2YDQA

Cpoga d298n in complex with hoga-derived o-glcnac peptide
Total Genus 236
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
579
structure length
579
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDNIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synergy of Peptide and Sugar in O-Glcnacase Substrate Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Clostridium perfringens
total genus 236
structure length 579
sequence length 579
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2011-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2ydqA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ydqA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2ydqA01
1OIMA 3OZPA 1UD6A 4KWUA 1G94A 1QW8A 1OINA 3AIUA 3WD2A 3FAWA 2FDMA 1JZ3A 3WQ8A 5D8WA 5M17A 4ZFMA 4J7RA 1D7FA 2RGMA 2WHJA 1MVYA 3BGAA 1PX4A 2JF7A 4PMRA 2WKGA 2BHYA 2W63A 3AMDA 2DIEA 2V38A 1V6XA 2VRKA 4N0RA 5IHRA 4P8XA 1NWUA 1H11A 1OM0A 2VRJA 2BVDA 1CGTA 1KXHA 4CN6A 2EQDA 2WVTA 4UFHA 4JKLA 3THCA 5CQ1A 3A3HA 4MB1A 5C70A 2CKRA 1ISYA 1SYTA 1UQZA 3PZTA 4LX4A 4JCMA 3SUWA 1ZBCA 3FXYA 2F61A 3WL1A 5EB8A 1QI0A 5DMYA 1E4MM 2VI0A 4E2OA 1QNPA 1UKPA 1GQKA 1JD9A 3SCRA 3BSGA 4PMUA 4W7WA 1IZKA 3OA5A 2O9OA 4P7QA 1WZMA 3WF2A 1XSKA 4HU0A 3AS2A 3QHNA 5E09A 5CPSA 1WZKA 2GK1A 1UZ1A 1US3A 4U5IA 1KQZA 2O9PA 3VGBA 5IXEA 1J12A 2Y2WA 2D24A 1VBRA 4C7GA 1E73M 5CJ5A 1PX3A 3GXDA 1PEZA 4P7OA 3FAXA 1KR1A 4XV0A 1FFRA 4D1IA 4D71A 4D6HA 3T0AA 4AW7A 3KWXA 1UH4A 2YL5A 1E9LA 1GHSA 1GVYA 5I24A 3VIOA 4PMVA 3CHCA 1EH9A 5ABFB 2OYMA 4KRUA 5A6SA 4IM4A 2XSBA 3WUGA 1Q4NX 4Z2KA 5BRPA 1GW1A 3VGHA 2CCRA 3MV11 2YA2A 4CCCA 4FLOA 3OGRA 1E70M 1KR0A 2DDXA 4P7LA 4CCEA 2ZE0A 4ATLA 3GH4A 3ZJ8A 1JZ2A 3AS3A 4W93A 2JEPA 1UYQA 4AEFA 1R86A 4MNLA 1RPKA 2WCGA 2A3AA 4LPCA 3VOCA 4QLLA 3K8KA 1JL8A 3VDHA 2D2OA 3AIBA 