2YDSA

Cpoga d298n in complex with tab1-derived o-glcnac peptide
Total Genus 236
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
579
structure length
579
Chain Sequence
NQVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDNIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Clostridium perfringens
publication title Synergy of Peptide and Sugar in O-Glcnacase Substrate Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
total genus 236
structure length 579
sequence length 579
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2011-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2ydsA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ydsA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2ydsA01
2BY2A 4FLRA 1M03A 2E40A 5IXEA 1B31A 4CU7A 3D3AA 3A4XA 4OBSA 3L4VA 4BQ4A 4RE4A 5D9PA 4EK7A 2QPUA 2TAAA 3T0AA 4CVUA 1R86A 4WF7A 1UKSA 1I75A 4P8WA 4GPNA 2PC8A 1PIFA 5IHRA 1ISXA 4GZJA 1BG9A 4TUFA 2CHOA 1W3HA 4F9DA 5HOSA 4L4PA 3BSHA 1MXDA 5BWFA 4TXEA 4LXFA 2VURA 5C71A 4WKAA 5FCZA 2EJ1A 3GH5A 1QNOA 2PI6A 4BCEA 2OWCA 2D3LA 3F5KA 4EAMA 4V27A 5ABHA 1W1PA 4J3UA 1JZ8A 2W5FA 5BXSA 1HJWA 4HPGA 3ZJ6A 5HPOA 1E0VA 1V0KA 1WPCA 1HN1A 4D6JA 4PEEA 3N1AA 3T2QA 1H2JA 3DHPA 1M53A 4HZ8A 1JNEA 5D4YA 1NP0A 4BQ2A 2FHFA 2EBNA 1ZJBA 3IJ9A 1GPFA 1VEOA 2WHLA 3SCPA 2Y8KA 1XSJA 1XYZA 4W86A 1DHKA 1JYVA 1XD0A 2DT0A 5HPCA 3AHXA 4M56A 1BVZA 1G0CA 5I79A 2WM0A 4HZ7A 4MPKA 2ZXQA 1JFXA 4XZBA 4FLSA 8A3HA 1LG2A 2J75A 3GNOA 4ZFMA 4EANA 5I3DA 1KGUA 5A8NA 4CN4A 1E6RA 4U5KA 2JFEX 2PWHA 1HIZA 4URIA 1WB0A 1WDQA 2E8ZA 2YIHA 4GZIA 4D72A 4S3KA 2DDXA 3L4XA 4JKLA 2EQDA 1DEDA 2WMFA 4ML4A 9CGTA 3QHMA 1Q6EA 1CLXA 4JIEA 4LX4A 3ZR5A 4W85A 1KR1A 2Z1KA 1TE1A 4UZUA 7A3HA 2BS9A 3KE0A 4A4AA 1E71M 2O92A 1CXEA 3EMZA 3O9NA 1HKJA 2J74A 2Q8XA 1ODUA 2CEQA 2VO5A 1H49A 3NDZA 1E70M 3GNPA 5BYWA 5CSYA 5GNXA 1HJXA 4PSRA 4TVCA 1JZ7A 3AHYA 4H41A 1GOMA 2XFYA 3ZSSA 3L2LA 3RDKA 1JNDA 5DF0A 2J7HA 4EKJA 1G9HA 2VOTA 3RM4A 1LJYA 1PPIA 2W67A 1H0GA 2YLAA 1JYWA 1EQPA 3VGHA 2WKLA 1GHSA 2O9PA 