2YDSA

Cpoga d298n in complex with tab1-derived o-glcnac peptide
Total Genus 236
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
579
structure length
579
Chain Sequence
NQVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDNIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synergy of Peptide and Sugar in O-Glcnacase Substrate Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Clostridium perfringens
total genus 236
structure length 579
sequence length 579
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2011-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2ydsA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ydsA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2ydsA01
2G3IA 1XH0A 1QI5A 5C70A 2CNCA 4CGTA 2PWFA 4ML4A 4BZYA 3DYPA 4IUGA 2XFYA 4NSBA 4MNMA 5A2CA 3AYSA 1WB0A 4W8LA 4FLQA 3O9NA 1J01A 1ZB5A 3NUKA 1DWGM 3VIGA 2PC8A 1EHNA 4Q22A 3RCNA 1W3JA 2HVMA 1BVNP 3VIMA 3IK2A 2Y24A 1E6SM 2GK1A 2WHKA 4JFWA 3II1A 3EDDA 3TA9A 1EOMA 3MMUA 3UCQA 3WQ4A 1EQCA 3A47A 5D9NA 1UKQA 4HOXA 3SIMA 3BXWA 1JF6A 2YL8A 3ZIZA 3NIYA 1K6AA 5IFPA 2CPUA 2Q8XA 1GOWA 4A4AA 1VFOA 2IXVA 3WF4A 1VIWA 1ZL1A 3U5YA 1X6LA 2UWFA 1QI4A 1V08A 3WFZA 3LPOA 4RE2A 2EPKX 1SMDA 1WDRA 5F7UA 4P8UA 1C7TA 1W9DM 1B9ZA 3BSHA 1DEDA 2EQDA 3AI0A 2XVKA 1MQRA 3BH4A 4CU6A 2ZX7A 2PBGA 2O9TA 5A8PA 2VCBA 4W86A 1YHTA 2JIWA 3K8LA 2J8GA 1LG2A 1UH3A 4PUDA 4AZCA 3GXFA 2ZXDA 4BCEA 1HXJA 1VBRA 2DH3A 2FH8A 1EO7A 2VOTA 1V3IA 3W6LA 1MVYA 4BQ2A 1BYBA 2XSBA 4BQ3A 1SR0A 1J0IA 3SUVA 1UUQA 3ARPA 5A8NA 5I24A 4UOQA 1AQHA 3OLDA 4JKKA 3TTOA 1TVNA 5CXPA 3WF2A 4YHGA 5A6LA 3F5LA 5EFFA 1NOUA 2NSXA 1FH7A 4D6GA 1HP5A 1H5VA 2J79A 3AHYA 4ZE5A 2ZUUA 1XRVA 3RMEA 5BRPA 2DSWA 3T2PA 2IXUA 5A6SA 4ACZA 4LGXA 5ABGA 1OIMA 1H41A 2UY4A 4IM4A 7CGTA 3OZOA 2WMGA 4HMDA 3VD5A 1W9PA 1NOFA 1JZ2A 2DIJA 2WPGA 