2YDRA

Cpoga d298n in complex with p53-derived o-glcnac peptide
Total Genus 238
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
238
sequence length
579
structure length
579
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDNIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synergy of Peptide and Sugar in O-Glcnacase Substrate Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Clostridium perfringens
total genus 238
structure length 579
sequence length 579
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2011-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2ydrA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ydrA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2ydrA01
2YOCA 4E8CA 2J62A 2XG9A 1H4PA 4UFLA 4R27A 5E9AA 2W66A 4D6FA 4V27A 4D6GA 4DUVA 3K8KA 3PZVA 3F5JA 3EBVA 2PI6A 1JFXA 9CGTA 1UKTA 4AYSA 1UR8A 4XB3A 3WUGA 1W1YA 3MMDA 4W85A 2EPLX 1UQZA 5JUVA 3B9EA 3CBWA 1CGWA 2XFYA 4TVDA 3PTQA 1RP8A 1IV8A 1DHKA 2Y5EA 2VR5A 4UFHA 3WMSA 3UR8A 4AD3A 4B15A 1D7FA 3BAWA 4Z2IA 2PWHA 1E0VA 3BAKA 1MVYA 2CYGA 5BXTA 2V3EA 3QGVA 4D6CA 2W92A 2WMIA 1HNYA 2J74A 2G8ZA 3WUFA 5CPQA 2CNCA 3CPUA 5JIWA 4IM4A 2UY4A 1XRVA 2J8FA 1GOWA 2WVVB 1W9PA 4X9YA 4BF7A 1WZAA 1UD4A 3BAXA 2ZWZA 2O9OA 4F8XA 3W81A 2C0HA 1W2VA 3WF2A 4GZIA 2AMGA 1B2YA 2V38A 3WNOA 4GKLA 4HA3A 4OKDA 4M81A 1B3XA 4ZXOA 1GW1A 4AW7A 1BQCA 3DYMA 4UQAA 1ECEA 3ZJ8A 1H2JA 3BXWA 3WNMA 2WK2A 3OBAA 1R85A 2YKKA 1VFMA 3ZR5A 1HF6A 2OWCA 4AC1X 4ZFMA 1E72M 1BYAA 4YHEA 1F4AA 1DP0A 1IT0A 1RD6A 3F5KA 1H3GA 1MXGA 2GJXB 1SYTA 3CUIA 3VDAA 1UWSA 1TG7A 4P8VA 3TP4A 3UETA 1US2A 1BYBA 1EIBA 1CLVA 3QHOA 1ISXA 4ZENA 2YDRA 1QHPA 1G9HA 4DM1A 2WPGA 2ZXDA 4PMYA 2WVUA 1VAHA 5AC5A 1QNOA 1HKKA 2XFRA 3WENA 3WBAA 1CPUA 3L4TA 3MMWA 1V6WA 3CHDA 3CZ8A 5A6MA 1G5AA 4WIWA 3AOFA 3W4RA 1XV8A 4BQ4A 2GJPA 2WMFA 