2WZI | Genus

Total Genus 243

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	243
sequence length	712
structure length	640
Chain Sequence	SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDNISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPEIELDAIYPGENIQINRLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIEK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Visualizing the Reaction Coordinate of an O-Glcnac Hydrolase pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
molecule keywords	O-GLCNACASE BT_4395
total genus	243
structure length	640
sequence length	712
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2009-11-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase
A	PF18344	CBM32	Carbohydrate binding module family 32

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.460	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	Hyaluronidase post-catalytic domain-like	2wziA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2wziA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	2wziA01

4D6IA 3PTQA 2YA0A 3BXWA 3ALGA 3FHAA 4GXPA 1B3XA 5A6SA 2NW0A 2CKRA 3KL3A 3ARYA 3THCA 4C91A 1GCYA 2JEPA 4GINA 4D72A 3EDFA 1VBUA 2XFFA 3VPLA 2F8QA 2WC3A 5BCAA 1JG9A 4UFMA 3AISA 1FP9A 3WDQA 4AZBA 3L2MA 3E1F1 3WNKA 3BLKA 2XM2A 5DF0A 4X0VA 5HPCA 2WHJA 3UESA 2JIEA 1ZJAA 4JHZA 1PZ2A 3BCFA 4JAWA 3ARXA 4HMDA 3ZJ8A 4HZ8A 3ARSA 1OINA 6A3HA 3VGEA 1TUXA 2Y8KA 2VMFA 3WF1A 3AIEA 4AEEA 1RP8A 1ZBKA 4F9DA 5A8PA 2PWEA 3A4AA 2BFGA 1WDQA 1F4AA 2YIHA 4AD3A 5GQBA 2XVLA 1WDPA 2ZICA 5A6AA 3GH7A 1CXKA 1DP0A 5E9AA 1V02A 1JFXA 1E0XA 4UQCA 2VVNA 3SCTA 4AZCB 5A2AA 3U57A 1W9VA 9CGTA 2WKLA 2A3BA 2J8FA 3TTYA 1UKOA 4L4PA 1CBGA 4JFUA 1V6WA 3N9KA 1PEZA 3B9AA 1E72M 2VRQA 1M04A 2O9TA 1HKMA 3WD4A 3VINA 1XSJA 4UOQA 3RPMA 1XC6A 4P7OA 5DT5A 2BY2A 4HA1A 1QPKA 1TA3A 2EPKX 2VZTA 1PJ9A 4GI8A 3UCQA 1PAMA 2J7FA 5I3DA 4C90A 3NSNA 1QNOA 3WDPP 2WPGA 1KGUA 2D20A 3QHOA 3HN3A 1DHKA 1Q6CA 2WMIA 3GNOA 1GONA 1BLIA 1C92A 1QBBA 1MQQA 2FDMA 3K8MA 4FK9A 1CGUA 4CU8A 1H5VA 4LPCA 5BROA 3WH7A 1UKTA 1EHAA 4EANA 1NH6A 5A94A 4X9YA 5AY7A 