2XPKA

Cell-penetrant, nanomolar o-glcnacase inhibitors selective against lysosomal hexosaminidases
Total Genus 236
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
585
structure length
585
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITCPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Cell-Penetrant, Nanomolar O-Glcnacase Inhibitors Selective Against Lysosomal Hexosaminidases.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
total genus 236
structure length 585
sequence length 585
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2010-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2xpkA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xpkA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2xpkA01
1XH1A 1GW1A 4X9YA 1W9DM 2YA0A 5I78A 3GNOA 1J11A 2UY4A 2BY2A 1JAEA 5HPCA 4JL1A 1ISXA 5DEZA 4IPLA 1VRXA 4W84A 1RPKA 3OLGA 1E15A 2BS9A 4EK7A 4J3UA 4R27A 4BZYA 1HN1A 1SMAA 4W86A 4MB1A 3VOCA 2WMIA 3G6MA 2WHMA 1X1NA 3WMSA 2YL5A 2VZOA 4CD8A 2W4XA 2BFGA 1HJVA 4U31A 1HL9A 3SUTA 3WDJA 3WH5A 3WD0A 1UH3A 5D8WA 2PWGA 4QDMA 5CGMA 2PBGA 2OSXA 4HA3A 4PMOA 3VTRA 1WDRA 5E09A 4HU0A 1E5NA 2ZWYA 4IM4A 1QNRA 1V02A 2XWDA 3K4DA 4KMQA 2XM2A 1LWHA 3AZRA 2PC8A 3VD3A 5A8MA 2X09A 2WBGA 4BQ5A 3T08A 2F2HA 2J7FA 1U33A 2A3HA 5M5DA 4P7RA 3RCNA 4CCCA 3WF4A 3VIMA 4NZCA 3VM5A 4AD0A 5FOOA 3WNNA 3SCQA 2V3EA 2BVYA 3VGDA 4D6HA 3PZVA 3WF2A 1ISZA 1E6XM 2DDXA 5JIPA 2WANA 2EBNA 1J01A 3GTNA 4MAZA 1BGGA 1JZ8A 2CBVA 2DH2A 4WKFA 2A3BA 2WVUA 1DWFM 2EO7A 1QI5A 4AEEA 1E6RA 1GHRA 1LG2A 1BTCA 2ZIDA 1ISWA 3GNRA 4PMDA 1S46A 1H0IA 2DT2A 1KCKA 4FLSA 2J7EA 5FL1A 1UD6A 1NWTA 1W1YA 1GVYA 1NARA 3BC9A 2IXVA 3GXDA 1UD5A 1ISVA 1VBUA 1UA7A 1GUVA 3FNDA 2WLYA 2J7HA 5C8BB 1UR4A 1C92A 1VJZA 4MPKA 4QLKA 2ZICA 5CPSA 1UWQA 3W25A 2AAAA 2VZTA 2BVDA 4PSRA 3AS1A 4H2CA 5FCZA 3VIPA 