2YDQA

Cpoga d298n in complex with hoga-derived o-glcnac peptide
Total Genus 236
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
579
structure length
579
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDNIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synergy of Peptide and Sugar in O-Glcnacase Substrate Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Clostridium perfringens
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
total genus 236
structure length 579
sequence length 579
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2011-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2ydqA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ydqA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2ydqA01
1BVNP 3AXHA 1GHSA 3F4VA 3OG2A 4OOZA 2UY2A 5IDIA 3VIFA 1VAHA 3AYSA 3CZJA 3UR7A 3ZMRA 4TVCA 4ZXLA 2PWFA 2CXGA 3VDCA 4FLSA 1OBAA 1J0HA 3W37A 1UQYA 1UA7A 4UOJA 5HXMA 1HL9A 3BGAA 2W67A 4A3HA 1CGUA 3K4DA 3VM5A 1BHGA 3G6LA 1DWFM 1IT0A 4RL3A 1TVNA 1ODZA 1QBBA 2VRJA 3FW6A 1XH2A 3CTTA 4D71A 1UD4A 2F8QA 5DF0A 5A6MA 2CHNA 2BS9A 5HNNA 3W81A 3WD4A 1FHLA 2RGLA 1HIZA 1VENA 3PZQA 1BAGA 5ECUA 3UESA 4M81A 3UR8A 3BMWA 1BYBA 4E4PA 1E6QM 4H04A 1JG9A 3JUGA 4AZ7A 1OWQA 3NCOA 3ARWA 3WUBA 1G01A 1UOKA 3VIOA 4Z2JA 3MO4A 2W61A 1CGWA 4HPHA 4BCEA 1LL6A 4MB3A 1KR1A 1U2YA 2E9BA 2GK1A 1L8NA 3VIKA 3BLKA 1HKKA 3GYCA 1W9XA 4J3VA 1ISZA 1Q6FA 5DT7A 2VURA 3EDFA 2VCBA 1PBGA 4TUFA 4X0VA 1AMYA 1J11A 3L4XA 3SCRA 9CGTA 3BCDA 3WBEA 3OB8A 2D0FA 1C93A 2G3NA 4TX8A 3W27A 1E0WA 3LMYA 1HKJA 5M5DA 2VZUA 1JL8A 4PMVA 4ATLA 2WZEA 2J4GA 3PTKA 1UWSA 1X6LA 2A3AA 1CXLA 2XIBA 2PF0A 1E73M 3WUFA 1V02A 1W9BM 3RPMA 1ISVA 3BAWA 1WZLA 1ZL1A 2YA1A 5C71A 4BQ2A 2FH6A 1LG1A 4IISA 2CBVA 4W89A 1QNOA 4A4AA 4EE9A 3UERA 2XYLA 3VM7A 1UR9A 6A3HA 3KE0A 4PCTA 4WLCA 1EOMA 5IFPA 3CBWA 3UG5A 3WMSA 1UH2A 4PTMA 2WVVA 2Y24A 3CMGA 3AROA 2EXOA 1BPLB 1WZMA 2QMKA 2OYMA 4B15A 1EGZA 2XIIA 3N15A 1L0PA 4D6HA 3EDJA 2UY4A 3WD3A 4J3TA 4MPKA 4TXEA 3QR3A 3TTYA 2ZOXA 2QF8A 1AQMA 1M53A 2JEPA 4H8UA 1GZJA 