2CHOA

Bacteroides thetaiotaomicron hexosaminidase with o-glcnacase activity
Total Genus 251
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
251
sequence length
712
structure length
641
Chain Sequence
LQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMNLPLQVKANRVLISPVEIELDAIYPGENIQINFRLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIEKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure and Mechanism of a Bacterial B-Glucosaminidase Having O-Glcnacase Activity
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
molecule keywords GLUCOSAMINIDASE
total genus 251
structure length 641
sequence length 712
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2choA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2choA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2choA01
5JBDA 1EO5A 3WNPA 3SCOA 2CKSA 3VM5A 2WLZA 3S6TA 2WZHA 5FL0A 1W3HA 2UY4A 4PMDA 3I3DA 2QMKA 1WP6A 4JKLA 2WYSA 2V38A 3L4YA 1A3HA 2BY0A 1CGWA 2GSJA 3VO0A 2ZX9A 1BSIA 3AMDA 3AZSA 3MS8A 3ZQ9A 4R5EA 5A1AA 2J77A 4HMCA 3WH6A 4LGXA 1E5JA 4H8UA 3MUAA 2YL9A 3WF1A 3RCNA 1B3XA 1OIFA 1UWIA 3A47A 2BS9A 5M5DA 2VCAA 2WW5A 1O7AA 1MW0A 3BCDA 1W3LA 5JBFA 3FY1A 2XHYA 1XHGA 3CBWA 3HN3A 1UOKA 2WPGA 1OIMA 4JCMA 1HKIA 3L4ZA 3PZUA 4GI8A 1NM9A 3LPFA 2ZX6A 3HMCA 3VIFA 4V28A 3VIIA 2OWCA 3ARXA 2ZUUA 3QHNA 3MV11 3ZMRA 5A6LA 1CTNA 2CYGA 1V6VA 4ACYA 4FF5A 1MWOA 2WKGA 3BGAA 2JIEA 1BG9A 3OZOA 5D8WA 3UERA 2YOCA 5A69A 7CGTA 4UQ9A 3AIRA 2VURA 2XGIA 2ZUVA 2Z1KA 6CGTA 3GH7A 1UR8A 1W3JA 1SYTA 1CBGA 2DIJA 2OWXA 4CKQA 4P7NA 2G8ZA 2XSBA 2PI6A 3ZT6A 2C8NA 2ZXBA 3QGVA 4P7OA 4AZHA 1UR2A 3PZMA 3AIQA 4B15A 4PYSA 1J0HA 4M24A 2CIPA 2WSKA 5IFPA 3AHZA 1ISZA 3L2MA 2XVPA 4J27A 5DEZA 4HA4A 4B3LA 3POCA 2UY3A 1UQYA 2E4TA 3L4WA 4P7LA 1VF8A 1H1NA 3WEMA 2UY5A 4JL2A 4MB4A 4LQ1A 1HX0A 1V0MA 1BGGA 1OT2A 3T2PA 1UKPA 2OYMA 3KE0A 