2XSB | Genus

Total Genus 164

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	164
sequence length	435
structure length	424
Chain Sequence	MLTGVIEGFYGRDWRRDERATVMDWIAAAGMNTYIYGPKDDVHVRARWRVPYDAAGLARLTELRDAAAARGMVFYVSLAPCLDVTYSDPQDRAALLARVDQLARAGLRNLVLLFDDIPSVLPEADRFDSFAEAQADLSNMVLRHLRGAGHVVFCPTEYCGRMAGGDPRGSAYLQRLGSTLDPAIDIFWTGPEIVSEEIVAAHLAAVGEVLRRRPVIWDNFHANDYDIRRVFAGPLGGRSRDILPLVAGWITNPNNEAEANFPAIHTTGAYLADPDYAPERAIAAAVAAWQPRFRLAFGDGAVPSDLVALLCDLFWQPFALGPETTRILSALRAALTVPRPDPSDPAWRAALEDLRDLKRRINKLFTLMTEIENRDLFHTFHNYLWEAQEEVGHLVAYCDWLDEAPPPGAVFPARGFGVAVQDIL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Human Oga Binds Substrates in a Conserved Peptide Recognition Groove. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Oceanicola granulosus
molecule keywords	HYALURONOGLUCOSAMINIDASE
total genus	164
structure length	424
sequence length	435
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2010-09-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.240	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	STAT; domain 1	2xsbA02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2xsbA01

3BAYA 4WKFA 3RILA 4UQBA 3ZJ7A 1W3JA 1VFMA 1LL7A 4MNMA 3IJ8A 3WKZA 3MUY1 3VIKA 2J47A 4MB4A 3SCSA 1KFWA 4W8BA 1BFNA 1B3YA 4C7GA 1W2VA 2XJ7A 3T0BA 4AZCB 1V3LA 3MU7A 3WSUA 1NWTA 1E3XA 2BS9A 2YDSA 3AS3A 4AEEA 2E0PA 1JXJA 1CPUA 5BXTA 1OCQA 2E4TA 1KGXA 2XFYA 2Z1KA 4OOUA 3KWXA 8A3HA 3OLDA 4PEEA 2WHLA 3ARUA 3M6DA 5A6KA 1EDGA 4J3XA 5I79A 1XRVA 3CZEA 1MW3A 2QPSA 4Z2IA 3GXIA 2WMIA 4X9YA 1WDSA 3CZKA 3AMCA 2DSUA 3RM9A 2BY0A 2D20A 4JFSA 2OWCA 4W7VA 1FFRA 1VAHA 1V02A 1IZJA 3WNMA 2O92A 2CCRA 2J7CA 4RE3A 1X1NA 3GH7A 1JF5A 1JYNA 3WNLA 1HJXA 4AW7A 2VOTA 4Z2HA 4V2XA 2J7EA 4QLLA 3NDZA 3FHQA 3WH7A 2E40A 4P8VA 1JXKA 1TUXA 3BGAA 5IFTA 3AJ7A 2YOCA 2BVDA 4U2YA 4DWSA 3WELA 4Q22A 1UHVA 3L4WA 2OYLA 1QHPA 5GPRA 2DEPA 3VMPA 1KBBA 4UFIA 1E9LA 3G6LA 