2CBIA

Structure of the clostridium perfringens nagj family 84 glycoside hydrolase, a homologue of human o-glcnacase
Total Genus 234
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
234
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural insights into the mechanism and inhibition of eukaryotic O-GlcNAc hydrolysis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
molecule keywords HYALURONIDASE
total genus 234
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-01-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2cbiA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2cbiA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2cbiA01
4QLLA 2E3ZA 1JFHA 4P7RA 1XSKA 3WEOA 2XVKA 1UR9A 3ZR6A 2VMFA 5IHSA 3MANA 1B3VA 1CIUA 5C70A 5BXTA 3SCTA 1R8LA 1E73M 4J3WA 1KBBA 1US3A 2EPMX 2ZE0A 3N15A 3RCNA 3ALFA 3ARSA 5FD0A 1WPCA 1C8QA 1LWHA 3AXHA 2W63A 3N04A 3O2LA 2DIJA 3WDJA 1FOBA 3O6AA 3M46A 5DFAA 4WJXA 3FAWA 3ZJ8A 2UY5A 4ZFMA 4CVUA 1QHZA 2DQXA 1ESWA 1UR8A 2EPKX 5DT7A 1EQPA 1U33A 3WKZA 2YOCA 4F79A 2VZOA 3PN8A 4Z2JA 2DIEA 4Z2LA 4OBSA 3L4WA 1E72M 3ZSSA 3OIHA 1B3YA 1FP9A 3BLKA 1UH2A 1DWHM 4AZBA 1MW1A 2WHLA 5I0DA 3QR3A 4J3UA 1UQZA 1WDPA 3CZLA 4ACYA 2CEQA 3KL0A 2XPKA 3W25A 3CUJA 3MV01 1JGIA 4C7GA 1OGGA 1TUXA 4AZHA 1UR2A 3KL3A 4PBGA 4S3KA 3UG3A 3WD4A 3MV11 1E6SM 1K9EA 3AOFA 3BMWA 4IPNB 3MUZ1 5A6KA 3FHAA 1UA3A 2W62A 3L4TA 3GBEA 4XZWA 1DEDA 3M7SA 4CD8A 1C7SA 3QHOA 1KGWA 2O9RA 2GJXA 4NI3A 4WKHA 4TUFA 2VQUA 4TX6A 7TAAA 4UQDA 4PMQA 1GJWA 3KL5A 1W1YA 4D1JA 7CGTA 1XH1A 5DT5A 4OBRA 1Q6CA 1CLXA 2W91A 4BQ4A 3ZMRA 1MFUA 4MTVA 1GOOA 4BS0A 3N18A 3W4RA 4DUXA 1B2YA 1XHGA 1KXVA 5JBFA 3VILA 1EA9C 4LGXA 3AHXA 4AYSA 3NSMA 2WZHA 5I3DA 4IISA 1XSJA 2PWEA 4UFHA 5A8PA 2VX4A 2ZUSA 4FLQA 2X09A 4RL3A 2WW5A 1JI2A 2UWFA 3W29A 1MFVA 2W5FA 3VGBA 4AEEA 