2YDRA

Cpoga d298n in complex with p53-derived o-glcnac peptide
Total Genus 238
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
238
sequence length
579
structure length
579
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDNIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synergy of Peptide and Sugar in O-Glcnacase Substrate Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Clostridium perfringens
total genus 238
structure length 579
sequence length 579
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2011-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2ydrA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ydrA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2ydrA01
5JIPA 2GVYA 1VENA 1C8YA 5I2UA 3EBVA 3ZQ9A 2EQDA 3AIVA 3W6MA 4TTGA 2F61A 3ARXA 2YKKA 3L4YA 3QHMA 6CGTA 1JYWA 1VIWA 4GZEA 1QHPA 4P7OA 4A4AA 4F9JA 3WF1A 3OLDA 1W9XA 4UFMA 2WC3A 4CD7A 1JZ2A 2ZWZA 4W8AA 1CGUA 1E4IA 1UKOA 2TAAA 3ARTA 3WQ8A 4MAVA 1Q6FA 2FH8A 4CD8A 3PZUA 1V6WA 1OINA 4RE4A 1E70M 3WFZA 5FKYA 5HOSA 1HIZA 1ESWA 3CUIA 1UA3A 5DFAA 1J10A 1UWSA 3BMWA 2XPKA 4N0RA 3BSGA 1BHGA 2CKRA 3UERA 4UQ9A 3WD2A 4QP0A 1K9DA 1Q6DA 4PSRA 2NW0A 1Y7VA 4XB3A 3DC0A 4CGTA 1UH3A 3N9KA 3CMGA 5EB8A 4Z2KA 2E9BA 5ABEA 3AXXA 1WB0A 4MB4A 2J4GA 2E40A 2UY2A 1UH4A 1E4MM 4OZOA 3OLIA 5I23A 4UQBA 1HJUA 4DUVA 5AC4A 1CPUA 3TONA 3RJYA 4DWSB 5DT7A 3CZGA 2WVVA 1XH1A 2XIIA 1FP8A 1MW3A 1NP0A 1QI0A 1WDSA 3ZT6A 3ARRA 2CCRA 4PBGA 1H49A 4DWSC 1PX8A 3JUGA 5IHRA 1WZAA 3ECQA 3VIPA 4AISA 1G5AA 1C7TA 3CHDA 4GQRA 3RIKA 2J78A 2BV9A 5DT5A 1M53A 3VGHA 3OZPA 4W89A 3W37A 1R86A 4AZBA 1OGSA 3WNLA 1W9UA 2NSXA 1E3ZA 2Y24A 2XSAA 2YA2A 1JZ4A 1K9FA 3AFBA 4Y7EA 3VM5A 3QOMA 1JGIA 2J7BA 4UOZA 2YL8A 4BCEA 4KWUA 1V02E 3BC9A 4CU8A 3WSUA 4LXFA 1JIBA 4HA1A 1J0ZA 2WBGA 4TVUA 4TX6A 2PB1A 3AYRA 1MQPA 1ZBVA 4AD5A 1YHTA 2G3MA 2BY3A 3L4TA 1EQPA 1US3A 1W9VA 3WQ5A 1VBRA 1JDDA 5GNXA 4FK9A 2VR5A 2ZXQA 3PN8A 4GI8A 1HJXA 5A6AA 1OD8A 2VC9A 4CVUA 5E9AA 4HA3A 8CGTA 4AC1X 3WQ6A 2DH2A 2GUYA 4ACYA 3CUJA 3BXWA 1R7OA 5A3HA 3WUBA 