2YDRA

Cpoga d298n in complex with p53-derived o-glcnac peptide
Total Genus 238
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
238
sequence length
579
structure length
579
Chain Sequence
QVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDNIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEALS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synergy of Peptide and Sugar in O-Glcnacase Substrate Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Clostridium perfringens
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
total genus 238
structure length 579
sequence length 579
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2011-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2ydrA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ydrA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2ydrA01
4PCSA 4E8CA 1WAWA 2UY5A 1E15A 2UY3A 4GI9A 4J7RA 1E4LA 3WENA 1UD2A 5FIPA 2O9PA 4PSPA 3IJ9A 4AD3A 2HISA 1HF6A 3CZ8A 7A3HA 1AQHA 4PCTA 1G94A 2JFEX 1QW8A 4ACZB 3ALFA 3L4YA 2BHUA 3SCWA 3WMCA 5EFDA 3RMEA 3AIVA 4HA3A 3GXDA 1E5NA 3U5UA 3SUUA 1BQCA 4MDOA 4AZ5A 5KZ6A 1GJUA 5M5DA 1V3IA 2WVSA 1H0IA 3U57A 4B9YA 3IJ7A 1UH4A 1HKIA 4AYSA 1HJQA 1ESWA 3EBVA 4MAZA 1V3MA 3ECQA 3MKKA 2FGLA 4V27A 4ATLA 2XUCA 4GPNA 3UEQA 3ZT7A 4BQ5A 3CHCA 3II1A 3N11A 3WDJA 1HL8A 4LYPA 3K8MA 1ZS2A 5A1AA 2DGAA 3ZR6A 1K6AA 1E6PA 1QBBA 4OUEA 3PZIA 4H8HA 1GQKA 1PIGA 2V38A 4V2XA 2YIHA 1UH2A 1TA3A 3IANA 2J4GA 1Q6GA 3T2QA 3O2LA 4JHZA 1JGIA 1C3FA 2C7FA 5DT7A 4JAWA 3PZTA 5E9AA 1EHNA 1MVYA 3MMDA 4AIUA 3CPUA 4F9DA 5KEZA 1XRVA 1FHLA 1W9VA 2PF0A 2X8RA 4XZWA 1E70M 3ARUA 1PX4A 1D2KA 3GH5A 5D9PA 5IFTA 4MPKA 1XD1A 2J62A 2FHBA 5I77A 2XVKA 4CCDA 3WKZA 1IZKA 3WN6A 3VKKA 3VIFA 3RO8A 3W53A 4BA0A 5AYIA 1UQYA 2DIEA 3AXHA 4PN2A 3SCQA 2X2YA 1K9TA 1ISZA 2ZUNA 4GO9A 4XB3A 7TAAA 4NRRA 4AMCA 2WZIA 1JZ8A 3WQ5A 1XCWA 5FKYA 4UNIA 2ESCA 1F4AA 1JYWA 3S6TA 2D0HA 4RE4A 1WE5A 4J3UA 1M53A 5FD0A 1OWQA 1EDGA 2EBNA 3WL1A 5LA1A 3LPFA 1ISVA 1DWFM 4WSKA 4QP0A 4P7OA 1HNYA 2G3NA 3WD3A 2QV4A 3F4VA 3CZEA 1V0MA 