2YDSA

Cpoga d298n in complex with tab1-derived o-glcnac peptide
Total Genus 236
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
236
sequence length
579
structure length
579
Chain Sequence
NQVLVPNLNPTPENLEVVGDGFKITSSINLVGEEEADENAVNALREFLTANNIEINSENDPNSTTLIIGEVDDDIPELDEALNGTTAENLKEEGYALVSNDGKIAIEGKDGDGTFYGVQTFKQLVKESNIPEVNITDYPTVSARGIVEGFYGTPWTHQDRLDQIKFYGENKLNTYIYAPKDDPYHREKWREPYPESEMQRMQELINASAENKVDFVFGISPGIDIRFDGDAGEEDFNHLITKAESLYDMGVRSFAIYWDNIQDKSAAKHAQVLNRFNEEFVKAKGDVKPLITVPTEYDTGAMVSNGQPRAYTRIFAETVDPSIEVMWTGPGVVTNEIPLSDAQLISGIYDRNMAVWWNYPVTDYFKGKLALGPMHGLDKGLNQYVDFFTVNPMEHAELSKISIHTAADYSWNMDNYDYDKAWNRAIDMLYGDLAEDMKVFANHSTRMDNKTWAKSGREDAPELRAKMDELWNKLSSKEDASALIEELYGEFARMEEACNNLKANLPEVALEECSRQLDELITLAQGDKASLDMIVAQLNEDTEAYESAKEIAQNKLNTALSSFAVISEKVAQSFIQEAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Synergy of Peptide and Sugar in O-Glcnacase Substrate Recognition.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/peptide
source organism Clostridium perfringens
molecule keywords O-GLCNACASE NAGJ
total genus 236
structure length 579
sequence length 579
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2011-03-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 2ydsA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ydsA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 2ydsA01
3CHCA 4JFVA 2VO5A 3CUFA 1BYCA 2GJRA 1A3HA 1M04A 2WZIA 3AMLA 1G1YA 3D5HA 2ZXBA 1VEMA 1QHZA 1JYNA 1W9BM 2WMFA 2Y24A 2W4XA 1WB0A 2DT2A 3CZGA 3AOFA 2VRJA 5E0FA 1E6SM 1JYXA 1B3XA 3FHAA 1OD0A 1KR0A 3GBEA 3AIRA 1C3FA 3QHNA 1J18A 1OSEA 3EYPA 3OGSA 2WCAA 4PTXA 2DEPA 1WO2A 2ZICA 2EPNA 1WPCA 5F7UA 4PYSA 3W6LA 3B9DA 1FH7A 4A3HA 4W5UA 4AD4A 3WN6A 1GVIA 3HN3A 1W1VA 2W61A 1NP2A 3DYOA 4URIA 1W9PA 2OWWA 1GOQA 2VQUA 2G41A 3CBWA 3UERA 2AMGA 3WDJA 4N0RA 3DHPA 2V3FA 2WBGA 4W5ZA 1ODZA 3VDCA 4MJ4A 2V3EA 3CHDA 1UWTA 2CKRA 4LYQA 1KWKA 1D2KA 1JL8A 1V3MA 1KXHA 3WQ4A 3ALFA 4P8VA 1JNEA 5IXEA 3GXFA 1W1PA 5HDRA 1VFOA 3MS8A 1B30A 1VFFA 4RL3A 8A3HA 1HN1A 3W82A 1KBBA 1H5VA 4UCFA 4EKJA 3AXIA 5HNNA 1GPFA 3L4TA 2X2YA 3W24A 3SCPA 3WENA 1UR0A 2GJXB 5DT5A 3PZOA 2J7HA 3UESA 2ZX5A 1LL6A 1EHAA 1VBUA 3U7BA 