4PMDA 5IXEA 4AZIA 2YLAA 2WBGA 1C8YA 1E43A 1KQYA 3VGHA 5A8OA 4PMYA 3UR8A 3NJ3A 3ZT7A 1PX4A 2VRJA 2WCAA 1EO5A 4UQEA 2YDQA 4DUXA 2CEQA 1G0CA 3BC9A 1WKYA 1VF8A 5ABHA 1TMQA 2WANA 1XRVA 4AC1X 1MW0A 3SCOA 3ZQ9A 3KL0A 1CLXA 4WKHA 3WH8A 3QHNA 3WUBA 1JZ2A 4W5ZA 1YHTA 4AD4A 4D6HA 2BV9A 3GBEA 1WDRA 1B3YA 5BRQA 2V3DA 1PIGA 2VNCA 5BRPA 2BVTA 3W6MA 3NSXA 4TOQA 3MUZ1 2EXOA 1AQ0A 1JGIA 1UH3A 5CPTA 5HOSA 1NOWA 4TVUA 1GOOA 4M24A 2ZXBA 1NWUA 1ZJBA 3AQUA 2YBTA 3FAWA 4HZ7A 4QFUA 3OLDA 3AZSA 3CH9A 1I1XA 2XIBA 4ATWA 4WSJA 2V3FA 1JZ4A 5FKYA 1E6XM 4MNLA 3N18A 3L4VA 1GW1A 4LYQA 3VNZA 3VIOA 3L4XA 1UZ4A 4B3LA 3W37A 2FGLA 3AIRA 1B3WA 1JF5A 1V0LA 4GKLA 5E6YA 3OGVA 2E9BA 3ALFA 3AJ7A 3NUKA 4B9ZA 1W9DM 3WDIA 3PZNA 1NM9A 3AICA 3GXIA 1DTUA 5HXMA 1VAHA 1TA3B 2G41A 1BG9A 4V2XA 3W4RA 1BYCA 3CZJA 1HT6A 4JFVA 1WZLA 4AZ6A 1KWKA 1V6YA 5HBFA 5JBFA 2X09A 2V3EA 1BFNA 1JAEA 3KEHA 4R5EA 3RIKA 3WF0A 4Q7NA 4C7GA 2PBGA 3SUSA 2D23A 3K8KA 4AWEA 1UUQA 5TD4A 2Z1KA 3SCVA 3S2CA 2VQTA 4Z2LA 3UG3A 3PZTA 2JFEX 3CHCA 2VR5A 1ISZA 4KRUA 4C7FA 4E8CA 1XGZA 2XYLA 1MYRA 5EFFA 4W5UA 4AZ5A 2W4XA 1TZ7A 2WM0A 2X2YA 3VVGA 4M80A 3AS2A 3ZSTA 1V0NA 3T2OA 3ZR6A 2CNCA 3T0DA 2PWDA 4Z2GA 2VI0A 3TOPA 8A3HA 1UWSA 4H7VA 7TAAA 1EDGA 3VGGA 2QPUA 4Q22A 2ESCA 3WEOA 4V27A 3AHYA 4S3KA 1G1YA 2ZUWA 2WYSA 3WL1A 3DC0A 4WF7A 3IAPA 3AS3A 1G5AA 3WH5A 2ZUUA 2FGZA 2ZX6A 1V6VA 3PTMA 1GVIA 4RE4A 4H8UA 3AS0A 1W3KA 1KGWA 2WMKA 3EYPA 1X1NA 3AS1A 1DWHM 3OBAA 4UCFA 2OYMA 1J11A 2NT0A 1JYVA 5ABFB 1CGVA 3F5KA 1TFVA 1OIFA 3AOFA 2J78A 3T09A 2J62A 4A3YA 3BMVA 1EQCA 1A47A 3TONA 1J0JA 4M56A 3WMSA 1GHRA 1JZ7A 4AEFA 1CGWA 3G6MA 4HZ6A 4IM4A 3ZO9A 1B30A 4HMCA 2GJRA 1ESWA 4JFTA 3L4WA 1G01A 4JIEA 3M07A 3VOCA 1HVXA 4D6DA 1KBBA 1E4IA 1JXKA 4PSPA 1J0KA 4QLKA 1TR1A 1VB9A 3AHVA 3VDCA 1ZL1A 1Y7VA 4HU8A 4U5IA 6TAAA 1CZ1A 4UZUA 3W27A 5BWFA 2A3EA 2EPOA 1H49A 3ZJ7A 4PMZA 4BCEA 1ISWA 1P6WA 4AZ7A 4CU7A 2AMGA 3L4UA 4BQ5A 1E6RA 2CHNA 2UY2A 1WZAA 1CNVA 5E0FA 2C8NA 4RL3A 5D9NA 1TVNA 3GBDA 3VD7A 1GHSA 1OD8A 3CUFA 4PN2A 3RMEA 3WQWA 1X6NA 3AFBA 4YN5A 5GNYA 5E0CA 1KWGA 3CZEA 4AISA 3VTRA 1ECEA 3ZOAA 1JAKA 3KZSA 1J0ZA 4PCSA 1S46A 