4PMRA 4CCEA 1UH4A 1QW9A 1B3XA 3WNNA 1Q4NX 3PBGA 3OLIA 2WYSA 3VGHA 1W91A 4UQBA 1R85A 2X05A 5GQBA 5HPOA 3CUGA 4JFVA 1TR1A 3AFBA 2DEPA 1CGXA 1VJSA 1BVZA 3T09A 1HNYA 2HISA 1KBKA 4PMOA 4U2YA 1HKMA 3W0KA 1AQ0A 5M03A 1ZBCA 1W2PA 1OSEA 2XVGA 2BVDA 2FGZA 1A3HA 5BXPA 2VCCA 3WF4A 2BY1A 3CUFA 1H3GA 1ITXA 1E6XM 2V5DA 5BYWA 1W3JA 4CD4A 1XSIA 2A3AA 1JZ4A 4AZ6A 4ML4A 2J7GA 1R7AA 4YN5A 2YDQA 3VGDA 5CSUA 1EQCA 4LX4A 4BQ5A 2EBNA 1YHTA 2WCSA 3OLGA 2JE8A 3OZOA 3ZT7A 1JXJA 1E6RA 1MYRA 2JEQA 1VBUA 4UQCA 3AIUA 4PTWA 4W84A 1NWTA 3WMBA 2ZUTA 5DO8A 1CXFA 4Q7NA 2VX5A 3N11A 3WF1A 1AQHA 1VIWA 2JALA 1OCQA 2BY3A 1CWYA 1GVYA 5BROA 1E4MM 3WIJA 1UD2A 1D2KA 1EXPA 2WHJA 4W85A 3NDZA 1G9HA 1QOXA 1QNPA 4ACZB 3AMLA 1MVYA 3LPOA 3IK2A 3L2LA 3CPUA 5FKYA 2WVUA 1E40A 1HF6A 5F7UA 1B30A 4K68A 1UA7A 2G4FA 1G1YA 3QGVA 4MB1A 3VIJA 2XM1A 3ARRA 1RP8A 5CLTA 2D1ZA 4JHOA 3KZSA 1GPFA 4GQQA 4M24A 2AAAA 4UFKA 3WNKA 2XJ7A 2D3NA 4H2CA 4FLOA 3WNLA 1E6NA 2BVYA 5A1AA 4UR9A 4PMVA 5EFFA 2PBOA 5JIWA 4GZIA 1VRXA 3EDJA 1GORA 3AMGA 1L0PA 1TA3A 1GQIA 3GXDA 3PZGA 1VB9A 1RPKA 4D72A 4X9YA 5A6LA 3VIMA 4MPKA 4WF7A 3W6MA 3SCWA 4CCCA 4CU8A 1E55A 4BCEA 2BHUA 3VIOA 1VFMA 4W8LA 1DWAM 1K9FA 1LL7A 2CETA 3RJYA 1QNSA 4D6EA 1HP5A 1PPIA 3IJ7A 2QHAA 3AZTA 2CPUA 3M07A 1SMAA 1UWQA 1UKQA 1NOUA 4PUEA 4MNKA 4X0VA 4AEFA 1O6IA 1V3IA 3EDEA 3WQ4A 2NSXA 4AD0A 2DSUA 1KFWA 4PMYA 2DT0A 4JKLA 3SCOA 2V38A 3VD4A 2PB1A 3U7BA 1JF6A 1V3MA 3WSUA 4HU8A 1JDCA 1OWQA 1EO7A 3DHPA 2RGLA 2CBIA 3UESA 2VCBA 5D8ZA 1KB3A 1PEZA 1AVAA 1P6WA 4ACZA 3MMWA 4KGJA 1ITCA 1HN1A 2V3EA 3S6TA 1VENA 2V3FA 4TTUA 3CHCA 3L4VA 5IFPA 4WKFA 3VDAA 3MMDA 1YQ2A 4Z2HA 1V3JA 2YBUA 4GQRA 2XFYA 4RE2A 3EMQA 1WE5A 1QBAA 5HXMA 1GNXA 2WMJA 3VD9A 3WDHA 1LG1A 1O7AA 2F8QA 1C92A 3OB8A 3VIGA 5A8MA 3AROA 4HU0A 1KCKA 5A2AA 3BGAA 2OSYA 2CITA 3AXIA 3VX1A 1OB0A 4J3XA 4H8UA 3VUPA 