2XPKA

Cell-penetrant, nanomolar o-glcnacase inhibitors selective against lysosomal hexosaminidases
Total Genus 236

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
585
structure length
585
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITCPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
publication title Cell-Penetrant, Nanomolar O-Glcnacase Inhibitors Selective Against Lysosomal Hexosaminidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
total genus 236
structure length 585
sequence length 585
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2010-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2xpkA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xpkA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2xpkA01
1XRVA 3W24A 4HMEA 1E15A 4HA3A 1WZLA 4HMDA 5KZ6A 1E71M 1V3IA 3VILA 1E6QM 1HF6A 2W5FA 4H8UA 1C90A 4A3HA 3IANA 2YIHA 1OD8A 1JYVA 3L4ZA 3SUSA 4W87A 2PWHA 2NT1A 4Z2LA 3IAQA 2WM0A 4Z2IA 2YL8A 1CYGA 3CPUA 3AIQA 3II1A 4E8CA 3ZT5A 3SCVA 3VIGA 1E4IA 3T0DA 4CD5A 2ZE0A 2WMIA 2CHNA 2YKKA 3ZIZA 1OGSA 1FP9A 1KGXA 2DQXA 4RE2A 2ZX9A 3MSGA 2WVUA 2ZUSA 3IJ9A 1J10A 5A1AA 5A6JA 2GDVA 2WWCA 4BS0A 1OGGA 1HKIA 1JDCA 1DEDA 1QNSA 1VBUA 4D72A 4KH2A 1ZBKA 1EHNA 1EQCA 1Q4NX 3AS2A 2BY3A 1HP4A 4UR9A 1NWRA 3CHFA 3NUKA 4PN2A 4D6EA 1V3MA 3FY1A 1C8QA 1F4AA 1TCMA 2F8QA 2UY2A 2VVSA 2CNCA 4Z2JA 2J8FA 7A3HA 1UWUA 4IPNB 3OGRA 3BLKA 4P8XA 2XIIA 3CZ8A 3EMZA 4AZGA 1KCLA 2V3EA 1RD6A 4JHOA 1PJ9A 1FOBA 1B1YA 1K9EA 5M17A 2XSBA 2O92A 3PN8A 4BQ2A 3RIKA 3UR8A 5E6ZA 3WQVA 3GM8A 1H1NA 4M1RA 4W89A 4LPCA 5DFAA 4ATDA 1MFUA 3LPFA 1FFQA 1GVIA 1E0VA 3NIYA 1LWJA 3CMJA 1WE5A 3BGAA 1CXLA 1OM0A 1MW3A 3BMWA 1JXKA 2O9OA 4P7QA 2BV9A 5GPRA 2WK2A 4MNMA 2ZWYA 3N18A 1QNRA 1PBGA 3A4AA 3S6TA 3ZT6A 5ABEA 4GI9A 4DM2A 2UY3A 3AYSA 3KWXA 3PTMA 3VIHA 1UZ4A 1NOWA 2D2OA 1W1TA 5FD0A 3VGDA 2DSVA 4CU8A 3M7SA 1GQIA 1KFWA 2YDQA 2Y8KA 5M5DA 2J7CA 3RILA 1C93A 4A3YA 1QHZA 1RP8A 3NSMA 5IHSA 4WJXA 4CKQA 1TG7A 3WDQA 3WH9A 3K1DA 2J47A 2RGMA 1XSIA 3WNPA 1D7FA 2BFGA 4MNKA 5CPTA 2FHCA 1R87A 4M29A 