2VURA

Chemical dissection of the link between streptozotocin, o-glcnac and pancreatic cell death
Total Genus 232
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
232
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Chemical Dissection of the Link between Streptozotocin, O-Glcnac, and Pancreatic Cell Death.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
total genus 232
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2008-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2vurA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2vurA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2vurA01
2DSVA 4H8VA 3GXIA 2Y4SA 4U2ZA 3WQ5A 1E4LA 3O2LA 2XVLA 4HA4A 1J0JA 3N1AA 3CUGA 3RDKA 4UZSA 1OWQA 3BCDA 3FNDA 1E3XA 3WNNA 4CVUA 4XZWA 1UR9A 4J3XA 4DM1A 4WJXA 4GI6A 4CU7A 2V5DA 1V3HA 5AYBA 2EJ1A 4MDOA 1UKOA 1XYFA 2BFGA 3CO4A 4UFJA 2ZXDA 3ZMRA 4AD3A 3VD7A 1JXKA 3WMCA 3RJXA 2FH6A 4U2YA 3K1DA 2X1IA 3AOFA 1WE5A 3POHA 5DF0A 2JF6A 3SUWA 3GXFA 1M01A 1JYWA 3O6AA 1JNDA 3ARVA 4B16A 1ISVA 4RE2A 1ECEA 1BYCA 2Y2WA 3FAXA 8A3HA 1VFUA 4M1RA 5JUVA 3K4DA 1KR0A 3VIJA 1IZJA 2ZUVA 2NT0A 2O92A 1H11A 2GUYA 1GOIA 2WZEA 4CD5A 1PZ3A 3TA9A 2E9LA 2VQTA 5CQ1A 4BZYA 3AXIA 4KWUA 5EFFA 2OWXA 4OIFA 4HZ7A 2V38A 1E1EA 2CHOA 1TFVA 2WVSA 4JAWA 1KBBA 3MV01 3THDA 2W66A 1Q6EA 4PCTA 3DC0A 1QHOA 1MQQA 4PSRA 5BXSA 1HJQA 2VZVA 3T2OA 1V3LA 1KGXA 4QAWA 3EMZA 3NJ3A 4ACYA 1LL4A 3L4VA 3AZSA 1GVYA 2CBVA 3TTYA 4HOXA 1F4AA 3WNMA 1CECA 4JFWA 4XUYA 4J3VA 4NI3A 3WBAA 1DWAM 2C0HA 3MUY1 1CWYA 2JIEA 2XVGA 1K9DA 3WQVA 1PEZA 2GJRA 4R5EA 5E70A 3APGA 2NW0A 1XH1A 1GCYA 2X0YA 2ZIDA 4J7RA 3WF3A 4ZE5A 4PMUA 2WLYA 2WVVB 4Z2JA 2DT0A 1CYGA 3RJYA 5C70A 1E6QM 2DSWA 1A47A 1KBKA 3PZMA 2XM1A 1XYZA 1ZJBA 2E8ZA 1PIGA 2V5CA 1WZAA 1UKTA 1AVAA 1FHDA 2J7EA 2VZTA 3CZJA 1V3IA 1QBAA 4PN2A 1LL6A 1M53A 4W7VA 4NRRA 1EDTA 1OSEA 3KWXA 2A3CA 5GNXA 2G3MA 5ABGA 1VRXA 2C8NA 4YPJA 3CHCA 3CBWA 1V3KA 1PX8A 4A3HA 3PZGA 4DM2A 5I77A 1GQLA 1BVZA 1V0KA 4EE9A 3ZR6A 1VFOA 3UR7A 1UA3A 