2XPKA

Cell-penetrant, nanomolar o-glcnacase inhibitors selective against lysosomal hexosaminidases
Total Genus 236
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
585
structure length
585
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDDIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITCPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALSFDLTLI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Cell-Penetrant, Nanomolar O-Glcnacase Inhibitors Selective Against Lysosomal Hexosaminidases.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Clostridium perfringens
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
total genus 236
structure length 585
sequence length 585
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2010-08-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2xpkA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2xpkA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2xpkA01
2G4FA 5HXMA 1BVNP 4P8XA 4P7QA 1MW2A 1WNOA 4NZCA 2BV9A 1LL4A 1TR1A 3SCNA 3VU2A 2WNWA 4M81A 3BH4A 1TA3B 1MW1A 4HZ6A 3D5HA 1JAKA 1CBGA 2QMJA 3BSGA 3MU7A 4KGLA 1E0WA 1QI0A 4CU7A 5DF0A 4OKDA 1JZ3A 2XSBA 3MSGA 1V3HA 1CDGA 1CGYA 1W2VA 3THDA 1QHZA 5CGTA 5KEZA 1IT0A 3UEQA 2D1ZA 3S2CA 1E73M 3CUIA 5DFAA 3ZQ9A 1BHGA 2AMGA 3SUWA 1J12A 3NDZA 1GQJA 1KWGA 1U33A 3WQ8A 1Y7VA 4XZBA 1JYVA 1ISYA 3VGGA 1WE5A 3AXIA 2W66A 3NDYA 1UD4A 3BCFA 1E40A 1EIBA 2A3CA 1ZS2A 2XIBA 4PMXA 4W89A 2CEQA 2TAAA 2GUYA 1V3JA 2WZEA 3VVGA 4R5EA 4AD3A 1BGAA 3RO8A 3PZMA 3TTYA 4AY1A 2WMHA 4JFWA 3KZSA 1BGGA 5JBEA 5ABGA 5CSUA 3IJ8A 1BF2A 1W3LA 3WMCA 3AMCA 4UR9A 2WK2A 4PCSA 1US2A 2D20A 4QAWA 2J7BA 3VDBA 4MAVA 4HMCA 3WQ6A 2WZIA 3QGVA 1E6QM 3L4WA 3WNMA 1E3ZA 3MUY1 4PCTA 4UQEA 4D6HA 3A4XA 4XB3A 1UR1A 4Z2JA 2BXYA 1JXKA 4F9DA 3DYPA 2ZXQA 3DECA 3VOCA 3AIBA 2JF7A 3EDJA 1DWFM 1EQCA 2X1IA 5I79A 3VTRA 5EMYA 1GHRA 