1E1FA 2NT0A 1CXKA 1K9FA 3L4TA 2QHAA 1JZ3A 2QPUA 2XTKA 3VDHA 1DP0A 1GORA 4W7WA 4TX6A 5GQBA 4MJ4A 3SEPA 1W2PA 2D3LA 2WNWA 1JZ7A 1CXIA 4N0RA 1J0HA 1VEMA 2D3NA 2XVPA 4AISA 4OOUA 2B31A 5E09A 4D6IA 1FA2A 1EHAA 3SURA 1OD0A 1V0NA 1LQ0A 2DSWA 4ACZA 1DWFM 2X1IA 2AMGA 1BAGA 1TFVA 3T2OA 1ZB5A 1OWQA 4EE9A 3IJ7A 1KQYA 2YL9A 5M03A 4WKAA 2WHLA 7TAAA 1MFVA 3LPPA 1UR9A 3N15A 1VBRA 5TD4A 2G4FA 5BRPA 5E70A 5I0DA 1UHVA 2DH3A 3WL1A 1MW1A 3DYOA 4CUCA 4OKDA 3CZLA 4TVCA 1QBBA 1XH2A 2J62A 5M3WA 1JD9A 1QPKA 3FAXA 1WZAA 1QW8A 5JBDA 4BCEA 2CPUA 1BQCA 3POHA 4JZ5A 1HJQA 4NI3A 1UR8A 4BF7A 4TUFA 1TVPA 3VMNA 4AY1A 2WW5A 3MMDA 3OGVA 1UKTA 1DTUA 1K9DA 2XIBA 3SCSA 1J0ZA 1JZ2A 4Z2KA 5CLWA 3EBVA 5A6AA 3AS1A 3VD4A 2BY2A 1G94A 4MB1A 2CCRA 3THCA 2WCAA 1CWYA 2A3AA 4QDMA 2VO5A 4KMQA 3M46A 1UKSA 3CLWA 3AS3A 1GHSA 2GVYA 2QF8A 1EDTA 3I3BA 2MANA 5DT7A 3B9EA 5IDIA 4UCFA 5AC5A 3KZSA 1QNPA 4P7NA 3SUUA 3F5JA 3W81A 3WQ4A 5A8NA 5A2CA 4J3SA 2YJQA 5CJ5A 3T08A 4AD2A 1B3YA 2JEQA 5D9NA 1ESWA 4MPKA 3BXWA 3WBEA 1IZJA 1DWIM 2DH2A 1JYXA 1XSKA 4J28A 4MADA 4GXPA 4DUWA 1WKYA 2W92A 4UQ9A 3SUWA 3VKKA 1Z32X 2X2YA 1W1PA 5FOOA 3PHAA 4V2XA 1EH9A 3NJ3A 4FLOA 5I79A 1WNOA 2Y5EA 1W9VA 1L8NA 4JCLA 3BAKA 3AIRA 3CUHA 4F9DA 1W3LA 2VMFA 4WSJA 5ABGA 2VZUA 1OT2A 3APGA 3VIKA 1V0MA 4OBRA 3WD3A 4HOXA 1MQQA 4B9YA 2CBUA 2OSYA 3AYRA 1AVAA 3OZPA 1TMQA 3EDDA 4JKLA 5HXMA 4JFUA 2EPMX 2VR4A 4PMZA 1LL4A 4WKHA 1J18A 1CZ1A 3WF1A 1LL7A 3AI0A 2BVYA 3DHPA 2QMJA 1RH9A 2EQDA 3SIMA 1UQZA 1RP9A 2VZOA 3WY1A 4ACZB 3AZTA 1HL8A 1NQ6A 2OWCA 2AAAA 2X09A 2XFYA 3VIPA 2GJXA 1AQ0A 3WN6A 1UWIA 1US2A 1XHGA 1J11A 3RPMA 2OSWA 4PSRA 3EDEA 1CLXA 1M04A 3VGFA 4IISA 1JYNA 1GOWA 2PWEA 4UOQA 4RE3A 2VT0A 5I24A 4EAMA 1WO2A 3WNOA 2GSJA 2YOCA 4OJYA 4GO9A 1NWSA 2WC7A 1FH9A 1HKJA 3N13A 5CZKA 1G9HA 3CHCA 2XYLA 3QHOA 5AYBA 3A47A 1G1YA 1CGWA 1JIBA 4PEEA 1BLIA 4MB4A 1H2JA 4HTYA 4KGLA 3WNMA 4GINA 4Q22A 3MV11 1L0PA 3FNDA 4HZ6A 2D20A 1VJSA 2BHZA 3ARRA 4AZBA 1MQRA 4AD0A 3MO4A 1JG9A 2JEPA 1LJYA 1E4MM 2VX5A 2GK1A 1XD1A 3FAWA 4TOQA 2ZUVA 2DT2A 4JKMA 1UD4A 1V6UA 2WZHA 4A4AA 3WFLA 