2XM1A

Btgh84 in complex with n-acetyl gluconolactam
Total Genus 244
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
244
sequence length
712
structure length
645
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVERNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPEIELDAIYPGENIQINFLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Inhibition of a Bacterial O-Glcnacase Homologue by Lactone and Lactam Derivatives: Structural, Kinetic and Thermodynamic Analyses.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 244
structure length 645
sequence length 712
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2010-07-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2xm1A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xm1A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2xm1A01
2V5CA 4S3JA 1PAMA 2WC4A 1ECEA 2IXUA 1VRXA 4KGLA 3CBWA 4B9ZA 3VUPA 1X6LA 4C7DA 1CZ1A 4NI3A 1JGIA 4ATDA 1XC6A 3SCOA 2CKSA 4MNKA 1V3MA 5CPTA 4WSKA 4DUWA 4PTXA 2CBVA 2V3GA 3KZSA 1KFWA 3VTRA 3APGA 5I23A 1E55A 1HP4A 3WUGA 1WE5A 4A3YA 1E0WA 1PX4A 2GFTA 2J74A 4U5IA 3ECQA 4A3HA 2FHCA 3OGVA 1UQYA 3ZR6A 3VGBA 5BRPA 1G1YA 3NYDA 3MANA 1SFSA 1C93A 4F8XA 2DT2A 4HA4A 5JBDA 2D0HA 3T0DA 4PMXA 1KQZA 3WF4A 1GORA 5A2CA 1ZBVA 3GH5A 3A6OA 4AYSA 2ZUSA 5A6KA 3O2LA 3QHNA 4PMQA 4YN5A 3VINA 2WMHA 3CZLA 1R8LA 1PPIA 2CBJA 1TE1A 1LWJA 1UD6A 4UFJA 4TTUA 3F5KA 3PHAA 2FDMA 2YDQA 2IUZA 1K9FA 3MUAA 2EQDA 5EBAA 1B3YA 2J77A 3WMCA 1ESWA 4JFWA 4XZWA 3WDIA 6TAAA 4ZENA 1ZJAA 2YOCA 4E4PA 1UR0A 1X1NA 1OGSA 3CZ8A 5CJ5A 4MB4A 4F9DA 3SCSA 1QI5A 4GKLA 5BYWA 1QHOA 2QHAA 1HVXA 4JHZA 2YLAA 5KEZA 2J78A 1W9DM 1HF6A 2VCAA 2VT0A 2WWCA 3BCDA 2GK1B 1E6SM 3WQ6A 7A3HA 1LJYA 1ITXA 3QOMA 2J7GA 1UWRA 3MUY1 4GPNA 5BXRA 4PMOA 2YL9A 1E6NA 2Y24A 5D8WA 5LYRA 2J25A 1I1WA 5GNYA 5AYBA 3AZTA 2GJRA 1NH6A 1UR4A 3LPOA 1NARA 