TONA 1NH6A 1QHPA 4NRRA 4XV0A 3CUHA 4W89A 3WH5A 4HZ6A 3TTYA 4UFHA 5E6ZA 3GH4A 3ZO9A 2YKKA 4MB5A 5A2BA 1GQJA 4W7UA 4PTMA 1WO2A 1B3VA 3TTSA 1ESWA 3O9NA 3RO8A 3WQ6A 1DWHM 4OZOA 3GXFA 3VM7A 4PMRA 2W62A 4MAVA 3ALFA 3VPLA 3OZOA 5IFPA 4AZ6A 1UKTA 3AYRA 5E09A 5EB8A 1HKKA 5I5RA 2WVVA 4CD8A 2WVVB 1UH3A 3VIHA 3N12A 2ZIDA 5ECUA 3CGTA 3AIQA 3RPMA 4BQ4A 4N0RA 4W8AA 2DQXA 4D1JA 3LMYA 1GW1A 1UG6A 4UFIA 1HNYA 3UG4A 3EDJA 2D3LA 7CGTA 1E3ZA 3WUGA 1UA7A 1W1PA 1C90A 2O9RA 3GH5A 1J01A 2QV4A 1HVQA 1SMDA 1GCYA 2F2HA 1MW0A 4R27A 4AC1X 5M3WA 1E4NA 1NOFA 3AJ7A 1VFUA 5DT7A 2OLHA 3FAWA 4PMZA 2QF8A 4B15A 4UQDA 2WCGA 4LGXA 2EPOA 4GO8A 1GUVA 4D6IA 2WMJA 3IJ9A 5A8QA 1WB0A 2G3MA 2CCRA 1QI0A 1ZBCA 1UUQA 1W2VA 1GVIA 4MJ4A 4M29A 4BZYA 5IDIA 3W0KA 2YL5A 5ABHA 4PMDA 3B8SA 1XSJA 3W6LA 2DIJA 1HJVA 4MNMA 1VF8A 3ALGA 4AEFA 1WZAA 3N15A 3GXIA 5D9MA 1C8QA 1ZS2A 5I6SA 4LYQA 5A95A 1PX3A 1HJXA 1VFMA 4HZ8A 3WNMA 3QOMA 3GXDA 1EOKA 3MMWA 4WKAA 5BXRA 8A3HA 3ARTA 1IZKA 2O92A 2IXVA 4AD4A 5AC4A 2WHKA 3PTKA 1FH8A 3WELA 1JZ8A 4MNJA 5ABGA 3WD3A 1EHNA 1V0LA 4YHGA 3IANA 2OSYA 5ABEA 3VKKA 3WF0A 2WNWA 4TTUA 2VRJA 3AIBA 4C7FA 5A6MA 3PTQA 3W24A 1Q6EA 2VJXA 2XFFA 1JL8A 3FXYA 2DGAA 1MW2A 2DSWA 5A8OA 3S6TA 3AMDA 3OGVA 2VX4A 5HNNA 1XCXA 3MU7A 4DM2A 3WDHA 2J74A 1LLOA 3SURA 1EHAA 4A3HA 1XD1A 2CITA 1W91A 3AI0A 4UR9A 2NSXA 1BSIA 2WLYA 5CPTA 1H5VA 3BAJA 4MB3A 1UD3A 1EGZA 4OIFA 4TX6A 4BS0A 2EO7A 2PBGA 3K8MA 3FN9A 1EA9C 3N9KA 1OCQA 6TAAA 4V27A 2YDQA 1CWYA 1UKQA 4CVWA 2BHZA 4PRWA 2CPUA 4ZE5A 1WKYA 2J47A 2XGBA 2BS9A 4HU8A 1QNQA 2E4TA 3L4VA 1LG1A 3ARYA 4ZENA 1V0NA 2EBNA 4HZ7A 2E0PA 3UR8A 2JEPA 1I75A 3AXXA 1JZ5A 4GZJA 3W25A 2UY5A 1H0GA 5CGMA 2V3GA 2Z1SA 1PEZA 1C7TA 3SCQA 1VJZA 2C0HA 2Y8VA 5JBDA 1OT2A 4LYRA 1H4PA 1VEMA 3AROA 4KWUA 4J27A 1OGBA 1V3KA 1QHOA 4TOQA 3UCQA 4HA1A 3SEPA 1QI4A 1UH4A 3ZQ9A 2J4GA 3U7BA 3T08A 1BVNP 2EPKX 4DM1A 1QNPA 3PZMA 