3CIVA 1NWRA 3ZT6A 3QHMA 4F79A 1V3IA 2J7EA 2VURA 3RCNA 3OZPA 1B90A 3PZIA 2XFYA 2ZWYA 1JYNA 4NZCA 2IUZA 4UOJA 2J7DA 1BVZA 1L0PA 1FHDA 3AYSA 1X6LA 3AXIA 4JL2A 2ZX5A 1PX3A 3B9EA 1ITCA 4W7UA 4UNIA 1PZ3A 3VX0A 3VDAA 2VO5A 5CG0A 1Q6DA 1JNEA 1AVAA 1FFRA 3VIIA 5I5RA 3ZT5A 3WF3A 3WF2A 4D6JA 5C71A 4UQBA 2BY1A 1MFUA 1RP9A 5FCZA 1E55A 1HF6A 4CN4A 5D9PA 1SR0A 4E2OA 3MSGA 3F5JA 3N12A 2Y4SA 3L2LA 2W63A 2RGLA 3KWXA 4PUDA 1EGZA 1VJSA 4ML4A 4OZOA 1E6NA 2CBVA 2VC9A 4NRRA 4HP5A 1EDQA 2EPLX 1VENA 3MS8A 1BPLB 1C7SA 3WD1A 1EQPA 4OOUA 4D71A 1V6UA 1LQ0A 3WDJA 2J74A 3W6LA 2PC8A 2WWDA 1R85A 4AD1A 4XZWA 2ZUSA 1UR2A 2CETA 4NSBA 3KE0A 4AZGA 3WY1A 4AZCA 1OWQA 1LWJA 2W66A 3VKKA 1CGTA 4YPJA 3BH4A 1V03A 2JALA 4Y7EA 5M17A 2UY3A 1GOQA 2WZEA 1EHNA 3NSMA 2YL9A 3CO4A 1B1YA 4MAZA 2D22A 5JBEA 1ITXA 1JNDA 4B3KA 4J28A 3CZGA 1GQIA 2A3CA 2CBJA 1KCLA 4JL1A 2B31A 2YL6A 5IHSA 3VNYA 2YDSA 1NWSA 2BXYA 3IANA 4HOZA 1DWGM 1KXTA 5D8ZA 2V5CA 4PMVA 5FL0A 4UFIA 3VIPA 1W1VA 2E8ZA 1WAWA 3WQVA 4PRWA 3ARQA 1UKQA 4MPKA 4QLJA 1FHLA 1CTNA 4AIEA 1W2VA 1K9DA 3AIUA 2W67A 2OYLA 3VD9A 3GYCA 1JFHA 1CXHA 1US2A 2DGAA 3DYOA 3IJ8A 4W7WA 4W88A 3MANA 4P7NA 2ZX9A 1H41A 2G3NA 1XH0A 2ZUTA 2VZSA 2J77A 3ARWA 2CHOA 2QV4A 3BAWA 2BXZA 3WNOA 1XYFA 4CCCA 2VRKA 3LMYA 3SUUA 4M29A 3QGVA 2UY4A 2J47A 1E5NA 1SFSA 1C8QA 1GPFA 5D4YA 2JF6A 5A6LA 3PTKA 1E56A 3GH4A 4HPGA 1NP0A 3PZOA 3T0AA 4HMEA 4D1IA 1QNSA 2XWEA 1V3MA 2DSWA 1LL6A 5A1AA 1E3ZA 1E3XA 2D24A 4GPNA 4H2CA 3AXHA 4KRTA 3MV01 2XVKA 2XVPA 1C93A 2HVMA 2PWHA 4W84A 2J4GA 1MWOA 4KH2A 1V6XA 2A3AA 5A95A 1ZU8A 2DH3A 5I78A 1J0IA 1A3HA 1BTCA 2VUYA 3UERA 2G3JA 1QW9A 1R87A 2GJXB 4MTVA 3VGDA 1VEOA 3WEZA 1XCXA 5CJ5A 1DWIM 3L4YA 3IK2A 1EH9A 5CSYA 3PZGA 2FHCA 5CGMA 3SCNA 2WW5A 2WC4A 1HL8A 2WMHA 5C70A 4S3JA 4OKDA 5ABGA 2XWDA 1RH9A 4LX4A 3ZSSA 2OLHA 1BF2A 2GDUA 4ZENA 2OSXA 4BQ2A 8CGTA 1M01A 3IJ9A 3W26A 1H09A 1QVBA 2QF8A 4W8AA 3SEPA 4WKFA 3DHPA 2G3IA 2X0HA 2AAAA 4J3VA 3WQ8A 2F61A 4U33A 4F9JA 3AIWA 1XH2A 2UY5A 4QLLA 3UG5A 3OB8A 1QBAA 1KR0A 1UR8A 1UYQA 2YL5A 3EDDA 4DWSC 2OYKA 1R8LA 1KGXA 1CXIA 2X8RA 2PBOA 1NOFA 3GNRA 3GM8A 1XV8A 3QOMA 4TUFA 4MJ4A 5BXSA 1V3KA 