5A8NA 4P7OA 4PMNA 3N1AA 3WH9A 4LYPA 2FHBA 4M1RA 2UWFA 2YOCA 5CPQA 2VCBA 3T0BA 1C8YA 1GQIA 3UG4A 2ZUUA 3RPMA 1E4MM 1WZAA 1CBGA 3VIHA 5AY7A 3BAYA 3RJYA 1A47A 3NUKA 1BQCA 2VCAA 4RL3A 3VD7A 3NSNA 2D0GA 2YL8A 1HX0A 1UR2A 3ZT7A 1U2YA 5KEZA 1TVNA 2F8QA 4NF7A 1DWJM 3OGSA 5TD4A 4PTMA 2QV4A 2UY5A 4OUEA 1GOQA 1E9LA 2DGAA 2PWEA 3BAIA 3GH4A 4J3WA 4R5EA 4OBRA 3ALGA 1E72M 1E6PA 5BYWA 4M82A 1PEZA 4F79A 1NQ6A 3KZSA 2XGIA 4MNMA 4C91A 2DT3A 4W7VA 3QR3A 1CNVA 3PZNA 1X6LA 1WE5A 3EDJA 4H8HA 4PUEA 3SIMA 1VEMA 3BMWA 3W0KA 1RP8A 1HKKA 1MW2A 5BXTA 3VGEA 3MUAA 1Q6DA 3MSDA 2BY3A 5AYBA 3LPOA 4RE3A 3AYRA 5D9MA 3EDKA 3WH7A 1H4PA 1C7SA 1GJWA 1JGIA 6TAAA 4DWSB 2WHKA 3CUJA 2WSPA 2ZE0A 2VJXA 4EKJA 2ZUTA 3W4RA 1N82A 1HKMA 4N42A 1J0KA 1UKPA 3D5HA 1BSIA 2BHYA 4UFKA 1BYCA 3WSUA 1PPIA 1GHSA 2OYLA 3AFBA 1CXIA 4OJYA 3EMCA 2W92A 3L4TA 3ZT5A 1QI4A 1XGZA 1J10A 2VR5A 3PTQA 1TA3A 1TCMA 3LPGA 2WPGA 5EBAA 2CHOA 1JNDA 2V3GA 1KBKA 2X0YA 2VI0A 3CIVA 5BXPA 2IXUA 4EE9A 3RM4A 3DYOA 1PX4A 1TE1A 2G4FA 1C7TA 2WVSA 2XVKA 4GQRA 4KRTA 1V6YA 4W8AA 1BFNA 3AI0A 3MO4A 4JFWA 3W6LA 3CUGA 3UR7A 4D6DA 1TUXA 1WPCA 3NJ3A 3AS0A 1KQZA 3AHZA 3CHEA 5JUVA 4AZIA 1UKOA 2Y8KA 4NRSA 5HBFA 2ZX5A 3BAXA 2EPNA 2WMKA 3BLKA 5A1AA 2XFFA 3BH4A 3ZSTA 3ZJ8A 2J7DA 2XHYA 3PTKA 4CD5A 1E55A 1JZ6A 1GORA 3UETA 4AZCA 3RM8A 3WEOA 1NP2A 4FF5A 3GXMA 3AMGA 3ARUA 1PIGA 3I3BA 3POCA 4PSPA 3II1A 5E0FA 2ZXBA 1HL8A 2OWCA 1PX3A 2E9LA 3CUIA 3GZAA 1J12A 2XVNA 4XV0A 1CLVA 3CO4A 1I75A 2C8NA 2JIEA 2QMKA 1HIZA 3L4WA 3OZOA 2Z1KA 4J3XA 1E3XA 1F4AA 4LX4A 2VUYA 4B9ZA 3AS2A 3WH8A 3U57A 3BXWA 1MFUA 2PBOA 1VFMA 4UFMA 3ZM8A 3BSGA 4B16A 4UCFA 1ECEA 4PMXA 4NSBA 5A95A 3K8MA 3VVGA 2E40A 4WJXA 4L4PA 5M17A 5A6JA 1R87A 2WK2A 1UUQA 5GQBA 5GNYA 1OGBA 4FLRA 4D6CA 3SCSA 1UZ1A 4KRUA 4GINA 4D71A 3WDHA 3K1DA 1DEDA 2D23A 1JZ3A 2D3NA 3MUY1 5EFDA 2DQXA 5JBFA 2GDUA 4MADA 4MNJA 