2V5CA

Family 84 glycoside hydrolase from clostridium perfringens, 2.1 angstrom structure
Total Genus 230
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
230
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Portrait of an Enzyme: A Complete Structural Analysis of a Multi-Modular Beta-N-Acetylglucosaminidase from Clostridium Perfringens
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
total genus 230
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2008-10-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2v5cA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2v5cA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2v5cA01
2XIBA 4K68A 3ZR5A 2BY1A 3SCSA 4D71A 4ZE5A 4PCSA 2B31A 2CBVA 1KBBA 3VMOA 2DSZA 4JIEA 2AMGA 4OJYA 4WF7A 1AQMA 1X1NA 4LPCA 3NJ3A 2BY2A 3GNOA 3WF1A 1AVAA 3G6MA 2VX5A 3W82A 3K8KA 2G4FA 3ARRA 1C3FA 1CENA 1U33A 1ZBCA 3WNPA 3VIMA 1OM0A 3FY1A 4KRTA 1V0NA 1W9UA 3ZMRA 3OLGA 3IJ7A 5I79A 4D6DA 4D1JA 4E2OA 3W25A 1PZ2A 3WD1A 2WVVB 3ZSTA 2WMIA 2CITA 5HBFA 4OOUA 1J0ZA 3VIKA 4CCCA 1WDPA 4XZBA 1V03A 4CU6A 1DP0A 2ZXBA 2J7EA 1E43A 2D2OA 2EXOA 3W37A 1JDDA 4W7VA 5JIWA 1UWQA 2CIPA 4HA4A 1BYCA 4GZEA 2A3AA 4FK9A 1V3LA 5A8NA 3AIEA 1KR1A 2DIEA 1E0XA 1XSIA 3WH7A 4UQBA 4TUFA 2WLYA 1EA9C 2BV9A 3AZSA 4JL1A 1KBKA 1PAMA 4CCEA 3LPPA 1W9XA 5IXEA 1WE5A 3N17A 1NWTA 2VVSA 2OWXA 3GXMA 2J75A 2J47A 4GO9A 3WF2A 4NRRA 5GNXA 2PC8A 4FMVA 1GOIA 1G01A 3VGBA 2WHLA 1WZLA 4J3SA 2VQTA 3I3DA 1LQ0A 3CHCA 1B3VA 4PTVA 1U2YA 4AD2A 2DT0A 2X0YA 3GXIA 2QV4A 4W7WA 4F66A 3EBVA 3PZTA 3NDZA 2DPEA 2X05A 3VX0A 3AYSA 4TX8A 4CKQA 3IJ9A 4KRUA 3RILA 4LYRA 1CTNA 4B9YA 5BCAA 3RJXA 2O9TA 4V27A 4Z2KA 3NIYA 1SMAA 1UQYA 4M82A 5F7UA 4PMDA 3AYRA 3OB8A 4GO8A 1ISZA 5CQ1A 5ABHA 1QBBA 5M5DA 2YL8A 1PEZA 3EMZA 5ABGA 1KXTA 1Q6DA 1W3JA 3AHVA 1LLOA 3NUKA 1IZJA 