1B0IA 4M1RA 3WMBA 3BAXA 3VM5A 1UD3A 3WH8A 4U5KA 5DEZA 3ZOAA 1B3VA 4MAVA 4Z2HA 4P7LA 2J8GA 2WMKA 3IAQA 3UERA 1EHAA 2BHYA 2DGAA 5M03A 1AVAA 5DMYA 2ZUWA 3I3BA 2O92A 1GJUA 3W38A 5HBFA 3ARPA 5HNNA 2YL6A 1W9XA 4CCEA 4JCLA 4XX6A 2WHJA 4CN4A 1CGXA 5A95A 3QOKA 3CIVA 2PWDA 3GNOA 1BVNP 4AISA 1E56A 4ATWA 2FH8A 3KE0A 5ABEA 4V2XA 4JZ5A 3UG4A 1BGGA 2CKRA 4HMDA 1B31A 3VIFA 1H0GA 1UKSA 1XCWA 1JXJA 2GDVA 3U5YA 1E5JA 3WF1A 1JIBA 2XSBA 2PF0A 4CKQA 3MMUA 3BAJA 1JD7A 3W53A 4PMDA 3M6DA 5D9PA 2WLYA 3VD9A 4W8LA 2QPSA 1LLOA 2CESA 1CYGA 1LG2A 3PZNA 4W86A 1JZ6A 2BHZA 4PYSA 1US2A 3N15A 3WQVA 1OBAA 5I2UA 1XH0A 2ZXAA 3EDEA 1V6UA 1NWRA 1V0KA 2RGMA 4AXNA 2WCAA 4U3AA 3WNLA 5C71A 5A2BA 1OCQA 2VURA 5DO8A 1TR1A 4GO9A 2TAAA 4A4AA 4Y7EA 1ZL1A 3IANA 4NRSA 3SUVA 3VOCA 4HOZA 3UR7A 5FOOA 5M3WA 4U2YA 4AC1X 4GI9A 4W87A 3CZJA 3U7VA 5D9NA 4GZEA 2XWEA 1DWJM 2VOTA 3AI0A 4UOQA 1J0HA 2PC8A 1E3XA 2WKLA 1KXTA 1E15A 1LL6A 4L4OA 3N9KA 1KGWA 3G6LA 3UESA 4Z2LA 4UQAA 4TVCA 3VD5A 3SUWA 2UY3A 4FLRA 4W5UA 1TMQA 2CETA 4J28A 2XIIA 3GTNA 3GBEA 2G3JA 1Q6GA 1G94A 1UH3A 3ARTA 1V08A 2DSVA 4FLSA 1J0ZA 1E70M 1V0LA 4OOUA 3CHFA 1P6WA 1UH4A 2XSAA 3AXXA 1AQMA 4R5EA 1GZJA 4CGTA 3AHVA 5A6SA 2CNCA 1H41A 1JAEA 3WF0A 4NF7A 3CUFA 1GPFA 3JUGA 4UCFA 4Z2IA 1DHKA 4J7RA 2QPUA 3ZT7A 4W93A 1EH9A 1WDSA 3U57A 1ZU8A 1TFVA 5D9MA 5A69A 1VENA 2NT1A 1H11A 5FD0A 1EQPA 1OGGA 1GOQA 5I77A 3L2LA 1J0YA 5A8PA 4UOZA 5IHSA 1W1VA 3NUKA 4D6FA 5DT7A 1XRVA 4P7NA 4AD0A 4YPJA 2D1ZA 5A94A 3AIBA 5I0DA 2ZWZA 1H1NA 1UOKA 1E0VA 3K46A 3ARRA 1AQHA 2DT3A 1CGVA 3VM7A 4CD6A 3D5HA 3O9NA 2C7FA 4D6HA 1KGUA 1RP9A 4MNJA 1PBGA 4H8VA 3LPPA 1J0JA 1KCLA 5IXEA 2EBNA 3OGRA 3RJXA 3AXHA 3GXMA 3PZ9A 4GIAA 3VIGA 3GXDA 2QMJA 3VX0A 4PRWA 4H8HA 4CCDA 4B16A 3KEHA 1CNVA 3QR3A 2E40A 3WH9A 3DC0A 3AIVA 4PN2A 3T2QA 3M07A 4AD3A 3S2CA 2VC9A 4ZE5A 4Z2KA 1DWHM 1EOKA 4AD1A 3WF3A 2JE8A 2GDUA 