2JIWA

Bacteroides thetaiotaomicron gh84 o-glcnacase in complex with 2- acetylamino-2-deoxy-1-epivalienamine
Total Genus 231
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
231
sequence length
590
structure length
590
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A 1-Acetamido Derivative of 6-Epi-Valienamine: An Inhibitor of a Diverse Group of Beta-N-Acetylglucosaminidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 231
structure length 590
sequence length 590
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2007-07-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2jiwA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2jiwA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2jiwA01
2WMIB 4XZWA 3AIRA 2C8NA 3ZR6A 4PTVA 3AMKA 4AZGA 2ZUNA 2WHKA 1R7OA 2BS9A 1V0KA 3OGSA 1UKSA 3SURA 2DDXA 1TVPA 1ESWA 2IXUA 1TUXA 1AMYA 2W5FA 1EDQA 3NSXA 2W66A 3A4WA 3VDAA 4MNLA 5FL1A 1NOWA 3MUY1 1H3GA 1FP9A 2EJ1A 3AOFA 1B2YA 3UG3A 5EBAA 1GOMA 2BVYA 2YOCA 3VX0A 3EMQA 1KQYA 1QNRA 2J7EA 3N1AA 3VGGA 2VCCA 3AQUA 3F5KA 3W6LA 1WB0A 1CXIA 1HF6A 1RPKA 4HZ7A 1BYCA 4UFKA 1KWKA 2X1IA 2ESCA 1DWGM 2WC4A 3ALGA 3NSNA 1V3HA 1H0GA 4JKMA 1E40A 4Z2GA 4UQDA 5DFAA 1TFVA 4YPJA 4RE4A 1NH6A 3WD2A 1NOFA 1QOXA 3WEOA 1OIFA 2QPUA 3AHZA 2YLAA 2Z1SA 3WH7A 1E5JA 2X09A 3WUGA 4JFTA 1W1YA 4KGJA 1B3YA 2WLZA 4AD3A 3CPUA 3T0BA 2XM2A 1E6NA 4E8DA 1H2JA 3VIIA 1XYFA 3VD4A 2XWDA 3PTKA 1AQHA 5LA2A 1V02A 1CBGA 4LYPA 2EQDA 2NT0A 1MQQA 4MTVA 6A3HA 2WM0A 3W38A 1LF1A 3U7VA 2F8QA 3KE0A 5A95A 2CHOA 5BXRA 2XJ7A 1D7FA 3PHAA 2X05A 4ZXOA 5GNXA 3ZIZA 2WCAA 4CD8A 4WLCA 1WDRA 4OBSA 1MW1A 1JYWA 4UTFA 4ACYA 4UR9A 1HJQA 5A8NA 1JI1A 4W5UA 5FL0A 4UQAA 4D6DA 3AS2A 3CZJA 3BLPX 1JFXA 3SUSA 1BG9A 4UOZA 2W62A 1S46A 3I3DA 3WKZA 3AIWA 1KXQA 3B9EA 1C93A 1PAMA 1EHAA 4X9YA 2J7BA 1RP8A 1VEPA 1VBRA 