1E4NA 2VO5A 3LPPA 2WHLA 1KR0A 3T2QA 1LF1A 2ZICA 2XSAA 2VZOA 1W1YA 1KXQA 4W86A 4E2OA 4IISA 1OD0A 1QI4A 2W61A 3W27A 3WNOA 1XH2A 3WDRA 1FOBA 5DMYA 3WUBA 1E6NA 1MW0A 3IAQA 2BVTA 1E43A 1ISVA 4F79A 3UR8A 4DUWA 4PMDA 1CXLA 4P8VA 4IPLA 5HBFA 1V6YA 4TXEA 3UERA 5F7UA 3SCWA 4AXNA 5FD0A 3NSMA 1U2YA 3EMQA 1GOWA 2GJRA 4AZCB 5IFPA 1C7TA 3WQ5A 1X6LA 2CBUA 2PB1A 1RP8A 3N11A 4PTWA 5I78A 1BLIA 2OSXA 2VQTA 3F5JA 3WEZA 1UD8A 4P7NA 4C91A 1KBBA 3WELA 1H2JA 4RL3A 3PZUA 3GNPA 4CD7A 5D4YA 1V0KA 5D9MA 1VAHA 3LPFA 1KXTA 5JIPA 1Q6CA 3WD2A 3BAWA 3J7HA 2ZIDA 4GQQA 1W3KA 1KGWA 1VENA 1HIZA 2YLLA 3VIHA 1QI2A 2VRQA 1BG9A 1CXKA 1JXJA 1VFOA 3VGHA 2XPKA 2YDSA 1PX4A 2Z1SA 3JUGA 1VFUA 1GORA 3AIQA 2EEXA 3UG3A 3W0KA 3L4YA 1OM0A 3OLGA 5GNXA 1E3XA 2GDUA 3SCOA 3VM5A 4D1IA 5AC5A 5LA2A 3BAXA 4Z2GA 2E4TA 1E5NA 1OT1A 4J27A 1BFNA 5JIWA 2VL4A 3KE0A 4UQCA 5A2BA 1ESWA 4U3AA 4CVUA 2VX5A 1X6NA 4B3LA 2WSKA 4PTMA 1ZBVA 2J75A 2JE8A 2J7DA 1FHDA 2VCAA 1GQLA 1V6WA 2QPSA 1TMQA 4UZSA 1Q6GA 1N82A 1EOMA 2GDVA 1JNEA 4W87A 4U2ZA 3T09A 1V6UA 2C8NA 4OIFA 3VIIA 1Z32X 1DEDA 3OLDA 1LJYA 4LXFA 3W25A 2OSYA 4F9JA 4HPHA 2EPOA 2X05A 3VGBA 3WBEA 5IDIA 4PMUA 4K68A 3RM9A 2Y24A 1ODUA 3W53A 1W91A 3BAKA 1XH1A 4M24A 4MADA 3OGSA 2J25A 1WZLA 1G94A 1TUXA 1CYGA 3PN8A 3EDEA 1HL9A 1W1PA 2VRKA 3GYCA 3E1F1 3AQUA 2VI0A 1B3YA 4QLKA 4X9YA 2WVUA 1W9UA 3MKKA 1JG9A 4OOUA 2EPNA 3W38A 1GONA 1Q6FA 2D24A 3CH9A 3IK2A 1GOIA 1S46A 1RP9A 3OG2A 4WKAA 2WMIB 3SURA 2VX4A 1EO7A 4GKLA 4JAWA 3W4RA 4TVUA 1MFVA 3WF0A 1MYRA 1RD6A 2WLZA 4AIOA 4PTXA 4DUXA 4DWSA 1B31A 1TVNA 2JFEX 2G8ZA 4D6DA 1FFQA 1UYQA 4TVDA 3CMGA 3RJYA 3AHXA 3NYDA 1GNXA 1XRVA 4CGTA 3LMYA 1B3XA 3AMKA 1CEOA 1UWSA 5E0CA 2Y8VA 5LA0A 4CD4A 3MUAA 2EJ1A 2XVKA 1ZBWA 1UWQA 1KGXA 4FLOA 2VCCA 4WKHA 1PZ3A 3K1DA 3ARVA 3UESA 3AMLA 3PZVA 1CGXA 4UTFA 2WW5A 1J0YA 3WUEA 1PPIA 2VNCA 4UQDA 4MJ2A 4W88A 1H09A 3WBAA 3IJ7A 1US3A 5FIPA 3VD7A 2WM0A 