1HP4A 3CZJA 3KWXA 1UQZA 2ZICA 4AZHA 4GO9A 5A8OA 1HN1A 3AZTA 3AJ7A 3PZTA 2GSJA 3PZIA 3WN6A 1UR2A 5JBEA 4H8HA 4EK7A 2DSVA 2XUCA 4ACYA 2DEPA 2DH2A 1OCQA 3MMWA 4UQBA 1O7AA 4D6DA 1TVPA 3POCA 1R85A 2VUYA 3ZQ9A 3O6AA 2GJPA 2QF8A 4DM1A 4M8UA 4P7NA 1B3VA 3MV01 1E6PA 1CPUA 2FHFA 1CBGA 2VVSA 4PMVA 1US2A 1GZJA 1XH1A 5JUVA 4RL3A 1WZAA 4PBGA 3SCOA 3NDYA 2XSAA 1EO5A 3U7BA 3W37A 4YHEA 3FY1A 3CGTA 3CTTA 2WHJA 2J62A 2GVYA 4C7DA 3W38A 3L2MA 1HF6A 1JI1A 4MB1A 3CIVA 4FK9A 2G4FA 2GJXA 1UR1A 4HA3A 4PMQA 1BG4A 2EEXA 1Q6CA 3QGVA 4JFUA 5E09A 3SCQA 3ZT6A 4OKDA 3PN8A 4WIWA 3WNPA 3PZOA 2W91A 1PX3A 5E70A 2YBUA 1A47A 3VDHA 1JZ6A 2JEPA 3AZSA 3WDJA 1RP8A 1W3KA 3VX1A 1TMQA 4MDPA 1GOKA 1XSIA 4CVWA 4ZXLA 1KR1A 3PZUA 4WKFA 3TONA 2VR5A 3BAIA 5HBFA 4W7WA 3WENA 4D6JA 3ZSSA 3WDHA 1CNVA 3VOCA 4V2XA 4PTMA 1M53A 1IV8A 1WE5A 4W7UA 2X09A 5E0FA 1ITXA 4JL2A 4UQ9A 3L4WA 1QHZA 4CKQA 3MSGA 1E6ZA 1KGXA 4W5UA 1NP2A 1N82A 5A69A 4FMVA 2JALA 4B9YA 5BYWA 4HA4A 4GXPA 4CCCA 3SUWA 3AS1A 3B9DA 1OINA 3VIJA 1KXVA 4PMXA 2CEQA 1R7OA 3MUY1 4E8CA 1M7XA 4S3JA 1B90A 1C91A 3GDBA 2JF6A 4OBRA 4PSPA 3VDCA 4AZIA 1BGAA 2XYLA 1V3JA 1NOWA 4MPKA 4WLCA 3SUSA 5I2UA 4F79A 4GINA 1KQYA 2V3GA 4LX4A 1W91A 4UFIA 3AZRA 1J0KA 4EKJA 3ZM8A 4TVUA 3AMLA 4LYQA 2FGZA 5D9OA 3CBWA 2WLYA 3AIRA 4CN1A 3VIKA 3WF0A 4ZENA 1JDCA 3UG3A 4AYSA 2A3CA 2V3EA 2Y8VA 1VFFA 5HDRA 3GNPA 4HU0A 2QMJA 5GNZA 2BHYA 2QV4A 5DEZA 1KCLA 1MYRA 3GXDA 4HMCA 4UQDA 1CGVA 3WD0A 2UY5A 3BMWA 4BQ5A 2E0PA 3CHDA 2BVDA 4U31A 4QLLA 3BCFA 4HZ8A 1XHGA 1KWGA 1ZJAA 3GNOA 1UD5A 1EDQA 4MDOA 4KGLA 1V6VA 4AZ6A 3MANA 1CGYA 1BLIA 4UOZA 3W53A 1GHSA 4OIFA 3THCA 4AZ5A 4HPGA 2XVNA 2VQUA 4UOJA 4D1JA 4NRSA 2VC9A 1AQMA 4RE3A 2RGMA 4NRRA 3RJXA 1PIGA 3CZEA 3ZO9A 1B3WA 2XFRA 4KH2A 1OIFA 2ZE0A 1E1FA 3BLPX 3AIQA 3S6TA 3EMCA 3MUIA 1JI2A 3BGAA 1CXFA 1TFVA 4BS0A 1C8QA 2VL4A 5CLTA 3MUAA 