2J62A

Structure of a bacterial o-glcnacase in complex with glcnacstatin
Total Genus 236
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
585
structure length
585
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title GlcNAcstatin: a picomolar, selective O-GlcNAcase inhibitor that modulates intracellular O-glcNAcylation levels.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
molecule keywords O-GlcNAcase NagJ
total genus 236
structure length 585
sequence length 585
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2006-09-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2j62A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j62A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2j62A01
1QPKA 1FH9A 3VX0A 3L4XA 4MNLA 3WD0A 3AYRA 3WEZA 5I23A 1XV8A 4HZ8A 2DT2A 3CHFA 2JIWA 4UQCA 3WN6A 3U5YA 4BF7A 2D23A 3RM8A 4CN6A 1HT6A 4M56A 4WKAA 1DWGM 4LX4A 1NOUA 1ITCA 1V02A 1W1YA 2PWHA 1FFQA 5I79A 1B3ZA 5CXPA 2A3AA 3AICA 1J01A 2E0PA 1TVNA 3VGEA 1OBAA 4PN2A 3CUFA 3G6LA 4M24A 1CYGA 1UKTA 3UR7A 4DM2A 7A3HA 2J7CA 3NDYA 3GM8A 1JZ6A 4W85A 1DWHM 2UY5A 3OGSA 5JBFA 2YKKA 5FL1A 2DT1A 4NI3A 3KWXA 2F8QA 1JNDA 4ZXOA 1BAGA 4Z2LA 1V0NA 1HF6A 1GW1A 5BXPA 4AIUA 2V38A 5D9NA 1JNEA 4ZXLA 2CITA 3F5KA 4LGXA 2A3HA 4AWEA 2G3MA 5IFTA 4CD4A 2EEXA 2X8RA 4JFVA 1CGWA 1CXHA 4PMVA 1U30A 4OIFA 1ISZA 1JZ2A 5C71A 3GYCA 1WDSA 9CGTA 3WD4A 3WBEA 1UZ1A 5M3WA 2CXGA 4PCTA 1HL9A 2VZSA 3FAXA 3PZIA 4HU8A 1JFXA 1C7SA 4GIAA 1MVYA 1UG6A 2PI6A 2OYKA 1OIFA 4GZJA 3ZR5A 3WUEA 3D3AA 3VMOA 3UEQA 2Z1KA 1EHAA 2Y24A 3K46A 5A6SA 4UQDA 1PBGA 1UWTA 1HXJA 3BAXA 1V3KA 3DC0A 1E73M 1XH2A 1CTNA 1SMAA 1XH1A 5A8OA 4EANA 2J77A 5JUVA 4B3KA 2AOSA 2C0HA 3VGFA 4HPHA 3MUAA 3SIMA 2XG9A 2DSKA 2G3IA 3WH7A 2ZXQA 3RMEA 2EPOA 2E40A 1E5JA 4M80A 5A6KA 2WWCA 3TONA 1HN1A 2WMHA 3D5HA 2WZEA 3KL3A 3PZVA 2IXVA 1LG2A 4CCCA 5D9PA 1JAKA 5CPSA 1JDCA 1SMDA 4HTYA 1TFVA 1OM0A 5ECUA 2YL5A 1UZ4A 1GOQA 4QLJA 1SR0A 4P7OA 4DUXA 2ZUUA 4WF7A 1VBRA 3EDJA 4FLOA 1ZBVA 3GH7A 1E0WA 1PZ2A 1V0LA 1JGIA 3M07A 2TAAA 1GCYA 1NOWA 2VL4A 2ZUMA 