1B2YA 1D7FA 3PN8A 5EB8A 5E6YA 3UCQA 3PZGA 1ITXA 4TX6A 1W32A 2MANA 2F2HA 2J78A 3WD0A 2JFEX 1QI5A 5D8ZA 3AICA 3VGHA 4V2XA 3T0AA 1XD1A 4HMEA 1OINA 1C3FA 3ZSSA 4JFVA 1H0IA 3EDKA 1W2PA 2Y8VA 1CWYA 2OWCA 1CEOA 4W85A 3MMDA 1VBRA 4ACZB 3K8KA 2VZTA 4LPCA 4DUVA 3TTSA 5BROA 4HU0A 3PZVA 1GQLA 1HVQA 3SCWA 1HKMA 1R86A 1WZKA 4TTGA 2W66A 3M07A 4J27A 3CZKA 4W5ZA 4HMDA 1Q6EA 5CJ5A 1NQ6A 2BY2A 3OIHA 3VO0A 3A4WA 3MANA 4CVWA 5BXPA 3PZ9A 4QFUA 5CGTA 3AMKA 3VGGA 4WF7A 3VMNA 5GNYA 1QI2A 2BY1A 5I2UA 5TD4A 3GZAA 3GH5A 1KWGA 1W3LA 4KGLA 1XCWA 2CKSA 1X6NA 1CNVA 3VUPA 1UR2A 3BAJA 3UETA 5IHRA 1H2JA 2EBNA 2W62A 2XWDA 4AZ5A 4C90A 2J77A 1DTUA 1V03A 2VO5A 1B3ZA 3PZOA 3WDJA 3MUY1 3WENA 2YJQA 2A3EA 1UYQA 4N42A 2X0HA 3PZTA 5E6ZA 1PEZA 2GJXB 3ALFA 1GOIA 1PZ3A 4UQBA 4JHZA 2GVYA 4M1RA 3GXIA 2D24A 5ABGA 3RCNA 4F9JA 3ZQ9A 1E0VA 2QPUA 1H11A 3FXYA 5KEZA 4GI6A 2WLZA 1KR0A 4XB3A 4XX6A 4WJXA 1K9EA 5JBFA 3L4UA 5IHSA 3WELA 3THDA 1HP4A 3B9EA 2Y5EA 2WVUA 4UNIA 1XH0A 1JAKA 3UG4A 1HVXA 1M03A 1CBGA 4C7GA 2XVPA 4QCFA 3VNZA 1LL4A 2ZWZA 4WKAA 4Z2KA 1JD9A 3I3EA 2VRQA 3A47A 5ABEA 3AMLA 4ML4A 2WMIA 4MADA 4GXPA 2ZXQA 1CENA 4R5EA 5D9OA 3NSXA 3AZTA 5BXSA 4GO9A 1W9VA 4W86A 5LYRA 2YL8A 1W3KA 1GVYA 3VX1A 1OCQA 4PRWA 2EQDA 5D4YA 4AZBA 3TTQA 3SUWA 3L4VA 1XHGA 2PWEA 1MW0A 2X8RA 1SR0A 4V27A 3WKZA 1NOUA 2DGAA 3KWXA 5FOOA 4W8LA 2J7CA 2W63A 2V3EA 1UG6A 4YN5A 4PYSA 3VGBA 1CGYA 4XZBA 3RM4A 3SCQA 1FH9A 2ZX8A 2G8ZA 2ZUNA 4P7QA 1I1WA 3BC9A 1XYFA 1E6NA 2ZUTA 4AD0A 4UFMA 4HP5A 2OWWA 1V02E 4CD7A 3AFBA 1GOKA 3K46A 4XV0A 1GOMA 4JZ5A 4P7OA 4GIAA 1JZ3A 4CKQA 1G1YA 1F4AA 2VX5A 5A1AA 2YLAA 4OBSA 1DP0A 2WMGA 4U5KA 3AISA 4AZIA 1KCLA 1QW9A 2WANA 4UQAA 1Q6GA 3DHUA 4Z2HA 4E8DA 1BVZA 4PTWA 5DT5A 1LG2A 3WDIA 3ZIZA 1ITCA 1KGXA 4W7VA 3WH8A 1TCMA 3T0BA 5I79A 2D3NA 2IUZA 1OB0A 1KCKA 2D0GA 3GNOA 5JIWA 4HPGA 3FAXA 2Z1SA 4DWSA 2W4XA 1WB0A 1CPUA 5GNXA 3OLEA 4MAZA 3GDBA 4PMOA 4U2ZA 2XJ7A 1UR4A 1WDRA 4PSPA 3N04A 1J0YA 2OYLA 1JZ2A 3AS3A 5A6BA 3VVGA 1LF1A 2V3FA 4AD5A 2XVNA 1EHNA 4OZOA 2CESA 4CCEA 2GJRA 1JYXA 2G4FA 2CBUA 3OGRA 2W5FA 1G94A 