2YDSA

Cpoga d298n in complex with tab1-derived o-glcnac peptide
Total Genus 236
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
579
structure length
579
Chain Sequence
NQVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDNIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synergy of Peptide and Sugar in O-Glcnacase Substrate Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Clostridium perfringens
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
total genus 236
structure length 579
sequence length 579
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2011-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2ydsA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ydsA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2ydsA01
3VX0A 1XH0A 3FN9A 2WSPA 5A2CA 2NT0A 3N1AA 1XCXA 2DIJA 1MXDA 3GXIA 2B31A 3AIBA 5LA1A 2CBJA 1GOOA 3T2PA 5BXPA 1B30A 2YBUA 3VDAA 1V02E 3SUUA 3BSHA 1JZ5A 4AC1X 2FHCA 2Y8KA 1HNYA 5A8QA 4GIAA 5EMYA 3VKKA 1PX4A 1B3ZA 1BQCA 1ZBKA 3PZOA 1B1YA 1KGWA 2E8ZA 4CN4A 2UY5A 2YBTA 2BXYA 5GQBA 2EPMX 4TTGA 4PMYA 5E0CA 3AMDA 3VTRA 2JFEX 4JL2A 3UERA 1BYDA 3WNOA 2A3BA 3S6TA 3CHFA 1B3VA 4E4PA 2QHAA 1W2PA 3WH6A 3PTQA 2BNJA 4W87A 4ZE5A 2ZUVA 3CLWA 1FP9A 5CG0A 3T08A 1W3JA 4KRUA 3AIVA 1PX3A 3L4XA 2XFRA 1GOWA 2J7FA 1E15A 2Y2WA 3K4DA 5ECUA 3TONA 1M7XA 2W92A 3CUIA 2XHYA 2VR4A 1WZAA 2WMIA 3HN3A 2J47A 5BRPA 1EXPA 5HXMA 4AD1A 3MUIA 2J4GA 5E6YA 4CD4A 3AHXA 1MVYA 1J0HA 1J11A 5CLTA 3ALGA 3WUGA 4U5KA 3GH4A 1R86A 2GJXB 5BWFA 2A3EA 2Y24A 4DWSD 3BAIA 1UHVA 3AHTA 1TZ7A 1CLXA 1EO5A 5E09A 2OYKA 3VD7A 3SCQA 2FH6A 3AS0A 4KRTA 4LX4A 2PI6A 1UR8A 4MB3A 1KWGA 3MSDA 2XGIA 1XC6A 5A6MA 3KL0A 3U5YA 3VX1A 3MUY1 4Z2HA 1UH3A 1WAWA 4ZXOA 3MU7A 2XSBA 1V6YA 1GOMA 1W1VA 1US3A 4WSKA 1EDQA 1QNQA 2G8ZA 3PZNA 1E4MM 3AXIA 4W5UA 3ARXA 1JXKA 4B3KA 3L2MA 1HT6A 1TG7A 1UD6A 2WM0A 4BZYA 4Z2KA 3OG2A 1C8YA 2ZXBA 2Q8XA 1BPLB 3WBEA 4XUYA 3ZT6A 3MKKA 4W93A 4M29A 4JCLA 1QW9A 1NWRA 2DSVA 3SCTA 5BXSA 2OLHA 5FL0A 2J7BA 1EOKA 2ZUNA 1HXJA 3WEMA 3GBEA 5I77A 2DSUA 