2YDRA

Cpoga d298n in complex with p53-derived o-glcnac peptide
Total Genus 238
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
238
sequence length
579
structure length
579
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDNIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Clostridium perfringens
publication title Synergy of Peptide and Sugar in O-Glcnacase Substrate Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
total genus 238
structure length 579
sequence length 579
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2011-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2ydrA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ydrA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2ydrA01
4AZCB 1GCYA 3ARPA 3AHYA 2J7HA 4PSRA 1C7SA 2XM2A 1BVNP 1EO5A 1W2PA 2WHLA 1UWQA 1J0ZA 4Q22A 3GNOA 2J25A 4Z2JA 5A8NA 4ZXOA 1EH9A 3BCDA 4KMQA 1W9PA 2X09A 1UUQA 1OD0A 3PZNA 1B90A 3HU7A 1E6QM 3CBWA 3WNOA 2DT1A 3IJ8A 1QW8A 1B3VA 5D4YA 1NARA 2CBJA 4PEEA 1WZMA 5HXMA 4C7GA 1B9ZA 2O9RA 3WUBA 1P6WA 1OM0A 5AC4A 2QV4A 2O9TA 1V03A 1C8XA 1OGGA 2X0HA 3I3DA 3OGVA 1UZ1A 3AHXA 3N13A 2WWCA 3MMDA 2ZUWA 1UD5A 3ALGA 2VUYA 3W81A 1QVBA 4JKLA 4KWUA 3I3BA 3AXXA 2BVTA 4MDPA 1L8NA 3NCOA 1VBUA 3UR7A 4ACZA 4CN1A 3SCUA 2A3EA 1UWIA 2F61A 3ZQ9A 3CPUA 4AEFA 1V3MA 2WLYA 5E09A 1MW3A 3WDPP 3N04A 4IUGA 4AD0A 1H11A 2VR4A 1UD6A 4KRTA 2DT2A 5JUVA 2V3FA 2WAGA 3VIMA 1V3IA 2JF7A 1BSIA 1V08A 1W3JA 3VVGA 2QMKA 2ZUNA 1BF2A 1B3ZA 2FH6A 2WC7A 1H49A 1W9XA 2OYMA 4U2ZA 3SCWA 1R8LA 1E70M 4M80A 5EFFA 4AWEA 1ZBKA 4ATLA 2JIEA 1V6YA 3NDYA 3OIHA 5E6ZA 1NP2A 3EDKA 2VMFA 5BXPA 1J10A 5I3DA 3NUKA 4MDOA 8CGTA 3VD4A 4AZHA 4A3YA 1O7AA 1DWIM 4WIWA 2DSWA 1I1WA 3AIUA 1QNPA 2V5DA 2X8RA 1GOWA 1SYTA 1TVNA 3OB8A 2WMIB 3VGFA 4UZSA 3EDDA 2BHYA 1WPCA 1J0JA 1KWGA 4HOZA 4PTWA 3QHNA 3MKKA 1RH9A 