1GOIA 1BYCA 1CXEA 3VGDA 3MV01 1PEZA 3AISA 3BSGA 1XSIA 4IPNB 1K9TA 3PZIA 3AS3A 3CUHA 2WW5A 3CHEA 4B3KA 5A3HA 2J79A 4MTVA 1Q4NX 1MYRA 2BY0A 2YDRA 2EJ1A 4HA1A 2W62A 5BWFA 2BY1A 2GUYA 2FGZA 3IJ7A 1J10A 1M01A 1V3JA 2J7DA 4OZOA 1UD5A 2A3HA 1NP2A 3MS8A 3WSUA 4LQ1A 1ISZA 2BXZA 4DUVA 5DFAA 2AOSA 1E1FA 3A4AA 2VMFA 3UEQA 4FK9A 1E6PA 2WVVA 3MSGA 1OIFA 1HJSA 1QBAA 1CBGA 2F8QA 4UZSA 3NCOA 5F7UA 1GQLA 4PTWA 2DIEA 4HMEA 3PZQA 2Q8XA 1CIUA 5HOSA 4J27A 3VX1A 1ODZA 1GQKA 4W88A 3VIMA 2J47A 2D3LA 2XWDA 4PSRA 1HT6A 1UWTA 1UD4A 2GVYA 3PTKA 1W9VA 1JF5A 4OOZA 1KQYA 2NT0A 3KWXA 4MDOA 3LPGA 3VILA 2XYLA 3VD3A 4BCEA 2BY3A 4MB5A 4M8UA 3WEMA 3KL0A 3VGEA 1GJWA 3PN8A 3VIIA 1CDGA 6CGTA 3AQUA 1V6XA 3WDHA 3TTOA 1BGAA 3VO0A 2G8ZA 1EQCA 1J11A 3CPUA 2G3NA 5DF0A 3VKKA 1JYVA 2DH3A 2VTFA 5CGMA 3WDJA 4UFHA 1M04A 3W29A 3TP4A 3F5LA 1B3XA 2MANA 4MJ4A 1UZ4A 4QLJA 2DDXA 3WFZA 3TOPA 2BXYA 3K4DA 2WM0A 5EFDA 1WZKA 4QLLA 4EAMA 2QF8A 2X2YA 3OA5A 1BSIA 2F2HA 3T0AA 2J7CA 1H0IA 3RMEA 4LYPA 2E4TA 2JIEA 3SUUA 2YIHA 1X6NA 1OD8A 1WPCA 5D4YA 1E0XA 8CGTA 4CU6A 4BQ2A 4JKKA 3OZPA 4URIA 2V38A 3VDBA 2VX4A 4M82A 3MSDA 1TG7A 1V02A 2FH6A 3PTMA 4TX6A 2GJXB 5C70A 1KXVA 5A6AA 2ZXBA 1E4IA 2WNWA 2WAGA 1RD6A 1E1EA 2DT1A 1B90A 3W4RA 4M81A 3PZOA 2WMFA 4B3LA 4AD5A 1W3JA 1W2PA 3AFBA 3VPLA 2EPLX 4LX4A 1SMAA 1TZ7A 1UR8A 1R85A 1XH1A 3UETA 1GNXA 3SEPA 4WJXA 4Z2JA 1QHPA 1R7OA 2BHUA 5IHRA 2YA2A 3WD3A 2PBOA 1CGWA 1K6AA 3VMOA 2YA1A 2QMKA 1BYBA 2ZE0A 1VAHA 3VGFA 3WD2A 3ARSA 2G3IA 2X05A 1W1PA 3VU2A 1CLVA 1C7TA 1ZJBA 1B1YA 4NZCA 1Q6EA 2XJ7A 1GCYA 4QP0A 2Z1SA 2YBTA 2WMIB 3ZIZA 3VMNA 1FHDA 3VMPA 1UWSA 2Y4SA 2VI0A 1GOKA 3ZO9A 1HKKA 1V3LA 4HOWA 1MW3A 1JI2A 2WWDA 1EHNA 3K4AA 4WSJA 1LL7A 4DUXA 1UKQA 2WMJA 4M56A 4J3VA 4JFUA 3MMWA 2XGIA 2Y8KA 1JFHA 1RPKA 1HJWA 5CSUA 2J7HA 3WUBA 2WHMA 1EOMA 3AIWA 4JL1A 1WCGA 3WENA 1NP0A 5ABFB 2WKGA 2WSPA 2QLYA 3PBGA 