3OYXA

Haloferax volcanii malate synthase magnesium/glyoxylate complex
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
428
structure length
348
Chain Sequence
RHDREFVRTFFTSPTAVEGEDDSAKMLRRAAGLRGMQAPDVWVPDNEDATAPSMRDEGAENIVEVISEQGAEFPGEIHPRMVWHRDSPETRYQGFQHMLDITDPERGAVEHIHGFVIPEVGGIDDWKKADEFFTIVEHEHGLDEGSLAMSVIIESGEAELAMGDLRDEMGKPTNNLERLFLLVDGEVDYTKDMRAMTPTGELPAWPELRHNTSRGASAAGCVAVDGPYDDIRDVEGYRERMTDNQAKGMLGIWSLTPGQVVEANTSPLPPKTGSWLLDAEELLGLTSYVPSMDDIVDSMEEFWDEATYQAAMTPISLFQDVYENRPDQHEELEERYGAGVVERAMEVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Transferase
publication title Crystal structures of a halophilic archaeal malate synthase from Haloferax volcanii and comparisons with isoforms A and G.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Malate synthase
total genus 128
structure length 348
sequence length 428
ec nomenclature ec 2.3.3.9: Malate synthase.
pdb deposition date 2010-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03328 HpcH_HpaI HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.1560 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3oyxA02
3.20.20.60 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Phosphoenolpyruvate-binding domains 3oyxA01
2DUAA 3P0XA 3HQOA 1IGWA 4L9YA 1ZJHA 1A49A 1M3UA 1PKMA 4B5SA 2E28A 4DRSA 3FA3A 4WJ8A 4KS0A 2VGIA 4B5UA 1S2UA 4B5XA 3FA4A 3QTGA 4LSBA 1F3WA 2HWGA 4QGCA 2BG5A 1DIKA 1T5AA 3LG3A 2OLSA 4QG6A 1S2WA 2VGFA 1O66A 4IQDA 3KTXA 3T0TA 1OQFA 2VWTA 3OYXA 1AQFA 3EZ4A 4IMAA 2HJPA 3GG8A 3QV7A 4B5VA 4HYVA 3LYEA 4IQEA 1IZCA 4RPPA 4TV6A 4IP7A 4KRZA 1M1BA 1MUMA 4B5TA 2L5HA 1A5UA 3BJFA 4YNGA 3HQPA 3QV6A 1ZLPA 1Z6KA 1F8IA 4L7ZA 4KCTA 4MG4A 4QG8A 3BJTA 3OQ8A 2VWSA 2WQDA 3MA8A 3T07A 1PYMA 1DXEA 1XG4A 3E5BA 3SRFA 1GGOA 4L80A 1PKYA 3QV9A 1F61A 4G1NA 3ME3A 3R4IA 4L9ZA 1A3WA 4B5WA 1E0TA 3T05A 2V5KA 2QIWA 4JPGA 1VBHA 1DQUA 