4LPCA 2ZX8A 3SCQA 1NWSA 1UQZA 4MNMA 2VX7A 1H41A 3WEOA 5A6JA 2WHKA 3U7VA 5A6LA 1UUQA 3BH4A 2ZX9A 1W2VA 4R27A 1HP5A 3BAIA 4MDPA 3VIGA 4FLQA 1GQKA 1M01A 1GOIA 4CD7A 4J3VA 2QV4A 4PMYA 1OSEA 3LPGA 3GZAA 5HPCA 1C93A 3AIRA 1RP8A 4Z2JA 4BZYA 4U31A 3T09A 3NDZA 1OCQA 1QNQA 2E4TA 3W82A 4W86A 2VVNA 3MUY1 3WMSA 4BQ5A 2Y2WA 1ECEA 3VIPA 3VO0A 3OLIA 3ARQA 1QW9A 1JZ8A 3ARXA 3RM9A 3W27A 4NRRA 3L4UA 1OIMA 1XD1A 3UESA 1WO2A 1WP6A 4H2CA 3PZQA 4AZ7A 4OOUA 3W37A 3PTQA 1B0IA 3OG2A 4JFWA 5D4YA 1M7XA 3T2PA 4V27A 3I3EA 2WW5A 4D6JA 1CLXA 1GJUA 2JEQA 1OGGA 2DDXA 1KXHA 3NIYA 3WIJA 3N04A 5ABEA 2VQUA 3VX1A 1VRXA 3O6AA 3GXIA 4JKLA 2OSWA 1CGUA 2ZUWA 3CHEA 1N82A 4AD5A 4ZFMA 3CLWA 1OB0A 1MW3A 2D22A 4AZ5A 3A47A 1E3ZA 1UR4A 4H04A 5A8MA 4URIA 2CESA 1K9EA 2EPLX 1VJZA 3MU7A 2DSVA 2XPKA 4DWSB 4PMQA 1W9BM 3FAWA 1LLOA 4C7DA 1ZJBA 1IZKA 1J0YA 1EQPA 3NSXA 2BS9A 2XIBA 2VOTA 2W67A 1ZL1A 3VGGA 3ZJ8A 2Y8KA 3BGAA 1H5VA 1M04A 5C70A 1PAMA 3WNOA 2WKLA 4B9YA 2D20A 3GNRA 5ABGA 4Q7NA 1EOKA 1KGXA 1US2A 3WFZA 2RGLA 3WDRA 4CKQA 1JL8A 4AMCA 1FP9A 2F2HA 3AHTA 3QGVA 2CETA 2WCSA 1OGBA 2D0GA 1MXGA 4W7WA 3IJ8A 2WZHA 2YL6A 5EB8A 1QI2A 2WC7A 5I2UA 1CGXA 5CPTA 1MXDA 2WKGA 2EJ1A 1C7TA 4D6HA 1HKIA 2GJPA 3SCPA 2G8ZA 2CPUA 5BRQA 4PSPA 3N1AA 1MFVA 1KXQA 1GORA 4WSJA 2ZXBA 1H11A 3AIWA 2YA0A 4Z2KA 1L8NA 1R87A 3SCSA 2FH8A 5LYRA 6CGTA 1QNSA 2W92A 1QHOA 3M7SA 1KCLA 1H4PA 1XCXA 3WNPA 4WK9A 2JF7A 2W63A 1BVZA 3OGVA 4IPLA 2G4FA 3VD4A 4TUFA 1E43A 1WDQA 4K68A 5HOSA 4S3KA 4CD8A 4CU6A 1B3VA 4W8AA 3RDKA 1HJXA 1BGAA 2J7FA 1B3WA 4DWSA 5A94A 1FH8A 5A95A 4NZCA 3A6OA 4C91A 3VOCA 3WL0A 2J62A 1PZ3A 3CGTA 3TP4A 3W53A 1RPKA 3AHZA 1UWUA 4WIWA 4LXFA 3FHQA 3AFBA 3DHUA 1BYCA 5F7UA 1H0IA 1NM9A 3CH9A 3AIEA 3ALFA 2WSPA 2NT1A 5BXTA 2BVTA 4WSKA 4HA3A 2J75A 4B15A 4AD1A 5E6YA 2JFEX 1I75A 2BFGA 3CUGA 3B9AA 4J27A 2WK2A 5EMYA 1QOXA 2CIPA 4UZUA 4GI6A 1UWIA 4AW7A 1GHSA 4ATWA 4DWSC 1C90A 3VIIA 2O9OA 1SFSA 2PC8A 3W81A 2E9BA 3UR8A 3A4XA 3BSGA 2IXUA 5FD0A 1MWOA 5CPQA 4JZ5A 2WVUA 4CCDA 8A3HA 3AXXA 1HVQA 1B31A 1J0ZA 1WDPA 3IAPA 2VR5A 4OZOA 5HNNA 1JYXA 