1GJWA 1J01A 1UWSA 3GH4A 1E0VA 3WEZA 2D3LA 3GBEA 1BYCA 4AD0A 5E0CA 1NP2A 1Z32X 2JALA 1YHTA 4OIFA 5JUVA 3G6MA 2JF6A 3CTTA 2Y5EA 4P7OA 1C8QA 4IPNB 1BAGA 4HP5A 5A2AA 1VF8A 4Z2LA 4BCEA 2J7HA 1BVNP 1HJQA 3VOCA 1E5JA 4AZIA 1UOKA 1JDCA 3W28A 2WBGA 2EQDA 3JUGA 1Q6FA 1UD2A 1CENA 2DSWA 3VX0A 4ACZA 1D2KA 1NWUA 4D6HA 1K9FA 2VJXA 2XFRA 3WQ4A 1W9UA 1ISZA 1XH0A 3A4XA 2XFFA 2V3EA 2VL4A 2J7GA 2YIHA 4JFVA 4UOQA 3D3AA 1C91A 4HOWA 4GI9A 2Y8VA 4NZCA 1UKPA 4RL3A 2BHZA 1V6UA 2WHJA 1SYTA 1DHKA 1FP8A 2WNWA 4W86A 3N13A 1WKYA 4Y7EA 1KB3A 1B3ZA 2WWCA 3WQ6A 2QMKA 3OLEA 3MMUA 5I3DA 3QOMA 2C7FA 1J0YA 3L4YA 1CECA 4D6EA 3PZ9A 3MUAA 1GZJA 4EKJA 4KMQA 1F4HA 3CIVA 2ZX5A 4Z2KA 2BNJA 1BVZA 4XV0A 3CUIA 3TONA 3OZOA 1VJSA 1EH9A 4P8WA 9CGTA 1R7AA 3WQ5A 3UEQA 1H2JA 2XPKA 4D1IA 3CLWA 3VIOA 2W61A 1VB9A 2ZUNA 2WLZA 2QV4A 1OINA 2PBGA 1CGVA 1OD8A 1WP6A 3OZPA 3KZSA 3NSNA 1H4PA 1HVXA 3ARWA 3PZGA 4U31A 1UG6A 3DYPA 4QFUA 3SUTA 2GDVA 1WZKA 2F61A 3VMNA 2VX6A 3ZT5A 2WHKA 1KCKA 3GXDA 1H5VA 1MXDA 1KR1A 1UKOA 2VT0A 3AS1A 4M82A 4PSPA 1DWFM 4P7QA 2O9OA 3D5HA 4W8LA 4E8CA 1GOOA 2JEQA 2JEPA 3M7SA 3ARYA 1HJWA 3PZMA 1E3ZA 1EO5A 3VD3A 3VGEA 4GO9A 2J7BA 3ECQA 3F5JA 2G8ZA 1Q6EA 5EFFA 4ML4A 2UY4A 5CZKA 5C71A 1J0JA 1LL4A 4KGJA 2J25A 4EK7A 2XTKA 1OBAA 2WZHA 5LA0A 3WMBA 2XYLA 2ZUWA 3AOFA 1DTUA 5FIPA 1V0MA 4QP0A 3E1F1 4C7FA 4HMEA 2J7DA 4MDPA 1US2A 4HPHA 1TG7A 2V3DA 1R86A 1MQRA 4PTMA 3AHVA 1HN1A 1R85A 4OBRA 3DHPA 4W7UA 1XSJA 3B8SA 1UR9A 5E09A 3WEMA 2NT0A 4PSRA 3L4UA 5A6MA 4EANA 1FHDA 3QR3A 4W7WA 3U5UA 4CVWA 1ISWA 1E4IA 2J78A 4D6GA 2WMGA 4PMYA 4AMCA 2J4GA 1PAMA 3PBGA 1TVPA 3QHNA 4F8XA 3VGDA 2WVTA 1IV8A 1GOMA 3NSMA 3T2QA 2XSAA 2XUCA 2VQTA 4FF5A 1OGBA 1I75A 3WQVA 3CHEA 3VD5A 1WNOA 2WC4A 3OGRA 4GQRA 3ZSTA 5E6ZA 1UD6A 2F2HA 3AMKA 3UR8A 3WUGA 3IANA 2ZXQA 2Y4SA 2XVPA 3TTSA 2AAAA 1HJSA 5A94A 1QI4A 4W89A 1VFUA 4AD2A 2WBKA 2DH3A 3AZRA 4NF7A 5LA2A 2J77A 2VZUA 5A69A 1KBKA 1ZJBA 3WDJA 3U57A 1MQPA 2D0HA 2Z1SA 