1UJQA 2HROA 2VGGA 1KC7A 3SRKA 1F8MA 3G2GA 3VAVA 2XZ7A 4KCUA 5TAOA 1U5HA 2HRWA 4HYWA 1OY0A 3B8IA 2XDFA 3EOLA 3QQWA 3I4EA 3M0JA 3EOOA 1O5QA 4KCWA 1KBLA 3PUGA 3GR4A 3QLLA 3QZ6A 2ZE3A 1SGJA 1PKLA 1PKNA 3U2ZA 1F3XA 3HQNA 3SRDA 1A3XA 3IS4A 1S2TA 4FXJA 1JDEA 1E0UA 4B2DA 2VGBA 3E0VA 4FXFA 4MF4A 2XZ9A 3GQYA 3EOEA 2DIKA 3OYZA 2G50A 3N25A 3SRHA 3PP7A 1S2VA 4B2DD 2V5JA 4YJ5A 1XG3A 2X0SA 3E0WA 4ROQA 3M0KA 3H6OA 1O68A 1VBGA 2KX9A 3QV8A 4TV5A 3KHDA 5JVLA 1U5VA 1DXFA 2R82A 4QG9A 4KCVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
7A3HA 3SFDA 2JFEX 2QMJA 4R53A 2NTYA 1US0A 4YJ3E 1M9HA 3MHFA 2E1DA 3GXMA 2VDGA 2V9DA 1JDCA 4YYFA 4PUWA 4C1NB 1K02A 2INEA 3C2EA 3W73A 1R3QA 2VRKA 1T8XA 3VKKA 4QNEA 4JFUA 3VKAA 2X1RA 5C2CA 3VZXA 2ESCA 3PBMA 1YE4A 5HK4A 4QDMA 1XI3A 2VOMA 5CC3A 5T8GA 5MKGA 3LHUA 1JZ4A 3FDKA 3E2VA 2HTMA 3GKFA 4BQ4A 4EPEC 1GEQA 2XM2A 5AKQA 2WM9A 2CZDA 4XTDA 1KBIA 2VB6A 5ABTA 3QSRA 4WZXA 5D2WA 1KKOA 5FSDC 3RKGA 4C60A 1SSDA 4GZ7A 4P7QA 2B7NA 1RBOB 2Y89A 1OFOA 1ZPTA 4GKJT 2LEHA 3KRSA 4BFAA 3CQIA 3LQGA 3Q5XA 1GVSA 1SJAA 2MUCA 3FYOA 3WD2A 2ZDRA 5A2AA 2KSRA 3PUGA 1ZUAX 3DYOA 4XB3A 3NWRA 3FHQA 3WQ6A 3NCOA 3S9YA 4S3JA 4S3EA 4RE3A 4DF1A 3ZLHA 3O07A 4UOZA 4LFCT 3WQOA 2GK1B 4M5PA 4GYPC 4J9JA 2EPNA 1EDQA 5DF0A 5BXPA 1OEDC 2JIWA 1OEDA 1XDMA 3OPCA 1XIBA 4EV6A 2Q6ZA 5J1GA 5JH7E 4IMEA 4MZ1A 3G0XA 4YXGA 4IDZA 3LGEA 5A6BD 4B5SA 3FA3A 1N8IA 3A64A 4KPLA 2BG5A 4CUCA 4HHPA 3RU6A 3LI0A 4XIMA 3VIGA 4GQQA 1Z0PA 5I24A 2V81A 3QKZA 4FALA 2HH7A 2JQQA 1AJZA 1MUMA 3BLOA 4J3WA 3TSBA 4ATWA 3WMSA 2ISVA 3NG3A 4WDWA 4ICMA 3MK7C 2XVNA 2WNWA 4QG8A 2X2YA 4R7JA 3INPA 4O4HE 1LWIA 1IE7C 3QGVA 3WF4A 4B15A 3PUSA 3SDOA 3LTYA 4UMCA 2V6YB 4DPPA 5XINA 3R4IA 4C6MA 1MO0A 5DBUA 2VKDA 1W5NA 2YJQA 4LF8T 4GKKT 4Y8EA 3BQKA 4U28A 3RAOA 4QISA 2XZ7A 3C8FA 5IDZA 2VDIA 4D6IA 3K8PC 4YLHA 3GXIA 5LA6E 3P61A 3I10A 4BI5A 5C6MA 4PNIA 3C2FA 4O17A 1L6FA 