4C91A 3ZJ6A 1VF8A 1EDGA 4XV0A 3RPMA 4U33A 5GQBA 2J7FA 2J7BA 2CESA 2WMIA 1HJXA 3HMCA 1GPFA 1UWUA 1X1NA 2Z1KA 2D24A 3WF3A 1PPIA 2WKGA 1E15A 1K9EA 3M7SA 3UR7A 5HPOA 5BROA 3WUBA 5HPCA 1RPKA 2X05A 5A6AA 1V02E 5D9PA 3TP4A 4KMQA 1HX0A 2O92A 1J0ZA 1LQ0A 4PMNA 3SCPA 1V0LA 2WANA 3I3EA 3N18A 4D6IA 2WWCA 2ZXBA 1H49A 3WEOA 1WZKA 3VDBA 1XH2A 4X0VA 3W25A 4AZ7A 3M07A 3VGHA 2XWDA 3W4RA 2BY3A 4DWSD 5CGMA 1HJQA 1V6UA 3WL1A 3PZQA 4U2YA 2VX7A 3CHFA 1JAEA 2VZTA 1Q6GA 1HJUA 4U2ZA 5A1AA 2DT2A 5FCZA 3DHPA 4AD1A 3VMNA 3THDA 4EANA 1E4IA 4W5ZA 1B31A 1LL7A 1HL8A 4L4OA 2EPMX 2WSKA 3HU7A 4BF7A 4HMEA 2VZVA 4UFKA 4PN2A 5CG0A 1M04A 1G01A 1JZ7A 2YOCA 2ZUVA 4H8UA 2OWXA 3ARYA 1UH4A 3POHA 2WZHA 3GYCA 3W26A 4LPCA 4OOUA 6A3HA 4UFJA 2WVSA 2XG9A 3W24A 1BTCA 4TX8A 4HOWA 2BS9A 3NDZA 4PMDA 2AAAA 3WFLA 5M5DA 1B1YA 5KZ6A 2BVTA 1EQPA 1U30A 1CXIA 4N42A 3AQUA 5TD4A 5DMYA 3AROA 1V3HA 5CSUA 3QOKA 1JF5A 1GW1A 1R8LA 3AXXA 3TTYA 4AIUA 4P8WA 3CUFA 1LWJA 1J9YA 3IJ8A 1M01A 5JIPA 3K4AA 3SUTA 1ISWA 2G8ZA 4AD2A 1BYDA 4PMOA 4UQCA 5BXTA 3AHVA 4D6EA 3SCRA 4Z2HA 2V38A 4URIA 1E40A 3ZT5A 3GXIA 2CKSA 4GI9A 2WB5A 1JIBA 2YKKA 4J3XA 4P7RA 4HP5A 4HZ7A 3UESA 1FH9A 2XJ7A 3MV11 4AW7A 3WKZA 2E9LA 3VD9A 4PUEA 1AVAA 5EMYA 5C71A 3T0DA 3RO8A 1K9DA 1ZJBA 2CBUA 1FH8A 1L0PA 1QW8A 1WZMA 4MJ2A 2WVVB 3CHEA 3IAQA 2Y4SA 5JBFA 1FP9A 4PCSA 1HIZA 1JNDA 4QLKA 2WC7A 2WXDM 3L2LA 5A94A 3WBAA 3TOPA 1UD8A 2BY2A 3FNDA 1CEOA 4ZXOA 1GVYA 1JDAA 5IHSA 1KB3A 4M1RA 5I3DA 5I0DA 3OA5A 5D9MA 2GDUA 2JFEX 2NT1A 4JZ5A 2GFTA 4PTWA 1G9HA 2W63A 1PX4A 4PSRA 4UTFA 4MNJA 1IT0A 4ATWA 1U33A 3L4VA 5AYBA 4D6CA 4DWSA 4PMYA 4OOZA 3BMVA 3JUGA 5D8WA 2GK1B 3VD3A 2TAAA 1ZU8A 4ZFMA 3ARUA 4JKMA 2DQXA 3AHTA 1UR4A 2BHZA 3WQ6A 4MJ4A 1PEZA 1G1YA 4TTUA 2E9MA 4K68A 3E1F1 4WKHA 1UZ4A 4AMCA 1QHPA 4L4PA 3CH9A 1W1TA 1LL4A 4JCMA 1LWHA 2W4XA 2J75A 4A3HA 2FHBA 3LPGA 