2XSA | Genus

Total Genus 166

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	166
sequence length	447
structure length	443
Chain Sequence	MLTGVIEGFYGRDWRRDERATVMDWIAAAGMNTYIYGPKDDVHVRARWRVPYDAAGLARLTELRDAAAARGMVFYVSLAPCLDVTYSDPQDRAALLARVDQLARAGLRNLVLLFDDIPSVLPEADRHRFDSFAEAQADLSNMVLRHLRGAGHVVFCPTEYCGRMAGGDPRGSAYLQRLGSTLDPAIDIFWTGPEIVSEEIVAAHLAAVGEVLRRRPVIWDNFHANDYDIRRVFAGPLGGRSRDILPLVAGWITNPNNEAEANFPAIHTTGAYLADPDYAPERAIAAAVAAWQPRFRLAFGDGAVPSDLVALLCDLFWQPFALGPETTRILSALRAALTVPRPDPSDPAWRAALEDLRDLKRRINKLFTLMTEIENRDLFHTFHNYLWEAQEEVGHLVAYCDWLDEAPPPGAVFPATNFYRRGFGVAVQDILQRDRQGRYHHGV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Human Oga Binds Substrates in a Conserved Peptide Recognition Groove. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HYALURONOGLUCOSAMINIDASE
molecule tags	Hydrolase
source organism	Oceanicola granulosus
total genus	166
structure length	443
sequence length	447
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2010-09-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.240	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	STAT; domain 1	2xsaA02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2xsaA01

2E3ZA 1J0HA 2Y4SA 3WH5A 2V3EA 3L4WA 4U3CA 3G6MA 5D8WA 4NRSA 1UKPA 3WENA 2O92A 3WQ6A 2UY3A 3HU7A 4FMVA 2CIPA 1GZJA 4J28A 5IHRA 1KB3A 4MDPA 3F4VA 2JIEA 4Z2LA 3ARWA 5D9MA 2CCRA 3A47A 1H09A 2CBUA 3VVGA 2W62A 4TXEA 3K8LA 4RL3A 1US2A 4QCEA 3GXMA 2FH6A 1MW2A 3GYCA 5JBFA 2XIIA 1CDGA 3TP4A 2VOTA 4IPNB 3IANA 1FH7A 1V6XA 3EDEA 4PMRA 1E0XA 1SMAA 1R8LA 3N18A 4WSKA 4UQCA 1MW1A 4ACZB 1CGTA 3W53A 2WWCA 4B3LA 2PWHA 2VNCA 2ZOXA 2VRQA 4PMXA 3GNOA 4WF7A 4JAWA 3ZT6A 3O6AA 3GNRA 5A94A 2W63A 1D3CA 1MW0A 3PTMA 3CTTA 4DWSA 1BVZA 3EDDA 4ACYA 1QNPA 3A3HA 1GVIA 1GOKA 1EA9C 3N11A 2OSWA 4D6CA 1Q6FA 2A3BA 5A6KA 2DT3A 4GIAA 1ZBVA 2JFEX 1UR1A 1HP5A 5A8QA 1LLOA 1VEPA 2PB1A 1K9FA 5ABGA 1WP6A 4W85A 3FAXA 4W88A 3CHCA 4AD3A 1JFXA 2J7FA 3GH7A 1W2PA 2D2OA 2ZICA 1UKQA 1PX3A 4LGXA 1V0KA 2YJQA 2C7FA 2J78A 3QHNA 1ZJBA 1MQQA 4LYPA 3CMJA 1W9UA 3VGDA 1PZ2A 5A8OA 1B3YA 1OGGA 4KH2A 1OM0A 4GO9A 4XUYA 1UQZA 3POCA 1E6XM 2WMHA 3CHFA 