2VVSA

Btgh84 structure in complex with pugnac
Total Genus 236
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
588
structure length
580
Chain Sequence
LQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Elevation of Global O-Glcnac Levels in 3T3-L1 Adipocytes by Selective Inhibition of O-Glcnacase Does not Induce Insulin Resistance
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 236
structure length 580
sequence length 588
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2008-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2vvsA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2vvsA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2vvsA01
3LPOA 4B16A 1X6LA 1V02A 1H0IA 3VGGA 3KEHA 4EK7A 1Q6DA 3AIQA 4PBGA 1DHKA 2BHUA 1AQ0A 2PWGA 1GVIA 3IAPA 5CGMA 1CXEA 1KR0A 2VZUA 1ZU8A 3PZMA 3VNZA 2WMGA 3WMSA 1UD3A 4F66A 2J7GA 4UQEA 3GZAA 4H04A 4CN6A 4AIUA 3BXWA 3FAWA 2X0HA 3BAXA 2W61A 5JUVA 3M6DA 1R8LA 5KEZA 1UWRA 4H7VA 1G01A 2XFFA 3AS2A 3UR7A 3CZKA 5LA0A 4P8WA 1I75A 2OSWA 4D6FA 4IM4A 2V3FA 5ABFA 3K1DA 3AXIA 2WVSA 4LX4A 3WH5A 4GO8A 5HOSA 2CCRA 3O2LA 1MFUA 1V6VA 1H5VA 3CZEA 1GOOA 1G9HA 4AZ6A 4OOUA 1PIGA 5EBAA 1SMAA 1I1WA 4H8HA 1JG9A 2GJPA 3B8SA 3EMQA 3G6MA 1UG6A 4AZ5A 3OIHA 1B1YA 1LG2A 1PZ2A 1ZJAA 3B9EA 3GDBA 1LWJA 1NARA 4JKLA 5M03A 2PB1A 2VX4A 4JFSA 3WL1A 1VAHA 3QOKA 3VGDA 2JE8A 3OZPA 5BXPA 2FH8A 3MUIA 1GPFA 3SCQA 4E4PA 1AMYA 1OGBA 3PZIA 2GK1A 1ZBVA 2DSVA 1VFFA 3ARWA 4PN2A 3PTQA 5I6SA 2CYGA 4BS0A 3AHYA 4QLLA 3WEZA 1QVBA 5DO8A 3AXHA 2DT1A 1VRXA 1VFOA 3AMGA 5ABHA 3GXMA 4QLKA 2ZUNA 2WHJA 4TXEA 3WDQA 1ZBWA 1NM9A 2XHYA 1M01A 3BCFA 3CZ8A 3N17A 5ABGA 3WD2A 5HBFA 1CXIA 3L2LA 3DYPA 1EOMA 5LYRA 2UY3A 1V6YA 2WMJA 2YBTA 1JDCA 3DHPA 2VR5A 3QHNA 5A6AA 4HZ7A 5IFTA 1E70M 5FIPA 5I2UA 3VINA 3AMDA 2QF8A 2BHYA 3MUAA 3AMCA 4H2CA 2Y8KA 2ZWZA 3K4DA 6A3HA 1BYBA 4GXPA 4MB4A 5EB8A 4J3WA 3HJEA 1W2PA 3VGEA 1K9FA 4UTFA 4RE3A 3IJ8A 1GW1A 1C93A 4FLSA 1KGUA 4H8UA 2WBGA 3BAIA 2EPMX 2VZVA 3THCA 5GNZA 3MMWA 5CG0A 3QOMA 4HTYA 2PWEA 4TVCA 3TA9A 5GPRA 