3U5UA 2B31A 4GI8A 5DFAA 1ZS2A 1VB9A 4Z2GA 5I23A 2Y2WA 4Q7NA 1KXTA 3W6MA 3QHNA 1U2YA 1CIUA 2YBTA 2YDQA 1E3ZA 2JF7A 3CMGA 2XM2A 5I77A 1QI0A 5BCAA 1MWOA 5A6KA 3W0KA 4AD5A 2XIIA 1W3HA 4MNKA 3ARVA 4CD8A 1HKJA 1OM0A 2GJRA 4J27A 1NARA 3K4DA 1C3FA 4UZSA 3UG4A 3VGDA 3RM8A 4X0NA 3MS8A 3VIHA 4AZCB 1MW1A 4PMUA 1Q6DA 4Z2KA 4WSKA 2A3BA 5BXSA 4TVDA 3WF1A 2W92A 2BNJA 4NF7A 1XD1A 2GDVA 1XC6A 4JIEA 4U3AA 2AMGA 1XYFA 1CTNA 4Z2LA 1BG9A 3MUZ1 1OD0A 1PX8A 1R7AA 4QFUA 2YA1A 3GNRA 3WDPP 1NH6A 5A6BD 5GPRA 3AS0A 2F61A 4J3VA 2VX6A 2Y8KA 3BCDA 4ACZB 5I78A 3AMGA 4PCTA 1KQZA 5E0CA 4CCEA 2DSZA 3WQ8A 4CU8A 1FHLA 2E4TA 1HKKA 4AEFA 1OBAA 2RGLA 2CHOA 1JG9A 2WMKA 3ARWA 1X6NA 4LYPA 1H11A 4AD3A 3FAXA 2E8ZA 3L4YA 5IDIA 1ZBWA 1CECA 3CZGA 4PTXA 4IPNB 3OLIA 3BAWA 1PJ9A 3M46A 1V3KA 3VVGA 4UFMA 1UR8A 4GO8A 5CGTA 2EXOA 3RJYA 1BSIA 3BAYA 1WDQA 4JHOA 4WSJA 1NWTA 1UZ1A 2ZXAA 4XX6A 4CD6A 1V02A 4AD0A 3DYMA 4BA0A 3FHQA 3KE0A 2J77A 3VIOA 3IANA 3UR8A 3KL0A 2OYKA 1JYXA 1CLVA 1LG1A 3QHMA 4PMZA 3SEPA 3BC9A 2VCAA 4D72A 1QOXA 3SCTA 3W82A 1QVBA 3WNOA 1HKIA 3N17A 4LYRA 2EBNA 3K8MA 3RM4A 3PZVA 2VO5A 2DT1A 3VKKA 3VUPA 1V0MA 1UYQA 1B0IA 2OSYA 1UA7A 4W8AA 2GJXB 2UY2A 3AHZA 3EDEA 1XYZA 3AFBA 4XUYA 4J7RA 2W5FA 4YPJA 2VZSA 4AIEA 5BRQA 1AMYA 4W88A 1E4LA 4H04A 3CO4A 5CLWA 1F4HA 1V6YA 3GH5A 4JCLA 3UG5A 1VEPA 3WDQA 5AYIA 3B9EA 3A4XA 3WH5A 1BAGA 1JGIA 4J3TA 3VX0A 1SMAA 1GJUA 1JFXA 4CD4A 3EBVA 1KCKA 5C8BB 1C92A 1EXPA 1UG6A 2D3NA 3OG2A 1W9VA 4N0RA 1VBUA 4AISA 1TA3A 4E8DA 1HT6A 3MMDA 4JAWA 5A8QA 3L4UA 4OZOA 2YLAA 2WVUA 4EE9A 2BFGA 4KGJA 3NSMA 3ARQA 3FN9A 1GOOA 1OGGA 5LA0A 2VURA 2OYLA 3T0BA 3DC0A 2A3HA 2VX5A 3CZKA 4GZEA 1US3A 1XGZA 3AIUA 3AIBA 4DUVA 4ZE4A 1ECEA 4QLJA 3SCWA 3WMCA 3OGRA 3CPUA 3IJ9A 2J7DA 4CD5A 3WDRA 1QNPA 2JEQA 3BLKA 1TA3B 4W8BA 4AC1X 1CZ1A 1NQ6A 1MQQA 3F4VA 2PI6A 2FH6A 1SFSA 1UA3A 2NT0A 