2YDRA

Cpoga d298n in complex with p53-derived o-glcnac peptide
Total Genus 238
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
238
sequence length
579
structure length
579
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDNIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synergy of Peptide and Sugar in O-Glcnacase Substrate Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Clostridium perfringens
total genus 238
structure length 579
sequence length 579
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2011-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2ydrA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ydrA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2ydrA01
3AIRA 1BPLB 1WZAA 3IJ7A 4HZ8A 3T0AA 3PZTA 4LYRA 4AD4A 3D5HA 3KL0A 2Y5EA 1W3JA 1JYNA 2AMGA 4D6DA 4BZYA 1DWAM 1XGZA 3PZQA 1X6LA 4CU8A 3VDBA 3DHUA 4HZ7A 1J9YA 1GJUA 4QP0A 1BVNP 2CHOA 2CBJA 2XYLA 5BCAA 1BGAA 3OZOA 3EDEA 1XYZA 4PMVA 3I3BA 4TVUA 2YA2A 3I3DA 4UOJA 3VMOA 1UH4A 3ZIZA 2YA1A 2XM1A 3WUFA 2JIEA 5A2AA 1GOIA 3EMCA 1W9XA 1B3XA 1RH9A 4CN1A 2VCBA 1EQPA 4HA4A 4CCCA 4CUCA 1W32A 4UFIA 3AMLA 4U5IA 4KRTA 2ZUSA 5IHSA 4C90A 4AZGA 1E5NA 4UQCA 4GI8A 1PX4A 5A2CA 3VNYA 5A95A 2CBIA 2XSAA 3ARZA 1FH8A 3VDAA 5A6KA 4D6HA 1UZ4A 2VQUA 3W26A 2XFRA 4M24A 4QCFA 3WN6A 3HJEA 3VIMA 2ZWZA 3HU7A 1G9HA 4S3KA 1H4PA 4WK9A 2YIHA 6CGTA 1UKQA 4WLCA 3MUIA 1JZ7A 1UR2A 2WMGA 2O9RA 3EMZA 3MKKA 2GJXB 4P8XA 1DHKA 1V02E 2UY4A 3TP4A 2EXOA 3PHAA 2EPNA 5GNXA 3RIKA 2GDUA 2J62A 5GPRA 1NOUA 1QHPA 1B31A 3CHEA 2GFTA 3VIJA 1HIZA 1M04A 1LL7A 1UA7A 2QV4A 4HA3A 4TOQA 3VUPA 4CD8A 3VOCA 7CGTA 3TTOA 1ISWA 2GK1B 1VF8A 2OYLA 3UETA 2JF7A 1JZ5A 5FOOA 1BFNA 4B9YA 1V6UA 1J0KA 2WVVA 3VPLA 4ZE5A 2GDVA 5ECUA 2WMKA 4R5EA 2WC7A 2OWXA 1TA3B 1ISYA 1HKKA 1WP6A 3WFLA 4BS0A 4DWSC 1AQHA 1V0MA 2WMFA 4ZE4A 4IISA 5EFFA 3ALGA 1RPKA 2BY3A 3ZT5A 1ECEA 2VX4A 4PCSA 4BA0A 4UFJA 1CGXA 3VIIA 2Y24A 4GI6A 3OG2A 1H41A 3WMCA 2IXVA 8A3HA 3A6OA 2DGAA 5BXSA 4ATDA 4UZSA 2VRJA 3PZIA 3WUBA 1EQCA 1HP5A 4WKHA 