2XVNA 2F2HA 2ZXBA 4D6EA 1B0IA 1V6UA 4WSJA 2ZUUA 5TD4A 5JIPA 2CETA 1UD8A 5D9MA 5I0DA 1QNPA 3LMYA 4TXEA 1YQ2A 3GXFA 3WQ8A 4H04A 2VZTA 1HN1A 1J12A 4P7OA 3A47A 1SFSA 1WPCA 4D71A 3SCSA 4GZEA 3CHEA 5CGMA 3THCA 2NSXA 3I3EA 1VENA 5A8PA 2UY5A 3L4VA 1W1TA 1HJVA 4W5UA 4AD5A 1XD0A 1BHGA 3AMKA 2CBJA 4AEFA 2E0PA 1GVIA 2CHNA 1EHNA 1H41A 2J7EA 3EMZA 4GZJA 2ZWYA 5EB8A 3N9KA 1L0PA 3OLDA 3VIMA 2DIEA 4R5EA 3BAIA 3WL0A 4XV0A 1NWUA 3BAYA 2XM1A 1W9BM 4OJYA 3I3DA 3VNZA 2BXYA 1QPKA 4AZCB 4PN2A 5IFPA 3PZ9A 1CEOA 2WC3A 4ATDA 1W3JA 2IXVA 2EPNA 2CPUA 1J0ZA 1UG6A 2XIBA 4PTVA 3KWXA 4MJ2A 1DWFM 5DFAA 3WQ5A 2WVVA 1GJWA 3NYDA 2YLLA 1B3VA 4HP5A 2WZEA 2WMKA 3AXHA 3T2PA 1CGVA 2OSYA 1UD5A 3BGAA 2J7FA 1LQ0A 1PX3A 3T09A 3A4XA 2FH6A 2G41A 2DSZA 3SCQA 1KGWA 1GUVA 1FFRA 3WBEA 1K9EA 2G4FA 3VPLA 4W8LA 1TFVA 1QI3A 4KRUA 3BSHA 2AOSA 3G6LA 1CXIA 3S2CA 1UYQA 3VX0A 2GJXA 4MNJA 5E09A 4W5ZA 3SCPA 1CDGA 3CHFA 7TAAA 4JL1A 5HDRA 2QF8A 2C7FA 3VO0A 3WELA 1E6RA 1O6IA 5JBEA 1HP5A 2XGIA 2TAAA 2VOTA 5I6SA 1MQQA 4BCEA 4H41A 1C8QA 1JXKA 1HJXA 3PZNA 3VD3A 1WDRA 3OLIA 1V3IA 2XFFA 2O9TA 1UWIA 2YA1A 2QLYA 3M07A 1NOUA 1H0GA 2CBVA 2EO7A 1I1XA 2WCGA 2PWEA 2WHMA 3WQWA 1RP9A 5I78A 3ALFA 3T2OA 3SIMA 3EMCA 4BQ2A 1BGGA 4PTWA 3FHAA 4FLRA 3OZPA 4UQCA 3WQVA 1PZ3A 1AQHA 1NWTA 1KXQA 5BXPA 2JIWA 2G3IA 4N42A 2J75A 3ZO9A 3BMWA 4P8UA 3SUTA 4A3YA 1W3KA 2EPOA 3W29A 1L8NA 3CZKA 1R86A 3ARTA 2ZX6A 2E40A 3LPFA 4ACYA 5LA2A 4W8AA 1HP4A 1BG9A 3AXXA 2MANA 1NWRA 4JKMA 1B3YA 1BG4A 1UWTA 4EAMA 4AZCA 3B8SA 2J7GA 4C7DA 1VJSA 2VRJA 4JKKA 4J3SA 3WKZA 3ZOAA 5BXRA 2VR4A 2BY2A 2D3NA 2VNCA 3MV01 3OGRA 1UH3A 3MUY1 2VC9A 2VQTA 3DHUA 1UWUA 4MAZA 4D6HA 1HX0A 2E8YA 1FHLA 5JBDA 1TUXA 1VFOA 4V28A 5KZ6A 1AQ0A 1MXDA 4JL2A 2WZIA 4WKAA 5CJ5A 3BH4A 2PF0A 1FA2A 1NOFA 4TUFA 4PTXA 2CHOA 1OWQA 1J0YA 1TR1A 1QI2A 3IJ7A 4H8UA 2HVMA 1JZ8A 3NDYA 2ZX7A 