2XVKA 3CO4A 2CBUA 4MPKA 4E2OA 1ZJAA 4U2ZA 4B3LA 4CD6A 5AY7A 4D6JA 3WDIA 5A8QA 3PZGA 4U3CA 2WMHA 1L8NA 1LQ0A 1AQHA 2WW5A 1UD8A 4PEEA 2ZUVA 1E0XA 2XWDA 1MWOA 1E6PA 3FAWA 2BVYA 3LPFA 4PUEA 3VD9A 1J18A 2YL6A 2EO7A 3VIFA 1JZ3A 4GKLA 4H7VA 4QLLA 3PTMA 1KGUA 3I3DA 1UWTA 2A3HA 1C92A 1WNOA 5LA1A 1XRVA 2YDSA 2XFRA 3BGAA 3MUAA 1GORA 2WNWA 1CYGA 1H4PA 4PMRA 2WC4A 1TMQA 3NSXA 4E8CA 3W26A 1O7AA 1E40A 4OIFA 4W5UA 1I75A 2XJ7A 2XM2A 1PX4A 1B31A 2UY4A 4LPCA 3MMWA 3G6MA 2PWHA 3VIJA 3GZAA 5A8NA 1H41A 1W1VA 1MXDA 1PZ2A 4AIUA 4WK9A 3AIEA 5AYBA 2W61A 2OWCA 4JFSA 4C91A 3MU7A 3OIHA 2JF7A 2BXYA 4AD2A 3AMKA 1IV8A 4D6GA 2HVMA 2VQTA 4TUFA 3FNDA 2EJ1A 4AD4A 2BY2A 1HNYA 4BQ2A 5LA0A 1K9EA 2CPUA 4D6CA 3O9NA 3PZTA 4HZ6A 1MVYA 1Q6EA 3RO8A 2VZOA 1JAKA 3F5LA 4ACZB 1TFVA 2FHCA 1XSIA 3GDBA 1PJ9A 1FH9A 1LG1A 4MB3A 1CWYA 4MB1A 4V28A 5A6BD 2CXGA 3GYCA 3AHTA 1ZS2A 1U30A 1PBGA 1H0GA 1D2KA 5HDRA 2CBJA 4NRSA 4UQEA 1E0WA 4Z2JA 2VZTA 4JFTA 3PBGA 4J3SA 4HPGA 4IISA 2CNCA 5GNZA 1HP5A 1ISZA 3QR3A 3VDAA 2YLAA 1BVNP 4FMVA 2V3FA 4ZE5A 1MQRA 2C7FA 4B9ZA 2WHLA 1UHVA 1HVXA 2QHAA 2WMJA 3CIVA 1QHZA 2XGIA 3MMDA 3RMEA 1OBAA 1MFVA 3A47A 1KBBA 1UWQA 4FLQA 1W1TA 3ZJ6A 3ZT7A 1UR9A 4JKKA 4W85A 4Z2HA 1GVYA 3A3HA 2YOCA 2AOSA 2J7HA 1V3IA 1UQZA 4GI9A 4RE3A 3KL0A 1HKMA 1V6VA 3ALGA 1QW9A 3WF0A 2CHOA 2V3DA 3RCNA 4MNMA 3EMCA 5HBFA 2VVNA 3RM9A 4PCSA 1GQKA 1WZKA 3CZLA 2CHNA 2VVSA 3PHAA 2V3GA 1DTUA 4J3UA 4D1JA 3OGRA 5EBAA 2W5FA 3LPPA 3T0DA 2J77A 4X0NA 4Q7NA 4U31A 2BHZA 3WDQA 1MYRA 4J27A 3CMJA 5F7UA 1VRXA 2BY1A 1XCWA 2OYLA 5I79A 3BSHA 7CGTA 2W67A 3SURA 2YA1A 2VRQA 4D71A 1RP9A 1CXEA 5CPTA 1QI3A 2JEPA 5JUVA 1QI4A 3UG3A 1J01A 5CG0A 1ZU8A 4A3YA 2QPSA 4B16A 5A6SA 2J8GA 3VMOA 3LPGA 2DT1A 6A3HA 4XUYA 2CYGA 3CZKA 5JBFA 2ZUUA 1PIGA 2G8ZA 5HPOA 8A3HA 4PMXA 1CLXA 1FHDA 3EDDA 4WSKA 1GZJA 2JIEA 7TAAA 1B3XA 4GI6A 3MUZ1 2OYKA 1HF6A 3BAWA 1UD3A 2CKSA 4B3KA 3N18A 2D3LA 3MUY1 2DSVA 4U5KA 4LQ1A 2VX6A 2J47A 4U3AA 1U2YA 1NARA 1Q6CA 4XZWA 4F79A 2XVNA 4U2YA 3NUKA 4W88A 1NWUA 1GNXA 1BGGA 1NWTA 4BZYA 5TD4A 3T08A 2VJXA 5BWFA 1VAHA 4M29A 