2XSB | Genus

Total Genus 164

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	164
sequence length	435
structure length	424
Chain Sequence	MLTGVIEGFYGRDWRRDERATVMDWIAAAGMNTYIYGPKDDVHVRARWRVPYDAAGLARLTELRDAAAARGMVFYVSLAPCLDVTYSDPQDRAALLARVDQLARAGLRNLVLLFDDIPSVLPEADRFDSFAEAQADLSNMVLRHLRGAGHVVFCPTEYCGRMAGGDPRGSAYLQRLGSTLDPAIDIFWTGPEIVSEEIVAAHLAAVGEVLRRRPVIWDNFHANDYDIRRVFAGPLGGRSRDILPLVAGWITNPNNEAEANFPAIHTTGAYLADPDYAPERAIAAAVAAWQPRFRLAFGDGAVPSDLVALLCDLFWQPFALGPETTRILSALRAALTVPRPDPSDPAWRAALEDLRDLKRRINKLFTLMTEIENRDLFHTFHNYLWEAQEEVGHLVAYCDWLDEAPPPGAVFPARGFGVAVQDIL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Human Oga Binds Substrates in a Conserved Peptide Recognition Groove. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Oceanicola granulosus
molecule keywords	HYALURONOGLUCOSAMINIDASE
total genus	164
structure length	424
sequence length	435
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2010-09-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.240	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	STAT; domain 1	2xsbA02
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2xsbA01

2PF0A 3N11A 4MDPA 3VGGA 3UR8A 4YHEA 1TVNA 5DMYA 3U7VA 1JZ3A 1DTUA 2EEXA 3N17A 4AWEA 1V3LA 4B9ZA 2EPOA 3WENA 3N13A 3KWXA 1V3JA 4TVUA 4S3JA 2OWWA 3DHPA 1WO2A 1V0MA 3KEHA 1KR1A 1KFWA 1VFMA 4D6GA 3N18A 2VMFA 3PZIA 3OGVA 4RL3A 2OLHA 2XVGA 1W9VA 1UD8A 3OGSA 1HL9A 4QLKA 1C3FA 3SCRA 1H1NA 1XSJA 1IT0A 1KGXA 4TVDA 1Z32X 2JF7A 1C8YA 4CGTA 1XHGA 3QR3A 2EPKX 4AY1A 5JUVA 4OBSA 1WCGA 2DH3A 3CTTA 3II1A 4N0RA 1FH8A 1GOOA 1WZAA 3MUY1 4OIFA 4BQ3A 3VGEA 2XYLA 3ZR5A 1HJVA 4KMQA 4BQ5A 1WDQA 1WZMA 1BYBA 4CCDA 3WD0A 4GO8A 1Q6EA 2AMGA 1WZLA 4BS0A 1B3XA 2IXVA 4E4PA 3VM5A 3MMWA 1EDGA 2IUZA 3WMCA 3L4YA 4UFIA 5CGMA 3EDEA 4WLCA 1JXJA 1GOWA 3K8MA 5BROA 2J47A 4P8WA 3BMWA 5A6JA 1NOUA 1CGTA 1UKTA 5CLTA 3WBEA 2CBIA 4GPNA 5DFAA 4Z2IA 3OLIA 2ZXQA 4UQEA 4HTYA 5A69A 1WDRA 5BXPA 1G5AA 1JYWA 5M17A 1XSIA 3WNOA 4AEEA 5A6BA 5JIPA 2F2HA 1V6WA 2QPUA 5A2AA 2YA0A 1Q6DA 3AHXA 1JZ7A 2QLYA 5D9NA 4AW7A 1W9DM 3VX0A 3SUVA 4H7VA 