3HJEA 4IISA 1HJXA 4HU8A 2G3MA 3HN3A 1R7AA 3AZTA 4P8XA 3GNRA 1BVNP 4KGJA 3EDFA 1GJWA 3BGAA 2JIWA 3IJ8A 1NWSA 1JDCA 1V0KA 2VJXA 2YA1A 4GIAA 2UY3A 3AS0A 4DM1A 4PUEA 3VIHA 1V0MA 4F79A 4RE4A 3BAJA 1LJYA 2YBTA 1UUQA 2YIHA 3FN9A 3VGEA 3K1DA 3ZM8A 3ARTA 4CD8A 1G5AA 1UKPA 2DSKA 2YA2A 5LA1A 3O2LA 3WH9A 1ZBVA 4E8DA 2E4TA 4H7VA 2J62A 3N18A 1US2A 1XCWA 1RH9A 1K6AA 4AZ7A 1OT1A 3CUHA 2J7BA 4U2YA 4AMCA 1YQ2A 4ML4A 1QHPA 1VF8A 1G1YA 1PJ9A 4D72A 4AZBA 4UFJA 4LGXA 3AHYA 3VMNA 4UQAA 1OD8A 1VFFA 3SCVA 4HTYA 4P7NA 1IZKA 3OG2A 1QNSA 3CIVA 1UR8A 3W26A 4DWSC 1UHVA 3VNZA 1TZ7A 3WH5A 1JXKA 3CLWA 2BXZA 4U2ZA 2CXGA 3B9EA 3RM9A 5E09A 3ARQA 1D7FA 2XUCA 2WSPA 1BG4A 1NARA 1M53A 3BAXA 4TVUA 1CGWA 4ZE4A 4B3LA 3W27A 4MDPA 4PMZA 5ABFB 1EXPA 2AAAA 3RJYA 3NSNA 4A3YA 3MUY1 3AMGA 2PWHA 1J12A 1QI4A 3SUTA 1EIBA 3ZOAA 3ZO9A 3TTOA 2W91A 1ESWA 4ATLA 1JAKA 4AD0A 2FHBA 3L4UA 1CPUA 1MW1A 2XGIA 4URIA 4DUXA 1QBAA 4UFLA 4PMXA 1GPFA 2J7FA 3WNNA 4AEFA 1R87A 3OGVA 4E4PA 4N42A 3I3EA 3GH5A 3CHFA 4WSKA 1YHTA 1QW9A 1H09A 1E4IA 1BYBA 1QI3A 1MFVA 1V3JA 4OUEA 5HPOA 3ARZA 2DH2A 3APGA 3MO4A 4BQ5A 3ZT5A 1RP8A 2QF8A 2BY3A 4V2XA 2CYGA 4KGLA 1JF6A 1GHSA 1KCKA 4JFTA 3SCRA 2F8QA 4EK7A 4PTWA 2GSJA 4WKAA 5CXPA 4B9ZA 1JDAA 1D3CA 1DWFM 1NH6A 2ZUWA 3SCUA 4F9DA 1EOKA 1E1FA 1UKOA 1WDRA 1J10A 1K9DA 1XD0A 3WY1A 4MNLA 2BY0A 5C71A 1FH9A 5A3HA 2XFFA 4PYSA 5HXMA 1FFRA 2CEQA 5M3WA 3WENA 3WD4A 2V3EA 2X09A 5HNNA 4PN2A 3HU7A 4HMDA 2D0FA 3WD0A 1KGXA 3OGSA 1DTUA 1W9PA 2YDRA 4U3AA 2NT0A 4W8LA 2DQXA 1XGZA 4CVUA 2XFYA 1O7AA 2XHYA 1SYTA 3F4VA 4WKFA 3VDHA 3RM8A 1OT2A 3WEOA 3U7BA 1I75A 1P6WA 4XUYA 1V08A 2XSBA 4P8WA 5A6BD 1HXJA 3AS2A 4ZXLA 5CPQA 5CG0A 3AS1A 4R5EA 1GOQA 3T2QA 3GXFA 5BXTA 3OLIA 3THCA 4CGTA 4HP5A 3WNOA 3WQ4A 2QLYA 4E8CA 1E71M 5IFTA 1JZ6A 1H4PA 4PSRA 5EFFA 1GQIA 2PBGA 4TTGA 1XYFA 3UCQA 4DUWA 2OWWA 