2YDRA

Cpoga d298n in complex with p53-derived o-glcnac peptide
Total Genus 238
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
238
sequence length
579
structure length
579
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDNIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synergy of Peptide and Sugar in O-Glcnacase Substrate Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Clostridium perfringens
total genus 238
structure length 579
sequence length 579
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2011-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2ydrA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ydrA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2ydrA01
1QPKA 2OSWA 5BRQA 3AIQA 3AOFA 3LPOA 1JZ6A 2ZICA 3AIEA 2UY3A 2VNCA 1WB0A 3ARPA 3ARRA 1E15A 4TOQA 2XFRA 3II1A 4H04A 1SFSA 4Z2GA 1VBUA 4M82A 4HMCA 4JHOA 4TVCA 1QI2A 3A47A 1XCXA 3BLPX 3VM7A 3W0KA 1UH4A 3TA9A 3UR8A 1XCWA 1BVZA 2V3DA 3JUGA 3VIMA 5ECUA 3NDYA 4CD4A 2ZXBA 1H0IA 4WJXA 5A2BA 1GHSA 3EMCA 3VIPA 4ZEPA 4KGJA 3MANA 2BNJA 1QI0A 2G3IA 3SCVA 2A3HA 2D2OA 1RP9A 1CTNA 1Q6CA 5GPRA 4K68A 1XV8A 3RM8A 2WNWA 3VM5A 2A3CA 1V6XA 1CXEA 2E8YA 4JL2A 1UKPA 3SIMA 1QBBA 3UG5A 3TTOA 3T08A 4PMZA 3N18A 4HOWA 4WF7A 5GNYA 1CGWA 2XVPA 1V3HA 3CH9A 3RJXA 4NSBA 4PTVA 3CZEA 3CMJA 1ZU8A 4HMEA 4IPNB 4XZBA 5A69A 3F5KA 3AHVA 4DUVA 1C7TA 3OGSA 1PBGA 4C90A 4LXFA 4YHGA 4W5ZA 2AOSA 1VEOA 1TMQA 4D6IA 2ZUWA 3UETA 2QV4A 1MW3A 4PRWA 1BSIA 1W1VA 3CHEA 3ZSTA 2DSZA 1UR2A 2J4GA 2JFEX 3MU7A 4M24A 5D4YA 2W92A 4F79A 3VILA 3I3BA 1B3VA 1W3JA 2WC4A 2WLZA 4Y7EA 1OIFA 3B9DA 1M03A 2WMKA 1BYDA 5CPQA 2O9PA 3CO4A 1BFNA 5BRPA 4F8XA 2DH2A 1E6ZA 4AZBA 2YOCA 5EBAA 2D0HA 4V27A 5A6LA 4UQCA 1UD2A 3T2QA 4PMUA 2WPGA 5DFAA 3AHTA 3ARSA 3FY1A 3SCPA 4FMVA 4CU7A 3K4AA 2CEQA 4CN4A 4U33A 1WPCA 1CENA 3W53A 