1MW0A 3AZSA 4H8VA 1UZ4A 3ZO9A 2FHCA 1US3A 4JZ5A 4EK7A 5I5RA 3EYPA 4LYQA 3GYCA 1LLOA 4JL1A 3EDFA 3AIQA 3B8SA 3GH7A 3ZJKA 2EO7A 1UA3A 4HMDA 1IZKA 2DSZA 2WVTA 1HJVA 2DSUA 1M7XA 2A3CA 3DYOA 3FAWA 5M03A 3RDKA 4CU6A 4GPNA 4UQCA 4PMRA 1VAHA 1PIGA 4CN4A 3MS8A 1FH7A 3ARPA 4P8XA 1GPFA 2ZX8A 4LX4A 3WBEA 3VM7A 3WQ6A 2AAAA 4NF7A 2E8ZA 3VGFA 2V3DA 2BFGA 2V5DA 2NT1A 4J28A 4PMOA 3QOMA 2C0HA 3RM8A 4M24A 2DSKA 3LPGA 4CVWA 1DWAM 1EA9C 4HP5A 2BVTA 4QLJA 3TP4A 4WK9A 5IHSA 3VGBA 5E09A 1NARA 4WSKA 1V3MA 3VM5A 3M46A 4D6GA 5KEZA 1ITCA 5FCZA 1NP0A 5EFFA 5A8OA 4KMQA 1OINA 3GXIA 1K9DA 2OSXA 3CHFA 1UR4A 3W0KA 1XSKA 3T2OA 2J7GA 1QNPA 3OZPA 1W9XA 4V28A 4AD5A 1XD1A 1KGXA 2OSYA 3WNMA 3TONA 1KQZA 2FH8A 4EKJA 4PMQA 2EXOA 3B9AA 3AXIA 3VIOA 3O2LA 6CGTA 2WHMA 2VCAA 1ODUA 3FAXA 4E8CA 2ZUTA 2VCBA 2VRKA 5BXTA 1E6QM 3MV01 1VEOA 5D8WA 9CGTA 2F2HA 1GCYA 1UH2A 4URIA 1E70M 5HOSA 1HKMA 1EOMA 1LL6A 3WNKA 2VTFA 4YN5A 4HA3A 3VTRA 3BAXA 1R8LA 1JIBA 5CPTA 1JZ6A 1W3HA 2XVNA 1CXLA 2GJRA 3AZRA 2WVSA 1ODZA 3MSGA 4GI8A 5CLTA 2Y5EA 3WNPA 3UESA 2GVYA 3WN6A 2J7FA 1LWHA 2DT0A 2VO5A 1PEZA 7A3HA 3K8MA 4JHZA 2JIWA 2XWEA 2CKSA 3PZMA 4HU0A 2FHFA 1UKPA 2FGZA 5A1AA 1UD5A 2C7FA 1MQRA 4AISA 3AMLA 2E9LA 4OIFA 1E0WA 3SUTA 1UG6A 1G9HA 1GOKA 2Z1KA 1CGXA 1G94A 5E0CA 2WCSA 3VPLA 2BVDA 4W7VA 1RP9A 3B9DA 2VMFA 2VZSA 5JUVA 4PSPA 3LPPA 3BAIA 2J25A 3WQWA 3WF2A 1XC6A 1KR0A 5EFDA 2JALA 1U33A 1NQ6A 3IJ9A 3SCWA 2BY2A 4ZXLA 1CZ1A 4XZBA 5E70A 2DH3A 2D0FA 4C7FA 1C90A 3WUBA 1UD2A 1KR1A 4CU7A 2WBGA 4FLSA 3GBEA 1LL7A 4ACZA 4LPCA 4U2ZA 4W84A 1H4PA 1HP4A 3WD1A 3OBAA 1FA2A 3IJ7A 3PTQA 2YJQA 3PZOA 1EOKA 3VDBA 3SCSA 1J0JA 1LG1A 1N82A 1EDGA 3ZQ9A 1JGIA 1UWSA 1UD6A 3BXWA 1HKKA 1UR8A 3WNOA 4NI3A 4U33A 3VNYA 2WYSA 1GW1A 3HU7A 1B3ZA 2VT0A 2HISA 1V6UA 2A3AA 4J3VA 1GQIA 1CXEA 1OD0A 4IPLA 4Z2LA 2YLLA 2XVLA 4PMDA 5EMYA 5I6SA 1UA7A 1W3LA 