2J4G | Genus

Total Genus 229

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	229
sequence length	586
structure length	586
Chain Sequence	SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Analysis of Pugnac and Nag-Thiazoline as Transition State Analogues for Human O-Glcnacase: Mechanistic and Structural Insights Into Inhibitor Selectivity and Transition State Poise. pubmed doi rcsb
molecule tags	Inhibitor
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron
molecule keywords	HYALURONOGLUCOSAMINIDASE
total genus	229
structure length	586
sequence length	586
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2006-08-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase
A	PF18344	CBM32	Carbohydrate binding module family 32

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.460	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	Hyaluronidase post-catalytic domain-like	2j4gA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2j4gA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	2j4gA01

1V6UA 1LJYA 1JZ5A 1OT1A 4B9YA 2WMFA 1NH6A 3WELA 2BVYA 2CBUA 1LF1A 3GNPA 3FN9A 3PZ9A 3N04A 1JF6A 4MB3A 1H3GA 1UKQA 3WH7A 1M53A 5AYBA 1E0WA 1BGGA 5FOOA 4LQ1A 1UR8A 1EDGA 1L0PA 1JDCA 3GXMA 4UQAA 5A6BA 1F4HA 1UG6A 4FLQA 1ZS2A 2DH2A 2VX6A 3E1F1 2AMGA 2YA2A 2VRKA 1V03A 2WZIA 1KXQA 4FMVA 3O2LA 4U33A 3W4RA 3WD3A 3BMVA 3GH5A 4C90A 2J7CA 2XHYA 1J01A 2VZSA 3S2CA 1E1FA 4UCFA 1R7AA 3DECA 1BGAA 5CZKA 1TFVA 1QBAA 5A1AA 3CGTA 4PSPA 2WKGA 3W29A 3VGBA 3LPOA 1JYXA 1L8NA 1E6NA 3VDBA 4H8VA 5ABFB 9CGTA 4UFKA 2QPUA 2VZOA 1HKMA 4AD0A 3CUIA 3CUGA 3WQVA 1C91A 2VQUA 3CHFA 3ARRA 5I78A 4JFSA 5A8MA 4UFLA 3VTRA 4UOQA 1GVIA 2ZE0A 3ARVA 3U5YA 1QI5A 3FY1A 1OIMA 4CD7A 5A8NA 4UNIA 1KWKA 2BY0A 2ZUVA 2XGBA 2Y8VA 5BYWA 3OA5A 5EMYA 1JZ6A 1OB0A 1UKTA 1G1YA 4AZCB 5E6ZA 