4M29A 4ZXOA 3VPLA 1PX8A 1F4HA 1V3KA 3VIHA 1E9LA 1EO5A 3RJXA 1DWHM 2O9RA 5GNYA 3BGAA 2E9MA 4Q7NA 2ZX9A 1B0IA 3AI0A 2WLZA 1WAWA 1ISXA 2Z1SA 1UA7A 3TTYA 5HOSA 5E6ZA 1E1FA 2CETA 1J0YA 2VX4A 4ML4A 1LF1A 1NWUA 4U5KA 1A47A 3AOFA 1PEZA 2G4FA 3VIPA 1LWHA 1XHGA 2VURA 1E6QM 2NT0A 1UD8A 1E0WA 1HL8A 2W4XA 3CZKA 4W84A 2DSKA 5A6BD 4PMUA 4DUWA 4QDMA 4UNIA 2E9BA 3ZQ9A 3PN8A 4TVUA 3VMNA 4HOXA 1MQRA 3AROA 2ZX8A 2WVSA 4QP0A 4ATLA 5FKYA 2VCCA 1NM9A 5KZ6A 3KZSA 4TTUA 1ISZA 3PZGA 4GQRA 2BXYA 3CIVA 4W7VA 3VUPA 2VZTA 4PRWA 1YQ2A 2XM2A 2JIWA 3VDCA 2W61A 1J0IA 4CN1A 2XWEA 2EPMX 3QOKA 3AYSA 2J8FA 1WE5A 2WC4A 2XFYA 4S3JA 1B3WA 3WUGA 1P6WA 1C8YA 1QI2A 1YHTA 2CKRA 4TVDA 4Z2KA 3MSDA 3OGRA 1U33A 3MV01 1HX0A 3K4DA 2BY3A 3SCTA 3THCA 2DSVA 2CPUA 3TONA 2OWCA 3BC9A 1V0MA 4FF5A 5EFFA 3T0BA 1WDRA 4OOZA 3SCUA 2EO7A 1CLXA 3AICA 1JG9A 1NOUA 2PI6A 1KBBA 1EHNA 4HA1A 2D0HA 1CXEA 3AHYA 3WFLA 4GKLA 3B9AA 2E4TA 5BXSA 4HPGA 4HU0A 1CXLA 1UR0A 5CLWA 1W3LA 2D20A 2ZIDA 3AHVA 5DEZA 2C8NA 3SURA 2VMFA 4UFHA 2BVYA 2WVVA 4KWUA 1QI3A 3SCSA 4BQ4A 5EB8A 1H2JA 4UOQA 5ABFB 1V0LA 2QHAA 4A4AA 3ALGA 2DEPA 5DT7A 2F8QA 4GQQA 1DWGM 3CZLA 4UQ9A 4W5UA 2GDVA 2YDRA 4ZE5A 5LA2A 3ECQA 4WIWA 3RM8A 3AIVA 4XV0A 3HN3A 4CVUA 4BZYA 3NIYA 3OGSA 4MAZA 4IPLA 3B8SA 2QPSA 3AMLA 1V3MA 1OD0A 3N15A 4W87A 3NYDA 3LPFA 3PZNA 4CD4A 3M6DA 2GK1B 2XG9A 1GQLA 2VX6A 1W1TA 1HKMA 3RPMA 2BY2A 2MANA 4D6GA 1W3KA 2Y2WA 5A95A 4AZGA 5LYRA 2VZVA 4JFWA 4CKQA 3MV11 1KQYA 2PWDA 2GJXA 1V6VA 1LL4A 2J7DA 3PZOA 1EIBA 2YOCA 1BGAA 3MUAA 3DYPA 1OT1A 4MAVA 3W4RA 4AISA 3DECA 4D6FA 3MSGA 3CBWA 2EPOA 3WQ4A 2WZIA 2YDSA 4U5IA 5AC4A 2A3HA 4LXFA 3NCOA 1H3GA 4AEFA 4ZFMA 1KXQA 4NSBA 1EOMA 4JHOA 3A4AA 1Q6DA 3VX1A 4CN6A 1B3XA 1KXHA 3AXHA 4ZENA 3VO0A 4UCFA 2J4GA 3UG5A 5E70A 2XSAA 3EYPA 5CGTA 2X0HA 2V3DA 5JIWA 4AZCA 1MXGA 5ABHA 3AIQA 1QNRA 4XX6A 2XIBA 4IM4A 5C70A 4JFTA 2WC3A 3AQUA 3L4UA 3WDIA 4B9ZA 2JEQA 1E72M 3I3BA 4GI9A 4M1RA 2VTFA 3L4VA 2ZUTA 1RD6A 3BXWA 1JI1A 2WW5A 3NDZA 3GBDA 4RE4A 1CPUA 4JKMA 4B15A 2CHNA 2PWEA 1E40A 1ZBCA 2DSUA 1QI5A 2VZSA 1JXJA 1GQJA 4JKLA 1EDGA 1QNSA 1XD1A 2O9PA 2CHOA 3VMOA 1KQZA 1H1NA 1FP8A 2XWDA 2ZWYA 4YN5A 4F9JA 1V08A 3PZVA 1UH4A 