2W66 | Genus

Total Genus 244

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	244
sequence length	712
structure length	647
Chain Sequence	SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPVEIELDAIYPGENIQINFRLSAGLQKAPVKFVRFFVLTIEK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Molecular Basis for Inhibition of Gh84 Glycoside Hydrolases by Substituted Azepanes: Conformational Flexibility Enables Probing of Substrate Distortion. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
molecule keywords	O-GLCNACASE BT_4395
total genus	244
structure length	647
sequence length	712
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2008-12-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase
A	PF18344	CBM32	Carbohydrate binding module family 32

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.460	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	Hyaluronidase post-catalytic domain-like	2w66A03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2w66A02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	2w66A01

3K8MA 3CZEA 3T2PA 2J62A 2VZSA 3AXIA 1E43A 3D5HA 5HDRA 3T0AA 4P7OA 3AHYA 3VIFA 4B3KA 1ZS2A 1J11A 4MB4A 4QDMA 5I23A 1K9FA 1TR1A 1VEMA 2BS9A 2WMIA 2VQUA 3II1A 4MB5A 2XYLA 4AISA 4W89A 2WMFA 1EOKA 1OM0A 5JIWA 3E1F1 3VDBA 1NWTA 3GBDA 3B8SA 1KXVA 3IJ9A 1OGGA 1JF5A 5FIPA 3ARRA 3L4WA 3UCQA 1RH9A 3AIWA 3ARXA 4W7WA 1XYZA 2BFGA 2WZEA 2J7FA 4UR9A 1UQZA 3WH7A 1B3ZA 2QHAA 3OZPA 1HL8A 2BY3A 4M80A 2BHZA 2WVVA 2C7FA 4UFMA 1BTCA 3B9AA 2J7DA 1NWUA 4DWSB 3ZJ7A 1UD2A 4CCEA 1R7AA 2A3EA 4PSRA 1NOFA 2O9RA 1JZ5A 1H0IA 2VNCA 4ATDA 1W1VA 4XX6A 3L4YA 1MW2A 1KR0A 4QCEA 3W6LA 1XC6A 2VZVA 1X6NA 4BF7A 1G94A 1ZBWA 1JYWA 3RDKA 5M5DA 3ZSTA 2ZWZA 1AMYA 2JE8A 3RM8A 4WJXA 5FKYA 4AZ6A 1I1XA 3UERA 1CWYA 5LA1A 1R87A 3UR7A 1BGAA 2CETA 1UR9A 4MADA 4LQ1A 6TAAA 1EDGA 1EQCA 2XFFA 4QLJA 1C91A 3WEMA 3OGRA 1B0IA 