1V3JA 3D5HA 3MSDA 1UQZA 5A8MA 2D24A 3SCVA 1CLXA 3LPPA 3WL1A 4ATWA 3VUPA 4B3KA 1FFQA 1PAMA 2YL9A 4C7DA 2VX7A 5A6KA 1VF8A 5A6JA 1K9EA 4MPKA 2QPSA 1LJYA 1D7FA 3UCQA 4XB3A 1H2JA 3AIEA 4TVCA 4H04A 4V27A 1QHPA 1JYVA 2XVKA 1HNYA 3EDDA 3BAWA 4S3KA 2VZUA 5D9OA 4AD1A 3WENA 2WC3A 1KFWA 4JKKA 1CXHA 3UEQA 1I1XA 3S6TA 1BYBA 5HBFA 2WCSA 2BNJA 1V02A 3IK2A 2WCAA 1GJWA 4TUFA 2X0HA 2GFTA 4WKFA 4ZE4A 3QHMA 4D6GA 1NOFA 2VI0A 2VT0A 1E0XA 4AWEA 2W4XA 4EANA 3QR3A 3FAWA 6CGTA 4FLRA 1XD0A 2ZUUA 4FMVA 4HOWA 4TVDA 3VPLA 3W53A 1J0KA 1QI3A 2BY3A 5A6SA 1NOUA 4UFMA 3WDJA 5I2UA 5A1AA 4GI8A 2OSXA 4JHOA 1HL8A 4KH2A 4D6EA 3HJEA 3WNPA 1BPLB 1H1NA 5LA0A 3CHDA 4Z2KA 1EH9A 2B31A 4P8XA 5ABHA 5A8PA 3CHFA 5I3DA 3TP4A 3VKKA 2VQUA 4BS0A 4B15A 2QMJA 1ZBVA 1QI4A 3A6OA 3MSGA 3VIKA 4P7QA 1W2VA 3OB8A 1PX3A 1CENA 1CXEA 3SUTA 3MMDA 4UQAA 3FHAA 2VO5A 4HA1A 1G5AA 2YL5A 3AS0A 3EDEA 4WIWA 3A4WA 4CGTA 2VZOA 1D3CA 1BYDA 1M03A 4BA0A 3RILA 1EIBA 2CNCA 1G01A 4U33A 2UY4A 1KXQA 1J18A 5CJ5A 2PF0A 4UQCA 3KL0A 3UG4A 5D8WA 3WDHA 2CPUA 3N9KA 4F9DA 3OG2A 4MDPA 3VIGA 4CD8A 2CYGA 1DWGM 1BGAA 1PBGA 1ISXA 2VRQA 3AIUA 4PTWA 1GQIA 4AZHA 5A95A 5CSUA 1FHLA 1ZS2A 2PBOA 2Y5EA 4B3LA 1ITXA 4HZ6A 4TTGA 1VEPA 3F5KA 4UQDA 2JIWA 2ZWZA 4GQQA 4PMYA 3AMGA 3M46A 1LQ0A 3BMWA 4TX8A 1C91A 1MW1A 2BVYA 5CZKA 1CGUA 1JD7A 3VM5A 1Z32X 3OZPA 2WBKA 3WMBA 3NCOA 3WQ8A 1NP2A 1CZ1A 2WVTA 3ARWA 1CXLA 1V02E 5BWFA 1B0IA 1YQ2A 3OBAA 2F8QA 2J25A 4K68A 7CGTA 1EOKA 4NZCA 2E9MA 3UG5A 3IJ7A 1B1YA 3PZTA 4QFUA 1VBRA 2YBUA 3OLDA 1OIMA 4J28A 3VIIA 1MFUA 3AS3A 1PX4A 2J4GA 1NARA 2VR4A 3D3AA 1E70M 1LWJA 2WMJA 1O6IA 4HPGA 4D6IA 1HJVA 4CU8A 3MMUA 2UY5A 2J79A 4D71A 4ATDA 1UH2A 2ZX5A 1EXPA 1XSIA 5A6BD 1HJSA 4F8XA 4J3TA 4URIA 3DYPA 4E4PA 1EDGA 2WKLA 3VMNA 5A3HA 1HN1A 2O9OA 2F2HA 1W9DM 3W26A 3MKKA 5D9PA 4AD4A 4HA3A 3BLKA 1B31A 3MANA 2ESCA 3GBDA 5EB8A 3UR8A 3EYPA 4CCDA 3BAYA 1BGGA 1RH9A 3J7HA 3PZVA 4JFTA 3CUHA 4LQ1A 4AW7A 5DT5A 2Y8KA 2YA1A 3SUSA 4EK7A 1FP9A 4ZXOA 1AQMA 1CDGA 3PZOA 2EPMX 1JDCA 4PMXA 3VGEA 3QGVA 1TVNA 