1V6UA 3VUPA 4AZHA 3GTNA 1GPFA 1OD8A 3CZ8A 1JIBA 1E6NA 1EA9C 3ECQA 5I78A 3K8LA 4KMQA 2X09A 2XWEA 5CSYA 1CGYA 3VPLA 3ARYA 3L2MA 4DM1A 1OT1A 2VI0A 4U2ZA 3ZT5A 1UD6A 2NSXA 1G9HA 3MMWA 4W7UA 4PBGA 2WVVB 3AZRA 2UWFA 3ZOAA 4QLLA 4ATLA 1W9PA 5AC4A 1UWQA 1HKJA 4R5EA 1ESWA 4F9DA 4BQ4A 3PZ9A 3AS0A 5FKYA 2PBGA 1QNOA 1EXPA 4J3UA 1MYRA 4JL1A 1WAWA 2E9MA 1ZBCA 5HDRA 4D6DA 3O9NA 3G6MA 1E6SM 3VU2A 3VD3A 1SYTA 1HVXA 3GXFA 4W87A 4DUVA 2D3NA 4MJ2A 1IZJA 1DTUA 2XFYA 5GNZA 2J74A 3ARUA 1JD7A 3RILA 4AIOA 1XD0A 4D1JA 4BQ3A 1QNRA 2D2OA 4C90A 2VVSA 3WH8A 2YL8A 3LPOA 2WXDM 3BXWA 4HZ7A 1MW1A 1LQ0A 3EBVA 5AY7A 4Y7EA 1MQQA 5DEZA 2MANA 2WANA 2YJQA 4E8DA 1DHKA 2XWDA 2XFRA 5EFFA 3L4ZA 4W89A 4F8XA 3IAQA 1KFWA 2X0HA 4UQBA 2XVGA 4PRWA 4Z2GA 3POHA 1LF1A 1JG9A 1CZ1A 1WZKA 4OJYA 1C8QA 4M82A 4PTMA 5D8ZA 5DT5A 1NH6A 3VGBA 1GOOA 3BCFA 5E0CA 2PWEA 1BYAA 1UKQA 3HN3A 4FMVA 2YA1A 2VX6A 3AIVA 4QP0A 1H09A 4M81A 3U5UA 1F4HA 2FGLA 2WVVA 1UD8A 2XHYA 4W8BA 4ACZB 4CD6A 1MFUA 3ZMRA 1HKMA 3WD2A 5M17A 4N42A 3NUKA 3BAWA 2XVLA 3F5JA 2CBIA 3A4WA 5GPRA 3VIFA 1PJ9A 2XTKA 3AZSA 1WDRA 1MW0A 3CZKA 3JUGA 3CPUA 3T0AA 1V3MA 2VRKA 3EMQA 4FK9A 3ARWA 4AIEA 3GH5A 5BXSA 1V3HA 3WH5A 1LL4A 3OZOA 4F79A 1WB0A 3MV11 5A6AA 4ZE5A 1CNVA 4JFSA 4P7NA 1HNYA 1W91A 3AXIA 1O6IA 4QLKA 3AROA 1E6PA 4WLCA 1D7FA 4JKMA 2XVNA 3VVGA 3L4YA 1DWAM 4AD4A 3J7HA 4P8UA 5EBAA 5TD4A 2G3NA 4PMNA 1FP8A 1GNXA 4AY1A 4TTGA 2HISA 3IK2A 3QR3A 2YOCA 2J7DA 2VTFA 4H41A 4UOJA 2GDVA 1LJYA 1VJSA 3PN8A 2C8NA 3K8KA 1E5NA 1LL6A 1E15A 5BXRA 1JXKA 4QDMA 1EH9A 1J11A 2VURA 4GI8A 1F4AA 4B3LA 2WHJA 1JI1A 3EDDA 4PYSA 1GONA 1GOWA 4AZIA 3IJ9A 2DPEA 4LQ1A 3MS8A 2BY2A 3EMCA 3AQUA 1E0VA 3RIKA 1Q6EA 4UFLA 3WNKA 3VIMA 1HJWA 4PMDA 2OLHA 4ACZA 3VM7A 1ZBKA 2WWDA 2VJXA 1J0IA 2XSBA 1E1FA 3GNOA 2CKSA 1KGUA 2ZX7A 1JZ7A 4H8UA 3EMZA 3EDEA 2XIIA 5A6MA 3WEMA 5IXEA 1RD6A 4A4AA 5E9AA 4KGJA 1UA7A 2PWGA 4MAVA 4PUEA 3VGHA 5GQBA 5BWFA 1C3FA 4AYSA 3BMWA 1O7AA 3VNYA 2E8ZA 4GXPA 1JDAA 3SUSA 4PCSA 3IANA 1DWIM 3DECA 3OZPA 3L2LA 2WMIB 2DIEA 2XUCA 3B9DA 4W5UA 4UFHA 2EO7A 4MAZA 1MW2A 2ZUNA 1GQLA 