1H2JA 1L0PA 4ACZB 2ZUWA 3BSGA 3VDCA 4JFSA 3WY1A 4ATDA 3ZIZA 5I0DA 1OIMA 1UR1A 1E4LA 1JNDA 2GSJA 3RO8A 1LLOA 3A6OA 4MB5A 1W1YA 1CIUA 3VIGA 4D72A 1EH9A 2IXVA 3VD4A 3NDZA 3QOKA 4P8UA 3WF1A 3WD3A 4MAZA 3UEQA 2BY2A 1ZL1A 3TTOA 3W38A 4AZGA 3MMWA 4ACYA 1NARA 4B3LA 2UY3A 4C90A 1VEOA 4YHEA 1G9HA 3KEHA 5AYIA 1E6NA 4ATLA 1UKTA 1JZ2A 4AIOA 3OLEA 5CGMA 3AFBA 4QCEA 4HA3A 4PYSA 2V3FA 1WZMA 1W2VA 1NWUA 1WDSA 4TVDA 4JKKA 3ARQA 4P7QA 4P7LA 2WC7A 3WF4A 1HX0A 1E1FA 1LF1A 2NT1A 3GBDA 1VFOA 1ZS2A 1ISWA 4N0RA 2CBIA 3WNPA 3FY1A 4GXPA 2UWFA 2WB5A 4U2ZA 2O92A 4F9DA 4A4AA 1B3XA 4GO9A 4JKMA 1E6SM 1JFXA 2G4FA 3WNLA 3UETA 1J0KA 1TUXA 2CKSA 3K8MA 1CNVA 3WDPP 1M53A 4E8DA 2YA0A 4B9YA 1EQPA 1OD0A 3SCUA 4QP0A 1Q6DA 2J74A 1BVNP 3RPMA 1XSJA 1W9XA 2DH3A 4BCEA 3RMEA 5IXEA 3SURA 4JFUA 2ESCA 3FNDA 3IJ8A 5HNNA 1PEZA 3VO0A 3WBAA 1CGYA 3BC9A 5A6BA 1GONA 2PBGA 4NSBA 3WNNA 3TTQA 1MQPA 5BCAA 2BXZA 3O6AA 3MMDA 1QW8A 4PEEA 1UA3A 3SIMA 3SUVA 1KR0A 3WD1A 4J3UA 1UWRA 2D3LA 4M1RA 1R8LA 1J18A 5CGTA 5E6ZA 3T0BA 2OYMA 3QHNA 5HDRA 1J9YA 1SR0A 2X8RA 1HJXA 1KCKA 3MUZ1 2UY2A 3ZO9A 1Q6EA 1OGBA 4XZBA 3VIHA 4CD8A 3W37A 1C3FA 4ZENA 3AHZA 1C92A 1QI3A 3K1DA 1ZB5A 2Y5EA 3THDA 3AYRA 2DSZA 4MTVA 2XPKA 1DWIM 2YLLA 3LMYA 4MB4A 2WVSA 3CZGA 4S3JA 1NWTA 3AIRA 3ZT7A 1CXKA 1GW1A 3IJ7A 1JD7A 3NYDA 4X0VA 1KXTA 3GH7A 5FOOA 2GK1A 5ABFB 3FXYA 3MV01 2WHLA 2VT0A 3PTKA 4Z2GA 5HBFA 5A6AA 4OOUA 1NOUA 5A1AA 2TAAA 4PMNA 1MW0A 1GPFA 1EIBA 5AC4A 3EDJA 1OD8A 4BA0A 1JZ8A 1Q4NX 1PBGA 5D9OA 4H8VA 1UQYA 3FW6A 2BHUA 1O6IA 4AWEA 1GHRA 3GNOA 2WVVA 1IT0A 2DIEA 1H0GA 3NIYA 4V2XA 3OLDA 3VMNA 1QNOA 1KXVA 2EO7A 3WFZA 3BLKA 5FCZA 4GZEA 2EPOA 1KBBA 3ZJ6A 3W24A 3AMKA 1G1YA 5D8WA 4FF5A 3AOFA 3GZAA 1JYWA 2WNWA 2F8QA 4W7UA 2W5FA 1ZBVA 3CO4A 4V28A 1MWOA 2DT0A 4PTXA 4GPNA 2ZUUA 2WZIA 3ARUA 3RILA 1LWHA 1QBAA 4CU8A 2C7FA 3RM9A 1FP8A 5IFPA 5GNXA 3RIKA 4GZIA 4GQRA 2WYSA 4NRSA 3BH4A 4EANA 3T0AA 1JAEA 2ZX5A 1E72M 4LQ1A 1E70M 1W32A 1H41A 3F5JA 1VF8A 2WC4A 5I24A 1PX8A 5LA0A 1K9FA 3W82A 4MNKA 3THCA 4D71A 2VO5A 2EEXA 3ARVA 1ISYA 2C8NA 2WZHA 