2YDSA

Cpoga d298n in complex with tab1-derived o-glcnac peptide
Total Genus 236
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
579
structure length
579
Chain Sequence
NQVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDNIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synergy of Peptide and Sugar in O-Glcnacase Substrate Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Clostridium perfringens
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
total genus 236
structure length 579
sequence length 579
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2011-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2ydsA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ydsA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2ydsA01
4UQDA 3IK2A 3WSUA 4PMDA 1XYZA 1CLXA 5IHRA 1VEOA 1V3HA 1HJQA 3UG5A 2WPGA 1UWUA 3VIGA 3T0DA 1QI5A 4Z2KA 4IUGA 3ZJKA 4J7RA 2JF7A 1LWHA 3T0AA 3EMCA 1I75A 5BXPA 5AC4A 1EDQA 1E73M 3IJ7A 5CXPA 1JD9A 3FAXA 1MYRA 1SR0A 2ZUNA 1PX8A 4ATDA 1EGZA 4UR9A 4A4AA 2Y8VA 2J7EA 2AMGA 1Q6CA 3M6DA 1UOKA 3WFLA 1E6RA 1LQ0A 2WLZA 4P7LA 2Z1SA 4BQ3A 1BGGA 2ZUWA 1E5JA 2NT1A 2WHLA 2YA0A 3PN8A 4MB3A 4DUWA 4LYPA 2CBIA 1OGBA 1TVNA 1VEPA 1LG1A 4MNKA 4TUFA 4UQ9A 2GFTA 2VZSA 1EDGA 4Z2IA 2YBTA 1NOWA 1KBBA 1B30A 2WMGA 4AEEA 3VD5A 1UH3A 1UD3A 4PUEA 2WZEA 5D8WA 1GOMA 4LGXA 2G3MA 5AY7A 4IM4A 2WCAA 2YOCA 1H3GA 1UD2A 4LXFA 3CBWA 1FA2A 1V6VA 2WAGA 5A2BA 3PTMA 1GQKA 2OYLA 4D6CA 2ZE0A 2EPOA 1UR9A 1VIWA 2VUYA 1M53A 5GPRA 4J27A 2F8QA 3PHAA 1J11A 3VX1A 1H4PA 3PZTA 4FLQA 1V3MA 1B2YA 1X6NA 1CENA 1KCLA 1V0LA 3PBGA 3WEZA 1JYVA 3N18A 4WF7A 4ZXOA 3SUTA 1J0JA 3WNKA 3AIEA 3TP4A 4CD6A 3T08A 3OZOA 2DEPA 3KL0A 1VFFA 2QPUA 4RE3A 2DT1A 4ACZB 6A3HA 1KQYA 2FH8A 3W53A 5C70A 2D22A 2DQXA 3AROA 2OYMA 2VTFA 3CZJA 5BWFA 2XFRA 3OLDA 3LPFA 1UWRA 3BGAA 1CBGA 2WYSA 