1DWAM 1UWIA 2BFGA 1EGZA 1OD0A 5E0FA 1LF1A 1E4LA 1XYZA 3AXIA 4DWSC 1W9PA 2E9BA 1XCXA 4AZGA 2O9PA 4YHGA 5A2AA 1CENA 3AMDA 5JIWA 1UA3A 4TTGA 3B9DA 2YA0A 1JDCA 4MPKA 1HIZA 1G5AA 1ISVA 3BSHA 3VDAA 7TAAA 2JIWA 1JNDA 1QI3A 3HJEA 2VQUA 4RE2A 4MADA 2A3BA 5KZ6A 2F61A 4PCTA 1GUVA 5IFPA 3NDYA 5IDIA 2X09A 3MUIA 1DWFM 4AMCA 4CCCA 2DSKA 4IM4A 4TXEA 4XUYA 1UH2A 3L4WA 3K8LA 4KRUA 3CTTA 3G6MA 4OKDA 5GNXA 1TA3B 4WK9A 2IXVA 5CZKA 2X8RA 3ZSSA 2XHYA 4P8UA 1XV8A 4IISA 1OINA 2VZVA 3VIKA 1C92A 4AZBA 2XFFA 4CN6A 4RL3A 4UQEA 1GOMA 4EK7A 3ZR5A 4NRRA 1KGXA 1C7SA 3AS0A 4MNMA 5M17A 3IJ9A 3LPFA 3ZJKA 3WQ4A 3W37A 2WC7A 3HN3A 1A47A 3LMYA 2W92A 3BAWA 3E1F1 2PI6A 3WNPA 2G41A 3T08A 3PZMA 3EMCA 3I3DA 2FHBA 3WNOA 1KWKA 3QHOA 1OM0A 5A6LA 3WDRA 5AC4A 4C91A 4UFLA 1CPUA 3SCQA 5JIPA 3OLDA 1LQ0A 1CGUA 1ZBCA 1SR0A 2YKKA 1GOOA 1NWTA 1WZMA 3WH5A 2V3EA 4H2CA 1R86A 3ZJ7A 4UTFA 4UQCA 3BC9A 2FHFA 4HZ7A 3ZQ9A 3VNYA 4JKLA 3HMCA 1ITCA 2X0HA 1QW9A 2D2OA 1OT1A 4JCMA 3WDPP 4H41A 3CHDA 2WZIA 3WL0A 1V0MA 1DTUA 1HVQA 3J7HA 4F79A 5BROA 1CGTA 2ZX5A 3AMGA 1KBKA 1GHSA 4UZUA 4IPLA 4TX8A 4P7RA 2D0FA 3NDZA 4TVDA 4QLKA 1MW0A 2BVYA 2JALA 5A6JA 3SCRA 3NSMA 5JBEA 2VCBA 1EDQA 4AZ5A 4HU0A 1JYNA 4BS0A 5CLTA 1BHGA 3ARZA 3ZT6A 4DM1A 1TCMA 2O9RA 1VEMA 2XPKA 1K9EA 1V02E 4PTMA 4EE9A 4PMRA 4CU7A 1JZ4A 1IZJA 5D9OA 3ARYA 3VD4A 4FMVA 2WMIA 4RE4A 4Q7NA 3K8KA 4FLQA 1VBUA 2CCRA 3AMLA 1DWIM 3EDJA 1WDRA 4CVUA 4B15A 4W84A 4D6IA 1QNQA 1D3CA 1MQPA 5AY7A 4X0NA 3I3EA 2E8YA 4HPGA 3B9AA 4V28A 2E0PA 4AZCB 3WH6A 3O6AA 2XFYA 1MW2A 2WBKA 2W5FA 3KL3A 3VIPA 2EPMX 1VJZA 4W5ZA 4MB1A 2D0GA 4ACYA 4PTVA 2ZXQA 1CXHA 4MNLA 2WPGA 1IZKA 4AD4A 2DEPA 1KR1A 5I3DA 2XGBA 3VIOA 5JUVA 5FIPA 5AYIA 1Q6CA 1W3HA 1W3KA 3DHUA 1JZ5A 1JZ3A 4U3CA 1CXIA 4FLOA 4CD7A 2BS9A 2GK1A 1FH9A 3ZSTA 3ARUA 1KXQA 1BPLB 3T09A 3VD7A 1TUXA 1CTNA 2BNJA 2JF6A 5A6MA 1AQ0A 1JNEA 2CBUA 2JEPA 1ODUA 