4PMNA 5JIPA 1E6PA 3ZR6A 1GJWA 2YKKA 5I77A 2DGAA 1SR0A 3VOCA 3VVGA 1RH9A 4AIUA 1ZS2A 4AZIA 3SCRA 1HF6A 1X6LA 5LA2A 1W9UA 1H4PA 4UQBA 1E4MM 1W1YA 4URIA 3THDA 1J9YA 1GOIA 5JUVA 4KGLA 2EPNA 2FHBA 2WHJA 2IUZA 3DC0A 4UFMA 2CXGA 3W81A 1JAEA 2Y5EA 4KGJA 1E43A 4KRTA 1QBBA 1JZ7A 1BVNP 3ARYA 2XVNA 5A6BD 4OOZA 1XSJA 3QOKA 2WMIB 1I1WA 2GVYA 1XC6A 3A3HA 1UHVA 4ZEPA 3WF4A 4EAMA 4OJYA 3TTQA 2D20A 1G1YA 2D24A 2GK1A 2CPUA 4LYPA 4NZCA 2XYLA 2FGZA 5D9PA 2DQXA 1YHTA 1GJUA 2WSPA 1E0XA 3VGFA 4GINA 2E9BA 3IAPA 4UZSA 4WK9A 1GHRA 5CPSA 5LA1A 2PWGA 3W4RA 3PN8A 1JXJA 4Z2JA 4W88A 2GDVA 2XG9A 1FH9A 1TZ7A 1NOUA 1S46A 3TA9A 4UQAA 1TE1A 4W87A 2Y4SA 1KXTA 1DWJM 1TG7A 1W9DM 2FDMA 3WDJA 1E1FA 2X8RA 2XFFA 5A6SA 1GPFA 2E3ZA 1OGGA 4IPNB 5EMYA 5ABEA 2WMHA 4MB5A 1QI5A 3I3BA 2GJRA 5DT5A 5A6BA 4JL1A 2WC4A 3ZT5A 3OZPA 5HPCA 1BF2A 1Y7VA 1BVZA 1W1VA 4AD1A 3WD3A 2E0PA 1KWKA 1CWYA 4ML4A 3GH4A 2PF0A 4AZ7A 1JZ2A 3WD4A 1JZ3A 4ZENA 2VRJA 1AQHA 3EDDA 3WEOA 4AZ6A 2W5FA 2XM2A 1JZ6A 1PEZA 1ZBWA 6A3HA 3ZM8A 4WLCA 3OLIA 1Q4NX 3AYSA 2JFEX 4AZBA 4A3HA 1V0NA 4AMCA 1B90A 2VOTA 4UZUA 3GXFA 2JIWA 1KGWA 5BXSA 2NSXA 1OINA 1QPKA 1KFWA 3IJ7A 3SUVA 3BAXA 1E6QM 1TCMA 2AOSA 4C91A 5CSUA 2PB1A 4D71A 5CGMA 5GPRA 2WWDA 2WXDM 3FW6A 1MXGA 1DWAM 2VZOA 1C3FA 2CETA 4UOQA 1VBUA 1EHAA 3WUEA 4UFLA 1XD1A 3RPMA 4P7RA 1NWSA 3WNLA 4CD6A 1UA7A 1NQ6A 3UG3A 2O92A 1UZ4A 1WDPA 3PTMA 2WMGA 1EQPA 1J01A 4QLJA 5ABHA 3RM9A 1GORA 1O6IA 4MPKA 1X6NA 4PUEA 1DWFM 3VIMA 5I5RA 1UH4A 2QF8A 2Y24A 5JBEA 1WZKA 1RPKA 1FOBA 4HU0A 2VMFA 3G6MA 2E9LA 3RJXA 4PMUA 1ZU8A 1R7AA 1ZBKA 1WE5A 5CGTA 2W67A 2GFTA 1OBAA 3ZT7A 2BHYA 4MB1A 1BHGA 3L4UA 4AIOA 3SEPA 4UOJA 1XSIA 5CSYA 3WUBA 1CXEA 1E6ZA 3KL3A 4J3XA 4CD5A 4W85A 3U7BA 1QI4A 4MNJA 3MU7A 1BAGA 1NP0A 1HT6A 3WN6A 1JF6A 2VVNA 1D7FA 2AAAA 2VCCA 3CZEA 3AS3A 3VMPA 2V5CA 2ZUSA 3VDHA 1W9VA 5ABFA 1TUXA 3BH4A 3VTRA 1HP4A 2J7BA 4MB3A 