3W26A 1TA3A 3VMOA 4PMNA 3KL5A 2O9RA 3KE0A 5A6KA 1ISZA 2BXYA 5BYWA 1HVXA 1UOKA 1W2VA 5FL1A 3WFZA 4HA1A 4GZEA 2D0HA 1U33A 1MYRA 4C91A 2YBTA 2WB5A 1VEPA 2Q8XA 1OIMA 2WMGA 3BLPX 4PMOA 2VX4A 1JFHA 2J8GA 3AS0A 3WKZA 1PAMA 4J3VA 4EK7A 3CZKA 1GQKA 3ZMRA 3PZMA 1GONA 4MNLA 3T2QA 5JUVA 1CXEA 1A47A 2TAAA 4PTXA 1ZJAA 3ZQ9A 4CGTA 3WDPP 5JBEA 3LPOA 1W32A 1VIWA 3L4UA 4H8VA 3VM7A 2J79A 3HN3A 3ARSA 5I2UA 1BTCA 4ZEPA 2WKLA 1UKPA 3OLIA 5BXSA 3QHNA 2VI0A 2WWDA 2DSKA 2EO7A 4H7VA 1Y7VA 3WMSA 5BXPA 3W4RA 1M53A 2YLLA 2WVVA 3WNKA 4UQDA 1B3WA 3WBAA 2BHUA 1QVBA 1V08A 1WP6A 2GJXB 2YDSA 1SFSA 5A8MA 1CPUA 1HJSA 4J3TA 1UWRA 4GIAA 8A3HA 2WSPA 3EDJA 4AEEA 4OIFA 4TTUA 3AHVA 4YN5A 4PTVA 1N82A 3VX1A 4QLJA 1J0IA 3ZOAA 1XH0A 4YHEA 5C70A 1UD5A 3CZJA 3WD1A 4XX6A 5A3HA 1CNVA 4BA0A 3VGHA 1CGYA 1GW1A 4IUGA 4QCEA 1BF2A 2A3EA 2J74A 4MAVA 2ZIDA 1LLOA 4MTVA 2VRJA 2F61A 4TX8A 3ALGA 3GBEA 3WUEA 4PMRA 4CVUA 3VUPA 3AIEA 1WDRA 3MUAA 4M56A 1O7AA 5GNXA 5A94A 1DWGM 2FH8A 1H49A 4GQRA 2C0HA 1NM9A 2RGLA 2OYKA 1CGXA 2IUZA 1QNQA 3QHMA 5ABHA 3AJ7A 1E6SM 1X6NA 2GK1B 1OB0A 4AEFA 3WH6A 1GVYA 3WIJA 3VPLA 1C7TA 4ZE5A 5BROA 2C8NA 3M6DA 3WEOA 4GO8A 1TA3B 3RM8A 1VRXA 2GDUA 3GNOA 2QLYA 1HJWA 2PWDA 1G01A 2WYSA 4GI6A 4LYPA 3IK2A 2WC4A 4FK9A 4PTMA 1YHTA 3SCTA 2VCCA 1E6XM 5ECUA 2WSKA 4PBGA 4J7RA 1UD3A 2UY4A 2WC3A 1PIFA 3VGBA 1SMDA 1CGVA 1GZJA 2ZICA 1BFNA 3CMGA 4OBSA 4AC1X 2ZWZA 1WDSA 4PRWA 3W53A 4GPNA 2CEQA 1OINA 3CUJA 3N17A 1EIBA 2AOSA 3AHZA 3VNYA 4AZ7A 2W62A 1B9ZA 3VIIA 3WD0A 1J0JA 4TVUA 2WMFA 2E9MA 2ZUWA 2FGZA 4P8UA 2XWDA 3VNZA 4C7DA 4FLSA 1E43A 1W1YA 3JUGA 1E6ZA 3VO0A 2XM2A 4H8HA 2J7GA 2F2HA 1QI0A 4GQQA 2YL5A 1M7XA 3TOPA 5HDRA 1UR2A 3CZEA 1GJWA 1NWUA 3GYCA 3OIHA 5IFPA 3MANA 6A3HA 1HN1A 2WXDM 4D1JA 2OSXA 4M81A 3K46A 4F9JA 2X05A 1ITCA 4V28A 5CG0A 3DECA 1W9DM 2G3IA 4DWSA 3WNNA 3L4WA 1EXPA 2VNCA 3CZGA 4UFJA 4W8AA 1FP8A 4WLCA 1CENA 1R8LA 1ZBWA 3VINA 1JNDA 1KGWA 1MWOA 4PMDA 4QAWA 4UZUA 4PUEA 3AMDA 2DGAA 3PZNA 5A6BA 4JFSA 2UY5A 2E3ZA 1TE1A 4D71A 4LYQA 3VVGA 2DSZA 2GJPA 3RJYA 4HU8A 2WVTA 3ARZA 1ODUA 5CPQA 2DT3A 2CIPA 3OBAA 