2X0YA

Screening-based discovery of drug-like o-glcnacase inhibitor scaffolds
Total Genus 233
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
233
sequence length
584
structure length
584
Chain Sequence
VLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYNRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Screening-Based Discovery of Drug-Like O-Glcnacase Inhibitor Scaffolds
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
total genus 233
structure length 584
sequence length 584
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2009-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2x0yA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2x0yA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2x0yA01
3GTNA 3MUAA 3ARPA 2D2OA 3FW6A 4CN6A 3VO0A 1CLXA 1OINA 1UR8A 1ISVA 3W25A 2G3NA 2J78A 5ABHA 2C0HA 5BRPA 4W8BA 1KBBA 2J62A 5E0CA 3CZ8A 2CPUA 4BCEA 1PX8A 1K9TA 1G5AA 3CLWA 4CGTA 1HJXA 3VD9A 4ZE5A 2WC3A 1E1FA 3MUY1 4PSRA 3EDKA 3CHCA 4MDPA 1BYAA 1JG9A 4MNJA 3ZJ8A 1CGYA 2VR4A 1WZKA 3W4RA 3FNDA 4IPLA 3KE0A 2Y8KA 4ZE4A 4M82A 1W3HA 5D9PA 2WPGA 1GZJA 4PMUA 3B9AA 1B9ZA 4UR9A 3N17A 5AYBA 4AD0A 3KWXA 3VMPA 2F61A 3PZNA 2FGLA 3CHDA 1V6UA 2YJQA 2YOCA 1UUQA 1FH8A 1E6SM 3VDHA 3VVGA 4CCEA 2BVYA 2XGIA 2YLAA 4DUVA 2CHNA 1PAMA 5E70A 1E73M 4AD3A 1UHVA 4DUWA 1WZLA 1XSKA 3SCTA 1EGZA 2WSPA 3O2LA 3CHEA 1LL7A 1UD3A 2E8YA 4UFLA 5A95A 1VJZA 2JF7A 3FN9A 3ZSTA 2OWCA 4WSJA 1CECA 1BGAA 4JFVA 3GZAA 1ISYA 4U33A 1H5VA 2E3ZA 3WUFA 5A1AA 1VEOA 4PMYA 1BG9A 1IZKA 1CXKA 5CQ1A 3AIUA 4KGLA 3KL0A 3RJXA 2WB5A 3BC9A 2W5FA 1QW9A 3S6TA 5IHSA 3BLPX 1G01A 2DSUA 1ZJBA 1W9BM 3A47A 3DYPA 4WLCA 1C92A 4AD5A 3WF3A 3GNRA 3SUVA 2HISA 4BS0A 4MTVA 1J0IA 1UWIA 1GQIA 5EFFA 1E6RA 3NYDA 1J0ZA 4D1IA 2Y4SA 3FAXA 1UZ1A 3WDQA 2GDUA 4OOZA 1HKJA 2XHYA 4GQQA 5DT7A 4YHEA 4F9JA 4W85A 