3W37A 3PBGA 1CEOA 4AYSA 1OGGA 1OGBA 2EO7A 1UWUA 3VTRA 2Y4SA 2UY2A 5ABFA 3RILA 3AISA 1BPLB 4AXNA 2JE8A 1GVYA 4CVUA 1JXKA 1HNYA 3VKKA 4PMRA 1UUSA 5CLWA 4J3UA 4QFUA 3W82A 2YA2A 4LYQA 4GIAA 4MADA 4GQRA 1XCWA 1NH6A 4HOWA 2DIJA 4Z2KA 2WHMA 2PWHA 4FLRA 7A3HA 2VTFA 3AMGA 4E8DA 2ZX5A 3NJ3A 2WMIA 3BMVA 4KRUA 1UD6A 1BAGA 2CHOA 3L4TA 5A8PA 4HOXA 1M7XA 3ARPA 3BLKA 3ARZA 6TAAA 3ARRA 1J0ZA 1J9YA 5GNXA 4B3KA 4Q22A 1JNDA 3K8LA 3NDZA 4OKDA 4QLLA 2BFGA 4L4OA 4W84A 1W2PA 7CGTA 1JNEA 4URIA 3ZQ9A 1GHRA 4CKQA 5BXTA 2ZE0A 2XM2A 2QF8A 3PZNA 2YL5A 4PSPA 1M53A 1W9BM 3DC0A 4W87A 2XFFA 4MB4A 5I3DA 1UWTA 4ATWA 1JFHA 5HOSA 1NQ6A 4P8XA 4EAMA 1RD6A 2VR5A 2DT0A 1C93A 1HKMA 3PTQA 1W32A 1GOQA 3U5UA 4P8VA 4PMQA 2UY5A 3W6MA 2NW0A 1IV8A 2OSWA 2BY3A 4HMCA 2GSJA 4RE2A 3PHAA 2WHJA 5D9OA 3LMYA 3ZT7A 4AZIA 3S2CA 1TVPA 1GQJA 1UWRA 2X1IA 3FW6A 5D9PA 4AZHA 4M82A 1QI0A 5E70A 3W24A 5FKYA 3PZUA 3D5HA 1GZJA 3VIIA 3AIQA 2J8FA 1X6NA 1W3JA 2W61A 4HA1A 2MANA 4AZ7A 5A94A 6CGTA 3VU2A 3D3AA 2WMKA 4PUEA 4X0NA 3WSUA 5E0FA 1MW2A 4DUVA 2WCGA 2FHBA 4GKLA 2IXUA 1BQCA 3CUHA 3CMGA 3VGBA 4FLSA 4W7WA 1VB9A 2HISA 5ABGA 1E6SM 3AS1A 4Q7NA 3RMEA 2ZOXA 5A6KA 4D6IA 1LL4A 3FAXA 1H0GA 2OYLA 3UG3A 5I0DA 3U5YA 4UCFA 2CXGA 3FNDA 1DWHM 1KGUA 3OLDA 1MFUA 1TA3A 3POHA 1QHOA 2A3HA 4QLJA 1CDGA 1PX3A 2XWEA 1J11A 1E4NA 2VQUA 1Y7VA 4YPJA 4V28A 3WF1A 2WSPA 3K8KA 4NZCA 4B3LA 1BG4A 3FHQA 1PIGA 2GFTA 1ZJAA 3ARSA 1W1PA 4NSBA 5I5RA 1V0NA 4PTVA 1J0HA 1UA7A 2ZUTA 1C92A 4C7FA 3MO4A 4AD5A 3N9KA 1XC6A 4J3XA 4AIUA 3GTNA 2W67A 4CD5A 5BXSA 1JIBA 2XIIA 4UQ9A 3QOKA 2EPLX 3VILA 2VX4A 1XH2A 3EDKA 1VF8A 3WD1A 5CZKA 1GOMA 3VUPA 1W1TA 3T2OA 1HIZA 3BAWA 4U2ZA 1E6ZA 1FOBA 3AHTA 1JZ8A 3GYCA 3QOMA 1WNOA 3W29A 5IHRA 4PTMA 2WMIB 3WNNA 1E6XM 2DSUA 3IAQA 3RDKA 3AHVA 3WD4A 2D1ZA 1Q6FA 3WF4A 2J7BA 3VPLA 1E1EA 2YIHA 3AROA 3RCNA 1XH0A 4D1JA 4UQBA 2JIWA 3WQ5A 3WFLA 1BYDA 3O9NA 1JDCA 1QBAA 2D2OA 3CUFA 3WBAA 2J7DA 1G1YA 1UUQA 5A8OA 1ESWA 1NOFA 2EQDA 1E3XA 1UZ1A 3UERA 4MPKA 1VBRA 4XX6A 1K6AA 3EDJA 1CGXA 1CGWA 1US3A 1BVZA 1E3ZA 1OM0A 2D0HA 5KEZA 3AJ7A 2XPKA 1CZ1A 3AIVA 1K9FA 1H41A 1OBAA 1ZU8A 2ZX8A 2ZX7A 