3G6LA 2WC4A 3GYCA 1EXPA 4GINA 4Z2GA 2D3LA 4CD4A 4FK9A 3ARVA 4CVWA 1HJQA 3K1DA 3QOKA 3M46A 1ISYA 1XCWA 4UQ9A 1OB0A 4CD6A 2OSWA 4MNJA 2G3IA 2YL6A 1H4PA 4CU6A 2C7FA 1VEPA 2WLZA 3OG2A 1JYXA 4A4AA 1UYQA 1XGZA 1PZ3A 2D0HA 2BY1A 2WMGA 1TFVA 4GIAA 3IJ7A 3N15A 4W7VA 3L4UA 3DECA 1QNSA 3AXIA 3TONA 3K8KA 1GQLA 2CEQA 2V38A 1QI3A 3WD3A 2YA1A 4M29A 2J8FA 1MW0A 1AMYA 1VFUA 1CGWA 3WUEA 4AW7A 2W92A 1ISWA 1JD9A 4IPLA 3VIOA 1BTCA 4FMVA 3VUPA 3M7SA 3O2LA 4AIUA 2WCGA 4AISA 2G3MA 5FL1A 2BV9A 1L0PA 2C8NA 1EDTA 1CXHA 2G3NA 3BXWA 3GXDA 1E1FA 3VM7A 4KGJA 1TUXA 1KCLA 5A8OA 2EPNA 3AHZA 4PMQA 4NRSA 1WE5A 1E1EA 1GQJA 1RP8A 1UH3A 4F9DA 4TXEA 2ZUVA 3FXYA 1BFNA 3OLEA 3WMBA 3BAJA 2DSVA 2J8GA 4D1IA 1K9FA 1M03A 3WUGA 1HKMA 1GORA 4OZOA 5IHRA 9CGTA 2XPKA 1K9TA 1JD7A 1LL6A 1WO2A 1GOOA 3A47A 2WKGA 1H09A 3SUVA 4M82A 4PUDA 1WP6A 1BYBA 5FL0A 2ZXBA 3SCRA 3AQUA 3BMVA 4JFTA 1ISXA 5A2CA 5EFDA 1W2VA 3SUUA 1GUVA 2YOCA 1X1NA 1CXIA 3N1AA 3VDAA 3OA5A 3SEPA 2NT1A 1Q6GA 1JZ3A 2YL9A 1GPFA 5LA1A 3VOCA 4MJ4A 5FCZA 1XHGA 3RJYA 1CGUA 2ZUUA 2ZXDA 2G3JA 4MNLA 1QHZA 4PYSA 1PJ9A 1MQPA 1PX4A 4J27A 2OWWA 1GHRA 3RO8A 1BYDA 2X05A 1LG1A 1NWUA 2A3AA 3B8SA 2BVYA 5KEZA 1ZS2A 4GQQA 1G01A 3UR8A 2Y8VA 3WKZA 1WZKA 3BGAA 3ARZA 4PN2A 1ZBCA 3F5JA 4S3JA 3MMWA 3L4WA 3WDHA 1KQZA 1MFVA 2J7BA 1B3XA 3VIJA 3ZT6A 3FNDA 2GJRA 5HBFA 3UEQA 4AZ6A 1VFOA 4QLKA 5A95A 3CH9A 1F4AA 3TTYA 5BCAA 5A6LA 3WL1A 1U2YA 1QHOA 1XSKA 3T2QA 3M07A 3WDIA 2WK2A 1R86A 1V0MA 2YKKA 1PIGA 1J01A 4N42A 4HMCA 3VX1A 5A6BD 3HMCA 1R85A 5DO8A 5IHSA 2W67A 1KXHA 3D3AA 4WKFA 2VI0A 5BROA 3WY1A 5E0FA 1B3YA 2W61A 1CGVA 4B3KA 2Y8KA 1WAWA 3QR3A 1JIBA 4TVDA 4DUWA 4D1JA 2PWHA 2EEXA 4LYRA 3GXMA 3L4ZA 1HVXA 3TTQA 1VRXA 1E4IA 4D6JA 4JCMA 1GOIA 3CTTA 1BYAA 4YPJA 1CPUA 3SUSA 5FD0A 3PZGA 4BQ3A 4JCLA 1D2KA 3E1F1 1NOFA 3W6MA 1CNVA 5CSUA 5A6SA 3PZ9A 3WH6A 5IFPA 1C7TA 1MWOA 