4CD4A 3EYPA 1MFVA 5HPOA 5A94A 4IPLA 4HU8A 2VZUA 2PWEA 2VNCA 2ZWZA 3DYPA 1E71M 4ACZA 2DT3A 4FLRA 3OGRA 4YN5A 4D6DA 4JHZA 1R85A 4W8AA 3WQVA 5BRQA 1XH2A 4GIAA 5IHSA 4PUDA 4KWUA 2WC7A 3BXWA 2VO5A 1CGYA 2HISA 2W62A 2PWDA 3JUGA 3VGDA 3SCTA 2DIEA 4V27A 1UKTA 2WVTA 4AC1X 1VEOA 1XD0A 3LPOA 5A6KA 3CUJA 1LG1A 4GPNA 3WBEA 2WAGA 1BGAA 3VDCA 3MANA 2JF7A 2X09A 1J11A 2VTFA 1UWTA 5D4YA 3PZNA 2VL4A 3GXMA 3AS0A 1GOWA 2EO7A 4D6JA 3FHQA 4QP0A 1V02A 2A3HA 1B3ZA 1UD4A 4GQQA 1E6RA 4HZ6A 3TP4A 4J3SA 1SMDA 1BG4A 3AFBA 4PMRA 1UG6A 1ISWA 1DP0A 3L4TA 3CHFA 2WHKA 2RGLA 5DT7A 4S3KA 4J3WA 3L4VA 4AISA 3AS2A 4YHEA 2WMFA 1MQQA 2GJXA 4U5KA 4CVUA 7A3HA 2W92A 5TD4A 6TAAA 1HN1A 3VMOA 4U33A 2VI0A 1E40A 1H0GA 4L4OA 1BFNA 1MQRA 1TA3A 2D3NA 3WH8A 3S2CA 1UKOA 4WF7A 5FCZA 3WDPP 1KXHA 1HL9A 5A6JA 4PMYA 1BYDA 3TOPA 2DSUA 1V02E 2XVKA 5BXRA 4W7VA 1ITXA 4IM4A 3W53A 2V3FA 3II1A 3OLGA 4BQ5A 2OYLA 3U5UA 2DT1A 1X1NA 5D9NA 2DPEA 1OGBA 2EPMX 5ABGA 2DSVA 3CUHA 2D3LA 4GZIA 1UWQA 3GZAA 1Q6FA 3K1DA 3CZJA 1E9LA 3CO4A 3AXHA 2YA0A 1MW3A 1ZBVA 3F4VA 3WUGA 5AY7A 1OB0A 3BMVA 3AMGA 4JFUA 1V0KA 4GI6A 1KB3A 3DECA 4C90A 3MUZ1 1E72M 1M7XA 2XWEA 3M6DA 1VB9A 1W2VA 4MDPA 3WUFA 1HJVA 5C8BB 1W32A 3VD4A 4E4PA 2DH2A 1ISXA 4WSKA 1E56A 3OGSA 5I0DA 4MNMA 1EDTA 1B9ZA 4AD4A 1PAMA 3WQ5A 4H8VA 4PTXA 4EKJA 4J7RA 4XZWA 1E6SM 1ZBCA 4WKHA 2VUYA 1JF5A 2BY1A 4UFJA 4PEEA 2DT2A 1EQCA 1GQIA 4E8DA 1V3LA 1PX3A 2ZE0A 2D0HA 2HVMA 2WANA 1QBAA 4AIEA 5HNNA 1V3IA 1V0LA 1JYXA 2ZX7A 3DYOA 4AD0A 2G41A 2W61A 3VM7A 3CUIA 3F5LA 9CGTA 4DWSD 2J25A 3O6AA 4TTGA 3BCFA 4TX6A 3RO8A 1CIUA 3OA5A 4JFSA 1UQZA 2F8QA 3CTTA 1ZJAA 5CG0A 3A6OA 2OYKA 1AQMA 3K8MA 1RD6A 4E2OA 3AHTA 4W86A 4XUYA 1B30A 3ALGA 5EBAA 3QHOA 3CUFA 3AXXA 3DHUA 2V3DA 1QI2A 2GJPA 3POHA 1US2A 3W6LA 4OBRA 5GNXA 1LLOA 5JIWA 1QNOA 3WNKA 1C8XA 4RL3A 1VEMA 2WBKA 1AVAA 2YL8A 2YA1A 4CD7A 2O9RA 4HPHA 4MJ2A 2FH6A 1QW8A 