2CESA 4MAVA 2HISA 4RL3A 2V3GA 4PMUA 2FGZA 3M07A 1H0GA 1LL6A 4PMRA 3AHVA 3W81A 5LA0A 4B3LA 1EIBA 4Z2IA 1BFNA 2BHYA 2J75A 2V3FA 1TCMA 1H3GA 3VMPA 3AMKA 1M7XA 1HVXA 1VEPA 1JL8A 4TXEA 2Y4SA 5BXPA 3DC0A 3WIJA 3MV01 1W9XA 3T08A 3N15A 1JXKA 1JI2A 2X1IA 4LYRA 2J8GA 1ZJAA 1Q6DA 2VQTA 4Q7NA 3MS8A 3PZQA 4OOUA 3N9KA 1EOMA 2G8ZA 2EJ1A 5D9NA 3TP4A 4H2CA 2VVNA 2B31A 3A6OA 3FAWA 3MUY1 5D9MA 2NT0A 3MUAA 3L4VA 3KL5A 1RP8A 1TE1A 1FFQA 2YA2A 3BMWA 2PC8A 2V3EA 3WMBA 1CENA 1QNSA 1LQ0A 4CD4A 3BLKA 3IAQA 3WFLA 2VTFA 3OLIA 2OYKA 3PHAA 4D1IA 4P8XA 3I3DA 4AZ7A 2XFYA 1E6PA 1ZL1A 3PTQA 2WANA 3WEOA 4OOZA 3WY1A 3AS3A 4PTMA 3N17A 5I24A 3OZOA 1XRVA 2XFRA 1W9PA 4M24A 4PYSA 4HA4A 4TOQA 4M1RA 4WKHA 2X0HA 2UY4A 2D22A 4JCMA 3ARSA 3W28A 4ZE4A 2J7HA 1BYCA 3KL0A 5M3WA 1V6VA 4UQDA 4BZYA 5DO8A 5CJ5A 5BCAA 4OKDA 3GBEA 1TMQA 4PBGA 1UD5A 4P7RA 2NT1A 3CUIA 4B15A 4CD6A 5AC4A 2YL5A 1JZ3A 1W9UA 4J3TA 3K4DA 4P7LA 5M03A 3A4AA 4J3SA 3FHAA 5D8ZA 1HF6A 2W91A 1E0VA 2QPUA 2CITA 4TTGA 3WKZA 5ABFB 2A3HA 3VTRA 1US3A 1UKSA 4EK7A 4W93A 3VIMA 3OBAA 1F4AA 3AMLA 4AD5A 5I0DA 2VZOA 3AISA 1HL9A 3PZGA 4LPCA 2CERA 2FHCA 5CZKA 4WKFA 1CDGA 1HN1A 3WDQA 2IXVA 4F8XA 1GHRA 1W32A 4AIOA 3WNLA 2G3JA 3QOKA 4OIFA 3S2CA 4AYSA 3N12A 3CLWA 1QI3A 1CLXA 2D3LA 4CN1A 4HMEA 3AS1A 3UEQA 3EDKA 3RM4A 2MANA 3DECA 3W37A 3IJ8A 1BYDA 3A4XA 4HZ8A 1E9LA 2XIBA 5HPCA 4U2ZA 5E9AA 1QI0A 4FF5A 3ARQA 4C7DA 4KH2A 2WBKA 4UQBA 4H8VA 3VGGA 3DYMA 4MPKA 3B9EA 1C7SA 2AOSA 1C92A 4PMZA 3AZRA 1VBUA 2X09A 1UR0A 3WDHA 1J10A 4HZ6A 4PRWA 4J28A 1I75A 2PI6A 1GUVA 4UFJA 5C71A 1VFFA 1HT6A 2WC7A 1QPKA 1PAMA 3TTOA 4QP0A 2EBNA 1J0KA 2X05A 3DYPA 3BAXA 1V3KA 3ZOAA 3OB8A 1H11A 2XVLA 4M56A 2PB1A 5I78A 1GONA 1NOWA 1HXJA 1XD0A 4FLQA 1IV8A 4CD8A 4GIAA 1E6XM 1I1WA 1V0MA 1QVBA 1PPIA 2CKSA 1OWQA 2JIWA 4YHGA 1FA2A 1FHDA 1PIGA 2GDVA 3OG2A 3SCPA 1CTNA 2CBIA 2J79A 1LG2A 4GINA 1ISYA 1KR1A 2VX6A 1MW3A 1PEZA 1WO2A 4AD4A 2ZIDA 3CHDA 4KGLA 