2YDSA 4LPCA 4M29A 4C7DA 1J0HA 4LQ1A 4JKKA 5M5DA 5DT7A 4HA4A 1E0WA 4UFLA 4GZIA 2XVGA 1NWSA 4TXEA 1W3LA 3ZO9A 5A6LA 1X6LA 3CZEA 3AZRA 1J01A 3FY1A 1FHLA 4UQEA 1EIBA 1RH9A 4B9ZA 3WMSA 4PMXA 3AZTA 2O92A 4ACZB 5FKYA 3WDQA 3VMPA 1JGIA 1UD5A 2Y4SA 3EMZA 4MADA 4QP0A 2VRQA 4R5EA 5AC4A 2CESA 4W7WA 5CLWA 4D6CA 1ISYA 2NSXA 4P7LA 2EPOA 1UZ4A 3WNKA 2O9OA 5CPTA 4PMZA 3KL5A 2CIPA 2D23A 4YHGA 1CENA 1UKOA 1E3ZA 4CD6A 4DUVA 4FLRA 4B3LA 4GO9A 2GDVA 3WD1A 2OYKA 3AHZA 2XVPA 2VC9A 3VIFA 4W8AA 3AHVA 1H49A 3DHUA 4TVUA 3N13A 2EBNA 2VRKA 2BY1A 4JFSA 1M7XA 1PZ3A 3PBGA 1DWGM 2XG9A 1JAEA 1CLXA 1OGSA 1LJYA 3VDHA 2WMGA 1J9YA 1C8XA 3AYSA 4LYRA 1BVNP 3VVGA 1WZLA 2WWCA 3ARPA 5I78A 4W85A 2WM0A 4UFHA 4B9YA 4HPHA 2EXOA 3WL1A 1UG6A 2VX4A 1XH0A 3AS3A 3EDEA 1UD2A 3WEMA 5EFFA 2JE8A 3WNNA 3RJYA 2E0PA 3WBAA 3LPOA 4W84A 4MB3A 5I5RA 1JDAA 3WDIA 4PCTA 2WVVA 3ZOAA 2BNJA 1G5AA 1HVQA 5GNXA 2WVVB 3VGEA 1MQQA 3GM8A 4X9YA 4BA0A 4Z2LA 4PTMA 1WDRA 3WY1A 2VVNA 2W66A 3SEPA 2DIEA 4PMYA 5GNYA 4EAMA 2E9LA 3WEOA 5AYIA 1BGAA 1S46A 1HKKA 3FN9A 3WNOA 2D0HA 2G8ZA 3OGRA 3ZSTA 1QW8A 2WANA 2XIIA 3VD5A 4XX6A 4F66A 1DP0A 1XYFA 1OGGA 2FGZA 2ZUTA 3M6DA 5JBDA 4C90A 1CXHA 1SMAA 1YHTA 1VRXA 4PUDA 2DH2A 2ZWZA 4OBSA 2J25A 3ZSSA 3CMGA 1MFVA 3T09A 1CECA 2JIEA 1TFVA 3NCOA 1LWJA 1HL9A 3ZJKA 5AYBA 3QHOA 4U3CA 2YIHA 1V3KA 1MVYA 2WCGA 1WDQA 2EQDA 3CGTA 1HF6A 1H41A 1Q6EA 4UQ9A 5FL0A 4XB3A 3SCSA 4XV0A 4MNJA 5JBEA 3T0AA 3PN8A 4W8LA 3SIMA 1HJWA 1IZJA 2WPGA 4KGJA 4CGTA 4HOZA 4CD7A 1C92A 3U5UA 1JIBA 1D3CA 2G3JA 1E6ZA 4H2CA 5LYRA 4TVCA 3VIMA 1QVBA 3AIUA 1UD8A 2GSJA 4LGXA 1GONA 3AXXA 3GXIA 1GVYA 3LPGA 2WVUA 1ZBKA 1CXEA 2W5FA 4XZBA 3AISA 1KQZA 1B3VA 2J8GA 1VBRA 1J12A 1E40A 1QNRA 1YQ2A 1GQKA 2OLHA 4CKQA 4WKAA 3WL0A 4JKLA 1UD4A 3D3AA 1BVZA 1XCWA 2O9RA 3RJXA 1EDQA 3WMCA 5BRQA 4PTVA 1X6NA 4WF7A 1CGVA 1R86A 4DWSB 1J0YA 3WH9A 1R7OA 4H8VA 1TA3A 5I24A 4QLLA 1JFHA 1TVPA 4MDPA 1V0NA 3VM5A 2W91A 4AISA 1W9UA 1XD1A 3WD2A 2XVLA 5E6ZA 4AZ7A 1WDSA 1ZBVA 5A3HA 1QPKA 3CUGA 4JKMA 3BCFA 4C7GA 1KXQA 1OIFA 2VCAA 3LMYA 1E3XA 1QNPA 3SCRA 1NWRA 1H11A 2XHYA 3N15A 5DO8A 1MW0A 2G4FA 3SCWA 4U2ZA 3UETA 1ITCA 1CBGA 3AMKA 1I75A 1XGZA 5A94A 4PEEA 1JI2A 1UWSA 2J77A 3K8KA 2J4GA 3L2MA 5A2CA 