3WQ5A 2WCAA 2WHJA 5CLWA 4PMRA 2DDXA 3AMLA 2XWEA 1Y7VA 3WDRA 1JF6A 2V3DA 3BAKA 1HJQA 2J7EA 2D22A 3OLIA 3MO4A 4CCCA 4RE3A 4D1IA 1BVZA 4XV0A 1UD2A 2W91A 1ZJAA 3CIVA 2E4TA 3WKZA 4D1JA 5A6SA 2E9BA 1VAHA 4U3AA 2WMJA 4XB3A 4GI9A 3AJ7A 3BAYA 3A4XA 4WSJA 4TX8A 3PTMA 2BV9A 2WHKA 4AEEA 1LJYA 1LL4A 4OIFA 3QHOA 3VUPA 3B9AA 4ZXLA 4PCSA 4IISA 4OBRA 3CHDA 4W88A 3B9DA 3CUHA 4U2YA 3GDBA 5A6BD 1AQHA 3MUAA 1BGAA 4N42A 2QF8A 4OZOA 2EBNA 1ISXA 1QNSA 4OJYA 4H2CA 4NZCA 3ZM8A 4DUWA 7A3HA 1E3ZA 2WMGA 3EDDA 4UQEA 5F7UA 3VGFA 2IXUA 1LL6A 2WAGA 1V3MA 2X05A 3BGAA 1HVXA 4LYPA 1QHZA 4D6DA 4J3XA 2ZX7A 4EAMA 1BHGA 4UQAA 4UZUA 3VM7A 3WIJA 3PZUA 4S3KA 3VGDA 3U57A 1UKOA 5M5DA 1CWYA 1B3YA 1VFFA 2XGBA 3M07A 4PTMA 1GUVA 4M81A 2CHNA 1H11A 3DYOA 2VRQA 1FFRA 2YL6A 3ZJ8A 1CZ1A 4M8UA 5I3DA 1F4AA 3W6MA 3AROA 2CBUA 4R27A 1C8XA 3M6DA 2ZX9A 1P6WA 1JGIA 4M82A 4L4OA 3BMWA 1LG2A 3ZT5A 1R7AA 2AOSA 4AD5A 1MQRA 2JEPA 1H4PA 3APGA 5A8NA 1WPCA 2Z1KA 3ARYA 1GQJA 4P7OA 3WMBA 1DEDA 3VMOA 3OBAA 1LWJA 4TOQA 3TTYA 3AIUA 4JHZA 4H8UA 5DO8A 2ZOXA 1ISZA 3ZR6A 4H8HA 5I2UA 5E9AA 1EQCA 3WELA 4AEFA 2V3EA 3I3EA 2F61A 3D3AA 4GZJA 5EFFA 4TTUA 3N12A 3UCQA 4WJXA 2VJXA 3SCRA 2J78A 3AHVA 1CLVA 5M17A 2WK2A 1GZJA 1DWAM 2PB1A 2PWEA 2VX6A 4HZ8A 1CGUA 3ARZA 5AYBA 3GNPA 4W84A 2YJQA 4V27A 2V5DA 3AZSA 2BHZA 1KGUA 1MW2A 1K9TA 1UZ1A 5BROA 4PSPA 1BYAA 4JZ5A 1JZ6A 2BY1A 2VX7A 3NSMA 2BY0A 1GORA 1LQ0A 1WDRA 1JYNA 1EDTA 1X6LA 3PZVA 1JI2A 4GKLA 1H0IA 3BAWA 4AW7A 5CPTA 3CBWA 1C7SA 2FGLA 1WCGA 3CUFA 3CUJA 4K68A 3QOMA 5A95A 4OBSA 5JBFA 1UD8A 4FLSA 3WEOA 3GTNA 5I6SA 4TVUA 1QPKA 1E5NA 1D7FA 4PCTA 5BRQA 1UD4A 4NI3A 1HJWA 1M04A 2J77A 1QI4A 1S46A 4LXFA 5EB8A 3G6MA 1QVBA 5I23A 3CHEA 3CHCA 4PMUA 4AZIA 3O2LA 3SCOA 1VB9A 2D1ZA 2ZUSA 4P7NA 4AD3A 1CBGA 5KEZA 4C7DA 4J3TA 1J0JA 3N15A 3SUTA 1M01A 3FAWA 2HISA 5D9NA 4HMCA 4PSRA 2FHBA 1FH7A 1W1TA 2G3NA 4HPGA 3VNZA 3AYSA 4UNIA 1AQMA 1C90A 1E71M 3DHPA 1MXGA 2WBGA 1G0CA 1UOKA 2GDVA 2XVKA 3NSXA 4UTFA 3AQUA 3W4RA 4HP5A 3JUGA 2YL9A 2VR5A 2FHFA 1WB0A 3FHAA 1VIWA 4UQCA 1KBKA 4GINA 4UOJA 2VRJA 3ECQA 