2J47A

Bacteroides thetaiotaomicron gh84 o-glcnacase in complex with a imidazole-pugnac hybrid inhibitor
Total Genus 233
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
233
sequence length
586
structure length
572
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTD
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Inhibition of O-Glcnacase by a Gluco-Configured Nagstatin and a Pugnac-Imidazole Hybrid Inhibitor
pubmed doi rcsb
molecule tags Inhibitor
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
molecule keywords GLUCOSAMINIDASE
total genus 233
structure length 572
sequence length 586
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2j47A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j47A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2j47A01
4UFIA 4DUWA 3WQWA 2FHFA 2D1ZA 4UQDA 4L4OA 4AZCA 2WXDM 4WKFA 1QPKA 1NWTA 3DECA 2PWGA 3T2QA 1C3FA 4U5KA 5AYIA 4JFUA 1UD2A 4AEFA 1UZ4A 1V6WA 3MANA 4H7VA 5CJ5A 5JBEA 5EMYA 3AICA 1RP8A 1ISVA 1VF8A 3VIMA 4ATLA 4U33A 3RMEA 2O9RA 1B3VA 5JUVA 2VC9A 5BROA 3EBVA 3AMLA 1M7XA 1XRVA 1VEPA 1WKYA 2ZUUA 4BA0A 3AIQA 1NARA 3WH9A 1XGZA 3THCA 2BHYA 1XD0A 4TUFA 3WUGA 4D6CA 1M03A 3VNZA 5A6BA 2AAAA 4RE2A 4W88A 1EDQA 3GZAA 3OLEA 4M56A 3KL5A 1DWIM 1E72M 4ZXLA 3N13A 1X6NA 1V3KA 2VOTA 4UQBA 3OIHA 4UR9A 1V3IA 2FHBA 2ZX9A 4V27A 2EPOA 5M17A 2PWFA 1GHRA 3AIUA 2XHYA 2BHUA 4W5UA 4UNIA 3I3DA 3VMPA 2YIHA 4GPNA 5A1AA 4PUDA 5ABGA 1K9FA 3VD9A 3VD5A 4MDOA 2CEQA 4JAWA 5EFDA 3AXHA 3CIVA 4JHOA 2W61A 4CD6A 3K8LA 5A6MA 1FH9A 3MUY1 1J9YA 1KGXA 1CGVA 4PSPA 1XC6A 4NZCA 1UR4A 2BY1A 3L4UA 3HN3A 3T09A 4X0VA 1NWSA 2EPLX 1FH7A 2DT0A 4QDMA 3A4AA 4N0RA 3OB8A 5D9NA 1FFQA 3VIHA 3BC9A 1CYGA 4NRRA 2RGLA 5DFAA 4AY1A 3SURA 1OGSA 3L4WA 4DWSC 2ZX5A 2VURA 1A3HA 5CSYA 3VIKA 2CBUA 2WPGA 4UOJA 3U57A 5D8WA 3SCVA 2G8ZA 3WDJA 1VJZA 3BSHA 