3PZOA 4HMEA 3WF0A 4UNIA 3ZSSA 1HVXA 3WUBA 4ATLA 4OOUA 4AIEA 2V5CA 1KXVA 2DSWA 1FHDA 3L2LA 3AXXA 1E4LA 3SIMA 3MUZ1 1KCKA 2YDQA 1TMQA 2YL9A 3KZSA 2VCBA 1JG9A 3EMZA 4HZ6A 2QMKA 3ALGA 4P7NA 2V3EA 3SUWA 3M46A 1UR4A 2CHNA 4P7OA 3VMPA 2PBGA 1E72M 2EJ1A 5CPSA 2BHYA 3VD7A 2EBNA 3W27A 4UFKA 1MW0A 4CD6A 1GOIA 4WKHA 2XVPA 1VENA 3ARYA 1E70M 1A47A 1OWQA 1QHZA 2OSXA 4X0VA 1KBKA 3ECQA 5I77A 4MB1A 2VI0A 3GDBA 2J78A 2OWXA 3UESA 1BSIA 3RJYA 1G94A 2UY4A 1E43A 2WVUA 1JZ5A 3OA5A 1ODUA 2Y2WA 5A2CA 3AYSA 1GUVA 2CETA 2Y8KA 4HPGA 2Y5EA 3SCNA 3WQWA 3K4AA 1ECEA 3ZJ8A 1UD4A 3AZSA 2XM1A 1XGZA 2C8NA 1EO5A 1EOKA 4AMCA 4JAWA 3TONA 1C8XA 3WH8A 1DWAM 5I6SA 4JIEA 2WNWA 1NWTA 4N42A 1J0KA 3CBWA 3MMUA 3L4UA 2YLAA 4PCTA 2WKGA 4DWSA 4W8LA 3EMQA 2E9MA 1SR0A 1MQPA 3M7SA 4GZIA 3T0BA 5BRPA 1E6RA 4OOZA 3CUJA 2VX5A 1UOKA 1M03A 3BAIA 1G01A 1DWJM 2VR4A 3WIJA 2UWFA 4CCCA 2AAAA 1V6UA 1BLIA 3BAYA 3GBEA 3JUGA 1BYCA 7TAAA 2VRJA 3SCSA 5F7UA 4UZSA 1UQYA 2XJ7A 3WH5A 4F8XA 1CENA 4AEFA 3GXDA 3KL0A 1GW1A 1JI1A 4W8AA 2CKRA 1RP9A 4S3KA 4D1IA 5BCAA 3ZT6A 2YL8A 4PRWA 1FH7A 5LA0A 2UY3A 1WKYA 3I3BA 1FA2A 1EHNA 2GK1A 4ML4A 3WH7A 1JF5A 4KGLA 2JFEX 1DWIM 1XYFA 2VT0A 4UZUA 3VGFA 3A3HA 2WVVA 2BY0A 1I75A 1HL8A 5CPTA 1UR0A 3RPMA 3LPOA 3HMCA 1CXLA 2VC9A 5EFDA 4LXFA 1PZ3A 2RGMA 1L0PA 3HU7A 3BCDA 4NI3A 3N15A 1DEDA 3MSGA 2WMHA 4JL1A 4AIOA 1S46A 4H8UA 2CCRA 1QOXA 4PSRA 1UKPA 1R85A 2FH6A 5GPRA 1OSEA 1LG2A 3VX1A 3IJ9A 1ODZA 1DHKA 1HKIA 3U7BA 2E40A 4AD0A 3TOPA 3EDDA 4KH2A 5A8NA 1V3MA 1D2KA 1CLVA 1R8LA 1EQCA 4IPNB 1KXHA 1WPCA 4AZ5A 1VEPA 3SCPA 4DWSC 1PEZA 3TTYA 4JCLA 2CBUA 4W5UA 4HU0A 2BS9A 1EH9A 2X8RA 3FN9A 1TFVA 1V3IA 4FLOA 3WDQA 3L2MA 4DUWA 2WW5A 2CPUA 2DGAA 1K9DA 2CEQA 1RP8A 1E6PA 2XG9A 1V6XA 3WNKA 5I24A 1CXKA 5DEZA 5C8BB 5AC5A 2Y8VA 3WFZA 3CLWA 5LA1A 3ZMRA 1GOKA 3PZ9A 1E55A 2QHAA 2D3LA 1C7SA 5HDRA 3WEMA 6A3HA 3F4VA 4AD4A 4KWUA 1H4PA 4CU6A 4HOZA 5A6AA 1UR9A 1CXFA 1XD0A 2BY2A 4UFJA 3VVGA 1NM9A 3MSDA 4WSJA 2V5DA 3W38A 4C7GA 2Z1KA 4MNMA 1SMAA 2ZXDA 4CN6A 3WUFA 4JZ5A 1B30A 3L4WA 4MJ2A 1TE1A 1R7AA 3VIKA 1B31A 1W9XA 3BAJA 1WE5A 1NP2A 4TTGA 2DSKA 2VL4A 4LYPA 