1ISVA 4WKHA 1KXVA 1XD1A 4U5IA 3WDRA 4MAVA 3VDAA 4M8UA 3IJ7A 5C70A 2WMIB 3OBAA 4M56A 3N15A 2CBIA 3VDCA 1UKTA 4DUVA 5HPCA 4IUGA 3WFLA 4ZXLA 3U7BA 1ITXA 4LGXA 2AOSA 3IJ9A 3AIBA 3O2LA 2CIPA 4LX4A 3WQ8A 1HJUA 1WAWA 1R87A 4NSBA 3WEOA 4D6DA 2Y2WA 5ABGA 5DEZA 1ISXA 4KH2A 1H0IA 1GCYA 1GQLA 2XWEA 1E4NA 1E70M 4GINA 4DWSB 4A3YA 4H8UA 4JZ5A 1E6RA 1HP4A 4UFLA 3ARRA 5A8NA 3BCDA 5CJ5A 1UWTA 2JIWA 2EPKX 3J7HA 3WENA 4A4AA 3VGFA 3N17A 2G41A 3DHUA 2XM2A 1UWUA 1VRXA 2YDQA 2QHAA 3N12A 1C8XA 4V27A 5AC4A 7CGTA 1LL6A 3RIKA 3UERA 2WZEA 1EXPA 3WH9A 1UH3A 4DM1A 1QI5A 1IT0A 1GHSA 4LQ1A 1XYFA 2DSKA 4P7NA 1J12A 2WWDA 2XIBA 1JI1A 1GOKA 3RM4A 4MTVA 2W4XA 3MMDA 4QLJA 3VM5A 3EDFA 1UYQA 1W1VA 3WD1A 2UY2A 2WANA 3I3DA 3ZOAA 4CKQA 1M01A 1N82A 4ACZB 1TA3A 1UR4A 1OD0A 2OSXA 4AIOA 2ZXDA 1BG9A 2CYGA 1H09A 1OWQA 2V5CA 5IDIA 1HIZA 4PMVA 5ABFA 3WUBA 1NM9A 2MANA 4DWSD 3OGVA 4CD7A 3M46A 3SCUA 3CHCA 2PWFA 2OWWA 5I23A 4M81A 4WSJA 4ATWA 2DH2A 1G9HA 1GOWA 2VR4A 2ZUMA 3LMYA 1PX3A 1B31A 5CXPA 3SUVA 1J0HA 5AC5A 5ABHA 3BC9A 4P8UA 4HOZA 3FAXA 3RDKA 1V3HA 4FLOA 4YHEA 3T09A 2WC3A 4K68A 4BQ4A 2EO7A 1EQPA 5GQBA 1WO2A 4M80A 4ZEPA 4FLQA 3ZIZA 4CVUA 3K8KA 2BXYA 3PZOA 3ZJ6A 5BXSA 1JZ7A 4F9DA 3SCRA 1NQ6A 3PHAA 2VMFA 3BSGA 4UFHA 4ZE5A 3VIPA 1UA3A 2A3CA 2HISA 5E9AA 1M04A 4PMXA 4GZJA 4AXNA 2V3FA 4UQEA 1C7TA 4MPKA 4H04A 2FH8A 4L4PA 1S46A 2WHMA 5D9MA 4NRRA 4B16A 4AZ6A 1PX8A 3DECA 4E8DA 3WL0A 1E55A 1H41A 2FHBA 2GSJA 1GNXA 1W1TA 1CXHA 1PEZA 2JIEA 1QNQA 1LWJA 1QI2A 1TFVA 5JBEA 5I77A 5A6BD 1D7FA 1Y7VA 4PN2A 2DPEA 2PWEA 2Q8XA 4XX6A 4KWUA 3ZM8A 1ZBCA 4J3UA 1SR0A 1W91A 1HKMA 1GJUA 5DFAA 4PMOA 4HZ8A 2IUZA 3W82A 5CPTA 1HVQA 5E6YA 1ESWA 1SFSA 3ALFA 2FDMA 3OGSA 4D6CA 3EMQA 2DT2A 3ZR6A 2Y8KA 4MB1A 2PF0A 2WMJA 2YLLA 4TVUA 3ZQ9A 3W38A 5EFDA 1TR1A 1E6PA 3AIEA 1JGIA 3EDJA 3BAXA 1E43A 5I0DA 1TE1A 5ECUA 2ZXBA 1VENA 3W53A 1W3LA 1JZ2A 4Q7NA 1LLOA 3PZVA 3AI0A 1E71M 3BXWA 1SMDA 2CXGA 3WNPA 1CIUA 3FXYA 2EPNA 