5AC5A 4DWSB 1EDQA 4M81A 1LL6A 3EBVA 4LPCA 2VR4A 1EO7A 3N11A 1JD7A 4WKAA 1VIWA 1IZKA 1KBKA 4YHGA 2W91A 4Y7EA 3GBEA 4HPGA 1Q6DA 4ATLA 2BHUA 1U33A 5A8PA 1XH0A 1E4LA 1CLVA 2WCAA 1C7SA 1CXLA 4FLOA 1WZMA 2YBUA 1W2PA 5EFDA 3VGGA 5BRPA 3ZSTA 4BQ4A 1NWUA 2J7EA 4UFHA 5FKYA 3SCNA 2WVUA 4QDMA 4AZCB 4U5IA 1HKJA 1GVIA 4P7QA 3SCVA 4A3YA 1C8YA 2ZUNA 2WMKA 4W8LA 4D6HA 2XJ7A 1CXHA 3PZTA 4U3AA 2VX5A 3W37A 3GXIA 3VGEA 1G01A 1B3WA 3PZIA 2WLYA 5C70A 4CU8A 1YQ2A 3CH9A 1JXKA 2WMIA 2J75A 3GYCA 3F5KA 1V6UA 1AQ0A 1OT1A 1H0IA 1M53A 3SCQA 2WWCA 1C93A 3OBAA 1XSKA 4MTVA 2XIBA 4J3VA 3PBGA 1L0PA 1NWTA 4JCLA 1CNVA 3BAIA 3AI0A 2X1IA 1HL8A 4W7WA 2E8ZA 4TVDA 3ZJ7A 1K9EA 1KXQA 1R7OA 4BF7A 4D1IA 2YDRA 1KR0A 4PRWA 4FLQA 1BYAA 3RM8A 3WL1A 3T2QA 5ECUA 4W5ZA 1KGUA 2CBJA 1J18A 3ARWA 3BLPX 1ODUA 1K6AA 3AMCA 4BA0A 1GCYA 4HTYA 2DT0A 4BQ2A 1C90A 3A4XA 1ESWA 3VD5A 2BVDA 1J0JA 3W38A 2W63A 4Z2HA 1EA9C 2J62A 4K68A 2W66A 1ODZA 4M56A 3SCWA 4UNIA 3VKKA 3GBDA 3NCOA 4GI9A 1CGVA 2BVTA 1GHSA 2X2YA 4HMEA 1DWHM 2JEQA 1VFMA 2A3AA 1JFHA 1JGIA 1PZ2A 2VRKA 4B9ZA 2BHZA 3AS1A 1VFOA 2EXOA 1Q6CA 3QOMA 3FXYA 5BCAA 1WDQA 1JL8A 4CCEA 5CXPA 2WM0A 2WZIA 5C71A 4XZBA 5GNZA 2ZIDA 5DF0A 4C7GA 3O2LA 2J7FA 1QNQA 1XGZA 1DWIM 1M03A 3VDAA 3BSGA 1ZL1A 1DEDA 1ECEA 5GNYA 3N1AA 3LPGA 1D3CA 1HJXA 1JYNA 2JE8A 5FL1A 2BVYA 2YLLA 2CNCA 1V6WA 5HBFA 3UR7A 1VBRA 4QLKA 1MFUA 1XRVA 4DUVA 4WIWA 5A8QA 1UA3A 2O9PA 1E6XM 4DUWA 3CGTA 3WBAA 3GDBA 1MVYA 5E70A 2CERA 1C7TA 1WZAA 2V3EA 1E6NA 1XH1A 2D0FA 4D6CA 2WVVB 2A3BA 3M07A 1CENA 2J8GA 1G0CA 3N13A 2V5DA 1CPUA 4U2YA 1CDGA 3SCUA 1QI0A 2VZVA 1OD0A 1NOFA 4TVUA 1E3ZA 1GOKA 4D6IA 2D23A 5HDRA 3OG2A 4RE2A 1KCKA 1HKMA 3OLEA 3U7VA 3E1F1 1OSEA 2C0HA 3HU7A 2NT1A 1B3YA 3NJ3A 3UG5A 5A8NA 3SURA 3MMWA 2DH3A 3MSGA 3K4DA 2ZUWA 3IAQA 4UFKA 5I78A 1E0VA 3KL5A 1RP8A 4PN2A 4AZGA 4AD5A 4GXPA 1JDDA 2DDXA 1W9PA 3IK2A 3NSNA 3VIJA 1JI2A 