1QI5A 2WC4A 2E9BA 3W28A 2WKGA 2A3CA 3BLPX 3WUFA 1M01A 5EBAA 3SCOA 5A6BA 1UA3A 4HPHA 1TG7A 1V3JA 4WSJA 3WD1A 1PX8A 1OM0A 4ML4A 3WNLA 1KCLA 4H7VA 4GO8A 2Y8VA 1V6WA 4AZBA 2WMGA 4RL3A 3NCOA 3A4AA 1MQRA 1HKJA 2ZX9A 2VZVA 2VR4A 4NZCA 3AHVA 1HVQA 2BVTA 3K4DA 2J7BA 3OZPA 1GVIA 2GJRA 4U3CA 1R85A 1XYZA 5DMYA 1OGBA 3ZM8A 1MXDA 1W9DM 1KGUA 2V3GA 4TVDA 2DIJA 1B1YA 2XWDA 2A3AA 1FH7A 1Q6CA 1DWHM 2WANA 3M7SA 5CSUA 3VPLA 1KWKA 3T0DA 2VQTA 5M03A 3AXIA 3BAXA 4QCEA 4M1RA 5JBEA 3OB8A 3W6MA 4PMYA 2J7EA 4HZ7A 3O9NA 5E6YA 1EHAA 5ECUA 1QHOA 3OGVA 2J8FA 3WF4A 5M17A 2JALA 3AICA 5I78A 2EPNA 2G3JA 3AMKA 1BVNP 1XSKA 3PZMA 1RD6A 2PC8A 4BQ3A 4IISA 1MFUA 3CZGA 3OLDA 3KL0A 2CKRA 2G8ZA 5CGMA 2X05A 1C91A 1Y7VA 1W1TA 2VX4A 4BS0A 1LG2A 1B30A 1NQ6A 3GH4A 2X1IA 3AIQA 5I6SA 3BAYA 4D6HA 3L2LA 3AXXA 3EMCA 5JIPA 1C8YA 1FOBA 3WDRA 4C7FA 4D72A 3WF0A 2E9MA 2DSWA 3CZLA 5BCAA 2W91A 1EGZA 3WDPP 1M04A 3WNOA 4QLJA 1TMQA 4OKDA 4JL1A 3WQ8A 1NWUA 4J27A 3W82A 1YQ2A 1KXQA 3OIHA 3CZJA 4AD4A 1JZ4A 3VGHA 1GQIA 4UOQA 2JIWA 4F9JA 2WVVB 2EJ1A 5E0FA 3WBEA 3ARWA 3W26A 1V08A 4UQ9A 1UR9A 4PBGA 5E09A 3AS2A 4PYSA 4Z2IA 2CITA 1UWSA 1F4HA 4JFTA 4AZIA 4C7GA 1WCGA 2DQXA 1MQQA 2FH8A 1V6YA 3TTYA 2OSYA 3CUGA 4FMVA 1R7OA 1BG4A 3OGRA 4CCEA 5CGTA 3CHDA 3WD0A 1P6WA 1RH9A 5HNNA 1V02E 1R87A 4H41A 3W37A 5A2AA 4A3HA 1V6UA 4FLOA 4UOJA 2Z1KA 4UQDA 1ISWA 1UKSA 3AS0A 2G3IA 1CLXA 2GK1B 3I3DA 1QHPA 5GPRA 3M6DA 3W6LA 4E8DA 3TOPA 5GQBA 2BS9A 2DSKA 2XVGA 2VZOA 4J3SA 2J7HA 1OINA 3VGEA 2VZTA 3W25A 5CPTA 4U2ZA 4EANA 4DWSD 3OG2A 3VIOA 5A6SA 1CZ1A 1E9LA 4XUYA 3DHUA 1UWQA 3FY1A 1C8QA 1J01A 4PTWA 5FCZA 2YA1A 4GI6A 1KXVA 1GW1A 2ZUMA 2GDUA 3AMLA 4NRSA 1XV8A 2Y8KA 5IHSA 3WQVA 1QNRA 4Z2GA 2Y2WA 1KQZA 4UTFA 1W1PA 4D6CA 1E0XA 4MJ2A 3NDYA 1XCXA 4HA4A 1OGSA 3VU2A 5C71A 2ZE0A 1UD4A 4J3WA 2WMIB 1B31A 5I24A 5CZKA 1KXHA 2WHKA 4JFUA 1FP8A 4D1IA 1C92A 5IDIA 1E1EA 1J11A 2W67A 2ZX5A 4GIAA 4Y7EA 4AXNA 4UFMA 4W86A 2CKSA 4GZEA 3VIJA 3W38A 2WZHA 3WH7A 3RJYA 4X0VA 3WFZA 2EO7A 1G9HA 2X0YA 1R8LA 3M07A 4W88A 3WF3A 3HJEA 2NT0A 1DWAM 1JZ3A 3SIMA 1B3ZA 1CDGA 1Z32X 2VUYA 