1ISZA 2VVSA 3VINA 4AXNA 1XGZA 5I0DA 4M56A 5A6BD 1GQLA 1BFNA 3VDHA 5C8BB 1HL9A 2OYMA 4DM2A 2EPMX 2G3JA 2J75A 1ISXA 3RILA 1J0ZA 3BGAA 3CUFA 3I3EA 1EO5A 2XUCA 1VRXA 3POHA 2QMJA 2YL9A 1QI2A 2X8RA 4JFSA 4RL3A 4AIUA 4ZFMA 4MAZA 2JIEA 1OM0A 1JZ8A 1GOWA 4TUFA 4KWUA 3M7SA 2ZX5A 2YL8A 3VX1A 4TOQA 1GOQA 2VZUA 5HPCA 3JUGA 2XGIA 2F61A 4KRUA 4XX6A 4D6IA 3VU2A 4GKLA 4JAWA 1NOUA 3SUVA 4H41A 3WH5A 3GNRA 2CERA 2PBGA 2E9MA 1U2YA 2WVVB 2BHYA 4QDMA 2DIEA 1TMQA 3TTOA 3WEMA 3RCNA 2EPNA 2WW5A 2E0PA 1H09A 3ZOAA 5I23A 3A4XA 3GNPA 1UKOA 4J3TA 4E4PA 4P7LA 1K9FA 2DEPA 2RGLA 3NIYA 3AMDA 3L4YA 3VD9A 1B3WA 1UR2A 5KZ6A 5JIPA 1GHSA 4AIEA 1CGUA 1UWUA 4Z2JA 1HP5A 1Q6FA 2EPKX 3FHQA 4P8VA 3EDDA 5C71A 2VOTA 1FHDA 3WQVA 2PWDA 4ZEPA 1KB3A 4PTWA 3II1A 1LL4A 5LA1A 2Y2WA 3WMCA 2YDQA 3WNLA 1HJWA 3DYMA 1DWHM 3A4AA 1W9DM 5TD4A 5I24A 1QI4A 1JI2A 1EGZA 1UR1A 3ZSSA 3WY1A 1XSIA 3KZSA 1E15A 2VZOA 5ABGA 2V3GA 5FD0A 1W91A 1XCXA 4S3KA 3VMOA 2WMJA 5IDIA 3APGA 3DECA 2O9RA 3PZGA 2D3NA 1WP6A 2WB5A 3SCUA 1ECEA 4LGXA 1GORA 1JDDA 1B30A 3BAYA 5E0FA 4U3AA 2CKRA 1UKQA 1E71M 5BYWA 2WWCA 4N0RA 2CYGA 2D23A 2GK1A 2G3NA 1O6IA 1ZL1A 2J78A 2WK2A 4LYRA 1B0IA 2OWCA 1VJSA 2DIJA 1UD4A 4GZIA 3EDJA 1QVBA 2UY5A 4J3XA 4HMEA 2X0YA 2XHYA 3W24A 1QBAA 1JDAA 1HN1A 4PSRA 1QW8A 1TR1A 3A47A 1QHOA 1WE5A 3RM9A 2J4GA 1ZBVA 3LPOA 1PBGA 4HZ6A 3K46A 1GJUA 2WXDM 3CUGA 3PZNA 1YHTA 2BXYA 1KCKA 2CESA 1KBBA 3K4DA 1JNEA 4AY1A 4JCLA 2J47A 1B9ZA 2JFEX 6TAAA 1QI5A 3N18A 1CGYA 1JDCA 1TA3A 3CZEA 4OZOA 4AZ5A 3F4VA 1DP0A 4QCFA 3WDRA 1CIUA 2WMHA 3QHNA 1EIBA 1CYGA 1SR0A 3VGHA 1WO2A 4PUEA 2D0GA 4F66A 2PWFA 1US2A 1E6RA 1CGTA 1UHVA 2XVKA 3TTYA 4FF5A 5EB8A 3W27A 2GFTA 2O9TA 1JXKA 1NWSA 2VX4A 2O92A 3NDZA 1OGSA 1Q6GA 3VIGA 3CLWA 1RD6A 1E55A 1BPLB 5AC5A 4GZEA 5D9OA 1R85A 1PZ2A 5JBEA 2ZUVA 2GDVA 3OIHA 1BF2A 1F4AA 2YL6A 1J18A 2YBUA 3W25A 1C92A 