2PB1A 1EOMA 2JIEA 1R87A 4GPNA 4BQ3A 4U31A 5HXMA 4E8DA 4D6IA 5D8WA 2CITA 3ARZA 3EDJA 1TA3B 2VCBA 1GORA 1ZS2A 2X0HA 2YBTA 5CPSA 3AHXA 3GH7A 5A6LA 1Z32X 3HMCA 4PMZA 3VGHA 4D6DA 1CXLA 3TOPA 3ARPA 3CIVA 2BXZA 5F7UA 3ZJKA 1C7SA 1EHAA 3E1F1 2BS9A 4PSPA 1E15A 3ARUA 4AD0A 4Z2KA 3CH9A 3THDA 3AS0A 2GDUA 1R8LA 1LG1A 1UD6A 3PZMA 1W1PA 2Z1KA 2JE8A 1BVZA 1ZBCA 3GXIA 4GIAA 4AMCA 3GH5A 5D9PA 3KL3A 5BROA 2DT0A 3VX1A 1Q6GA 1LL4A 4NZCA 3IJ9A 2FH8A 1RPKA 1KQYA 1ZBKA 1CTNA 2J7BA 1QW8A 4HZ7A 3VIKA 5A95A 2OYMA 1V3LA 1EGZA 4L4OA 4MADA 4URIA 5LYRA 1C7TA 1W9UA 5EFDA 1U33A 4JIEA 5ECUA 4QLKA 3SCNA 3ARWA 4PYSA 4ACZB 1JG9A 3O6AA 3K8LA 5I2UA 5FL0A 2XIIA 5A94A 2WHLA 4KRTA 1LG2A 2WMHA 3AIEA 4BS0A 4NI3A 5IDIA 1M03A 3VM7A 3VD9A 3MUAA 4AZ7A 1UA3A 1MQPA 1VEMA 3VIFA 3IJ8A 2E9BA 2W5FA 2OLHA 4WSKA 1BF2A 3L4UA 3WEZA 3WH9A 1HIZA 1XH2A 1G1YA 4MB5A 1FH9A 5A8QA 3NSMA 4AZGA 4IPLA 4U33A 1CENA 1M7XA 1KBKA 4UTFA 1JYVA 1CXKA 3GZAA 2VZOA 2E9LA 3FAWA 3RJYA 4HMCA 5CQ1A 3GH4A 4DUXA 1JDCA 1W9XA 1MYRA 1YHTA 3SEPA 3UG4A 2D1ZA 4AWEA 2GJRA 1U2YA 2UWFA 3N1AA 4QCEA 3WNPA 1UHVA 1GOQA 1KR1A 4NSBA 4AIEA 2BFGA 5FIPA 2ZUVA 2QV4A 2VT0A 1UR4A 5A3HA 2Z1SA 5D8ZA 1TA3A 3VIPA 1OBAA 3RPMA 4UQDA 3AS2A 5A1AA 1DTUA 4JFSA 3VD5A 2XVPA 1VIWA 2D22A 2WC7A 1GQIA 2ZICA 5JBFA 4HOZA 3IAPA 3UCQA 2WCAA 3AMLA 3AZSA 1J11A 4J3UA 4P8XA 3RDKA 2VZUA 1PJ9A 1AVAA 3O2LA 4V2XA 2UY2A 1JGIA 1QI0A 2XVLA 5DEZA 2EPMX 1UZ4A 1X1NA 2DGAA 3AIBA 2D20A 4CCCA 1E5NA 1VBUA 3K46A 3ARYA 2XYLA 1E6PA 3AZRA 2IUZA 3M7SA 1LL6A 1MW0A 3LPPA 1Y7VA 2XTKA 1E70M 5BXSA 1CWYA 3RMEA 3CZGA 3U57A 1J01A 3BSGA 1E6NA 3VVGA 1E3ZA 3DYPA 1AQMA 3EDKA 5E6ZA 1GOOA 3RM9A 1UD2A 4AXNA 1UR9A 1E0WA 3II1A 3A3HA 1GPFA 1CGYA 4MDOA 4GQQA 4GI8A 3AI0A 1E6XM 4Z2JA 5AYIA 4CCEA 4W87A 3EDDA 2CEQA 1KCKA 4OIFA 2G3MA 1CZ1A 1TMQA 3OG2A 4LX4A 1V3JA 2DH3A 3L4ZA 1JZ7A 2VTFA 3AZTA 4ACZA 