2YDRA

Cpoga d298n in complex with p53-derived o-glcnac peptide
Total Genus 238
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
238
sequence length
579
structure length
579
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDNIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Clostridium perfringens
publication title Synergy of Peptide and Sugar in O-Glcnacase Substrate Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
total genus 238
structure length 579
sequence length 579
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2011-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2ydrA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ydrA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2ydrA01
3EBVA 4JFSA 2WMFA 4CD5A 2CIPA 5TD4A 1GOOA 3AMKA 4BQ5A 3MSGA 4PMOA 4FLSA 2GVYA 1D2KA 3MSDA 1EOKA 3W6LA 3WDPP 2WCSA 2WCAA 4MPKA 3N17A 1V6VA 4AZCB 1JIBA 3VIMA 2XGIA 4HMCA 4C7DA 3T2PA 3WNOA 4KMQA 3VGBA 3AIVA 4IM4A 1G94A 3NSNA 1HKMA 4JKLA 3GZAA 3CTTA 3VIPA 3VDBA 4H2CA 4J7RA 1VAHA 3M07A 3AZSA 5FL0A 3HU7A 3KL3A 5A2CA 3EDEA 1UD6A 1OIMA 1QNRA 1M04A 4M24A 3WUEA 1E4IA 2VC9A 3EYPA 4DWSB 1YQ2A 3MV01 5E0FA 1US2A 5D8WA 2VI0A 1U30A 2YA2A 5IXEA 3VMNA 3WUFA 2GK1A 3WD2A 2CERA 3WMBA 4AYSA 1E15A 1VENA 3WEOA 5CJ5A 5IFPA 1WZMA 2DDXA 3L4YA 9CGTA 1U2YA 1KCLA 4ZE5A 1NWSA 1AMYA 3BLKA 4M56A 5HPCA 2PB1A 1V08A 3NSMA 3EMZA 4UFKA 3IANA 5BCAA 3FY1A 1JAEA 1ITCA 2VRJA 1OCQA 3POHA 4Z2HA 4A3YA 1MW1A 1A3HA 5BRQA 2XWDA 3K4DA 5E9AA 4F8XA 1EQPA 1JD7A 4W7UA 5A3HA 1GVIA 2E8YA 1XV8A 3VIGA 2PWHA 1Q6DA 3IK2A 4LPCA 4YHGA 5EMYA 3K8MA 1HJUA 1GOQA 1FP8A 5CGMA 2G41A 2YIHA 1C90A 3T0DA 4MB5A 3WDHA 1W9UA 4CN6A 2VX7A 3B9AA 3WDIA 2G4FA 4DUWA 2WKLA 2ZUNA 3PTQA 4LYPA 2OSXA 3WFLA 3WF4A 1JNDA 4WKAA 3MUAA 1B0IA 3DYMA 4PTMA 1E6SM 3KZSA 3LPGA 2V5CA 3AMLA 2DSUA 2FGZA 1B90A 3VNYA 3UG3A 4LGXA 2VURA 3WNLA 4AWEA 3ZMRA 1GJWA 2XG9A 4CCCA 1E6NA 3BMVA 2D24A 5BXSA 3TOPA 3WH7A 3BGAA 2W67A 3CZLA 5DT7A 1H4PA 1UR2A 4GKLA 4AD5A 3U7VA 3WBAA 2BHYA 7TAAA 4MB3A 1K6AA 4UFHA 3I3DA 3G6LA 