1LF1A 3N11A 1B0IA 4D72A 4OKDA 1E5JA 1D2KA 3WD2A 5I3DA 2WCAA 1EHAA 1L0PA 4GQQA 4BQ2A 3KL3A 2XM1A 3NDYA 1O6IA 1WDQA 4TX6A 4XB3A 3WF1A 1K9TA 1V3MA 3WBEA 3VUPA 2YDQA 3NDZA 1ZBKA 3WKZA 4TTGA 3K4AA 3VNYA 4XZWA 3U7VA 1HF6A 1GNXA 1HJQA 1W1TA 2XGBA 2TAAA 1GQKA 1OGSA 3MMWA 4A3HA 4HA4A 1J18A 5LA1A 1D7FA 1VBRA 2X0HA 2E3ZA 3WNKA 2GJRA 4OIFA 2NW0A 1GCYA 1CYGA 4HU8A 2FH8A 3ARWA 4D6GA 4WSKA 1ITXA 4MB5A 3SEPA 4ACZA 1XC6A 1E3ZA 3WQ5A 4CCDA 2CETA 5IXEA 1E73M 4P8WA 2VX6A 2XTKA 3UG5A 3ZJ6A 1BYAA 1KB3A 2EPOA 2VZUA 5M3WA 3N17A 4Z2LA 3BGAA 3DECA 5CXPA 2PWFA 2CXGA 1J0IA 1W3LA 5E0CA 4AD5A 3U5YA 4GIAA 2YA2A 2GFTA 7CGTA 3VIIA 3OLIA 1KWKA 5HXMA 2WHJA 3M6DA 3ZQ9A 3K8LA 1AVAA 4KH2A 1CXHA 4D6IA 4JCMA 1C8XA 3WEMA 5CPTA 1JZ2A 3QOKA 1BHGA 4QLLA 5A8QA 1HXJA 3GXFA 2VT0A 3WQ8A 1FH9A 2VO5A 3OLDA 4Z2GA 2WW5A 1A3HA 1G0CA 2VX7A 3FHAA 3EBVA 4AZBA 5D9OA 1E56A 1L8NA 3DC0A 1B3VA 1TG7A 1CGWA 4UQBA 3WENA 1K9FA 5CG0A 1AQMA 4W5ZA 3AHYA 1TZ7A 3VD4A 4M80A 2FH6A 4J3TA 2O9OA 1G1YA 3WD4A 4P7QA 2C7FA 4EAMA 3W29A 3PZIA 4DUVA 2MANA 2X2YA 3PZOA 2WC7A 4CD4A 5JBDA 2WVVB 1JF5A 2VVSA 2BHZA 5A3HA 5HPOA 2VZSA 3MKKA 1JG9A 2X8RA 4OOZA 1LWJA 4AEFA 4UZSA 1KXQA 3JUGA 3BAWA 3ZR5A 4E8CA 5ECUA 4OBSA 2CKSA 1WAWA 4J7RA 1HKIA 4LYRA 2G41A 3OGVA 4CU6A 2EPMX 1QVBA 2WKGA 1CGUA 1LL7A 1NH6A 2BNJA 1MQRA 3HJEA 1GOOA 2DSWA 4DWSA 3THCA 1UD8A 4RE2A 4PMRA 1R8LA 4AD1A 3WN6A 2EQDA 2YL6A 3CHFA 5BROA 1BG4A 1C93A 4A4AA 3GNPA 4H41A 4UFHA 5FKYA 4GI6A 4Z2HA 3ZO9A 2DPEA 3IAQA 3VIKA 4XX6A 3B9EA 2VX5A 2OLHA 3WD1A 2EXOA 2NT0A 4ATLA 2XFYA 5LA0A 2WZEA 2OWXA 1DWAM 4MB4A 4ZFMA 3VKKA 5CSUA 1CGYA 3CZLA 1U30A 1KFWA 1OB0A 3W53A 2BXZA 3PZ9A 3F5LA 1KGUA 4F9DA 4YN5A 2DIJA 4PTXA 1FHDA 4H04A 3SUVA 3KWXA 2J78A 3M07A 5A69A 2J25A 4IUGA 3S6TA 3L4VA 4ATWA 4AZ7A 1BVZA 4HPHA 2DSKA 3HN3A 2CNCA 3ARXA 8A3HA 1MW1A 1C91A 2BV9A 1VFOA 2IUZA 3VD5A 1FA2A 1OSEA 