1D3CA 3N11A 2WW5A 2X8RA 2GVYA 5DF0A 4AISA 2VURA 1BAGA 3QHNA 1R7OA 4PEEA 3W38A 3PBGA 3UESA 3RO8A 4AEEA 2A3HA 3LPOA 3HU7A 4ATLA 1WAWA 3W0KA 1CXEA 3KE0A 4PMVA 2ZX5A 3N04A 2J25A 1BFNA 2F61A 4H7VA 1ODZA 2XWDA 3BLPX 2XJ7A 2J8GA 4J3VA 5IFTA 2XSAA 4UZSA 1U30A 1X6NA 1E1FA 4AZIA 1VEPA 2E3ZA 2ZXQA 3RM4A 2V3DA 1J0HA 4IUGA 1BSIA 3ZMRA 5A2CA 1HJSA 2PWDA 1PIGA 4UOJA 1KXVA 3GXMA 1ZJBA 3AS1A 1D2KA 1NOWA 5BCAA 2VL4A 4FLOA 2FGLA 4J27A 5FKYA 1IZJA 3U5UA 3AIVA 3ZM8A 5ABFB 1ESWA 4PCSA 2ZUTA 4MNLA 5A69A 2EQDA 1LWJA 1ITCA 1ISWA 3D5HA 4N0RA 4AIUA 2BHYA 4ATWA 1TE1A 1HVXA 1XGZA 3CGTA 4PMUA 4FLSA 3WH6A 1MQRA 1V3MA 3QR3A 4PMOA 4UFIA 1V0KA 1JDDA 1SMAA 4B9YA 4Z2GA 2VVSA 1E55A 2WNWA 4K68A 5CG0A 2CESA 2BY3A 4YN5A 3WFZA 1QHZA 1TVPA 3VNYA 4HU0A 5M17A 3VTRA 1I75A 1WZKA 1E71M 3CUHA 4M29A 4PMNA 1V6VA 1KGUA 2WC4A 4QP0A 5IHRA 1E73M 2DSVA 2O9PA 1HXJA 1HKJA 1OIMA 3N15A 3W6MA 5FL1A 2D23A 4X0NA 2VJXA 3UG3A 4H8HA 2OWXA 5E0CA 2Y2WA 3PZTA 2QMKA 2XM2A 2NW0A 1JZ2A 1OIFA 4F79A 2WSKA 4BA0A 4HU8A 5I5RA 3NSNA 4NRSA 3NUKA 3BCFA 1E6SM 2FHBA 2EBNA 4EKJA 5C71A 3NSXA 1M53A 3HJEA 4X0VA 4FMVA 1FH7A 3EYPA 2WM0A 1CBGA 3SCOA 3LPGA 3SUWA 1JIBA 1B3ZA 4KGLA 3KZSA 3B9DA 3PZGA 3AHYA 4F9JA 2D0GA 3F5LA 3CUGA 3OGVA 2FHFA 4M8UA 2WKLA 3W24A 1BTCA 1HJUA 1E0XA 2FGZA 2DT1A 4PUEA 2XPKA 1I1WA 2XVGA 3N12A 1W3LA 3DHPA 3GNOA 4ZE4A 4QLJA 6TAAA 2F8QA 3W27A 4ML4A 1DEDA 2OWWA 2VCAA 3MUIA 3PZUA 4LYPA 3RIKA 3ARQA 3N13A 2X0YA 3AS3A 4HMDA 3AIRA 2W91A 1CNVA 1B30A 1ITXA 5A6KA 3VU2A 3MUZ1 3WDHA 1CYGA 3VM5A 3VDCA 1DWAM 3WH8A 5E6YA 4QDMA 3SURA 1CXHA 1B90A 4ZE5A 1O7AA 2A3EA 3N18A 1KQZA 1OM0A 1V03A 4UNIA 2GFTA 1JD7A 3K1DA 5EFFA 3WF4A 3JUGA 3VGFA 2CKSA 1DWHM 4AZ6A 1KXHA 4CN1A 1JZ3A 1UR1A 1E3XA 3T0BA 3WSUA 4LYQA 3ZT5A 4LPCA 5CLTA 1WP6A 5A6SA 3ARXA 5ABFA 2OSWA 1B31A 3SUUA 4LQ1A 3CZEA 4KMQA 1GOKA 5D4YA 2D0HA 3CMJA 2DSWA 1E9LA 