4WIWA 5GNZA 3UG5A 3B9EA 3WDIA 2CBVA 4CD7A 3TOPA 2YDRA 4CCDA 1E6ZA 1UKSA 1UKPA 1XSIA 2J75A 2DT1A 2CERA 3VNYA 3PZQA 1R87A 2E9MA 1XH2A 3OZOA 1CGXA 3AXHA 4LPCA 1UH2A 3U7VA 3T2QA 2X1IA 2G3IA 3UG3A 2VX4A 1HKIA 2JALA 4HMDA 4JHOA 4W85A 2OWCA 5D4YA 2GJRA 4J7RA 1LL7A 3D5HA 2YKKA 3WQWA 2PF0A 4JFTA 3VGGA 1SMDA 1XGZA 3OB8A 4PMDA 2GJXA 4CVUA 3GH5A 2BHYA 1OT2A 2WVUA 3VMPA 4AZ5A 3A4AA 3LPPA 4D6CA 2XWDA 3VD3A 3WD2A 4JIEA 1WDPA 2JEQA 1W9DM 2FH8A 4J28A 1IZKA 3WN6A 3CZKA 3ZSSA 3OGRA 1FFQA 1GJWA 3WFLA 2JIEA 1ITCA 4CKQA 5LYRA 2O9TA 2WKLA 3VOCA 4D6EA 4CN1A 2WLYA 4DWSB 2VZUA 2XG9A 4BQ4A 2BVTA 5D8ZA 4TVCA 3CTTA 4AZHA 1UD3A 2D20A 2DSKA 2WCGA 3EMZA 3RCNA 1W9VA 1WO2A 3S2CA 4HU0A 1H5VA 4XX6A 4FLRA 3KL3A 4F8XA 1DTUA 3W26A 2VC9A 2WKGA 1E4NA 3IJ9A 1OINA 1JI1A 2XTKA 4J3SA 3U7BA 3CUGA 5JBEA 1EO7A 4FK9A 1V3HA 4ZEPA 5A94A 2XM1A 2GUYA 1W1PA 5GPRA 4DM1A 4KH2A 4MB1A 2PWFA 3E1F1 1V6WA 2D0GA 1JFHA 1W91A 5JUVA 1HJVA 1HF6A 5AC5A 4ACZA 4E8CA 1C93A 5I79A 3EDEA 1Z32X 3NDYA 2Y4SA 1WNOA 1VFMA 1KQYA 1XSKA 1MFVA 1MYRA 1E5JA 1V6VA 2VMFA 2VCCA 1K6AA 1AQ0A 1G01A 1PJ9A 1X6NA 1J12A 4PRWA 1W3LA 3UR8A 4OUEA 3POCA 5FIPA 1V3IA 2FDMA 3DECA 5BYWA 3VU2A 1DWJM 3WENA 1JDDA 4Q22A 1G94A 5DT5A 3VIPA 2J8GA 3L4ZA 4HA4A 3WF3A 5TD4A 1OT1A 2MANA 3W25A 4B16A 4QLKA 4UQBA 3WF2A 1TE1A 3L2LA 4AZCB 2J7HA 4NF7A 4QLLA 1UG6A 3GXDA 1GHSA 2VCAA 5E0FA 1TA3B 4JAWA 1XD0A 5A6LA 2GDUA 1MW3A 5GNYA 5D9PA 4UQ9A 3AIQA 5ABGA 1ZJBA 4U33A 3RM8A 1GQKA 1V3KA 3MSGA 2J7GA 3GNRA 4R5EA 1BG4A 1PPIA 5A2BA 2QMJA 2OWXA 1D2KA 2V38A 1QOXA 1JDAA 4GO8A 2PC8A 1GVYA 6A3HA 2X2YA 4EE9A 4HA1A 2BVYA 5CXPA 4HPHA 3I3BA 3CZJA 4X0NA 2ZXQA 2XVNA 1BGGA 1EHNA 1A47A 3SCWA 4YHGA 1NWSA 4D6GA 2WZEA 3U5UA 4D6IA 4CCEA 3WDJA 5CSUA 3FAXA 1SYTA 3RJXA 1OBAA 4RE4A 4IPNB 4F9JA 1CGTA 5IHSA 3VIKA 3HJEA 3W27A 3WDHA 5LA2A 1MQQA 4L4PA 3OIHA 2V5CA 5DF0A 1UR9A 1B3WA 2O9RA 2CEQA 2D23A 2OSXA 3W28A 1TMQA 9CGTA 1FH8A 3IK2A 3W0KA 4AZ7A 1B90A 1UA7A 3AISA 2J25A 3ZOAA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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