3OYXA

Haloferax volcanii malate synthase magnesium/glyoxylate complex
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
428
structure length
348
Chain Sequence
RHDREFVRTFFTSPTAVEGEDDSAKMLRRAAGLRGMQAPDVWVPDNEDATAPSMRDEGAENIVEVISEQGAEFPGEIHPRMVWHRDSPETRYQGFQHMLDITDPERGAVEHIHGFVIPEVGGIDDWKKADEFFTIVEHEHGLDEGSLAMSVIIESGEAELAMGDLRDEMGKPTNNLERLFLLVDGEVDYTKDMRAMTPTGELPAWPELRHNTSRGASAAGCVAVDGPYDDIRDVEGYRERMTDNQAKGMLGIWSLTPGQVVEANTSPLPPKTGSWLLDAEELLGLTSYVPSMDDIVDSMEEFWDEATYQAAMTPISLFQDVYENRPDQHEELEERYGAGVVERAMEVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
publication title Crystal structures of a halophilic archaeal malate synthase from Haloferax volcanii and comparisons with isoforms A and G.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Malate synthase
total genus 128
structure length 348
sequence length 428
ec nomenclature ec 2.3.3.9: Malate synthase.
pdb deposition date 2010-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03328 HpcH_HpaI HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.1560 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3oyxA02
3.20.20.60 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Phosphoenolpyruvate-binding domains 3oyxA01
3BJTA 1KBLA 4QG9A 1A49A 2R82A 2X0SA 2HWGA 3PP7A 4FXFA 1PKYA 3P0XA 4HYWA 2V5JA 4JPGA 4RPPA 3QV7A 1IGWA 3EOOA 3HQOA 1DQUA 1M1BA 1MUMA 3MA8A 3EZ4A 3I4EA 1UJQA 2HJPA 3QV9A 4TV5A 3T07A 2VGGA 3LG3A 3SRKA 4IQDA 3G2GA 2ZE3A 2G50A 3ME3A 3SRHA 2XZ9A 3M0KA 4KCUA 3FA4A 3E5BA 4TV6A 1U5HA 1F3WA 1DXEA 4IP7A 1OY0A 1KC7A 1F61A 1PYMA 4YNGA 3OYZA 1DXFA 3GR4A 1E0TA 2XZ7A 4FXJA 3FA3A 4QG6A 2OLSA 1A5UA 3QQWA 4IMAA 4L80A 1F8MA 1S2WA 4KCTA 2XDFA 4B5XA 1F3XA 2VGFA 3U2ZA 1A3WA 3OQ8A 1U5VA 3KTXA 1XG3A 4WJ8A 1DIKA 4B5TA 4L7ZA 1XG4A 4L9ZA 1IZCA 2DUAA 2VWSA 4LSBA 4L9YA 3EOLA 3QTGA 1AQFA 2WQDA 2QIWA 3GG8A 1GGOA 1S2TA 1VBGA 2E28A 1S2VA 4MF4A 3T05A 3OYXA 1PKLA 1F8IA 3LYEA 4B5UA 3E0VA 4B5SA 1PKNA 1ZLPA 4KS0A 3H6OA 