2BHZA 3ZSTA 1BYDA 4WF7A 1J9YA 3I3BA 3VMPA 1E40A 5E0FA 4A3HA 4JFUA 5GNXA 4OZOA 1H5VA 3FXYA 5GNYA 3FW6A 1UKOA 2WAGA 1UH4A 3WMCA 1FOBA 2BY0A 4EANA 3KL5A 4GI6A 4Q7NA 5A2BA 1KGXA 1C93A 3SCWA 1UKPA 3GTNA 1UD3A 2WMGA 2RGLA 1X6LA 1PIFA 3MS8A 5KEZA 1JD9A 3MU7A 2ZUSA 4GINA 2QPUA 3SCRA 4PRWA 2JFEX 1QVBA 3O9NA 2JEPA 1ISZA 2O9RA 2QPSA 2VUYA 3RJXA 4JHOA 4CD5A 2PBOA 4OUEA 5CXPA 2WANA 1C91A 3QHMA 1QNQA 1XH1A 7A3HA 1XCWA 2WZHA 4RE4A 2PC8A 3WD3A 4OBSA 2GUYA 2YA2A 1UZ1A 3L4XA 2WLYA 1FFQA 3NDZA 4GO8A 3TA9A 3UR7A 3WH7A 1US3A 4KWUA 1FP8A 1EH9A 3WY1A 2J79A 3A4WA 2FDMA 2WBGA 3AIWA 1E5JA 2D3LA 3POHA 2WWDA 2D2OA 3ARRA 2EJ1A 4DWSC 1V6YA 1EA9C 2O92A 4HMEA 3WNKA 4GQRA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2YOC A;  4E8C A;  2J62 A;  2XG9 A;  1H4P A;  4UFL A;  4R27 A;  5E9A A;  2W66 A;  4D6F A;  4V27 A;  4D6G A;  4DUV A;  3K8K A;  3PZV A;  3F5J A;  3EBV A;  2PI6 A;  1JFX A;  9CGT A;  1UKT A;  4AYS A;  1UR8 A;  4XB3 A;  3WUG A;  1W1Y A;  3MMD A;  4W85 A;  2EPL X;  1UQZ A;  5JUV A;  3B9E A;  3CBW A;  1CGW A;  2XFY A;  4TVD A;  3PTQ A;  1RP8 A;  1IV8 A;  1DHK A;  2Y5E A;  2VR5 A;  4UFH A;  3WMS A;  3UR8 A;  4AD3 A;  4B15 A;  1D7F A;  3BAW A;  4Z2I A;  2PWH A;  1E0V A;  3BAK A;  1MVY A;  2CYG A;  5BXT A;  2V3E A;  3QGV A;  4D6C A;  2W92 A;  2WMI A;  1HNY A;  2J74 A;  2G8Z A;  3WUF A;  5CPQ A;  2CNC A;  3CPU A;  5JIW A;  4IM4 A;  2UY4 A;  1XRV A;  2J8F A;  1GOW A;  2WVV B;  1W9P A;  4X9Y A;  4BF7 A;  1WZA A;  1UD4 A;  3BAX A;  2ZWZ A;  2O9O A;  4F8X A;  3W81 A;  2C0H A;  1W2V A;  3WF2 A;  4GZI A;  2AMG A;  1B2Y A;  2V38 A;  3WNO A;  4GKL A;  4HA3 A;  4OKD A;  4M81 A;  1B3X A;  4ZXO A;  1GW1 A;  4AW7 A;  1BQC A;  3DYM A;  4UQA A;  1ECE A;  3ZJ8 A;  1H2J A;  3BXW A;  3WNM A;  2WK2 A;  3OBA A;  1R85 A; 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