1MXGA 4PTXA 1GOIA 1FP8A 2F2HA 1C3FA 3BAYA 3RDKA 2VCCA 3K46A 2VRJA 3OLIA 3OLGA 1GCYA 4AEEA 2PWGA 4J7RA 1HJSA 1FHLA 2CYGA 1D2KA 1MW1A 1VFOA 1WCGA 3CTTA 1D7FA 2DSWA 2BFGA 2DT1A 2E4TA 1RH9A 4W5ZA 5I5RA 1NH6A 4YN5A 3IANA 2PBOA 1EQCA 3GDBA 4W84A 1E6QM 4W93A 1EA9C 4KWUA 4GO8A 4DWSC 2W91A 3I3BA 3IJ7A 5HXMA 3RMEA 5HPCA 4MJ4A 1HVQA 3L4TA 3POHA 3WDHA 3AIVA 1AQHA 1PEZA 4JZ5A 2WCAA 2B31A 4E2OA 3EMCA 3APGA 3VDAA 4PN2A 4ACYA 1JF6A 4W5UA 1KQYA 2ZUNA 1V3KA 5GPRA 5DMYA 1TA3B 4DWSB 1GOKA 2ZUMA 5GNYA 4CU6A 5CGTA 4UOQA 1NOFA 2W63A 4UCFA 2DIEA 4UZUA 1OCQA 4IM4A 2E8ZA 3UR8A 4Z2IA 2GK1B 2DT3A 3AHVA 3ZO9A 1AVAA 3WMCA 2JFEX 1SMAA 3VIPA 5E6YA 3KL5A 2WK2A 2VVNA 5I79A 1JNDA 3EMQA 1UH4A 1ISXA 2ZXDA 2J25A 2WMJA 4HPGA 1V03A 1E0WA 4MB4A 1I1XA 1G0CA 1V3JA 2BY2A 4TUFA 4B15A 4HZ6A 3AIRA 5I78A 1PJ9A 4AMCA 1B3VA 1J0JA 1JD7A 2WMIA 4H8VA 2YDQA 4U31A 4BZYA 4E8CA 4BQ2A 1W2PA 3II1A 1GOWA 1EHNA 2CBVA 3GM8A 2D0FA 3N11A 1ITXA 3SCWA 1UQZA 2ZWZA 2Y5EA 1SR0A 2XUCA 1US3A 4JAWA 3AS3A 1NWSA 3WEOA 5A6BD 4WJXA 3I3DA 4LXFA 3MS8A 5JIWA 3T0BA 1J0HA 4WKHA 1V3LA 4M56A 1J10A 1G1YA 2PI6A 3K1DA 3UG4A 2XJ7A 2CEQA 2WKLA 1BQCA 1HXJA 4J28A 1KR1A 1W9XA 3N15A 2O9OA 2C7FA 1EOMA 4HPHA 3SUWA 2VX6A 4RE3A 4E4PA 3PZ9A 2ZUWA 3WDIA 5IFPA 3SEPA 1TA3A 3QOKA 2Y8VA 1LG1A 1UD2A 1WPCA 1BVNP 3CZJA 1BFNA 2WLZA 4TVUA 2WLYA 3B9EA 2BY0A 3UG5A 1HJVA 1MW2A 2GK1A 1IV8A 1HT6A 4TOQA 3CPUA 3MV01 1TR1A 3BCDA 3ZIZA 4NF7A 2A3EA 1H11A 1QI2A 1UZ4A 5LA1A 2MANA 3PHAA 3HJEA 4HA1A 2WKGA 5IHRA 1BPLB 2FHBA 1K9DA 3CMGA 3WF2A 4UFKA 3EBVA 3U7VA 3FHQA 4LYPA 2WHLA 3B8SA 3MUIA 1E70M 2A3HA 5A2CA 2XSBA 2XVGA 1EHAA 1JFXA 5A6KA 2XIIA 1MWOA 2X0HA 1H1NA 4MAVA 4URIA 4X0VA 1B3WA 2E9BA 4B9YA 2TAAA 3W28A 4JFWA 1JZ6A 3MSGA 4UOJA 1QI4A 1MVYA 2WWCA 1KWKA 1V0LA 2FDMA 4ZEPA 1HJUA 1TVNA 5HNNA 4S3JA 4DM2A 3D3AA 2J7DA 4OBSA 2CBJA 4JIEA 1HL9A 1KCKA 1JYNA 1Q4NX 