2XSA | Genus

Total Genus 166

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	166
sequence length	447
structure length	443
Chain Sequence	MLTGVIEGFYGRDWRRDERATVMDWIAAAGMNTYIYGPKDDVHVRARWRVPYDAAGLARLTELRDAAAARGMVFYVSLAPCLDVTYSDPQDRAALLARVDQLARAGLRNLVLLFDDIPSVLPEADRHRFDSFAEAQADLSNMVLRHLRGAGHVVFCPTEYCGRMAGGDPRGSAYLQRLGSTLDPAIDIFWTGPEIVSEEIVAAHLAAVGEVLRRRPVIWDNFHANDYDIRRVFAGPLGGRSRDILPLVAGWITNPNNEAEANFPAIHTTGAYLADPDYAPERAIAAAVAAWQPRFRLAFGDGAVPSDLVALLCDLFWQPFALGPETTRILSALRAALTVPRPDPSDPAWRAALEDLRDLKRRINKLFTLMTEIENRDLFHTFHNYLWEAQEEVGHLVAYCDWLDEAPPPGAVFPATNFYRRGFGVAVQDILQRDRQGRYHHGV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Human Oga Binds Substrates in a Conserved Peptide Recognition Groove. pubmed doi rcsb
molecule keywords	HYALURONOGLUCOSAMINIDASE
molecule tags	Hydrolase
source organism	Oceanicola granulosus
total genus	166
structure length	443
sequence length	447
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2010-09-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.240	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	STAT; domain 1	2xsaA02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2xsaA01

4P8WA 3RM9A 1WDQA 5I23A 1VF8A 3W26A 4J27A 1B1YA 3M7SA 4J3XA 3SUSA 3AHTA 1ESWA 1JAKA 2JF7A 1H1NA 3VIOA 3NYDA 4KGJA 4H41A 5IDIA 2YKKA 3RILA 2WC7A 5GNZA 4PTWA 3RIKA 1WNOA 2J47A 2VX5A 1QPKA 4B9YA 3UG3A 1PZ3A 3A3HA 3POHA 1W3JA 5D9PA 2WVVA 1W3HA 4NF7A 1EQCA 1DP0A 5BWFA 3VILA 4P7NA 1W1TA 2UY4A 4PSPA 3WNLA 1R85A 2D3NA 4MJ4A 5LA1A 1V03A 3N04A 4UOQA 4GINA 1KBKA 1XC6A 2V38A 1M53A 4KRUA 2XIIA 2DSZA 1ZBCA 1H41A 5IHSA 2WB5A 2VO5A 1W9DM 3AXIA 1KGXA 5D9OA 4FMVA 2GVYA 1XRVA 3WDHA 2WBKA 1WE5A 3WENA 2W5FA 1EDGA 3VNZA 2YLAA 3T2QA 3MUAA 1PAMA 3BCDA 3WQWA 4YPJA 2VJXA 1WCGA 1E0WA 1US3A 1NOUA 2Y2WA 4IM4A 4Z2IA 4HPHA 2JE8A 1GQLA 3PZMA 3TTOA 1H5VA 1DWIM 1E55A 1H2JA 3WNKA 4E8CA 4MDOA 4Q22A 4PYSA 3FY1A 1GOQA 4HMCA 1UWUA 2WSKA 4P7RA 4U33A 1UKSA 3AYRA 3CUJA 1V02E 5A2AA 2BXYA 3TP4A 1J18A 1B2YA 1M01A 1WB0A 3CMJA 3WF3A 4D72A 1OGGA 2QV4A 4ACZA 2XFYA 3PZ9A 2DEPA 2DT3A 2VVNA 1GQIA 3W6LA 5A6LA 1MXDA 3ZR5A 4FLRA 3ZOAA 2FDMA 4S3KA 3MSGA 4WJXA 3VIPA 