2CBJA

Structure of the clostridium perfringens nagj family 84 glycoside hydrolase, a homologue of human o-glcnacase in complex with pugnac
Total Genus 235
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
235
sequence length
585
structure length
585
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural insights into the mechanism and inhibition of eukaryotic O-GlcNAc hydrolysis.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
molecule keywords HYALURONIDASE
total genus 235
structure length 585
sequence length 585
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2cbjA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2cbjA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2cbjA01
2VQUA 4AZ7A 4R27A 1W3HA 2CHOA 2HISA 5FCZA 1Q6EA 3GXDA 2BY3A 4ACZB 1NARA 3THCA 4P7RA 3SCUA 3VIHA 1WZLA 5JBEA 4FLRA 1CGWA 1E4LA 1BGAA 1K9FA 2WPGA 4HA3A 5AY7A 2EEXA 4MADA 3TTYA 2W62A 4GIAA 1I1WA 1HN1A 1XSJA 1FOBA 3AROA 2CIPA 1JXJA 4AIEA 3WQVA 1NWUA 5M03A 3VUPA 1V3MA 3VD9A 3CHEA 1J0HA 5BXRA 1UD4A 3QHMA 3NSNA 4JHOA 1UG6A 5D4YA 6TAAA 1QI2A 1F4HA 1XD0A 5C71A 1DWAM 2C0HA 1CWYA 2E4TA 1R85A 5CPSA 2ZUTA 3WD1A 1BF2A 1NQ6A 1B3YA 2V3EA 1LF1A 2GDUA 4XV0A 1GVYA 2VOTA 3MV11 4MAVA 3BH4A 3CUFA 1E3ZA 4J3SA 3W25A 1HT6A 2QPUA 2XVGA 1V3LA 1KGUA 1ZJAA 3AHXA 2VVSA 1V0LA 1QI4A 3CBWA 4C91A 3VPLA 2YL8A 4HZ8A 3WF3A 1UR4A 3G6LA 5E0FA 4M82A 2VX6A 3RJXA 1KXHA 4CVWA 1G1YA 2YJQA 3L2MA 3II1A 4TX8A 4F79A 2OSYA 1TA3B 3OLDA 3THDA 2C7FA 1JAKA 3WDHA 4LYPA 4X9YA 3EDJA 1NWRA 4QP0A 1CBGA 1GVIA 1HKIA 3ZQ9A 3CUGA 3SIMA 2BHZA 4ZE4A 3FN9A 1CXKA 3UEQA 4S3JA 4H04A 5JUVA 3I3BA 3A4WA 1WAWA 4U3CA 1CGYA 3BSGA 4CU7A 2ZXDA 3O2LA 1L8NA 1G9HA 2D3NA 1ISYA 2WC3A 3T0AA 5CSUA 3BLPX 1RD6A 2O9RA 1UR2A 4AW7A 1QI0A 1C8QA 1OB0A 4WKHA 3WDJA 4KH2A 5E09A 2D0FA 1LL7A 5A2BA 4OOZA 1EDTA 2WNWA 1SMDA 3MUZ1 