3RO8A 1KQZA 2WVVA 2WANA 1V0KA 1JFXA 1VEMA 4URIA 5CSUA 2D24A 3CZLA 2O9TA 2VVNA 1D7FA 1W9XA 4D71A 3WH8A 3FN9A 4QDMA 1QPKA 3NSMA 4AEFA 4A3YA 4W7WA 1ISWA 2D2OA 3W0KA 1QNRA 4TUFA 4D6HA 4OKDA 3VKKA 4W5ZA 3LMYA 1UH4A 1JAKA 2IXUA 4QP0A 2J4GA 4CD8A 3VIKA 1C90A 2ZICA 3WH6A 1FHDA 4UFIA 3VVGA 3POCA 5JIPA 2VCBA 1BAGA 3KL5A 3W28A 2ZX6A 1V3IA 3SCVA 1JFHA 1WO2A 2J75A 1UD5A 1W9VA 3ZR5A 1QI3A 3ZSSA 3HN3A 2CBJA 4JIEA 2OLHA 2GK1B 3SCOA 3EBVA 4ZXLA 3T2QA 4GZJA 7TAAA 1EH9A 3SUWA 1VIWA 1CYGA 4PMZA 2DPEA 2J25A 2VC9A 4YPJA 3QHMA 3MSDA 2WAGA 2YOCA 4W8BA 2BXYA 3L2MA 4GPNA 3TTYA 4F8XA 3OBAA 5A2CA 3TTQA 1H09A 1O7AA 5D9NA 1TR1A 4CU6A 1WZAA 5GNYA 4JAWA 2X05A 2O9PA 1UWTA 3S2CA 1BSIA 1GVYA 2CEQA 5DT5A 4JFTA 2GSJA 3TTOA 3KL0A 1HXJA 3UG4A 3ARPA 5A6SA 5CJ5A 1YQ2A 2FHBA 3BCDA 3WELA 5JBFA 3WIJA 3FHQA 3I3DA 3WDHA 4JKKA 1MXDA 4DWSA 2XWDA 4Q7NA 1AQHA 3PZ9A 2VL4A 2VOTA 2ZUSA 1ISYA 4P8UA 1ITCA 3W4RA 4MAVA 1B2YA 3WF4A 4MPKA 1HIZA 1KGXA 1UR9A 1FOBA 4AD5A 2WCGA 4PMNA 5M3WA 2WKGA 3WQ8A 3MMDA 2WVVB 4U3AA 4XZBA 3ZJ8A 3KWXA 1EGZA 2VQUA 3GH7A 4HU0A 3WNNA 3MO4A 2WCAA 5E70A 5A1AA 2VX6A 3WD3A 2NW0A 3T0BA 1JAEA 3AIUA 3APGA 2F8QA 4AD2A 4LXFA 3UCQA 2GJXA 4W84A 4C7DA 4Z2LA 1BYAA 2E40A 3T0DA 3D3AA 5A6KA 1B31A 3CHDA 1EDTA 1DTUA 1OCQA 5A2AA 5BYWA 1QNQA 3WY1A 1V3HA 2XVGA 5BXSA 5HPCA 1CZ1A 2C0HA 3ZJ6A 1WAWA 1DWFM 4AEEA 4CVWA 2W5FA 1W9UA 5HXMA 4BQ4A 4D6CA 3ZQ9A 3GBEA 5I24A 4KWUA 1US2A 2DDXA 3K8LA 2Q8XA 1DP0A 2A3BA 5A8QA 2O9OA 1EO5A 2XVLA 4TVUA 3O9NA 1HKKA 1JNEA 2CETA 4J3XA 4P8XA 1FP9A 4XX6A 1UR4A 4MNLA 1TVNA 3BSHA 4W7VA 1ESWA 1E0WA 1JNDA 2DSUA 1WPCA 1JZ2A 5D9MA 1JDDA 3WH7A 1AQMA 4NRSA 4W93A 3WUFA 3KL3A 1EQCA 3OB8A 2YJQA 1W1YA 4CN1A 3WSUA 3M7SA 2WVTA 2G3JA 1TUXA 3NSXA 4GI8A 2EPNA 4DM2A 4MJ4A 5I79A 4TTUA 2WMFA 2V3EA 3AYRA 1VEPA 3ZT7A 3G6LA 1WZKA 2E4TA 2DSWA 3NYDA 1PX3A 3K46A 4YHEA 4ZXOA 2GVYA 5DEZA 4UOJA 3CMJA 1KCLA 4PMOA 5D8ZA 2BVDA 4M29A 3RCNA 4Z2HA 3RIKA 1GOQA 4R5EA 1BPLB 2E9MA 1E15A 3AYSA 4PMQA 4X9YA 1E4IA 3NUKA 2XSBA 2GJXB 2B31A 1BVZA 1EDQA 1XCXA 2GJRA 1B90A 3I3BA 3ZMRA 1CLVA 5DFAA 2OWXA 1E3ZA 