1C8YA 1WO2A 3S2CA 1Y7VA 1JZ8A 1QI3A 2D0GA 1B3YA 2E40A 1CGXA 1MFVA 1CXLA 5E9AA 2D0FA 3PTQA 3EDJA 2E3ZA 1KWKA 5I6SA 1XV8A 5HXMA 3ALFA 1TG7A 2WK2A 3T0AA 8CGTA 5A6BA 3AS2A 2EJ1A 4JFSA 1QHOA 3TTQA 4R27A 5IFTA 3FW6A 3VDAA 1J0HA 2V3FA 1W32A 1E0WA 3A4WA 1V6WA 1UD3A 3L4ZA 5EB8A 3WELA 1PAMA 3CZLA 2VTFA 4J3SA 1BFNA 3VINA 3IJ7A 2J7EA 4CD7A 3WH8A 4WJXA 1E43A 2BVYA 4QDMA 2YJQA 2QHAA 2WC3A 2XTKA 4M80A 1UHVA 2G3JA 4AZGA 3GH4A 1O6IA 3HJEA 2W61A 1W9XA 2J8FA 3A4AA 2VX4A 4GKLA 2WMJA 5A2AA 1OT2A 2YA0A 4M82A 4B16A 1GQIA 3MU7A 3WH6A 3GH7A 1OB0A 2QMKA 7TAAA 3CUIA 1GNXA 2C7FA 1D2KA 2DDXA 5EFDA 4R5EA 1E0XA 3NSNA 2WMFA 1CENA 3WNKA 1M03A 5DO8A 4W85A 5ABFA 1MFUA 4QCFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2G3I A;  1XH0 A;  1QI5 A;  5C70 A;  2CNC A;  4CGT A;  2PWF A;  4ML4 A;  4BZY A;  3DYP A;  4IUG A;  2XFY A;  4NSB A;  4MNM A;  5A2C A;  3AYS A;  1WB0 A;  4W8L A;  4FLQ A;  3O9N A;  1J01 A;  1ZB5 A;  3NUK A;  1DWG M;  3VIG A;  2PC8 A;  1EHN A;  4Q22 A;  3RCN A;  1W3J A;  2HVM A;  1BVN P;  3VIM A;  3IK2 A;  2Y24 A;  1E6S M;  2GK1 A;  2WHK A;  4JFW A;  3II1 A;  3EDD A;  3TA9 A;  1EOM A;  3MMU A;  3UCQ A;  3WQ4 A;  1EQC A;  3A47 A;  5D9N A;  1UKQ A;  4HOX A;  3SIM A;  3BXW A;  1JF6 A;  2YL8 A;  3ZIZ A;  3NIY A;  1K6A A;  5IFP A;  2CPU A;  2Q8X A;  1GOW A;  4A4A A;  1VFO A;  2IXV A;  3WF4 A;  1VIW A;  1ZL1 A;  3U5Y A;  1X6L A;  2UWF A;  1QI4 A;  1V08 A;  3WFZ A;  3LPO A;  4RE2 A;  2EPK X;  1SMD A;  1WDR A;  5F7U A;  4P8U A;  1C7T A;  1W9D M;  1B9Z A;  3BSH A;  1DED A;  2EQD A;  3AI0 A;  2XVK A;  1MQR A;  3BH4 A;  4CU6 A;  2ZX7 A;  2PBG A;  2O9T A;  5A8P A;  2VCB A;  4W86 A;  1YHT A;  2JIW A;  3K8L A;  2J8G A;  1LG2 A;  1UH3 A;  4PUD A;  4AZC A;  3GXF A;  2ZXD A;  4BCE A;  1HXJ A;  1VBR A;  2DH3 A; 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