3SURA 1EA9C 3BCFA 4CD7A 2D20A 1E43A 1LWHA 4LXFA 1UYQA 5HPOA 2VI0A 3NSXA 2BVDA 1H3GA 3ARPA 3ALGA 1JYWA 4UQDA 3BC9A 3ALFA 5E6ZA 2BS9A 3POHA 2XWDA 4W7UA 1E6XM 2A3AA 2WC7A 2CBJA 3B9EA 2DQXA 1QNSA 4CD6A 1QI3A 2J77A 2XWEA 4B9YA 1VAHA 1UUQA 5I78A 2W67A 1ZBKA 4PMZA 2ZWZA 3NYDA 2ZXBA 1IV8A 3NSMA 4E8CA 3FHAA 1BTCA 1BVZA 1BG4A 2WHLA 4WSKA 3WH5A 1QHZA 1G94A 1JZ3A 5BWFA 1HL8A 3PZTA 1QPKA 2Y2WA 4D1IA 3WNPA 5A1AA 3M6DA 5KEZA 3PZGA 1Q6CA 4B3LA 3MU7A 1LWJA 1ZBWA 4U31A 5DEZA 4PMDA 1KGWA 5I77A 5M5DA 1BYBA 2F2HA 4HU8A 2QMJA 4CCEA 2Z1SA 1J0IA 1VFOA 1MXGA 5A6BD 3OLIA 4U5IA 1W9VA 3K4AA 2D0HA 2YL9A 1HP4A 1UD3A 1WZAA 2YA2A 3WL1A 4OUEA 2A3CA 3ZOAA 1KGXA 1M01A 4PMOA 2XFYA 1VBUA 4A3HA 4LQ1A 1ODUA 4MNMA 4YN5A 3WNOA 4HTYA 5GPRA 5TD4A 2NT0A 1E4NA 3WFZA 2PWEA 2YKKA 1O6IA 2XG9A 3OG2A 3I3EA 1KXVA 3AS0A 2VO5A 2WM0A 2CITA 2JFEX 2J4GA 1TFVA 5D9MA 3BAWA 4J28A 4PTMA 4V28A 5A6MA 4U2ZA 5D8WA 2XHYA 3OLGA 3W24A 2DH2A 4AIOA 5CPQA 2BHUA 1JZ4A 1V6WA 2UWFA 4HA4A 4UCFA 3WELA 1JAEA 3PTKA 5I6SA 3T08A 4W88A 1GZJA 2VCCA 3OIHA 3DECA 1PIGA 2O9OA 3RIKA 1UQYA 3GDBA 5FL0A 4P8WA 4M81A 4PMYA 3KZSA 2AAAA 3VINA 4M29A 7TAAA 1HIZA 1WE5A 1R86A 5ABHA 4J7RA 5A3HA 1J0ZA 1DWIM 4P8UA 2UY5A 1QI5A 1E71M 2FH6A 3EYPA 4UQEA 2G8ZA 3ARSA 3WQ4A 3DHUA 4W93A 3WF0A 3TTQA 3VD3A 4HMEA 1SFSA 4W7WA 3L4WA 1HKJA 2B31A 2A3EA 2JEQA 5LA0A 1ISXA 1HX0A 3U57A 3W38A 4TUFA 4IPLA 2VX5A 1V0KA 4AZ5A 2XFRA 4NZCA 1W3JA 3LPFA 4JFVA 4PCTA 2ZUMA 1XH0A 4MB3A 3BMWA 1JGIA 1CXLA 1NP0A 3PTQA 3VD5A 3D5HA 1JDDA 1GPFA 1MW0A 2FHFA 2G4FA 3M46A 2PWHA 1PPIA 1KBBA 5HXMA 1XYZA 4FF5A 4WKFA 1UKSA 1ZJBA 3AYRA 3WMBA 4YHEA 1BGGA 3QHOA 1XV8A 3VGEA 2O9PA 3AMDA 5CJ5A 3GXIA 3OZOA 1W9BM 2X1IA 3IJ8A 3WFLA 2X2YA 4UQAA 3TTSA 2EXOA 3RM9A 3WD0A 4EKJA 1CEOA 2UY2A 4U3AA 3OGSA 3AIQA 3LPOA 1E72M 1PEZA 4EK7A 2BXZA 3AZSA 4W85A 3SEPA 1OT1A 2XVPA 5BXTA 4DWSA 2Q8XA 