3VD3A 2UY4A 1HL9A 2WVTA 4PMRA 3AMCA 1JZ8A 2J47A 4OBRA 1E4NA 2WZEA 3RCNA 4R27A 4NRRA 4JFVA 1RP9A 3U7BA 3IANA 4OKDA 3AIQA 2CESA 3W26A 4HPGA 7A3HA 2XTKA 3N9KA 1VJSA 1W3KA 3HJEA 2UWFA 1HXJA 4AYSA 3EMZA 1XRVA 1XH2A 3WD4A 1MYRA 1CGTA 3CZEA 4PTVA 2GJPA 4GXPA 1W3HA 2RGLA 5CQ1A 3W29A 4W8AA 2ZICA 3CUIA 1PPIA 3OGSA 2WM0A 3SIMA 1V02E 3BSGA 1NM9A 3ARTA 4U31A 1DWFM 2Y4SA 1BQCA 4WSKA 5D8ZA 3FHQA 4F79A 4F66A 4FLRA 4LX4A 1OGSA 1OT1A 3BAXA 3WNMA 4U3AA 4FLOA 5ABFA 1DWGM 2E40A 3WD2A 2WVVB 3PZQA 2DH2A 4U3CA 2CKSA 1C93A 4C7DA 1E56A 1FFQA 5BWFA 1E55A 3SCNA 1Q6CA 4WSJA 2DQXA 2ZX5A 5CGMA 1JYVA 2CYGA 5A2BA 4ZENA 1WNOA 2DSKA 4HPHA 1KB3A 4V27A 5BRPA 3AOFA 1HKKA 1A3HA 3ARUA 1IZKA 1Y7VA 4ZXLA 4H8UA 4UFIA 4EK7A 1EA9C 2ZXQA 4LYQA 1XC6A 2IXUA 5AYIA 2W63A 3GH5A 1C92A 3DYPA 2DPEA 5EMYA 1V3JA 4MAVA 1GQIA 1JZ7A 1CIUA 1M04A 3OLIA 3N17A 2BFGA 4L4PA 3UERA 3ZMRA 2GSJA 3WNPA 2D3NA 3GBDA 3WDRA 2NT0A 3UG3A 1ZU8A 1NWRA 3GBEA 1V6WA 2XFYA 3T0AA 1JYWA 3EYPA 1W1TA 2FHCA 2ZXAA 1SMAA 3VDCA 2WMIA 2FGLA 2DEPA 2ZWYA 1JZ6A 4LGXA 3WDJA 4QDMA 4J3UA 4GZJA 5GQBA 4P8UA 1PAMA 1CYGA 1ZBWA 3CLWA 1CTNA 2WBKA 3W53A 4CCEA 2D0FA 2E9BA 4CN6A 1UG6A 3L4XA 4UFHA 1LWHA 5HNNA 1E0XA 5IDIA 2WCAA 4V28A 1E6RA 1JFHA 2OSXA 1B31A 4IISA 4AZIA 1GW1A 2XGBA 1YQ2A 4F9JA 2VURA 4HA1A 1NOWA 1OGBA 5BRQA 3K4AA 3MV11 3NJ3A 1UR4A 3TP4A 2CBUA 1WDPA 3S2CA 1FHDA 4HA3A 2W5FA 3WFZA 4TOQA 3AI0A 1XD1A 1SMDA 3BAIA 1B1YA 3CZJA 3RPMA 1JAKA 4CVUA 1UR9A 5ABFB 2O92A 3SCSA 1W1VA 1OIFA 2WMJA 2A3HA 3AS2A 4HP5A 4DM1A 1UKTA 1N82A 1OBAA 4BCEA 2PWEA 1S46A 1MXGA 5A1AA 4QCEA 1D7FA 5GNZA 1UD2A 1DP0A 4UNIA 2BY3A 2DGAA 5AC5A 1OIMA 5D9NA 1JFXA 1R87A 1PX3A 1NWSA 1ESWA 5A6KA 2W91A 1Q6FA 4CCDA 4B9ZA 4D6FA 1TCMA 1JXJA 4DWSB 3AYSA 3CZLA 3WENA 3ZSSA 1J18A 1E5NA 3FY1A 4NI3A 5ABEA 1G0CA 4XV0A 5A6JA 4URIA 3CMGA 1J12A 1G1YA 3T0DA 4ZEPA 2QLYA 1E73M 5HPCA 4P7LA 