5EFFA 3AOFA 3I3EA 1WP6A 4Q22A 1VJZA 4MJ4A 1NOWA 1FHDA 1BVZA 4HTYA 4TOQA 5A95A 1Q6DA 1Q6EA 3WDQA 1PPIA 3VMOA 2G41A 1WZAA 2VX5A 1QI3A 1TVPA 2FHCA 3TTQA 4FLRA 4PMOA 2XFYA 1JF6A 1JZ5A 3N9KA 2PWDA 2WMIA 2W5FA 2DSZA 2BVDA 3AMCA 3VD3A 3U5YA 3WBAA 3OZOA 4U31A 1AQMA 2V5DA 1V0KA 4DWSB 2J78A 4P7NA 1U2YA 1MWOA 3SCRA 7CGTA 5C70A 3KZSA 3AJ7A 3IJ8A 4UFJA 5C8BB 3DC0A 3B8SA 1HJXA 1JI2A 1VEPA 1N82A 2WVTA 2JIEA 1EH9A 1HKMA 1OGGA 5LYRA 4UQCA 1GCYA 4M81A 2O92A 4JL2A 4J3XA 2X09A 5I0DA 4GZIA 2BXYA 3PZQA 4KGJA 1I1XA 2CBVA 2CESA 2E0PA 1IT0A 5I79A 5FL1A 4BZYA 1R86A 1CXIA 4RE3A 1XH1A 5D9MA 3BSGA 2XPKA 2ZUSA 1NWRA 1DWJM 5HOSA 3POHA 2BXZA 5EMYA 3BMWA 2J77A 2QMKA 3EDFA 3PZOA 1NP2A 5A3HA 3L4TA 3RDKA 1QHZA 1KR1A 1TUXA 1CLVA 1QI2A 4W84A 2CBJA 4KRUA 4EKJA 1WZLA 1L8NA 2DSVA 4ZEPA 2X0HA 1NOUA 3AIRA 4D6IA 4PMUA 3CMJA 4HZ8A 3RM8A 1CENA 1W2VA 5GNXA 4CU7A 1VENA 5M3WA 2OWCA 2W92A 5AC5A 4UZUA 3WH8A 3SUVA 3AZRA 5CPQA 3GM8A 2XHYA 5CXPA 3A3HA 4CU8A 2D24A 4UOZA 1H4PA 3GXMA 4P8WA 1BG9A 3UG5A 1S46A 3WELA 4JKMA 5A6AA 1ZBWA 1E4MM 3FW6A 3VNZA 2VMFA 4AZ7A 5D4YA 1KGXA 3D3AA 4JZ5A 4P7QA 2G4FA 1GHRA 2AOSA 1EIBA 4MNJA 1PZ2A 4IUGA 3KL3A 3KEHA 2J7DA 2BY0A 2VCBA 3NSMA 4HA1A 6TAAA 3WSUA 1AMYA 1U30A 5F7UA 3VILA 4NI3A 3WH5A 4CD8A 1WDQA 3CUJA 2D3LA 4AZGA 4JCLA 5A69A 3DYOA 1RPKA 2E40A 4B9ZA 1UKOA 1V3KA 3CLWA 1FFQA 1CEOA 5IFPA 2VURA 2D23A 1ZL1A 4CN6A 2DH2A 3QGVA 6CGTA 3EMZA 5HPCA 1E40A 4S3JA 1UWTA 1G0CA 3SUSA 1O7AA 3ARTA 4H04A 1E43A 3PTKA 1HJVA 1JG9A 1MQPA 1E6SM 2AMGA 3S2CA 4CD7A 3TP4A 2Y24A 4TX8A 3VGFA 1KCKA 1FH9A 3NIYA 1ITCA 4UZSA 4ACZA 1UQZA 3WQ6A 3CIVA 4CU6A 1UWRA 4JFSA 1ISXA 3GDBA 1NWSA 2YL9A 1CPUA 3N04A 3DECA 3UG3A 4J28A 5JBFA 1QNPA 2F2HA 4CUCA 3WIJA 4Z2JA 1PX3A 1UUQA 2YA0A 3FAWA 3WEOA 5AC4A 1X6LA 4XV0A 3GXFA 1W3KA 1AQ0A 4CD4A 1VEOA 3UR8A 4C90A 1UD6A 3WMBA 3PHAA 2W62A 3LMYA 1UD5A 1UWIA 3A47A 4UCFA 4D6GA 3CO4A 4DUXA 1OD8A 4J3VA 4ATWA 3GNRA 1J9YA 4KRTA 1ITXA 2XWEA 1CXHA 1JYVA 1E6RA 3ZJKA 4AY1A 1CGTA 1EQCA 4IPLA 3VDBA 4OOZA 1ZJBA 4HOZA 3PZVA 3KL5A 1ISYA 1WPCA 1UH3A 2WKLA 4P7LA 4YHEA 1EQPA 1TR1A 2ZXBA 1VBRA 