3WEZA 2CBVA 3M6DA 4OUEA 2JEQA 2VTFA 2VMFA 2XWDA 2E8YA 3PZMA 2VR4A 2V3GA 1UUQA 4HTYA 2X05A 3SCTA 4ML4A 5A94A 4PMRA 2W67A 1UOKA 5D8ZA 4GI8A 2XJ7A 4P7RA 5DFAA 5F7UA 4GO9A 1LWJA 2VRQA 3AZSA 1C8QA 3AIEA 1B2YA 2PWHA 7A3HA 3ZJ7A 1H0GA 4D6HA 1BVZA 4NRSA 4DUWA 1O6IA 1XHGA 2WLYA 5CLWA 1EXPA 3SURA 3OLGA 3HN3A 2F8QA 1GOWA 1KQYA 1UQYA 2UY4A 1FH8A 3PZTA 3WH6A 1GCYA 2WXDM 4GQRA 1G9HA 4UR9A 2PB1A 2D23A 3DYPA 2WB5A 3IJ8A 5CSYA 1KGXA 1LG1A 1CBGA 5E09A 5CJ5A 3ZJ8A 3SCQA 2HISA 1OSEA 2VX4A 3GXIA 4W8AA 2FGZA 1SMAA 2WSKA 1VIWA 3PBGA 3OLIA 3AIVA 4CCCA 1BF2A 2V38A 2VURA 1XH2A 1UH3A 1PX3A 1B90A 1G01A 4OIFA 1UWRA 1UWUA 5D9MA 1KCLA 2XPKA 4PMVA 1B31A 1MW1A 4MNMA 1LG2A 2ESCA 2XSAA 3U5UA 1FOBA 4Z2LA 1GORA 2XVGA 4HMCA 1QI3A 3OGVA 3GXFA 2DSWA 3FW6A 3ZOAA 4KGLA 3VIPA 3DHUA 3VD3A 1Q6GA 1ITXA 1C7SA 4TUFA 4AY1A 3QOKA 5AC5A 5A95A 1RH9A 4OOZA 3I3EA 4MDOA 1CXFA 1UHVA 1HT6A 4J3SA 5FD0A 4MPKA 3AHTA 3WQ5A 4J3XA 3K8KA 1QNPA 1UH2A 2JEPA 5E0CA 3OB8A 2E40A 1TCMA 1EOMA 4YHEA 1QNSA 1JZ7A 1X6NA 1GOOA 2J47A 2DIEA 2VUYA 1WCGA 1CGTA 1E6XM 1TA3B 2VI0A 3N1AA 1A3HA 3EYPA 4U31A 1E4LA 2VZTA 1BVNP 1Q6CA 2DT2A 2WWCA 1NP2A 2GSJA 4P8VA 4CU6A 1BYBA 4HP5A 3KEHA 4CU7A 5A6SA 5I77A 3T0AA 1KFWA 1HL9A 3ARQA 4MB5A 3BAXA 4EAMA 1CYGA 3KZSA 2EPKX 4PCTA 2PWEA 1E40A 1V6YA 1QHPA 4C91A 5GNXA 4MTVA 4BCEA 4BQ3A 2CITA 1CGYA 2YDRA 5D8WA 2E4TA 4ATDA 4QFUA 2VVNA 1PIFA 1CZ1A 3NDYA 2ZUNA 2YDQA 2X0HA 1JL8A 1W2PA 2QPSA 1EDQA 1FFQA 2C8NA 4PMOA 2WMHA 2ZUMA 1PJ9A 3WF3A 3WD0A 4P8UA 1XC6A 4H7VA 3VPLA 3CPUA 2JFEX 3AYRA 1GHRA 1UZ4A 3VGFA 3AOFA 1VB9A 4QAWA 4GQQA 1B9ZA 3CZJA 4X9YA 4TTUA 3VMOA 3WDPP 3L4VA 5A2AA 3ARPA 1ISVA 5BXPA 4MDPA 1GUVA 3N12A 3WF4A 1AQMA 2WW5A 1RPKA 4R27A 1W1TA 1QNRA 1K6AA 3VM5A 1UR0A 4Q22A 1PZ3A 1LQ0A 3O6AA 4D6JA 3AHVA 2YA0A 1AQHA 1EDTA 1QI2A 3VMNA 4PMDA 4TX8A 1WZKA 1OGGA 4Z2GA 1ZU8A 1BQCA 2CPUA 3BXWA 1JYVA 3PTQA 