1WZAA 1UG6A 2VMFA 4P8XA 4FK9A 4AIEA 2JF6A 1LL4A 3GZAA 1J18A 1KGUA 3AJ7A 3RM9A 1DWHM 1NP2A 2VRJA 4U2ZA 3K46A 1CXFA 4DWSD 4EKJA 1DWAM 1EHNA 2ZX7A 3UG3A 4W84A 4P7NA 1JXKA 2V3FA 5KEZA 3AZTA 1EOMA 1JZ3A 1CXIA 1TCMA 1B0IA 3EDFA 2WK2A 3AXXA 4TX8A 1C90A 3CZ8A 4CU6A 3QHOA 2BXYA 3OLIA 4ZXLA 4PMOA 5ABGA 2XWDA 4MNMA 1WDSA 2G3NA 3GXDA 3WIJA 1GZJA 2CBIA 1W91A 1NP0A 3AS3A 5JBDA 1OWQA 4LYQA 5FOOA 3WBAA 1UUQA 1DEDA 1J0YA 1FOBA 3BAWA 2CYGA 3CHFA 1UR9A 4GZIA 2ZOXA 2J47A 1V6WA 3IJ8A 1JGIA 3WL1A 2RGMA 4D72A 3W37A 5HDRA 2WVVA 1CGXA 4UQBA 4KWUA 3QOMA 2C0HA 2E3ZA 4B9YA 2C8NA 5BYWA 3K8KA 4C7GA 2J7CA 4QCEA 1AMYA 2YL9A 1MQPA 1E72M 4W8BA 4GINA 2BV9A 1E6PA 1UWIA 3BAJA 1H5VA 2XVNA 3G6MA 2DT0A 1VFUA 1QW8A 1WDQA 3EMZA 4AZIA 4AISA 2YL6A 5EFFA 5AC5A 1V0NA 2FGLA 1QNQA 3OZPA 8CGTA 3ZO9A 3UERA 5A2AA 2VO5A 1QI3A 1BF2A 1PJ9A 4ATLA 4S3JA 1HKJA 1JDCA 1C7SA 1GUVA 1UA3A 1QBAA 4OOZA 1QHOA 5KZ6A 4J7RA 1EHAA 2YBTA 2Y4SA 4IISA 2X09A 3NYDA 3AZRA 3LPFA 4PMNA 1E55A 4HOZA 1E4MM 4PCSA 3ARZA 1AQHA 2ZUTA 3PZTA 1J11A 2VTFA 3SCQA 4BS0A 1DWIM 3VDBA 3AFBA 3ZSSA 5IFPA 2DGAA 1TA3A 2D0FA 3T0BA 2Y8KA 5ABFB 5I77A 4BQ2A 3PZ9A 3N15A 5A2CA 3PTKA 4JKMA 4OIFA 4CU8A 2BVTA 3VX0A 3SUVA 2XM1A 2RGLA 1KWGA 4Q7NA 3SCNA 1CBGA 1KCKA 4ATWA 2VZOA 3DHPA 1KQZA 2VRKA 1BAGA 4R27A 5I6SA 3VGEA 1ZJAA 3WD4A 1TZ7A 5EFDA 2YA1A 4X0VA 4RE3A 2X0YA 5ABEA 1KB3A 2BY3A 4TXEA 4U5KA 4MB5A 5BWFA 4HZ7A 3WQ8A 4HU0A 4UFHA 1SMAA 4WKAA 4U5IA 3WNNA 3WF0A 1J0HA 4FLRA 2VR5A 4OKDA 1LWHA 1BYBA 2PWGA 1AQMA 4JFTA 3WY1A 5GNXA 1KGXA 4RE4A 2XWEA 1X1NA 2BY0A 1X6NA 5A6JA 3WF4A 2XVKA 1R85A 2X0HA 3AMCA 4U31A 1JG9A 3BAKA 3VD4A 3OB8A 2YDQA 3PZGA 3L4ZA 2JEPA 3SUWA 2D20A 4AEFA 1HKKA 2D3LA 1GPFA 1JZ5A 4UOQA 4CN1A 4IUGA 2JIWA 3K8LA 5DT5A 4MDOA 3WF2A 1I75A 1V0MA 4GQQA 3RO8A 2WVVB 4L4OA 5LYRA 1CYGA 2Q8XA 2XSAA 5I3DA 2GDVA 2JIEA 2OLHA 1JIBA 3U5UA 3OA5A 