1UZ1A 5A6MA 3CZLA 3A4AA 1VEMA 4B15A 4HTYA 3O9NA 2YLAA 3RPMA 3WN6A 4K68A 1OIFA 4X0NA 4DUXA 4KMQA 3CHDA 2OSXA 2QPSA 1BPLB 1BYDA 2XHYA 4R5EA 5LYRA 2XVKA 3GM8A 4UOJA 2E0PA 3QHNA 1FHDA 4F66A 4AYSA 1CGTA 1JL8A 4QLJA 3VIOA 1V0MA 1CZ1A 1ECEA 2J47A 3WD0A 3VMOA 3WH6A 3GH4A 2DT2A 1JDAA 3W28A 4IISA 3CLWA 3K8LA 3RJYA 1V6XA 1HJWA 1H0GA 2YIHA 2VC9A 2WCSA 2CKRA 1W9DM 3QGVA 3ARSA 2XM2A 3W6MA 4MB5A 1R86A 4OUEA 2HISA 3GH5A 3AS0A 1MWOA 5BRQA 1E72M 2ZX6A 1E6NA 3PZMA 5JIWA 4L4OA 3VILA 1J0HA 3O2LA 1OD0A 5JBFA 4YHEA 3AZTA 1J10A 3FXYA 1D2KA 5EFFA 4AC1X 2WBKA 2XIBA 4QLLA 3AJ7A 2J8GA 4MNMA 3T2OA 1V3KA 3A3HA 3LPPA 1QVBA 2XVLA 3AICA 3WNOA 5A6AA 5JUVA 1B3WA 1GOWA 2E9LA 2WSPA 3CGTA 5M03A 4W7UA 3AS3A 3WNMA 2PBOA 2UY5A 1FFRA 2ZX7A 1UR0A 5CPSA 1X6LA 4AW7A 3AHVA 3SCRA 1H09A 2YLLA 4W7WA 1JIBA 4H8HA 1CXHA 2OYKA 1XSJA 3VM5A 1FH9A 4HOWA 2G3NA 2NT0A 4KRTA 3NUKA 3I3BA 4URIA 4D71A 1CIUA 2NW0A 1PIFA 2WWDA 2EEXA 3TTYA 4PMRA 5GQBA 4PEEA 4B16A 1J0KA 3W6LA 1C8XA 2XWDA 3L4ZA 4PMQA 1CGUA 4J3VA 2CBUA 3W29A 3L4UA 1LL4A 3MMUA 4NRSA 1UD5A 1QNRA 3S2CA 1OSEA 4A3HA 4UQEA 4UQCA 3K46A 3EYPA 4HMDA 3GNRA 5CPTA 3VD9A 4D6IA 3N04A 1FP9A 2X09A 1MW2A 1C3FA 2BVYA 3SUWA 1W3JA 1XV8A 3SCWA 3NSMA 2YL8A 4AXNA 1GOQA 2FH6A 1QHPA 1O7AA 2RGLA 3VO0A 2WHJA 4OOZA 5I5RA 1TR1A 1CXEA 1HF6A 3RM9A 1UR8A 2WHKA 3DHPA 3RM4A 1KCKA 1OM0A 1OCQA 3FN9A 4W84A 2ZUTA 1U2YA 3A6OA 3AS2A 4TTGA 1GHSA 4QAWA 1RPKA 4PYSA 1GQLA 4JL1A 1UQYA 4MNLA 1WB0A 1NP2A 1WDPA 4TX8A 1ZS2A 4UCFA 3UR7A 1U33A 2E9MA 3AIQA 1B3VA 4BS0A 4XUYA 2BNJA 1J18A 1E55A 3FHQA 5EFDA 2ZX8A 2E9BA 1BTCA 1OINA 5C71A 3AISA 1V0NA 1CGVA 2EXOA 3FY1A 2VO5A 2CITA 1EHNA 4AIEA 2X1IA 1NQ6A 2YKKA 3PTKA 4ZXLA 2J78A 5DF0A 5EMYA 1E4LA 5BCAA 4F79A 1CLVA 2BY0A 3VGFA 1KXHA 2WLYA 4W88A 2FDMA 4HOZA 2YA1A 5CLTA 3RILA 1CGYA 2J75A 1WP6A 4PTMA 4PTXA 4MDPA 5A3HA 2ZX9A 4CD8A 1WCGA 3ZT6A 1UHVA 2WVTA 