3ARTA 5ABHA 3CO4A 5HOSA 2WVVB 4Q22A 4OKDA 3PZVA 4CCDA 2VRQA 4URIA 1GOKA 1GOMA 5DMYA 2ZICA 1B1YA 1CXKA 1GORA 3BLPX 3HMCA 5FCZA 2BXYA 3SCSA 3L4VA 4R27A 4CKQA 1FH8A 1WDQA 4AD3A 1WPCA 3K8MA 1QNSA 4W85A 3AXIA 3GXIA 2YBUA 3TA9A 3WF3A 5GNZA 5CPQA 1BG4A 3FW6A 1WAWA 3BLKA 2ZXAA 3KL0A 3WN6A 4QCFA 1R85A 3WDIA 1KFWA 1V6XA 3AS2A 3TONA 2BV9A 4CN6A 5I0DA 4EKJA 3CMGA 5D9PA 1W9XA 2JE8A 9CGTA 4W89A 1US2A 4AWEA 5DEZA 1HJQA 3WL1A 5GPRA 3MV11 3SCQA 1J10A 1B31A 4Z2GA 2O9TA 1CXHA 4B9YA 2FGZA 4LYRA 1GQKA 2BHZA 1GOIA 3IK2A 2V3EA 2NT1A 3F5LA 2JEPA 3VUPA 2ZWZA 3O6AA 4JHZA 1W9BM 4BQ5A 3CUFA 1OIFA 1V3HA 4AW7A 3CH9A 1MFUA 5FKYA 1QBBA 1JL8A 3EDJA 4H8HA 3W82A 3WQVA 1QHOA 2WZEA 4HOZA 4D6GA 1BAGA 4W8BA 3PTQA 3ZR5A 1AQHA 1UD5A 1UQZA 3GH7A 2OYKA 4ATWA 2WVVA 3G6LA 2BVYA 1GQJA 1E6XM 3I3EA 3CZEA 1E70M 4HA1A 2UY5A 5D4YA 3O2LA 5ECUA 1O7AA 1R86A 5M5DA 1UG6A 4J3XA 3N12A 1QBAA 2ZE0A 1PPIA 1HT6A 3K1DA 3GDBA 2J4GA 1Z32X 1HJWA 3LPPA 3WQ6A 1GVIA 3WNNA 3RDKA 1UYQA 1B2YA 3CHDA 1OINA 2J7GA 4JL2A 4E8DA 4NF7A 1VENA 1DWHM 1SMAA 2WC3A 3MUAA 4HZ7A 2E0PA 2WK2A 3SCRA 3AIEA 2X2YA 1V3LA 2W5FA 3VGDA 4D6EA 1MQPA 4QCEA 5A8MA 2J75A 3SIMA 3WF4A 3ZM8A 4WK9A 4UFLA 1E0WA 2XVPA 1ESWA 2DSZA 1XSKA 4FLOA 5CSUA 3W26A 3WQ5A 4JKKA 4KRUA 1R7OA 3MUZ1 3UR7A 1UHVA 3WNMA 4PMXA 2V38A 3CZGA 3VIGA 2DSKA 2EEXA 3T2OA 1CZ1A 3W81A 5JIWA 2EPNA 1GZJA 1ZJBA 4KWUA 1UR9A 1G0CA 3NSMA 1WZKA 3NYDA 2JF7A 5BCAA 4DUVA 2WCGA 4AIOA 1E73M 4BQ3A 2E9BA 3WDPP 4CVUA 1GNXA 3W38A 2VRKA 3AQUA 3PZIA 4HU8A 1ZBCA 4XV0A 4LX4A 2OSYA 1MFVA 1EDGA 1JNEA 4W84A 2E3ZA 1GQLA 2X0YA 2GJXA 2XM1A 5IFTA 5I5RA 5CLWA 2DPEA 3WEZA 3WNOA 1R7AA 1VJSA 2WHMA 4PRWA 4JFVA 2D0GA 2WW5A 4D72A 3NSNA 5JBFA 4L4PA 1ITXA 3AHXA 3FXYA 1VB9A 3BAWA 1F4AA 3FAWA 1TFVA 2XVLA 3W24A 1GPFA 2E8YA 1ISWA 1GOWA 3UERA 2OYLA 1BGGA 2PF0A 4QP0A 1J12A 3VVGA 2PWHA 1XHGA 3VGBA 3S2CA 3ZJ6A 4EAMA 1CXIA 4H41A 