2VGBA 3HQPA 1A3XA 3QZ6A 4KCVA 1M3UA 2DIKA 3KHDA 2VWTA 3HQNA 3QLLA 3QV8A 1SGJA 4G1NA 1E0UA 4ROQA 1S2UA 2HRWA 3IS4A 2BG5A 3E0WA 2VGIA 3B8IA 1O5QA 5TAOA 4B2DD 2KX9A 4QGCA 1O68A 3SRFA 4KRZA 2L5HA 3M0JA 5JVLA 4B5WA 2V5KA 4MG4A 3GQYA 3PUGA 1OQFA 3EOEA 2HROA 4B5VA 4B2DA 4DRSA 1PKMA 4QG8A 3VAVA 1Z6KA 3QV6A 4HYVA 4YJ5A 3R4IA 4IQEA 3T0TA 1JDEA 1T5AA 1O66A 1VBHA 3SRDA 1ZJHA 3N25A 4KCWA 3BJFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A4AA 1DWFM 1WYIA 2JQXA 4O4LE 4QFUA 3RPUA 4PUWA 5DF0A 4BQ5A 1ITCA 3BLEA 4CQ8A 3W1UA 1UZ4A 3QTPA 4XAPA 1VCGA 3H12A 4IMDA 3PUEA 1T0OA 3TFXA 1AK5A 4QM1A 3MO7A 3VCCA 2ZA1A 4W93A 2Z7GA 3WQWA 3IGSA 1DIDA 4XB3A 3PULA 3K3NA 4JKMA 4P7QA 3FXGA 3SCNA 2YFNA 2OZ8A 2LHNA 3AE9A 4GOUA 2F2HA 3AXIA 3NQEA 2CFFA 4JTKA 1TA3A 2ZUVA 3VK5A 4ATDA 5CC7A 3DECA 3KBUA 1HO1A 2DT1A 4N9DA 5TIMA 2Z7KA 1K02A 4A6GA 5JBFA 3I0OA 1F8MA 3LK42 2QUUA 3R7MA 3AMGA 4MALA 1LG1A 2UXDT 2XN2A 2C7FA 4XVDA 1YXCA 1CW2A 4FEZA 4YSZA 4OUEA 4Q6XA 4PMNA 2HSAA 3GK0A 4X65T 3QTGA 2X0YA 2FTWA 4HWHA 3HGOA 4O15A 1JDAA 2OT0A 4CCCA 3LUTA 5FXWA 2PP0A 4PB3A 4UQBA 4F8HA 2PB1A 4HN8A 4LU0A 5AQSB 2QAPA 2OSYA 4XKYB 3HOJA 4EWJA 4GINA 1TV2A 4QJ5B 4ROQA 3LRMA 5XIAA 3CJPA 4Y96A 3AIEA 4HPXA 4H6RA 1WCRA 2K24A 2L5HA 2FTYA 4YVXA 4UQAA 1QOPA 4E2VA 3URQA 4L0RA 1RXOB 4DI9A 3RX4A 5KETA 4NP7A 3IIPA 1R3RA 4YYCA 3VUSA 1EJXC 3E0FA 2HVOA 3BSGA 1A5MC 2TRSA 3F5KA 4ORMA 3SUSA 1ZZMA 3PHAA 4F8XA 4XIAA 4PL1A 2NUWA 1X1ZA 3CHFA 4KWOA 4O53A 3TFCA 4JCMA 3NDZA 1OT2A 2PC4A 1US0A 2XQ6A 1HX0A 3WMBA 4E38A 1HJSA 3RM4A 5D32A 1VEOA 1SZEA 2REQB 2H7OA 3I7RA 4S3CA 4JAWA 5DRCA 1UYQA 2ADAA 1K8YA 4HU4A 3QYQA 1VRDA 1MFVA 2X0HA 2V5CA 1QI0A 3IF8B 4JTFA 4Y2WA 1WB0A 1XH2A 1EBHA 1OD8A 2UV8G 1TFVA 4KGLA 4ZQOA 2ZC8A 2D24A 4Q7BA 5A1LA 4GISA 1UW9A 2DVUA 4GIYA 1SR9A 3PS7A 1UASA 2G97A 1EC7A 3LGGA 2E9MA 1PPIA 1OEDA 4X1YE 3S1WA 4IM4A 4LS0A 2QJGA 3ZC1A 2Y63A 5AQIB 3A3XA 3EWYA 2J7FA 1BTMA 1RHCA 4HHLA 4J3VA 3LSVA 1W9UA 2INFA 2WKJA 1IWPA 1V4YA 2RDWA 3USZA 2D2OA 