4M56A 2J4GA 4ZXOA 1GHSA 2CBVA 3SCPA 3CZ8A 1JZ4A 5FL1A 1MQRA 2Y5EA 4WK9A 4GZJA 1ISXA 3I3EA 1BG4A 5A3HA 4QCEA 4UFIA 4EK7A 3KL3A 5GNZA 1GOKA 2O9TA 4MNKA 5A2AA 4YHGA 4N42A 3VMNA 1TZ7A 1WDSA 2F8QA 4DUVA 2WCGA 1OINA 2CKSA 4HOXA 1PX8A 5D8ZA 3VD5A 5C8BB 1HJVA 1DHKA 2WKLA 2YL5A 3BC9A 4HOZA 3IJ9A 5CLTA 5D9PA 2IUZA 1XCWA 2YA0A 1GOMA 5D9NA 5BXTA 2E8YA 2J62A 6TAAA 2WAGA 2AAAA 3EYPA 2VMFA 4W8BA 1WAWA 1OWQA 1W9XA 3AZRA 2DSKA 5I24A 1PIGA 3T2PA 5A8QA 3SEPA 4TUFA 2C7FA 4CD6A 1XCXA 3CZJA 4WSKA 3PZIA 3N17A 3WF3A 4PMZA 4Z2IA 3ZT5A 2BY3A 1QNQA 2ZXBA 4KGJA 5BXRA 4HP5A 4HU8A 4GI8A 4OBRA 4UOZA 2XGIA 1BYCA 1WCGA 3VDHA 1CXIA 1HP4A 4H8HA 2XYLA 2BHYA 4TOQA 2ZUTA 1W1VA 4J3WA 5C70A 4AIEA 3VIPA 5JBFA 1MVYA 3GM8A 4BA0A 4OJYA 1V6VA 4M8UA 3WENA 2WMIA 2W4XA 1K9TA 1VJZA 4H04A 2WCSA 1F4AA 2DT0A 3BAJA 1UHVA 3GXIA 1BSIA 1DWAM 1M7XA 1CTNA 3CUHA 1J11A 3FHAA 2VC9A 4YPJA 1J0JA 3AIRA 1JGIA 4FF5A 2E0PA 2VZUA 2GSJA 3PZOA 2EPMX 1J0KA 1C90A 1MWOA 1W9VA 5I3DA 4AZIA 3AIUA 3VIFA 4LPCA 4GZEA 1L0PA 4AZGA 1LWJA 3UR7A 4BF7A 2YJQA 3SCRA 2DSWA 1M04A 2DPEA 3W24A 3W82A 2J7EA 3VGFA 3AYRA 4HA3A 2FHFA 1KR1A 1GOOA 1B9ZA 1AQ0A 4M29A 2OSWA 2BY0A 2FGLA 3ARWA 4CN1A 2WWCA 1JZ6A 2J8FA 3WL0A 1O7AA 3BLPX 3ZJKA 3WD3A 3WQVA 4W8LA 3L4XA 3A6OA 2BFGA 1JL8A 1Q4NX 3L4UA 5E70A 1ITXA 3WDPP 1B30A 1B1YA 4KH2A 5BXPA 3WH9A 4JFVA 4R27A 2XTKA 1BAGA 5I0DA 3CO4A 1I1WA 1QPKA 4M82A 4HU0A 4TTUA 1NARA 4GZIA 1CGUA 1B90A 4KRUA 1H41A 1HJQA 1E5JA 2Y8KA 3WEOA 1QI5A 3T0BA 3POCA 4EAMA 2E9LA 3IANA 1HN1A 4B15A 1HP5A 3I3DA 4LYQA 1PAMA 2WB5A 2W91A 2V5DA 2J78A 1CPUA 4ZEPA 1AQMA 5A95A 3PZ9A 1OGBA 3AIWA 1E6XM 7CGTA 2WKGA 3CGTA 1QOXA 2WCAA 1HT6A 3LPOA 1WP6A 4MDPA 5CG0A 4JFSA 2QMKA 1JD7A 4BZYA 1GQIA 2CYGA 2XFRA 2JEQA 5CGMA 1NP0A 2ZUUA 2ZUNA 4P7LA 2WANA 4H7VA 3W26A 2XM1A 4UQAA 4AISA 2AOSA 2PC8A 4L4PA 2NW0A 4HMEA 2BHZA 3AHZA 3THCA 4B9ZA 5A6SA 2YDQA 3TONA 3VIKA 3N9KA 1CENA 1QW9A 2O9OA 