1E70M 1OM0A 1FP9A 3AHXA 3MUZ1 2DT1A 4JL2A 4GQRA 1FP8A 2D23A 4M81A 1MW0A 3WSUA 4W86A 3ARSA 3AIBA 5HPCA 5BRQA 1JF5A 4W8LA 4AYSA 1CEOA 1BYAA 3CUHA 1HVQA 2B31A 1SR0A 3WH9A 4JCMA 4D1JA 1J0IA 1A47A 2WYSA 3E1F1 1DEDA 4WKFA 1V3JA 3AJ7A 3MMDA 3VDHA 1HKIA 5IFTA 3WDQA 4P8UA 2F61A 3THCA 1B30A 4W7VA 4BQ2A 2HISA 3WEMA 4JFTA 4XUYA 5E09A 1RP9A 4ATWA 4TUFA 2XM2A 2WLZA 3OZPA 4ZXOA 2VCAA 1W9VA 3B9AA 1JG9A 4GZJA 5AYBA 2X0YA 3SCWA 5A6SA 1UR1A 3AS3A 3QHNA 4ATLA 2YLLA 1BLIA 3AIVA 1PIGA 5I78A 2XHYA 4OOUA 4AWEA 5I77A 1E3ZA 2UY5A 3WDIA 1C91A 1PX8A 3ZJKA 3VU2A 3ARUA 2CERA 1HX0A 4GZIA 5FD0A 3O2LA 5AC5A 3CBWA 4WSJA 1UD2A 5A6BD 1PBGA 5AY7A 2ZUWA 2PWDA 1J0JA 2VR5A 4PEEA 2W67A 2WHLA 1BQCA 3PBGA 2DH3A 5CQ1A 5E6YA 2NSXA 4B16A 1TMQA 1ISXA 5HPOA 2J7GA 2WSPA 4IPLA 2WHKA 2J74A 1C7SA 2W5FA 4OKDA 2OYKA 4M56A 4FLRA 1NWUA 4C7FA 3ARWA 4HTYA 1UKSA 2XSBA 3L2LA 4P8VA 3FN9A 1HKJA 1ZU8A 1TCMA 2VQTA 4PCTA 5C8BB 5HBFA 1KWKA 4YPJA 1UWIA 1WZMA 1UHVA 3W25A 1JYWA 4BQ5A 3CPUA 2CIPA 4WKAA 1WKYA 1XCXA 2CKRA 1JI2A 1DTUA 3B8SA 4PMXA 3M07A 4MNKA 1KBKA 1TZ7A 2E9LA 4QDMA 4PTMA 4W87A 1UR9A 3TONA 2GSJA 3WNMA 2CESA 3A4XA 4D6GA 5D9OA 1BF2A 1JNDA 1PJ9A 4V27A 4NRSA 2D24A 3N18A 1ZS2A 1JZ3A 2WVVB 3GH5A 1A3HA 3WELA 1Y7VA 3NSXA 3MV01 1D3CA 4PMYA 3W53A 2W66A 3J7HA 2X8RA 1CTNA 5A6AA 1CPUA 1US2A 1NP2A 2CXGA 1V3KA 3BAKA 1H49A 1KB3A 1JZ2A 1C8QA 3PZGA 3U7BA 3CZGA 5F7UA 1QPKA 5BXRA 4TX6A 5HDRA 3K8MA 3VIGA 2EQDA 2ZUNA 1ISVA 3GM8A 1OINA 1UD5A 1HP4A 3W37A 2ZX5A 1PEZA 4M8UA 1ZBVA 1E55A 4MNMA 1JXKA 3AIWA 2DT3A 3AXHA 2VI0A 1UQYA 1W3LA 3CMGA 4PMQA 3W28A 1QBAA 5I0DA 1OGGA 5FCZA 1OB0A 5A8MA 1E0VA 1VJZA 3PN8A 3VGHA 2J75A 1GW1A 1EOKA 2W91A 1W1TA 3OBAA 3AROA 2X1IA 5CSYA 4DUWA 4LGXA 2XGBA 4OJYA 3WF2A 2ZICA 4R27A 2JFEX 1M03A 3PTKA 1XSJA 3GH7A 2J4GA 1UKPA 1EA9C 1TE1A 4JKKA 3QHMA 2W4XA 4J3UA 1DWHM 2NW0A 4FMVA 2XTKA 1E6SM 2BY1A 4J3TA 4AZIA 4WSKA 1R87A 3CHDA 3W0KA 5DMYA 3AHTA 5FKYA 4HMEA 4JHZA 2XVLA 1GZJA 3AS2A 2PBGA 1I75A 4V28A 1LQ0A 2VL4A 2WB5A 5DT5A 1GHSA 2XUCA 2OLHA 1B9ZA 1QW9A 3JUGA 3AMKA 2QLYA 1C93A 4YN5A 