4AD2A 1XV8A 3ARWA 4BZYA 5BRPA 4CU7A 6TAAA 1DHKA 1WNOA 5A2AA 3OLGA 1K9TA 4PTMA 1HJSA 3MMUA 1A47A 1UKOA 1CTNA 2DT1A 2VO5A 2Y8KA 2WMKA 4PBGA 4OOZA 4MNLA 5AC4A 1AQ0A 1JZ5A 1QI3A 1HX0A 1AVAA 2VZVA 1QW9A 1GW1A 1HP4A 5E0CA 3ZMRA 3WQ8A 4HA4A 1KBBA 1H11A 5FD0A 1IZJA 5A6LA 1NQ6A 2XVGA 3SUUA 2VCCA 2G3NA 4FF5A 1VRXA 1HKIA 1HJXA 2PWDA 5A95A 1VFOA 2NT0A 3FY1A 3WNLA 1FOBA 1EA9C 1CENA 1U33A 4MB4A 2OWCA 1Q4NX 1I1XA 1KCLA 1VEMA 1ZBWA 1QHZA 3A4XA 5CZKA 1WCGA 4WIWA 2BVDA 3FHAA 4AD4A 1JFHA 1E56A 3N15A 2GUYA 3OGVA 4WF7A 5I79A 3VD3A 1BVNP 1UD6A 2WB5A 4FLQA 2VI0A 1E6QM 4JCLA 4C91A 1E6PA 3VIJA 4TVUA 2W63A 2W4XA 1CNVA 3WD4A 3GYCA 5DT5A 3CUGA 2XVNA 4K68A 1WZMA 4TVCA 4LQ1A 2Y5EA 1QI2A 2ZX6A 2VTFA 4UOZA 2WVTA 4AZHA 1PZ2A 4AD1A 4D6FA 1DWGM 1JZ2A 4KGJA 2E4TA 1E4LA 1QNRA 5JIPA 4H2CA 4Y7EA 1W2VA 2J7CA 2QF8A 1UQYA 1ITCA 1BFNA 1J0IA 3GTNA 1UH2A 2BXZA 4MTVA 4P7LA 3ZT7A 1U30A 1UKSA 1CXFA 2CETA 2Y24A 3JUGA 5E6ZA 4A3HA 2J7EA 2PC8A 5CGTA 3SUTA 1E3ZA 1QOXA 4PMZA 4C7GA 4W7UA 1Q6CA 2WLYA 2AMGA 1NOFA 3W28A 1TCMA 2VX4A 3RILA 3CPUA 4HTYA 3ARZA 5C71A 1EXPA 4OBSA 1SR0A 4D1IA 4B3KA 4D6HA 4HMCA 3BMVA 3CZ8A 4AD0A 4AYSA 3CZLA 4GQQA 2DDXA 7A3HA 3CZKA 5CGMA 1FHDA 2JEQA 4CCCA 1JG9A 3SCNA 1VFMA 3M46A 3NJ3A 1W2PA 4P7RA 5BXRA 1JYXA 2WBGA 1HXJA 2GDUA 1TZ7A 5CG0A 1KQZA 3AHYA 3VKKA 3CTTA 3BAXA 1UKPA 2J47A 5E9AA 3SUVA 3MV01 1MQRA 2YL8A 1WP6A 3BSGA 3W25A 4UOQA 4HZ6A 2F8QA 1MW0A 1UD4A 1S46A 1RP9A 2J79A 1GCYA 3NDYA 3WSUA 1UA7A 3T0BA 1JXJA 3N9KA 3N04A 2EXOA 4U5IA 2E8ZA 1G5AA 2QV4A 4BS0A 3CUHA 1D3CA 3QHNA 4AIUA 2VJXA 5FOOA 1MWOA 3ZR6A 2BY2A 1HKMA 1V08A 1VFUA 3K46A 2A3EA 2CKRA 1JZ6A 4EANA 4MAVA 3WEOA 3WUBA 2EQDA 5A2CA 2FGLA 1LG2A 4UZUA 2D22A 3POCA 1CXEA 1KXVA 1JF5A 2Y8VA 1KXQA 3WD3A 4PSRA 5DO8A 5EBAA 7TAAA 1GQIA 4CU8A 4P7NA 1CXLA 3AZRA 1NWRA 4HU0A 3GBEA 4W8LA 2F2HA 3DHPA 1OD8A 2GJPA 4MNJA 3WKZA 2FH6A 4UZSA 2G41A 