1V0NA 2DDXA 1P6WA 2CITA 5LA2A 5GQBA 5I6SA 3RM4A 4IPLA 1XH0A 3NDYA 4MAZA 3GNRA 1CBGA 5FD0A 1RP8A 3OLEA 3QHOA 2XPKA 1DEDA 3VNYA 3SCTA 8CGTA 3ZR5A 2YLAA 3ZSSA 4JKMA 4AIUA 1E43A 1LWHA 3L4XA 5FL0A 1KB3A 1GOKA 3PN8A 2J7DA 2ZXAA 1GOMA 2BVDA 1XSKA 4ML4A 1PJ9A 2QPUA 2J7CA 1KGUA 2Q8XA 2ZE0A 5HDRA 4MNLA 3CMJA 1OCQA 1JYNA 1GOOA 1RD6A 2ZUWA 3ZJ6A 5IHRA 4XV0A 1HKIA 4P8UA 4PEEA 3OIHA 1E40A 2BXZA 1GONA 3MS8A 1FH7A 3VDHA 3ZJ7A 1UD2A 3PZQA 1GUVA 3N18A 2D22A 4AXNA 4W8BA 4ZEPA 3GXMA 1OINA 1VBUA 3W4RA 1WPCA 1V6WA 5I78A 3ZT6A 5GNYA 4AY1A 3T08A 2DSKA 1UHVA 2WCGA 1OGBA 3MMWA 3GH5A 3GZAA 3IAPA 4HTYA 2ZICA 2NSXA 1C7SA 1FA2A 3AIBA 3WKZA 4QCEA 2ZXQA 4P7RA 4CD7A 3SCUA 1JZ6A 1VFFA 4PMRA 3UG3A 2Y24A 2W61A 1CGYA 2MANA 3WDPP 1UG6A 4ZFMA 3ZO9A 2VVNA 1OD8A 4HMEA 4P8WA 2WSPA 3CUIA 2A3HA 3SUVA 1GNXA 1LF1A 1X1NA 3AXXA 4CN1A 2YA0A 3WUFA 4WSKA 4TOQA 4UQBA 3L2MA 2O9RA 4JL2A 3U5YA 1ZBKA 3ZQ9A 2OSYA 3AMDA 4E2OA 1ZU8A 3F4VA 4AISA 4PCSA 1QNOA 3N11A 3W29A 3GYCA 2G4FA 1KQYA 1C7TA 2J7FA 4QLLA 4WKAA 3PZUA 1ZBWA 3VIFA 1UWQA 2QV4A 1MWOA 1JZ7A 2ZOXA 3TTSA 1NWTA 3BXWA 2WK2A 1DTUA 2J78A 1H41A 1HVQA 1JZ4A 3NUKA 3WDIA 3GNPA 1TG7A 1UKSA 1KXVA 3VD9A 1KQZA 1M04A 1DWIM 2XG9A 4D6DA 1LG2A 1W3HA 2DIEA 1FP8A 1VIWA 2UWFA 1V0MA 4ATLA 3AIQA 3B8SA 1CIUA 3N15A 2XGIA 3WDRA 4KRUA 4UOZA 4JFSA 5ECUA 2XVNA 4ZXLA 1BLIA 2EEXA 4AEEA 4WF7A 3AYRA 3WDQA 5EMYA 4OUEA 3W82A 4AZ6A 2G3NA 1HT6A 5DT7A 3VD4A 3BCFA 1W9BM 2VX5A 1W1YA 1WP6A 1E71M 1JDDA 1VJZA 3ZM8A 3AHXA 2E40A 3WD3A 4X9YA 2VR5A 1BQCA 1HVXA 1L0PA 4CN4A 1UUQA 1OM0A 2WMGA 3FW6A 4OBRA 3ARTA 2VNCA 1LG1A 3WY1A 5CGMA 4Z2LA 2J7GA 1M7XA 3ARZA 2VVSA 2QF8A 2WVVA 3FN9A 1UKPA 3WEMA 5KEZA 1D2KA 5D8ZA 4MADA 3AMLA 1SR0A 3II1A 4MB3A 4DUXA 3RM8A 3RM9A 1ISZA 3PZ9A 1S46A 1E6XM 1TR1A 1H49A 1EHNA 1ZB5A 2WAGA 2A3BA 1ISWA 3L4WA 2DGAA 4W93A 3LPOA 2F61A 3AMCA 2Y8VA 1JZ2A 2WPGA 3GH4A 4UZUA 1JFHA 1V03A 1K9FA 1US2A 3U57A 2GSJA 3N04A 3VIHA 1C8QA 2XFRA 5FKYA 3L4TA 3T0DA 1BG9A 5CPTA 2PWHA 1J12A 2YJQA 1BVNP 3SIMA 1YHTA 4GZIA 2WBGA 5A6MA 5CLTA 4NF7A 