1FH9A 3N13A 2WSPA 3ZJ7A 3FNDA 2AMGA 1LWJA 1Q6DA 1VEMA 4W7UA 2A3BA 4AZ6A 1VJZA 4BQ4A 4PTXA 3EMZA 1OBAA 3THDA 1PX8A 1QNOA 3BMVA 2A3HA 1QI3A 4ZE5A 2OYLA 4GI6A 4DUXA 4CN1A 2XIBA 1KCLA 2B31A 4WKHA 4BS0A 2CIPA 1WNOA 2GJXB 4AWEA 1I1WA 5GQBA 3ARVA 4AZIA 4R27A 3AMCA 1ZS2A 3PBGA 1DHKA 1BYDA 5IXEA 1D3CA 1IZJA 1QPKA 5BWFA 4Z2KA 2EPOA 4AZCB 4BF7A 4MAVA 2J8FA 3RJXA 4DM1A 3IAQA 5JBDA 1W2PA 3WQ8A 2WWDA 3M07A 3UEQA 3ARRA 4CU8A 2EBNA 1XH0A 3WF1A 3WBAA 3L4VA 3WUFA 4DUWA 3VIFA 1PX4A 4J27A 2BV9A 5CJ5A 2VRQA 1W9VA 4W93A 1JAEA 3K8LA 3UCQA 3AIBA 1HL8A 5BCAA 4TTGA 3G6MA 1QW9A 2CBJA 1FOBA 2V38A 3W82A 4XB3A 3NJ3A 4KH2A 1MQPA 2TAAA 1W32A 4CD4A 2RGMA 5LA0A 1TVNA 4D71A 4PMNA 3UR8A 2VR4A 3SUWA 2FGLA 1J01A 3VKKA 3GBDA 4YHGA 4KGLA 3MANA 3CIVA 3I3BA 4OKDA 1HJUA 2J7HA 3OG2A 3WSUA 2BHZA 2WMGA 4IISA 4W87A 5E6ZA 1MYRA 2VRJA 1O7AA 1UH4A 3OB8A 1NM9A 4U31A 2PI6A 4EANA 2IUZA 1CNVA 4B16A 4D6CA 2JF7A 2VVNA 2OLHA 2G8ZA 1XSJA 4M81A 1MVYA 5DO8A 3EDKA 3ARYA 1QI0A 3U7BA 2WANA 1KGUA 3RM4A 3LPFA 2YIHA 2W61A 1L8NA 1CXKA 1QHPA 3PZTA 4R5EA 5D4YA 3SCQA 4U5KA 3KL5A 4CD6A 3VMPA 4UFJA 2WMFA 3KL3A 3BLKA 4W88A 3FY1A 5CG0A 1V0NA 4DWSD 2W91A 2UY4A 1OB0A 2PWHA 4L4PA 1KXTA 1JYNA 2G3IA 2GUYA 4AZHA 1LJYA 3EBVA 2E3ZA 1IV8A 4NRRA 4QLKA 3AIEA 3N11A 3G6LA 1V0MA 1F4HA 1PX3A 4JHOA 1ZBKA 4P8UA 1BQCA 3QOKA 3ZT7A 4PRWA 4P7QA 3CMJA 1VBUA 2W63A 1E9LA 1TG7A 2GJPA 1C7TA 3DYPA 4GINA 5A8PA 1H49A 3W6MA 3VD3A 1CGVA 3VMNA 2E9BA 4PTMA 4DWSA 5M17A 3VILA 3PZUA 1M04A 3CHDA 4A3HA 2EPLX 3N12A 4ATWA 4F79A 4BQ5A 5I79A 4MNMA 2ZXBA 4J3UA 1E4NA 3GM8A 1Q4NX 2ZXQA 1EHNA 4GQQA 3ARSA 4AD4A 2Y8VA 3ZSTA 1G1YA 3MMDA 2G3MA 2X2YA 2WMIA 1DTUA 2XVPA 4PMYA 4HA4A 4UCFA 1JZ7A 3CUHA 1EQCA 3BH4A 1OT2A 3L4ZA 3BSGA 2XTKA 4TXEA 3PN8A 3BC9A 4CCEA 1UQZA 1AQMA 5I77A 1WKYA 1JZ3A 1BHGA 1CEOA 3GXMA 4FK9A 4BCEA 4W5ZA 1G01A 3IK2A 3MMUA 3L4UA 3W81A 3WL0A 