2WVTA 1SFSA 5CG0A 3OA5A 2G41A 1TFVA 4AIOA 1H3GA 2XPKA 1PIGA 3RILA 4BS0A 3WUEA 1E55A 2OSWA 1E1FA 1VJSA 1E70M 4W84A 3CH9A 3SCUA 3VIIA 2WAGA 2NT0A 3VNYA 4R27A 1NP0A 1TUXA 4JFUA 1VB9A 3CZGA 4GKLA 2AAAA 2VOTA 4B16A 4PUEA 4LQ1A 5JBDA 1UQZA 4HZ8A 2WSKA 3W6LA 4D6GA 2NW0A 4JCMA 3WQ5A 3MSDA 2WC4A 2X2YA 4CVUA 5EFFA 5CSYA 1C92A 2E9MA 4UCFA 3ZM8A 4AZCB 2X0YA 1R7OA 3RJYA 2YL9A 3CZ8A 4ACZA 2WWDA 4FLOA 1V6VA 2ZUMA 2DQXA 2WC7A 3CMJA 1XYZA 4GINA 3VDAA 1QPKA 1R8LA 1UD5A 2PWDA 5ABFB 1LWHA 3IJ8A 2YA2A 2VVNA 2J7EA 4AIEA 5M3WA 1KGWA 2WKLA 5FD0A 1ISYA 1RPKA 1JYWA 1UD2A 2J7HA 4H8HA 4H7VA 4AZ6A 4K68A 1WDQA 4WIWA 4CCDA 1EA9C 3QOKA 1MQRA 2PBGA 4OUEA 4CN1A 4IM4A 1V0KA 3HMCA 3WQWA 3BXWA 3VDHA 1OT2A 1US2A 2BY3A 3ARRA 3CHCA 1HJXA 3ARTA 4UFIA 3WSUA 3O9NA 1SMDA 2WPGA 1N82A 1UHVA 5HDRA 3W4RA 4L4OA 4TOQA 3MSGA 4KWUA 1EXPA 1E15A 5M03A 4S3JA 1DEDA 2YL5A 4RE4A 3WF2A 2C7FA 2GUYA 2WCAA 3GXDA 3W26A 4AD2A 1NWUA 3T2OA 4JFTA 2J7BA 4D6DA 1E6RA 1ZBCA 1TE1A 4UR9A 7CGTA 2ZX5A 1BQCA 1HJQA 1KXTA 1C91A 3F5KA 4PMQA 3SCPA 1CIUA 2XG9A 3EMZA 2DEPA 3TP4A 1VFMA 1W3HA 4KMQA 1D3CA 1HL8A 2EO7A 1CXFA 3ZSTA 4FLRA 4JFWA 2VNCA 2EEXA 2HVMA 1MFVA 3M46A 3WL0A 3WNMA 1XGZA 2DDXA 2VR4A 2VL4A 1HXJA 1CXHA 3BLPX 4EK7A 1XCXA 2GJPA 1LWJA 1W9PA 4AIUA 3SCSA 2GDVA 3AIEA 1GQKA 1E9LA 3ZT7A 4QLKA 2OSXA 4D6EA 1KWKA 2XGIA 4FLQA 1EQCA 4CU6A 2G3JA 3ARUA 3VINA 4NSBA 2VX6A 1NWRA 4E2OA 2VR5A 2WK2A 3AIVA 2VI0A 2BNJA 4AY1A 2E9LA 1QHOA 3TTOA 2O92A 3MUIA 3W24A 1B9ZA 5A95A 1VIWA 4Q7NA 1RP9A 3WMCA 1XV8A 2A3BA 5AC4A 1TZ7A 5GQBA 2VX7A 3VMOA 1CDGA 3WDRA 4MNLA 1E6ZA 1JXKA 1B3XA 2V38A 1KXHA 1Z32X 1JDDA 5M17A 1MW2A 3ZOAA 3WNNA 2WZIA 4B9ZA 4PN2A 3WEMA 2EJ1A 1UA3A 4J7RA 2D0HA 2WHMA 3PHAA 4HZ6A 3T09A 1I1XA 3ARXA 3EBVA 3VOCA 3NUKA 1JF6A 1FFRA 4CGTA 1UWIA 5I5RA 3WY1A 3CUHA 3VX0A 1W1PA 4U2YA 1KBKA 3BCFA 3WFZA 2J25A 3E1F1 3FN9A 2E3ZA 2GFTA 3MV11 2J74A 4Y7EA 1GQIA 3WMBA 4PMRA 3CPUA 2WNWA 3AS2A 3IAPA 2BXZA 7TAAA 1EQPA 2YBTA 2A3CA 3RJXA 5I6SA 1C8XA 3EDDA 2ZXDA 5CPQA 2BHYA 1JAEA 1UKQA 1H4PA 1QI3A 4YHEA 1B90A 4J28A 3PZMA 1AQHA 4MB5A 3U7BA 