3WD4A 4M8UA 3DHPA 1I1XA 4HA3A 2DSZA 4PMQA 2D20A 3RMEA 4U5KA 1AMYA 3AIBA 5IFPA 4K68A 2VCBA 2BVDA 4NF7A 1MYRA 1FP9A 1UD4A 4P8XA 1KGUA 4W86A 4NZCA 4B3LA 2WPGA 4S3JA 1TA3A 1UA3A 5A6AA 4BZYA 2J7DA 4URIA 4KWUA 1GOQA 2E9MA 3OBAA 4X0NA 1OINA 2WVSA 1V3JA 3W25A 4M24A 4HA1A 3PZVA 2E0PA 3WIJA 1UWQA 4KH2A 1BAGA 4H41A 4YN5A 1PAMA 4DWSD 2PWFA 2XVNA 2WHKA 2GFTA 4DUXA 3DYOA 3WDHA 3SCWA 4D6GA 1FHDA 3I3DA 3LMYA 4XZWA 3VX0A 5I24A 1KB3A 1WE5A 4HZ8A 4WJXA 2O92A 3AFBA 1JF5A 1ZBWA 3DYMA 2OWWA 3AI0A 2ZX9A 2W92A 1GQJA 3A4WA 3NSNA 4TX6A 4QLKA 4JFVA 1HJVA 2GDVA 1J9YA 1H0IA 4JFTA 5IXEA 3PZGA 5A2BA 5A6KA 5CGTA 1FHLA 4GKLA 3IANA 3VIMA 1KXVA 3L4UA 1WDQA 2J7HA 2NW0A 5GQBA 1TVPA 5BRPA 1JD7A 3SCRA 4BS0A 5LA1A 5HBFA 3AIRA 2EPLX 4AZBA 3EDDA 1WB0A 1IV8A 4HU8A 5JBDA 4WK9A 2V3EA 2A3CA 2CCRA 2E9BA 4XUYA 1CDGA 3UETA 3A4AA 4W7WA 2VQTA 3W53A 1C3FA 1DWIM 1VFOA 4W84A 5HPCA 3UR7A 3FXYA 3GDBA 1H2JA 2FH8A 3TTSA 5JBFA 5A3HA 1HVQA 3BC9A 4Z2HA 3PZIA 4P7OA 1JG9A 1D3CA 3AXIA 5LA2A 1JDDA 3BCFA 1WZAA 1V3HA 3OGRA 4OZOA 3UG4A 3UR8A 4OOUA 1XRVA 5CLTA 3N18A 5A69A 1PPIA 2X2YA 4CKQA 4CVUA 1BYDA 2CXGA 3RPMA 1DWAM 4L4PA 4CN4A 1NARA 3CUJA 4RE2A 1HP5A 3VVGA 2OSXA 4Q7NA 3SUWA 3RM8A 1V3LA 1W9XA 5M17A 2EEXA 4P7NA 5EFDA 4Z2IA 1JDAA 1QOXA 1V6VA 3WQ8A 5JBEA 3CZEA 4C7FA 4JL1A 1QHOA 3EBVA 1E6PA 5M5DA 1E70M 4Y7EA 3GBDA 2W5FA 3W26A 1LLOA 1HJWA 2CETA 1M04A 3CZGA 2VX7A 4B9ZA 1HN1A 4UFHA 4TXEA 1HL8A 4J28A 2CEQA 2UY2A 2XFFA 2YL6A 3NDZA 1HKIA 3THCA 5M3WA 4QCEA 2WHLA 3WBEA 2W61A 1OD8A 4M82A 1GJUA 1VJSA 2D24A 1JNEA 5DMYA 1CGVA 1WP6A 2WANA 3VM7A 2BHYA 3GH7A 1BG9A 3FAXA 4HMEA 2DT3A 2GK1B 2JIEA 2W4XA 2NT0A 3M07A 1B3YA 3ZT5A 1U33A 1XSKA 3WSUA 4AYSA 2VJXA 1NQ6A 2J74A 3WQ6A 4FLSA 4C7DA 3LPFA 2VZUA 1V3KA 2FHBA 2JF6A 5CQ1A 3RDKA 1QPKA 2J75A 2XIIA 4LPCA 3IK2A 2O9OA 3EDEA 3PN8A 4M81A 4W8LA 1SYTA 1V02E 1U2YA 3GBEA 1JAEA 2QMKA 1E4NA 