3VD4A 4UQAA 1W9PA 1GQJA 2WW5A 1E6RA 3N17A 4JFUA 1E56A 4EK7A 1CXKA 3MMWA 4W7WA 3WQ8A 1CECA 4D72A 3U57A 2YJQA 4CD7A 3ECQA 4GPNA 3VD3A 3G6LA 1JL8A 3T0DA 2WZHA 1W2VA 1OT2A 1OD8A 4ZFMA 4AXNA 1J0HA 1DWJM 2CNCA 3CMJA 2VZUA 2CITA 5LA2A 1XD1A 5A2BA 1O7AA 1US3A 3T2QA 1HNYA 1E71M 1E40A 1KQZA 3SCOA 5DO8A 3CUJA 4TXEA 5A8NA 1CXIA 3CTTA 4TVDA 5EB8A 1QHZA 5ABHA 4URIA 1EOMA 2O92A 3CZLA 4FK9A 1E4IA 1UR0A 1Z32X 1B3VA 4U2YA 1KQYA 4WJXA 3PTMA 2ZXBA 2GJPA 3IANA 2QF8A 2E9BA 5A8OA 4U31A 3WDRA 1NARA 1MQQA 1UWUA 4JCLA 3SCPA 4GO9A 1GORA 2XPKA 1V3LA 1CLVA 1CGYA 1LG1A 1VFFA 4J3XA 1WPCA 1W3HA 3WD2A 4CN4A 1GVYA 4S3JA 1MWOA 3IJ8A 5CLTA 2WBKA 4LQ1A 1ESWA 5ABFA 2V5DA 1E73M 4U33A 5EFDA 2G4FA 4CCDA 1KR1A 1C3FA 2G3IA 5I24A 2XG9A 3BH4A 1CXEA 5D4YA 3NIYA 2WMIA 1PZ3A 4D71A 3NYDA 1J11A 4IPNB 4EAMA 3WD1A 4PTXA 2J7BA 4W84A 1HJSA 2VZSA 4HPGA 1XRVA 2J79A 2W92A 3WY1A 3DYPA 3AXXA 3SIMA 4QLLA 3W38A 5FL0A 1WNOA 2DPEA 1HL9A 1KXVA 2D2OA 2TAAA 3OB8A 4Y7EA 3ZT7A 2RGLA 2Y8KA 3T0BA 2GUYA 4B3KA 4ML4A 2QPSA 4CVWA 5CPSA 1OIMA 2WVSA 3UR8A 9CGTA 2VJXA 3WMBA 2XVPA 2O9OA 1U30A 3WNPA 2CETA 1QNSA 2A3AA 4N42A 3O6AA 3POCA 4FLOA 4DWSD 1R86A 2BXYA 2YKKA 3SUWA 2ZXAA 1GQIA 4HU0A 1H0IA 1JIBA 3ZR6A 3THDA 5ABGA 1JDAA 3F4VA 4UZUA 4JHOA 1QI3A 5DEZA 1Q6DA 4BQ4A 4NRRA 4HOZA 1PPIA 3MU7A 4AEEA 1G5AA 2EBNA 1R7OA 1GOMA 2YL9A 1CLXA 2D0FA 1CDGA 5E0FA 2UY2A 3CHCA 1WAWA 1OT1A 3CUIA 4D6JA 3RPMA 5JBFA 1HJQA 2VNCA 2VUYA 5IXEA 3VNZA 2GJRA 5GNZA 3BMVA 3WD3A 3TTSA 3CZ8A 1UWRA 1DWIM 1J10A 2WKLA 4TX8A 3L4ZA 2XWDA 3FNDA 3QOMA 2OSXA 1DP0A 1K6AA 1UQZA 3U5UA 4HA1A 4PYSA 3UCQA 4B3LA 3KEHA 2WSKA 1JD9A 1QNOA 1ZBCA 1J0ZA 5M3WA 2WXDM 1B1YA 5AYIA 1BYDA 2JEQA 1MYRA 3AICA 1FFQA 3DYOA 3SEPA 3RDKA 1QI0A 4AY1A 3ZM8A 3NDYA 4YHEA 2E8ZA 4NI3A 2C0HA 3AHYA 5E9AA 3SURA 1KGWA 3K8KA 4W89A 5IDIA 3FAXA 1KGUA 4AD2A 4U3CA 3SCQA 5BXTA 2BHUA 4P7LA 3VO0A 2WZIA 1TUXA 4XB3A 3FHAA 3O9NA 5IFPA 4J28A 2DDXA 4DWSB 3WEOA 5I79A 1CGVA 3N13A 5LA0A 2WK2A 3G6MA 3F5LA 3VIKA 5D9MA 1OGBA 2QMKA 3CUGA 4PMDA 1HJUA 3WNKA 1MFUA 1GCYA 2WBGA 1WO2A 1KCLA 