1JL8A 3CBWA 4AF0B 2E6FA 4H8VA 5JDFA 1ZHAA 4I5RA 5BMXA 2YDAA 2LSGA 4X2PA 2OKTA 1MW2A 3EX1A 2MUCA 4YVVA 3E74A 5HQMA 2HQAA 2Z1WA 1OX5A 1UH2A 2M6IA 2YA2A 2V3DA 2C5IT 2WSYA 1UMYA 1SFTA 3HF3A 4KHPT 3L5LA 3CPUA 3TE9A 3LHUA 4IFRA 3QGKC 3FV9A 1XKYA 1NFGA 1LF1A 3S6DA 3I7SA 2W0UA 3UERA 2OWCA 3DGRA 3E0LA 1J12A 3S2JA 3CWNA 4N4QA 1DXEA 3A23A 3BLOA 4Y9MA 4GCAA 2YCEA 2WM9A 4K8EA 1ZS2A 5I03A 3UESA 2ZX9A 1E6QM 5K9XA 4BWLA 4PBEA 3OGVA 2B76A 5PTDA 1O94A 3H3MA 3TTOA 1SPQA 2Q9QB 1QAPA 5EPDA 2YCKX 1B3ZA 2LE8A 4UC5A 2GQ3A 5HNRA 3S5SA 4HNOA 2EKGA 3KS6A 8CGTA 4C7GA 2YL5A 1KWKA 4P0BA 4KS0A 4XAYA 5G1MA 4O16A 1AJ3A 1UR3M 2A3LA 4AHQA 3N6JA 1W5PA 1XUUA 3OLEA 2J78A 1WDDA 3OEXA 3QV8A 2QGYA 3RO6A 4CXWA 2XH7A 4LEFA 3VM7A 1BF2A 5LYJE 5HDRA 4UXDA 3AHYA 1GZ1A 1QW9A 3SN0A 1F6KA 4W7UA 1B3XA 1GKRA 4Q32A 1PXGA 2EG8A 3ZLGA 3WQPA 4H19A 1JCXA 4E3TA 1UZDA 3F2BA 2G5WA 2JGQA 3KHJA 2XAJB 3CUXA 4FSAA 3EI0A 3N9PA 1JYNA 1NWSA 5AYBA 1DJXA 2M6BA 2AGKA 2ZMAA 2PDKA 2WSSV 1RLCL 3SRHA 2G3JA 1OFQA 3TTQA 4Q8QA 4PTWA 2Y7DA 2BKPA 3QNUA 2M67A 4IIBA 4JKLA 4GRSA 3RPDA 2Z2AA 5ABTA 1SJDA 3U2CA 3ZO9A 2DPEA 3RF9A 4M6PA 3ABZA 7PTDA 4ZXOA 4TUYE 3BZGA 3TTSA 4PUDA 2EHOB 5JBDA 4JTHA 5G1TA 2X68A 2D2HA 2I0MA 1R9ZA 2WHLA 2YIHA 3V1PA 3JADA 4LFCT 5FEXA 2IKGA 4QIUA 1PX8A 2W5FA 1LOSA 4GCXA 3JR2A 1I8JA 3JZUA 4AVOA 3HG5A 3GNDA 2A1YA 5I24A 1YXYA 3FW6A 1LLWA 3S4TA 4DBWA 3CHDA 1OC6A 2WMJA 3H22A 3L5AA 3BMXA 4RNJA 5JDNA 4X62T 1FY6A 4NU7A 1BR1A 2D22A 4ZI7E 1IT7A 2PDXA 4I3GA 2DW6A 4I6VA 1O95A 3PUYF 1KK7A 2JGYA 4MLRA 1XSKA 2FH6A 3TAKA 1FWEC 4HGAA 2JK2A 1S5MA 3EDVA 1UUSA 3OZPA 4JN6A 3C2RA 3AXJA 3UG5A 3JC6C 4PAGA 3FS2A 3N3TA 1ADOA 4FMVA 3TH6A 4LMJA 5AKQA 2VKDA 2JKAA 4L1XA 2JMHA 3W88A 3MZ2A 4FLOA 4J2MA 4MY8A 2NQ9A 1MWOA 2XAFB 1EYEA 5HR6A 3L4YA 4MYXA 4A5XA 2WANA 4KBXA 3OTOT 4IFKA 2BZBA 5A6LA 4NRSA 4NUVA 1H7NA 3CO4A 5AC7A 3IVTA 1RPKA 1V6WA 4O8SA 3QC0A 4NJGA 1GK8A 1S1RA 3SADA 2HPLA 5E9XA 3KV9A 1LQ0A 4BKNA 2CZVA 3WQCA 4ADZA 4LT9A 3N12A 1O60A 1W3TA 2AQVA 5I79A 