1UWSA 4F8XA 1MW1A 3APGA 3PTKA 3WKZA 4ZXLA 1LWHA 1J0IA 3W29A 3T0BA 2JF6A 5LA0A 1NP2A 2Y2WA 3WH9A 2WB5A 3AIBA 3G6LA 4JAWA 1HVQA 3WQWA 2ZWYA 1UD6A 1FP9A 4OZOA 1KXVA 1V3MA 4Q22A 1H49A 1JNDA 1JIBA 2PWHA 4GQRA 3AHXA 2C7FA 2VRQA 2VZTA 2ZOXA 3AXIA 1N82A 5HOSA 2J7DA 1UH2A 2J4GA 3CLWA 5I79A 4DM1A 3B9DA 2DSKA 3PZOA 2BXZA 3NSMA 2IXVA 4H8HA 1A47A 3ZJ6A 3AISA 5CJ5A 3VINA 2WVSA 1MXDA 1G94A 5AC4A 1QW9A 3T0DA 3U5YA 4LXFA 3PHAA 2PC8A 1BQCA 1UKSA 3KL0A 5A8MA 1MYRA 1H09A 4H2CA 2YBTA 3FAXA 3WFLA 4TOQA 3AMLA 4PMVA 2XVLA 2G3MA 3PZVA 2AMGA 2E8YA 2VQTA 1CXFA 1UKQA 3RJYA 1ISYA 3B9AA 3EDEA 4CN6A 3CZ8A 3FHAA 3TTSA 3WDIA 2ZUMA 3MSDA 1H5VA 2YLAA 2D1ZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1F3E A;  5C55 A;  4GME A;  4PZV A;  2EKC A;  1H1N A;  1KBI A;  3WEM A;  3WLT A;  2UY5 A;  2NXG A;  4ZQM A;  3CAQ A;  4A8N A;  4LML A;  4ILU A;  4GNJ A;  2OYM A;  1H7O A;  1E6P A;  1EX5 A;  5I77 A;  3STE A;  3OQ8 A;  1RH9 A;  4AIU A;  3GG7 A;  2P3E A;  5LA2 A;  3KRU A;  1F74 A;  1W9U A;  1H4P A;  1E4M M;  4HIB A;  2QUN A;  3AU6 A;  4KGL A;  2FHB A;  5EPD A;  5HQE A;  3M1Z A;  4QBX A;  4DX3 A;  2CXG A;  2A7R A;  3GRI A;  1GEH A;  4DBD A;  3ERP A;  4HU3 A;  4KFO A;  3NQC A;  1E43 A;  4E4U A;  5A6B D;  2XVN A;  4OOZ A;  1L9W A;  1R0M A;  3QN3 A;  3PWA A;  1XLC A;  3F31 A;  4F0H A;  3WF4 A;  4X63 A;  2A72 A;  5EKY A;  3TTQ A;  1U5J A;  3ZN0 B;  3H55 A;  4JTT A;  1IBM T;  5HWN A;  4AF0 A;  1W3T A;  2D20 A;  1G1Y A;  3NQG A;  2D24 A;  3LU2 A;  4BKN A;  3GDL A;  2GK1 A;  2XYL A;  2FGZ A;  2DQX A;  1SFJ A;  1YHT A;  3G1V A;  1LBL A;  1VHC A;  4WK9 A;  5CPS A;  3AA0 B;  5A6T C;  3DFT A;  2G0W A;  3SM0 A;  3W71 A;  4UTT C;  2X40 A;  1A50 A;  1DJN A;  2GDV A;  2XG9 A;  3RYC E;  4LF5 T;  2P5N A;  3IJD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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