3AMGA 3WMSA 1VIWA 3UR7A 2QMJA 2DIJA 3AZTA 3NUKA 2BXZA 3AHXA 4GZIA 1MVYA 7TAAA 2B31A 4MADA 1V0NA 5CG0A 2DQXA 2YL6A 3GM8A 3CHDA 3MANA 1OGSA 4D6JA 4CGTA 5CSUA 5JBDA 2YLLA 2W5FA 6CGTA 3WD1A 3BLPX 2CESA 3BLKA 1UWIA 3W28A 2WMIA 4W8BA 4D6HA 4TX8A 5JBEA 1SYTA 1CEOA 5M5DA 1HXJA 4YHGA 1B90A 3W29A 4D72A 2JE8A 1IV8A 3W0KA 2WCGA 5BRPA 2VI0A 1R7AA 4AD0A 1OCQA 2VQUA 1TZ7A 2VX5A 3SUUA 3BH4A 4UTFA 3WH7A 4H8UA 4S3KA 5D9NA 2FH8A 1MYRA 2WWDA 3U7BA 5A6BA 1E4IA 1ODZA 4UQEA 2WCAA 1UD6A 1LG2A 3CH9A 3WD2A 1ISYA 1GOQA 4GZEA 4TUFA 3SCVA 1K9DA 4AYSA 1WDPA 2WYSA 3W81A 3IJ7A 1UWRA 3VD5A 1ESWA 4LQ1A 2BY1A 3EMCA 1JZ5A 1XC6A 1G0CA 4QLLA 3LPOA 3SIMA 4RE2A 1TR1A 4C7DA 1BG9A 1E71M 3THDA 1HL9A 3N13A 8A3HA 2QLYA 3HJEA 3GZAA 2ZWZA 4JL2A 1LJYA 1JAEA 1W3JA 2ZUUA 2UY2A 3SUTA 1GW1A 1JDDA 4CCEA 3AS0A 4F8XA 5A6AA 1K9TA 2DT0A 1JD9A 1CECA 2VX7A 3VINA 3VD3A 4NRRA 4FLSA 2F61A 1TA3A 4DM1A 1QOXA 3ARSA 1NOWA 2CBVA 3VIOA 1AMYA 5A6JA 4OOUA 2VUYA 5C8BB 1HJQA 4HOWA 2CYGA 2XYLA 3I3DA 1NQ6A 1CXKA 4EANA 5GNXA 1JZ4A 3WNLA 2FHFA 4CD8A 3PZIA 4PYSA 1B3VA 2NT1A 2VZUA 1MFVA 1E3ZA 5AYIA 5CGMA 4TVCA 5FL1A 2WBKA 4D6DA 5FD0A 2Y8KA 3DHPA 4PMVA 1JZ6A 1FHDA 4LYRA 1W9XA 3UR8A 2WSKA 2PBOA 4GI8A 2FHCA 1UH2A 1KXTA 1BYAA 3AHZA 3NJ3A 5HBFA 2WNWA 1XSKA 4GI6A 4W86A 1CXFA 3GXIA 4QFUA 2XJ7A 2AMGA 1EHAA 3VIJA 2C0HA 4MB5A 1VEOA 1B3ZA 2D24A 1CTNA 2VCBA 2GDUA 4PMOA 4AWEA 1KBKA 3W6MA 2J74A 1QHPA 3E1F1 4ATWA 4LYQA 3M7SA 1WZAA 1DP0A 3AYRA 4JHZA 1C7SA 3WSUA 3L4YA 1GHSA 4M24A 1LG1A 1FHLA 4JCLA 3ZSSA 5AYBA 3CHEA 1JYNA 3MS8A 1CGUA 1MWOA 3KWXA 1GOWA 2TAAA 2GJPA 1QBBA 3LPPA 2EBNA 4OBSA 3AIRA 2OLHA 1E3XA 2EPNA 3WL0A 3OZOA 5D9OA 3W25A 1V6UA 2QF8A 4J7RA 1VF8A 1TFVA 4V27A 2BHYA 1L0PA 3B9EA 3MUY1 1JF5A 3MUZ1 4EAMA 2VJXA 5LA1A 3AISA 1M7XA 1JFHA 1VJSA 4P7QA 3WY1A 1BYCA 1PAMA 1XV8A 1IZKA 1GOMA 1V3LA 2G41A 2F2HA 1WKYA 3UERA 3PZTA 4PBGA 3WUFA 3L2MA 1G01A 4PTXA 3N1AA 3WDJA 2XUCA 1TG7A 1C93A 1OD8A 1ZB5A 4AD5A 2CEQA 1NARA 3T0DA 4M81A 4W8LA 3AS2A 4BA0A 5I24A 3ZMRA 1XGZA 1E6SM 1GUVA 1XCWA 3WQ8A 1UR4A 1Q4NX 1GONA 1ODUA 3ZOAA 4JIEA 4B9YA 5A6SA 2BS9A 3UG3A 2YL9A 5DF0A 1B1YA 4HOZA 3K8KA 1AQ0A 1WPCA 1G1YA 1KWGA 1WZKA 2ZUVA 2WC7A 4AY1A 