3OYXA

Haloferax volcanii malate synthase magnesium/glyoxylate complex
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
428
structure length
348
Chain Sequence
RHDREFVRTFFTSPTAVEGEDDSAKMLRRAAGLRGMQAPDVWVPDNEDATAPSMRDEGAENIVEVISEQGAEFPGEIHPRMVWHRDSPETRYQGFQHMLDITDPERGAVEHIHGFVIPEVGGIDDWKKADEFFTIVEHEHGLDEGSLAMSVIIESGEAELAMGDLRDEMGKPTNNLERLFLLVDGEVDYTKDMRAMTPTGELPAWPELRHNTSRGASAAGCVAVDGPYDDIRDVEGYRERMTDNQAKGMLGIWSLTPGQVVEANTSPLPPKTGSWLLDAEELLGLTSYVPSMDDIVDSMEEFWDEATYQAAMTPISLFQDVYENRPDQHEELEERYGAGVVERAMEVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of a halophilic archaeal malate synthase from Haloferax volcanii and comparisons with isoforms A and G.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Malate synthase
molecule tags Transferase
total genus 128
structure length 348
sequence length 428
ec nomenclature ec 2.3.3.9: Malate synthase.
pdb deposition date 2010-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03328 HpcH_HpaI HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.1560 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3oyxA02
3.20.20.60 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Phosphoenolpyruvate-binding domains 3oyxA01
1PKMA 3R4IA 4B5TA 1U5HA 3T07A 1Z6KA 3OYZA 3QQWA 4KS0A 4QGCA 3QLLA 2HROA 3B8IA 3H6OA 3EOOA 1GGOA 3GQYA 1OY0A 2R82A 4B2DA 3QV7A 3N25A 1IGWA 4IQEA 3HQOA 4G1NA 4LSBA 4L80A 3G2GA 3PUGA 3P0XA 3SRHA 4QG6A 2HJPA 3EOLA 2E28A 4HYVA 4MF4A 1AQFA 1DQUA 3FA3A 1A49A 1ZJHA 3E5BA 2V5JA 4B2DD 4YNGA 1T5AA 4B5UA 4B5VA 4FXFA 1OQFA 4KCVA 2VGGA 5JVLA 2KX9A 1SGJA 3IS4A 1A3XA 1A3WA 2VGBA 1O5QA 4TV5A 4KCUA 1DXEA 1S2TA 3MA8A 2DUAA 3E0WA 4KCWA 3SRKA 4L9ZA 1U5VA 1F3WA 1A5UA 3HQPA 2VGIA 3VAVA 3ME3A 1VBGA 3FA4A 2QIWA 2OLSA 1M1BA 3GR4A 3QZ6A 1UJQA 1F61A 2VWTA 3QTGA 4L9YA 4B5XA 1PKNA 3SRFA 2ZE3A 4TV6A 3U2ZA 3EOEA 4L7ZA 1DIKA 2XDFA 4IQDA 3OQ8A 1F3XA 5TAOA 3T05A 4B5SA 3GG8A 3QV9A 2DIKA 1MUMA 3LG3A 1PYMA 1S2WA 1E0UA 1XG3A 4HYWA 3BJFA 1PKYA 1M3UA 1DXFA 1JDEA 2VGFA 1O66A 2V5KA 4KCTA 3E0VA 1XG4A 2BG5A 4RPPA 3M0KA 4MG4A 4YJ5A 1E0TA 1S2VA 3BJTA 1IZCA 3QV6A 3OYXA 3EZ4A 1O68A 1ZLPA 4KRZA 3I4EA 3HQNA 3KHDA 4WJ8A 2G50A 4IP7A 3PP7A 4ROQA 2WQDA 