1UOKA 1DWHM 1H11A 5A3HA 2WZEA 2NT1A 4N0RA 1JGIA 2DT1A 1GHRA 4XV0A 2WHMA 4ATLA 3ZT5A 1UA7A 1F4HA 3RO8A 3PTQA 1UH4A 1KGXA 1KFWA 1BSIA 3WNLA 3I3BA 3LPFA 1UR0A 3SCSA 1JZ2A 4AIUA 5CG0A 2W63A 2A3AA 3MMWA 1CGUA 5CQ1A 3WH8A 3T0BA 1PAMA 1E5NA 2WW5A 4C90A 5LA0A 1UWQA 1BFNA 2WAGA 1JDCA 3IANA 1JAEA 3ARPA 1Z32X 1EDQA 3PZOA 4P8VA 3WELA 1TG7A 2ZICA 3W53A 3RM9A 3CZKA 2O9OA 2VR5A 4Z2IA 3FN9A 4FF5A 3WSUA 5EBAA 2ZUSA 3SCOA 3RJXA 2DQXA 5CXPA 3WUBA 1XSIA 4UQDA 4GQRA 3VD4A 3CHDA 1HL8A 3VNYA 1VBUA 4CGTA 4J27A 1V6XA 4QLLA 4PMOA 1C8XA 2CESA 2BY1A 3VILA 4F66A 3PBGA 3VDCA 1E0WA 4LYQA 5CPSA 4WIWA 1TMQA 2J7DA 5I6SA 4JKKA 5I5RA 3T08A 1KXQA 4M24A 3MUIA 3BMWA 1JI1A 1UZ1A 1SMAA 2OYMA 3AXXA 3E1F1 2VX6A 5BRQA 1ZBWA 2CETA 1W3KA 2EO7A 1E6XM 5E6ZA 4AD3A 2DSZA 4AW7A 3SUSA 4QP0A 2VZSA 4X9YA 4U2ZA 1AQHA 1UWTA 3N04A 1X6NA 1JI2A 3F5LA 3WQ4A 3CZEA 3CHFA 1W1VA 5DEZA 4AZHA 1KBKA 1CNVA 3AIEA 4MAVA 3WNMA 3AHTA 2CNCA 3AMCA 4E8CA 4K68A 5AC5A 4U3AA 4GZEA 1NWUA 1LL6A 4BQ3A 1UD3A 2WMGA 4UFMA 1XRVA 1JDDA 2G4FA 2J25A 1FH7A 1BYAA 3EBVA 3LPOA 1JYNA 4YPJA 3WF0A 4IISA 4J3TA 4TVUA 2E9LA 3CZ8A 1JG9A 1GQIA 1WKYA 1RH9A 1MXGA 4F9JA 1XH0A 2WC4A 1DWIM 1HP4A 2WMKA 3A4WA 3DECA 3OGRA 4GIAA 4LQ1A 2E9MA 2E4TA 1WZKA 1BG4A 4H7VA 3VUPA 5BXPA 2JIWA 1JXKA 3APGA 3RCNA 1EO7A 2YL5A 4AEFA 2NSXA 2XG9A 2ZOXA 3W25A 5JIPA 4ZXLA 1MYRA 3DYPA 4GXPA 4U31A 4KRTA 4CD8A 3DYMA 1C93A 2FGZA 2XIBA 1S46A 3EDFA 3VD5A 5DO8A 1IZJA 4QCFA 2GDUA 1R7OA 5CGTA 1KR0A 1R85A 1MQRA 2EPOA 5C70A 3VU2A 3ZM8A 1ITXA 3SCWA 3AZSA 3CZLA 3WKZA 1BLIA 1V0MA 3AZRA 2CITA 3N18A 2CKSA 5I78A 2VZOA 1CXKA 4PMUA 4WSKA 4J3VA 5ABEA 2C7FA 3IAQA 3SUUA 1BQCA 2E8YA 8CGTA 3N11A 2UY3A 2W61A 2D0HA 4P8UA 3RPMA 4PCTA 3VIJA 1B30A 3EDKA 1J0JA 4FLOA 4MJ4A 3VD3A 5D8WA 1W9BM 3MUZ1 2YDRA 1TVPA 4D6CA 3ZIZA 1WNOA 3THCA 3GM8A 3T0DA 3WD4A 2VX7A 2BHUA 1JZ5A 4F79A 2CKRA 3GXMA 1NWSA 4NF7A 3VNZA 4OIFA 1J11A 3DHUA 2CYGA 1E4MM 1HJUA 1H3GA 3PTKA 3AYRA 3WMCA 4W87A 3CBWA 4ACYA 5A95A 1RD6A 1RP8A 1FH8A 3UETA 1BVNP 4R5EA 4UOZA 3WQ8A 1V02E 2DSKA 2XUCA 3KL0A 3TTOA 1C8QA 5DT7A 