3ZIZA 4H8UA 3SUWA 3A4XA 3BH4A 4Z2KA 4M81A 3A47A 2QMJA 5IHRA 1OGBA 2YA0A 5M03A 3UR8A 1VEPA 5LA1A 2V5DA 7A3HA 2BVYA 2ZUWA 2DPEA 1D7FA 3EDFA 5D9NA 3B9EA 2WHLA 3GXDA 1ZB5A 4PBGA 3WSUA 3RM9A 1JFXA 4ZXOA 1E1EA 3MUZ1 4TUFA 3RM8A 1CYGA 2A3CA 3TTYA 1HIZA 1AQMA 1GUVA 1EO7A 3AS0A 1IV8A 1EDGA 3L4YA 4QAWA 4ACYA 4JFWA 4J27A 2BHUA 2WXDM 5JIWA 1W9XA 4AWEA 4BF7A 3AQUA 2XIBA 1DWAM 4HP5A 3THDA 1OBAA 2PWFA 4V2XA 3WD0A 3RM4A 3W26A 4UQCA 2F2HA 2ZE0A 4GQQA 3BXWA 4TTGA 1E6PA 4L4OA 4ML4A 3ALGA 1UWIA 1LLOA 1H09A 5EB8A 1C7TA 1JDDA 3N1AA 5A2BA 1L8NA 2O9PA 3SUTA 4AD5A 3VUPA 5BXPA 2EPMX 1BPLB 1J0KA 3HJEA 3A4WA 3CZ8A 2OWXA 2FGLA 4OIFA 1UD3A 2UY4A 3ARZA 2WHKA 4D1IA 1NWTA 3GYCA 3KWXA 2VJXA 4FMVA 2CBVA 1ISVA 1FFRA 4AZ6A 1C8YA 4C91A 5HOSA 2ZXDA 2O9TA 4B15A 2Y8KA 1UR4A 9CGTA 5IFTA 2WZEA 3S2CA 3PZ9A 5IDIA 1KCKA 1G9HA 3AFBA 1EDTA 3LPFA 2PWDA 2BY2A 4JCLA 5FIPA 4WK9A 5D9MA 4QLJA 1BQCA 5A8QA 2D3NA 1BAGA 3GXMA 4MAVA 2EJ1A 2XM1A 1JNDA 3CO4A 4TX8A 2ZXQA 3IAPA 2D1ZA 1J10A 2E8ZA 3PZTA 3GDBA 2IXVA 1K9EA 4HA3A 4HZ7A 2CETA 5GQBA 2RGLA 4UFJA 3VD9A 3S6TA 2GVYA 5ABGA 1PPIA 1HJQA 2YBUA 1HX0A 3VMNA 4M24A 2NT0A 3GH4A 1ZS2A 1UR2A 5EFDA 5I0DA 5E0CA 3CTTA 4F79A 1BYDA 2C7FA 4AW7A 4D6JA 1HJXA 2EO7A 3O2LA 3OLDA 5A95A 2VL4A 2CEQA 1R8LA 1C90A 4DM2A 4J7RA 1AQ0A 3OB8A 1IT0A 3CZJA 4W89A 1H0GA 1H1NA 1V3HA 5AY7A 5GPRA 4KGLA 4M80A 4AZIA 1E55A 2QPUA 5E09A 2PWHA 4M1RA 4D6FA 3ZT6A 5JBFA 5JIPA 2XGIA 1QNOA 4GI8A 1US2A 6CGTA 2CYGA 2YDRA 2BY3A 1VIWA 2J7BA 1W9VA 1BF2A 2B31A 1WAWA 3N04A 3MMDA 2V3DA 3IANA 3RCNA 2XM2A 1EO5A 3L4WA 4YPJA 1UQYA 2Z1KA 1V3JA 3WD4A 1UR1A 3BLKA 1B3WA 2V38A 3SUVA 3SURA 1CXFA 4MAZA 1FHDA 3NYDA 3VOCA 4BQ3A 1E73M 3ARUA 4J3UA 3FAWA 3MMWA 1RD6A 3MMUA 1GJWA 1KXVA 3W6MA 1BTCA 1V02A 4E4PA 2YKKA 3AIVA 3T0DA 2BVDA 4CD5A 2X05A 4FK9A 4MNLA 4UFMA 2PWEA 3I3EA 1M53A 2DSZA 3K8LA 1SR0A 2A3BA 2DSVA 3BAKA 4HOWA 3NDYA 3GH5A 2XSAA 2JALA 1CGXA 5D8ZA 3W81A 4RE4A 5I2UA 4HPGA 4KMQA 3CUHA 2IUZA 3W0KA 3CUJA 5CG0A 3BMWA 3K4DA 4D6EA 2VZVA 2WC7A 4Z2HA 2VZSA 4JL1A 2QF8A 4FLSA 1CGUA 1JZ6A 3AIWA 5D8WA 2W92A 4AXNA 1GOWA 2BHZA 1MXGA 5BXSA 4BQ5A 1WDPA 3EMCA 4RE2A 5I77A 2VI0A 3WF1A 5BXRA 4JHZA 3PZGA 4A4AA 2Y5EA 4P7RA 1Y7VA 3AHYA 4HZ6A 1CPUA 3BSHA 4D71A 