4F66A 3VDHA 4UZSA 4HA4A 1V0NA 3L4TA 3OB8A 3AYRA 1EO7A 4GZEA 2ZX9A 2YJQA 2TAAA 3VIGA 2X0HA 1W1YA 1JZ4A 1OGGA 7A3HA 1K9TA 2ZX7A 3FNDA 1QVBA 3VIHA 2VI0A 3PN8A 1V03A 1LQ0A 4PUEA 4DWSC 2VURA 1MQQA 3AXIA 3WY1A 3W26A 3TTQA 2YL9A 4NI3A 5M03A 2YA1A 3UCQA 1E1FA 1ZJAA 2RGMA 5D9PA 3AROA 6A3HA 1CGYA 2NW0A 1B3WA 5EMYA 1LF1A 2WK2A 4AY1A 2BY2A 2OYMA 2X8RA 2BHYA 3FN9A 3WH6A 2WVVA 4GI6A 1JZ6A 1AMYA 1J0KA 1I1WA 4E4PA 1KR0A 1W3KA 4U5KA 3AHTA 2CERA 4XZBA 4RE2A 4UFMA 1JZ3A 4D1JA 5IXEA 3L2LA 1OIMA 2VR5A 4F79A 3LPOA 3OIHA 3N11A 1RH9A 1RD6A 5KZ6A 2YDRA 3PTMA 5HXMA 2ZX6A 3HMCA 1GUVA 5GNXA 4N42A 5CQ1A 2XVKA 1CGTA 4ZFMA 3RMEA 4M1RA 2WYSA 3PTKA 3MS8A 2FH6A 1HT6A 1GORA 3SCPA 1ZB5A 5M3WA 4JKKA 4CU6A 4CN1A 2FHFA 1AQ0A 2W62A 1CYGA 4AEFA 4PBGA 3W25A 4GIAA 5BROA 2F8QA 3T2PA 3MUZ1 1GVIA 2DT1A 1PZ3A 4BZYA 3MV01 3MSGA 3DC0A 1U30A 4PMQA 2VC9A 1CLVA 3W0KA 3BMWA 3WDHA 3MO4A 3VM7A 2XM1A 4BQ5A 3T0AA 3PZUA 3W27A 3AIUA 4HA1A 4PTWA 1JYXA 1V02E 4UFKA 5HOSA 1OM0A 4PCTA 3RM8A 4MNJA 4X0NA 1RPKA 1G94A 3THDA 3LPGA 1NH6A 4AZCA 3POHA 4GKLA 3LPFA 4WKAA 1MW0A 3VIMA 3NCOA 1R8LA 1K6AA 1CLXA 3APGA 5HBFA 3ARTA 4JCMA 5JBDA 1JZ8A 1EDTA 2WMKA 2ZWZA 2D23A 3B9AA 4MAZA 3WF1A 4H8VA 3WIJA 1HXJA 4CGTA 3EDEA 2FGLA 1OB0A 1TA3B 4EE9A 1ITCA 3CPUA 3WNNA 4CUCA 3WF2A 1W9DM 3WH5A 1EQCA 3QHMA 1BGAA 4CD4A 2DSZA 4AC1X 2WKLA 4AD4A 5ABFB 3W81A 3CZJA 1JF6A 2GJRA 4LYRA 5HDRA 1VBRA 3BAKA 4AD3A 3GH5A 3WFZA 2YA0A 3UG3A 4J3VA 1CGXA 1LJYA 1MW2A 4L4OA 3MANA 2W67A 2JFEX 3CUHA 2J62A 2PI6A 2XGBA 1V3MA 3AQUA 1AQMA 3ZO9A 2PC8A 1VEMA 4QDMA 1J11A 4JL2A 7TAAA 3MKKA 2D0GA 1JG9A 3RJXA 1FHLA 2J8GA 2XWDA 3WNOA 4URIA 1CXKA 1XCWA 1MFVA 3PZQA 5I6SA 2J75A 2X09A 5JIWA 5BCAA 2XVGA 3HN3A 3FHAA 1MVYA 2E8ZA 3AIQA 1PZ2A 1ZU8A 1HKIA 3ZT6A 1W2PA 4EAMA 3ZMRA 1FH7A 1GHRA 1LWHA 4GPNA 1W9VA 2YL8A 2E9MA 2E9BA 4OJYA 3DYOA 1XH2A 3AYSA 2WKGA 5CLTA 4JFTA 2ZE0A 1VBUA 3GXFA 2FHCA 4A3HA 3SEPA 4F9JA 1Q6DA 4S3JA 2YL6A 3DYMA 3SUSA 2WCSA 1DEDA 3VGHA 