3CO4A 1TMQA 4UNIA 4X9YA 4UCFA 1FHDA 4AZ6A 4JKMA 3AJ7A 3SUUA 3SCVA 4V2XA 2EPOA 4E8DA 1EO5A 3VPLA 2VO5A 3AHZA 2EJ1A 3G6LA 2YLLA 1U2YA 1R8LA 4W88A 3RJYA 3PZVA 4U31A 3VO0A 4P8UA 1C92A 4OOZA 4C90A 3WMBA 3WF3A 2J8FA 4TTUA 4RE3A 1CENA 2JALA 4U2YA 1KWGA 4HA3A 2WB5A 2DSWA 4DWSD 2AOSA 2JEQA 1UR2A 1VBUA 4HPHA 1R85A 4PUDA 4CD8A 1V3KA 5AYBA 4TUFA 1H09A 1E5NA 3KL0A 3AICA 1VB9A 3AHTA 1Z32X 2WC7A 3ALFA 3VMOA 5M03A 1TUXA 3AIWA 3A47A 1E1EA 2PC8A 1NWSA 4DWSA 4RE2A 1M04A 3CHEA 1UKQA 4GI9A 3WDHA 3AI0A 5AY7A 3T09A 3II1A 3L4XA 1J10A 3I3EA 3T08A 2OYLA 4B15A 3OIHA 2RGLA 2ZUSA 1HX0A 1GZJA 9CGTA 1SFSA 3N17A 1BHGA 3ARSA 1CXEA 1MXDA 1W9UA 1C8XA 4KRTA 4H8UA 1E6SM 2XSAA 3WMCA 5GNZA 3W29A 3W24A 1HJWA 3MUAA 4F8XA 4MTVA 4KGJA 3WNLA 1W2VA 3CUFA 5M5DA 4WKHA 2OWCA 4MNMA 2EPNA 5LA0A 1US2A 2XHYA 1NP0A 1MFUA 4UQBA 2D1ZA 2OWWA 3BAJA 3B8SA 4AWEA 3W6LA 1OGSA 4AIOA 2G3NA 1HJQA 2CHNA 2BVYA 1FH8A 3VGGA 2WVSA 2CIPA 4KH2A 2BVTA 4ACZA 4PMZA 3VD5A 1E1FA 3L4TA 2WMIA 3PBGA 3F4VA 1V3HA 2YL9A 4ML4A 3BMWA 2WMFA 1CGWA 4GZEA 1KB3A 4NRRA 3B9AA 1C7TA 2VCAA 1FHLA 1PAMA 1EDTA 1FA2A 5DFAA 5C8BB 1C93A 2PWEA 1E6QM 1KXQA 1OB0A 4UOJA 3W28A 4N42A 1J11A 2CETA 4Z2LA 1GUVA 1B30A 5CLTA 3MUIA 1NH6A 4DM1A 4WSJA 4U2ZA 5BXRA 3MS8A 2WKLA 3T0BA 3MMUA 1B31A 1VRXA 3GBEA 3EDEA 1EDQA 3AMCA 4CD6A 3WF4A 1EGZA 1UH2A 2X8RA 5D8ZA 5JIWA 3T2OA 4W5ZA 4OOUA 4QFUA 4HMEA 3AIRA 4YPJA 3N15A 4ZXOA 3UESA 1FFQA 3WF0A 4M8UA 4BZYA 2VX6A 2DH2A 2GUYA 3LPFA 5BXTA 5CXPA 2J7BA 4BF7A 2XFRA 2OSYA 1EXPA 1F4HA 2JIWA 5A6MA 1O6IA 3GXMA 1CXIA 4B3KA 1WO2A 1OT1A 3QGVA 4WSKA 3IANA 3QOKA 1RP9A 5FIPA 1V6YA 3WBAA 1ODZA 1E6XM 2E9MA 2FHCA 2J78A 4L4OA 1CGYA 3BAXA 1B0IA 1GQLA 2DSKA 3RMEA 3WFLA 3T0DA 1CWYA 4IPNB 1CGXA 1HNYA 3ARYA 4MAVA 3ECQA 1ZJAA 4D6IA 1X6LA 4PSPA 3KZSA 2BHUA 5I6SA 3QOMA 4J3VA 3CUGA 1LF1A 2WVVB 5A8QA 1AMYA 3WH6A 4HZ7A 3WNKA 4MPKA 