2YDRA 3NDYA 1IZJA 3ZIZA 1TCMA 3VDBA 1M03A 2ZUNA 4W7VA 5IHRA 2WC4A 3AHYA 2DSVA 1VAHA 3IANA 5DF0A 1UKSA 1QNRA 3FAXA 4P8VA 1KQZA 4HOZA 3GTNA 3PZMA 3VGEA 5A6AA 5CGMA 3QOMA 2D0FA 4JKKA 1CPUA 3ARXA 3GM8A 1JZ7A 1ODZA 1JL8A 1BYDA 2E9LA 3MSDA 3GNPA 1M53A 4PMXA 4HZ6A 1JAKA 1WZLA 2VI0A 3VMOA 4CN1A 4WKAA 1M04A 2WMFA 1EOMA 4J3TA 3SUVA 1E0WA 3PHAA 3WDPP 3CZKA 4BA0A 3WBEA 2PWFA 5HOSA 4PSRA 1FHLA 2ZIDA 1JZ3A 1UYQA 1C91A 3MMUA 4JL1A 1GOWA 2JEPA 3FNDA 2B31A 5I23A 4A3YA 3ZJ7A 3VU2A 2VRKA 3WF0A 2EJ1A 2Z1KA 3ALGA 4S3JA 1UH3A 4W5UA 2XIBA 4V28A 3W26A 5IFTA 1C3FA 4M1RA 2GFTA 2GK1A 3DC0A 2G3NA 4PSPA 2VZTA 1ZU8A 2FH8A 4PN2A 3T2QA 4D6JA 1HVQA 2AMGA 1AMYA 3VINA 1ISVA 2WBGA 1UWRA 1W3HA 3VNZA 4U31A 1E71M 1DWGM 1BYBA 3J7HA 3AMCA 3ZJKA 3VMNA 1CLVA 1BVNP 3L4XA 1EOKA 4C7FA 5BCAA 2O9PA 2XSBA 4TVDA 1V0KA 3IJ9A 5BXRA 2X0YA 1OGSA 1BG4A 1Y7VA 2ZICA 4MNJA 1JDAA 3W28A 4QLKA 1W3KA 1HX0A 2X1IA 2XWEA 2XIIA 4PYSA 2WAGA 2GDVA 1GVIA 2D23A 3WD0A 1PJ9A 1WDSA 2D24A 2YLAA 3HU7A 4PMUA 3O9NA 3W6LA 2WB5A 4TVCA 1UR0A 2UY4A 2ZUMA 1S46A 1F4HA 3WQWA 1H49A 1QW8A 1NOFA 2XFRA 1MW0A 2CCRA 3GYCA 2GJXB 4M81A 4CKQA 2W92A 3CHDA 4KMQA 4Y7EA 5CXPA 1V6YA 5E9AA 1E4IA 2Y8VA 3CGTA 3ZQ9A 5A3HA 1B9ZA 5BXSA 2E9BA 3BCDA 1H41A 1SMDA 1B0IA 2WC7A 3AXXA 4Z2KA 2OYKA 1GOQA 2W61A 1BHGA 1VEOA 3T0AA 2WC3A 1KXTA 3T0BA 3GH5A 4HZ8A 5M3WA 2VQTA 3MKKA 1KWKA 4W93A 4HP5A 5LYRA 3PZIA 2J8FA 2TAAA 1E5NA 1W9DM 2CBVA 3OGSA 2O9TA 1H0GA 3UETA 1X6LA 2XGIA 3AS1A 3FN9A 1HJQA 4F8XA 1X1NA 1R87A 1J0YA 1ZL1A 4CU7A 2W66A 2E4TA 3CZ8A 1VF8A 4GKLA 1WAWA 2O92A 4KGLA 3RM9A 4BQ3A 3MO4A 2IXUA 1HJXA 2BY0A 1HJWA 4CD6A 4UQAA 3DHUA 4HA3A 1E1EA 5I77A 1MXDA 3BAJA 3CZJA 2G3MA 4HPHA 2YBTA 1GQJA 5FL0A 1C8YA 3SUTA 1QNOA 1ISYA 4NZCA 3N9KA 4ATLA 2WLZA 1G0CA 3WFZA 3S2CA 1E0VA 3D5HA 5FIPA 1J12A 1IT0A 3SCVA 5BRQA 1OGBA 2WBKA 1G01A 5D9PA 1JIBA 