1UG6A 1R7OA 4PSPA 3U5YA 3CO4A 1JZ8A 2CERA 1FFQA 1BAGA 2WMKA 2YA0A 1V6YA 2J75A 2WHKA 1CGWA 4OBRA 1VEMA 2WB5A 4TX6A 1E0VA 4AZHA 2Y5EA 3NSMA 4PN2A 1C8QA 1EXPA 1VAHA 1C7TA 1N82A 2IUZA 3T08A 3WD4A 3CUFA 4AD1A 5BXRA 5FIPA 1CLVA 1W2VA 2WCSA 4TOQA 1VB9A 4PCTA 1H5VA 5A1AA 2ZX5A 2JF6A 4M80A 1VJZA 3GNPA 1R87A 3VX0A 3WIJA 4W5ZA 4EE9A 5I23A 1TMQA 2XSBA 3GTNA 2WMJA 3AMCA 1M53A 3FW6A 1F4AA 4PEEA 5C71A 2BY0A 5HDRA 4AIEA 1C90A 3N04A 4P8VA 2J79A 2W67A 2YKKA 1ECEA 3BMVA 2NW0A 2EPKX 2G3JA 3AIWA 3VD7A 4F79A 3NSXA 1W1YA 4DWSB 5I79A 1W1PA 4Y7EA 4W89A 3WDHA 1UZ4A 4KRUA 2BFGA 4X0VA 1HJSA 1KXVA 2ESCA 1E4NA 1OSEA 4V28A 4Q22A 3CUJA 3ARUA 1JYXA 4D6IA 3IJ9A 2YDQA 3WNKA 1V3HA 2QMKA 2JEPA 4PTMA 5CJ5A 5E09A 3IAPA 4BS0A 4CN4A 2HISA 1WCGA 3F5JA 5ECUA 1M03A 1M01A 1S46A 1M04A 4B16A 3ZJ6A 3MMUA 5E0CA 3VIGA 1RP8A 2CXGA 2OWWA 3CZJA 4GPNA 3FY1A 4JFSA 4IISA 2ZX7A 4JFVA 2E40A 5HPOA 1K6AA 1K9EA 1NWRA 3OLGA 2DSZA 1EDQA 4PMYA 5CPTA 3ARZA 3NDYA 4KGLA 3QGVA 3U57A 1DWIM 3A4WA 3U5UA 2AAAA 2Q8XA 3UCQA 2WAGA 1H0GA 2XVNA 2VRKA 4WKHA 2EQDA 2WMGA 3WBEA 3WQWA 1VFMA 4PSRA 2YLAA 2DDXA 1FOBA 1HKKA 3AJ7A 3VGEA 4HP5A 4Z2IA 4FK9A 4MPKA 4CCDA 3RM9A 2G3NA 2EEXA 2W91A 1VRXA 1UKOA 3ARPA 1W3HA 1UHVA 3QR3A 2E9LA 2XTKA 2XHYA 4J3UA 1Q6GA 8CGTA 1CZ1A 2YBUA 4H41A 6TAAA 3PZUA 3CUGA 3VOCA 1GJWA 4BF7A 4HZ8A 1HVQA 3OLEA 4DUVA 3PTQA 3VMPA 3WEZA 4MNKA 1HJVA 2E8ZA 3SUWA 3VGFA 3EDKA 3W26A 2VVNA 1QNQA 2VQTA 3ZR6A 1E15A 2CKSA 1WO2A 1GJUA 3A6OA 3RMEA 4TTGA 1KCLA 2PBGA 2EPLX 4CD5A 1JL8A 3D3AA 3T09A 3K8MA 3TTSA 4JCMA 4AXNA 1AQMA 1X6NA 2CITA 2FGZA 1AVAA 4QAWA 4PUEA 1QI0A 3GH5A 4J3TA 2G3MA 3L2LA 1GVYA 1QHZA 2OYMA 4L4PA 4P7LA 1L8NA 4M56A 2YL8A 4XZBA 3WUBA 3BAWA 3VDAA 2WVTA 3WUEA 1X1NA 4QCFA 4EKJA 3HMCA 2ZXQA 4AMCA 5I0DA 4E4PA 1UZ1A 2GFTA 3AXXA 2J7CA 4F9DA 3T2OA 1TCMA 4D1IA 4EK7A 1QNOA 5M17A 1UUQA 4C7FA 2ZX6A 1HKJA 5AC5A 3PZQA 1KR0A 1LQ0A 4DUXA 3FAWA 1O6IA 3VD9A 3OA5A 5JUVA 1NOFA 1DTUA 4AD4A 2J7HA 3VU2A 3AS3A 1I1XA 3QOMA 1RPKA 4MJ4A 3RM4A 4AIOA 1SR0A 2J7EA 4J3SA 1TE1A 2EJ1A 1QVBA 1Y7VA 1KGUA 1UR2A 1US3A 5A8NA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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