1EOKA 4DWSD 4C91A 4W7UA 1FOBA 2WXDM 4MB1A 5CZKA 4AEEA 1H5VA 1B3VA 1CLVA 1XSKA 1CXEA 3AIUA 1R85A 1O6IA 2WLYA 4GQRA 1EH9A 1QNPA 1BTCA 2YDQA 2GDUA 2OLHA 1GOWA 3ALGA 1AQ0A 2DT0A 2VMFA 3VIJA 1F4HA 4DUXA 1TG7A 3G6MA 3T2QA 3B8SA 2VZOA 3EDEA 3NIYA 1QHZA 4PMDA 2WKGA 3NSMA 4CD6A 1VFFA 3KL3A 3KEHA 2V5DA 3WQVA 4F79A 3CIVA 3U57A 1JI1A 1KFWA 4UQDA 3W0KA 4QLLA 5BRPA 4EAMA 5JIPA 3SEPA 4AZCA 2ZWYA 4HMCA 4GZIA 3W53A 2YBUA 1EHAA 4YHGA 3SUTA 3ZJ8A 1BYDA 5A6JA 2Y4SA 1UH3A 5ABFA 2WHKA 2VUYA 1ODUA 4HU8A 1E71M 2XGBA 2EPOA 2W92A 1VFUA 1UWQA 2BV9A 2CPUA 2GSJA 2E8YA 4JAWA 2J79A 2ZUUA 2VT0A 2WCGA 3AHVA 4AWEA 2CBIA 2XTKA 1DHKA 2WM0A 3VGFA 5I77A 3GTNA 3NJ3A 2WVSA 4AEFA 4AD4A 1UWTA 3AMGA 4JKKA 2WYSA 3POHA 4GO8A 3AHZA 3SCTA 1TVPA 4JL1A 3AOFA 1IV8A 1OIFA 3N13A 3AMDA 1W9UA 3IJ9A 1WP6A 2WMHA 1C8QA 1V3LA 1CXKA 2O9PA 1CTNA 1B31A 4QP0A 1IZJA 5EMYA 5A2BA 3WEOA 2DH3A 3WQ4A 1UUQA 2ZXBA 2WMJA 5C70A 3LPFA 4AW7A 4ZFMA 3S6TA 3VU2A 1BYAA 3BSGA 1E4LA 2CIPA 2DSKA 1UR8A 4F66A 1V0LA 3QHMA 1FFQA 1XC6A 3WDPP 1VJZA 4CU8A 2J7FA 4E8CA 1C7SA 4W8BA 2JALA 3ARSA 3CZLA 3OGVA 4HA3A 4PMNA 5AYBA 4Z2GA 1E4MM 5A6AA 1V6UA 5DFAA 1QHPA 3D3AA 3O6AA 4JIEA 3WUGA 4JKMA 1B0IA 2ZUVA 4B3LA 1K9DA 1P6WA 1M7XA 4P8XA 2IXUA 3GNRA 3LPGA 4OIFA 1PJ9A 3O2LA 3RDKA 3WQ8A 8CGTA 1CGTA 1S46A 2E4TA 1V3HA 1NWTA 1CXIA 1KXQA 2WB5A 4U3AA 4IPLA 1MW1A 3WH6A 5A6LA 2W91A 3RM8A 4ZE4A 4LXFA 5CPTA 3BAIA 4BF7A 2XVGA 4HOZA 2YIHA 3AIRA 4W87A 3T08A 3DC0A 3AHXA 4D6CA 3MUZ1 5A69A 1MW3A 1HKIA 4WSJA 3VMPA 2CYGA 5FL0A 4NRRA 2WHLA 1B1YA 4FK9A 5A2AA 1GORA 1X1NA 4S3KA 1E5JA 3BAKA 4LYQA 5BRQA 2G3IA 1CLXA 4MDPA 3VPLA 3M6DA 4KRUA 5LA0A 3WQ6A 4FMVA 1WO2A 1JZ5A 5IXEA 2QV4A 1QW8A 1RH9A 5E70A 4DUWA 1C90A 1MWOA 2YOCA 2VCAA 3L4ZA 1C7TA 3PZUA 1UKSA 1US3A 2VZSA 2ZX6A 4ZEPA 1PX8A 2RGMA 5I0DA 4B3KA 4GPNA 3ZJKA 4CD8A 1ISXA 4Z2LA 4AISA 3L4WA 4DWSC 3EYPA 2J8GA 3POCA 4QLJA 4J3UA 2V3GA 3WH7A 2QMJA 3WDQA 4MDOA 3LPOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1BVN P;  3AXH A;  1GHS A;  3F4V A;  3OG2 A;  4OOZ A;  2UY2 A;  5IDI A;  3VIF A;  1VAH A;  3AYS A;  