4U5KA 2D3NA 4S3JA 2XGBA 3BAWA 3SUUA 2GJPA 1UUQA 4UFJA 4J3SA 2J77A 4QDMA 2BHYA 1CXKA 4W93A 2JIWA 4GKLA 4PCSA 1QNSA 2IXVA 3D5HA 3IAPA 1EO7A 4BQ2A 5E70A 1W2VA 1WKYA 2QMJA 1NP0A 2UY2A 5ABEA 3VDAA 1BLIA 5IHSA 3RJXA 1PIGA 3HMCA 3FW6A 3ZT7A 2C8NA 4M1RA 2C7FA 1A3HA 1AMYA 4LYRA 3AHTA 3POHA 4PUDA 5CZKA 5LA2A 5A8MA 5HOSA 1FOBA 3AMGA 4DM1A 1W91A 3THCA 3BAKA 7A3HA 2VRJA 1PZ2A 4WSJA 1US3A 3GXMA 4P8VA 4W8BA 4JFVA 4OJYA 1RD6A 1HVQA 1QI0A 4CU8A 3AOFA 3WF1A 3K8MA 4Q22A 1V02E 2JALA 3VIFA 4ATWA 1US2A 1EO5A 1YHTA 4D1IA 3AYSA 3ZT5A 3T2QA 2E8ZA 1MFUA 2BVDA 4FLSA 1MQRA 1GVYA 4BCEA 4CUCA 4UOQA 3AXHA 3ARPA 4F9JA 2X05A 3VGGA 3WL1A 2VRKA 1EH9A 3CZEA 3VGEA 3WH8A 1XYFA 1DWHM 1VBUA 1UH4A 2V5CA 5A94A 2CBJA 3W25A 1MW3A 4W89A 1EOKA 3ARTA 2O92A 1HL8A 2D24A 5M5DA 2PWDA 4X9YA 2DSZA 3OA5A 3K4DA 1MQQA 1DEDA 3PZUA 1UD4A 3VIPA 1Q6EA 1JF5A 5A2AA 3UG4A 2W91A 3W24A 1EQCA 2VL4A 4LQ1A 1B9ZA 2PWGA 1C91A 2VZUA 1E1FA 3HJEA 3VDCA 4FF5A 5A6BA 4IPLA 3CUFA 3L4VA 5A8OA 3RMEA 3MUIA 1HJUA 5JBEA 1UZ4A 2WXDM 1VFOA 2TAAA 3GYCA 4PMNA 5GNZA 2ZIDA 1Y7VA 2CHNA 2BHUA 1UWQA 2FGLA 1JZ8A 2VZTA 2PC8A 1EDTA 4H7VA 1B3XA 3WQVA 1H49A 5BROA 3TA9A 4HP5A 3WF3A 3NJ3A 2E8YA 3QOMA 4EE9A 1XH0A 1JDCA 2VJXA 3CZ8A 1DWAM 1VF8A 3AIRA 5DEZA 5CG0A 1CGXA 2O9RA 2J7HA 4ACYA 4W7VA 4D6FA 1KR1A 4Z2LA 5I2UA 1C8QA 3B8SA 2QV4A 4OIFA 4FLOA 4U3AA 4AD4A 2CEQA 1GVIA 1KBKA 4RE2A 1V3JA 1GORA 4U3CA 2DGAA 2D0GA 2CCRA 2G41A 1RP8A 2IUZA 2XWEA 4JFUA 1E5NA 4GXPA 1D7FA 3QHMA 1JYNA 3VIIA 4CCCA 3CH9A 2X0HA 3WMCA 1NARA 4AISA 1GNXA 3NYDA 2CERA 1XGZA 3N15A 3VKKA 3G6LA 2WM0A 3MKKA 2CETA 1OT2A 1J0YA 4UQAA 4UFHA 3GNPA 5D8ZA 2ZICA 3CPUA 4J3XA 3VM7A 1WNOA 1UKPA 2VX5A 2X2YA 2V3GA 4B3LA 3BLKA 3WD4A 3WUEA 5A6LA 5A6JA 2WC4A 5DO8A 1BG4A 4JFWA 3U7BA 2XGIA 3GXDA 4CD4A 3CTTA 1KQZA 4AZHA 2NSXA 1NWSA 2F61A 1ISZA 4M8UA 2O9PA 1NM9A 1W1YA 3F5JA 3ZMRA 1BGAA 3DYPA 3EMQA 