2YBUA 2XWEA 3I3EA 2EPKX 4F66A 4AIOA 3AISA 3N13A 1OIFA 4ATDA 1VIWA 1XYZA 1W2PA 4JCLA 2ZUMA 3ZR6A 3AIRA 4B9YA 3L2MA 1BF2A 2J4GA 4CVWA 1UWIA 2G3MA 3N18A 3VIJA 3CTTA 3OLEA 4CU8A 3CMJA 4Z2JA 3VINA 4PCTA 1DP0A 3CUHA 2QPSA 2W67A 4HOXA 4GZEA 3CGTA 3T09A 1VEOA 3B9DA 3PTMA 4UQ9A 3W27A 4PMUA 1QNSA 1BAGA 3CH9A 3SCWA 2YDRA 1CDGA 4Z2KA 1GOWA 1H0GA 5CLWA 4CN6A 1EDTA 3W38A 1CTNA 3WL1A 3VDAA 1B3ZA 2E9MA 3ZJ7A 2VNCA 1IV8A 1W3HA 3GH7A 2BHUA 1XD0A 4GXPA 4ZEPA 3BLPX 2WC3A 2V3FA 3AXXA 3CMGA 4BCEA 2GDVA 1ZJAA 4JIEA 1VFFA 2UY3A 1E6ZA 3VMOA 2E8YA 3CLWA 1K9DA 4H7VA 4C7GA 1PBGA 2GJPA 3A4AA 3CPUA 2GK1B 3DYPA 4W8LA 2CESA 5DO8A 4AW7A 5A6AA 4URIA 2YLAA 2GVYA 1MXGA 3N15A 1UG6A 4UOQA 3AYSA 5JIWA 2VQTA 5A6KA 4KGJA 2O9PA 4MB3A 4UR9A 1FH7A 1QOXA 3FY1A 3T2PA 1EH9A 2WMHA 4W85A 3FN9A 1EDGA 4UQAA 3ZMRA 1J0ZA 3NIYA 4AYSA 1KXHA 1BLIA 1OBAA 2BVTA 1BVNP 3WQ4A 1CXEA 1B2YA 2D0HA 3GDBA 1DHKA 2ZX9A 5A6MA 2J7CA 4PEEA 2DSZA 3VMPA 5BXSA 1UKSA 4M56A 1CECA 9CGTA 4AD4A 5ABFB 2E0PA 3MU7A 2Q8XA 3FAWA 1JXJA 1V6WA 4CU7A 4P7LA 5A2CA 3WL0A 2VURA 4LGXA 2YLLA 4PTVA 1H09A 1J0JA 3WEZA 1JYXA 4C90A 2XSBA 3VD9A 1UQZA 5A8OA 1VFUA 3W28A 4W7WA 2WBKA 4HTYA 3WQVA 2Y8VA 3MSGA 3TTYA 3QGVA 2OYMA 4GI8A 1H41A 2PWDA 1NM9A 1HKJA 1DTUA 1OCQA 1JZ7A 1UYQA 2VRKA 4XUYA 4YHEA 1MW0A 2ZXQA 3ARYA 2Z1SA 1B3YA 2G3NA 1W3JA 4FLQA 4IISA 4PMZA 3SCPA 2XG9A 1UHVA 1GOIA 1V3IA 4U2ZA 3KL5A 1JZ5A 3DYMA 4UFLA 1V08A 6CGTA 4V2XA 4AIUA 4LQ1A 2WMIB 2CBIA 4U2YA 1PX8A 1E6NA 2G8ZA 5A6BA 2WSKA 2VQUA 2WMGA 2DT0A 1NOUA 3AHXA 5FL0A 1M03A 4AZHA 5E6ZA 1RP9A 2WMFA 1EOMA 2W62A 4LYQA 2YL9A 1WDPA 3L4UA 4TTUA 2Y5EA 2ZUSA 3N9KA 3DHPA 3F5JA 4MDOA 3T2OA 2D0FA 5LA2A 3WFZA 1FOBA 2WLZA 1V6XA 5KZ6A 3ARVA 1AQHA 2VRQA 2YBTA 2WMJA 1UKQA 1W2VA 1J0YA 2QLYA 3NYDA 4AY1A 1UD2A 1ODUA 2JIWA 1P6WA 2CBUA 3AICA 5ABHA 1E4IA 1UWTA 4D6JA 3AIWA 3BAJA 2C0HA 4DM1A 3ARQA 2V3DA 