1BYAA 1KGUA 1ISYA 3BSHA 3W38A 1E15A 3WFLA 1K9DA 1OINA 2WC3A 3CZ8A 4EANA 1E3ZA 1BAGA 5LA2A 1U2YA 2VT0A 4MB4A 4AW7A 8CGTA 3A6OA 5ABHA 1FOBA 4ZXLA 1CGWA 3CHDA 4ZENA 1QVBA 2YA1A 2V3DA 3MUY1 2X2YA 4YHEA 4DWSB 1V3MA 2QF8A 1LL4A 4AXNA 4JKLA 4CU7A 2Q8XA 5E09A 4ATLA 4NRSA 3WD2A 1E71M 3WEMA 3ARPA 1V3LA 1JF6A 1MQQA 1XSIA 2VX7A 4DWSD 5CG0A 2BY3A 3MUIA 2WHKA 3EBVA 1CENA 1GOWA 1RD6A 3THCA 2FGLA 1UWIA 3T0AA 3NCOA 4W86A 4UZUA 3AS0A 1EH9A 3SCWA 3PHAA 2X1IA 2FGZA 1HXJA 1CNVA 3SUTA 3PTQA 4WK9A 5E9AA 3U7VA 3W4RA 4HTYA 4TVDA 4EE9A 4UOZA 2WLZA 2V3GA 1Q6FA 4JIEA 4R27A 4OBSA 4ZEPA 1Q6GA 2YDRA 2GK1B 4AYSA 5EFFA 1KGWA 5I3DA 1UR8A 2PWEA 2WKGA 1GVIA 4CCCA 3NIYA 1GVYA 1M04A 3ZM8A 4P7LA 1GHRA 2DSKA 3OLDA 2A3BA 2XTKA 5CZKA 1J9YA 4D6CA 2C8NA 1PX8A 1TZ7A 4QCFA 1OWQA 2YL8A 1OT2A 4ZE5A 3TTQA 2G41A 2A3AA 2WMIA 3AMCA 4J7RA 4JKMA 3UESA 1J10A 1UH4A 3SCTA 2QHAA 2QMKA 3MMDA 2EPMX 6A3HA 1GCYA 1EDTA 4BF7A 3VNYA 2YDSA 3T0DA 1OIMA 2YA0A 4HP5A 3T2PA 3EDEA 1EXPA 3AZSA 2ZICA 2B31A 2FH6A 1XSJA 3SUVA 4UCFA 4OJYA 1JYXA 2V5DA 4HZ8A 1BSIA 1HJUA 5EB8A 3OIHA 3ARZA 1W1PA 2G8ZA 1HJVA 5CPTA 2GJRA 3BLKA 3L4UA 4PRWA 3TOPA 5CQ1A 3WIJA 1JDCA 1CGYA 1K9TA 1CXIA 3F4VA 3W82A 2PWDA 4U5IA 4UOJA 1ISVA 5BCAA 1W9XA 3WQ8A 1TFVA 3KZSA 4XUYA 4GXPA 1BFNA 2J7DA 3ZSSA 3AXHA 2NT0A 2F8QA 4UFMA 3AIQA 3RDKA 1HNYA 2VNCA 1SYTA 4TOQA 1XCXA 5AC5A 1E3XA 1FA2A 2WBGA 1QBBA 4AIOA 3M46A 3VIKA 1DWFM 4DWSA 3WSUA 5A2BA 4PTVA 3GXDA 1KQZA 1EOKA 3WQ4A 2JEPA 4PMXA 1QNQA 2G3JA 2DDXA 2WVUA 4UZSA 3E1F1 3AHXA 2X0HA 1AQ0A 1LJYA 1UKQA 4X9YA 4RE3A 2ZUVA 5E0FA 2A3CA 2GDUA 1HN1A 2UY2A 3ZJKA 1W3KA 1VFMA 2HVMA 2WWCA 3VD7A 4PMVA 4MNJA 1BLIA 1OD8A 1ZS2A 1G01A 1ZBWA 2WZIA 4BS0A 3OLEA 1E4NA 2VCBA 2EPNA 1E6ZA 3PTMA 3B9AA 4CU6A 1V0NA 4JL1A 1JIBA 1N82A 3A4AA 5FL1A 3VGDA 1E0XA 2AAAA 1OCQA 3WD3A 3EYPA 4OOZA 5EMYA 5A6BD 4AD1A 1PX3A 5BYWA 4YHGA 3M07A 2ZWYA 3AI0A 4LYPA 2D1ZA 2E4TA 1HJWA 3WELA 1UD6A 2G4FA 1BGGA 1HT6A 2VZVA 3HJEA 2BHUA 2PWFA 3VOCA 1IT0A 4BQ3A 1YHTA 1US2A 5I2UA 1GONA 2WM0A 3WQ5A 1CYGA 4ZFMA 1YQ2A 1UD3A 3PZNA 4MADA 4HOZA 2WAGA 2VCCA 2BS9A 1V6WA 4F8XA 1JDAA 3CUHA 3BCFA 4MB5A 1V3KA 2J7CA 3CZKA 1QHZA 2WMKA 2DGAA 4A3HA 5LA0A 4JFVA 4UR9A 4KMQA 2XVGA 