2W66A 4DWSB 4JKLA 2PWFA 3BSHA 1GONA 3AMKA 1E4MM 1MW1A 1VJSA 1V02E 2EPMX 3MANA 1H0IA 4WJXA 2GDUA 1VFOA 4L4PA 3FAWA 3TTSA 3T09A 4GXPA 3W53A 1KWGA 3LPFA 4TX6A 1E0XA 2WLZA 2J7HA 1GQLA 3ZO9A 4BCEA 2G41A 1EDTA 3WNLA 3AHZA 1E9LA 3AIRA 1U33A 4IISA 2WCSA 1JGIA 1F4HA 1W9PA 3GM8A 2FGLA 3VIPA 1UH3A 5HPOA 4GZEA 3GXFA 4H41A 3EBVA 2YLLA 2G3IA 4MDOA 2GK1B 4MNLA 1E6QM 2J77A 2O9TA 4ZXLA 2QPSA 1EOMA 3KL5A 5FL0A 3WY1A 2E9LA 4Y7EA 2ESCA 2WVVB 3CZGA 1HT6A 4CD7A 2XTKA 1PX4A 1W1YA 3VD9A 2V3DA 2BXZA 5EMYA 5I2UA 3AMLA 4NRSA 5FCZA 3AS0A 1FHLA 1QI4A 3AXHA 2DQXA 3MUIA 3TTOA 1NP0A 4J3TA 4TUFA 5HPCA 5LA2A 4WKFA 2BVTA 3A47A 3OIHA 2WWCA 5JBFA 4HPHA 1BHGA 2OYMA 2E0PA 2WCAA 3RM9A 1ZBVA 3AICA 3IK2A 2A3EA 2ZUMA 4WIWA 1W3HA 1JFXA 2WZIA 1PAMA 1OD8A 1HJQA 1UD5A 1GQIA 1LJYA 1MVYA 1CXIA 5EFFA 1ITXA 3K46A 5AC4A 2RGLA 2X05A 1AQMA 1NWSA 4F66A 4M8UA 3POCA 1G0CA 1BFNA 5E9AA 1TR1A 4KGJA 1VRXA 1VAHA 5A6LA 1YQ2A 1F4AA 1QW9A 4WKAA 4A4AA 3B8SA 1V3KA 2NSXA 1SFSA 2YA1A 1KXQA 1H5VA 2XHYA 1B90A 1OT2A 2ZUVA 4QP0A 4W89A 1V6VA 1Q4NX 4PEEA 1OINA 4PCSA 2BVYA 3F5LA 5A2BA 4FK9A 3WQVA 5GNZA 3WDRA 3CPUA 3AMDA 2YJQA 3AFBA 4BQ2A 5CJ5A 1VBUA 1OCQA 5D9MA 4DM1A 4HA3A 4HU8A 1W1VA 2TAAA 1EHAA 3PZMA 3VNYA 2WXDM 4F9DA 5C70A 4JKMA 4H8HA 2WBKA 1PBGA 5GQBA 5DF0A 4AC1X 2GVYA 4UOQA 1BG9A 1QVBA 1KQYA 3AZTA 1W3LA 2CKSA 3ARTA 3B9AA 4P7QA 1QHPA 2WZHA 4PMZA 4QDMA 4JFUA 4JCMA 3SCVA 4X9YA 3MV11 2XWDA 2XFRA 3PTMA 4HA4A 1XV8A 4WF7A 2XIBA 1ITCA 4P7LA 1MQRA 1CBGA 2J8GA 2D22A 3SCTA 2W63A 1MFVA 2PWEA 5A8QA 3VDCA 3WD3A 1D7FA 1UA3A 4XV0A 5FD0A 4HZ8A 3SUTA 4W8BA 4E8CA 2D0GA 4W93A 1GPFA 1CXHA 1E1FA 3BH4A 3CHCA 3SEPA 3MUAA 3W81A 2WC3A 2C7FA 1MWOA 2A3BA 4P8UA 1FFQA 1W2VA 2OSYA 4ZEPA 4E2OA 5A95A 3CGTA 3IAPA 4CVWA 1LLOA 1LG1A 3OBAA 3WDPP 1QW8A 3QGVA 1IZKA 1V0LA 2J7FA 5CPQA 2WC4A 1UG6A 3NSMA 1VEMA 3VMOA 1CGYA 2QV4A 5A6SA 5CG0A 1JD7A 3ZSTA 1QNOA 3RIKA 3GNRA 1HKJA 3ZJ7A 1NOWA 3QHNA 3T2PA 1CNVA 1LWHA 3VIGA 2JEPA 3WF3A 1HJXA 2XFYA 4GI6A 4W86A 4IUGA 4TTUA 5JBDA 1MXDA 3NSXA 3WKZA 1G9HA 1CGVA 1U2YA 2VVSA 1JZ2A 4PMNA 3CUIA 2X2YA 5A1AA 4UFHA 3GBDA 4BZYA 3THCA 3VDBA 2J4GA 4U2YA 4TX8A 1HXJA 