2XJ7A 1U30A 4HU8A 3HMCA 3OGRA 1VENA 4MB5A 3W27A 3EDKA 4MB4A 1KXTA 2D1ZA 1H4PA 5BRQA 3VGDA 1E0WA 1WZLA 3GTNA 2VTFA 2OWCA 3IANA 4KRTA 5LA1A 1AQHA 1HKJA 1G9HA 5HPCA 3AYSA 2JE8A 4J27A 3LPFA 4CCCA 3PHAA 3E1F1 1GHSA 3MUIA 3WF2A 1UYQA 2VOTA 1E6RA 1CGVA 4B9YA 2C7FA 2O9PA 4W86A 5TD4A 2DH3A 1PPIA 5BXRA 1TUXA 3HN3A 1UR8A 3VD5A 4PRWA 4UCFA 2WZHA 1OBAA 1UD4A 1V08A 1NP0A 1UD5A 2VRJA 2GDUA 3MUAA 4W7WA 4C7FA 1J9YA 4JHZA 3AJ7A 5A6BA 1Q6CA 2FHBA 3UESA 2D3NA 2YDSA 1H0GA 4H8UA 4U3AA 5ABFB 5A2BA 2YL8A 4P7NA 1X6LA 3U7VA 5A8QA 1SYTA 3UERA 1WDQA 2WM0A 3FHQA 2CIPA 5FL1A 3WQ4A 3VMPA 3T09A 3LMYA 1J0HA 2PBGA 1J11A 2OLHA 1QNSA 2ZXBA 1KWGA 1W9VA 2G41A 3WUEA 2D3LA 1WO2A 1U33A 1UWUA 3AS1A 4H41A 3RPMA 3ZIZA 2E4TA 3VDBA 4W8AA 2XWDA 1UZ1A 1GW1A 3VTRA 4CUCA 1NWRA 1AQ0A 2PI6A 1HX0A 1ZJAA 4FF5A 3M07A 2WNWA 2AMGA 5IHSA 1E6SM 4PMZA 2VCCA 4CD6A 1BF2A 3WF1A 2BXYA 1UR4A 3BAKA 3VNZA 4V2XA 1DP0A 5BRPA 4Z2IA 4BQ4A 1WZKA 4AEFA 5JIPA 3RO8A 1J0YA 2GK1A 5FIPA 1VEOA 2DIJA 1JF6A 3BAIA 4M80A 4PUDA 1JYXA 1MFVA 3BGAA 4AZ5A 1E15A 2QHAA 1RP9A 2Z1SA 2WZIA 4PSPA 2GK1B 3AIWA 1H0IA 1CXFA 5C8BB 5A8NA 5CPQA 4UOQA 1FOBA 1XCXA 1QVBA 1UR0A 2DEPA 2W92A 1US3A 2CETA 4MTVA 2W5FA 2WWCA 1E5JA 2OWWA 3O9NA 2A3AA 2XFFA 2WHJA 3AISA 3GM8A 4FLOA 3SCPA 4ZENA 3G6LA 3K8KA 4XX6A 3GXDA 1MYRA 1V0LA 4W7UA 1TZ7A 4TX6A 5DMYA 5BCAA 5JBDA 2EXOA 1UWIA 3BSGA 3S2CA 3ZJ8A 1LLOA 4M81A 1MQRA 3KL3A 3RIKA 3NSNA 4AZGA 1MXGA 1UQYA 3M7SA 2HVMA 3KEHA 3ARQA 1E0VA 1JZ3A 1JZ8A 5D9MA 4Z2GA 3WH8A 3VDCA 2D20A 3CMGA 1NWUA 3T0BA 4JIEA 2E3ZA 1R85A 2XWEA 3M6DA 4UFIA 4DWSD 2J8FA 5HNNA 1JL8A 2WMKA 4LX4A 4DUVA 2E8YA 1PZ2A 1WDRA 2YIHA 3G6MA 2ZX9A 3GDBA 3ARRA 3BAXA 4GIAA 1SFSA 2JEQA 5FCZA 3EBVA 2TAAA 1JG9A 3DYMA 4LXFA 1GVIA 4LYPA 4JCLA 2VX4A 5M03A 1B90A 4BQ3A 5FOOA 4D6HA 4W87A 4DWSC 1IV8A 2RGLA 5IFPA 5JBEA 1HP5A 4RL3A 3WNOA 4UOJA 1W32A 3VX0A 4A3YA 3BAJA 1XCWA 2E9BA 3CIVA 4AC1X 3GH7A 2FDMA 1ODUA 4UFHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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