1EA9C 3AMDA 3BGAA 1JZ6A 1SMAA 5GPRA 1EIBA 1C91A 1UWSA 3OBAA 5GNYA 5IHRA 1W1VA 1V3IA 4JFUA 3BC9A 1TE1A 2FHBA 4ZXOA 3W6MA 3VM7A 2WZHA 1GJWA 4F9JA 1X6LA 3IANA 1BYBA 1D7FA 1QI4A 1MW2A 2AMGA 3WDIA 4BQ2A 3K4AA 2JEQA 1IV8A 1Q4NX 4PMOA 4PEEA 2G3MA 2DPEA 1VFOA 1BVZA 3OLGA 1GPFA 1WZMA 3RM4A 3VKKA 3PZOA 2VOTA 4H8VA 2IXUA 3QOKA 1BF2A 3VDHA 2CPUA 1NWTA 3OA5A 3WDQA 2ZUNA 3AJ7A 3NUKA 3L4ZA 1F4AA 3SCUA 2YA2A 3PTKA 5BXTA 3WH8A 1NOFA 4CN4A 2D0HA 5CPQA 3VX1A 5IFTA 3CH9A 1HVXA 4AC1X 1CDGA 2E9BA 3PBGA 3N13A 4HA4A 4W89A 3WDJA 4DM2A 2IUZA 4FF5A 2W67A 2ZX5A 1UWRA 4AEEA 2XFRA 4JFSA 4M56A 2RGMA 4BQ4A 2PBGA 5A6BA 5A3HA 3F5JA 4HU0A 1E9LA 4QFUA 3ZO9A 4HOXA 2YL9A 3RJYA 3GNRA 1C8QA 1C7TA 3KL5A 4EAMA 1EHAA 2WW5A 3CO4A 1G5AA 5JBFA 4D6DA 2D3LA 5BXSA 4GI9A 2J8GA 1QNRA 1JNEA 4TTGA 1HJXA 4CVUA 1O7AA 4YN5A 1LQ0A 4Z2LA 5A6AA 4PTMA 2CBUA 1UG6A 5EBAA 2JF6A 3VM5A 1JNDA 2FHCA 3WF4A 1V0MA 1TVNA 1LL6A 1UWQA 1W91A 3VX0A 3WF1A 4Z2HA 4UQBA 2J7FA 4RE4A 3WH5A 3EMCA 5FOOA 3CUFA 3BSGA 3NSMA 1EQPA 2XYLA 3K1DA 1C8XA 2D0GA 4AD0A 1IZJA 4MNKA 1BQCA 1J11A 3IK2A 3U5YA 4AWEA 3CZGA 1MFUA 4B3KA 1HF6A 1JXKA 1UZ4A 3F5KA 1BG4A 2J75A 4B16A 2WMFA 1HVQA 2D2OA 3ECQA 1V08A 3CHFA 2BVDA 1ZL1A 2ZUMA 3AMKA 2Y8VA 4AD3A 1UUSA 2IXVA 2VZUA 1RP8A 4RL3A 4LQ1A 3VPLA 1E72M 1WP6A 2EJ1A 4M29A 4UFIA 1ZJAA 2YBUA 3MV11 2C7FA 1JD7A 3OZPA 3VMNA 1NWUA 1JG9A 3MSDA 2XM2A 2JFEX 3LPFA 8A3HA 1WZAA 5HBFA 1UD8A 4LXFA 2ZX9A 5AYBA 1G9HA 1XH2A 2DSWA 4PMDA 3W28A 3K46A 3WD4A 5CXPA 3SURA 3AMGA 4C7DA 2WCGA 2WMJA 2YL5A 5DFAA 3L4TA 1QI5A 5CLTA 1EDQA 1EGZA 3ZSTA 4D1IA 1XGZA 4CVWA 4JAWA 3BAXA 2X09A 3OGRA 1VBUA 1V02A 2WHLA 2CHNA 3N11A 1KCLA 3BAKA 1GZJA 4W7WA 4GI6A 4Z2KA 4AY1A 2V3FA 4LX4A 1A3HA 2E3ZA 3KEHA 3O9NA 1XSKA 2EQDA 1DTUA 3W29A 1UUQA 3CZEA 1H3GA 4QDMA 4AD4A 4XV0A 1LG1A 2DQXA 2YDQA 5E6ZA 1D3CA 2DSUA 1CXFA 3GM8A 4CN1A 2ZX7A 1E6QM 3ARTA 3G6LA 2QPUA 1UKTA 3AZTA 4W7VA 2ZIDA 4LGXA 5LYRA 2XVLA 4PCTA 4HPGA 3AOFA 1XD1A 3AQUA 4LYRA 1OGSA 2EEXA 3GXFA 1NQ6A 2WLYA 4V27A 2D22A 3ZJ6A 3GH7A 3ZQ9A 3VGEA 2VZOA 1HL9A 2DIEA 1WDRA 1J01A 1X1NA 3SCVA 4WKHA 3MUZ1 3G6MA 2WHJA 4Z2JA 1KBBA 1W9VA 4MPKA 5IXEA 3A4WA 2E9MA 2X8RA 2Y24A 2YOCA 2J25A 3WDPP 5A94A 1ECEA 