3VIIA 2ESCA 4BQ4A 4DWSA 1E72M 1W9PA 1XD1A 3VMPA 3VD7A 1KXTA 4AZ5A 4JL1A 2XWEA 2VURA 2Y5EA 4W87A 5GQBA 1JD9A 5CJ5A 3MKKA 2WCSA 4HU8A 1W3JA 2DT3A 1QOXA 5BXRA 3D3AA 5IFTA 2XTKA 4H8HA 4AY1A 4CN6A 3KEHA 4CCCA 4LGXA 3AYSA 4CN4A 2D24A 1DWFM 1HN1A 1WO2A 3U7VA 3W29A 1WDQA 2QLYA 1C90A 1H11A 3T09A 2O9TA 2VUYA 4FF5A 1GHRA 2PWFA 4M56A 2V5CA 2D3NA 5IXEA 1UD5A 2DDXA 1UWUA 2XG9A 2WSPA 3UESA 4L4OA 3T2QA 3UCQA 5A6JA 2GFTA 2XUCA 4UOJA 5BRPA 3GTNA 4CUCA 4KGLA 1BYCA 2WCAA 3AJ7A 1JYNA 3GH7A 3W81A 2OWXA 4PTXA 2ZIDA 1V6UA 4W86A 1V08A 1KGWA 3RM8A 4XX6A 4IUGA 2WVTA 2X0HA 2WXDM 3SCSA 4C7GA 3AMCA 3AIUA 2VZSA 4M80A 1HXJA 1LF1A 4NZCA 1GOKA 5ABGA 1JZ6A 4Z2LA 1HL8A 4D6HA 4AW7A 2WZHA 1RPKA 1XC6A 5DEZA 1D7FA 1Q4NX 3POHA 3IJ8A 3OGSA 5I0DA 1HKKA 3KZSA 1JI2A 1UKTA 6TAAA 4W7UA 1C3FA 2YL9A 1OM0A 3A6OA 2EPKX 4URIA 1E6SM 3ALFA 2ZX6A 3SCQA 2G4FA 2ZUNA 4QDMA 4NRRA 1HKIA 1WP6A 1PZ3A 1UKPA 1ZBWA 2WVUA 4M24A 2YBTA 5BYWA 4PMOA 1M04A 1NWSA 3ARVA 1VF8A 3AMGA 3WNPA 1UWIA 2DT0A 3B9DA 1DWJM 3QHNA 3WY1A 2BVDA 4ZENA 1WKYA 2NT1A 4GO8A 4MTVA 3F5KA 1BQCA 2G3NA 3AS1A 4FLOA 3UR8A 2XIBA 1RP8A 3DYOA 3CTTA 1VBUA 1GQIA 2PWGA 1G1YA 2WB5A 3VUPA 3LPOA 3L4WA 5D8WA 4UFHA 4FLRA 5CGMA 3VIKA 5CGTA 2VX5A 2QMJA 4CU7A 3TTSA 3WUEA 1KB3A 2UY3A 3N12A 2W92A 4S3JA 1FA2A 5M3WA 1ISVA 1OD0A 3U5YA 1EXPA 2BY0A 3CUGA 1QI2A 1K9TA 3EMQA 4H2CA 3W25A 1V0KA 2AAAA 4EK7A 5E6ZA 1JF5A 1W9BM 1H5VA 2WCGA 3FXYA 3SCTA 1GQLA 3VMNA 3W82A 1JZ7A 1I1WA 3FY1A 1CXHA 5FD0A 2JF6A 1X1NA 1P6WA 3GXDA 1HJVA 4DUXA 1GW1A 3II1A 5BRQA 3SUTA 4AEFA 3I3BA 4PMVA 3OB8A 3OLGA 4ACZA 1S46A 3WH7A 4ATWA 3WNOA 4KMQA 4FLSA 3OGVA 4J3TA 1HP4A 2DIEA 4R5EA 3K4AA 2VOTA 2UY5A 4H8VA 4C7FA 2YL5A 1LL7A 2WHKA 1GQJA 3B9EA 3ARQA 2J7GA 1ZBCA 4H41A 2W66A 4MNKA 4GQQA 1ITXA 5EFFA 1JI1A 3AXHA 2WPGA 5IHSA 2FHFA 3VGDA 1NOFA 3NDYA 3L4VA 1IZJA 4KH2A 2IXUA 3WQVA 3N13A 1B30A 4UFLA 2J74A 2GJXB 2ZUMA 3ZJKA 2EEXA 4UTFA 4OJYA 2YA0A 3L4UA 3FHQA 5CPSA 5FOOA 5I24A 3VILA 3CZJA 1UD2A 1FOBA 4S3KA 3TA9A 3VGBA 3VIGA 2BS9A 2WANA 2DPEA 3VNYA 1E73M 2MANA 2XSBA 5C8BB 1BSIA 1JFXA 2D22A 3N17A 1K6AA 