3WNLA 4P8WA 4Z2HA 5CPTA 3W24A 3LPPA 4U5KA 2J8GA 4LXFA 4B15A 1WB0A 1V02A 1OIFA 1K9EA 1OBAA 3CHFA 1Q6GA 4KWUA 2FHBA 1E4MM 3L4TA 3B9EA 3SCRA 3IAQA 1BVZA 1JFHA 4Q22A 1X6NA 3WF0A 3QGVA 1TFVA 4HPHA 2JEPA 1F4AA 3WENA 5KZ6A 2WZEA 4LYPA 2FH8A 1RD6A 2Y4SA 3CH9A 3M6DA 3NSMA 1UR8A 2ZE0A 5BXPA 3BMWA 3DECA 1QBBA 2DQXA 5HOSA 4AD1A 5CG0A 3DC0A 1KR0A 2VTFA 3MUAA 2CEQA 1LL6A 1NOFA 3BC9A 5A6MA 8CGTA 3SUVA 2J47A 3T09A 3WDPP 4TTGA 3L4UA 4KH2A 4X0NA 4PRWA 2PBOA 3CZJA 3K46A 2OWCA 3AISA 5AC4A 4MNJA 3RM9A 3QR3A 3QOKA 4Z2LA 1AMYA 2WMIB 1BG9A 2CCRA 1SMAA 1UA3A 4L4PA 4GIAA 1MW3A 1HF6A 2WC3A 3VMNA 4IM4A 5BROA 4UFMA 3N9KA 4AIUA 3VVGA 4PMOA 1ISZA 2J7EA 3S2CA 3MSGA 1E0XA 1H2JA 3ZJ7A 2D1ZA 5E70A 3RO8A 4HOXA 4UOZA 4JZ5A 3MMUA 2PWEA 2D0HA 3WL0A 2GVYA 2V3DA 1UKOA 3BCDA 4P7RA 1JD7A 2VOTA 2FHCA 4Z2IA 3VGEA 4BF7A 2MANA 2E0PA 2WMHA 4RE2A 5I2UA 2PI6A 3F5KA 4OZOA 3OGSA 1IZKA 2G3NA 1NQ6A 1B3YA 3CIVA 1MFVA 2YL8A 3ARYA 5HXMA 1QI4A 4UR9A 3CGTA 4OOZA 3IK2A 1FHLA 3VILA 3AYSA 3BSGA 3MSDA 2WCSA 4KRUA 2XVKA 1XH2A 1XSKA 1ODZA 2E8YA 3TA9A 3DYMA 4GZEA 5FL1A 1MVYA 3ARPA 3MS8A 3CZEA 3UESA 1VFMA 3S6TA 3K8LA 4ACZA 4HMCA 1SMDA 1JNEA 4TVCA 4J3VA 3SUTA 1ZB5A 3AXIA 3KL3A 2O9PA 2J77A 2YBTA 1BG4A 3LPGA 3GXMA 1XV8A 2V3FA 2WWCA 2PC8A 4TTUA 1S46A 3RCNA 3GXFA 2OSWA 2E40A 4H7VA 1R8LA 2FDMA 3VGFA 2ZOXA 2YOCA 2C8NA 4P7QA 5FIPA 4PSRA 5TD4A 3AIEA 3RM4A 3KE0A 3GZAA 4CU7A 3VKKA 1CBGA 1W91A 4H8UA 2YLAA 1GVIA 3T08A 4MB1A 1LL4A 3VX1A 1D7FA 5A1AA 4GO8A 4EKJA 4ZEPA 1CNVA 1EO7A 4W5ZA 2CKSA 6A3HA 5A6JA 2J7FA 3WFZA 1J01A 1U2YA 2CPUA 3HMCA 4NF7A 3BAJA 4EANA 5M17A 3WQWA 1K9TA 3AIUA 3II1A 4C7GA 2PF0A 1WDQA 1UWSA 7A3HA 2QMJA 1VRXA 2XVNA 4CD4A 4PMNA 1YQ2A 4D6EA 4UQDA 1E72M 1U33A 3W6LA 1TG7A 3WUEA 4MNLA 4J27A 1UKTA 2X05A 3RILA 1LWHA 2W61A 3K4DA 3CLWA 3VGGA 3SUSA 3GNOA 1HVXA 1FH7A 4W88A 3VM7A 5GNYA 4DUVA 4F66A 2EJ1A 3A4AA 4LYQA 1L0PA 2AAAA 1V6XA 3EDKA 4M1RA 1BGGA 5I5RA 4RL3A 4KGJA 3WMSA 4MJ4A 2DH2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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