3GNPA 2WM0A 2Y24A 2G3NA 1V3MA 1JYNA 4DWSD 4JFUA 3CZJA 1VFUA 1W9DM 2EBNA 4U5IA 4WF7A 4PMRA 5FKYA 1GHRA 1QOXA 3CBWA 1OWQA 3JUGA 1JXKA 3LPFA 1FH7A 2NT0A 4CVUA 1VFMA 3BMWA 4LYQA 4V2XA 3L4VA 3FAXA 3VIMA 3A4WA 2EPOA 1E6SM 4OBRA 4BA0A 2ZXQA 4GO9A 2QV4A 1PPIA 1VBUA 1CGTA 2VRQA 3ZOAA 1Q6EA 2EQDA 1UKPA 1UKTA 2DH3A 3WF1A 2X0YA 1B0IA 2VMFA 4Z2JA 4PYSA 3WQWA 2YA1A 1DWAM 2VX7A 4A4AA 3A4AA 4LQ1A 3VD5A 2WSPA 2WHKA 2OSYA 2AMGA 2XFYA 1UD4A 5CGTA 6TAAA 1XHGA 1K9EA 2E8ZA 3W37A 3NDYA 4AISA 1G5AA 1UOKA 2A3AA 4KGLA 2J7EA 4S3JA 1GZJA 1JF6A 3K8MA 4PCSA 5A8MA 2W63A 3MUY1 4C90A 4D1JA 3WQ4A 3W27A 5FOOA 1DWHM 1OD8A 3IJ7A 1JZ7A 3WQ5A 3QGVA 4WJXA 4CD5A 1IZKA 1YHTA 2PWFA 4FMVA 4WLCA 2IUZA 2XVNA 2XIBA 1NWSA 3VM5A 1MXGA 2DT2A 4PTMA 3BLKA 2Y2WA 5CQ1A 2D20A 2DT3A 1EXPA 5JBDA 3VDBA 2J74A 3F5JA 1EIBA 2ZXAA 1M04A 4C7FA 2VCCA 1UD6A 1TZ7A 3CPUA 2BNJA 2XFRA 1HVQA 2CIPA 3AIWA 4QFUA 1WDQA 4AZHA 5M17A 1CDGA 4AD3A 2G41A 2VRKA 4WK9A 2EPLX 2GDVA 2V3GA 5TD4A 1BVNP 1US3A 5EFFA 3AIBA 3PZNA 1GCYA 1QI5A 4PTWA 2E9LA 5E09A 3UESA 3UERA 2V5CA 3WUBA 2CKRA 4HOXA 4A3HA 4MB3A 3ARQA 1H49A 3OA5A 1RD6A 4CD4A 2BY1A 2XM1A 3VX1A 3ALFA 1VBRA 3WNPA 1JZ3A 4M80A 3EYPA 3OLEA 1VJZA 3SUVA 5FL1A 1WE5A 2QLYA 2UY2A 4WKAA 1TVPA 1MYRA 4PUEA 4HOWA 2AAAA 4P7OA 3RM9A 1SR0A 1E6NA 2XVKA 1CPUA 1E40A 3AHTA 1J0HA 1J0YA 3TP4A 4KMQA 2XPKA 1CWYA 3CHFA 1W1PA 2FDMA 3AISA 4C91A 1TE1A 4DM1A 3SCSA 4HZ6A 5I77A 4JCLA 3WUEA 1E6PA 4GIAA 2D0HA 4GI9A 4LPCA 1UR8A 2J78A 1UA3A 2WMKA 4J3VA 1KGWA 4CD7A 3VD7A 4HA1A 1VF8A 2VJXA 2E3ZA 2D22A 4ZE4A 2A3CA 1XD1A 4B3KA 1A3HA 2GUYA 4D6DA 4XV0A 4PMUA 2VRJA 2DIJA 4UZSA 1K6AA 2DT0A 4XZWA 3MV01 1HJWA 3IAQA 1W3JA 3WMBA 3WD4A 4QCFA 2CITA 4QAWA 2WCSA 2YL9A 2QHAA 1AVAA 3WDRA 1H41A 4HOZA 2CESA 1OGSA 1JIBA 5BROA 1K9TA 1J0KA 1GOWA 5E6YA 1E9LA 3TONA 4MNJA 1LL4A 1VJSA 1V0NA 2WHMA 3IANA 1ODZA 3VD9A 3T08A 4AY1A 2A3HA 4AD0A 1DWIM 1V08A 1TMQA 2J7CA 2EO7A 4J27A 4W8AA 5CPQA 1TA3B 2NSXA 1M7XA 1F4AA 5C8BB 3SCRA 3AOFA 2D0GA 2W91A 3QR3A 1OGGA 3SURA 2JEQA 2W62A 3F5LA 3CUHA 1KBBA 2NT1A 4E2OA 1W32A 3MV11 5A6BA 1L0PA 