2W67A

Btgh84 in complex with fma34
Total Genus 243
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
243
sequence length
711
structure length
642
Chain Sequence
LQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMNLPLQVKANRVLISPVEIELDAIYPGENIQINFGLQKAPVKFVRFQFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Molecular Basis for Inhibition of Gh84 Glycoside Hydrolases by Substituted Azepanes: Conformational Flexibility Enables Probing of Substrate Distortion.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 243
structure length 642
sequence length 711
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2008-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2w67A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2w67A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2w67A01
1GQJA 3AS0A 1PBGA 2CBUA 4HZ7A 3UG5A 4NRSA 4AIUA 4U5IA 3WH9A 5GQBA 4Z2JA 1US3A 1V6UA 4RE2A 2V3FA 3CHCA 1GQLA 3VINA 1CNVA 1V6YA 5DEZA 3CHEA 3PTKA 1QW8A 4B9ZA 2WWCA 3GH4A 3WQ6A 1JZ8A 1GOMA 2D0GA 5HNNA 2OSYA 4XUYA 2WC7A 2FH8A 2JF6A 3L4ZA 3WF3A 3WH8A 3CMJA 3HU7A 1KGUA 1JG9A 1BGAA 1F4HA 4GZJA 1DWAM 1E0XA 3FXYA 4FLOA 1JNDA 1BTCA 1NWTA 2VJXA 2VX5A 1J18A 2BVDA 4P8WA 1VJSA 5LA1A 4MNLA 5LA2A 3CH9A 1QHZA 2EXOA 3W27A 4GINA 4DWSB 4HMDA 2VT0A 8A3HA 4MNKA 4GI8A 1RP9A 3HJEA 3NDZA 4HOWA 4WKFA 4IPLA 2DGAA 1UH3A 1E9LA 2DIEA 2FGLA 5IXEA 2FDMA 4H7VA 3NJ3A 2WMKA 2PF0A 2WZIA 1TUXA 2Y24A 4GO8A 1E4NA 1V0MA 3AIWA 1QOXA 3SUWA 4ZEPA 2ZUUA 1R7AA 4JKMA 3DC0A 3KE0A 3D5HA 2BY0A 3GXMA 3RMEA 1UWRA 3I3EA 1MVYA 4NI3A 2Z1KA 4F9JA 3AMDA 1M03A 1V0LA 2IXUA 2AAAA 1NOFA 3PZGA 3WH6A 4TXEA 3L4XA 3AMCA 2IXVA 1MWOA 3WY1A 2NW0A 1K9FA 2A3EA 3UETA 2VRKA 3BAJA 3GBDA 4EANA 4Z2IA 3BXWA 3L4YA 7A3HA 3RM4A 3U5UA 2BVYA 4GXPA 4R5EA 2EO7A 2DSKA 1NQ6A 5IHRA 3WMSA 2GVYA 2BNJA 1FHDA 3DECA 1JF5A 3POHA 3VD7A 2VCAA 2V5DA 1OB0A 2ZXBA 1UR0A 3MSDA 1R86A 3O6AA 1FFRA 5BYWA 2DT0A 3POCA 4WKAA 2XVGA 1V0NA 5FIPA 2XJ7A 3W6MA 2JIWA 3N15A 3N04A 1PZ3A 1HJSA 2DT1A 2QMJA 3QGVA 1B3VA 1KCKA 3KZSA 1CENA 3AFBA 1AQ0A 1K6AA 2WW5A 4Z2LA 3KEHA 2XSBA 