3OBAA 3A6OA 4RL3A 2WLZA 3CUJA 1BYCA 2ZXDA 5JBFA 1FA2A 3WF3A 1KXVA 4UOZA 4F9DA 5BYWA 5I0DA 3EDKA 4M29A 3ZQ9A 4WSKA 4AZCA 1H0GA 1W9XA 1QHZA 1HJWA 3WSUA 2YA1A 4HTYA 1JFHA 1CXIA 2GJRA 1QNOA 5ABFB 1OGGA 4UQEA 2XTKA 1GQLA 2HVMA 4MNLA 1OIFA 2E3ZA 3DYOA 3NYDA 1V0LA 1YHTA 1Q6CA 3VO0A 1BG9A 1HT6A 3WFZA 3OIHA 4AIOA 4OOUA 4NI3A 1VB9A 4PMUA 2XM2A 1E6QM 2ZOXA 1IZJA 2VT0A 4PBGA 1V6WA 4M8UA 1CGWA 2EPMX 1UWIA 2IUZA 5CSUA 2BV9A 2XFFA 4J3WA 4U5KA 1GQIA 2VRKA 3WDRA 1V0NA 4TXEA 3WD1A 4HOZA 2Y24A 1PX4A 3VDHA 2EQDA 5A6SA 1CGVA 3MMWA 3VDAA 1AQ0A 2WHKA 3WD4A 3BAKA 1ITXA 1UKQA 4U2ZA 2EBNA 1B3YA 1HJSA 3PZGA 2WZEA 1E0XA 1OT1A 1V02A 2J7EA 2O9TA 1EHNA 2VX5A 1E4NA 2CBJA 3W0KA 5A2BA 2WHMA 2CHNA 1WZLA 3ZO9A 4PMDA 1KGUA 3N11A 4PCSA 1V3JA 2XUCA 2YL8A 3UERA 4WK9A 5CG0A 5A6LA 4B16A 3J7HA 4X0VA 3QHOA 3ARRA 4JHOA 5M03A 3F5JA 2DT3A 3VIFA 4P8VA 1UWQA 1IV8A 4J3VA 1SR0A 1XD0A 2F61A 3KEHA 4URIA 2V38A 2OYKA 2VJXA 4PSPA 1JYWA 2ZXAA 3F4VA 1BYAA 2XVNA 2YKKA 8CGTA 1KXTA 2FH6A 3ZSTA 4AD0A 2ZUVA 1EDQA 3CGTA 2DQXA 4ATLA 4B15A 4XZBA 3AXXA 1QW8A 4TUFA 1EO5A 2DSKA 1CLVA 3BAIA 3WD3A 3OB8A 2EPLX 3GXIA 1Z32X 3W81A 1TCMA 2JE8A 3TA9A 3ZT7A 4WIWA 1G9HA 1NOFA 4UTFA 1H2JA 1HP5A 1W1PA 4MNKA 1TA3B 1DEDA 5D9OA 1J10A 2WBGA 3ZSSA 4AD1A 2WHJA 2WVVB 4UQAA 2BFGA 2QLYA 1Q6FA 1XD1A 3AYSA 2OYMA 3VGHA 5I3DA 1NWUA 1JFXA 3WELA 3U7BA 1XYFA 2WNWA 4TOQA 1KWKA 4D6DA 4QCEA 4U2YA 3AI0A 1UHVA 5FL1A 1WAWA 3EMQA 4ZE4A 5ABHA 2A3BA 5IFTA 5I6SA 2ZE0A 3NCOA 1ZU8A 2AAAA 4PTVA 3VMOA 1JGIA 3GXDA 2WK2A 4AXNA 1UR0A 1XH1A 1CBGA 4AZ5A 3CBWA 4ZENA 3OA5A 2E8ZA 3ZJ7A 3AHYA 3AS3A 3SUUA 3CZEA 4FMVA 1HX0A 1E4LA 3SCOA 2BY0A 3GNOA 4JFVA 2VL4A 4D6EA 1B3ZA 1XGZA 1UR9A 5ABFA 4AZ6A 5FD0A 1HKKA 1LQ0A 2ESCA 3THCA 1SFSA 2YBUA 1UWSA 4P7NA 4QLJA 1TUXA 1CXLA 4MB1A 4PMQA 1LLOA 3CHDA 4PSRA 1C8YA 2CPUA 4EAMA 4AD4A 4ACZB 5A8NA 3OZOA 1ISZA 4OBSA 3GH5A 3AZRA 5HOSA 3A4WA 3T0AA 2G3MA 4UFMA 1B1YA 1OT2A 4FLRA 1M53A 4D72A 1TE1A 5I79A 2VR5A 1BVNP 1UYQA 1PEZA 4WKFA 2QHAA 2E4TA 3MU7A 1ZS2A 3WNPA 1QOXA 1PIFA 2XYLA 2CKRA 3GH7A 1KGXA 4D1JA 1Q4NX 