5HXMA 3WDPP 1V3IA 1W9XA 3ZR6A 2FGZA 3NDZA 3VM7A 1BYCA 3PHAA 5HPOA 1UA3A 1VAHA 2JE8A 4FMVA 4PEEA 2EBNA 3WEMA 3K1DA 4JL2A 3AFBA 4OBSA 2IUZA 4PMQA 2YDRA 1UKOA 1B3VA 3KL3A 1KGXA 1QBBA 3AIQA 1HT6A 2XGIA 3VX0A 4UZSA 1CXHA 1VEPA 1CXKA 1D2KA 1QBAA 4A3HA 3CUJA 3RPMA 1J0ZA 4YHGA 1HN1A 4ATDA 2C0HA 2AMGA 1EHAA 3WQ6A 4OZOA 2G3JA 5FOOA 2OLHA 2J7GA 5A6BA 3DYPA 3UERA 3VIHA 3ARTA 5D9PA 1RP8A 1B90A 2WPGA 2EPMX 1PIFA 2WWCA 3EDJA 1QOXA 1JFXA 1H0IA 2WC3A 2YA1A 3L2LA 3DHPA 4IUGA 4IISA 3EBVA 1I1WA 1ODUA 2J4GA 1KGWA 5A6LA 3S6TA 3OB8A 1C7SA 1JDAA 3WL0A 3GXFA 3MANA 3PTKA 4FK9A 4JFVA 4Z2HA 2BY0A 3U57A 1CIUA 2A3EA 1QVBA 2FGLA 3OGSA 2QPUA 2W91A 1RD6A 1VF8A 2JIEA 4PTMA 4AZCA 4FF5A 3CLWA 1GOWA 4A3YA 4MNJA 3SCQA 2HVMA 3GBDA 3BLPX 3DECA 4J3UA 3F5LA 4PMDA 3CMJA 5JBFA 1KWKA 5LA1A 3M6DA 2YA0A 1W1YA 1AQHA 3W26A 5EFDA 3IJ9A 4LGXA 1HKKA 5A2AA 1GOKA 4J3XA 2C8NA 4H8VA 1E4IA 2BY2A 1IZJA 1UG6A 1ITCA 4CU6A 3N13A 3WN6A 4C7DA 3RIKA 1ZU8A 2J62A 1HKJA 4PTVA 2DT0A 2ZUUA 2VZSA 1UZ4A 4GQQA 1ZBVA 2WBKA 3B9EA 2PWFA 1E4LA 2UWFA 5GQBA 3W81A 1B1YA 1H4PA 1U30A 5AYIA 2WYSA 1S46A 1EDGA 4AD0A 1TA3B 4L4PA 5A8OA 2YIHA 2CNCA 3UG4A 1OD8A 4BQ4A 4AISA 3ARZA 3OLDA 2X09A 4ACYA 3RO8A 3VGDA 2HISA 4V28A 1R7OA 3AZRA 2W5FA 4M56A 1J0JA 5LYRA 1GJUA 3PTQA 3AHYA 3N18A 1E55A 3M7SA 1NARA 1UD3A 3WQ5A 1ISWA 2W66A 3W25A 1K9EA 4BA0A 4ZE4A 3WEOA 4W5UA 5A3HA 2UY4A 2VTFA 3VVGA 2DT2A 4MADA 3VNYA 1V6WA 1PJ9A 2PWHA 1B3YA 2E8ZA 1CECA 3PZIA 4X0NA 4XUYA 4ZE5A 5A6KA 2NW0A 1BG9A 2DGAA 4AIUA 3WNMA 3W4RA 2V5CA 1XCWA 2CESA 1W1PA 4V27A 3AHXA 1XSIA 3MUZ1 3WDJA 2ZXAA 2ZXDA 4TOQA 5A69A 1VENA 1OD0A 4AD1A 1X6NA 3HJEA 2ZICA 4FLRA 3L4WA 2VC9A 1LWJA 3S2CA 2PBOA 3O6AA 3WD0A 1LLOA 2J7CA 3A4WA 2GK1B 1DWJM 4CVWA 1OCQA 4DUXA 4H8HA 2ZWZA 2J8GA 2PWDA 2X0YA 4XZWA 1BVZA 1WDQA 2CBJA 1MW3A 2BV9A 2EXOA 2CBIA 4PUEA 2WC4A 5D9OA 5FCZA 5EBAA 