2W92A 2X05A 5C8BB 1W1VA 4JCMA 1MFUA 3ARZA 1YHTA 2EBNA 1FP8A 2XM2A 2XSAA 3MKKA 4HP5A 1V3LA 3UG4A 3G6MA 3WL0A 4AZGA 2D2OA 2XYLA 1UOKA 5FD0A 2F61A 4CN4A 1GCYA 1BYAA 2YDSA 3W24A 3OLEA 4GQRA 1Q6CA 1E5NA 1NP0A 2D0FA 1ISZA 2FHFA 1W32A 3MANA 2DSUA 1XH0A 3WF4A 5JUVA 1HKJA 3ZIZA 2VNCA 3M07A 1GZJA 1TVNA 1M53A 4GZEA 4HA3A 1ECEA 2DT2A 1WKYA 2YL8A 4W7WA 4UOJA 1E43A 1HVQA 1MXDA 4MAVA 4P7LA 1E1FA 3SCUA 2J62A 5CLWA 2XFYA 1DHKA 3NUKA 3W82A 1VF8A 4HMEA 5CSUA 4C7FA 2EQDA 4JHZA 1Q4NX 1QI2A 1E15A 1JZ7A 1W2VA 2X8RA 5JIPA 3B8SA 3TTOA 1RH9A 4AMCA 4JFWA 3EMCA 4P7OA 2A3CA 2E0PA 2NT0A 4PMYA 6A3HA 3PHAA 4U3CA 1XSIA 1G01A 2UWFA 4F9DA 4UFJA 3AICA 2ZXDA 1MQPA 3FW6A 4UQAA 4PRWA 2J4GA 7TAAA 1DWGM 3VD3A 3AIRA 2ZIDA 1LJYA 4C90A 1K9TA 1UUQA 2WK2A 3GNOA 3LPOA 1B3WA 4MPKA 4FLQA 4V2XA 3VD9A 1LL7A 3SIMA 2CYGA 3VILA 1BQCA 4DUXA 4JL1A 3BMVA 3NYDA 3WNKA 1XHGA 1CXKA 1NARA 4ZE5A 2BY2A 4CCDA 3BAWA 2A3HA 5I3DA 1GHRA 1OM0A 4HOXA 1DWIM 1W1TA 2DH2A 3WN6A 3QOKA 1FHLA 1TE1A 2ZX6A 3BGAA 5KZ6A 2W5FA 4LX4A 3BCDA 2VUYA 1RPKA 3LPGA 1K9EA 3U5YA 1XC6A 5C70A 2GDUA 2PBOA 2VX6A 3WBEA 3ARVA 3W25A 2PWDA 1M04A 1V02A 3SCQA 4MB1A 3FNDA 5A6JA 1CXHA 1BGGA 1B0IA 1BG9A 4UQDA 5A69A 2BHYA 2VZSA 3CGTA 3CZKA 2DQXA 1FH7A 2FHBA 2WMFA 3IJ7A 3VD5A 1W1PA 1FFQA 4P8XA 2GUYA 1R7OA 2CETA 3CZLA 4XZWA 2OYMA 2VMFA 4D1IA 1TFVA 2ZXQA 3WNMA 2WMIA 5E70A 1G94A 1UR9A 2WSKA 2ZX8A 1VFFA 2YA0A 5A8MA 2Y5EA 1NM9A 4J3VA 3WEOA 1W9BM 4P7QA 1OT2A 3T08A 3EDFA 3GH7A 2PC8A 4E8CA 2YDRA 2BHUA 1UWIA 1VB9A 1QHOA 1JXJA 3WDPP 4HZ8A 4D6IA 2WC4A 1PPIA 5E0CA 4WKHA 1OGBA 2F8QA 1C8XA 2XUCA 4UFIA 3PZIA 2ZX9A 1J0YA 2O9OA 5CJ5A 2VCBA 1ITXA 5BWFA 1G1YA 2DH3A 1OIMA 1J9YA 3WH7A 1JNEA 4H8UA 5I2UA 1W3JA 3N9KA 1H0GA 5I5RA 4PSPA 3RPMA 1E40A 4QFUA 2ZWZA 5E09A 5BXTA 3ARTA 3SCWA 4F79A 2WZHA 1Q6FA 2G41A 2J77A 2VI0A 1GOQA 5HXMA 2EJ1A 5ABGA 5AY7A 3CPUA 1EXPA 2VX4A 3GZAA 1OGSA 4DWSC 1O6IA 3W37A 3W81A 4JAWA 4ZXLA 3LMYA 1OD0A 1H3GA 1ESWA 1HT6A 1W3KA 4BQ5A 1E6SM 1QI3A 3B9AA 3WMBA 3AHZA 1A3HA 3VGBA 4CKQA 4AZBA 3BAKA 4CU7A 1ZBKA 2XWDA 1E0WA 5A2CA 4D1JA 3RJXA 4U33A 4WSKA 3WENA 2E8YA 4HTYA 3MUAA 