1PEZA 1G01A 2WVSA 2J62A 5CPQA 1QVBA 2YJQA 9CGTA 3VTRA 2PI6A 1EIBA 3B8SA 1UR2A 4EKJA 3WH8A 1AMYA 4JCLA 1L0PA 3BAKA 1FHLA 3MO4A 2VT0A 3AIBA 1BYAA 3ZMRA 2X09A 3WUFA 1E5NA 4KRUA 3ARSA 1AVAA 4C90A 2BHUA 2EPMX 3QOKA 1MW0A 4D72A 1WDPA 2J25A 2ZX8A 4W5ZA 4Z2IA 2E0PA 4LYPA 4UZUA 4AD1A 1CGWA 5FL1A 2F2HA 2PC8A 3SCRA 5CLTA 2YBUA 2WHMA 4JHZA 4PTWA 1MXGA 3ARYA 3CZEA 3G6LA 3T0AA 1E6ZA 4D1IA 1PIFA 3VIMA 3WNNA 3N15A 3AQUA 2YDRA 5LA2A 1B1YA 2Y2WA 1U33A 2J7FA 3VDCA 1RH9A 2DT2A 3E1F1 4AEEA 1J0IA 2E4TA 2VL4A 3W6LA 2OWWA 3EDFA 5D9NA 3U5UA 4HOZA 1AQMA 5I78A 5BCAA 4TVDA 1EOMA 3WELA 4PMUA 4HZ8A 1CBGA 3GM8A 3WN6A 1LG2A 1ZL1A 3LMYA 1GUVA 3WBEA 2Z1KA 4PMQA 1VFMA 5KZ6A 1XSJA 3AISA 1NOUA 4P8XA 5C70A 1ECEA 1X6LA 4WF7A 1J0HA 3OA5A 1KXQA 1SMAA 1E1EA 3SCVA 2D1ZA 4AYSA 4PN2A 3M46A 4D6IA 3MS8A 3PTQA 1GHSA 1NM9A 1NH6A 1JNEA 1UR8A 4MDPA 4YHEA 3ZSSA 3IAQA 4J28A 3PZMA 3GXMA 3AHXA 5D4YA 1DHKA 2ZICA 5CZKA 1A3HA 3W24A 3PZOA 5M17A 5AC5A 1B9ZA 1VEPA 1XGZA 3F5JA 4PUDA 3PTKA 3WDJA 1XHGA 1JZ8A 5AYIA 3GNRA 1V3JA 3HN3A 3SCPA 5A6KA 1UR1A 5JBDA 2WWDA 1UH2A 1SR0A 4DM2A 1EO7A 4EANA 2C0HA 3DYPA 4JCMA 1BLIA 4CD5A 5E0FA 4JL2A 1E6RA 1GCYA 1B3WA 1FH7A 3KWXA 4AD3A 3GNOA 1W1PA 1J0JA 1GONA 4GINA 2WAGA 4QLKA 4HZ7A 2JE8A 4YHGA 4H04A 2CBVA 2G3IA 2VI0A 1F4AA 3K1DA 2VO5A 3AIRA 1G9HA 3WD4A 2E9LA 4OUEA 1OSEA 3O6AA 4PYSA 2XYLA 3VD3A 1XH0A 3K4DA 4E8DA 2OYMA 1CNVA 1J9YA 3W4RA 1TE1A 1LJYA 3BLPX 1W91A 3SCWA 2HISA 4B9YA 4HOWA 2D0HA 1R85A 5I3DA 1VFFA 4HOXA 2WKGA 1R7AA 3VKKA 4UFKA 5A2CA 3WBAA 1UD4A 3N11A 3VGEA 2J79A 4AMCA 3L4XA 2Y8VA 1JDCA 1CGVA 3IAPA 3WH9A 1BG9A 1V3HA 3VVGA 4WKFA 2E3ZA 3AMDA 4L4PA 2EBNA 3NSNA 1V0MA 1V03A 4CD4A 1ODZA 5ABFB 1NP2A 1PAMA 4P7QA 1W32A 4P7RA 3AIWA 3AS3A 2O9OA 3CHEA 1DP0A 2VRJA 3CGTA 3ZSTA 4HMDA 4DM1A 4AZ6A 1JXKA 4GO9A 1XYZA 3APGA 4TVCA 3VIHA 1WE5A 4YN5A 4CVWA 4OOUA 2VNCA 3BAYA 1UZ1A 1A47A 3WDPP 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3AOFA 1J0YA 2OSXA 1DWIM 2FDMA 3AICA 1BF2A 1TR1A 4WSJA 4CN1A 2DEPA 2PBOA 3K8MA 1V3KA 4B15A 1JNDA 1W3LA 4WJXA 3WNMA 2WBKA 1QNQA 2GK1B 4OBRA 