3VGHA 3MKKA 2PB1A 3SCSA 4CD5A 1JZ8A 3GYCA 2D22A 4H04A 3T2QA 1GJWA 2WCSA 1U30A 4P7NA 1JDDA 1GQKA 1US2A 2J77A 4YHGA 2BY1A 1KGXA 1EDGA 4MPKA 5A8OA 4J27A 3CZKA 3KL3A 1B3ZA 1E55A 4Z2LA 2IXVA 5A6AA 3ZMRA 1E4NA 1W91A 3LPFA 1W9UA 2OYKA 2OSXA 1ODZA 2VMFA 4PBGA 6CGTA 1CGXA 2RGLA 2X09A 1TE1A 1C93A 4UOZA 3AZSA 3SCPA 3AHZA 5CPSA 4H41A 3AIEA 1NQ6A 5I2UA 1JFHA 1HKMA 2JIEA 3MMWA 2DT2A 5E0FA 2WZEA 2CHOA 3NUKA 1EOKA 4PMQA 1CIUA 3UEQA 4WF7A 3N04A 3ZSSA 4PTVA 2BV9A 2GVYA 1UKQA 1NP0A 2XWDA 4M8UA 3RM4A 3AIBA 2WXDM 5A8MA 3WKZA 1CZ1A 3WF0A 1Z32X 3TONA 4CD4A 2E9MA 2DQXA 4L4PA 5BXRA 3AS1A 3VMNA 5C70A 1UKPA 1JYVA 1ISWA 1WB0A 3WNKA 1BLIA 3PN8A 1OGSA 2G41A 3QGVA 1RPKA 1FH7A 4D6GA 3MANA 4CVUA 4KGJA 5D8WA 1E9LA 5JBEA 4RE4A 2EPKX 5CG0A 1I1WA 3BXWA 4IISA 1V6WA 3CMJA 3VIKA 3AHTA 5CPQA 2V5DA 1UG6A 1K6AA 3UERA 2XFFA 1JDAA 3W6LA 2XFYA 4PMVA 3WY1A 2WSKA 3VOCA 5CJ5A 2OWXA 5D9MA 3WF4A 1E1EA 4J3WA 1ZBVA 3AOFA 4AWEA 2A3AA 4R5EA 3ARYA 2CBIA 3BMWA 5EB8A 1JD9A 4AD4A 2WMFA 3WNLA 5ECUA 4LYQA 3FY1A 2EQDA 3OZPA 1WDRA 5ABGA 4C7GA 3L4VA 3WEZA 3WH8A 2WBKA 5DT5A 3WNMA 1WDQA 1P6WA 1XC6A 1XSIA 4JL2A 4HA3A 3T0AA 1DP0A 1I75A 1ISZA 2VOTA 5GNZA 1XYFA 4J3XA 8A3HA 3ARRA 2F8QA 1NOWA 4KH2A 4OKDA 2X05A 2FH6A 4AZ6A 4C91A 3ARQA 4HZ8A 3IAQA 2J47A 2YL8A 3DHUA 4CUCA 1B0IA 3ALFA 4H8HA 3W53A 2YDRA 3WUEA 5D4YA 1QHOA 1X6LA 4CCCA 3WD4A 1CENA 1PZ3A 2BHYA 1JZ2A 4XX6A 1JDCA 2J7HA 1E5JA 3TTSA 3L2LA 1PBGA 2ZUTA 1JAKA 3L2MA 4YPJA 1JYWA 3RJYA 5AC4A 4AYSA 1WP6A 4ACZB 1UH3A 1KFWA 1FFRA 5A2BA 3WSUA 5M5DA 1QBAA 5FOOA 4MNMA 5TD4A 4NRSA 1JNEA 3W81A 1EXPA 1F4AA 4GZEA 2XVLA 1QW8A 4P8WA 4QLJA 3TTQA 1ECEA 3L4ZA 2D1ZA 1PIGA 1J9YA 3J7HA 1UWRA 4JHZA 1KGWA 1DWAM 3VIIA 1GVIA 3RM9A 3AZTA 1J12A 2YA2A 2VR5A 4XB3A 3ZJ6A 2BHUA 2ZXQA 1GOMA 1E72M 4F8XA 1UR2A 2EEXA 1ZL1A 1UR4A 2ZX7A 3BMVA 3OZOA 2W92A 2OLHA 2DSVA 1YHTA 1HNYA 2CERA 4CU8A 