3MV01 2DT3A 1H11A 2FDMA 3SIMA 1HKKA 2WMGA 4F8XA 2DT1A 1CXFA 3T0DA 4U33A 4MNJA 2E40A 1HNYA 2FGZA 4D6JA 1NOFA 3CMJA 3ECQA 1AMYA 4D6CA 2WXDM 2UY4A 3TP4A 3VPLA 1J18A 2VUYA 1UWUA 1VEMA 3GH7A 1HVXA 1W9PA 1UKPA 5ECUA 4B9YA 2ZX8A 4CN6A 1E55A 4J7RA 1WZKA 2XJ7A 1HXJA 2D3LA 1CGVA 3QOMA 1EHAA 1UWIA 1KFWA 1JYXA 5ABFA 4LYPA 4DWSB 2D22A 1R87A 3NSXA 1B2YA 3O6AA 3CUFA 4IPNB 1IZKA 3T2OA 4CUCA 4MNLA 2BY1A 1HVQA 2CITA 4W5UA 2YDRA 3MUZ1 1EDGA 5E6ZA 2OWCA 3L4TA 1LG2A 3AHVA 4CCEA 3CBWA 1UKOA 3F5LA 3AROA 4MTVA 4MAZA 1UA3A 1W3JA 2GK1A 2ZXAA 3WL1A 2J74A 2E8ZA 3FNDA 3BMWA 3WH7A 3K8MA 3CLWA 4AD5A 2XVGA 2E9MA 3VD4A 3W81A 4BQ3A 3BCDA 8CGTA 1BYAA 2NT1A 2VTFA 4W7WA 1C8YA 2ZWYA 2ZXDA 4C7FA 4TVCA 4CN4A 4A3HA 4KRTA 5EBAA 1EXPA 1J0HA 1GVYA 3KL0A 2VR4A 2A3HA 1WDRA 4ATLA 4D72A 5IXEA 2W63A 2O9PA 5A8PA 3CZLA 1NM9A 1LL6A 1JZ2A 2J7HA 2PWDA 1KBKA 3FHQA 1Q6EA 5E0FA 1UZ1A 1TFVA 2XIIA 2Z1KA 4JKKA 4JZ5A 1J0ZA 1E4LA 2PWHA 3U5YA 5I5RA 3DYOA 2BY2A 4ZE5A 3AZTA 3CHEA 3AHYA 5AYBA 2DEPA 1H49A 1R7OA 1WZMA 1XD1A 4W85A 1UG6A 3T0AA 3B9AA 3RDKA 1VBUA 1RH9A 2PWGA 2GJXA 5IHRA 1JDCA 1GVIA 3HN3A 1ITCA 3WNKA 2X0YA 1OIFA 5M5DA 2DIJA 4AC1X 2CESA 2JF6A 3ARTA 2CIPA 3U7VA 2YL8A 5A8OA 1NWTA 3AI0A 2EXOA 2V5CA 3TTOA 5I2UA 1HX0A 1E0XA 1R8LA 2VVSA 2DDXA 3ZSSA 4GINA 2BNJA 1L8NA 4UFHA 1XSIA 4CU8A 3L4VA 2WHKA 4W8AA 4X0NA 4W7VA 2RGMA 1QVBA 5GPRA 4P7RA 4J3UA 3RJXA 2J7GA 2O9RA 1VEPA 2WPGA 5M17A 3F5KA 6CGTA 3I3BA 3AISA 1K9DA 1JNDA 3NCOA 1QNRA 4PUDA 4J3SA 1KWKA 5CZKA 3WD0A 4A3YA 1GJUA 3VIGA 2W92A 1HJSA 4X0VA 4WSJA 2D0GA 4Z2LA 1UD5A 1W2PA 1PIFA 3ARQA 3A4WA 4E8CA 2YBUA 5TD4A 3SCUA 3UCQA 2YLAA 3NJ3A 4ATWA 3BMVA 1UUQA 4AIUA 2W5FA 2GFTA 2ZE0A 3N15A 4PSRA 1H0GA 2RGLA 1W3HA 2G3NA 5BRQA 2J77A 1DWJM 4M1RA 1W32A 2J47A 4PMVA 1B0IA 2ESCA 1M53A 1DWIM 3QHNA 1R85A 3KL5A 1XH0A 3D3AA 3BLKA 3ARRA 1V3IA 4WIWA 1UD2A 4UFJA 2W62A 1E70M 1CGWA 3ALFA 1CGTA 4CCCA 3DC0A 3L2LA 