3DC0A 4ZFMA 4PBGA 1RP9A 2IXUA 1WZMA 3EDDA 1BYAA 4UNIA 4XZBA 2CXGA 2W62A 1W1TA 3IANA 2XSBA 3O6AA 2J4GA 4CCEA 2YL9A 1ISYA 3EMZA 1W2PA 4AZCA 2PWEA 1Q6DA 3GDBA 3W27A 3GH7A 3OIHA 1RH9A 1J12A 5D4YA 1KXQA 4MPKA 1XCXA 1JZ7A 2ZUVA 3WQ6A 4CCDA 5FL1A 4HZ8A 1SFSA 4V2XA 5AYIA 1IV8A 1W1VA 1B3ZA 1L8NA 4W85A 4W87A 2G3JA 4LYQA 5E09A 1K6AA 4GZJA 1UWTA 4Q7NA 1LL6A 1P6WA 1HJVA 1K9TA 2B31A 1GQJA 1H41A 5A6SA 4TVUA 4QFUA 4KGLA 1HP4A 3KZSA 1CXIA 1XD1A 4Y7EA 3PZVA 2OSYA 1OIMA 1M03A 1UD8A 4WKHA 4WSKA 1E43A 3AMCA 4MB1A 1NOFA 1DWFM 1ODZA 5ABGA 1FH7A 5E6YA 2CKSA 3LPOA 3NIYA 3L4TA 3W26A 2XM1A 3AZRA 3ZR6A 4EK7A 4WKFA 1E6ZA 3EDJA 1CXLA 1X1NA 1V6UA 4E4PA 5A8PA 2G3IA 2E3ZA 5I6SA 3RDKA 3BMVA 2EPLX 4C7GA 1R85A 1JDDA 3VIJA 2ZXDA 1AQ0A 1IT0A 5D9OA 2QMKA 2UY4A 4MJ4A 3WDIA 2BFGA 4DWSA 1HN1A 2HVMA 3ZSTA 3NSXA 1IZKA 3EDKA 3WY1A 1DWJM 1JD7A 1O6IA 4GO9A 3SCTA 1E9LA 5CSUA 1ODUA 4H04A 5E6ZA 1AQHA 1ZBVA 4CKQA 4P7NA 3I3DA 5HBFA 1PX3A 5EB8A 1UQZA 2XPKA 1TMQA 4OOUA 4H41A 3W4RA 3RO8A 1NWTA 1HVXA 3W38A 2F2HA 1JI2A 2WB5A 3VGDA 4U5IA 3AHZA 1MW1A 1XC6A 2OWWA 4DWSB 1ZU8A 2GK1A 2FGZA 1HXJA 5M17A 1HT6A 2YL6A 1V0KA 1ZBKA 1QI4A 4WLCA 4CN1A 2VOTA 3M46A 1H1NA 4CVWA 1HKMA 1FHLA 1SMDA 2A3EA 1BG9A 1G9HA 2PBGA 4WKAA 2XVGA 1SYTA 1KB3A 3UETA 1PPIA 3CHCA 4W5ZA 1B31A 3SURA 4WK9A 4QCEA 1S46A 4A3YA 2J62A 1CXFA 1W9BM 4PSRA 2J25A 4TXEA 2DH2A 1ISWA 3N17A 2OWCA 3WF0A 4PMYA 2YL5A 1TFVA 4U31A 4ML4A 2YDQA 2ZX5A 5DMYA 2GK1B 3OZPA 1B3YA 1I1WA 5LA0A 1TA3A 3CO4A 2Y5EA 4C91A 2XIIA 3ZIZA 4ZE4A 3G6MA 3M07A 3OG2A 4GI8A 3WUGA 4HA4A 1HKKA 1R87A 1M01A 5CSYA 2ZXBA 2BY1A 3GBDA 4AIOA 3VMPA 1PBGA 1GOIA 1BF2A 4IPNB 4UQBA 2VRQA 3ALFA 1BQCA 3BAYA 1KGXA 2ESCA 2CPUA 3ZOAA 4GPNA 1E4MM 4ZENA 4JCLA 4D6JA 4AWEA 3SIMA 1V6WA 1E0XA 1QNQA 1MXGA 4MAZA 2WWCA 3CMGA 4W86A 5ABHA 3EBVA 4XX6A 1DWGM 1BHGA 2JF6A 4M81A 4MB4A 5CLWA 2V3DA 1QBAA 1NWRA 