2XVKA 2XIIA 3OGVA 1FA2A 1MFVA 4U33A 5CGTA 2J7CA 1EH9A 1MQRA 1ZB5A 2WMKA 3VGDA 2CEQA 2VQTA 3O9NA 3O6AA 5A69A 3EDEA 1EQCA 2VZOA 1W9XA 1D2KA 1MFUA 2DT1A 3CH9A 1LL6A 1FP9A 1M7XA 4AC1X 4KWUA 3WDRA 1J12A 1H0IA 4AD5A 4TVDA 1Q4NX 4FK9A 3F5KA 2PI6A 2XGBA 3AHVA 1F4AA 5A6AA 1JZ2A 3J7HA 3K8KA 4RE2A 3OZPA 1W1VA 2VC9A 3ZSTA 3VGHA 5HPCA 8CGTA 1J0JA 2VRKA 3T0DA 2O9TA 3MANA 4X0NA 3L4XA 2D0GA 4QCFA 2FGZA 1ESWA 1MXDA 5CZKA 1BPLB 3CHCA 5IHRA 2W66A 2D3LA 5A95A 1HP5A 1NWSA 4F66A 4D71A 1AMYA 1VFUA 2WW5A 3PZNA 4JAWA 1J0KA 1MWOA 3SCTA 4FMVA 3A4AA 2V38A 3ZM8A 4HU0A 3WQ5A 1UH4A 3EDDA 1XCXA 4URIA 5ABGA 3VTRA 2X0YA 2W5FA 1V02A 4CD5A 2VR5A 3AOFA 3AIBA 1DP0A 4ATDA 3WH9A 3WNLA 1XC6A 1ZS2A 1J9YA 2VTFA 3VIMA 4YHGA 3GH4A 4DM1A 5E70A 3WY1A 4TTGA 1BSIA 3B8SA 4DUVA 4JIEA 1IT0A 3QHNA 1VF8A 4PSPA 2BHYA 1XSKA 3A6OA 3UG5A 2CERA 1W9PA 3NIYA 1LLOA 3T2OA 3AS2A 4LYQA 4Z2JA 4ACYA 2WBKA 3RILA 4MNLA 4XZBA 4PEEA 3WUBA 2J7HA 1E3XA 1GOQA 1XHGA 2J62A 1H5VA 2DDXA 3VILA 3MO4A 7CGTA 4GZIA 5JBDA 1E4IA 3RPMA 1XH2A 3UR7A 4LYRA 4JL1A 1V03A 2CBVA 2WWDA 1H11A 1EOMA 1KCKA 5HNNA 1QHPA 4BQ3A 1H2JA 4XB3A 2WVUA 1E40A 2CXGA 1H09A 1QNQA 1MW3A 5GNYA 2WMIA 1HJXA 3UG4A 4W7VA 2GDVA 4Q7NA 2J78A 4DWSB 1PIFA 3JUGA 4GKLA 1JD7A 2GJPA 3SCQA 5LYRA 4FLOA 2CKSA 3W6MA 1DWHM 1M04A 1XGZA 1E15A 2YBTA 3CZJA 2VZVA 4R5EA 2IUZA 4NSBA 2XVNA 4BF7A 1VRXA 4ZXLA 2QLYA 3RJYA 2E40A 3MUIA 3LPPA 4KMQA 2WLZA 2MANA 4GXPA 2ZIDA 5ABEA 1C7SA 4W86A 3WUEA 4OBRA 3VIIA 4W87A 1PJ9A 2ZX6A 3M7SA 4D6HA 1MQPA 4DM2A 1BG9A 3ZSSA 3PHAA 1GQIA 2PWGA 3WUFA 2XPKA 2VNCA 2XUCA 3MSGA 1UR9A 1RPKA 3W4RA 1PX3A 3MKKA 1GORA 4DWSD 3GNOA 3W81A 1SYTA 4AD4A 3WNKA 1W3LA 4LPCA 3ZJKA 1C8YA 3WF1A 1CNVA 4BA0A 3SCWA 3W28A 5JBFA 3AZTA 4J3UA 5A8MA 3OB8A 3DC0A 4H8HA 2W63A 2GJRA 5EFFA 2WZIA 1VJZA 4Q22A 4JCMA 2G3NA 4N0RA 2VZSA 4GZJA 4D6EA 4CN4A 1WDQA 3AHYA 2QV4A 1UD5A 