3LPFA 1ZB5A 2UY3A 1UD3A 4BZYA 2V3GA 2WZIA 1HP4A 2WHMA 4J3VA 1UWTA 2DGAA 1OM0A 3MUAA 4AZGA 2VC9A 3ARWA 1W1TA 1HKIA 1V03A 2VTFA 4CCDA 3B9AA 2D0HA 2YL5A 3PZQA 4LPCA 3EMCA 5E0FA 2JIEA 1CGWA 2E8YA 2JIWA 1QBBA 1VFUA 1DTUA 3A4XA 3RIKA 3GXMA 4B9ZA 3W37A 4QDMA 5FOOA 1ISZA 1HT6A 1M7XA 2WCGA 4TTGA 2BFGA 4D6HA 1W9XA 1MQPA 1HXJA 3CUHA 3CMGA 3WBAA 3B8SA 4AZ7A 2J77A 1V6VA 2YIHA 1ZJBA 4U3CA 3BSGA 4Z2IA 1W3LA 4A3HA 2WK2A 1XD0A 3CLWA 1AQMA 1SYTA 5EMYA 3E1F1 4W87A 2W4XA 1GOMA 4GI9A 1KWGA 3CH9A 3WEZA 3RM8A 1OIMA 3W53A 2Y5EA 3VM5A 1TMQA 2VRQA 3AHTA 3DYPA 2WMKA 2ZOXA 1DHKA 2CIPA 2ESCA 3ARQA 4BF7A 1JNDA 3WD3A 1TA3B 4F66A 1NM9A 3GNOA 2EQDA 3ARPA 3TOPA 3RMEA 4JAWA 1FA2A 4C7DA 1CXIA 3AICA 1SR0A 5I79A 1TVPA 5EBAA 4D1IA 2ZX5A 1NQ6A 1MQRA 4XX6A 4F9JA 2WHKA 3EDDA 2C8NA 3VOCA 1GQLA 3OGVA 4AD3A 4NF7A 5E0CA 2CHOA 3ARUA 3RDKA 2NW0A 4AY1A 2X0HA 2WPGA 5A8OA 1NWUA 4WSKA 1NOWA 3AS0A 1H0IA 4GI8A 4QCFA 3CHFA 4NRRA 4HPGA 5DMYA 1C90A 1J0JA 3FY1A 1PAMA 3VO0A 4H04A 4EK7A 2GDUA 4W7WA 2VJXA 5A2BA 3K4AA 1ISWA 3SUUA 3OLEA 2Y8KA 4JCLA 1CBGA 1EHAA 3WDIA 2OSWA 2DT3A 2J25A 1KCLA 1Q6EA 5CPQA 1W9UA 1Q6FA 5A94A 4J7RA 1UWIA 3DYMA 2DT1A 1OBAA 4N0RA 2PI6A 3U5UA 2J75A 3WQ8A 1B1YA 1WKYA 4FK9A 2E8ZA 1WCGA 5IXEA 5CPSA 2VL4A 2CXGA 2FH6A 3NCOA 4PTXA 5GNZA 1V6XA 3OBAA 1UR1A 3BLPX 1G5AA 3EDFA 4HTYA 3WFLA 1E6QM 1PZ3A 2XVNA 2BHYA 1I1XA 2QF8A 3FW6A 2J7EA 1J0ZA 2OSXA 3GZAA 2EPLX 4CD5A 3W38A 2D2OA 2A3BA 3WDQA 3B9EA 3OA5A 1QHOA 1GQKA 1B3WA 4MAZA 1TFVA 5CGTA 3UR7A 1V6WA 3SCPA 2OWCA 4QCEA 2VX6A 3WUEA 4TVUA 3CMJA 1PIGA 3BAKA 4EKJA 1LG2A 3AZSA 3L2MA 1KQYA 1GZJA 1E6ZA 5AYBA 1CNVA 1WB0A 1JAEA 1R7OA 2PWGA 2WLYA 4QP0A 2F61A 2J7HA 3VIPA 4V27A 3VMPA 1H11A 3L4YA 2WWCA 4ZENA 4J27A 2GJPA 5JBEA 3A47A 1DWIM 4J28A 1BYCA 4GXPA 1EHNA 4XB3A 4IPLA 4KWUA 5CPTA 3VIFA 5LA0A 1J10A 5CZKA 2VOTA 5A6MA 5E6ZA 1J0HA 4AD2A 