1VBHA 2X0SA 2XZ9A 4B5WA 4DRSA 1F8IA 1KBLA 4JPGA 3M0JA 1F8MA 2XZ7A 2HRWA 1KC7A 3KTXA 1S2UA 4IMAA 2L5HA 3SRDA 4QG9A 1PKLA 2HWGA 2VWSA 3LYEA 3QV8A 4FXJA 3T0TA 4QG8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3OIHA 1N7KA 2O7SA 1V03A 2D2GA 1IZNB 2GL5A 1CIUA 5JIWA 2XSAA 1ZP0A 4DR4T 5FIPA 1CB7B 1ZJAA 2ZFAA 4X3ZA 3UUNA 2CETA 3GG1A 1CXFA 2VI0A 3WQVA 5G4EA 1AL8A 3B0UX 5BR8T 5A2AA 3RAOA 3UXLA 3TC3A 1EEPA 3EYPA 2V5DA 1J11A 3T2OA 3S2CA 3EAMA 5J5RA 3W1NA 2EKCA 4DAIA 3SFDA 3PPCA 5E09A 2WNQA 3L2LA 4YTQA 3UWZA 1JFXA 1LQ0A 1J18A 3KBSA 4NIRA 3TWAA 3W84A 5LIYX 1D8CA 3LM7A 4I7VA 3ATZA 1DWHM 4E38A 1ME8A 5AYBA 4KX6A 1MEHA 5HQMA 3BTNA 5E0KA 4NX0A 1IWAA 3A24A 1WKEA 3XINA 4IT1A 2EKGA 3AE8A 3UTKA 4GI8A 1OCQA 5KETA 3HPZA 3U9IA 4HN4A 4IMDA 3WEZA 4ZE4A 3W1RA 4LCQA 3F03K 3UWWA 5LB7B 4IL2A 3UGVA 4UFIA 4A3HA 2QF8A 1W37A 4NPPA 1TVNA 3HGOA 5CG7A 3MV11 3UQ4A 3H2MA 3U3IA 2XVNA 3V5FA 2E4TA 5DO8A 3WFZA 2WMHA 4WY0A 1SR9A 4TV9E 4ZQPA 2AMXA 3GDMA 2TPSA 4OJYA 8TIMA 4QH5A 4K1GA 4AG0A 3NPXA 2I9EA 4IDNA 1TPUA 5AFUL 4HK7A 4A22A 5AQIB 4GABA 4GYPC 3UU8A 2INFA 2QAFA 2AQVA 3TKLB 2ZXDA 4IH3A 4GO8A 3TTEA 1XDJA 4A29A 1ONWA 1NF7A 1QHPA 5FMNA 3CWNA 1K7EA 1XBVA 1IR1A 3LK42 4IL0A 5CH9A 2VKDA 4CKQA 3RO6A 2ZMAA 2G5WA 3T0CA 2WQPA 2A6LA 4TU1A 3M46A 2MBGA 3CJPA 4JCMA 2UY3A 1M7OA 2HQAA 3G1AA 1BKHA 4LF5T 3O4XE 3FZFB 3BOLA 1S2TA 4Q6JA 3ZR5A 4FLQA 5K4ZA 1OX5A 3SN0A 4JTJA 3LK6A 1UD2A 4TNWA 4MWAB 4A97A 3HQPA 4HWDA 3WQDA 4F0SA 3GD6A 1MW0A 3NQMA 3WLRA 1S5VA 4WKHA 1S2CA 1EO7A 1AODA 2ZM6T 1QXLA 2WVVA 5A8OA 8XIMA 2Y85A 2R1LA 3UU6A 4UTKA 2P9BA 1GQIA 2PDIA 4AU0A 4JHMA 2ZTJA 3ONLC 3P8IA 1IV8A 2C16A 4Q8OA 4R9OA 3G1HA 3QF0A 2BHZA 2HPIA 3CZ8A 3PPHA 4MWAD 5AC6A 1SJBA 3OA3A 3MMDA 3PUYF 3BQKA 3IUDA 2P88A 2BSLA 4XSMA 3W37A 2F9RA 5LNSA 3F4CA 2ZX7A 2DU2A 5L4EA 1YKHB 4NF7A 4PMVA 1EP3A 2AL1A 4FMVA 4JTFA 3VYLA 1KC7A 3V3WA 4ZQRA 3IVTA 2CRBA 4C7FA 4AISA 2CLOA 2YDRA 3QH2A 3ZXWA 7XIMA 4GJ1A 1R46A 2A3EA 2FPTA 3O05A 4WYVA 3ANVA 1ZSXA 3T07A 1HS7A 1SVDA 1OEDA 1NAFA 4TWFA 4Z91A 2PD5A 3CV1A 2EPHA 4HZ8A 3ES8A 3CS2A 4NYUA 4HA1A 1KV8A 2PTZA 3N9LA 4P0AA 4IPPA 3TYZA 1SA0E 1MMFA 3O3RA 4O50A 2RDWA 3RI5A 4HK6A 3M0HA 1K9EA 5C2TA 2INZA 2X1UA 3VMPA 3QUJA 2AKMA 