2YDRA

Cpoga d298n in complex with p53-derived o-glcnac peptide
Total Genus 238
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
238
sequence length
579
structure length
579
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDNIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synergy of Peptide and Sugar in O-Glcnacase Substrate Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Clostridium perfringens
total genus 238
structure length 579
sequence length 579
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2011-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2ydrA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ydrA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2ydrA01
4ZEPA 1U2YA 3T2PA 4V2XA 3GXMA 2XWDA 3KL5A 3PZ9A 1XYZA 1W32A 4W85A 5HBFA 2Y8KA 5A3HA 1UR4A 4MNLA 1E15A 4U31A 3UEQA 1BQCA 3A4WA 3K46A 4YHGA 2JALA 1CZ1A 1H0GA 1BYCA 1E4LA 3K8KA 2XVNA 4AZ5A 5CSYA 3GYCA 4Q22A 1B3XA 4J28A 1V08A 4HOXA 3W81A 1CGUA 4MJ4A 4PTWA 1XSKA 1VFUA 1GOOA 4WKHA 3ZIZA 1OT2A 1ZB5A 3I3DA 1GQJA 1NOWA 2YBTA 3KL3A 4JKLA 4UFJA 3WF3A 3AHYA 1E6QM 3HJEA 4S3KA 4X0NA 3AYSA 1WPCA 5GNXA 1UD2A 3WDQA 1ZJAA 2QPSA 3SUUA 4MNMA 5A1AA 3A47A 2J7BA 1FA2A 3J7HA 1TA3B 3WQ8A 1R87A 2D0GA 1MW0A 4AISA 1GORA 5C70A 1XD0A 2J4GA 1MXGA 3KWXA 4Q7NA 1XH1A 4OZOA 1JXJA 3D5HA 5A6BD 3CPUA 4QLJA 4M80A 5E9AA 1UWIA 1LL6A 2XSBA 1F4HA 1VIWA 4GQRA 1R86A 1J0KA 1W1YA 1JIBA 3MUIA 1XRVA 3PZQA 3VGHA 1VENA 2GUYA 1SR0A 2VJXA 4GI6A 1E72M 1GUVA 1GVIA 2PF0A 1LL4A 3K4DA 5HDRA 3VIOA 1PPIA 2OSXA 2D3NA 3TTQA 3CO4A 2W67A 2W66A 2ZUVA 2OSYA 2X1IA 1B1YA 2J62A 5E09A 3BCFA 1HP5A 1PIGA 1D2KA 4IUGA 4AYSA 6TAAA 4JFTA 5ABFB 4EAMA 1MFUA 5FKYA 1PBGA 2C8NA 2RGLA 3VIKA 4U33A 5BXTA 4XX6A 3ARXA 4PTVA 2WHJA 1QVBA 3EYPA 4GO8A 3VM7A 1R7AA 3WNOA 1KXHA 1EH9A 1XH2A 3LPPA 1G9HA 2XVPA 4P7QA 1CGXA 2WYSA 3AXHA 4Z2KA 4A4AA 3I3BA 3W37A 4M1RA 5AC4A 3BAXA 4UFKA 2WK2A 4E8CA 3IANA 2JIEA 2VRJA 3GXFA 1XSIA 2CITA 1Q6CA 5D4YA 4PMDA 4WSJA 4CD7A 3AI0A 1ISXA 5E6ZA 3AHVA 1UQYA 1TZ7A 3MMUA 4AC1X 1GOKA 