4HP5A 2OWCA 3WF2A 2DEPA 2ZX5A 3SUSA 1VEOA 3ZT7A 1CLXA 4B15A 3WSUA 2E0PA 2DIEA 1HJQA 4M8UA 5EFDA 1SMAA 4PN2A 3AHTA 3ZR6A 3CZ8A 3ARQA 5M3WA 4M1RA 3UR8A 3L2LA 3SCOA 3VDAA 3GXFA 2CCRA 2ZWYA 1JG9A 4S3KA 4N42A 1C7TA 1FH9A 2JF7A 1NOFA 1YQ2A 3IANA 1AQHA 1TE1A 1OGSA 4PSRA 2E9MA 3TA9A 1W1TA 2VT0A 2WK2A 2E8YA 3W82A 3TP4A 4XUYA 3OLEA 4LGXA 3CGTA 4CU8A 3PZUA 4UOQA 1JYNA 2V3GA 2BV9A 4HOWA 3MSDA 3F5LA 1AVAA 4OZOA 3T09A 4OJYA 4IUGA 1JYXA 4D1JA 3AS1A 2J8GA 2WKGA 1KQYA 3VDBA 4J3WA 2IXUA 2DT2A 2WMIB 4MNJA 3WH8A 2EBNA 4M56A 2YDQA 3CUHA 3WL0A 1BAGA 3ARXA 1OSEA 4TXEA 3W6LA 1W9UA 4GPNA 3ECQA 3VVGA 1B31A 1QW8A 3VIGA 5I23A 1J11A 2F61A 3NJ3A 4HZ6A 4W8BA 2XYLA 3BMVA 3VIPA 4AD1A 1CTNA 1GOOA 3AI0A 4PMXA 4EAMA 4IM4A 1W1PA 1A3HA 4MNKA 1TMQA 3A47A 2J7FA 1UWIA 3ARVA 1CYGA 2WMFA 2WZEA 1UKOA 4MJ4A 3ZJ7A 2YOCA 3U5YA 1NOWA 1G5AA 1W32A 2OYMA 4HOXA 2G41A 1CENA 4H2CA 1S46A 4F9JA 5A6LA 4K68A 3EMCA 3VIJA 2X0HA 4XX6A 5FIPA 1HF6A 3WKZA 3K1DA 3N15A 1ZBCA 3KWXA 4J27A 2OYLA 1HVQA 4BCEA 3CUJA 1US3A 3WBAA 1VJSA 3AXXA 3GYCA 5BXSA 2YA1A 4P7QA 1X6LA 4A4AA 3HJEA 1U2YA 1HL9A 1W9DM 2WMJA 1VEMA 5BROA 1W1YA 2EPMX 1DTUA 3NDZA 1JZ5A 1B3VA 2PBOA 5FKYA 4AISA 4J3XA 1JL8A 2PF0A 4IISA 1GNXA 1EXPA 1UQZA 2DT0A 4D6GA 2DIJA 4C7DA 3WQWA 4JFWA 3AIWA 4C7FA 1UWQA 2YL6A 4D6CA 2ZX8A 3MMWA 1EHAA 1UWTA 4JKLA 3WD3A 4CUCA 1NOUA 3MV01 3AIEA 2E8ZA 2J7BA 1ZL1A 1I1XA 2DSWA 5I3DA 1ISWA 3ZT6A 3CZEA 2C8NA 1JNEA 4M80A 4AZGA 4UOJA 1V6UA 1H41A 4WLCA 4AWEA 4TX6A 4JKKA 5CG0A 1Q6GA 3N11A 3KL5A 2E3ZA 3QOMA 3RM4A 5DF0A 3LPGA 3B9DA 1KQZA 4GQRA 1X6NA 2GSJA 3QOKA 5I79A 1G0CA 1B90A 2WVTA 3HN3A 1UKPA 1E6ZA 2ZUNA 2DH3A 1WP6A 2RGMA 3N13A 5A8PA 4NF7A 1C8XA 4AD3A 3T2PA 3CZKA 3EDKA 1IZJA 5CXPA 1WO2A 5AC5A 3FW6A 1C91A 1O7AA 2F8QA 4H41A 3SCSA 4QAWA 3KEHA 1OGGA 1OWQA 1ITCA 4GQQA 2VRQA 2Y4SA 1H49A 3A4XA 3WEMA 4AEEA 3AMCA 4H8UA 3N04A 