1GZJA 4MNKA 2WCSA 1TR1A 1XH2A 2XTKA 2V5CA 1JZ3A 4CU7A 3GTNA 4Q7NA 5GNZA 1CWYA 1M01A 1WZMA 4HZ8A 1JF6A 1EOMA 2AAAA 2J7DA 3VGBA 4F8XA 2E4TA 3NDZA 4AY1A 3FNDA 1KGWA 3O9NA 1JYVA 4E2OA 2JEPA 4XZWA 1M03A 3POHA 5ABHA 5M3WA 5I23A 3OLEA 5CSUA 2F61A 3PZMA 1VAHA 2NW0A 4UQAA 4GXPA 4CCEA 1DHKA 4AZHA 2OYLA 1ZU8A 2VCCA 2G3MA 2PBGA 2CHOA 2VQTA 1J0JA 4W93A 1JF5A 3GNRA 1V6UA 3WELA 2FDMA 2CKSA 4PMNA 2XWDA 4P7QA 3E1F1 1PX3A 3GH7A 1XRVA 2XWEA 2W63A 1GQLA 2DH3A 6TAAA 5HPCA 1JZ7A 1B31A 1MQPA 3OBAA 3PHAA 2FHBA 4AMCA 2EEXA 2XVKA 4PSRA 3OA5A 2W62A 1QNSA 2EPLX 1XH1A 1QNQA 3WUGA 1VB9A 4E8DA 3QOKA 1E0VA 3N12A 3U7VA 4AZCA 4HA1A 3GNPA 4PMVA 2D24A 2GDUA 2Z1SA 2VMFA 3ZT5A 2XFYA 2V3GA 2J8FA 1CLVA 1UR8A 5A6AA 1CIUA 3M46A 4U2YA 3VIJA 1V6WA 2ZXAA 1OIMA 3TP4A 2YL6A 4AC1X 3ZR6A 5CJ5A 4BQ4A 3CPUA 3KZSA 3UEQA 2VZUA 4X0NA 3TTOA 2BV9A 2BFGA 2BXYA 2Y8VA 3WQ5A 1UOKA 3AJ7A 4GZJA 3MU7A 2ZX8A 2YL9A 5CGTA 3M07A 3CZLA 3SUUA 3ARSA 1PIGA 3CHFA 5I3DA 2EPKX 3BMVA 3N17A 1DEDA 1MQRA 3NUKA 4V27A 3T2OA 3BAYA 4N42A 2X09A 1OCQA 3B9AA 4GIAA 1V6VA 1E9LA 1CTNA 4MPKA 1XV8A 1JAKA 3L4XA 4GI9A 3UG5A 1JXJA 4YN5A 5HPOA 4A3YA 4CU6A 3APGA 4E8CA 1E1FA 3OLIA 1E43A 2AOSA 3AS2A 4CN6A 3SCNA 3VGHA 1KCLA 3BAJA 4U33A 1ZBWA 1CDGA 1C93A 1UR9A 4JL2A 3VIIA 1WCGA 2BXZA 2YA2A 3RDKA 4CCDA 4GZEA 4KRTA 2CITA 4PMOA 3W29A 4AZ5A 5IFPA 4W7VA 4F9JA 1TA3B 3VGFA 3ARVA 2OSXA 5ABEA 1E6XM 4LXFA 2PF0A 2WK2A 3K46A 3PZQA 1GHRA 4IM4A 2NT1A 1UH2A 4AIUA 3CH9A 1KGXA 4WSJA 4TVDA 4V28A 1NOUA 1E6NA 3NSMA 3DYPA 4PRWA 3WMBA 4U5KA 1UWRA 2GK1A 4IUGA 2OSYA 3N18A 2GK1B 4P8WA 4LX4A 1A47A 4W88A 3WF3A 1GNXA 1NH6A 2PB1A 4C7FA 2YL8A 5LA0A 3MUY1 1PBGA 3AHTA 1JD9A 1NARA 1W1YA 1W9DM 2C8NA 3AYRA 4UOQA 1WP6A 1E71M 2YBTA 3VX1A 3M7SA 5I6SA 1TE1A 1XSJA 1HNYA 5CPQA 3WH7A 5A8OA 2D0GA 1B90A 1BG9A 4J28A 4QCEA 1E0XA 4HOXA 2A3EA 5CZKA 4GQRA 4PMRA 3DECA 1BSIA 1HKIA 3U57A 3MSDA 3UR7A 1QHPA 1VFMA 1GQJA 4CU8A 1LG1A 4TTUA 2ZUUA 3N11A 4NRSA 4WLCA 3IAQA 1UWUA 4PUEA 2ZUMA 2VNCA 4EE9A 3UG3A 1XYZA 4L4PA 3WUEA 1G94A 1Q6DA 1OB0A 2A3AA 2DSUA 2OSWA 1JYWA 4UFKA 1JZ4A 4R27A 4MB5A 3B8SA 3IJ8A 3MO4A 1GCYA 5A1AA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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