4AWEA 1HKJA 3L4YA 2J25A 4UOJA 4UQDA 2X2YA 2D23A 1VEMA 2JALA 4GPNA 4PMVA 4AZ6A 3B9AA 3A3HA 6CGTA 3UEQA 5BXRA 3RMEA 1GQJA 2ZX9A 1ISYA 3RO8A 1KXVA 4AC1X 1ITXA 1OGGA 1WKYA 3CO4A 3WQ6A 5A6MA 9CGTA 3L4ZA 3EMCA 1JGIA 3SCTA 2C7FA 3SUWA 2O9OA 4ATDA 4HZ7A 1HVQA 1J11A 4IUGA 3TONA 1DWGM 3WFLA 2ZOXA 1JZ2A 2GJXB 2CCRA 3CUIA 4PTMA 2VVNA 1C7SA 2Q8XA 1QNRA 2GJRA 4L4OA 4U33A 3QOKA 1UYQA 3W4RA 1QI5A 4GKLA 2CBIA 5FIPA 3CTTA 4RL3A 3OA5A 2V3FA 2ZUNA 2VT0A 2JEQA 2VTFA 2ZXQA 3CMGA 4MNJA 4H2CA 3GM8A 3ZQ9A 4W8AA 1NWRA 3AICA 3BCFA 1E6XM 2VRJA 2VCAA 1H49A 3WDPP 1LG2A 1WPCA 3WFZA 4M24A 1GW1A 4QP0A 4EE9A 4UOQA 4CD5A 3F5JA 3FAWA 3A6OA 3WL0A 3ZJ6A 5I6SA 1B9ZA 1K9FA 2W62A 3CUJA 4CN6A 4BA0A 1GZJA 4D1IA 1WB0A 2EPKX 4JHOA 3N9KA 2PBOA 2W5FA 4P7LA 4HZ8A 4MDOA 3M46A 3MMDA 3WL1A 5I23A 4PUDA 1MYRA 2D0GA 3VUPA 2DIJA 1C93A 2BVTA 1UWTA 2XIIA 1ZBKA 2W61A 4J7RA 1BVZA 2D0HA 4DM2A 1E9LA 1QW8A 3KL3A 2Y8VA 1M7XA 1HIZA 2Y4SA 5LYRA 2WWCA 4JKKA 2J78A 1UKSA 7TAAA 1DWHM 1E6SM 2FH8A 4AY1A 3AROA 2WZIA 3D5HA 4L4PA 3VD3A 1D2KA 1GONA 1EDQA 2OSYA 3VPLA 3WN6A 3K8MA 4KWUA 3PZOA 5A95A 3PTKA 3MSDA 4NZCA 5BRQA 1BPLB 2VCCA 3DYMA 4JKMA 1KR0A 3LPOA 4QLJA 3WDRA 1TG7A 1WZMA 2YL9A 3W6MA 1E6NA 3AQUA 5E0CA 1CXFA 4AZCB 1CECA 4MAZA 1UWRA 3VIPA 5IHRA 1I1WA 4AEEA 2WMFA 4WKHA 3PBGA 1A3HA 1NOUA 3TP4A 3ARVA 1HN1A 3E1F1 1H2JA 1PZ3A 2E9BA 5E0FA 2D24A 2BVDA 4QFUA 1B3WA 4MJ4A 1BFNA 5A94A 3WBEA 4J3WA 3M6DA 5GNZA 1TR1A 3ALFA 5TD4A 2WHJA 2UY5A 4HZ6A 5M17A 3WH8A 2IXVA 3CZEA 3FAXA 3AMKA 3AIBA 4JZ5A 2D3LA 2EEXA 1W1PA 3OGRA 2FGZA 3VGDA 2V5DA 5FCZA 2JFEX 4BCEA 3VTRA 1BSIA 3ZSSA 2XGBA 4JFWA 2YL5A 4OBRA 2XVGA 1E3ZA 2ZXDA 3T0AA 4C90A 3ALGA 1CZ1A 2WK2A 3EDDA 1KXHA 1E4NA 3ARXA 1S46A 1C8QA 1GOWA 1MW2A 4MTVA 1LL4A 4NI3A 3DECA 3L4WA 1QI0A 1JD7A 3FW6A 1ISVA 4X0VA 3O9NA 1QHOA 1JZ4A 4NRSA 3SCNA 4C7FA 4OBSA 1JYWA 3PZVA 2XSAA 