3MUZ1 1WB0A 4AZCA 2BHUA 1GQLA 3GDBA 4RE3A 1TUXA 2V3DA 2VVSA 3WDRA 4PMYA 1VJZA 1J0YA 4MJ4A 1OT2A 1CGYA 1FH7A 1E72M 1WE5A 1ZB5A 4JAWA 3THDA 4QLKA 2DGAA 3T2QA 2BXZA 3NDZA 4ATLA 1X6LA 1B31A 1TZ7A 1ZBVA 2Z1SA 4N0RA 5A6JA 4JL2A 2CHOA 5BWFA 4PEEA 5F7UA 3GNRA 2XVKA 3TOPA 2TAAA 3CUHA 2WHLA 4WF7A 3WD4A 2VX7A 3GM8A 3ZJKA 2G4FA 2D1ZA 3VX0A 3WNNA 2EEXA 3AZTA 4EAMA 3VUPA 2XVPA 2WW5A 4PSPA 3F4VA 3CZLA 5FCZA 3ZQ9A 5A8NA 1TG7A 4QAWA 5A6BD 1GOMA 3MSGA 1V02E 2WVTA 3K8LA 3IANA 3GXMA 3VILA 4Z2LA 3GYCA 4AZHA 2WSKA 2CIPA 1BQCA 1S46A 1WPCA 2BY0A 5IHSA 2DDXA 2J77A 3CUGA 2EQDA 1W3HA 1UUQA 4L4OA 4MDPA 3UR8A 2PBOA 3K1DA 3FNDA 1GHSA 2EPMX 4MB1A 3SCQA 4Y7EA 3ARUA 1X1NA 1ITXA 1HKJA 2D24A 5CQ1A 4URIA 1ECEA 2V5DA 1UH2A 5HOSA 3J7HA 3WUBA 3EDFA 3PN8A 4KGJA 5CLWA 3W6MA 5LA2A 4D6IA 4UOJA 4CU6A 2XM1A 3WH8A 4U5KA 5FD0A 1DWGM 3GXDA 4AZIA 4W87A 5D8WA 2FH6A 5EFFA 4F9DA 2GJXB 4XV0A 3VX1A 5A6KA 4K68A 2VCBA 1V3MA 1CGVA 3AYSA 3VGBA 1KCLA 1FFRA 1PZ3A 4UFLA 1ZJBA 2GJPA 2F61A 5CXPA 3M7SA 1YHTA 2YL6A 2J8FA 3OLDA 1BHGA 1E3ZA 4JCLA 1MQPA 3BLPX 1QNPA 5I6SA 4PUEA 3SCNA 4D6HA 5I79A 1BVZA 1VFOA 2YDQA 3SUVA 2ZXQA 1DWHM 1KWGA 2D23A 3CHFA 5C70A 1ZBKA 2OYMA 2WZHA 1PX4A 3LPGA 1CXHA 1XCXA 5D9OA 1DTUA 3HMCA 4CN4A 4EKJA 4RE2A 2W61A 2VUYA 5GNXA 1B3WA 1NM9A 2ZOXA 3ARWA 4CCCA 2VJXA 1MW0A 3M6DA 1B90A 1CLVA 1WAWA 3GZAA 3GH5A 1NH6A 3K4AA 3GXFA 2GSJA 1JYVA 1V6WA 1LWJA 2YA1A 2VZTA 1VF8A 1HJSA 1V0NA 3TONA 4PMNA 1UD3A 4NI3A 2ZX7A 4OUEA 1UD6A 2A3CA 3W29A 2WKLA 1GNXA 1LWHA 1ZU8A 2PF0A 3HN3A 3L2MA 2ZUMA 1ODUA 1XGZA 3W25A 1JDDA 4MTVA 1EA9C 3UG5A 3PTKA 1CGUA 2DSUA 1M04A 4MNMA 2QF8A 1U33A 5JIPA 4FMVA 2YKKA 3F5JA 1W3LA 3WH9A 3WF4A 3TTYA 1AQHA 5A94A 3BC9A 1FH8A 3L4ZA 1CZ1A 3KEHA 4CVWA 2VR5A 1V3LA 3L4XA 1EO7A 2JALA 2FH8A 1GJUA 3AMGA 1CBGA 3IK2A 3NUKA 1HP5A 4FLRA 1TA3A 3PZTA 1JZ4A 2E9MA 4HU8A 2EPNA 1G01A 4CD5A 4IM4A 3F5KA 3ARTA 4NZCA 4E8DA 3AIRA 3K8KA 4E4PA 2V38A 3B9DA 1JYNA 