2CBVA 1H2JA 1YHTA 2XG9A 2J77A 3T09A 4D6GA 2W66A 2EQDA 3II1A 4KRUA 3ZMRA 3RM9A 5LYRA 2YLLA 3L4TA 2ZX9A 4M81A 1OD0A 2ZUMA 3G6MA 3WENA 1G1YA 2GK1A 1ZBKA 2VX5A 1MW1A 4DWSC 1JI2A 2PB1A 1E15A 3VIGA 3MUZ1 4M80A 3M46A 4S3KA 5CZKA 3RDKA 4ACYA 3NSXA 1J0YA 5FD0A 2VQTA 1JFXA 3WBAA 3AXIA 4P7OA 4CUCA 3RCNA 3MMDA 2ZICA 1GQKA 1BYBA 4FLQA 3NJ3A 2YA0A 3KL3A 3IJ8A 1D2KA 3D5HA 2W91A 2VTFA 1D3CA 4RE4A 4M1RA 1U30A 2UY4A 1K6AA 3BAXA 4IPLA 1K9FA 4RL3A 4OBSA 2VRQA 3THDA 3CPUA 1CGYA 2BXZA 1CYGA 1MW3A 3TTQA 2FGLA 4MB1A 4DUWA 1V02A 1AMYA 1E70M 1HJSA 4DUVA 3WNNA 3A4AA 3W38A 2E9BA 4CD7A 2BFGA 3OLDA 4W85A 3RM8A 1H41A 2QPUA 4M24A 3MKKA 5E0FA 2DT2A 3AS2A 2Y4SA 3CIVA 3EDEA 2D0GA 3VD7A 1B0IA 1CZ1A 3A3HA 3RJXA 3DECA 4AY1A 4RE3A 1UR1A 2BHUA 4UFLA 2BY0A 5BROA 4KGLA 1FFQA 4H41A 2DH3A 4B3LA 1MXGA 4AD5A 5F7UA 1R87A 2BY3A 2XFRA 3M07A 4KMQA 3U7VA 1JDAA 4W84A 2XYLA 5BCAA 3M6DA 3VNYA 1KXQA 1LJYA 1E1FA 2G4FA 4RE2A 2AOSA 2J7EA 1ODUA 1V02E 1FOBA 2OYLA 3NSMA 3WNOA 3CUGA 4HOXA 3W28A 1ISVA 2W63A 4X0NA 4F9DA 3QGVA 4CKQA 3AZSA 3DHPA 1WZKA 1HKMA 1JF6A 1CXIA 4S3JA 4P7RA 3AHTA 3PTMA 3ARPA 1HKJA 3TOPA 1KR1A 3N11A 4EK7A 1B9ZA 1CXHA 2ESCA 3B9DA 4J3WA 3N13A 3MV01 5LA1A 4P8XA 2HISA 1OGSA 2WM0A 1G5AA 4JFTA 2GVYA 2J75A 3GNOA 1B3ZA 1GONA 2ZX7A 1TZ7A 5BXSA 5CJ5A 1DWAM 3DYPA 3SIMA 2ZXBA 3WUBA 3CZEA 5I79A 4ZE4A 4QCFA 4AXNA 2CBJA 1ECEA 3WH7A 2O9OA 4MB4A 4FLOA 1W1TA 1NARA 1HF6A 4HP5A 3T2QA 1H09A 4V28A 4WLCA 4TXEA 4PUEA 4UQEA 4CD5A 5C8BB 3ZJ6A 1ZBWA 1JYWA 1KR0A 2CHOA 3BAIA 3UESA 1US3A 1PZ3A 1KQYA 5E6YA 3CZGA 4QFUA 2DSVA 4PMNA 1B3YA 1ZL1A 2FH6A 3BMWA 1BLIA 1A47A 5A8PA 1R7OA 3F5JA 2FGZA 2BVTA 2DT3A 3MO4A 5A6BA 1G9HA 1OB0A 2UY3A 1UR0A 1LL7A 3PZUA 3PBGA 2X09A 4JHOA 3OLIA 3VDHA 5I24A 4WK9A 2VI0A 1TFVA 4AZGA 5DFAA 1QHZA 1K9TA 1VJSA 1GOIA 3AMLA 1DHKA 3IAQA 2D24A 2CIPA 2VT0A 2WKLA 3HU7A 4U3AA 3PZGA 3EMQA 3NDYA 2WHMA 2ZOXA 5EFFA 2WAGA 3WQ4A 