3ZOAA 1M03A 1B3WA 5GQBA 3SCQA 2VMFA 1VBRA 4JL1A 1GQKA 2CHNA 1H5VA 3AHZA 2XVLA 4B16A 2O9TA 3L4UA 3WNPA 4OIFA 2XIBA 4PMQA 2CHOA 2J74A 1GVYA 2XHYA 1KBBA 1ZBWA 5E70A 4J7RA 5A8PA 5CPQA 1KWKA 1BGAA 1GJWA 4AMCA 1J9YA 3BH4A 3U57A 5A8NA 2VC9A 3AS3A 1XSJA 1CYGA 5A6JA 2V38A 3GDBA 3B9AA 4AZBA 4D6DA 1E71M 4BCEA 1V3IA 4JHOA 1VEMA 3VIFA 2WC4A 4P7LA 5TD4A 2WZHA 4JFWA 1CTNA 4U2YA 3W82A 5E0CA 3PTKA 3WBEA 2FDMA 4AD1A 3CHDA 3K8LA 2WMIA 1UWTA 4S3JA 1EO7A 2B31A 3VGGA 3OG2A 4UQEA 4LYRA 5KZ6A 1DEDA 1BHGA 1OIFA 3NSMA 3CIVA 1QHZA 1FHLA 1L0PA 1E1FA 3TTSA 1QBBA 1H0IA 2WC7A 2GJPA 3CH9A 3VGFA 3N13A 1UHVA 3W6LA 4NF7A 3PZMA 4W8BA 2WBGA 2VZOA 3VO0A 3OGVA 2PBOA 3POCA 3CZJA 3EDEA 1RH9A 4D1JA 1JD9A 5FOOA 1PX3A 1B3ZA 1UR1A 1PAMA 1ISZA 1JDCA 3WNKA 4E2OA 4X0VA 3BMVA 5GNYA 2DH2A 3BAKA 1E0WA 3WD4A 4AD3A 5ABHA 4D6FA 4ZENA 3B9DA 1X1NA 1VBUA 1TG7A 1LJYA 3AIBA 1ZL1A 5IHSA 4CGTA 2WZEA 1WZLA 1JZ4A 1QNPA 3F5LA 1QNQA 5GPRA 4Z2HA 1K9FA 1NOFA 1V03A 2BNJA 2DSKA 3LPGA 1SYTA 4AD2A 3PZVA 3F4VA 5EB8A 3CUJA 3WDPP 1M7XA 2WZIA 1WO2A 1CGWA 2G8ZA 3VVGA 1V6XA 3AROA 5C8BB 1OGGA 1OGBA 3RM8A 4D6JA 3EDDA 1LQ0A 1VJZA 4MTVA 4OUEA 6CGTA 2Y5EA 5BYWA 1E3XA 1R7OA 2VNCA 2WKLA 2VX5A 1ZBCA 1EDQA 4CU6A 1UR0A 3HMCA 5CPTA 1E1EA 1NP2A 3CZGA 2IXVA 3WEMA 3ARPA 3RPMA 3WQVA 5JBFA 3B8SA 4FLOA 3IAPA 3MS8A 1C90A 5LA1A 2A3BA 4WKFA 3II1A 1UD6A 3VD5A 1BPLB 2WHKA 2A3HA 2E4TA 1OD0A 4AZCB 1WE5A 1C8YA 1GHSA 2A3CA 3AS0A 1GW1A 2XTKA 3AHXA 1V0NA 2NT1A 2DSUA 4JFSA 1SMAA 1KGXA 2ZUUA 4JHZA 4M29A 1GJUA 1WZKA 2IXUA 1W2VA 1I1XA 2ZE0A 1VFMA 3WDHA 4E4PA 2WPGA 2JEQA 2PWGA 3SCTA 4BA0A 3T08A 3FHQA 1AQHA 1DWJM 3FHAA 1MQRA 5I24A 2WXDM 5A8MA 3CLWA 3FNDA 5BXRA 2NW0A 3RMEA 1M01A 3AS2A 2GJXB 1RP8A 2OWWA 1A3HA 2F8QA 2WHMA 3SCRA 1LG2A 4CKQA 1GNXA 3W25A 4UOJA 3WQ4A 2YJQA 2WWDA 1KQYA 3RJYA 3VD9A 3AIVA 1HXJA 1MQQA 2DIJA 1B3VA 4BF7A 3AZRA 1EOKA 5IXEA 1JYVA 3U5UA 3GH4A 1HVQA 2WCGA 3L4XA 3MSGA 1HJWA 2W5FA 2PB1A 1MW1A 2FH6A 1B2YA 3CZLA 3W0KA 2PBGA 2GSJA 1TFVA 3UG4A 4XUYA 1IZJA 2CCRA 3VM5A 4DUWA 3WFLA 3NJ3A 2BFGA 1JFHA 4MNJA 1UWUA 4LYQA 