2DIEA 3VDCA 4BQ5A 2ZUUA 2WZIA 3W28A 2ZUNA 2WMIB 1UD6A 4NRSA 2DT0A 3SCNA 4M80A 3CHDA 5E9AA 3L4XA 1W3HA 1Q6DA 2XG9A 3VDBA 4NSBA 1M01A 4B3LA 1XV8A 3CUGA 3MMWA 1CECA 3WQ8A 3MUZ1 1H09A 3FHAA 1LWHA 3QGVA 3VD3A 3ZJ7A 3K4AA 1UG6A 4GKLA 2VZVA 3EDFA 3MUY1 3NDYA 2ZX7A 1BG4A 4HMCA 1D2KA 1CXHA 2ZX6A 2WBGA 1H5VA 1I1WA 1KR1A 3PZQA 1E5NA 1H11A 4NRRA 4PYSA 1V02E 1E1EA 5A2BA 1U2YA 4J3WA 4U2ZA 1E55A 3A4XA 3MS8A 3PZIA 3I3EA 1WZKA 3PZGA 4RL3A 3CUFA 1UD8A 2W67A 1XH1A 3T2PA 4KRTA 4XB3A 1Q6CA 4CD4A 1JNEA 6CGTA 1CBGA 1VFFA 2VOTA 1W1VA 2WMJA 4D6DA 3I3DA 3TA9A 3KL0A 4CN4A 4UZSA 1HKKA 5E0CA 3HMCA 1ITXA 4BQ4A 1R7OA 3ARTA 3W6MA 1CTNA 4U31A 4UQCA 3WQWA 5AYIA 3MU7A 1RPKA 5EFDA 5JIPA 3ZSSA 2A3HA 4UFIA 1E6NA 4U33A 1PIGA 5GNYA 1IT0A 1MW0A 3UETA 5I77A 2WPGA 1EDGA 3DC0A 3K8LA 3WDJA 1R85A 2PI6A 2VCBA 1P6WA 3T0AA 3CO4A 2J7HA 4ATWA 4DWSD 5A2AA 1JZ6A 3OB8A 1B2YA 1BVZA 3VGGA 3PBGA 3U57A 2YLAA 4CU7A 3O9NA 4DWSB 1XCXA 3GH4A 4MDPA 3ZJ8A 2XFRA 1NWTA 4W88A 1PX4A 3ZO9A 1VEOA 1LG1A 1G5AA 4KWUA 4R5EA 3RDKA 5LA2A 5D4YA 5A6BD 4HPHA 3OG2A 4W8BA 4MNJA 5EB8A 5DO8A 1SR0A 1JF5A 4QFUA 4F79A 3THDA 3W37A 2EXOA 3SUVA 1QHPA 3J7HA 2G3NA 1JAEA 3SCWA 4QP0A 3VIOA 3VIJA 3GNPA 1ZS2A 1WCGA 3BCFA 4TXEA 1JGIA 4AZCA 2VX6A 3F5KA 4URIA 4WF7A 5DF0A 3VD5A 2DDXA 1JZ4A 1V3HA 3W27A 1XGZA 2QV4A 3W6LA 4K68A 3WF4A 3AIUA 1WB0A 1GOKA 5D9OA 3UG5A 1HVQA 4P7OA 3GXIA 3GDBA 5AY7A 1PX8A 4D6GA 2WZEA 1KXQA 4AZIA 1GOOA 1V6WA 3AHYA 2J7FA 2Y24A 4OOZA 1NOFA 4C7FA 1BYAA 3WDHA 3VIMA 1AMYA 3D5HA 2YBUA 1ISWA 1HJVA 3K4DA 4W85A 2Y2WA 1E56A 4U2YA 1FH7A 4UFKA 4QLKA 2X0YA 3AXHA 1W3KA 2DIJA 1V3KA 1MXGA 2V3GA 3VU2A 3T0BA 3LMYA 1QI4A 4UFLA 2J4GA 1MVYA 3ZR6A 1ISXA 3N9KA 4AXNA 1UWQA 3MMUA 3RM9A 3AZSA 3BC9A 4LQ1A 3GXFA 1XYZA 3QR3A 5A6MA 3ARPA 3UG4A 4KGJA 1B3VA 2X8RA 3ARYA 1HNYA 4OUEA 1V3LA 4J3XA 1U30A 1OSEA 3M07A 1BGGA 3AOFA 2BY0A 3FN9A 2ZX5A 2CBIA 2A3BA 3UERA 2HVMA 1HP5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5AZ0 A;  3WQ5 A;  2ZLY A;  2G4J A;  4F40 A;  3BLI A;  3WF2 A;  7REQ B;  3QOM A;  5DEZ A;  1BTM A;  8CGT A;  2OYL A;  3TTQ A;  5BMX A;  