4CD7A 4PCSA 4NSBA 5TD4A 3MSDA 4AYSA 4AZ7A 1AVAA 1Q6FA 3WNPA 2VX7A 4NZCA 3VKKA 3VNZA 4QLKA 3WH7A 1N82A 1XD1A 5CG0A 3ZT5A 1V02E 3NDYA 1MYRA 4AIEA 1BGAA 2ZX5A 2E8YA 2VR4A 2XVGA 2ZUMA 1JAKA 1E43A 2W92A 2D3NA 2DIJA 1JFHA 1E0WA 3A6OA 4W86A 1ZJBA 3NSMA 1UHVA 5FD0A 3N12A 1JNDA 5KZ6A 1WZLA 3M07A 1LG2A 4H2CA 1TG7A 3THDA 1NOFA 5D9MA 4WKFA 3VIKA 1ZBKA 3WUEA 1UWRA 2GVYA 2XPKA 2G3MA 1E3XA 4GI8A 3N11A 4AY1A 4DUWA 3WH5A 3ZM8A 3IAQA 4RL3A 5I23A 3L4UA 1BFNA 1GONA 2JF6A 1QI3A 4CU8A 4U5KA 1BPLB 4QCFA 1CTNA 4OUEA 3UR7A 3W6MA 2VMFA 1HJSA 1BQCA 1V02A 1UUQA 1XD0A 5D4YA 5CGTA 4D1JA 1JYNA 1C3FA 3VU2A 3AS1A 2XIBA 1PZ2A 1KBKA 2DPEA 4PMXA 2XM2A 2CHOA 4W89A 4LQ1A 1UR1A 4DM2A 4JL1A 4TX6A 2G41A 1J9YA 4JFUA 3AXIA 3GH7A 4QAWA 1CXFA 2CERA 3IK2A 5A2CA 1UQYA 2GDUA 4J27A 4W7UA 1YQ2A 1MW1A 4PCTA 5HBFA 3WNOA 2X2YA 2OYKA 2FHBA 3VINA 1QNOA 1JI1A 3ARQA 4TVDA 3K8MA 3VX1A 3FW6A 5M3WA 2VZVA 1QW9A 3ZSSA 2VURA 2WSKA 2BFGA 5CSYA 2WSPA 5JBDA 5ECUA 1DHKA 4DWSB 2GJRA 4HOZA 2XVLA 2EEXA 1W3LA 4UQEA 4X0VA 4F79A 1UWTA 1E0VA 1E71M 1QNSA 1CNVA 4AZHA 4PRWA 1V6UA 4ZENA 1IT0A 2BY3A 1UR9A 4UQ9A 1E40A 4M81A 4M80A 1EA9C 2QV4A 2OSXA 6A3HA 1NOWA 2XTKA 1QI2A 3WSUA 3RDKA 3GNRA 1GOIA 3VILA 1QNQA 3TOPA 4RE4A 1H2JA 3WQWA 4Z2GA 1V0KA 2D22A 3MU7A 4F66A 2O9RA 2G3IA 1WAWA 4EANA 3J7HA 3AMLA 2OWXA 3F5JA 3POCA 2E3ZA 1W2PA 5DT5A 1JDCA 1KCKA 1A3HA 4WF7A 4AZBA 2ZIDA 4HOXA 3CBWA 2WZIA 1C8QA 4LYPA 1E56A 2DT3A 1XH2A 1TFVA 4ACZB 1G0CA 1E15A 4D6DA 1QHPA 1TR1A 3VIJA 4GPNA 4U3AA 5JIPA 3ARRA 1BYAA 2WMIB 3WUFA 4BQ3A 2DH3A 2ZX6A 4R5EA 3SCSA 3A4XA 4EE9A 2MANA 3CTTA 2EPLX 5DEZA 4HMCA 2O9TA 2Y5EA 3CHDA 1V3MA 1MWOA 3MKKA 1VFUA 1FP9A 1X1NA 1DWHM 3W0KA 1NQ6A 3AISA 3SCOA 1QHOA 1MW0A 3VDCA 2WM0A 3NCOA 3OLGA 2FH6A 1C90A 4JHZA 1DWAM 3GTNA 3N04A 2VVNA 1VJZA 3M46A 5A8NA 5CPQA 5AC5A 1ISVA 5BCAA 4UQDA 1NM9A 2V3EA 3HMCA 4MB4A 1XH0A 