5I23A 1MQPA 3KL3A 3EMZA 4QCFA 1QW9A 2JALA 4RL3A 3W37A 2XVLA 6CGTA 1VEMA 3AHZA 1MXDA 4MNJA 1ISZA 3AIWA 1HJUA 3MUY1 1OWQA 3VINA 2DT0A 1XCXA 3NUKA 1ISXA 2DSUA 3AQUA 2XM2A 4AIEA 4BQ5A 2J7EA 3B9AA 2DPEA 3MSDA 1GOKA 4A3YA 4B3KA 4NSBA 1MQQA 5AYIA 3BSHA 2XGIA 4OKDA 1YQ2A 5ABEA 4IUGA 1B3WA 1S46A 3IAQA 3TP4A 2Y5EA 2WLZA 1JD9A 1US3A 1K9TA 1N82A 2YLLA 3QHOA 4MAZA 3WFLA 2IUZA 4GIAA 3PZUA 3L4TA 1EHAA 1W9UA 3IJ7A 4W88A 2EPOA 3II1A 3B9DA 2J7FA 1PZ2A 2G4FA 2AOSA 3BLKA 2WMGA 3I3BA 1J12A 1UWTA 4AWEA 2CNCA 3J7HA 3CTTA 1DEDA 2WSPA 3GZAA 1LL6A 3WD1A 2J77A 4LYRA 3GTNA 3ZM8A 4HOZA 5C8BB 1HX0A 4AD2A 1E15A 1I75A 1C8XA 2WC7A 3KE0A 4DM1A 2PWGA 1VFFA 1Q6DA 5CPSA 1CGXA 3PZNA 4AZ7A 4J7RA 1V0MA 2VL4A 5D9NA 1NM9A 1XV8A 2YL8A 5E70A 4D71A 1GOMA 2XG9A 2ZUUA 1CENA 3POCA 3WMSA 3SCUA 1EQPA 3PZQA 2D0GA 2PWDA 1TUXA 5BXSA 3NYDA 4AZ5A 2GK1A 4QP0A 4GO8A 2EPNA 1UD2A 2G3IA 2J4GA 2FHCA 4CU8A 4Z2JA 2WKLA 4W5UA 2JIWA 3KL5A 1LL7A 2XUCA 3CBWA 1H4PA 2CBJA 3WUFA 3ZR6A 1NWRA 5KEZA 3TA9A 2ZUWA 3WNMA 4J3WA 1UKPA 4KGJA 1UD6A 1MW2A 1IT0A 5DF0A 2O9TA 3CUHA 4PSRA 1CXHA 1GNXA 1ODZA 3F4VA 1HKKA 1VBUA 3EMQA 3L2MA 2VZVA 4LGXA 3RM9A 4B16A 2OWXA 1GONA 3GNRA 4XZBA 5JIWA 1OGBA 1UWIA 5ABHA 5D4YA 1ZB5A 4J3UA 1YHTA 3EDJA 4HMDA 1V3IA 1ODUA 5HNNA 2Q8XA 1E43A 3AS0A 4MB4A 3SCVA 3ECQA 3WN6A 4BF7A 1CXEA 1BYCA 5IHRA 3BSGA 1OBAA 3F5LA 3WQWA 4JIEA 1E72M 1W1PA 1MQRA 2ZX8A 3SCNA 3WEOA 4LYQA 1OM0A 3HU7A 5A6JA 1HJQA 4F9DA 2WAGA 1WDPA 3VU2A 4WSKA 1HJSA 2VVSA 3U57A 3UESA 1V0LA 3AMCA 3VD4A 3WUEA 5C70A 4D6DA 5GNYA 2JF7A 4QLJA 2NT1A 1QNOA 1BPLB 3RCNA 3SEPA 1JXKA 1FP8A 4PEEA 2WVUA 3K8LA 4S3KA 2BVTA 3AXXA 4R5EA 1VFMA 2X1IA 3NJ3A 2NSXA 1C93A 5I0DA 3VD7A 2ZXQA 3WMCA 4D6FA 4PMUA 1SMDA 3WKZA 5FIPA 1EO5A 4RE3A 1Q6FA 2X8RA 5HPOA 3F5JA 1VF8A 1E6SM 1QNQA 1QW8A 1J0ZA 1FA2A 1V08A 3UG5A 1EA9C 1GOIA 1CXLA 4WKAA 4TVDA 4M1RA 1UR1A 4CD6A 3IJ9A 