1E56A 1JZ3A 2X0YA 1EQCA 1CTNA 1VFFA 3SCPA 3D3AA 3ARVA 4HU0A 5I23A 3PZIA 2RGMA 1WP6A 5JBEA 2CITA 4Y7EA 2WAGA 4GINA 4JCLA 3QHMA 1HXJA 1UUQA 3VPLA 2XSBA 3W38A 3L4TA 1HNYA 5HBFA 3VIKA 4MNJA 3BLPX 4MDPA 3BAWA 1FH8A 1VIWA 2WWCA 5KEZA 4W89A 4A3HA 3N13A 3WQ4A 4NZCA 4CD4A 1B3XA 4F9JA 4U3CA 1IT0A 1M03A 3TTOA 4E4PA 4YHEA 3ZR5A 4P8XA 1K9EA 3K46A 1D3CA 2XIBA 1EHAA 5CGTA 1HKJA 4JFWA 4ZFMA 4H8HA 2UWFA 1JNEA 3OLGA 3ZT6A 1B9ZA 1FH7A 1HL8A 1KXHA 3VGEA 1E3ZA 3EMCA 2ZUSA 1UKOA 2X0HA 4CD8A 4W8LA 3CH9A 1J18A 1KR0A 2D3LA 3VUPA 3L4VA 1UWUA 4L4OA 1KCKA 1TA3A 3S6TA 3SCVA 2WVVA 3PZOA 3HJEA 1QI5A 4C7GA 3RM8A 1W32A 1UD5A 2YA0A 3RMEA 2BNJA 4KH2A 1CGYA 3PTMA 8A3HA 2WMKA 5BROA 1R87A 1GQKA 2PI6A 1JZ8A 4EANA 1K9DA 1WDSA 4ACYA 1TZ7A 3RCNA 4JFUA 3T2OA 3APGA 3O6AA 1JYXA 4OZOA 4MJ2A 1F4AA 1E9LA 2CYGA 1W3HA 5ABGA 2EJ1A 3IAQA 2JF7A 1W9VA 2HISA 5JUVA 3WEZA 3VILA 3WH9A 5CLWA 4H41A 3VGDA 4FLOA 1LL4A 3A3HA 1EGZA 2ZXBA 3WEMA 4Z2LA 4IISA 2YDRA 3VMPA 1JYVA 1GHSA 3QR3A 4J3XA 1OD8A 4B9ZA 3RDKA 1G0CA 1BF2A 3AZTA 2OSWA 4PUEA 3POCA 4S3JA 2A3HA 1KBKA 3K1DA 4KRTA 2W66A 2Y8KA 4J27A 4XV0A 3WUBA 6TAAA 1JDAA 4BQ2A 1VBRA 3MUY1 4W8BA 1ISWA 2Z1SA 4W93A 4ACZA 4W85A 1B31A 1XH2A 3PZUA 1ISVA 1H3GA 4CCEA 1PX8A 5A6BD 2J7DA 1SYTA 1HVXA 1QNPA 1QNSA 1QHPA 5DT5A 4B3LA 3M6DA 3N04A 3VDCA 1QI0A 4HMEA 3VOCA 3ARYA 2D0FA 1C8QA 1CGTA 4U3AA 2V5DA 1LF1A 3AHVA 3N18A 3HMCA 4YPJA 2WCGA 3W24A 1ZJBA 4TTUA 5JBDA 2WBKA 1WNOA 3CMJA 4OIFA 3UG5A 4WJXA 4CD6A 1PZ2A 5A1AA 5ABEA 4NF7A 1JXKA 2EXOA 4KGLA 4UR9A 1DWGM 5I78A 3BAXA 3AIRA 5AYBA 5A8PA 1VJZA 1XC6A 1HN1A 4V2XA 2ZUTA 3L4XA 1CDGA 2OLHA 3W27A 3VD3A 1LWHA 1R85A 3UESA 4BQ4A 1QW9A 2UY5A 3WIJA 1JI1A 4HU8A 1JZ7A 4J3SA 1H0IA 1JF5A 5CSYA 1HJQA 1BLIA 1JAKA 3ARPA 5F7UA 2VQUA 4UFIA 5D8ZA 3AHXA 1JXJA 1C91A 2J47A 1JL8A 1FP9A 4HP5A 4QAWA 4CD7A 1EA9C 4AIUA 1V3HA 1A47A 4IPLA 1I1WA 4S3KA 3VD7A 3ARZA 5AC4A 1TVPA 1J9YA 1B3WA 1OB0A 2FDMA 4MAZA 2WXDM 3UG4A 2W61A 1ODZA 1CECA 1BTCA 2IXUA 1Q6GA 1O6IA 3N1AA 1H1NA 3BH4A 4ML4A 2PWGA 1M01A 5FOOA 4JHZA 3KL5A 3RPMA 1X1NA 5HDRA 7A3HA 