4GZIA 3EYPA 2WMKA 1WDSA 1WP6A 3ARXA 1V3LA 1E6NA 3UCQA 2XVNA 5BROA 1ZB5A 1H49A 2VX5A 2ZUTA 5IDIA 1D3CA 1EQPA 4MB3A 1HL8A 4PMNA 2WNWA 3WEZA 1WDRA 3BMVA 4GQRA 1TZ7A 1XCXA 1EIBA 5BYWA 3VUPA 3WFZA 1CGVA 4UOQA 4XX6A 3OBAA 1BLIA 3ZIZA 3SEPA 2X0HA 3GDBA 2E0PA 3PZGA 3G6MA 4CUCA 3GXIA 3IJ8A 3JUGA 4HTYA 3KL5A 1KQYA 1E4NA 3VD4A 4C91A 1B3XA 3WDQA 5I79A 1M7XA 4P7NA 3AIVA 3SCPA 1JZ5A 4S3JA 5A8PA 2A3BA 1WPCA 1JZ6A 1R7AA 4CVUA 4HZ8A 4UFMA 3D3AA 3FNDA 4AD4A 3BC9A 7TAAA 3VGFA 1W1TA 3AS0A 2XM1A 4M29A 1TVPA 3SCNA 3WENA 4PYSA 2UY2A 3UR8A 4JKKA 4AZ5A 2D0HA 1PX8A 4CN1A 1RH9A 1K9TA 4D6EA 5A6BD 1OGGA 1CXLA 2GSJA 4NI3A 8A3HA 1QHZA 4S3KA 4AC1X 2DT1A 3RM8A 3CUIA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1OIM A;  3OZP A;  1UD6 A;  4KWU A;  1G94 A;  1QW8 A;  1OIN A;  3AIU A;  3WD2 A;  3FAW A;  2FDM A;  1JZ3 A;  3WQ8 A;  5D8W A;  5M17 A;  4ZFM A;  4J7R A;  1D7F A;  2RGM A;  2WHJ A;  1MVY A;  3BGA A;  1PX4 A;  2JF7 A;  4PMR A;  2WKG A;  2BHY A;  2W63 A;  3AMD A;  2DIE A;  2V38 A;  1V6X A;  2VRK A;  4N0R A;  5IHR A;  4P8X A;  1NWU A;  1H11 A;  1OM0 A;  2VRJ A;  2BVD A;  1CGT A;  1KXH A;  4CN6 A;  2EQD A;  2WVT A;  4UFH A;  4JKL A;  3THC A;  5CQ1 A;  3A3H A;  4MB1 A;  5C70 A;  2CKR A;  1ISY A;  1SYT A;  1UQZ A;  3PZT A;  4LX4 A;  4JCM A;  3SUW A;  1ZBC A;  3FXY A;  2F61 A;  3WL1 A;  5EB8 A;  1QI0 A;  5DMY A;  1E4M M;  2VI0 A;  4E2O A;  1QNP A;  1UKP A;  1GQK A;  1JD9 A;  3SCR A;  3BSG A;  4PMU A;  4W7W A;  1IZK A;  3OA5 A;  2O9O A;  4P7Q A;  1WZM A;  3WF2 A;  1XSK A;  4HU0 A;  3AS2 A;  3QHN A;  5E09 A;  5CPS A;  1WZK A;  2GK1 A;  1UZ1 A;  1US3 A;  4U5I A;  1KQZ A;  2O9P A;  3VGB A;  5IXE A;  1J12 A;  2Y2W A;  2D24 A;  1VBR A;  4C7G A;  1E73 M;  5CJ5 A;  1PX3 A;  3GXD A;  1PEZ A;  4P7O A;  3FAX A; 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