3ANWA 4Q8PA 3W26A 1UASA 4LC6A 4MWAC 2FJAA 3PTKA 3M5VA 2NLIA 3G1FA 1XIGA 1XYLA 3NQEA 1D1AA 3ARWA 2BVMA 3LLFA 5EMUA 3EWXA 3IJQA 2E9XB 3USBA 1TPB1 4OBSA 1RLDA 1PDZA 2D0HA 1MQPA 2Z28A 2DQXA 4N02A 1DL3A 4EGWA 4TV6A 1F4AA 3AAMA 2QCCA 2GJPA 5FEPA 3NZQA 2E9XD 2VCCA 2DDXA 1S2WA 3GFYA 4W86A 1JDEA 2BASA 2WZTA 4YJ5A 2XZEA 1WOAA 1ZGDA 5MF5A 3PUXF 3GTNA 5K2ZA 1NP0A 3LHVA 5FCZA 3FKRA 4CQ8A 5XINA 3CPGA 2ZZ3A 4NUUA 4GO9A 3WLPA 2FZNA 3UZWA 3RNDA 3A22A 1W1B1 5HCJA 1DTNA 1C9WA 1ZCCA 2PP3A 3HF3A 1IF2A 1X98A 3CWZB 2L5HA 1BLIA 3TC7A 3DFNA 3M5YA 1OYBA 3WIJA 5CLTA 9XIAA 4D6DA 1KQYA 2FLIA 1LOQA 3JAFA 2A6NA 3AIVA 2A5HA 4DUZT 3K8KA 2ISDA 1E55A 1L6YA 1M68A 2QPSA 3WUFA 3WK2A 1GVOA 2P76A 3BO9A 1RLCL 4MM1A 1EP1A 2HPJA 2V68A 5C71A 2R6OA 1WKYA 1H7RA 3QHNA 2B4GA 3B5MA 2P8BA 4QQ3A 3FVMA 4DMVA 2E9XC 4XZ9A 4LXFA 3WYZA 1LBFA 1QNOA 3QJAA 1KKOA 3NRXA 4C1NB 5C6MA 2IIUA 3NPUA 1P0BA 4ZZ9A 4HGXA 3EXTA 4XO6A 3LMYA 3PJTA 1P4CA 4LYQA 1UMYA 1Y0EA 2G0WA 3W72A 2P50A 4PUKA 2XH4A 4C6OA 1QNRA 3RITA 5K3VA 1WX0A 1MXGA 5D02A 2A7RA 2I59A 5DY3A 4ZCWA 4GK8A 2WC7A 3NQAA 3URNA 4H8HA 3VFCA 2WYSA 2HSAA 4UMBA 3WLMA 1TX0A 4GIEA 4MG4A 2CKRA 2VZOA 2JMHA 1FWFC 4JNZA 3QBUA 2EG8A 1TV3A 1E70M 3L4UA 1XWYA 1ICPA 4JD4A 3B8DA 4Q25A 3IEBA 2X0HA 4XK2A 2OKTA 1UPMB 2J9ZA 3RK8A 3I68A 3KCOA 2C5IT 2QDHA 3AS1A 1C8QA 4DV1T 2WM0A 3D46A 1XS2A 3MHFA 1W1A1 4JLEA 2Y7EA 3Q5DA 5A6LA 3MSGA 3B0VC 2WANA 2N9DA 2X1IA 5LIUX 1ZBKA 4XAXB 3AAEB 1L9WA 2J7DA 4IX2A 4AXNA 3B8IA 1JUKA 2ZOXA 1M7PA 4MLJA 3UCQA 4L80A 1W91A 4N9BA 3W2JA 3AA0B 2J7BA 1AJ0A 4YWIA 2ZYFA 1HF6A 2AQWA 4GY0A 1BQGA 1UD5A 3M6DA 3ONCA 1E9YB 4Z1YA 3DFHA 1WFDA 5EK3A 4JNYA 2WMKA 4CUCA 2VZUA 2VUYA 2O0TA 3SZ8A 4UNKA 5LGNB 4DZ5A 5BOEA 2DIEA 1BXBA 3AXIA 4TWHA 3JVAA 2X09A 3VNDA 2HXTA 1HJUA 5JREA 1QNSA 2FZBA 3T2QA 3C61A 3NO1A 5FF4A 3O1NA 3C4XA 2AGTA 1R5YA 4JN8A 3AEGA 3HB9A 4GUGA 3AEAA 1IEWA 1K9TA 2RDUA 3KDOA 1N32T 1Q2RA 3C5QA 2LSJA 3N17A 4JX4A 4HFVA 1KXHA 3UP8A 3VU2A 2C0HA 5KZEA 3LPPA 1DYSA 1E4MM 3KWXA 3CIXA 4UWMA 1F8MA 4H00A 3L0KA 3DHFA 4S3DA 3SADA 2IC6A 1VGAA 1LYXA 1J5ET 3E5PA 5I06A 4LF4T 3CUIA 1V6TA 3V7PA 5A8MA 2V8SV 3OZMA 1RP8A 1BR4A 3LY0A 3QQWA 3GHUA 1V5XA 5HCMA 1FDJA 1GGOA 3LMZA 4GH3A 1E6ZA 1GW9A 4QBXA 