1V0NA 4JIEA 1OSEA 4D1IA 1B3ZA 1QPKA 2EXOA 2EPNA 2D3NA 3DECA 1KR0A 4F66A 2J7BA 2YDSA 3AYRA 5E6YA 4WF7A 2BV9A 2E9MA 5EMYA 4J3UA 1JFXA 1H3GA 1GQIA 1UKPA 4PMZA 1QI2A 3UG5A 1FHLA 1U2YA 1HNYA 3CZEA 1TVNA 3SURA 4OJYA 4AWEA 1B2YA 2WXDM 2OYMA 1WB0A 2VX5A 1MXGA 1L0PA 3L4ZA 3QGVA 3WEZA 1CWYA 3AOFA 4QCFA 5I79A 1ZS2A 1E6RA 2VUYA 2WK2A 4TVUA 1FA2A 3TONA 4W7WA 2VZUA 2W66A 3ALFA 1LG1A 5LA2A 3FAWA 1E4NA 1MWOA 2E8ZA 3BMVA 3IJ8A 1E6XM 4AY1A 3WD0A 2WYSA 3FXYA 3B8SA 4BQ3A 1US3A 2NSXA 3OLGA 3WNKA 2DSZA 5HDRA 3N12A 1J0KA 3RM9A 3WNMA 3W6MA 3AZSA 3VNZA 3SUTA 3WBEA 2ZX9A 3U5UA 1MVYA 1CLXA 1HKMA 3ARWA 3BCFA 1XSKA 1VFUA 2CHNA 1WNOA 1GVYA 3FY1A 1PZ3A 1VEPA 3DYPA 3FW6A 1UWQA 5IFTA 1B3WA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2V5C A;  4S3J A;  1PAM A;  2WC4 A;  1ECE A;  2IXU A;  1VRX A;  4KGL A;  3CBW A;  4B9Z A;  3VUP A;  1X6L A;  4C7D A;  1CZ1 A;  4NI3 A;  1JGI A;  4ATD A;  1XC6 A;  3SCO A;  2CKS A;  4MNK A;  1V3M A;  5CPT A;  4WSK A;  4DUW A;  4PTX A;  2CBV A;  2V3G A;  3KZS A;  1KFW A;  3VTR A;  3APG A;  5I23 A;  1E55 A;  1HP4 A;  3WUG A;  1WE5 A;  4A3Y A;  1E0W A;  1PX4 A;  2GFT A;  2J74 A;  4U5I A;  3ECQ A;  4A3H A;  2FHC A;  3OGV A;  1UQY A;  3ZR6 A;  3VGB A;  5BRP A;  1G1Y A;  3NYD A;  3MAN A;  1SFS A;  1C93 A;  4F8X A;  2DT2 A;  4HA4 A;  5JBD A;  2D0H A;  3T0D A;  4PMX A;  1KQZ A;  3WF4 A;  1GOR A;  5A2C A;  1ZBV A;  3GH5 A;  3A6O A;  4AYS A;  2ZUS A;  5A6K A;  3O2L A;  3QHN A;  4PMQ A;  4YN5 A;  3VIN A;  2WMH A;  3CZL A;  1R8L A;  1PPI A;  2CBJ A;  1TE1 A;  1LWJ A;  1UD6 A;  4UFJ A;  4TTU A;  3F5K A;  3PHA A;  2FDM A;  2YDQ A;  2IUZ A;  1K9F A;  3MUA A;  2EQD A;  5EBA A;  1B3Y A;  2J77 A;  3WMC A;  1ESW A;  4JFW A;  4XZW A;  3WDI A;  6TAA A;  4ZEN A;  1ZJA A;  2YOC A;  4E4P A;  1UR0 A;  1X1N A;  1OGS A; 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