3VGDA 1QI2A 4W8LA 3OB8A 4A3HA 3ALFA 4D72A 3WUEA 1NM9A 2EXOA 5EMYA 1V6WA 1HVXA 2BVYA 5CSUA 4H7VA 3K8MA 3ARWA 4P8VA 4TUFA 3UCQA 1U30A 5M03A 1O7AA 3SCWA 4UFIA 1HNYA 4W7WA 1JF6A 1GHRA 1JFXA 2Y4SA 4D6HA 2XGIA 3D3AA 2QHAA 1LWHA 3SCSA 4QCEA 1W1VA 1V3MA 1D3CA 1G94A 1EDTA 3T2OA 3W6MA 4D6CA 1W9BM 3NUKA 3CZ8A 2VQUA 4PUEA 3OBAA 2XM1A 1E43A 4M82A 1UWSA 2V3FA 3L4ZA 4PUDA 1B90A 2J77A 3AZTA 3WELA 3K1DA 1HKJA 4XZBA 4U3AA 3WY1A 2XG9A 3POHA 2WBKA 1WDRA 2WLYA 4GKLA 3PHAA 3AJ7A 4FF5A 1W9UA 1W9XA 1TUXA 2D2OA 1HKKA 4HA1A 1F4AA 3MUAA 2J79A 5I79A 5CZKA 5BXSA 3W28A 1JZ7A 2CKRA 3IAQA 2ZX8A 1NARA 1UUQA 4XZWA 3CUFA 3VD4A 1CGVA 1JGIA 8A3HA 4FLSA 2OSWA 4LGXA 2WB5A 2OWCA 2XVKA 4NRSA 3AXIA 4OBRA 2ZXBA 4M81A 2VURA 1G5AA 2GK1A 1H1NA 1QHPA 2VCCA 4LPCA 2VZTA 1CENA 3JUGA 4WIWA 2BS9A 3VIHA 4TX8A 2BY1A 1JDDA 3VD7A 1DTUA 2ZX9A 3GBEA 2BHYA 4MB4A 1FOBA 3WNNA 3ALGA 1VJSA 3VDAA 3QGVA 1V02E 3L4YA 3ZQ9A 4U3CA 1OM0A 3WEOA 3N12A 1JZ8A 4IPLA 4V28A 5A8QA 3ARQA 1E55A 7A3HA 2VVSA 1CIUA 3NDYA 2VI0A 1DWIM 1XHGA 1NWSA 3GNOA 1DWAM 3N17A 4C7DA 1J18A 4UZUA 4ATWA 3AHTA 2VCAA 5DT5A 3CMGA 3VILA 4F66A 1HN1A 5CPSA 4BQ3A 1IT0A 4UQ9A 2GFTA 4W86A 4PSRA 2GDUA 4L4OA 4H8HA 1ZJBA 4PN2A 1HP4A 5EFFA 4AEFA 4V27A 2XM2A 3G6MA 5CG0A 1GQLA 1CDGA 4KMQA 4HU8A 1JZ6A 3BAWA 3VIIA 1WB0A 3GTNA 1HKIA 3VMPA 2BY0A 4MJ2A 3VDHA 2J7CA 2BHZA 1V0MA 1MYRA 1HJVA 3ZJKA 2J7HA 5HXMA 2O9PA 3WSUA 2DSZA 1XCXA 4ZXLA 1E5NA 2DSWA 1W3JA 1MW3A 2CERA 1W9PA 4JZ5A 4ACZA 4TX6A 2BY3A 2J75A 1WAWA 2WMHA 1HJXA 4YHEA 3ZSTA 5KEZA 4UQCA 2YA1A 3ZT6A 5A6AA 2D1ZA 1HL9A 1CLXA 2XFYA 4FLQA 2YLAA 1WDQA 3L2MA 1V3KA 1A47A 3ARYA 1QW9A 1OINA 1HJUA 3AMGA 4AW7A 5DMYA 4WK9A 3RO8A 3EMCA 2GVYA 3BC9A 1VB9A 1CXKA 2WMFA 3K4AA 4UQDA 3MU7A 3TTYA 3SIMA 4RE4A 2ZXQA 3WNMA 1QI5A 4JFVA 3PBGA 1LWJA 4ZFMA 3QR3A 3WH9A 2VX7A 4URIA 2WCAA 4ZXOA 1OSEA 1JG9A 1UKSA 5GNZA 2DDXA 4JCMA 4UOQA 3WEZA 5BRQA 1CXFA 2E3ZA 1XYFA 4WJXA 2XGBA 2YLLA 4AIUA 3OIHA 3E1F1 2WHLA 3I3EA 3BAYA 3CHFA 1J12A 4MB3A 1DWGM 4J3SA 2O9RA 3CUHA 3AIRA 3N11A 1UD4A 1XV8A 1UH3A 4NRRA 3AICA 5C71A 