1BRLB 2QCMA 5LKYA 4RXGA 3R89A 2I56A 1WUEA 4GI9A 5M1TA 3VNYA 3SWHA 1KBBA 1CXLA 1ZEEA 3KFWX 4L6DA 4K7VA 1YKWA 2ZRUA 3WDPP 1T96A 4YYFA 2VGBA 3BSHA 5CGMA 3QKZA 1XCXA 2ZX9A 1M62A 4B92A 4YVXA 4PTNA 1DOSA 1TMHA 3R1ZA 3DECA 1RQEA 3M0YA 4INFA 3GNPA 1GOOA 3OBAA 3GMIA 1NM9A 3J9X1 3KVMA 1QT1A 3AA7B 4LNYA 3B4YA 3KUMA 3UF9A 4DEFA 1BGGA 1FTXA 2TSYA 3G5EA 3INPA 4JY9A 4QDPA 1EDGA 2PPGA 3TAOA 5HA7A 2CBJA 4B3KA 1JDAA 4BWLA 3V5UA 4BQ4A 3G0SA 3URQA 4DUXA 2GQAA 3IA3A 2PA6A 3DH7A 3L4ZA 3HPFA 5I3GA 3KV9A 1VRDA 4AQFC 3LDVA 4QSHA 3WY1A 4ERRA 3PBMA 4Q4QA 3F4DA 1W1TA 4IG2A 1FY6A 4JPGA 3NWRA 1QNQA 2GVJA 2J24A 5EFDA 2XQ5A 1S2UA 3TZFA 1QJWA 3BQ5A 3UT5E 3RR4A 1WZLA 2GGIA 4LY4A 1WYIA 3KLKA 2QQ6A 3EKZA 1E73M 1J93A 3HPSA 3RU8X 4CI1B 2DSVA 1Z9AA 3EOOA 1RH9A 3B03A 2DH3A 5C2GA 4AD3A 3GR7A 5I3DA 4C91A 4MFEA 1HUVA 1I4NA 4C6MA 1GW1A 4KRUA 4JTSA 2NUYA 1J5WA 4OOZA 2WU5A 3WDIA 1JPIA 4B5VA 3S83A 3A23A 2VZSA 3I6RA 3MWAA 2LHRA 1YDYA 2P8CA 2VC6A 2WSKA 2V7KA 3NO3A 3CLWA 4EIWA 1K6WA 1AA1B 5T9BG 4K36A 1QVBA 2VC7A 2GJRA 3BGAA 2J6VA 1F73A 3VGEA 5JIPA 2D73A 4P8UA 5DQWA 1CWYA 4JX5A 3W71A 2VEMA 3THCA 3AS2A 1QHZA 2XG9A 2WO5A 3PHAA 3OTRA 4YU1A 5EMKA 1WXJA 3UXKA 4A3YA 1K4GA 4QITA 4B5NA 1M9HA 3SY8A 2BXVA 3GHTA 5C8BB 2ZADA 4S3FA 1I45A 1L6SA 5AC8A 1E51A 4FEZA 2G3JA 4EXQA 1DTUA 5KZ6A 2YW3A 3UFYA 3W70A 1DIEA 4UZUA 3GIPA 3WH6A 4TUFA 5A6KA 4ZVJA 4X0NA 3CZGA 2PU1A 3I6EA 1LT8A 5AQTB 3IAPA 1AW1A 2WSQA 3OVQA 3B57A 5A5WA 1EGMA 4P7OA 4DZIA 1QUUA 3LHUA 2J62A 1X7IA 2W6RA 5AQPB 4A05A 4Q3MA 5D04C 4F4RA 4GQBA 1VRBA 4Q4OA 5FJJA 4B2DA 1X1ZA 1TPFA 2XAQB 5LA2A 4EYYR 3QZAA 4F0MA 5JBDA 1EJUC 3RCMA 4YHJA 3QM3A 4X0VA 1EIBA 4GY1A 1JCYA 4MMWA 4E8DA 2CZDA 5BXSA 5G1MA 1AL7A 2WWUA 4PCNA 1F3WA 4LUSB 3P4QA 3MV01 4V1YA 3W6LA 3BGGA 4HMCA 4AQGA 4N78D 5B7ZA 3BC9A 2W2UA 3FOKA 3GO2A 3UG5A 3RX4A 4GK0E 3T08A 1MMAA 1L2QA 4LOCA 4C90A 3DENA 2LRLA 4V1Av 5C2XA 3C4ZA 5JH1A 4BQ3A 2WJZA 2LRKA 3NL5A 3W0KA 4IICA 2ACXA 2NSOA 3EXRA 1P6CA 2BG9A 4PFMA 2B7NA 3CHDA 4RW3A 3CTLA 3IIOA 3PZMA 1U30A 2YZ5A 1LVKA 4O13A 3TW7A 3PBWA 1MMNA 4GFSA 3TW6A 2BS2A 3NG3A 4PFOA 4NI8A 3UT0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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