4TX8A 1D2KA 3KL0A 5I3DA 5D8ZA 3WDPP 4OOUA 4AYSA 1B3VA 3ZT6A 1C3FA 1E4LA 1CTNA 3NUKA 2CEQA 3L4TA 3IAPA 2BNJA 2ZXAA 1DWJM 3FW6A 5AYBA 5IFTA 3WMSA 4C7GA 3POCA 4PUDA 4BZYA 2Y4SA 3SCNA 2YDRA 4GI9A 4X0NA 2QPSA 3PZ9A 1K9EA 3BAJA 5JIWA 5BXPA 2D20A 4V2XA 1JXJA 2QMKA 1JF5A 1E43A 5CZKA 3ARZA 2J7CA 4QP0A 4TVUA 1E6ZA 4GQRA 4NRSA 2HVMA 1UD8A 3OZOA 4UQEA 4H8UA 4QAWA 3W37A 4BQ3A 4YHEA 1TE1A 1TZ7A 1U30A 5BRQA 3RJYA 1J10A 1B90A 4U2YA 1W3KA 1R87A 1W9BM 1MFUA 1V3JA 2ZUMA 4J3WA 1UWTA 1K9TA 3N17A 4F9JA 1UH3A 1UQYA 1XYZA 1UR0A 3EMCA 1JD7A 4DUVA 3CZKA 3MV11 3UG5A 4PYSA 4W89A 5C70A 3WELA 1UR9A 4AW7A 1M03A 4Z2HA 3ECQA 3ARWA 3VIKA 1E72M 3U57A 4ZENA 1E6PA 1ZU8A 1OCQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2WMI B;  4XZW A;  3AIR A;  2C8N A;  3ZR6 A;  4PTV A;  3AMK A;  4AZG A;  2ZUN A;  2WHK A;  1R7O A;  2BS9 A;  1V0K A;  3OGS A;  1UKS A;  3SUR A;  2DDX A;  1TVP A;  1ESW A;  2IXU A;  1TUX A;  1AMY A;  2W5F A;  1EDQ A;  3NSX A;  2W66 A;  3A4W A;  3VDA A;  4MNL A;  5FL1 A;  1NOW A;  3MUY 1;  1H3G A;  1FP9 A;  2EJ1 A;  3AOF A;  1B2Y A;  3UG3 A;  5EBA A;  1GOM A;  2BVY A;  2YOC A;  3VX0 A;  3EMQ A;  1KQY A;  1QNR A;  2J7E A;  3N1A A;  3VGG A;  2VCC A;  3AQU A;  3F5K A;  3W6L A;  1WB0 A;  1CXI A;  1HF6 A;  1RPK A;  4HZ7 A;  1BYC A;  4UFK A;  1KWK A;  2X1I A;  2ESC A;  1DWG M;  2WC4 A;  3ALG A;  3NSN A;  1V3H A;  1H0G A;  4JKM A;  1E40 A;  4Z2G A;  4UQD A;  5DFA A;  1TFV A;  4YPJ A;  4RE4 A;  1NH6 A;  3WD2 A;  1NOF A;  1QOX A;  3WEO A;  1OIF A;  2QPU A;  3AHZ A;  2YLA A;  2Z1S A;  3WH7 A;  1E5J A;  2X09 A;  3WUG A;  4JFT A;  1W1Y A;  4KGJ A;  1B3Y A;  2WLZ A;  4AD3 A;  3CPU A;  3T0B A;  2XM2 A;  1E6N A;  4E8D A;  1H2J A;  3VII A;  1XYF A;  3VD4 A;  2XWD A;  3PTK A;  1AQH A;  5LA2 A;  1V02 A;  1CBG A; 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