2J7GA 3LPFA 1JNDA 5EMYA 1I1WA 4MTVA 2X0YA 3CZLA 2WCSA 2WZEA 4ZXLA 4C7GA 2D2OA 4UFJA 3AYSA 4CN6A 1ISZA 1FFRA 4E8CA 1M03A 4H04A 3GZAA 2X0HA 1CGWA 1VRXA 4UNIA 2JFEX 4MADA 3FHAA 1UQYA 1AQ0A 1EIBA 1PPIA 2Y2WA 6A3HA 2XSBA 4AMCA 5E0CA 3ZJ7A 2FHCA 1QVBA 1E40A 4AYSA 4ACZB 3F5LA 4JCLA 1E0VA 2Y24A 4L4PA 1E4LA 2WB5A 5A2CA 2WMFA 2GJXB 4AD0A 4CD6A 4PSPA 2VZTA 3BCDA 1E71M 4OKDA 3KZSA 1W3JA 3VX0A 2D20A 1XHGA 4NRSA 4DUXA 2WWCA 3KE0A 4WSKA 2WBGA 1WDSA 1CTNA 1EOMA 4UCFA 1HP5A 1G01A 4HOZA 3FHQA 1CGUA 4XZBA 2WMHA 4YN5A 3SCTA 1E5NA 1W9BM 1NWSA 4JZ5A 4UOJA 2VZSA 2J8GA 2J7BA 1EDQA 1M7XA 4QCEA 1JNEA 3TP4A 5FKYA 2ZUUA 2V5DA 2WC7A 1DEDA 1EDGA 4M56A 4MAZA 1XV8A 4PUDA 1XYFA 2DSUA 1UWRA 1F4HA 1KBBA 3CMJA 1V3IA 4PTVA 3T2PA 2A3HA 5CLWA 4PMVA 1GHRA 4D6DA 2FDMA 1KXTA 4DWSA 3DYOA 4DWSB 2D0HA 1V6VA 1HKIA 3ARVA 1V08A 1EDTA 3PZVA 2G8ZA 3BXWA 4TUFA 4HPHA 3WSUA 1C92A 2J79A 1GOMA 3UETA 2JIWA 2XM1A 1B2YA 3W29A 1OINA 3WKZA 4Z2LA 5M5DA 3VOCA 3TA9A 4D6JA 1B3WA 2WC3A 1H1NA 1E4IA 2PC8A 3CHCA 4AD1A 1BYDA 3MSDA 3WQ8A 2D22A 4U5KA 2A3AA 4HMDA 2WPGA 1ITXA 1H3GA 1UKPA 3VIIA 8CGTA 1HL9A 3K46A 4IM4A 1WAWA 1H0IA 1OSEA 1ZBVA 3ARWA 5D9NA 1KGUA 1E43A 2PWHA 3RILA 1XH2A 4LXFA 3WD4A 4OOUA 1HX0A 3SCWA 3L4ZA 2VX7A 4P7LA 2V5CA 4H2CA 2PWGA 1IV8A 5GNZA 1VBRA 1KB3A 2IXUA 1OM0A 3GM8A 3WY1A 3CLWA 1E6SM 2Z1KA 4R5EA 5A6BD 1HP4A 1OBAA 5D9PA 1RH9A 4UOQA 2WMGA 1EO5A 4W7WA 5FCZA 3O2LA 1XSIA 4CCDA 3VGFA 1UR2A 3IK2A 1R7AA 4JHZA 1GPFA 2WZHA 4QLLA 4E4PA 1V6WA 3K4AA 3WF3A 2EPLX 3PN8A 2WLZA 4M82A 2BVDA 1QI5A 1PIGA 2XJ7A 4UQ9A 1PIFA 4GZIA 2DSZA 5CG0A 3VILA 1C93A 3PZ9A 3VGHA 1JDCA 2CHNA 4X9YA 1CIUA 2D3NA 3WFLA 1TG7A 2WCAA 1CECA 2CNCA 4L4OA 4KRTA 3KWXA 1BYAA 1LG2A 3QHNA 3APGA 3OIHA 1Q6CA 1ZB5A 1GORA 2WK2A 1M01A 1JZ2A 1OWQA 1UD8A 3RM4A 2DT0A 5JBFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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