1M01A 2VL4A 2Y2WA 1W1PA 2J62A 3A4XA 3DYMA 4CKQA 2VX5A 3EBVA 4F66A 3BSGA 1NOWA 2J75A 5CPTA 3L2MA 4AW7A 5A6BD 1ODZA 3W25A 3BAIA 2FHCA 3FAXA 3UG4A 1IZJA 2WMHA 2FGZA 4UFMA 2DSVA 7TAAA 3VIHA 3IK2A 1MQRA 2X05A 3VIGA 4XV0A 1UH3A 3ARTA 3GXMA 3BXWA 4D6JA 4D6CA 3AYSA 5E6ZA 1JAKA 2OYMA 5DF0A 4ACZA 4U3AA 3WH6A 2DT3A 1WAWA 2VVSA 1PZ2A 3EYPA 1HP4A 2CITA 5M17A 3ZT6A 2CCRA 3I3DA 3VOCA 2ZX8A 1TA3B 3PZQA 3CLWA 2OYLA 3M46A 3AZSA 3GXIA 2XFYA 1E9LA 1C92A 3WMBA 2HISA 4NZCA 1WDRA 3EDKA 3MO4A 4GPNA 1TVNA 2NT1A 1HKMA 4KH2A 5FD0A 1UD8A 3VX1A 4URIA 5IDIA 4AD3A 1FFRA 2ZXAA 4TVUA 3VNYA 4NI3A 5DEZA 5BXSA 3KZSA 2XGIA 5JBEA 1BG4A 1FFQA 3WUGA 2D23A 3SUUA 3WEOA 2OYKA 3ARWA 1G1YA 2EJ1A 4ACYA 2Y24A 1C8XA 5CLTA 3FHQA 5A6KA 1UWQA 3T0AA 2PI6A 2VCBA 2OWXA 4MAVA 1U33A 4UQDA 2DSKA 5FCZA 4CUCA 3VIJA 3WF3A 3VIKA 1R87A 4UOJA 3GM8A 3AMLA 2WKLA 5FL0A 3CBWA 4DWSA 1Z32X 4D6GA 1EDGA 4DWSC 3CZGA 2C7FA 4V28A 1UYQA 3VMNA 4MJ4A 3EDDA 3MSDA 3SEPA 1JI2A 4H8VA 1ISWA 3NUKA 2G3MA 5IHRA 1UWTA 4QDMA 4OBSA 1CZ1A 4QP0A 2W63A 4CVWA 4AIUA 5CSYA 1W9PA 4MNLA 1WO2A 3SCUA 4LYPA 4DUWA 1EGZA 1BHGA 5GNZA 2DT1A 3VIIA 2VI0A 3D5HA 5D9PA 2F8QA 1YHTA 3WEZA 1J9YA 3J7HA 2JALA 1K6AA 4KGLA 4BZYA 5A8QA 2GJRA 2Z1SA 4JHZA 3N11A 1J10A 3VGDA 4OZOA 4MADA 4CD8A 4UQAA 2V3GA 1DTUA 5C8BB 2EEXA 4N42A 1GJUA 1UWSA 2W5FA 3NIYA 3ARVA 3MUIA 4UFLA 4P8VA 2YJQA 3KWXA 1CNVA 4YPJA 1D7FA 3A4WA 5HPOA 3T09A 1HL8A 4PMRA 1EO7A 1NH6A 3N17A 3IJ9A 5LA0A 2CESA 4AD2A 1OD0A 3DHUA 4CCEA 2QHAA 3VUPA 1W3KA 1E56A 1MW2A 5TD4A 3WH8A 3U7BA 5E0CA 2CBVA 1KXHA 4GO9A 1QOXA 1CPUA 3OLGA 2QPUA 2XIIA 1ECEA 5CGTA 4GO8A 3OG2A 2PBGA 4ACZB 2YIHA 4J3WA 5HXMA 5CGMA 2EPLX 3VD7A 1HJUA 4BQ3A 1WKYA 4F9JA 4TTGA 3SCWA 1M7XA 3ARXA 2WSPA 4W7UA 1J0KA 1XD1A 4PUEA 4BQ4A 1M53A 1VFMA 4QAWA 3ECQA 5A8OA 1SMDA 4AZCA 3VD5A 2WSKA 1PAMA 3AIBA 1Q6FA 4FLSA 2WHKA 4MJ2A 1ISVA 1VENA 