1GORA 3AQUA 5M3WA 2GUYA 3WQ6A 4GI9A 1D3CA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4A3Y A;  8CGT A;  1RH9 A;  3VGH A;  3G6L A;  5ABH A;  3O6A A;  2D23 A;  2BVD A;  4ZE5 A;  3ALF A;  3WF2 A;  4W85 A;  1A3H A;  3AIE A;  1UH2 A;  1E56 A;  1OIM A;  1BF2 A;  3WDI A;  1GNX A;  1TA3 B;  4J7R A;  2J62 A;  1GJU A;  1B3V A;  3ZJK A;  4J3W A;  4GZJ A;  4LQ1 A;  1O7A A;  4CN4 A;  4DWS D;  4XZB A;  4PTW A;  3CHF A;  4DUX A;  3DHU A;  2FHF A;  5C71 A;  4M24 A;  1PX8 A;  3B9D A;  2VJX A;  1E4I A;  1WB0 A;  5IFP A;  3WDH A;  3UET A;  2O9O A;  4J27 A;  3G6M A;  3RJX A;  1QPK A;  3VDA A;  1BTC A;  4M56 A;  2F8Q A;  1W3K A;  1JZ6 A;  2HVM A;  4W7V A;  3EMC A;  3TTQ A;  2WC7 A;  1OIF A;  1MXG A;  3OLG A;  1UQZ A;  2VZO A;  1ISZ A;  3BAK A;  4GO9 A;  1B3Z A;  3W4R A;  2ZUW A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4WJE A;  3N11 A;  3MW7 A;  2GUB A;  3OBV E;  3BLO A;  3M6Y A;  1DTU A;  4WGH A;  2EEX A;  4AWE A;  4KCU A;  4B9Z A;  4ZSU A;  4FR6 A;  3N13 A;  4NHV A;  1V3J A;  3MP4 A;  4TVU A;  4E4U A;  3W76 A;  3S5N A;  3WX7 A;  3HPX A;  3S5O A;  2BZN A;  3L23 A;  1KR1 A;  3HQP A;  8RUC A;  2ZZ4 A;  3OGV A;  4RL3 A;  1GTE A;  3BQI A;  1I4N A;  1FUY A;  3H55 A;  4O52 A;  4QLK A;  3B40 A;  3SCR A;  3ZYL A;  1IT0 A;  4NZ3 A;  4TVD A;  3CPG A;  4NAF A;  3AEB A;  1RVG A;  1C8Y A;  1Z32 X;  4CGT A;  5JUV A;  1RAL A;  2FFC A;  4OBS A;  2VL0 A;  5IDZ A;  1DJQ A;  4DY1 A;  3PJT A;  4F48 A;  2HS6 A;  5MKG B;  3O16 A;  1WZA A;  1NFP A;  3RFA A;  4ORI A;  4BQ3 A;  3VGE A;  4LBR A;  1EJW C;  4BQ5 A;  1WZM A;  1V8E A;  1BYB A;  1VPY A;  1P6C A;  3WD0 A;  4BS0 A;  4JI6 T;  2IXV A;  4X1I E;  3TSB A;  4QS5 A;  4LF9 T;  3NUR A;  5CGM A;  2X9X A;  1DJW A;  4WLC A;  2OGY A;  1GOW A;  3KFT A;  2WS3 A;  1FBA A;  4P8W A;  3BMW A;  5A6J A;  1CGT A;  4O4L E;  5HAT A;  1UKT A;  2X2G A;  3R1Z A;  1EYE A;  3UU5 A;  1FWT A;  2XIJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2XSBA

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Chord Diagram

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