3CZJ A;  3UR7 A;  3ZMR A;  4TVC A;  4ZXL A;  2PWF A;  2CXG A;  3VDC A;  4FLS A;  1OBA A;  1J0H A;  3W37 A;  1UQY A;  1UA7 A;  4UOJ A;  5HXM A;  1HL9 A;  3BGA A;  2W67 A;  4A3H A;  1CGU A;  3K4D A;  3VM5 A;  1BHG A;  3G6L A;  1DWF M;  1IT0 A;  4RL3 A;  1TVN A;  1ODZ A;  1QBB A;  2VRJ A;  3FW6 A;  1XH2 A;  3CTT A;  4D71 A;  1UD4 A;  2F8Q A;  5DF0 A;  5A6M A;  2CHN A;  2BS9 A;  5HNN A;  3W81 A;  3WD4 A;  1FHL A;  2RGL A;  1HIZ A;  1VEN A;  3PZQ A;  1BAG A;  5ECU A;  3UES A;  4M81 A;  3UR8 A;  3BMW A;  1BYB A;  4E4P A;  1E6Q M;  4H04 A;  1JG9 A;  3JUG A;  4AZ7 A;  1OWQ A;  3NCO A;  3ARW A;  3WUB A;  1G01 A;  1UOK A;  3VIO A;  4Z2J A;  3MO4 A;  2W61 A;  1CGW A;  4HPH A;  4BCE A;  1LL6 A;  4MB3 A;  1KR1 A;  1U2Y A;  2E9B A;  2GK1 A;  1L8N A;  3VIK A;  3BLK A;  1HKK A;  3GYC A;  1W9X A;  4J3V A;  1ISZ A;  1Q6F A;  5DT7 A;  2VUR A;  3EDF A;  2VCB A;  1PBG A;  4TUF A;  4X0V A;  1AMY A;  1J11 A;  3L4X A;  3SCR A;  9CGT A;  3BCD A;  3WBE A;  3OB8 A;  2D0F A;  1C93 A;  2G3N A;  4TX8 A;  3W27 A;  1E0W A;  3LMY A;  1HKJ A;  5M5D A;  2VZU A;  1JL8 A;  4PMV A;  4ATL A;  2WZE A;  2J4G A;  3PTK A;  1UWS A;  1X6L A;  2A3A A;  1CXL A;  2XIB A;  2PF0 A;  1E73 M;  3WUF A;  1V02 A;  1W9B M;  3RPM A;  1ISV A;  3BAW A;  1WZL A;  1ZL1 A;  2YA1 A;  5C71 A;  4BQ2 A;  2FH6 A;  1LG1 A;  4IIS A;  2CBV A;  4W89 A;  1QNO A;  4A4A A;  4EE9 A;  3UER A;  2XYL A;  3VM7 A;  1UR9 A;  6A3H A;  3KE0 A;  4PCT A;  4WLC A;  1EOM A;  5IFP A;  3CBW A;  3UG5 A;  3WMS A;  1UH2 A;  4PTM A;  2WVV A;  2Y24 A;  3CMG A;  3ARO A;  2EXO A;  1BPL B;  1WZM A;  2QMK A;  2OYM A;  4B15 A;  1EGZ A;  2XII A;  3N15 A;  1L0P A;  4D6H A;  3EDJ A;  2UY4 A;  3WD3 A;  4J3T A;  4MPK A;  4TXE A;  3QR3 A;  3TTY A;  2ZOX A;  2QF8 A;  1AQM A;  1M53 A;  2JEP A;  4H8U A;  1GZJ A;  1B2Y A;  1D7F A;  3PN8 A;  5EB8 A;  5E6Y A;  3UCQ A;  3PZG A;  1ITX A;  4TX6 A;  1W32 A;  2MAN A;  2F2H A;  2J78 A;  3WD0 A;  2JFE X;  1QI5 A;  5D8Z A;  3AIC A;  3VGH A;  4V2X A; 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