4MNKA 4CD5A 1B2YA 2BS9A 1E70M 1UQZA 1HJWA 3F5LA 3A3HA 1V02A 1W1TA 1RP8A 2J8FA 2WHMA 2XUCA 2E0PA 1VRXA 2CHOA 2VR4A 3APGA 3WQ6A 3WQWA 2F2HA 4A4AA 3BMWA 1W9VA 2VOTA 3N04A 4P8UA 3G6LA 1XHGA 4LGXA 4P8WA 5D9OA 2GJXA 1QHZA 3OGRA 1V08A 3CHCA 4JCLA 3ZT5A 4UFKA 4AZ5A 1LLOA 4ZFMA 5FKYA 5IFTA 1SR0A 1JFXA 4AYSA 1XGZA 1AQ0A 1OSEA 1WE5A 4WSKA 3AYRA 4B15A 4DUXA 4WK9A 4TVDA 3NSNA 1NWUA 1FHLA 2E8ZA 5A6AA 1NOFA 1C8YA 1VFFA 2GDUA 3VDCA 2VQTA 3L4VA 2OSXA 5E0FA 3CZKA 4W89A 2O92A 5HNNA 1NM9A 1KGWA 1W9DM 2XYLA 3TTYA 2FH6A 2GSJA 2VX7A 1W9BM 5EMYA 2YKKA 3K1DA 3WENA 3WL0A 5DMYA 1J12A 2VQUA 2FDMA 3ZR5A 4ZE4A 4DM1A 4HPHA 3F4VA 2PF0A 4HA4A 5JUVA 1JFHA 3ARYA 1OINA 1AVAA 1V6YA 1CGUA 4WSJA 2ZUMA 4D1JA 2ZUSA 5JIPA 1UD5A 1BYAA 2BHZA 3CUFA 1I1XA 4BA0A 1E73M 3GBEA 1W3HA 4QLKA 1EDQA 1E5NA 3O2LA 3W6LA 1JYXA 2ZIDA 3PZNA 2Y5EA 1Y7VA 4W88A 2VT0A 1GW1A 4W8AA 2CBJA 4HZ8A 5I78A 3M6DA 1KR0A 2VC9A 2QPSA 4LX4A 1XSKA 2WHLA 2X2YA 5AYIA 4C91A 5HPCA 3VDHA 3WN6A 4BCEA 4PMDA 2CXGA 3OIHA 5I24A 3AMGA 1KBKA 4X0NA 4AZCB 2XJ7A 3FHAA 2PWHA 1B30A 1EQCA 4OBRA 3LMYA 4V2XA 2QLYA 4B16A 5A6MA 1HJXA 1C91A 4W8LA 1R8LA 2X8RA 4JFSA 3WH9A 1A3HA 3PZMA 2EPKX 3L4UA 1V3JA 1ZBWA 3EDEA 3SCOA 3AROA 4N0RA 1HX0A 3ALFA 3GNPA 1E6QM 1VEPA 1C8QA 1PPIA 4RE2A 1DP0A 2D22A 3IAPA 1GORA 1OGSA 2JF7A 2WWDA 1R7OA 2BFGA 2FH8A 1BQCA 2ZUUA 3U5YA 5A6SA 5LA1A 1VIWA 3BSHA 1K9FA 1H4PA 2QF8A 1FP8A 3F5JA 2YDRA 5E09A 1B3ZA 5AYBA 4H8UA 2E40A 1E43A 2WKGA 1E1FA 1UKTA 1TUXA 4AMCA 4CD6A 3WD3A 4UFIA 3ZJKA 1JYWA 4E2OA 2CHNA 2V38A 1OT2A 2GK1A 2JEQA 1UD4A 5ABHA 2WB5A 4UNIA 3TP4A 1WDPA 5CZKA 2YLAA 5AY7A 2NW0A 1V3KA 3BLKA 1JXJA 1JZ2A 2VX4A 3B9EA 3AQUA 2J7GA 4AWEA 2WW5A 5CG0A 4A3HA 3QR3A 4JFVA 2WVUA 1OM0A 1IV8A 4EE9A 1JL8A 2E9LA 1GQLA 3WDJA 3KEHA 5M03A 4C7DA 3WDHA 4H8HA 1JF6A 2DH3A 1MXGA 2WZEA 2W62A 2XG9A 1CXKA 1U30A 2J8GA 1ZS2A 1EXPA 2EPNA 