2XGBA 5D8WA 1BG9A 3BH4A 2ZUWA 4WSKA 1UH3A 3RMEA 1NH6A 2GFTA 4GIAA 4OIFA 1KWGA 4M80A 1XD0A 2E9LA 3UR8A 2CETA 1NM9A 3W53A 3I3DA 1PIGA 2XWDA 4F66A 2CITA 2UY5A 3VGBA 2BXZA 5A8OA 1MYRA 4MDPA 1GW1A 4AZCB 4JL2A 4JFWA 1JYNA 5BXPA 2PB1A 1HKMA 1W1YA 1BVNP 2J8FA 4J28A 3SCPA 1W9PA 1JDDA 1KXQA 1KFWA 1OBAA 2ZX8A 3PZVA 4CU8A 2OWWA 1K9FA 4MAZA 3AIUA 1J0HA 1OM0A 2ZOXA 2BFGA 1UWTA 3ARXA 2A3EA 1UQYA 4GQQA 2BY2A 3AS1A 4UTFA 1G1YA 3QHNA 1UR0A 1TUXA 5M17A 5CJ5A 2O9TA 4EK7A 1FHLA 2J62A 1B3ZA 1E6RA 5AYIA 4BA0A 2CCRA 2CKSA 1MXGA 2OWXA 1FP8A 2BNJA 4GZJA 5TD4A 1CXEA 5DMYA 4PTXA 2YJQA 3UCQA 3UEQA 1CGXA 9CGTA 3WNMA 3F5LA 2D23A 5A95A 1G94A 1E6NA 1JZ2A 1WAWA 1DWAM 2J74A 1VFUA 4V2XA 2G3IA 3D5HA 4CCEA 2EBNA 5GNXA 3N15A 4TX8A 3B9DA 1MQPA 5ECUA 1OB0A 4CKQA 3FXYA 4K68A 2MANA 1LWHA 3VUPA 1GUVA 1WDPA 3S6TA 4JCLA 1CXLA 3CZLA 4F79A 3CBWA 1CTNA 4ML4A 1O6IA 4JCMA 4URIA 3A4XA 1WO2A 2CKRA 1LLOA 1MFVA 1E4LA 1U30A 1UA7A 2CNCA 3FHQA 1H11A 3GZAA 1HKKA 3SCNA 2GJXB 4FK9A 3FW6A 4ATDA 3LPOA 1E6PA 4AZBA 3WH9A 4PUEA 2VVSA 4ACYA 4U2YA 1CWYA 2VUYA 5CSUA 1B3YA 1BGAA 1UR2A 5C71A 5A8NA 4OZOA 4AIUA 2DT0A 7TAAA 1FH7A 3BAJA 1AVAA 1QNOA 3WF0A 4P7QA 4KRTA 2W66A 2F61A 2Z1SA 3MU7A 4W8BA 5E0CA 1XHGA 3NSNA 1D2KA 4EKJA 3U5UA 4PMUA 3WH7A 6CGTA 4FLSA 4PBGA 1RH9A 1H0IA 4JFTA 3SCOA 2D24A 2BVTA 3VGFA 2O9OA 1UA3A 3VD5A 3AMLA 1L8NA 3J7HA 4HZ6A 5D4YA 1EO7A 2BHYA 3W27A 3ARYA 2WYSA 5HNNA 3AROA 2WXDM 2XVNA 1JFHA 1E5JA 2WVTA 3KL0A 4HMDA 4AZGA 1C92A 3GXMA 1JI2A 5IFPA 3CHEA 4V28A 2VI0A 4CUCA 2EPOA 1GHSA 2C0HA 1E43A 1KQYA 2NW0A 2BVYA 3ZT5A 1PIFA 1MVYA 3ARSA 4P8XA 1LG2A 2GK1A 3PZGA 4NZCA 1WDSA 2TAAA 3VIFA 4HZ7A 3I3BA 3W25A 4H2CA 1WZLA 3T09A 1MW3A 1TR1A 2YLLA 4PCSA 1QBAA 2XHYA 2ZUTA 3AIVA 3NJ3A 3UG4A 3B9EA 3WEOA 1EHNA 1VJZA 1GQKA 4XZWA 4A3YA 5JIWA 3AHYA 3FAXA 1UYQA 2X05A 3VVGA 2YIHA 3QR3A 3MMWA 1FP9A 1UR9A 4MAVA 5AY7A 2OSWA 3GYCA 3DYOA 1VB9A 3WUEA 4X0VA 1W2PA 4E2OA 4D6GA 3CUIA 2ZXBA 4AISA 3RM8A 1GNXA 4M8UA 2CHOA 2PF0A 1Q6DA 4XB3A 2GSJA 2NT1A 1QI0A 2D0FA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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Chord Diagram

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