4UNIA 4JKMA 1NOUA 3O6AA 2DH2A 3PZIA 3EDJA 4H7VA 5AYIA 3VGHA 5A1AA 4D72A 1H2JA 1HJUA 3OIHA 1OD0A 1B9ZA 1LF1A 4HMCA 4P8WA 3SUWA 3VNYA 3W4RA 4EE9A 1JXJA 1LG1A 2EXOA 5I77A 4GZJA 3AXHA 4CVUA 1JZ7A 1EHNA 5CPTA 3ARVA 3CH9A 5LYRA 4W86A 1E70M 2IXUA 2XG9A 4MNLA 1XV8A 1XYFA 2J7EA 1SR0A 1TFVA 3FAXA 4S3KA 3BAJA 1AQ0A 3U7VA 3W53A 4F9JA 2PWFA 4HPHA 3WDJA 2GUYA 3VIOA 1E4IA 3ZT7A 5A69A 1ODZA 4XZBA 1HJWA 4H8UA 3LMYA 1QOXA 2W66A 1WCGA 1UZ4A 2QMKA 1C8YA 2EPOA 1CNVA 2WWDA 4HOWA 3ALGA 2VR4A 1E3XA 2XM2A 1C8XA 4TVUA 3AHZA 2E3ZA 2YDSA 3UESA 4NRRA 1UZ1A 4GI9A 5FL0A 1XSJA 1D7FA 3ZO9A 5BRQA 3WQ5A 1V03A 1CECA 4U5IA 2WLYA 3W82A 5JBFA 1VFUA 3WBAA 3L4TA 1BYAA 5DMYA 2YLLA 3I3EA 1V3IA 2Q8XA 3BAIA 1L0PA 2CBJA 4JHOA 3WL1A 4E2OA 5CSUA 3MKKA 3O2LA 4WK9A 2WMKA 3RO8A 5HXMA 2XWDA 4AIUA 5A95A 3CZ8A 1BLIA 2WNWA 3VDAA 1CGXA 2ESCA 3IAPA 4JKKA 2BNJA 5BXTA 2DEPA 3WQ8A 1TVPA 2AMGA 4C90A 2X0YA 3PZNA 4TTUA 1KQYA 2GJXA 2XJ7A 2O9PA 3ZM8A 3CUJA 3L2LA 5BYWA 2E9BA 1W3JA 3UETA 2E4TA 1QI2A 1UA3A 3BGAA 1H5VA 1UH3A 2YOCA 1XCWA 4CKQA 3MMDA 4ZXOA 2XWEA 4GQRA 4HA1A 5HPOA 2WLZA 1Q6EA 2E9LA 1E5NA 3WNPA 4ACZA 1UWUA 3F5LA 2GVYA 1MVYA 1Q6FA 3W26A 2ZE0A 3CTTA 4WSKA 3CUFA 3QHNA 4DM2A 1XH0A 2Z1KA 4IUGA 3ZR5A 1B3VA 1NQ6A 3VIPA 1J0ZA 3BCDA 2OSWA 3VNZA 1RP9A 4HA3A 4MDOA 2ZX6A 3AMDA 1VEOA 4U31A 4QCFA 5JUVA 3PZMA 4PTXA 4U2YA 2CBVA 3ZSSA 1DP0A 1ZBCA 1K9DA 3EMQA 7CGTA 4KMQA 1IZKA 4TX8A 1PZ2A 3JUGA 2CKRA 1Y7VA 4B9YA 1GORA 3VIIA 4U33A 5GNZA 4W84A 1AQMA 7TAAA 5IXEA 2QPSA 1G5AA 1K9EA 1G9HA 1BYBA 1V6YA 4ZENA 5A2BA 4UQ9A 1FOBA 3I3BA 1UWSA 1DEDA 1A3HA 3G6MA 2X2YA 3NIYA 1E73M 1CGTA 2OLHA 1GW1A 2E40A 4LGXA 3BMVA 2JFEX 4V28A 1G0CA 3VIHA 2XGIA 3SCTA 3ARZA 3PZ9A 3VKKA 2BXYA 3RJYA 2VI0A 1HKMA 1VB9A 2DT2A 2JEQA 1HIZA 2VX5A 4DWSA 1E6QM 1QBBA 2WB5A 3MO4A 1E0XA 2DSVA 4D71A 5A2CA 3CZKA 2WCGA 1B30A 1BVNP 1WZMA 4BA0A 3EMZA 3SCVA 1M53A 2J7BA 3WELA 4CU7A 2W67A 1CIUA 1WDQA 1J12A 2FHFA 5ECUA 