1AVAA 1QI4A 2OYMA 1MW0A 4HOXA 4P8WA 5FL0A 4N42A 3L4XA 2Z1KA 3BGAA 5FKYA 4WIWA 3W28A 4JFWA 4DWSB 3WNNA 1Q6EA 1C90A 2PBGA 4X0VA 1W1VA 1HJXA 4PN2A 4UQ9A 1CGUA 3VOCA 1VFUA 2J7BA 4MJ2A 3WH5A 3OLEA 1EGZA 4AIUA 2WHMA 4EK7A 5E6YA 3HMCA 5EBAA 1E73M 2D1ZA 4U3AA 3WMBA 5D9OA 2VT0A 1K9FA 4F79A 3UCQA 4A4AA 1TG7A 1CECA 1CXIA 3ALFA 1E6RA 2G41A 3VILA 3POHA 2QLYA 4ZENA 2BV9A 3AMDA 1M7XA 1QI0A 4PTVA 2WNWA 5CG0A 3SUVA 2WHJA 5I2UA 5CSUA 1Z32X 2GVYA 4UOJA 2OYLA 1U30A 2XVPA 3WENA 5DO8A 2WZEA 2CKRA 4P7QA 5FL1A 2WCSA 3L4WA 3TTOA 3BAJA 2CBIA 2J25A 1UYQA 2AAAA 1DWFM 4KRTA 3W24A 3AISA 5HXMA 2OSYA 3WH8A 1OIFA 1SFSA 1XD0A 1E6ZA 4ACYA 2XWEA 4PTWA 3G6LA 3QGVA 3K1DA 4KRUA 3AYSA 4JCLA 3A4XA 3TONA 4LYPA 4D72A 3CMGA 5ECUA 5IDIA 3WUGA 1V6WA 2ZWZA 1O7AA 1UD5A 4JKMA 1RD6A 5AC4A 1R8LA 3ZT7A 4OBSA 3W6MA 4E2OA 2XFRA 2A3HA 1E3XA 1JZ3A 3MUAA 3ZT6A 3ARUA 1GW1A 3UG3A 3K4AA 1KQZA 2BNJA 2DQXA 5DT5A 2GUYA 1TR1A 1CEOA 3EDFA 4JZ5A 1E6QM 2CKSA 5IFTA 1G5AA 2QF8A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1XSJ A;  3SUT A;  3W38 A;  3CZK A;  4RE4 A;  2MAN A;  4PUD A;  1UH4 A;  2FH6 A;  1TVN A;  1JYN A;  2XFY A;  1B3X A;  1IZK A;  3BMW A;  4E8D A;  2DIJ A;  2QV4 A;  4UFM A;  4AIO A;  1AQ0 A;  4HOW A;  3CO4 A;  3M7S A;  2WWD A;  3MKK A;  1UWS A;  3PTM A;  2BHU A;  1MFU A;  3MU7 A;  1E0X A;  3UER A;  2GJX A;  3K8M A;  4PBG A;  3QHM A;  3AS1 A;  4JHZ A;  3EDK A;  3BAK A;  4PMY A;  4EE9 A;  3A6O A;  4UFJ A;  1H49 A;  1MXG A;  3OG2 A;  3NSM A;  4TOQ A;  2J78 A;  4IM4 A;  3WEM A;  3APG A;  3B8S A;  1KCK A;  1W3H A;  2CHN A;  4HZ6 A;  5BCA A;  5LYR A;  3VO0 A;  1VEO A;  2OWC A;  3GH4 A;  2D2O A;  1V0N A;  1XYF A;  2GJP A;  1NP0 A;  2A3E A;  2DSK A;  3F5K A;  4NRR A;  1J0J A;  3T09 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2J4GA

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