1KWGA 7A3HA 2WM0A 2ZXAA 3KZSA 2YKKA 3T2OA 1XV8A 2ZX6A 4HOZA 4A4AA 3ALGA 1B90A 3CZEA 2JE8A 1DEDA 3AICA 4PCTA 1VB9A 2WNWA 4RE2A 1E43A 2E0PA 3WD1A 1O6IA 2EO7A 4B9ZA 1MW3A 1OWQA 1R87A 4P8XA 4HTYA 2ZX8A 3O6AA 3VGGA 4MNLA 4P7RA 1J0KA 2QPSA 4HMCA 5DF0A 2D0GA 1R7AA 4TX8A 1UR0A 2PBGA 5EBAA 2FHFA 3WELA 1KGUA 4ZENA 1VJSA 4CN1A 3NSMA 1EDTA 1QBBA 1GNXA 1BTCA 5JIPA 1YQ2A 3VGBA 4FMVA 1W2VA 3VD5A 1V3IA 1TVPA 3N18A 4MB3A 4AD1A 2V5CA 2J7CA 2XVNA 2JEPA 2VQUA 4PCSA 3WF1A 2IXUA 3TTOA 3TA9A 1IZJA 2GJXB 1QHZA 4U5IA 3WFZA 6TAAA 2BS9A 1MW0A 4GIAA 3NJ3A 1W3KA 4D72A 4QP0A 4OUEA 1N82A 1XCWA 5HDRA 3HU7A 4N0RA 1X6NA 5KEZA 4R27A 2FGZA 1LL6A 3UCQA 3MU7A 3VIFA 3ZOAA 3VKKA 4D6EA 2J8GA 2J4GA 1J01A 3AJ7A 1UKOA 3THCA 1OGBA 3L4XA 4PEEA 3PZVA 1K9EA 1CBGA 1VEPA 3VD4A 4M24A 4JCMA 1OT1A 4HZ7A 4IUGA 1B3YA 3SCRA 2WHJA 2RGMA 5A3HA 3F5JA 4MNKA 5CLWA 2DIJA 1TMQA 4W7VA 1OSEA 3K4DA 3WQ6A 2VZSA 2VJXA 3CUFA 1XH1A 4PMOA 1AMYA 2V3DA 2O9RA 5CPTA 1W9PA 4PUDA 1BG4A 3WH9A 2W61A 3F4VA 2BXYA 1J11A 5JBDA 1OB0A 3OGSA 2VX4A 2EPLX 1OD8A 4EANA 4Q22A 3F5KA 1ITCA 4D6FA 5AC5A 1B30A 4NZCA 3AXXA 2CCRA 3GBDA 3WQ8A 4NRRA 2VCBA 1DWGM 1HP4A 5BXTA 3PZIA 4JFUA 1QNQA 2PWEA 4ZXOA 4PRWA 4CD7A 1CGWA 1MFVA 1EDQA 4TX6A 2YA0A 2CKSA 1XSJA 1CXHA 4AZCB 4UQBA 4MDOA 2JALA 1UA3A 2GDVA 4W8AA 4ATWA 3MMDA 2BVTA 4PMDA 1CXLA 4PMZA 3CIVA 4ML4A 1QVBA 1JI2A 2WMHA 3WBEA 1K9FA 4CD6A 1GPFA 1TFVA 1OT2A 5ABFB 1WDPA 2QF8A 2ESCA 2G4FA 3QHNA 2UY2A 2A3CA 2WZHA 3EMZA 1WZAA 2Y24A 3BCFA 3UR7A 2ZE0A 3WDRA 3CBWA 1Q6CA 5CSYA 1UQYA 4JKKA 1UH2A 3AYRA 1KXHA 5JBFA 3VIJA 5I23A 3WDPP 2GJXA 3AFBA 1VAHA 2D0HA 3AIWA 2O9PA 5A69A 1VFMA 1JI1A 5CLTA 5DFAA 3LPGA 3SCNA 4GQRA 2J7FA 3W29A 2WC7A 1R7OA 2YBTA 4N42A 1HJQA 4D6JA 4X0NA 5I77A 1OD0A 4Z2KA 1V6YA 2WHMA 1W9DM 4NI3A 4LQ1A 4W88A 1DWJM 3AISA 4U3AA 4U3CA 2YBUA 4J3TA 1E6NA 1W1TA 3NSNA 3BAJA 2ZUUA 1QI0A 4EK7A 