1AQMA 2CEQA 3U5YA 3OGRA 4QP0A 3W29A 3AIUA 5DO8A 3VIIA 2VCBA 1WZAA 3VX0A 3WF1A 1C8XA 4WLCA 4CCDA 5HXMA 4M82A 3PZNA 2WMGA 2E9BA 5CPSA 1JD9A 5E09A 3VD4A 3NIYA 1WDRA 2X09A 4LXFA 5I24A 4IUGA 1LWJA 2VCAA 2CBUA 4CVWA 3FXYA 1E6XM 1XSJA 4R5EA 4DWSC 1PZ3A 4U33A 3SUWA 1XSKA 4ZXLA 2WSKA 3ARTA 3VIOA 2XVGA 4D1IA 3CHCA 4IPNB 2VVSA 4EKJA 4XZWA 3OLEA 2JEPA 1GPFA 3W6MA 1FFQA 1RP8A 3SCTA 1VFUA 2WLYA 3FAXA 4ATDA 5GQBA 1JG9A 2PWFA 4BZYA 2G8ZA 5LYRA 1UZ4A 4U5IA 2UY3A 3VGGA 3WQ8A 3GNPA 1C93A 3OLDA 2WC7A 3AS1A 1ZL1A 3WNMA 4CUCA 2J79A 1BQCA 3FHQA 3WNKA 5CPQA 1V02E 1ISXA 2D1ZA 2J77A 3KWXA 3CIVA 4W7VA 2YDSA 5DF0A 1V6YA 3IJ8A 2VQTA 4DWSA 4TTGA 3CLWA 2XVKA 4D6GA 2ZX9A 4AD3A 3IJ9A 1O7AA 3WH8A 1WDPA 4OBRA 1KB3A 3QOKA 4AZBA 2PBOA 2IXVA 4AMCA 4AD2A 1F4HA 1BG4A 1KFWA 3AS0A 4D6FA 1UKSA 5IHSA 4E8DA 3ARXA 2ZXQA 3OGVA 3DC0A 2MANA 3WBEA 4C90A 2YL5A 1MFVA 3E1F1 1GCYA 1DTUA 2B31A 4ZXOA 3CUHA 5E6YA 3I3BA 5A8MA 4L4PA 4UFJA 4AZIA 1FH9A 4WKHA 3QOMA 3UR7A 4QLLA 3T08A 1UD2A 4MNMA 1DWIM 1E5JA 1V6XA 3LMYA 3MMUA 2VZTA 5E0CA 1TFVA 1LJYA 2G3IA 2ZICA 2ZUUA 3I3EA 4ATWA 2QMJA 4AEFA 5EBAA 2J4GA 3SCUA 4UCFA 4H7VA 3K4AA 5LA0A 1ISYA 2WYSA 5LA1A 2WANA 3TTQA 3NSXA 3AIBA 1DWHM 3WDJA 1N82A 3GH4A 2WVUA 1DP0A 2ZIDA 4C91A 3ZJ8A 3CZKA 2CNCA 3FNDA 4UNIA 5HNNA 4Z2GA 4AZHA 4LYQA 4UOQA 1B2YA 1UH3A 3WL1A 4P8UA 1NH6A 2WHLA 5AYIA 4U31A 2WW5A 5GNYA 1ZBCA 3BAYA 2EPNA 1XRVA 1ZBKA 3ZJKA 1CWYA 4LYRA 2CXGA 1RH9A 3WN6A 1V0KA 3OGSA 1P6WA 3BSHA 1NP0A 1HJVA 3VTRA 4KGJA 2BHUA 3EDDA 4M80A 3RO8A 4GZEA 2QF8A 1ZJAA 2VR4A 1WO2A 3WY1A 1W3KA 4CU6A 2W4XA 1UD4A 4D6IA 5A94A 1RPKA 2GJPA 3AS2A 1L0PA 2XJ7A 1QBAA 1BYDA 1QHOA 1XSIA 1PIGA 2XVLA 5A6AA 4W88A 3CO4A 4B3KA 5A2AA 2VTFA 2ZUWA 2Y4SA 4AY1A 3L4WA 2V3GA 1OM0A 1TMQA 4GXPA 3FAWA 5M17A 4YN5A 1XCWA 3TP4A 4PMNA 4HA3A 1HL9A 1BGGA 3ZOAA 5EFFA 1UOKA 4AISA 3WD0A 1R86A 1UWTA 3GXMA 3U5UA 3EDFA 3BCDA 2ZWYA 1GORA 4PMVA 2W63A 3AXHA 2DSZA 3VU2A 1R8LA 1UH2A 1NOWA 2DIJA 3PZVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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