3WDIA 4FX6M 3GYCA 3IK4A 2B31A 1XG4A 4F2TA 4RPQA 3AVRA 4GG9A 4LY8A 2CRBA 2OYKA 2CE7A 2J9ZA 4IQLA 4ENLA 3FZMB 1CNVA 3NQGA 4CQDA 4HHHA 2AQWA 3Q5WA 2QQ6A 3QZ6A 3W1XA 3Q2DA 3M5XA 3HMJG 1QMLA 1THFD 4ZTYA 3GNRA 2VX6A 3UF9A 4X5TA 5EK4A 1MMFA 3UJEA 5CAHA 2XFRA 1OX6A 1QK0A 1LOQA 2HBVA 4D6HA 3SRFA 4G2DA 4PTMA 1TZ7A 3WQ4A 4C7FA 1UBPC 3KCJA 4MY9A 3E0ZA 2FZ9A 3JVAA 3B0XA 1OK6A 3N19B 1UWAA 2WJFA 4GGHA 4LNYA 4FOUA 1V6YA 4WSKA 3S47A 5D9NA 4AQGA 1LROA 2HK0A 2G96A 2W62A 1MNSA 3S9IA 3AYTA 4H7CA 4LPCA 3T7VA 3W86A 2DIEA 1MUMA 1QFEA 4KIRA 1W9BM 2CETA 2J79A 2WO5A 1TWDA 1B3YA 4V27A 2WWDA 2D73A 1QO5A 2IW0A 3O8AA 3CYVA 5LP6E 1V79A 4J9JA 1NVMA 1EB3A 3HM7A 2E4TA 4O52A 1NWMX 2QW5A 3CIXA 3NWRA 2O92A 4MIMA 3VOGA 1DEDA 4LF6T 3A4AA 2Z2BA 3PZQA 6A3HA 4DJEA 4RDWA 2FTPA 2PU0A 3VFLA 2TODA 3WDHA 2INEA 4JN8A 2CKRA 1Q6RA 1FTXA 4FOJA 3W6MA 3F2DA 1E55A 1AFSA 3GBEA 3ATYA 1NAL1 4CQCA 1EXPA 1XLMA 3M0XA 1EZ2A 2ACZA 4X20E 1FKXA 1QO2A 1PTGA 2NZLA 4KKXA 1CIUA 2QCHA 1HTIA 4M6UA 2YOEA 2RH9A 3I9YA 1US7B 4GBDA 4JY8A 2E77A 1MUWA 3G3MA 3PJAA 4NXMT 1R85A 2RFGA 4MGGA 3WLOA 3CQKA 3LD5A 1QASA 5H1WA 4S3EA 4H9OC 1M03A 2C5KT 1V0LA 1FCVA 3TN5A 4UF0B 2J75A 2BVDA 1X9BA 2Z00A 3KEHA 5C9UA 3AZTA 4YTUA 3ETVA 3VO0A 3PF3A 4NAFA 2R91A 3WJSA 2PDYA 2QCDA 3GY1A 5JIPA 2KZHA 3GNPA 4UV9B 3VE9A 1Y01A 3RIKA 3TW6A 3QZEA 3VMPA 4DR1T 1E3ZA 4GXPA 3BLLA 1FWHC 1UD8A 5I3DA 4LVGA 3GXTA 2TSYA 2GK9A 4IDZA 4ISSA 3ES8A 3G8RA 3BSHA 3NDOA 1TG7A 1E6RA 1V7AA 4ONVA 4UQEA 3UR7A 3AXMA 4YHHT 3M0IA 4JFSA 4PEEA 4CUCA 3P2VA 3VIOA 2OOGA 4DNHA 5I78A 1X8CA 4HU0A 1OM0A 2DDXA 3Q65A 3HGJA 1P1XA 4KQNA 4IGUA 1W1PA 1S2CA 3DFHA 4HN4A 4FIQA 4DLFA 1XLEA 3RKOA 5CB4E 5GNYA 2G3MA 1RCQA 1IGSA 3KX6A 4XG1A 2A2FX 3OHIA 1IXPA 4E4UA 4G63A 2KWIB 3GDLA 1JZ4A 3HQPA 1CX9A 3W26A 3OIHA 3L2LA 3DDMA 2VWTA 4J3ZA 2R14A 3OVUA 5EBUA 1PO9A 3BGJA 2A7NA 4OGZA 3VNYA 1J93A 2NWBA 2L9QA 3VRAA 5ABEA 2KX9A 2QF7A 1H7OA 4JFUA 3TJXA 1JR1A 3N2MA 3UR2A 2QF8A 4B5WA 4PSPA 2OVLA 1ZENA 3FIGA 4XKMA 2LSKA 2IKIA 