3WH5A 1OD8A 4IM4A 3CUJA 1UQYA 2G3NA 4E2OA 1Z32X 1CGTA 1AMYA 1H1NA 1WB0A 1W3HA 1C7SA 2G3MA 1B3YA 4W85A 2X2YA 2F2HA 4NZCA 3RJYA 3AI0A 2EEXA 3OA5A 3VU2A 1UQZA 4CD6A 1KGXA 5CPSA 1RD6A 1QI4A 1ODUA 2D23A 2YIHA 4C91A 3AXIA 1FOBA 3T2PA 5I79A 4AWEA 1OBAA 4A4AA 3BAYA 3WSUA 5I78A 4CCEA 3MUY1 2PWGA 3K1DA 4AIEA 1UH4A 1ZL1A 3WD3A 1UR1A 4PMUA 4OUEA 2B31A 1EA9C 3ZR6A 4ACZA 5D8WA 3N12A 4M24A 4PTXA 4J3XA 3WBAA 2G3JA 2WBGA 3AHXA 3S2CA 5D9MA 2YKKA 2D1ZA 2FH6A 1JI1A 3SEPA 4U3AA 1C8YA 2XVKA 5A6BA 4M56A 2O9RA 4X0VA 1GPFA 4JKKA 2WVSA 1BPLB 1W9PA 2XWEA 2WMIB 4P7RA 3WIJA 3AISA 5E6ZA 1W9VA 1XD1A 1LWJA 1XYFA 3RM8A 4TTGA 5JBDA 3AYRA 2CPUA 3ZT5A 4UOZA 2GSJA 2WVUA 1MFVA 5FL0A 4W7VA 4B3LA 1GOWA 2Z1SA 3BMWA 1R87A 2OYLA 4AD1A 4WJXA 2GK1A 1JZ6A 1GQIA 1UA3A 1CDGA 4GIAA 1R8LA 5D4YA 3OLGA 5EB8A 3AJ7A 1EQPA 3CMGA 1VENA 2BY3A 4L4PA 3AS1A 4CN1A 3AXXA 3NSXA 1E3XA 1VEMA 5D9OA 3NCOA 2ZUMA 5KEZA 4WIWA 3CUIA 1U33A 3WDQA 4MJ2A 1E73M 1UR4A 4AIOA 1QNQA 2WAGA 2ZUVA 4ATDA 2WHKA 4IISA 2UY5A 4LGXA 5A94A 3AHVA 4ZXOA 2DPEA 2PWHA 2XIBA 1KXTA 4JFUA 4GO9A 3KL5A 5BXPA 1QNRA 1ISVA 4Z2KA 2XGIA 3WUBA 1NOWA 1BHGA 2J8FA 3A6OA 1J11A 1KCLA 1TVPA 4OOUA 3VM7A 5CGMA 4W86A 1XD0A 5CSYA 5ABHA 1TR1A 1HJWA 4HU0A 1XSKA 4W87A 2RGMA 2XGBA 4A3YA 5BCAA 4OJYA 3OGRA 5A8QA 3AHTA 4JL2A 3WDRA 3TA9A 3EDKA 4HOZA 3TONA 4JKLA 4YPJA 4RL3A 2J7GA 1BSIA 2DEPA 1Q6GA 2JFEX 2J25A 1GONA 2E9LA 2CEQA 3AYSA 5A2AA 3WQ4A 1PZ2A 1GQKA 1I75A 5FOOA 3ZJ7A 3BSHA 1WE5A 3WNOA 5ABFB 1D3CA 3W0KA 1BYCA 3WDHA 3IANA 1W9UA 5JBEA 2CBJA 3W29A 2FGZA 1LG1A 2YLLA 1G5AA 1KWGA 1JAKA 4Q7NA 4AZHA 4DM2A 3EDEA 1EDGA 4PN2A 3KL3A 4XX6A 2A3BA 1JZ4A 4MNMA 3N13A 1CIUA 1UKSA 2BHZA 4AZ7A 3F5KA 1CGXA 1PAMA 2GDVA 4QLKA 4EK7A 4U5KA 4CVUA 2D3LA 1JL8A 1U2YA 4ZFMA 3RDKA 5A2BA 5EFFA 3N17A 4ACZB 1PX3A 2JE8A 4U2YA 1DWJM 1UKOA 3UEQA 1B31A 2DIJA 1ZJAA 3CLWA 3A4XA 2VZOA 1PIGA 2CKSA 3ZM8A 4CU8A 1J01A 1QI0A 1SYTA 4CCCA 4J7RA 2ZOXA 4Y7EA 1BG4A 3NSMA 1C3FA 2V38A 4QP0A 4OZOA 1Q6EA 3SCSA 4EKJA 5HOSA 2A3AA 3AXHA 4UZUA 2JEQA 4JCLA 1PX8A 4PCSA 4J3TA 2J79A 4W7UA 3WD2A 3VIKA 2O92A 2OWWA 4N42A 1EDQA 3OZOA 