3CUJA 4UFHA 4P8VA 4DWSA 4D6DA 3WQ4A 1KCLA 5ABEA 1ZBCA 4FLRA 3PZMA 1CXIA 1Q6FA 4U5KA 5HBFA 2EPNA 5D9OA 3F5LA 1QPKA 1IT0A 1NWRA 3A4XA 1UWUA 1C8XA 1L0PA 4M80A 2WW5A 3ZR5A 2QMKA 3THDA 4HMDA 1V08A 2DT0A 2VZTA 1ZS2A 3TP4A 2WWDA 2Z1KA 5FL1A 5M03A 2ZUVA 1JF5A 4BF7A 1LWJA 1UD8A 2CIPA 1B3XA 3OBAA 4H2CA 2XIBA 1OIMA 3VU2A 5HPOA 2O9TA 2ZXBA 3SUUA 4AZCA 2QPUA 2PWDA 4OOUA 3SCVA 3CO4A 1R8LA 3PZOA 3VX1A 3D5HA 6A3HA 3CHFA 3N1AA 5BROA 4ZXLA 3T2PA 4CVWA 4M1RA 1V3MA 1W3JA 2CESA 2EXOA 1W3LA 1GHSA 2CXGA 1SMDA 2VZVA 1M7XA 3K8LA 1E71M 3ZT6A 4UFIA 1B31A 4FK9A 1XD1A 1XRVA 3IJ8A 5FKYA 4DM1A 2YL5A 2ZX9A 1NARA 4C90A 2WHKA 5AYIA 3S2CA 4GI9A 3AZRA 1H3GA 1BVZA 1FOBA 1H0IA 1W1VA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3GTN A;  3MUA A;  3ARP A;  2D2O A;  3FW6 A;  4CN6 A;  3VO0 A;  1CLX A;  1OIN A;  1UR8 A;  1ISV A;  3W25 A;  2G3N A;  2J78 A;  5ABH A;  2C0H A;  5BRP A;  4W8B A;  1KBB A;  2J62 A;  5E0C A;  3CZ8 A;  2CPU A;  4BCE A;  1PX8 A;  1K9T A;  1G5A A;  3CLW A;  4CGT A;  1HJX A;  3VD9 A;  4ZE5 A;  2WC3 A;  1E1F A;  3MUY 1;  4PSR A;  3EDK A;  3CHC A;  4MDP A;  1BYA A;  1JG9 A;  4MNJ A;  3ZJ8 A;  1CGY A;  2VR4 A;  1WZK A;  3W4R A;  3FND A;  4IPL A;  3KE0 A;  2Y8K A;  4ZE4 A;  4M82 A;  1W3H A;  5D9P A;  2WPG A;  1GZJ A;  4PMU A;  3B9A A;  1B9Z A;  4UR9 A;  3N17 A;  5AYB A;  4AD0 A;  3KWX A;  3VMP A;  2F61 A;  3PZN A;  2FGL A;  3CHD A;  1V6U A;  2YJQ A;  2YOC A;  1UUQ A;  1FH8 A;  1E6S M;  3VDH A;  3VVG A;  4CCE A;  2BVY A;  2XGI A;  2YLA A;  4DUV A;  2CHN A;  1PAM A;  5E70 A;  1E73 M;  4AD3 A;  1UHV A;  4DUW A;  1WZL A;  1XSK A;  3SCT A;  1EGZ A;  2WSP A;  3O2L A;  3CHE A;  1LL7 A;  1UD3 A;  2E8Y A;  4UFL A;  5A95 A;  1VJZ A;  2JF7 A;  3FN9 A;  3ZST A;  2OWC A;  4WSJ A;  1CEC A;  1BGA A;  4JFV A;  3GZA A; 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