1ITXA 1AQMA 3EDFA 3IJ8A 1GOKA 3AMDA 3WIJA 4WJXA 2BXZA 3RCNA 4CN6A 3WQWA 3WDPP 4PRWA 4D6GA 1TCMA 4TVDA 2PI6A 3ZR5A 4PMXA 4P8UA 2D1ZA 1C7TA 1VBRA 1JFHA 1H5VA 2EPNA 4AD0A 4PMUA 1XHGA 4M82A 4OZOA 2VQTA 2WVVA 3AXIA 5HPOA 2AOSA 3WUFA 1QHZA 9CGTA 1JYWA 1V08A 3SCUA 2E4TA 4U2YA 3BXWA 1XD0A 1NWUA 4HMCA 3WDRA 4JAWA 1LG2A 1Z32X 3AIVA 5I79A 3U57A 2JE8A 3MUY1 1UKQA 1AVAA 1F4HA 1OWQA 1VENA 4J3TA 5DFAA 4WIWA 3VDHA 2WMJA 4JHOA 2YJQA 2W61A 3MSGA 2VMFA 2DSKA 3DYMA 4UFIA 1XSIA 3MU7A 2GVYA 1E4IA 4GINA 3L4YA 5D9MA 4Z2JA 1XH2A 1GPFA 1ZJBA 5FOOA 1EXPA 1KXVA 3WNPA 1JGIA 1ISXA 2WVVB 5HPCA 1U30A 3SCVA 2J7GA 3ZJ8A 3WDQA 3PZIA 1V03A 3CIVA 1G94A 2VVNA 4U2ZA 1QPKA 4C7FA 3AHYA 4B3KA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4UQD A;  3IK2 A;  3WSU A;  4PMD A;  1XYZ A;  1CLX A;  5IHR A;  1VEO A;  1V3H A;  1HJQ A;  3UG5 A;  2WPG A;  1UWU A;  3VIG A;  3T0D A;  1QI5 A;  4Z2K A;  4IUG A;  3ZJK A;  4J7R A;  2JF7 A;  1LWH A;  3T0A A;  3EMC A;  1I75 A;  5BXP A;  5AC4 A;  1EDQ A;  1E73 M;  3IJ7 A;  5CXP A;  1JD9 A;  3FAX A;  1MYR A;  1SR0 A;  2ZUN A;  1PX8 A;  4ATD A;  1EGZ A;  4UR9 A;  4A4A A;  2Y8V A;  2J7E A;  2AMG A;  1Q6C A;  3M6D A;  1UOK A;  3WFL A;  1E6R A;  1LQ0 A;  2WLZ A;  4P7L A;  2Z1S A;  4BQ3 A;  1BGG A;  2ZUW A;  1E5J A;  2NT1 A;  2WHL A;  2YA0 A;  3PN8 A;  4MB3 A;  4DUW A;  4LYP A;  2CBI A;  1OGB A;  1TVN A;  1VEP A;  1LG1 A;  4MNK A;  4TUF A;  4UQ9 A;  2GFT A;  2VZS A;  1EDG A;  4Z2I A;  2YBT A;  1NOW A;  1KBB A;  1B30 A;  2WMG A;  4AEE A;  3VD5 A;  1UH3 A;  1UD3 A;  4PUE A;  2WZE A;  5D8W A;  1GOM A;  4LGX A;  2G3M A;  5AY7 A;  4IM4 A;  2WCA A;  2YOC A;  1H3G A;  1UD2 A;  4LXF A;  3CBW A;  1FA2 A;  1V6V A;  2WAG A;  5A2B A;  3PTM A;  1GQK A;  2OYL A;  4D6C A;  2ZE0 A;  2EPO A;  1UR9 A;  1VIW A;  2VUY A; 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