4UFJA 1J0IA 1PJ9A 1NWUA 1WDSA 2FHCA 4PMVA 3OGVA 3PZQA 1M53A 5A8NA 1O6IA 1HKIA 2WC3A 2J47A 2EXOA 3EDFA 3BLPX 1B3WA 1XH0A 3L4UA 3WQ6A 2E9BA 3PZVA 5CZKA 1B30A 3AIEA 1C8QA 1C8XA 4EANA 3CHCA 3SIMA 3VD3A 2OYKA 4OUEA 4MADA 4ATWA 5KZ6A 4M56A 4OJYA 2WXDM 4UFKA 2BVYA 4D6GA 2WHLA 4JHOA 3L4TA 4C7GA 2XUCA 1UQZA 3WDIA 3POHA 1KWGA 1UR1A 3WF0A 1J11A 1MW3A 4P7RA 1NH6A 3A47A 4PMYA 4CCDA 3OLGA 5EMYA 1UUQA 2ZX7A 1H1NA 1WKYA 3PTMA 2YDSA 3AXXA 3RJYA 3GNRA 4CU7A 1HKJA 1QHZA 4XB3A 2W92A 3U5UA 3LPPA 3OGRA 1CNVA 3AFBA 4NRRA 4OOZA 4V27A 4WSJA 3AZTA 1MW0A 2PC8A 5I0DA 4UR9A 1UKOA 3AS1A 2G3IA 5BXRA 3ARTA 1E4NA 3VTRA 4IUGA 3ARUA 3MKKA 1ZB5A 4D72A 1QBBA 1E1FA 3BAKA 4D6IA 3I3EA 3A3HA 2WC7A 3WNLA 2VX5A 2FHFA 5FCZA 1XSKA 5BWFA 1D3CA 4GI6A 2BV9A 5C71A 2YBUA 3AHXA 5A3HA 1Q6FA 1NOUA 2CNCA 4XUYA 1VENA 3OGSA 5I23A 4AC1X 3KZSA 3NCOA 1EHAA 5LA2A 1J9YA 1JXJA 1HJXA 1UD2A 4ACZA 1CGYA 3PBGA 2MANA 3A4XA 3U7BA 4UFHA 2DSZA 3M07A 3DHUA 2VI0A 1R87A 1V6XA 1HNYA 1KBKA 4UQ9A 4F9JA 3VIGA 1ECEA 4J3UA 3CHEA 4L4OA 3HMCA 1U30A 4HZ8A 3WEMA 1MQRA 2G4FA 3VILA 4YN5A 3U7VA 1EA9C 1E6ZA 5A8OA 3GXIA 3SEPA 4EAMA 2BHZA 1V3JA 2QMKA 4U31A 1UR0A 5GNXA 1WDRA 2O92A 4MJ2A 1NP0A 1X6NA 2Y4SA 4OIFA 1B3ZA 5E6ZA 3VMNA 1E4LA 3VX0A 1GNXA 2ZUMA 4W8LA 1V3LA 4Z2GA 1LF1A 1WNOA 3BAWA 3ZT5A 5I78A 2UY4A 2WSKA 5A6BD 3MANA 4U2YA 2W66A 1FH9A 4Z2KA 1HJVA 1XYFA 4BZYA 3WEOA 1JI1A 4EKJA 4BF7A 1UQYA 4JL1A 5HNNA 3WD0A 3NSNA 1NP2A 3BAYA 4W85A 4UOZA 3J7HA 3M46A 1MWOA 3IJ9A 4ACYA 1W3KA 2VT0A 2WNWA 4Q22A 1J18A 1BGGA 4DUWA 1XSIA 3W53A 7CGTA 3RJXA 3VGFA 4D1IA 1UD8A 2YLAA 2CHOA 1V0LA 5AC4A 3PZGA 3K4AA 1QW8A 1V0MA 3W24A 4B15A 4N0RA 3CUGA 8CGTA 1NOWA 1OSEA 1KXHA 1GJWA 2X8RA 5CPSA 1FA2A 4NZCA 2J62A 1HF6A 1VEOA 1HL8A 4E8DA 5A2BA 3AZSA 2PWDA 3OZOA 3BAJA 3RM8A 4ACZB 4AIOA 1C7TA 3MUZ1 4KH2A 4X0NA 1K9DA 3VIFA 1PEZA 1CGWA 1OM0A 4UFMA 1CEOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3R89 A;  3R0D A;  1SFJ A;  1DQW A;  2X9Y A;  3AXK A;  1FWS A;  5BRQ A;  4FK9 A;  1KM4 A;  5L3G B;  2X1I A;  4DHG A;  3C52 A;  1CGV A;  3G24 A;  4BAY B;  