3AMDA 4JHZA 5F7UA 1BG4A 1E15A 3EDFA 3LPPA 2CIPA 1XH0A 1KCKA 4TX6A 2OLHA 3WNNA 4AZGA 2A3CA 2VZOA 3VILA 2JIWA 1UWTA 2DSZA 3OGRA 4C91A 2YBTA 3AHTA 2XGIA 3ZT7A 1DEDA 3VGHA 1CXFA 1WCGA 4H41A 3WH8A 4DM2A 2VX4A 4D6CA 1FOBA 2ESCA 4UTFA 1WDRA 3WQVA 3WF3A 2DIJA 4CUCA 3WIJA 3BLPX 2G41A 3VMNA 4P7OA 2BVDA 3IJ9A 2G4FA 3UESA 4JKKA 4P7QA 3W25A 2VVNA 3FAWA 1D3CA 1HNYA 3WQ4A 4OOZA 3BLKA 1UR2A 2J62A 4P8VA 2YDQA 2W4XA 4HMDA 1AQMA 2X0YA 2HVMA 4GI9A 3ZO9A 2JALA 3SCTA 2FGZA 1OT2A 4X9YA 1TMQA 5E0CA 3A4AA 4Z2KA 4J7RA 5DFAA 3B9EA 1V3LA 4J3TA 2D0GA 1VENA 5ECUA 3WF4A 1FA2A 5A8QA 1GQKA 4PMUA 1GOQA 1JDDA 2BXYA 2CERA 3CMJA 4ATDA 3VPLA 1XYFA 2PF0A 1MFUA 4JFWA 3WF2A 1E3ZA 1QPKA 2XVNA 4OJYA 2XSAA 4H04A 1MQQA 3AIRA 3W28A 1SR0A 5A2AA 1EGZA 1GZJA 5GPRA 1ZL1A 4OOUA 2PBOA 1LJYA 1KR0A 3AMKA 3RILA 2YL8A 3JUGA 1JZ4A 1PIFA 3L2LA 4ACYA 4JIEA 5D9OA 5I5RA 2DH3A 1JYNA 1AQHA 2X1IA 3BCFA 1IT0A 3IAPA 4IM4A 3UG5A 1CEOA 2GDUA 4PMOA 3VD9A 1G5AA 1H5VA 2YBUA 2VRQA 3WD0A 1JG9A 5IXEA 1X6LA 3AS1A 4UFJA 2Y5EA 3ALFA 3VTRA 1HP4A 3GDBA 2D24A 3K8MA 3KEHA 3FAXA 3W0KA 3CUHA 1BYCA 3KL5A 1AQ0A 2EJ1A 3VO0A 1KGXA 1XCXA 5JBDA 2XVKA 4MAZA 3S6TA 2TAAA 3GNRA 2ZUMA 4CKQA 1FH7A 2BY0A 4WKHA 5BYWA 4JAWA 1E6ZA 4LQ1A 4PCSA 3UETA 1JDAA 3PZIA 4UQBA 2QPUA 3MUY1 5CLTA 4HA4A 4PTMA 4NZCA 1UA3A 3THCA 2EQDA 5D9PA 2WCSA 2J78A 4QP0A 1YHTA 3QHMA 5I2UA 4M1RA 5HOSA 3PZTA 2WKLA 2EPMX 2VC9A 4HU8A 1BHGA 2GUYA 2WVVA 4NSBA 1E43A 4H8HA 1J0KA 3VIFA 4WKAA 4BQ4A 1E4MM 1OSEA 3N12A 3EMQA 3CUJA 2VX7A 4ZE4A 2WHJA 1HJWA 1KGUA 5E70A 3ZJ6A 1MVYA 2J7CA 2PBGA 4W89A 2D23A 1K6AA 3VDBA 2JEQA 2JE8A 4UZUA 1TA3A 3ZIZA 1ITCA 2EXOA 3NYDA 3WF0A 2XVGA 3MANA 1QNOA 1CXEA 1SFSA 3KE0A 4W8BA 3AFBA 4DUVA 4MB5A 2JFEX 4MB1A 4HZ6A 1HVQA 1KFWA 3THDA 2WVSA 4PCTA 3K4DA 2ZX7A 3WEMA 1BPLB 5FKYA 3WMCA 3IK2A 1E0WA 4OUEA 2WWDA 1WKYA 4JFUA 4XB3A 3AJ7A 1JXKA 1PEZA 3B9DA 