4PMUA 4OJYA 3WF4A 3ARTA 1US3A 2PI6A 1CYGA 2A3HA 4CD5A 1JZ3A 2YA1A 4DUWA 2BNJA 4KWUA 4MJ2A 3PBGA 2DEPA 3POCA 1KB3A 2BVDA 2WWCA 5CLTA 3EMCA 3ZR5A 2CPUA 1GZJA 3W29A 4PMOA 4H04A 3ARUA 2FHFA 1GORA 2TAAA 3CLWA 2E4TA 1FOBA 2VR4A 3ECQA 3SCUA 3G6LA 3N1AA 1JI2A 1LLOA 3FHQA 2DSZA 4L4OA 3TTSA 2WHKA 3VM5A 4J3XA 4B15A 1WP6A 2Q8XA 1CECA 2WCSA 5E09A 4JKKA 1B31A 1LL4A 4DM2A 2WSPA 5ABFA 2G3MA 1BVNP 4BQ4A 3N11A 1C7TA 2WCGA 1LG2A 1ZS2A 1CGXA 3F5LA 2DT3A 4U2ZA 3CUIA 3BLPX 3LPOA 3MKKA 3OLGA 2XG9A 4UOZA 4D6FA 3AMDA 4PTXA 4J7RA 1OIMA 1QI3A 2XJ7A 4QCEA 4AY1A 1XH1A 4WIWA 2X0YA 4F66A 3WL0A 3WKZA 2WBKA 2XTKA 4FLSA 4WKAA 4J3WA 4MDPA 1O6IA 3AZRA 1DEDA 5A8QA 3WUFA 2E3ZA 2FHBA 4Z2KA 3T2QA 3RILA 2XVNA 1M53A 4J3TA 3AMKA 4CUCA 1LL7A 2FH8A 3EDEA 1VJZA 1UR0A 4Z2JA 3A3HA 1OGSA 1XYZA 1MW1A 4TVDA 1UKPA 1V0KA 4H41A 4PYSA 1UQYA 4M82A 4DWSB 1XD0A 2ZXAA 1FH8A 4IISA 4H8HA 1PBGA 2VX4A 3W25A 2WC7A 2YKKA 1E6SM 2QPSA 3CBWA 4IPNB 5FL1A 5M03A 2HISA 2ZXDA 5CZKA 3ZM8A 2C7FA 4CVUA 3A47A 1GOKA 2E9LA 2WVTA 2WMJA 5GPRA 4HOWA 2W5FA 1W2PA 4WSKA 5LA2A 1D7FA 2DSKA 4KGLA 4JFWA 5CPSA 3D5HA 1HP5A 3EMQA 3W38A 5CXPA 4K68A 4AW7A 3WQ5A 1KCKA 1GJUA 1H0GA 2EEXA 2WMGA 2O92A 3PZUA 3AYRA 3M46A 2YL8A 3CHFA 3EDKA 1BYAA 3MSDA 3W0KA 1VEPA 3OA5A 1VEMA 2VT0A 4U5KA 1GQJA 4W86A 2XUCA 1EIBA 1ISYA 4CN1A 3CUJA 1OT1A 1Q6GA 1W9XA 2XVGA 5DFAA 1GOMA 5I23A 3AMLA 4CVWA 4ZEPA 4F8XA 4XX6A 1UWQA 2YOCA 3II1A 3I3BA 1E6ZA 1HVQA 3EBVA 3GXDA 3N13A 1FP8A 3ARPA 1ODZA 1XSIA 4IUGA 1E1EA 2XGIA 3CHDA 3VD5A 1Q6EA 2GSJA 4QCFA 2O9RA 3OIHA 5I6SA 4EKJA 4P7QA 2EQDA 3KL5A 1FH9A 5I77A 1GNXA 1U33A 3IAQA 3OLIA 2XPKA 1QHZA 3FN9A 2WVUA 2QMJA 3DYMA 1UWRA 1E70M 2ZIDA 1E1FA 1Q4NX 4PMRA 4ATLA 2VZOA 3WN6A 2W91A 2WVSA 1OCQA 1TG7A 2WLZA 3BAXA 1JI1A 3GDBA 2JF7A 3K4DA 3W81A 3WBAA 3WUGA 4B16A 5AC4A 1W1TA 5CQ1A 4TTGA 4ZFMA 1K6AA 4NF7A 3NCOA 3PZQA 2V38A 4PEEA 1F4HA 2CBIA 1UR1A 1VBRA 2ZUMA 1H3GA 2BVYA 1E6PA 1MFVA 3CPUA 4AXNA 4W93A 2WHLA 4BS0A 1J12A 1VFUA 1HJUA 2E0PA 5IDIA 1JIBA 4TXEA 1L8NA 1SYTA 4D1JA 1HKKA 3WFLA 1SMDA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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