2WVVA 4AXNA 5DT7A 1BG9A 1JDCA 4MDPA 3VILA 4KWUA 1LLOA 4PUDA 4B3LA 4UZUA 4CD6A 1YHTA 3CBWA 3WNOA 5ABEA 2YA1A 3W24A 2W91A 1QHZA 4M24A 1UOKA 2J7GA 4W87A 4C7FA 7A3HA 5A6LA 3VPLA 1UH4A 1GQLA 2XIIA 2V38A 1QHPA 1NOFA 4MNLA 3U7BA 4GPNA 1Q6EA 3EYPA 3ZT6A 3MMUA 3THDA 1E43A 3UG3A 1OWQA 2JALA 3O2LA 1LG1A 4F9JA 1JDDA 3IJ8A 1B30A 1V6UA 3IJ9A 2X05A 3VDHA 4HPGA 4QAWA 4UOZA 1XV8A 3QOMA 5CJ5A 2D20A 4H8UA 3J7HA 4ZE5A 2DT1A 4Y7EA 2WNWA 1CIUA 3ARSA 1PZ2A 2W63A 4J3VA 5CLTA 3FW6A 1KR1A 1HJSA 4M29A 4B3KA 3WUFA 4TUFA 3WQWA 3W26A 3OGRA 1H2JA 1QHOA 4U3AA 3UESA 1EIBA 4WSJA 1EDQA 2WM0A 2Y4SA 1US3A 1O7AA 3MUIA 4Q7NA 4JAWA 1OM0A 1WB0A 3WDPP 1ZB5A 2D22A 3ECQA 1OT2A 1WDSA 4J28A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1XH1 A;  1GW1 A;  4X9Y A;  1W9D M;  2YA0 A;  5I78 A;  3GNO A;  1J11 A;  2UY4 A;  2BY2 A;  1JAE A;  5HPC A;  4JL1 A;  1ISX A;  5DEZ A;  4IPL A;  1VRX A;  4W84 A;  1RPK A;  3OLG A;  1E15 A;  2BS9 A;  4EK7 A;  4J3U A;  4R27 A;  4BZY A;  1HN1 A;  1SMA A;  4W86 A;  4MB1 A;  3VOC A;  2WMI A;  3G6M A;  2WHM A;  1X1N A;  3WMS A;  2YL5 A;  2VZO A;  4CD8 A;  2W4X A;  2BFG A;  1HJV A;  4U31 A;  1HL9 A;  3SUT A;  3WDJ A;  3WH5 A;  3WD0 A;  1UH3 A;  5D8W A;  2PWG A;  4QDM A;  5CGM A;  2PBG A;  2OSX A;  4HA3 A;  4PMO A;  3VTR A;  1WDR A;  5E09 A;  4HU0 A;  1E5N A;  2ZWY A;  4IM4 A;  1QNR A;  1V02 A;  2XWD A;  3K4D A;  4KMQ A;  2XM2 A;  1LWH A;  3AZR A;  2PC8 A;  3VD3 A;  5A8M A;  2X09 A;  2WBG A;  4BQ5 A;  3T08 A;  2F2H A;  2J7F A;  1U33 A;  2A3H A;  5M5D A;  4P7R A;  3RCN A;  4CCC A;  3WF4 A;  3VIM A;  4NZC A;  3VM5 A;  4AD0 A;  5FOO A;  3WNN A;  3SCQ A;  2V3E A;  2BVY A;  3VGD A;  4D6H A;  3PZV A;  3WF2 A;  1ISZ A;  1E6X M;  2DDX A;  5JIP A;  2WAN A;  2EBN A;  1J01 A;  3GTN A;  4MAZ A;  1BGG A;  1JZ8 A; 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