3ZIZA 5BROA 1V02E 3B8SA 2VR5A 2A3EA 7TAAA 2BHUA 5GQBA 1DP0A 4YHEA 2PWEA 3VX1A 1K6AA 3O2LA 1C93A 5FL0A 1NP2A 3U57A 3AYSA 3WNLA 1GQKA 4WJXA 2IXUA 4J28A 5JUVA 1GOQA 5ABHA 2XFYA 2HVMA 2WHJA 3PHAA 1HJUA 2GVYA 2ZX7A 3MSDA 2PF0A 3CTTA 3N12A 1UOKA 4QFUA 3WQ4A 1IV8A 1UH2A 1B3ZA 4JCMA 3RIKA 3ZM8A 3WF4A 3GBEA 1PEZA 3OIHA 4MB4A 4AMCA 1HF6A 3EMZA 4WLCA 5ABEA 4IM4A 4JL2A 1JIBA 1UA7A 5CSYA 1UKSA 5HDRA 3K8LA 4E4PA 1XSJA 3SCQA 1E4IA 2QF8A 3II1A 5LYRA 2ZUWA 5A6LA 1VEOA 3HU7A 4HZ7A 1ZBCA 4HOWA 1HJXA 4OOZA 1ODZA 2ZUSA 2WVVA 4OZOA 1WZAA 1G0CA 3MUIA 2YBTA 2XFFA 2X2YA 4UQBA 2V38A 3K4AA 1KCKA 5E9AA 1OT2A 3VKKA 5CLWA 3BXWA 4MB3A 2UY3A 3PBGA 1VIWA 4QP0A 4UFKA 3QHOA 4AZ7A 3FW6A 3AS0A 1WDPA 2YL9A 2VURA 2C0HA 4JCLA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2G4F A;  5HXM A;  1BVN P;  4P8X A;  4P7Q A;  1MW2 A;  1WNO A;  4NZC A;  2BV9 A;  1LL4 A;  1TR1 A;  3SCN A;  3VU2 A;  2WNW A;  4M81 A;  3BH4 A;  1TA3 B;  1MW1 A;  4HZ6 A;  3D5H A;  1JAK A;  1CBG A;  2QMJ A;  3BSG A;  3MU7 A;  4KGL A;  1E0W A;  1QI0 A;  4CU7 A;  5DF0 A;  4OKD A;  1JZ3 A;  2XSB A;  3MSG A;  1V3H A;  1CDG A;  1CGY A;  1W2V A;  3THD A;  1QHZ A;  5CGT A;  5KEZ A;  1IT0 A;  3UEQ A;  2D1Z A;  3S2C A;  1E73 M;  3CUI A;  5DFA A;  3ZQ9 A;  1BHG A;  2AMG A;  3SUW A;  1J12 A;  3NDZ A;  1GQJ A;  1KWG A;  1U33 A;  3WQ8 A;  1Y7V A;  4XZB A;  1JYV A;  1ISY A;  3VGG A;  1WE5 A;  3AXI A;  2W66 A;  3NDY A;  1UD4 A;  3BCF A;  1E40 A;  1EIB A;  2A3C A;  1ZS2 A;  2XIB A;  4PMX A;  4W89 A;  2CEQ A;  2TAA A;  2GUY A;  1V3J A;  2WZE A;  3VVG A;  4R5E A;  4AD3 A;  1BGA A;  3RO8 A;  3PZM A;  3TTY A;  4AY1 A;  2WMH A;  4JFW A;  3KZS A;  1BGG A;  5JBE A;  5ABG A;  5CSU A;  3IJ8 A;  1BF2 A;  1W3L A;  3WMC A;  3AMC A;  4UR9 A;  2WK2 A;  4PCS A;  1US2 A;  2D20 A;  4QAW A;  2J7B A;  3VDB A;  4MAV A;  4HMC A; 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