3WH7A 2DH3A 3RO8A 5A95A 2XFFA 5HBFA 3VM7A 4MAVA 2WNWA 1MWOA 2OYLA 1A47A 3BAWA 1DWJM 1E3ZA 3AIQA 5A6BD 4AZIA 1CYGA 2GVYA 4JZ5A 5ABGA 4CN6A 1C93A 2FHBA 1EH9A 4KH2A 3QHMA 3PZNA 3K8KA 1NARA 2VZVA 1CEOA 3N1AA 3A4WA 2GK1B 1ZBVA 1UKTA 3NYDA 4IUGA 3NJ3A 3SCQA 3CUIA 4EE9A 3GXFA 2YLLA 4UOQA 4AIEA 2CESA 3I3EA 3AZRA 5IDIA 4JFSA 3FHQA 3TP4A 1N82A 2D0GA 5EB8A 4Q22A 3U57A 5GPRA 5I78A 4B9YA 4D6FA 1ZBKA 4PRWA 2D20A 4PCSA 1PZ2A 1CZ1A 3ZSTA 4W89A 1W2VA 1C8XA 1CGYA 3T2PA 1PBGA 6A3HA 2VR4A 4MNMA 1LF1A 4BQ2A 2IUZA 2VO5A 1B3ZA 4LYRA 2D22A 5EFDA 3VTRA 3TA9A 3SCSA 1LJYA 2DH2A 2OLHA 1HIZA 3THCA 3POCA 3VD3A 4OJYA 3CZGA 4P7OA 2QLYA 4JFWA 2OWWA 1JXKA 4P8XA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4QLL A;  2E3Z A;  1JFH A;  4P7R A;  1XSK A;  3WEO A;  2XVK A;  1UR9 A;  3ZR6 A;  2VMF A;  5IHS A;  3MAN A;  1B3V A;  1CIU A;  5C70 A;  5BXT A;  3SCT A;  1R8L A;  1E73 M;  4J3W A;  1KBB A;  1US3 A;  2EPM X;  2ZE0 A;  3N15 A;  3RCN A;  3ALF A;  3ARS A;  5FD0 A;  1WPC A;  1C8Q A;  1LWH A;  3AXH A;  2W63 A;  3N04 A;  3O2L A;  2DIJ A;  3WDJ A;  1FOB A;  3O6A A;  3M46 A;  5DFA A;  4WJX A;  3FAW A;  3ZJ8 A;  2UY5 A;  4ZFM A;  4CVU A;  1QHZ A;  2DQX A;  1ESW A;  1UR8 A;  2EPK X;  5DT7 A;  1EQP A;  1U33 A;  3WKZ A;  2YOC A;  4F79 A;  2VZO A;  3PN8 A;  4Z2J A;  2DIE A;  4Z2L A;  4OBS A;  3L4W A;  1E72 M;  3ZSS A;  3OIH A;  1B3Y A;  1FP9 A;  3BLK A;  1UH2 A;  1DWH M;  4AZB A;  1MW1 A;  2WHL A;  5I0D A;  3QR3 A;  4J3U A;  1UQZ A;  1WDP A;  3CZL A;  4ACY A;  2CEQ A;  3KL0 A;  2XPK A;  3W25 A;  3CUJ A;  3MV0 1;  1JGI A;  4C7G A;  1OGG A;  1TUX A;  4AZH A;  1UR2 A;  3KL3 A;  4PBG A;  4S3K A;  3UG3 A;  3WD4 A;  3MV1 1;  1E6S M;  1K9E A;  3AOF A;  3BMW A;  4IPN B;  3MUZ 1;  5A6K A;  3FHA A;  1UA3 A;  2W62 A; 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