5I24A 2CBUA 3M07A 1E5NA 3DHPA 4PBGA 2QHAA 2JIEA 3WQ8A 1HVXA 1QW9A 1GJUA 2PB1A 3APGA 1OIFA 1BVNP 1OD0A 4MDPA 1JI2A 4CKQA 3MMUA 3WUGA 3RM8A 3L4ZA 3GNRA 5A6SA 5CQ1A 1XD1A 2WHMA 4E8DA 4AD2A 3VIOA 4KRTA 4UFMA 2ZUUA 4JFUA 1HJSA 4IPNB 5E6YA 3QGVA 2OWWA 3VM5A 4UFIA 2X05A 2GVYA 3U5UA 4QCEA 3WD4A 3PZQA 5A6KA 1RP9A 1W3KA 1UKTA 1B0IA 2DSUA 3ARYA 2WWCA 4P8XA 1W2PA 3IAPA 1E4MM 4HPHA 6A3HA 1VFMA 1ZBVA 1LG2A 3ARWA 4HMCA 2J7EA 3WBEA 2D2OA 2EPOA 4W5ZA 1CXHA 3AQUA 2GUYA 3WD2A 2ZXAA 2V3FA 3L4VA 3CHDA 1VENA 3GXMA 4JHZA 4WK9A 1TCMA 3SUUA 3VNZA 2WYSA 5FL1A 4MJ2A 4AEFA 4DUXA 3FAWA 1CIUA 1PAMA 3CHFA 4KRUA 1BYCA 3IJ7A 3U7VA 4HMDA 4OIFA 1V6YA 3UERA 2ZUWA 2DSKA 2WSKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2VQU A;  4AZ7 A;  4R27 A;  1W3H A;  2CHO A;  2HIS A;  5FCZ A;  1Q6E A;  3GXD A;  2BY3 A;  4ACZ B;  1NAR A;  3THC A;  4P7R A;  3SCU A;  3VIH A;  1WZL A;  5JBE A;  4FLR A;  1CGW A;  1E4L A;  1BGA A;  1K9F A;  2WPG A;  4HA3 A;  5AY7 A;  2EEX A;  4MAD A;  3TTY A;  2W62 A;  4GIA A;  1I1W A;  1HN1 A;  1XSJ A;  1FOB A;  3ARO A;  2CIP A;  1JXJ A;  4AIE A;  3WQV A;  1NWU A;  5M03 A;  3VUP A;  1V3M A;  3VD9 A;  3CHE A;  1J0H A;  5BXR A;  1UD4 A;  3QHM A;  3NSN A;  4JHO A;  1UG6 A;  5D4Y A;  6TAA A;  1QI2 A;  1F4H A;  1XD0 A;  5C71 A;  1DWA M;  2C0H A;  1CWY A;  2E4T A;  1R85 A;  5CPS A;  2ZUT A;  3WD1 A;  1BF2 A;  1NQ6 A;  1B3Y A;  2V3E A;  1LF1 A;  2GDU A;  4XV0 A;  1GVY A;  2VOT A;  3MV1 1;  4MAV A;  3BH4 A;  3CUF A;  1E3Z A;  4J3S A;  3W25 A;  1HT6 A;  2QPU A;  2XVG A;  1V3L A;  1KGU A;  1ZJA A;  3AHX A;  2VVS A;  1V0L A;  1QI4 A;  3CBW A;  4C91 A;  3VPL A;  2YL8 A;  4HZ8 A;  3WF3 A;  1UR4 A;  3G6L A;  5E0F A;  4M82 A;  2VX6 A;  3RJX A;  1KXH A;  4CVW A;  1G1Y A;  2YJQ A;  3L2M A;  3II1 A;  4TX8 A; 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