3MANA 1V3HA 3OZOA 2YDSA 2ZX8A 3MUAA 3BLPX 2GJXA 3BMVA 1B31A 3N15A 3MSGA 1JZ8A 4U31A 4FLRA 3GYCA 1SR0A 1VIWA 4FLSA 4QCEA 2XVKA 1K9TA 5KZ6A 1QNPA 4MB3A 4WJXA 3WQWA 1UR1A 4ACZA 5DT7A 4UFHA 4NSBA 3SCQA 4ZFMA 1M01A 4W87A 1FHLA 3BH4A 1X6LA 3VX1A 2G8ZA 3QOMA 3WQ5A 3T08A 1E6PA 1PIFA 8A3HA 4MB4A 2W4XA 1QNOA 1X6NA 3T0BA 5CPSA 1UD2A 5CPTA 3WQVA 2G41A 3FHAA 1XC6A 3VOCA 4GZIA 1HP4A 4AISA 4PMYA 3U5YA 4UNIA 5I3DA 3A4XA 4H04A 1GOMA 2ESCA 4QCFA 5FL1A 4DUVA 2J8GA 2JIEA 4YHEA 2VI0A 2G3NA 2WCSA 4ZENA 1HVXA 2VX6A 4C7GA 1FP8A 1OSEA 3GH7A 4HOXA 3KEHA 2CNCA 2GDVA 3BXWA 4W86A 3SCPA 2VMFA 2PWGA 4Z2HA 1B0IA 1XD1A 1HJVA 2GUYA 2VL4A 2JF7A 3ZT6A 3N12A 4C91A 1E40A 1LL7A 4Z2GA 4A3HA 5I0DA 2ZUMA 5LA2A 2E8YA 5A1AA 2W66A 4H8VA 3MV11 1V6WA 1B3XA 4C7DA 2C0HA 2CERA 5JBEA 1JYNA 1GJUA 1BAGA 5A6JA 4D6JA 4H8HA 1CWYA 2WLZA 3PTMA 2QMKA 3MUZ1 3UETA 5A6BA 4H8UA 1FOBA 1ZBWA 1CXIA 1TVPA 1UH4A 3U5UA 4PBGA 1B3YA 2EJ1A 1JI1A 3GDBA 1WZAA 5D4YA 2F2HA 3ARWA 5A2BA 3VD7A 3QHMA 5CJ5A 3UR8A 4Z2LA 1AQHA 1UR9A 3VGFA 2ZX7A 2V38A 4UQCA 4QAWA 4IPNB 5I5RA 4AZCA 4CN4A 2W67A 4TXEA 4X0NA 3SCWA 3POCA 4XB3A 3BAYA 3N1AA 4TX6A 1JYXA 1TFVA 3LPGA 3K4DA 1GVIA 3EMQA 2ZWYA 4W93A 2ZXAA 2WBKA 1Q6GA 1UA7A 4CD6A 1ZU8A 3UR7A 4BQ4A 2WCGA 1E3XA 3FXYA 1ECEA 1M04A 2UWFA 3IK2A 3BMWA 3OIHA 1PX8A 1XH1A 2IXUA 1HJQA 2YA0A 1B2YA 1R7OA 2XTKA 4B15A 1QI2A 1C8YA 2EBNA 1ODUA 1FP9A 4OZOA 5CSUA 5A2AA 1VEOA 3L2MA 1R8LA 5CLWA 1GOKA 2VNCA 2YKKA 1BLIA 1H3GA 4FLQA 4J3TA 3WUFA 3WD2A 3WNMA 1NM9A 4TVDA 2WANA 2WM0A 1MQQA 3WD3A 4J3XA 1ISWA 2CBJA 1VBRA 3NSMA 4UZUA 3ZT7A 3IAQA 3AXHA 2OYKA 3VGHA 3VD4A 5D9PA 1W32A 1CIUA 2J7GA 1KFWA 1PPIA 3CUFA 1CLVA 2F61A 4NF7A 3T2PA 4Z2IA 2XM1A 3FNDA 4CD4A 3VU2A 1WP6A 4PEEA 1LL6A 4JL2A 1HJWA 3KE0A 1VFMA 3PHAA 1BYAA 3CHEA 3RPMA 1BG9A 1O6IA 2Y8KA 1JIBA 3DHUA 1HL9A 4TTUA 3ZJ8A 3NYDA 3MMUA 3W28A 