2Q3O A;  2PC8 A;  3M0X A;  4HP5 A;  1EC7 A;  4L9X A;  4YY3 T;  4F0M A;  2E4T A;  3CS2 A;  4JI8 T;  2ZOX A;  2WU2 A;  1C8X A;  1F61 A;  3B8T A;  5LA1 A;  3GR4 A;  4ALD A;  9CGT A;  2V82 A;  4BR1 A;  2ZRW A;  2QVH A;  3P81 A;  3INP A;  4Z1C A;  4Z1A A;  2OLT A;  2DW7 A;  1OED A;  5HMD A;  3BAW A;  5C9Z A;  3ARV A;  4F8X A;  1XS2 A;  3E2R A;  1CXF A;  4QRO A;  1US0 A;  1ZBC A;  3A8Y C;  3TUU A;  1IYX A;  2MPK A;  2J9X A;  3V75 A;  2H7O A;  3RGL A;  3C0S A;  4K2S A;  5MF5 A;  3N19 B;  4QG6 A;  3HBL A;  5L47 A;  4ZOC A;  4C6L A;  3W1U A;  1P43 A;  2QVN A;  2RDX A;  1XSJ A;  1IXQ A;  4H00 A;  1VCG A;  2J6X A;  1NEY A;  3B0Y A;  9XIM A;  4KRU A;  3R79 A;  5HEO A;  4LCS A;  4DUZ T;  3H2F A;  1NEL A;  4LMK A;  2IXV A;  1RVG A;  3TTO A;  5GJM A;  2WMK A;  2IXU A;  4J27 A;  1OC5 A;  1VFT A;  2X40 A;  1VF8 A;  1F07 A;  3A9B A;  4ZQP A;  2XUC A;  1OFE A;  3ENL A;  3WL0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1XRV A;  3W24 A;  4HME A;  1E15 A;  4HA3 A;  1WZL A;  4HMD A;  5KZ6 A;  1E71 M;  1V3I A;  3VIL A;  1E6Q M;  1HF6 A;  2W5F A;  4H8U A;  1C90 A;  4A3H A;  3IAN A;  2YIH A;  1OD8 A;  1JYV A;  3L4Z A;  3SUS A;  4W87 A;  2PWH A;  2NT1 A;  4Z2L A;  3IAQ A;  2WM0 A;  4Z2I A;  2YL8 A;  1CYG A;  3CPU A;  3AIQ A;  3II1 A;  4E8C A;  3ZT5 A;  3SCV A;  3VIG A;  1E4I A;  3T0D A;  4CD5 A;  2ZE0 A;  2WMI A;  2CHN A;  2YKK A;  3ZIZ A;  1OGS A;  1FP9 A;  1KGX A;  2DQX A;  4RE2 A;  2ZX9 A;  3MSG A;  2WVU A;  2ZUS A;  3IJ9 A;  1J10 A;  5A1A A;  5A6J A;  2GDV A;  2WWC A;  4BS0 A;  1OGG A;  1HKI A;  1JDC A;  1DED A;  1QNS A;  1VBU A;  4D72 A;  4KH2 A;  1ZBK A;  1EHN A;  1EQC A;  1Q4N X;  3AS2 A;  2BY3 A;  1HP4 A;  4UR9 A;  1NWR A;  3CHF A;  3NUK A;  4PN2 A;  4D6E A;  1V3M A;  3FY1 A;  1C8Q A;  1F4A A;  1TCM A;  2F8Q A;  2UY2 A;  2VVS A;  2CNC A;  4Z2J A;  2J8F A;  7A3H A;  1UWU A;  4IPN B;  3OGR A;  3BLK A;  4P8X A;  2XII A;  3CZ8 A;  3EMZ A;  4AZG A;  1KCL A;  2V3E A;  1RD6 A;  4JHO A;  1PJ9 A;  1FOB A;  1B1Y A; 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