2ZWYA 3VO0A 4UFKA 4AZ5A 1XYFA 1I75A 3EDEA 5C8BB 5TD4A 3WL0A 3W0KA 3PZUA 4KMQA 3AMCA 1PJ9A 3MSDA 1W32A 1BF2A 1KXTA 5DF0A 1VFFA 4WLCA 2CBJA 3A47A 3NSXA 1DWJM 3II1A 1N82A 3ARPA 1UH4A 3KL3A 2C8NA 2QHAA 3RJYA 3ZSTA 4TTGA 2XUCA 3ZJ7A 1ZL1A 2OLHA 2XM2A 3WMBA 4NRSA 1EGZA 3KWXA 3ZIZA 4W7VA 1PEZA 4A3YA 2OSXA 1J01A 4PMNA 3RO8A 3GXMA 4QLKA 1FP9A 4AISA 3UG5A 4PMVA 1BYBA 3WF0A 2CESA 2X09A 3VDHA 4CD4A 1OBAA 3D3AA 5BXTA 2WHJA 1C7SA 1KGWA 2WHLA 3L2LA 3M6DA 3RM4A 1V03A 2WWDA 4J7RA 1CWYA 3L4ZA 2WZIA 2V5DA 2DIJA 4PMRA 1HKJA 3PZQA 3UETA 2X0HA 2J7FA 1H3GA 3RM9A 1FA2A 3ARXA 2G3MA 1VEOA 1KWKA 3FNDA 1E6SM 1V0KA 2BS9A 1OT1A 3VILA 1C90A 3OLIA 5BRQA 4Z2LA 4KRTA 3EDDA 4JZ5A 3VGHA 3WQ4A 1ZB5A 2YKKA 1OWQA 3PBGA 3CBWA 1D7FA 3AI0A 2WLZA 1E71M 1KWGA 1X6LA 2HISA 1DP0A 2UWFA 5FL0A 2A3AA 3TTYA 1H09A 3QOMA 1UR0A 2PI6A 3GBDA 5LA2A 2VZUA 4M81A 1BPLB 2CHNA 5HPOA 1X1NA 5A69A 3L2MA 4M80A 1EDTA 4B9ZA 1VIWA 2YA1A 3OBAA 1J0JA 2DQXA 3PTKA 3WD1A 4JFTA 3WNKA 1W3JA 2WNWA 3AHTA 2D24A 1XH2A 3UEQA 2WCAA 1JDDA 4FLSA 3GNRA 3VX0A 1RH9A 4ATDA 2GJXB 3W6MA 4YHGA 1NWUA 3AHVA 2GSJA 4CU6A 2A3BA 2DIEA 2OWXA 5A6JA 1I1WA 2D23A 1MQQA 1UWRA 5ABFA 3PTMA 1E6RA 1O6IA 3VM7A 1BTCA 2XSAA 2OWWA 4PCTA 2CXGA 2WMGA 1UWQA 2DSVA 4P7OA 3BAKA 3MMDA 2YA2A 2JF6A 3I3BA 3BAYA 2J8GA 4F9JA 3PZTA 5GQBA 3SUSA 2W92A 3T2PA 5AC5A 3WDHA 8A3HA 4E2OA 1E3XA 2ZUWA 4UFMA 4GZIA 2CERA 3SEPA 1JD7A 3N11A 3BMWA 4M24A 1G1YA 2YDQA 3AHZA 4WSKA 2ZUNA 5BXPA 2BY3A 1LQ0A 3K8KA 1TA3B 1V0NA 1LWJA 1ODUA 4AZ6A 4TXEA 3T08A 2XPKA 4J3VA 1JD9A 4DUXA 1W9VA 4CGTA 3B9DA 2D0FA 2WMJA 1HN1A 1M04A 4ZE5A 3EDFA 3PZNA 3VM5A 1C7TA 4GZEA 3ARUA 4AZGA 1BG9A 4A4AA 2Y4SA 2D3NA 4B3LA 1C92A 4WJXA 1B3YA 3T0AA 3B9AA 1TUXA 1H2JA 4GQRA 5DT7A 2XGIA 2WSKA 3FHQA 3OLDA 2VZOA 4HA3A 3LPFA 5CPTA 2CCRA 2EJ1A 2CYGA 2VZTA 3AROA 3ZJKA 2WMHA 3ZOAA 1E1EA 3CGTA 4HPGA 1LL6A 4UQEA 1JAKA 4C7DA 