3BAKA 4UR9A 1W2PA 2CETA 3AIVA 3KWXA 4W5UA 2Z1SA 3ARSA 2WNWA 3QHNA 3AXXA 2ZUSA 4QDMA 4JKLA 4KH2A 1R85A 3MS8A 4B16A 4MPKA 3AIWA 3N11A 1EQPA 1HP5A 1CXLA 2VO5A 1WDQA 1B30A 1TVNA 1AMYA 1E1EA 2GVYA 4U5KA 3M07A 1V02A 2UY2A 1XRVA 3WMSA 4AD4A 2YLAA 3M7SA 5DF0A 1MQPA 2OYLA 2VX7A 1KB3A 2E9LA 2XJ7A 2G3IA 3BLKA 1H0GA 1B90A 2NW0A 2VURA 4GI6A 1B1YA 2PWDA 1SMDA 3CZGA 2WZHA 3KZSA 4LQ1A 2CESA 4PSPA 1CBGA 4PRWA 3ECQA 2BHUA 3W6LA 3ZIZA 1XSKA 1WAWA 4AD3A 3NCOA 5EFDA 1MXDA 1PX4A 1L0PA 4HA1A 3SIMA 2VRQA 1CGXA 5D9OA 4HOWA 2OYMA 3ZJ7A 2VOTA 4MJ2A 1WNOA 4ACYA 3ARPA 4JFSA 1E15A 4HMEA 3T0DA 5AY7A 1V6UA 1NOFA 3CHDA 1M03A 3N04A 1ZJBA 1UWIA 2A3CA 1JD9A 2YBUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2XIB A;  4K68 A;  3ZR5 A;  2BY1 A;  3SCS A;  4D71 A;  4ZE5 A;  4PCS A;  2B31 A;  2CBV A;  1KBB A;  3VMO A;  2DSZ A;  4JIE A;  2AMG A;  4OJY A;  4WF7 A;  1AQM A;  1X1N A;  4LPC A;  3NJ3 A;  2BY2 A;  3GNO A;  3WF1 A;  1AVA A;  3G6M A;  2VX5 A;  3W82 A;  3K8K A;  2G4F A;  3ARR A;  1C3F A;  1CEN A;  1U33 A;  1ZBC A;  3WNP A;  3VIM A;  1OM0 A;  3FY1 A;  4KRT A;  1V0N A;  1W9U A;  3ZMR A;  3OLG A;  3IJ7 A;  5I79 A;  4D6D A;  4D1J A;  4E2O A;  3W25 A;  1PZ2 A;  3WD1 A;  2WVV B;  3ZST A;  2WMI A;  2CIT A;  5HBF A;  4OOU A;  1J0Z A;  3VIK A;  4CCC A;  1WDP A;  4XZB A;  1V03 A;  4CU6 A;  1DP0 A;  2ZXB A;  2J7E A;  1E43 A;  2D2O A;  2EXO A;  3W37 A;  1JDD A;  4W7V A;  5JIW A;  1UWQ A;  2CIP A;  4HA4 A;  1BYC A;  4GZE A;  2A3A A;  4FK9 A;  1V3L A;  5A8N A;  3AIE A;  1KR1 A;  2DIE A;  1E0X A;  1XSI A;  3WH7 A;  4UQB A;  4TUF A;  2WLY A;  1EA9 C;  2BV9 A;  3AZS A;  4JL1 A;  1KBK A;  1PAM A;  4CCE A;  3LPP A;  1W9X A;  5IXE A;  1WE5 A;  3N17 A;  1NWT A;  2VVS A;  2OWX A;  3GXM A;  2J75 A;  2J47 A;  4GO9 A; 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