3M07A 4HPGA 3SUSA 2G8ZA 2J78A 2UY5A 1QVBA 2XTKA 2J7FA 4JKKA 2WMIA 3WDIA 1GOIA 2EO7A 1ITXA 4W85A 4D6FA 3OBAA 4U3CA 4P7QA 3ZQ9A 1UWUA 3B9AA 1DWGM 2WCGA 3HJEA 1OT1A 4PMYA 3MV01 3CIVA 3AISA 1W9UA 4JL1A 1B3YA 1E4IA 4NRSA 2NT0A 2WVSA 4HU8A 2ZXDA 4XB3A 1F4HA 7CGTA 4C7FA 5F7UA 5E6YA 5I5RA 5I23A 2UWFA 3W81A 4IM4A 2NSXA 2VZUA 5D9MA 4A3YA 1BTCA 4BF7A 1QNOA 4AZ7A 5BXTA 3AICA 3PTQA 2CETA 3CUIA 3MUAA 1GOOA 3D3AA 3WH7A 1US2A 1JDAA 3WMCA 1HXJA 3W4RA 1XH2A 4HP5A 2QMKA 4AC1X 4MPKA 5M5DA 1D2KA 1VB9A 4PTWA 2V3EA 4GQRA 3GNOA 5A8PA 3GDBA 1C93A 3IAQA 4Z2HA 1MFVA 3HN3A 1ODUA 1JZ7A 4M1RA 2DT2A 2DQXA 5C70A 3VGBA 1UR0A 3WD0A 4UZUA 3CPUA 3RMEA 1ZB5A 3AHYA 2GVYA 3M7SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1QPK A;  2OSW A;  5BRQ A;  3AIQ A;  3AOF A;  3LPO A;  1JZ6 A;  2ZIC A;  3AIE A;  2UY3 A;  2VNC A;  1WB0 A;  3ARP A;  3ARR A;  1E15 A;  4TOQ A;  2XFR A;  3II1 A;  4H04 A;  1SFS A;  4Z2G A;  1VBU A;  4M82 A;  4HMC A;  4JHO A;  4TVC A;  1QI2 A;  3A47 A;  1XCX A;  3BLP X;  3VM7 A;  3W0K A;  1UH4 A;  3TA9 A;  3UR8 A;  1XCW A;  1BVZ A;  2V3D A;  3JUG A;  3VIM A;  5ECU A;  3NDY A;  4CD4 A;  2ZXB A;  1H0I A;  4WJX A;  5A2B A;  1GHS A;  3EMC A;  3VIP A;  4ZEP A;  4KGJ A;  3MAN A;  2BNJ A;  1QI0 A;  2G3I A;  3SCV A;  2A3H A;  2D2O A;  1RP9 A;  1CTN A;  1Q6C A;  5GPR A;  4K68 A;  1XV8 A;  3RM8 A;  2WNW A;  3VM5 A;  2A3C A;  1V6X A;  1CXE A;  2E8Y A;  4JL2 A;  1UKP A;  3SIM A;  1QBB A;  3UG5 A;  3TTO A;  3T08 A;  4PMZ A;  3N18 A;  4HOW A;  4WF7 A;  5GNY A;  1CGW A;  2XVP A;  1V3H A;  3CH9 A;  3RJX A;  4NSB A;  4PTV A;  3CZE A;  3CMJ A;  1ZU8 A;  4HME A;  4IPN B;  4XZB A;  5A69 A;  3F5K A;  3AHV A;  4DUV A;  1C7T A;  3OGS A;  1PBG A;  4C90 A;  4LXF A;  4YHG A;  4W5Z A;  2AOS A;  1VEO A;  1TMQ A;  4D6I A; 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