5EMYA 4B9YA 5HBFA 1GOOA 1DTUA 4YN5A 2WWDA 3PZUA 4W8BA 4RE4A 1H11A 2X09A 2BV9A 1QNSA 2GK1B 1XH2A 5F7UA 2ZE0A 4PMDA 3QHOA 5I24A 5A6LA 2J7DA 3A4WA 1MQQA 1E5JA 1E6QM 3MO4A 3K8KA 1HIZA 3MMUA 1A47A 1JYWA 3OGVA 2Q8XA 2GFTA 4J3SA 3CZEA 2XG9A 1J12A 3ZT6A 5A8OA 3QHNA 1Q6DA 4J3UA 2WBKA 1J10A 1V3IA 1WDPA 3K8LA 4WF7A 5A8NA 1TZ7A 3BLPX 1E1EA 2OWCA 3CTTA 4EE9A 1KR1A 1E6XM 3AQUA 5D9NA 1UH2A 2VL4A 4W5ZA 3L2MA 3WL1A 2G4FA 4AEEA 3I3BA 4JZ5A 3CHDA 3CO4A 3AHYA 4GI9A 3T2QA 5D8ZA 4B3KA 4UFHA 3A3HA 4U2ZA 1I1WA 3GXIA 5A6SA 3AROA 1WAWA 1UKQA 5A6MA 2VVSA 4PEEA 3PZVA 4CD5A 3GH5A 2XM1A 2GJRA 1WNOA 4JFVA 4AXNA 1OSEA 3SCRA 1PEZA 4B16A 4PBGA 4HMCA 1GJWA 2WHJA 2VRJA 2ESCA 1BYBA 4QLLA 5IHSA 4FK9A 2CIPA 3FN9A 3VDCA 1E6NA 4LYPA 3T0DA 1V03A 1VFMA 3RIKA 4AZCA 2YJQA 2UY4A 1H2JA 5M03A 1NH6A 3CBWA 3OIHA 1UD2A 3PZTA 2VVNA 5AC4A 5CXPA 1KB3A 1B30A 3U7VA 3F5JA 4MTVA 3MMDA 5AYIA 2QPUA 3MS8A 3ARXA 1VEOA 1CWYA 1XCXA 4UQ9A 1MW0A 2EPNA 2CKRA 1EHNA 1GW1A 1JAEA 4OKDA 3IK2A 4KGJA 4MJ4A 2VTFA 5A6AA 2MANA 3UR8A 2WHMA 1G9HA 2WVTA 4UQBA 3VGHA 3QOMA 3CHFA 1C93A 3ARYA 3GXFA 2YL9A 4WSJA 2J7EA 4S3JA 1FH8A 1NP2A 1NWSA 5CZKA 2BVTA 3ARWA 5A95A 4UFMA 2W66A 1WZLA 4GPNA 3PZ9A 3AZTA 3EBVA 3VMNA 4TVDA 3VKKA 4U31A 3DYPA 4D71A 4PYSA 5IDIA 1XRVA 1HP5A 5TD4A 4AZ5A 3NDYA 4MB3A 3ZO9A 5I23A 1B90A 3VNYA 2ZUNA 3E1F1 4TTUA 3JUGA 1QBAA 4KH2A 5EFDA 4H04A 3B9EA 1HKKA 2VQUA 1ZJBA 1EGZA 3APGA 2G8ZA 1E4LA 3EYPA 3N1AA 3IJ8A 2E40A 1CEOA 5DO8A 2WHLA 4ATWA 2WKLA 3WQ8A 1OGGA 3II1A 3VOCA 6CGTA 1C7TA 1KFWA 3AZRA 3PBGA 1WP6A 4PTVA 3OB8A 1M01A 1UA7A 2Y4SA 2OSWA 2CBIA 2CITA 1XH1A 4X9YA 1ZS2A 4E4PA 1JD7A 1HNYA 1EOKA 1V3MA 2EPMX 5CQ1A 2DT3A 2PB1A 4HU8A 3UR7A 1EH9A 4BA0A 2E8ZA 3ZJKA 3K4AA 3TP4A 2WC3A 4AD0A 4X0NA 1H0IA 4KMQA 3AZSA 3VD4A 3PZOA 3AOFA 3BAXA 1OT1A 4D6DA 4AD5A 1UWTA 4PUDA 1JGIA 4AC1X 2CERA 1WPCA 3GTNA 4DUWA 2E3ZA 2W63A 3DHUA 2V5CA 1SMAA 5D9PA 4CGTA 1HF6A 4W8AA 1EHAA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2QUM A;  1UKT A;  3BW4 A;  4L56 A;  1T5A A;  2ZM6 T;  3FHQ A;  2GJP A;  4BQ4 A;  2WSY A;  3UXI A;  3KHJ A;  2ISV A;  3R94 A;  