4KWUA 1ODUA 3VIHA 4MNKA 2JE8A 4AEFA 1WDRA 3ARPA 3MANA 3ZIZA 3AS3A 3CHFA 1B90A 4HMCA 4JKLA 2EPKX 3U7VA 3W4RA 4EK7A 3OGSA 2WCSA 2ZOXA 4NF7A 4ZXOA 4DWSC 1JD9A 1SYTA 1AVAA 3BGAA 4W87A 1MYRA 1B2YA 2JEQA 1W1VA 1E4IA 4DUVA 2XJ7A 1QNSA 3VGBA 4HMEA 2FDMA 5D8WA 2BFGA 3UR7A 1HL9A 3GBEA 4PMVA 4PMRA 2VT0A 3VM5A 2BY1A 2VCAA 4PEEA 3WUBA 2VR5A 3EDDA 5A8PA 3VO0A 3FHQA 2GSJA 3AQUA 4B3LA 4AEEA 3BCFA 4WLCA 3WL0A 1IV8A 2WHLA 1E3ZA 1OBAA 3UG4A 1E0WA 1UR1A 1ODZA 4LPCA 3QHOA 3VD7A 1QPKA 5HDRA 1MW1A 2WHMA 2IXUA 3VINA 1XYFA 3BAIA 3WMSA 2A3BA 3SCNA 2C0HA 4HZ6A 2J25A 3VVGA 4HU8A 2OYMA 5BYWA 2WWCA 3SCVA 2E8ZA 4FK9A 1LWHA 5I3DA 1HN1A 3UETA 4KH2A 3T2OA 2WLZA 3WF1A 2WC3A 4LQ1A 1BYAA 4EE9A 3WDIA 5BWFA 3AIWA 1JIBA 1GUVA 2OLHA 2VO5A 3CUIA 4FF5A 2E3ZA 1HKKA 5BRQA 5DFAA 3EYPA 4WKFA 3WD2A 5CLWA 1NH6A 4AW7A 4U5KA 2PWFA 4W5ZA 1KXTA 1E3XA 4X0NA 4H8VA 3T08A 3L4UA 4H8UA 5A8MA 2W4XA 1BGAA 1EO7A 2CIPA 2BY2A 2TAAA 2VRKA 2ZWZA 1UKTA 1GQJA 4J3TA 4ACYA 4GQQA 4DUWA 5A8QA 4YN5A 1FH8A 2GDVA 2XTKA 1EDQA 4WF7A 3W27A 1GNXA 4QLKA 1K9FA 3RJXA 1NWTA 3ARYA 3SUTA 1OSEA 1BF2A 1XSJA 3MU7A 3EMQA 3K8KA 4UQBA 4W5UA 4NSBA 4W93A 4A3YA 3BAJA 3MUY1 1HJSA 1B3XA 3IAQA 1DWGM 1JDCA 3RIKA 5GNZA 3MS8A 3UCQA 2V3EA 4AD0A 1W3JA 3NSXA 3MV11 3ZMRA 2WK2A 3WEZA 2CXGA 4KMQA 1OCQA 4HOXA 2YOCA 3J7HA 4TTUA 4W7VA 2CHOA 1C8XA 4MNLA 5HBFA 3GXIA 3I3BA 5CLTA 2RGMA 3EDKA 4W89A 4AZCB 4BQ2A 1LJYA 1X1NA 3WH6A 1UZ1A 1WO2A 5JBDA 3VX0A 1ZBCA 4URIA 2DT0A 1L0PA 1GOKA 2GFTA 4L4PA 1BYBA 3NUKA 1LG1A 1R7AA 3GH7A 1WKYA 3BC9A 1SFSA 1UD3A 5E70A 2XM1A 3ZT6A 1B3YA 4W8BA 1V03A 3GYCA 3OLEA 4M82A 2F8QA 3AROA 4PMXA 2WVVA 3LPOA 1W9XA 1JNDA 4ZFMA 3ZSTA 3VIIA 4TVUA 2VX6A 3N18A 2VVSA 2QHAA 2V3FA 4MADA 4PMDA 4WKAA 1U33A 2OYKA 3VD5A 4MNMA 3MV01 4HMDA 1FFRA 2ZXAA 1H09A 1WDPA 1CWYA 3CH9A 1UZ4A 1C90A 5A2CA 1PJ9A 3AHTA 2XGIA 1LF1A 3WNKA 1BTCA 2CETA 1PIFA 1BFNA 4ATDA 1TCMA 2J7CA 2XYLA 4LX4A 2EEXA 4W7UA 1CGYA 1BSIA 3ZQ9A 4B16A 3W0KA 2GK1A 2VI0A 2WWDA 1V0NA 2IXVA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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