3GXFA 4Y8FA 4POCA 5BW6A 1VGAA 4PMZA 3FCPA 4XAZA 1N82A 1TWIA 1JXJA 4HTBA 2WZMA 2CZFA 2PTFA 3WD4A 4C6OA 4A3UA 3LCLA 5HXSA 1YMYA 2PWHA 3W2NA 5F3JA 4MJZA 4KW2A 1OD0A 3L0KA 1W5MA 1AL8A 2G0UA 5D30A 3FJ6A 4N9EA 1V77A 3O63A 4IJCA 1OFOA 1MQRA 3B04A 3K8LA 2VD9A 1W91A 2VWAA 3N9QA 4C65A 4CD7A 4HK6A 3AS2A 1RBLA 3W2UA 1BXCA 4J3UA 1IT0A 4RE2A 1OK4A 2D0FA 1VFUA 3EABA 1RVKA 5LKYA 1UC5A 4R5EA 3W15B 2CC0A 1CT5A 2Q8ZA 3ABQA 1MMDA 4YTSA 1DVJA 3UQ7A 3R8HA 2WYSA 1G5AA 1TUFA 4GX8A 1SFLA 1AQMA 1GOXA 1ZLPA 4GHRA 4WYVA 3FYOA 3VNKA 3MUY1 2VGBA 3ZM8A 1AZ2A 3ZVHA 2JQQA 3WG6A 4HPHA 5IRPA 2DL1A 2C1HA 1TVNA 4E0CA 3H24A 4FB7A 1ICQA 3PDYA 3BANA 1HN1A 2OMAA 1EO5A 1HKWA 2IUBA 1K70A 3KRZA 1J0KA 4F66A 3L39A 1QNOA 4N6FA 2VOTA 1ZKEA 4K3ZA 3VFCA 3WEMA 3VNJA 1JVNA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5D38 A;  4L9Z A;  4QJ4 B;  4TWD A;  3PJA J;  3N9N A;  5F8P A;  2AQO A;  2XFF A;  4B3R T;  1YPX A;  2DW7 A;  3W82 A;  4E2D A;  4S3B A;  3S46 A;  5D9P A;  3QXB A;  3PVF A;  1RV8 A;  4CD5 A;  7A3H A;  3BOL A;  3T4C A;  1IEI A;  4YTQ A;  4K8G A;  2ODO A;  3MK7 C;  1SYT A;  5KZD A;  5LBM A;  4IME A;  1W9P A;  1CDG A;  2ZWZ A;  3HR0 A;  4PRR A;  5BU9 A;  5FAG A;  2FMO A;  4MLJ A;  2HNE A;  1G8X A;  2H3D A;  3D3F A;  4ATL A;  5GQB A;  3DGB A;  3PFM A;  5D8W A;  1FKW A;  4X2R A;  3AU2 A;  3F5J A;  5T8G A;  4MAZ A;  3GHU A;  4WZX A;  4K6A A;  4IT4 A;  2H90 A;  4TX5 A;  4O0Z A;  1CEO A;  3P0X A;  5HOS A;  4EZ4 A;  1Y8B A;  3L3P A;  5CEW A;  1GG1 A;  3AXX A;  3ZN0 B;  4XD6 A;  1T98 A;  5LIW X;  3RGL A;  3NQ2 A;  3GFZ A;  4F2U A;  5KZE A;  4WF7 A;  4U33 A;  4GIA A;  4MZY A;  2FJU B;  5AB3 A;  2VR5 A;  1GNX A;  4PJM A;  2ZVR A;  3RYS A;  3NR0 A;  3IHR A;  1IYX A;  4JCL A;  4H2H A;  3OG3 A;  5J2U E;  1XIH A;  2PP1 A;  1TRD A;  5C9Z A;  2ZX8 A;  4IP7 A;  3LG7 A;  1JJK A;  2X0L B;  4RUB A;  5JRE A;  1M62 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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