1X6NA 1XSIA 2G8ZA 2UY3A 1W9DM 2V5CA 2F8QA 3ARXA 3BSHA 2J7EA 3VGBA 1CZ1A 2BHZA 3ZJKA 1UH4A 1E72M 4AZ7A 1EHAA 3AISA 1LF1A 2BY2A 4L4OA 4RE3A 2VOTA 2WNWA 1Q6EA 2ZOXA 3K8LA 4U33A 2D22A 3CGTA 4ATWA 3DHUA 1E0VA 5CLWA 3F5LA 1B0IA 2JEPA 2YA2A 1JF5A 1V3HA 2MANA 3MSDA 4J3VA 3AIVA 1QI0A 5CXPA 3SCQA 1VBRA 4WK9A 1EDGA 5GNXA 4AD1A 3GZAA 3KL0A 1VFFA 3AIBA 4B15A 2GJXA 3PBGA 4GO9A 4QLLA 3MMUA 5TD4A 2AOSA 1OD8A 4Y7EA 3OBAA 2VL4A 4KH2A 3RM4A 3PZVA 4GQRA 2ZUTA 3T08A 2WANA 4W93A 1DWAM 3TOPA 2CBVA 2VX6A 5JBFA 1V0KA 2WSPA 3OZPA 3WL0A 1HP5A 1GVIA 3A3HA 4V2XA 1GOKA 5CPSA 2GDVA 4NF7A 4YHEA 3GM8A 1R7OA 3L4TA 4KRUA 1BG9A 1Q6DA 3VKKA 3A4XA 3MUZ1 1FP8A 2ZWZA 1FH9A 3L4YA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4AZC B;  1GCY A;  3ARP A;  3AHY A;  2J7H A;  4PSR A;  1C7S A;  2XM2 A;  1BVN P;  1EO5 A;  1W2P A;  2WHL A;  1UWQ A;  1J0Z A;  4Q22 A;  3GNO A;  2J25 A;  4Z2J A;  5A8N A;  4ZXO A;  1EH9 A;  3BCD A;  4KMQ A;  1W9P A;  2X09 A;  1UUQ A;  1OD0 A;  3PZN A;  1B90 A;  3HU7 A;  1E6Q M;  3CBW A;  3WNO A;  2DT1 A;  3IJ8 A;  1QW8 A;  1B3V A;  5D4Y A;  1NAR A;  2CBJ A;  4PEE A;  1WZM A;  5HXM A;  4C7G A;  1B9Z A;  2O9R A;  3WUB A;  1P6W A;  1OM0 A;  5AC4 A;  2QV4 A;  2O9T A;  1V03 A;  1C8X A;  1OGG A;  2X0H A;  3I3D A;  3OGV A;  1UZ1 A;  3AHX A;  3N13 A;  2WWC A;  3MMD A;  2ZUW A;  1UD5 A;  3ALG A;  2VUY A;  3W81 A;  1QVB A;  4JKL A;  4KWU A;  3I3B A;  3AXX A;  2BVT A;  4MDP A;  1L8N A;  3NCO A;  1VBU A;  3UR7 A;  4ACZ A;  4CN1 A;  3SCU A;  2A3E A;  1UWI A;  2F61 A;  3ZQ9 A;  3CPU A;  4AEF A;  1V3M A;  2WLY A;  5E09 A;  1MW3 A;  3WDP P;  3N04 A;  4IUG A;  4AD0 A;  1H11 A;  2VR4 A;  1UD6 A;  4KRT A;  2DT2 A;  5JUV A;  2V3F A;  2WAG A;  3VIM A;  1V3I A;  2JF7 A;  1BSI A;  1V08 A;  1W3J A;  3VVG A;  2QMK A; 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