2GUYA 2MANA 4U33A 4JFUA 5AYIA 3OBAA 1UKOA 4JHOA 3WD1A 1V3LA 1VFFA 1CTNA 1JD9A 1GOOA 5A8OA 4Z2GA 5A8QA 4GQQA 4H04A 3WL0A 3B9EA 4HZ6A 3VM5A 2V3EA 4DUWA 3BAWA 2PF0A 4WSJA 4CU6A 1E6PA 2VQTA 4KGLA 3S2CA 1LWJA 3L4TA 4YHEA 3UCQA 2HISA 4RL3A 2YDSA 4D6HA 5E0FA 3W0KA 4BF7A 4Z2LA 5BROA 4Q22A 2J4GA 3ECQA 4OJYA 1J18A 5A6MA 1E1EA 1OCQA 3LPPA 1WE5A 4JAWA 3WFLA 4ZENA 4UTFA 4W84A 5CSUA 4AYSA 1J9YA 3B9DA 1FHDA 1K9FA 2BV9A 5CPQA 2WCSA 1UWIA 4CN6A 2JF7A 2A3BA 2XJ7A 3WNKA 4AIEA 2DIJA 3WBEA 1ISVA 5M03A 1EO5A 4MNJA 1UH3A 1MVYA 1UHVA 1TVNA 5GQBA 1HXJA 2V3DA 2WVSA 4X0NA 1PEZA 1NWRA 2VCAA 4NSBA 1E1FA 1QBBA 5IDIA 3WL1A 2PWEA 4AC1X 2DSVA 4ZEPA 3OB8A 4AMCA 1OINA 1OSEA 2WXDM 4JFSA 3WH5A 1E6SM 1AQ0A 4BZYA 2CCRA 1KXVA 2J47A 1GW1A 4WLCA 2DH2A 1MW2A 3N17A 4D6IA 3UG5A 4W7WA 4HMDA 5JUVA 3IJ7A 3AMLA 3FAWA 3ZOAA 2DH3A 1U30A 3PZGA 3NDYA 1V0NA 3VIIA 3HMCA 1EGZA 1JF6A 3OGVA 3GDBA 2QF8A 3MSGA 2WLZA 2AMGA 4D71A 1W91A 2CBVA 1GJUA 4GI6A 1BGAA 4JHZA 1XD1A 2WVUA 3EDJA 3WDQA 3ARQA 2JE8A 4QAWA 1KBBA 4IPNB 2J77A 4HA3A 3AJ7A 3F5JA 3AIVA 2VL4A 3LMYA 2YL6A 4CVWA 2C8NA 2IUZA 4J3WA 1B90A 4HOWA 2GJPA 1H09A 2EPMX 5FL0A 1CZ1A 3A47A 3WNPA 3II1A 2YLLA 3L4ZA 2WMIB 2B31A 5A8PA 2RGLA 1ITCA 1E73M 2PWFA 4CD4A 1US3A 2DEPA 2OSXA 3ZT7A 4W8BA 2XFFA 4Q7NA 1FP8A 2ZX5A 4D1IA 1ZU8A 1EDTA 1NQ6A 2F61A 4ATDA 2QHAA 4S3JA 2VVNA 1KCLA 2DIEA 3BCFA 2J7EA 1W9VA 4ACZA 3FY1A 2CXGA 1UKQA 2GJXA 4RE3A 1EDGA 3CUJA 1QHZA 1SMDA 3WUGA 5BCAA 1JL8A 2VRQA 1ZBCA 4CCEA 5E6YA 1ISYA 4YHGA 3OZPA 3QOKA 1JYXA 2YA0A 4NRSA 3RJYA 3VVGA 3MUY1 5I24A 3T2PA 1JFHA 4V28A 1VFUA 1CGVA 2VZVA 4AZ6A 1WDSA 1BF2A 4UFIA 2YA1A 1QNRA 3WEOA 4PTMA 1I1WA 2W91A 1GNXA 1A47A 1OT2A 3UEQA 4H8UA 4M82A 4PTVA 1HJVA 2YKKA 4PN2A 4B15A 1CYGA 1UQYA 4AZ5A 5A6JA 4TX8A 2GDVA 4P7QA 4D6FA 3BAXA 1JIBA 2VX4A 3AI0A 1CXFA 2GK1B 1V3KA 5GPRA 1HKIA 1C92A 1RP9A 5IFTA 2ZX7A 1GQLA 4JFTA 2D1ZA 3L2MA 3TTYA 2D20A 4PBGA 1TA3A 3MKKA 3VX1A 1LL7A 1OGGA 5KZ6A 3ARRA 4UFLA 1CEOA 2W66A 2BY3A 3MMDA 1MW0A 4C7DA 4DUVA 6A3HA 3ZJ7A 2ZUUA 3EYPA 1FA2A 1TZ7A 1J0KA 2XFRA 3FHAA 4HP5A 