1I1WA 3WQ5A 3AIBA 1D3CA 1QI3A 2J8GA 1UH3A 1QI0A 1E1EA 4UNIA 4CU7A 3W38A 3VDBA 1Q6DA 3T2OA 3PZOA 3RJXA 1E6QM 1XGZA 3WQVA 3ZSSA 1OINA 4NSBA 3PZUA 3E1F1 1B30A 1CXLA 1W9XA 4JHZA 1P6WA 3WDIA 2FDMA 3VDAA 1QHPA 1B3YA 4GQRA 4MB1A 3RO8A 4AEEA 1J0KA 1ZJAA 2HVMA 1DP0A 4CVUA 4CN4A 4AXNA 3NJ3A 4KRUA 4UTFA 3N17A 4UFJA 3TA9A 1E4MM 1M03A 3BMVA 4D71A 3CZLA 4TVUA 5AYBA 2CBUA 4BCEA 3AMDA 2DH3A 1PX8A 4UQAA 3SCWA 3F5LA 1EO7A 6TAAA 1R86A 2WBGA 3WQWA 3OA5A 2CERA 5AC5A 1UD5A 1JYWA 1W3HA 1BG4A 2WMIA 1UD2A 1BYBA 1GVIA 4W7VA 2QF8A 3SUTA 3PZMA 3WL1A 2A3CA 3K8MA 3MSDA 1B3XA 1U33A 4M29A 1V03A 1VFMA 2V5CA 1BLIA 1FFRA 2VCCA 3AOFA 3DHPA 3FY1A 3ARPA 1R7AA 3SUUA 1E40A 1HIZA 4JKKA 3GBDA 4CU8A 4LYPA 3O2LA 2J25A 3SCUA 4HOXA 4L4OA 3T2QA 2VCAA 2DQXA 2W66A 2VMFA 3SCOA 3LPPA 2D1ZA 2DSUA 3DYPA 4HA1A 1CENA 4PMZA 3AIQA 4UQEA 1VIWA 1UWRA 1BHGA 2EXOA 2WC4A 1R85A 3VNZA 4ML4A 3FN9A 1AQMA 1JXJA 3MMDA 4HZ6A 3QHOA 1NARA 2OSYA 4P8VA 1UD3A 1TA3B 5BYWA 3SEPA 3L4VA 2V3FA 1CWYA 2WLZA 1KQZA 1W3LA 3U7BA 5KZ6A 2WSKA 1OT2A 2O9TA 4KGLA 2J7EA 3WF3A 1E55A 4X9YA 2FHFA 3PZGA 4E8CA 1JZ4A 2WVSA 2UY3A 2BVYA 3T0DA 1CDGA 1LL7A 3N9KA 2ZXDA 2CHNA 1K9DA 1V3JA 3AYSA 4V28A 1GZJA 3WF0A 1PIGA 4TXEA 1XYFA 4J3SA 1JAEA 1G1YA 2YDQA 4XB3A 1QVBA 3WH6A 4AZCB 5A1AA 2CNCA 3VD5A 1E9LA 3OGRA 3PBGA 2XJ7A 1WZAA 1CGVA 1Q6FA 3DYOA 3PZNA 2PB1A 5CLTA 5I77A 5AYIA 2WNWA 3N13A 4HA4A 5A8NA 5A8PA 5HPOA 3CBWA 4W84A 2Y8VA 2FGZA 2DSWA 1HJSA 1HP4A 2DGAA 2CKRA 4QCFA 4GPNA 1VENA 2VNCA 1CXKA 1TUXA 3SURA 2XGIA 3SUWA 2A3EA 2GK1B 3VD7A 1G01A 1J10A 2BV9A 5LA1A 1GOKA 3WQ8A 4KH2A 1TZ7A 2VUYA 4X0NA 2J7HA 2V3GA 2WZIA 1TA3A 2XVPA 1XRVA 1TMQA 1X6NA 2OWXA 2Y5EA 1PEZA 1UH4A 2WMJA 3DYMA 5A2AA 4IM4A 3QOKA 1VFOA 4JCMA 2J4GA 1G94A 1E6XM 3WH9A 1DWFM 2XM1A 3PZTA 3UETA 4LYRA 2F61A 1HJUA 3AZTA 2NW0A 3CUIA 2VX4A 2X1IA 5IHSA 1H1NA 3TTOA 1CEOA 5CGMA 1VEMA 1TVPA 4GQQA 1GUVA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3OTO T;  1IZJ A;  2QKF A;  2J74 A;  2HNH A;  1HGW A;  1JD7 A;  3TYD A;  3MUX A;  1FDY A;  4EXA A;  2PRH A;  2VD9 A;  3AXM A;  2NQ5 A;  2H8X A;  