3S2CA 4DUXA 1X6LA 1MWOA 3BAIA 1DWHM 4R5EA 5LYRA 4TVCA 4WF7A 1ISWA 4J3WA 3ZJ8A 5HNNA 5D8ZA 2E0PA 5M3WA 4GIAA 3OLDA 2BXYA 2CEQA 3VIPA 1PZ2A 4F79A 1G01A 4CU7A 1OWQA 3AYRA 1RP9A 3A4AA 1JAEA 2YA0A 2C0HA 2DT2A 3WL0A 4AZGA 3QOMA 4RE2A 1VEPA 2F61A 5I78A 4J3TA 4HTYA 4W7UA 2HISA 4TOQA 3GXDA 4B9ZA 3L4TA 1WZMA 1N82A 1EGZA 2WCSA 1ITXA 4HMEA 4JKMA 2AOSA 4HPHA 2PC8A 2ZX7A 3BSGA 2YDQA 4F8XA 3O6AA 2D0HA 3DHUA 1TCMA 2DH3A 2QMKA 3EDKA 1W9DM 3SCVA 1Q6FA 2G3JA 2VZVA 3M6DA 3MV11 3VIJA 3ECQA 2E9BA 3IJ9A 1OT1A 3GH7A 1BTCA 1JAKA 1E70M 1KFWA 1UKTA 1UKQA 2F2HA 2VTFA 4HZ8A 4XV0A 4HZ6A 3MUZ1 4W7VA 3WQWA 2X05A 1CWYA 4IPNB 3UETA 2OYMA 1QI0A 5A2BA 1BYAA 2ESCA 2J78A 3PN8A 2CXGA 3MMDA 3PZOA 3UR7A 1OIMA 4KRUA 1JF5A 3QHMA 4QP0A 3NYDA 3WENA 1L8NA 2J7EA 1H4PA 2E40A 1H2JA 3TOPA 2DEPA 4BQ4A 1QPKA 3WNLA 3VMNA 2YL6A 4D71A 1KXTA 1UR2A 1YHTA 2WMKA 4DWSA 2W4XA 4GXPA 1CGYA 3VKKA 2WMIB 2AMGA 4P7RA 2E8ZA 1XH0A 3OA5A 5FD0A 1CXHA 4PSPA 1BF2A 4UTFA 2CKSA 1FH9A 5A94A 1QBAA 1U33A 2VX4A 3FAWA 2WC3A 4ZE4A 4JIEA 1JXKA 1NWTA 3VGBA 4EKJA 2WANA 1JNDA 1KBKA 2D22A 4F9DA 4EANA 3DYOA 2G3MA 1GONA 2VL4A 5BWFA 2CBUA 2WVVA 1C91A 3M7SA 5A2CA 4H2CA 4UQAA 3WQ5A 1D7FA 5A6KA 3VDCA 2J25A 4C7GA 4B15A 2G3NA 1W1PA 1E4IA 4AD0A 1BFNA 1UA3A 2ZUMA 3AFBA 1G1YA 3ZR5A 1E6NA 3M46A 1ZS2A 5CGTA 1ISVA 4GZIA 3O9NA 1UG6A 2E9LA 2YL9A 1WP6A 3AQUA 3CBWA 2O92A 2Y24A 3FW6A 5HPOA 3OLGA 2EPKX 1AMYA 3LPOA 1KGUA 2YBUA 5ABEA 4W87A 3WIJA 4CCDA 2JFEX 2OYKA 4W84A 3HN3A 4W5ZA 3TTOA 2BY2A 4U5KA 3PZIA 2CYGA 4D6IA 3U7VA 4UCFA 3PZGA 1MFVA 1TE1A 1C8QA 3ARTA 3RILA 3BAJA 4KGJA 2CETA 2EQDA 1GOMA 2O9OA 1UKPA 5CJ5A 3GZAA 1IZKA 1TVPA 3VGEA 2ZWZA 5JIPA 3AS1A 2GDVA 3WD2A 1J0ZA 2E8YA 5I2UA 1PX8A 2YL5A 9CGTA 1NQ6A 4QAWA 3SCNA 5A6BA 1AVAA 4H41A 1E5JA 1JL8A 4DWSC 2JF7A 2XWEA 4PTMA 2DT0A 4P7OA 3WDRA 4ATLA 2ZX6A 4OOZA 4PMYA 4WLCA 1C92A 4GPNA 5IFTA 1ITCA 1EA9C 4D1IA 1ESWA 1FP9A 3VNYA 2BVTA 1H09A 3DYPA 4GO9A 4AD5A 1JI1A 1UYQA 2YDSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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