5A8OA 3NJ3A 2WMIB 1B2YA 1XD1A 1H49A 1K9TA 1GZJA 4QFUA 1W1TA 5BRPA 3AICA 5HNNA 1R7OA 3WMSA 1J01A 2BVDA 1UR8A 5IDIA 3MU7A 1CEOA 4W5UA 5A6SA 1DWJM 3EDDA 1F4HA 1UKTA 2EPKX 2YDRA 4PMQA 5GQBA 5KEZA 1UH4A 1CXLA 3WMCA 3CBWA 1DWIM 4TVCA 2OYLA 3AXXA 5EB8A 2J78A 2XIIA 4HZ7A 2VRJA 4CUCA 4M29A 2CPUA 1FP8A 1JAEA 1KB3A 4AIEA 3AYRA 2G3IA 4OBSA 1JF6A 2VCCA 1UWRA 4RE4A 2Y5EA 4V2XA 3BCFA 3WEZA 4DUWA 5CG0A 1UWTA 1R86A 4HP5A 1WZKA 4LYPA 2WHMA 1R8LA 4J3UA 3CZJA 1UKOA 3CIVA 4JFWA 5CSYA 4NF7A 2D0HA 3VVGA 3RILA 2BVYA 2YJQA 3VINA 1GPFA 5EMYA 4D6GA 1JZ2A 4AZ5A 5AYBA 1UA7A 2NSXA 3WNOA 1Q4NX 4GPNA 1CPUA 1ESWA 1MQRA 1UD8A 2CEQA 2GK1B 1UWQA 3WN6A 5JBDA 1W1PA 1HVQA 1VJSA 4Z2KA 3VO0A 3QOMA 3ZT5A 1VFMA 4JIEA 1UR2A 1Q6CA 1GCYA 1GQKA 1KGUA 5A8PA 1GJWA 2QLYA 3APGA 5A6AA 1E6RA 1XH1A 4UFHA 4ZE5A 1AVAA 3GNPA 1MYRA 1E4NA 1C7TA 2QMJA 1H41A 1VAHA 4MB3A 1D2KA 3BAKA 4UQCA 3OGSA 1E6SM 3SCUA 4UFIA 2D3NA 1P6WA 3QGVA 2QV4A 3RJXA 2JF6A 1GQIA 4Z2GA 2WBGA 1RPKA 1KGXA 4CN6A 4PCSA 1VRXA 5ABFA 2ZXBA 1OSEA 3NSXA 1J9YA 3NCOA 1U30A 4UQAA 1V3JA 3WF1A 1C8QA 1JZ6A 1BF2A 4PTVA 3N13A 3FW6A 4PTWA 2CCRA 4W5ZA 5HBFA 3AJ7A 3MMWA 1W9DM 3PZOA 3GTNA 4UCFA 2D20A 3NYDA 5AY7A 3WQ6A 1PJ9A 2W62A 4AEEA 1EDQA 1EO5A 1U2YA 1V6UA 1QNQA 2ZX8A 3AOFA 3WBEA 4AC1X 2A3AA 3AFBA 2UY3A 1O6IA 4JFUA 4GXPA 4A3YA 1CXIA 2J7CA 4DWSC 5CPQA 3FN9A 3WUGA 3SURA 4P7QA 9CGTA 2WCSA 1V08A 3POCA 2F8QA 5C8BB 4HOZA 2D2OA 2ZX9A 1V6XA 4BQ4A 3N11A 1QW8A 4JFVA 2ZXDA 1OIMA 1VENA 4M8UA 3AS2A 2W63A 2PWGA 3SCSA 1GOWA 3FXYA 1DWFM 4JKLA 2AAAA 5DFAA 1EXPA 5BXSA 4JZ5A 1PIFA 4AD1A 1WDSA 4UZUA 1XH2A 4BCEA 2WAGA 3LPOA 3BAWA 1E1FA 1XHGA 2RGMA 3QR3A 4CCDA 3N18A 2ZUTA 3KWXA 1QNRA 1CXEA 2YIHA 5EBAA 3WDIA 3VD3A 3ZR6A 4WSJA 4EANA 3CMJA 1HKKA 5EFDA 1KXQA 1BGGA 1LL4A 3DYOA 3WSUA 3WD2A 2DSZA 1US2A 1W2VA 4W8LA 3N04A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2W66A

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