1JCM P;  5LBQ B;  1QNR A;  3W1N A;  4CQ9 A;  1G4E A;  2FPY A;  4ZQO A;  4Z1A A;  2YL8 A;  3LPO A;  4CQB A;  3H21 A;  4OBT A;  3D0C A;  4KP3 C;  1B3O A;  1DJG A;  3VZY A;  1A0C A;  2QPX A;  2W27 A;  1XLD A;  2ACX A;  1SW3 A;  3O6Y X;  2MAN A;  1MO0 A;  4Y8F A;  4XAZ A;  2QCD A;  2XFR A;  3ZJ2 A;  3ONL C;  3WYZ A;  3IAQ A;  1KFW A;  2B7N A;  4OE7 A;  2VKH A;  2GGG A;  3ZKR A;  2REQ B;  3N3T A;  3H2F A;  4NAF B;  4GNK B;  1RJQ A;  1X7F A;  2PE4 A;  3F7J A;  3EB2 A;  1GOO A;  2PWE A;  1UKQ A;  2YA1 A;  1Y65 A;  1AH0 A;  4F2U A;  2YZR A;  3AIV A;  4GA8 A;  1UJQ A;  2GVL A;  4XSM A;  4DAI A;  4M81 A;  3U5U A;  3VNL A;  4JTT A;  1UD8 A;  2XHY A;  3QR0 A;  1AOD A;  1I8J A;  1HKM A;  4KEZ A;  3H2E A;  3LI1 A;  4E7Z A;  3XIM A;  3NUK A;  3TQP A;  3BAW A;  4JIP A;  3P6L A;  2XVL A;  1TX2 A;  2CBI A;  3A4W A;  3O16 A;  2IW0 A;  1Y5X A;  4ISS A;  1PJ9 A;  1F8M A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1QPK A;  1FH9 A;  3VX0 A;  3L4X A;  4MNL A;  3WD0 A;  3AYR A;  3WEZ A;  5I23 A;  1XV8 A;  4HZ8 A;  2DT2 A;  3CHF A;  2JIW A;  4UQC A;  3WN6 A;  3U5Y A;  4BF7 A;  2D23 A;  3RM8 A;  4CN6 A;  1HT6 A;  4M56 A;  4WKA A;  1DWG M;  4LX4 A;  1NOU A;  1ITC A;  1V02 A;  1W1Y A;  2PWH A;  1FFQ A;  5I79 A;  1B3Z A;  5CXP A;  2A3A A;  3AIC A;  1J01 A;  2E0P A;  1TVN A;  3VGE A;  1OBA A;  4PN2 A;  3CUF A;  3G6L A;  4M24 A;  1CYG A;  1UKT A;  3UR7 A;  4DM2 A;  7A3H A;  2J7C A;  3NDY A;  3GM8 A;  1JZ6 A;  4W85 A;  1DWH M;  2UY5 A;  3OGS A;  5JBF A;  2YKK A;  5FL1 A;  2DT1 A;  4NI3 A;  3KWX A;  2F8Q A;  1JND A;  4ZXO A;  1BAG A;  4Z2L A;  1V0N A;  1HF6 A;  1GW1 A;  5BXP A;  4AIU A;  2V38 A;  5D9N A;  1JNE A;  4ZXL A;  2CIT A;  3F5K A;  4LGX A;  2A3H A;  4AWE A;  2G3M A;  5IFT A;  4CD4 A;  2EEX A;  2X8R A;  4JFV A;  1CGW A;  1CXH A;  4PMV A;  1U30 A;  4OIF A;  1ISZ A;  1JZ2 A;  5C71 A;  3GYC A;  1WDS A;  9CGT A;  3WD4 A;  3WBE A;  1UZ1 A;  5M3W A;  2CXG A;  4PCT A;  1HL9 A;  2VZS A;  3FAX A;  3PZI A;  4HU8 A; 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