3TONA 1QI4A 1XH1A 4JFVA 5A2CA 3CMJA 2YBUA 5AYBA 1H0IA 4DM2A 1DWJM 1CENA 3GXDA 3G6LA 1UWRA 5FL1A 1LQ0A 1V03A 4W93A 3VD7A 2WCAA 3VDHA 1HVXA 4CCCA 4KMQA 4CD6A 1U2YA 3ZJ8A 4PUEA 4IM4A 5ABFA 5A2AA 4F8XA 3AIUA 3U5UA 2RGMA 2ZUMA 3OLIA 3VIFA 1NWTA 3ZSTA 1QW8A 4HTYA 2PB1A 1VF8A 3ZT6A 4B9YA 2YDQA 3HN3A 3VIHA 3VDBA 3KEHA 3SCUA 2OYLA 3VM7A 2WBGA 2QV4A 4BS0A 1ISZA 4AD5A 3AIQA 1UH2A 3WQWA 1Q6FA 5CZKA 2VRJA 2CIPA 2OWXA 3BLKA 3W81A 4MB4A 1TUXA 2AOSA 2A3EA 4DWSC 2OLHA 1GQJA 1LWHA 3HJEA 1IZKA 3J7HA 2WHKA 1HJSA 4CD7A 3PZTA 3D5HA 4C91A 1K6AA 3QGVA 4GKLA 3IJ8A 2JF6A 3CHCA 3MV01 5FIPA 3KL5A 1XYFA 1CWYA 1K9DA 4OOZA 1W9XA 4UZSA 3WEZA 3W26A 2JEPA 1NM9A 4HU0A 1UYQA 1QI0A 5F7UA 1HVQA 3WMSA 1JZ6A 1W3JA 2BVDA 2FDMA 1LL4A 1X1NA 3WQ5A 2VTFA 4JKMA 4W5ZA 5A6SA 1G01A 3ALGA 5C8BB 3GXFA 3CZJA 5CLTA 1ISWA 3L4UA 4LYRA 3VTRA 3PN8A 1FH9A 4JCMA 5DT5A 3RM8A 3K46A 3IAPA 4AISA 4TVDA 5DMYA 1B2YA 3NUKA 4U3CA 3SUTA 1KQZA 1E6NA 3A4AA 3FNDA 3U7VA 4E4PA 5JBDA 6CGTA 4GI9A 1D3CA 4B3LA 2VCCA 2XM1A 1JXJA 2J78A 1V6YA 3RMEA 3N15A 2ZXDA 4HU8A 3BAKA 3WEMA 3BH4A 1QNPA 5BXRA 1TFVA 5KEZA 1H4PA 1C7TA 3UESA 4Z2HA 3SCRA 2FH8A 5E70A 5M3WA 1GVIA 5ABGA 2E3ZA 5TD4A 1ZBVA 3VIOA 3PTMA 1J0IA 2EPKX 4D6EA 5CGMA 2VQUA 1E4IA 4HOXA 2BVYA 3VINA 1GOWA 2ZIDA 1C8YA 2EXOA 3FW6A 2BHYA 3POCA 4QFUA 4XB3A 4BA0A 5HDRA 1E0XA 3PZVA 4CD5A 3NSMA 4GI8A 4L4OA 1UWSA 2J79A 1EHNA 4ATWA 4JL2A 2FHBA 3CMGA 1JAKA 1DWFM 1UR1A 3O2LA 4W7UA 3AS2A 4DWSD 3L4WA 3WD2A 1V3JA 3VGEA 5JBEA 1KB3A 4PTXA 3JUGA 1UKTA 1XGZA 1GONA 2J62A 4UOQA 2F8QA 3THDA 3BC9A 1OT1A 2DSUA 2F2HA 3AS1A 1RPKA 1HP5A 4KH2A 5A6BD 1JZ4A 4J28A 1P6WA 3IK2A 4HMEA 4KWUA 1G1YA 2XVPA 2CBUA 4E8DA 1E15A 2ZWZA 1OGBA 5A8MA 1GORA 1OD8A 2PWGA 4MNMA 1BTCA 1EA9C 1ZJAA 3SUVA 1W3LA 2UY2A 1OIMA 7CGTA 4E2OA 2D0GA 5I0DA 1UQZA 2WLYA 3VOCA 1Q4NX 2VVSA 2VCBA 3FAXA 3K8MA 4C7FA 3K8KA 1UD8A 4AZ7A 2AAAA 1GOQA 4U2YA 3WFZA 1EOKA 4PMQA 1UD4A 3CTTA 2YOCA 4NRRA 4PTWA 1MWOA 1Q6GA 2HVMA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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