3W38 A;  4K0U A;  1RY8 A;  1IIG A;  4D6J A;  5LHE A;  1LRO A;  4HB7 A;  1WOA A;  3LHW A;  1O94 A;  3N9O A;  3MJM A;  3EA3 A;  1Z0P A;  1P7T A;  2VFI A;  5CC3 A;  3PUO A;  1FHV A;  2ATS A;  4US6 A;  5TAO A;  4O53 A;  4JN7 A;  2E6F A;  3LK2 B;  4PE8 A;  4IPI A;  3ZIZ A;  3O1H A;  1XZY A;  2WU5 A;  3BZG A;  1IIH A;  4A8I A;  2DFA A;  2P50 A;  3GDL A;  1BYD A;  2LSG A;  2VUY A;  3ARX A;  1YTE A;  3EWY A;  5IHR A;  5D4Y A;  1PXG A;  5L3E B;  1SYT A;  2EF9 A;  4IPN B;  1EJV C;  1FIO A;  2E7F A;  2BDE A;  3H7R A;  4DID B;  4YJ2 E;  1D2K A;  4O4I E;  1IR1 A;  4LBS A;  1AG1 O;  1IJ5 A;  4JKM A;  1XGE A;  1ZBK A;  2OEK A;  1TIW A;  3F2E A;  1UP3 A;  4V28 A;  3M64 A;  2PP0 A;  4ILB A;  2C15 A;  4AZC B;  2ZE0 A;  1TV8 A;  4QH5 A;  1BYC A;  1Z8A A;  4LCQ A;  3H24 A;  1WB0 A;  3CIX A;  4MHC A;  3GH5 A;  5CPM A;  1J01 A;  2QS8 A;  3V35 A;  1E6R A;  1UHV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3LPO A;  4B16 A;  1X6L A;  1V02 A;  1H0I A;  3VGG A;  3KEH A;  4EK7 A;  1Q6D A;  3AIQ A;  4PBG A;  1DHK A;  2BHU A;  1AQ0 A;  2PWG A;  1GVI A;  3IAP A;  5CGM A;  1CXE A;  1KR0 A;  2VZU A;  1ZU8 A;  3PZM A;  3VNZ A;  2WMG A;  3WMS A;  1UD3 A;  4F66 A;  2J7G A;  4UQE A;  3GZA A;  4H04 A;  4CN6 A;  4AIU A;  3BXW A;  3FAW A;  2X0H A;  3BAX A;  2W61 A;  5JUV A;  3M6D A;  1R8L A;  5KEZ A;  1UWR A;  4H7V A;  1G01 A;  2XFF A;  3AS2 A;  3UR7 A;  3CZK A;  5LA0 A;  4P8W A;  1I75 A;  2OSW A;  4D6F A;  4IM4 A;  2V3F A;  5ABF A;  3K1D A;  3AXI A;  2WVS A;  4LX4 A;  3WH5 A;  4GO8 A;  5HOS A;  2CCR A;  3O2L A;  1MFU A;  1V6V A;  1H5V A;  3CZE A;  1GOO A;  1G9H A;  4AZ6 A;  4OOU A;  1PIG A;  5EBA A;  1SMA A;  1I1W A;  4H8H A;  1JG9 A;  2GJP A;  3B8S A;  3EMQ A;  3G6M A;  1UG6 A;  4AZ5 A;  3OIH A;  1B1Y A;  1LG2 A;  1PZ2 A;  1ZJA A;  3B9E A;  3GDB A;  1LWJ A;  1NAR A;  4JKL A;  5M03 A;  2PB1 A;  2VX4 A;  4JFS A;  3WL1 A;  1VAH A;  3QOK A;  3VGD A;  2JE8 A;  3OZP A;  5BXP A;  2FH8 A;  3MUI A;  1GPF A;  3SCQ A; 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