1US3A 1H1NA 1TVNA 4BQ2A 4R5EA 5A94A 2WVSA 3WH5A 2FHCA 1L8NA 1EO7A 3BAIA 3WIJA 1DTUA 2VRJA 4JKMA 4CD8A 1V02A 2VMFA 1J0ZA 2WM0A 1JXKA 2PBOA 4XZWA 1ODZA 4CD7A 5ABEA 1W1YA 1Q6GA 1QW8A 3WFLA 1ZBKA 5CXPA 1SYTA 2YBTA 4MDPA 4EK7A 3UCQA 4XB3A 2PBGA 5IXEA 4IPNB 2A3HA 2J25A 3IAPA 1BHGA 2GDVA 3NCOA 2UY3A 1IV8A 1LJYA 2CNCA 4U31A 4CUCA 3AZSA 4GINA 1TA3A 1AQMA 1J18A 2WCSA 4U2YA 2BFGA 1HF6A 2CIPA 3M7SA 4MB5A 2ZUVA 3ZT6A 4D6DA 2UY4A 1HVXA 4ACZB 2WKGA 2XIIA 1PZ3A 2ZXBA 1TG7A 1XH0A 3K4AA 3SCOA 2F61A 1B9ZA 3WDQA 1E43A 1G9HA 1UWIA 4PTWA 2JALA 1EQCA 1QVBA 3WUEA 4LGXA 4DM2A 3WMSA 4CN4A 5D9OA 3WMCA 2XJ7A 4XZBA 5A8PA 3NUKA 1PIFA 5IHSA 3GM8A 2NW0A 2VT0A 5E6YA 5IHRA 1NP0A 1K9DA 3QR3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4UFI A;  4DUW A;  3WQW A;  2FHF A;  2D1Z A;  4UQD A;  4L4O A;  4AZC A;  2WXD M;  4WKF A;  1QPK A;  1NWT A;  3DEC A;  2PWG A;  3T2Q A;  1C3F A;  4U5K A;  5AYI A;  4JFU A;  1UD2 A;  4AEF A;  1UZ4 A;  1V6W A;  3MAN A;  4H7V A;  5CJ5 A;  5JBE A;  5EMY A;  3AIC A;  1RP8 A;  1ISV A;  1VF8 A;  3VIM A;  4ATL A;  4U33 A;  3RME A;  2O9R A;  1B3V A;  5JUV A;  2VC9 A;  5BRO A;  3EBV A;  3AML A;  1M7X A;  1XRV A;  1VEP A;  1WKY A;  2ZUU A;  4BA0 A;  3AIQ A;  1NAR A;  3WH9 A;  1XGZ A;  3THC A;  2BHY A;  1XD0 A;  4TUF A;  3WUG A;  4D6C A;  1M03 A;  3VNZ A;  5A6B A;  2AAA A;  4RE2 A;  4W88 A;  1EDQ A;  3GZA A;  3OLE A;  4M56 A;  3KL5 A;  1DWI M;  1E72 M;  4ZXL A;  3N13 A;  1X6N A;  1V3K A;  2VOT A;  4UQB A;  3OIH A;  4UR9 A;  1V3I A;  2FHB A;  2ZX9 A;  4V27 A;  2EPO A;  5M17 A;  2PWF A;  1GHR A;  3AIU A;  2XHY A;  2BHU A;  4W5U A;  4UNI A;  3I3D A;  3VMP A;  2YIH A;  4GPN A;  5A1A A;  4PUD A;  5ABG A;  1K9F A;  3VD9 A;  3VD5 A;  4MDO A;  2CEQ A;  4JAW A;  5EFD A;  3AXH A;  3CIV A;  4JHO A;  2W61 A;  4CD6 A; 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