1BVZA 3NCOA 5EFDA 3PZVA 4ATDA 3AXIA 1JDAA 3VO0A 5DMYA 3PZQA 3A4WA 3TTQA 1KGXA 3SUSA 1OGGA 1TA3B 3B9AA 3EDJA 2QMKA 5FIPA 4HMEA 3KL5A 5DO8A 4UQDA 3K46A 1WPCA 1OIFA 4W8BA 1EH9A 2WMKA 1CIUA 1UR0A 1HT6A 3OZOA 4CU6A 1G94A 2GDUA 4BS0A 1CXIA 2PWEA 5HNNA 3BMVA 1GJUA 1LLOA 3SIMA 5M5DA 4AWEA 1CLVA 1B90A 3IK2A 5A1AA 4Z2GA 2XFYA 4AIEA 3T2PA 1FFRA 4LYQA 4IPNB 4PMDA 4QCFA 3F4VA 1ITCA 4M81A 4UZSA 2WWCA 1BGAA 1XCXA 3ZOAA 2GJRA 4ML4A 2D2OA 2EPNA 1N82A 1E55A 3K8LA 4CCEA 2C8NA 1BYDA 4J3XA 4J3WA 5A8OA 2J7DA 2EXOA 4KRTA 3WFLA 3THCA 1MW2A 4MDOA 4QFUA 1UQYA 4LYRA 2WC7A 1AQ0A 3EDKA 3AI0A 3IANA 3WD0A 3WL1A 1EHNA 3WF2A 3GBDA 4JKMA 3A4AA 4DUWA 4IM4A 4ZE4A 4K68A 4GZIA 4RE2A 2VX7A 2J8FA 2W91A 3OBAA 1CXFA 1E6NA 3S2CA 4D6EA 4CCDA 2VCAA 1UR4A 4E4PA 1BYBA 3N1AA 3CZ8A 3WIJA 4YPJA 5M03A 1M01A 1JFHA 2D20A 3ARPA 1XSKA 3BCDA 3AHZA 2CEQA 4JFVA 2QV4A 1TVPA 1E5JA 3IJ9A 1CGXA 3OG2A 1QW8A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 5JIP A;  2GVY A;  1VEN A;  1C8Y A;  5I2U A;  3EBV A;  3ZQ9 A;  2EQD A;  3AIV A;  3W6M A;  4TTG A;  2F61 A;  3ARX A;  2YKK A;  3L4Y A;  3QHM A;  6CGT A;  1JYW A;  1VIW A;  4GZE A;  1QHP A;  4P7O A;  4A4A A;  4F9J A;  3WF1 A;  3OLD A;  1W9X A;  4UFM A;  2WC3 A;  4CD7 A;  1JZ2 A;  2ZWZ A;  4W8A A;  1CGU A;  1E4I A;  1UKO A;  2TAA A;  3ART A;  3WQ8 A;  4MAV A;  1Q6F A;  2FH8 A;  4CD8 A;  3PZU A;  1V6W A;  1OIN A;  4RE4 A;  1E70 M;  3WFZ A;  5FKY A;  5HOS A;  1HIZ A;  1ESW A;  3CUI A;  1UA3 A;  5DFA A;  1J10 A;  1UWS A;  3BMW A;  2XPK A;  4N0R A;  3BSG A;  1BHG A;  2CKR A;  3UER A;  4UQ9 A;  3WD2 A;  4QP0 A;  1K9D A;  1Q6D A;  4PSR A;  2NW0 A;  1Y7V A;  4XB3 A;  3DC0 A;  4CGT A;  1UH3 A;  3N9K A;  3CMG A;  5EB8 A;  4Z2K A;  2E9B A;  5ABE A;  3AXX A;  1WB0 A;  4MB4 A;  2J4G A;  2E40 A;  2UY2 A;  1UH4 A;  1E4M M;  4OZO A;  3OLI A;  5I23 A;  4UQB A;  1HJU A;  4DUV A;  5AC4 A;  1CPU A;  3TON A;  3RJY A;  4DWS B;  5DT7 A;  3CZG A;  2WVV A;  1XH1 A;  2XII A;  1FP8 A;  1MW3 A;  1NP0 A;  1QI0 A;  1WDS A; 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