2ZUUA 3MMWA 1SMAA 4U2ZA 1JYWA 4WLCA 1G1YA 3T2OA 3VMOA 4FMVA 2VQUA 3SCWA 1C8YA 4X0VA 3CHDA 2G3IA 4W5UA 3EMZA 1MWOA 1XV8A 2DSVA 2CBJA 1G5AA 2VCCA 1V3JA 1JDDA 3K8MA 5D4YA 8CGTA 2EPLX 1FA2A 1WPCA 3W37A 3RJYA 3N9KA 5C8BB 1E6XM 2PB1A 3KL5A 3L4VA 4E2OA 2XGIA 1NP0A 4PMNA 2OYKA 5CGMA 1EHNA 1UKQA 3N1AA 5CPSA 1ZBVA 4CCEA 3WL1A 4GO8A 3SCNA 3TTYA 2ZOXA 3WDPP 1PIFA 1W32A 2X05A 1H49A 1WB0A 1OGSA 5IFPA 3L4XA 1ZBWA 2E9LA 1TMQA 2DT3A 1ZBKA 1ZS2A 1KCLA 3PZTA 1FH8A 5CPQA 1V08A 3SCVA 3IK2A 2CKRA 1B90A 1CXEA 2A3AA 2D0FA 4OUEA 3SCTA 4HOXA 1YQ2A 2PWGA 3AXXA 1XC6A 2EXOA 5FL1A 1UUQA 2UY3A 3BMVA 2EBNA 4PMUA 1QHZA 3FW6A 5JIPA 3AS2A 5GNYA 1I1XA 3W4RA 5JBFA 3WD4A 3W29A 5I78A 1K9EA 4TUFA 1QI0A 4HZ7A 4ATDA 1DWGM 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3AMLA 3AIRA 3SUWA 4JCLA 3AZSA 1EOKA 4J3WA 1J9YA 2XVNA 4PMRA 1P6WA 1UUSA 1GOIA 1KWKA 1U33A 5DT7A 1ISYA 2GDUA 4HTYA 3CH9A 4TXEA 5HNNA 1C93A 3L4ZA 1NWRA 3WD2A 3OLIA 2G3NA 1UQZA 1Q6GA 3ZT7A 4JFWA 3A4AA 3VINA 2ZUSA 1W9XA 2ESCA 4JL1A 3F5KA 3OLGA 3B9EA 2WZIA 2O9RA 4UOZA 4HMDA 5D9OA 1XSKA 3BLPX 2DDXA 4TVCA 3SIMA 4B15A 4UOJA 5BXPA 1E40A 4N0RA 3M07A 3CUJA 4DUXA 1HX0A 1QNPA 3VIJA 2QPUA 2ZIDA 4UZUA 1CGWA 1XYZA 3ARVA 4ZXOA 2ZX8A 3UESA 2JF7A 3UR7A 4ACYA 3VPLA 4J3SA 1B9ZA 3VO0A 2WLYA 3VKKA 3IAQA 4FLRA 3VTRA 4FK9A 3NSXA 1WZAA 1VJZA 1KQZA 1BGGA 3W6LA 4WIWA 2CETA 2OWXA 3FAWA 1UQYA 1DWJM 2BHUA 1M7XA 3UG4A 4AD1A 1HL8A 4YHGA 2NT1A 1X6NA 2BY1A 2WAGA 1B30A 3QHOA 2EJ1A 2J8FA 3T0DA 1E4MM 1QBBA 4LPCA 1O7AA 4WF7A 3U5YA 2WM0A 2D22A 3UG5A 1C3FA 2GJXA 1MYRA 1V6WA 1UR1A 2V38A 5LYRA 3MSDA 1HF6A 2UY5A 4HA3A 5DO8A 3O9NA 1Q4NX 2C0HA 1V0LA 5IHRA 2X2YA 4P7RA 2VRJA 3EBVA 3EYPA 4LXFA 2OSWA 1FFQA 4H41A 1F4AA 1L8NA 3GNRA 4JHOA 1PIGA 3LPPA 4BA0A 3I3EA 1B3XA 2E3ZA 1MXGA 1V6YA 1GONA 1GQJA 4MNLA 3VVGA 4QCEA 2XIIA 3VILA 3K1DA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2XSBA

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