4ILU A;  3IAP A;  1RY0 A;  4DXX A;  1FMW A;  4WD0 A;  5TIM A;  1X6L A;  3SGU A;  4HSN A;  1X6N A;  5JU6 A;  4IDO A;  4HYR A;  4P2V A;  2VDG A;  3LLX A;  2VZU A;  4HPG A;  1FCB A;  3WG6 A;  3NZP A;  3H7U A;  3S6T A;  4S38 A;  1IXO A;  4EPE C;  1BWK A;  3SUU A;  4GWE A;  2QYW A;  3N14 A;  3WF2 A;  1J0I A;  1N36 T;  3URN A;  3O1H A;  1UKP A;  2C0H A;  3WI3 A;  5H1W A;  4P8U A;  1HFA A;  5C6M A;  2QCH A;  2OZ0 A;  3J7H A;  4JIH A;  2WMH A;  1BAG A;  4H1Z A;  4PUM A;  2CPT A;  1ZNN A;  4FNU A;  3WQW A;  3NVO A;  3M46 A;  5EMK A;  3E2Q A;  3BH4 A;  3W3O A;  1MDR A;  1F74 A;  3KL0 A;  1SJA A;  1GNX A;  3MHG A;  3QMT A;  1XYL A;  1JDA A;  4HPX A;  2QF7 A;  3RIL A;  4TX8 A;  5JQ9 A;  2QCD A;  2GSE A;  2PUZ A;  1MW1 A;  1AQF A;  1PIF A;  4XAF A;  3W85 A;  3UVI A;  1VS1 A;  3VIF A;  1N55 A;  4S3A A;  1VZW A;  3IVS A;  3GRI A;  1CLV A;  1US7 B;  3TJI A;  1W91 A;  3F2B A;  3USB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1GQJ A;  3AS0 A;  1PBG A;  2CBU A;  4HZ7 A;  3UG5 A;  4NRS A;  4AIU A;  4U5I A;  3WH9 A;  5GQB A;  4Z2J A;  1US3 A;  1V6U A;  4RE2 A;  2V3F A;  3CHC A;  1GQL A;  3VIN A;  1CNV A;  1V6Y A;  5DEZ A;  3CHE A;  3PTK A;  1QW8 A;  4B9Z A;  2WWC A;  3GH4 A;  3WQ6 A;  1JZ8 A;  1GOM A;  2D0G A;  5HNN A;  2OSY A;  4XUY A;  2WC7 A;  2FH8 A;  2JF6 A;  3L4Z A;  3WF3 A;  3WH8 A;  3CMJ A;  3HU7 A;  1KGU A;  1JG9 A;  1BGA A;  1F4H A;  4GZJ A;  1DWA M;  1E0X A;  3FXY A;  4FLO A;  1JND A;  1BTC A;  1NWT A;  2VJX A;  2VX5 A;  1J18 A;  2BVD A;  4P8W A;  1VJS A;  5LA1 A;  4MNL A;  5LA2 A;  3CH9 A;  1QHZ A;  2EXO A;  3W27 A;  4GIN A;  4DWS B;  4HMD A;  2VT0 A;  8A3H A;  4MNK A;  4GI8 A;  1RP9 A;  3HJE A;  3NDZ A;  4HOW A;  4WKF A;  4IPL A;  2DGA A;  1UH3 A;  1E9L A;  2DIE A;  2FGL A;  5IXE A;  2FDM A;  4H7V A;  3NJ3 A;  2WMK A;  2PF0 A;  2WZI A;  1TUX A;  2Y24 A;  4GO8 A;  1E4N A;  1V0M A;  3AIW A;  1QOX A;  3SUW A;  4ZEP A;  2ZUU A;  1R7A A;  4JKM A;  3DC0 A;  3KE0 A;  3D5H A;  2BY0 A;  3GXM A;  3RME A;  1UWR A; 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