4Q6JA 3PTRB 3L4WA 5EY5A 3TOYA 1G69A 1E6ZA 4QE5A 1F76A 2FPYA 3H23A 1OFEA 2JE8A 3VTRA 5DT7A 4GACA 3TVAA 5KXJA 7PTDA 1IEWA 4MY8A 1NM9A 1DQXA 2I6HA 2WBGA 4BAYB 5HULA 3ZPOA 1RP8A 3AICA 4R7WA 2FPVA 4AZ5A 4DR2T 2HBVA 2FTWA 2HCVA 1OX4A 1R5YA 4RLIA 1A5CA 1R2TA 3IGXA 3NUKA 4OOUA 3H2NA 4JX6A 3A4AA 4IUOA 4UIOA 4JNMA 4LS1A 4Q6XA 1AJ3A 2UXBT 2UBPC 5D03A 3RPTA 1Q6DA 4M1BA 5E0CA 3WDQA 3LSVA 3FVDA 4PAGA 4PTXA 4BI7A 4CD7A 1JUKA 1TCDA 3TW7A 4IQDA 1SZNA 4I6VA 3P84A 3DTOA 1FWCC 3AIUA 3D0TA 2JIEA 2DH2A 1X1NA 1M41A 2YX0A 4F8HA 2REQB 3ANWA 3SY5A 3CASA 4LW7A 3VUPA 4AXNA 2DEPA 4JTAA 4EOUA 3IV3A 3GDBA 1QW9A 3SCQA 1PZ3A 3ECQA 2GVLA 3A12A 4UVAB 2P1FA 5ENLA 1VLIA 4M1RA 4RNIA 4HP5A 3IK2A 4ZOEA 1PEZA 4JTHA 4JKLA 1GVFA 4XD5A 4DUWA 1JNEA 1U5HA 4W5ZA 1XGEA 1YW0A 1DIEA 2X51A 3KP1A 2MOZA 2EF9A 4ERIA 3VDAA 4WW0A 3NPWA 3RQUA 5BXRA 3PUQA 3T8OA 3UY8A 4KIEA 3NWIA 2YSWA 4H9VA 4GCAA 2QS8A 3VU7H 4IDPA 1BYDA 3NJ3A 5HXMA 3PTKA 3GN5B 1NENA 3AE4A 4PTWA 3CUGA 5E0KA 4HA1A 2VR2A 1FWNA 2XHYA 1VC4A 1F6KA 5JDQA 1IYXA 4FXRA 3KL5A 3RXZA 1PB0A 3AYTA 2PTZA 3T55A 4HWDA 4QFUA 2Q71A 3I1AA 7CGTA 2IW5B 2Y61A 3U57A 1HQTA 1LM1A 5DELA 2XN0A 4PGLA 3ORWA 1SO3A 1OD0A 1A3HA 3MSRA 3UXKA 4QH4A 1EA0A 1EHAA 3PBVA 3NO1A 3QVQA 5JH2A 3WEOA 3TWBA 2CWNA 4EYUA 1Q66A 1OABA 4PJNA 1WXJA 1V6XA 3SUSA 1EXPA 3MSGA 3M0YA 2LLYA 3NQVA 4JLEA 4HSHA 5LNKA 2OO0A 2J78A 2ZUMA 2VZUA 3IUHA 4TVCA 2QHAA 3C0JA 3SN4A 4QRNA 1VOMA 2PRHA 1T8BA 4AVOA 1XUZA 3O06A 3UU5A 1SJCA 5LA1A 2PRMA 1LRNA 3LHTA 3TJXA 1H2JA 3W53A 2NXGA 5G2IA 3U48A 1K1DA 1VHCA 1P5BA 1NDYA 3MTWA 5EMYA 4EXBA 4JEUB 1X6UA 2DZBA 3EDEA 4ZOAA 5FSEC 1GQJA 1J6PA 5D05A 4BF5A 4HYWA 5A6JA 2RUSA 4NI8A 3WQ4A 2YBVA 3TYBA 2C7FA 4E7ZA 2VKHA 3EWUA 3H21A 4IFKB 3H4WA 5BOEA 4JICA 5CZKA 4RE0A 3PZMA 2FB2A 5KZ6A 3AS3A 3NL2A 2QUUA 3PUOA 2I5IA 1LWJA 3H70A 5LNUA 3R6NA 2ZADA 4IDNA 4PJJA 4IE0A 4JBWF 1MNEA 2KWHA 4JFVA 1XRVA 1W5PA 3N73A 2PDPA 2A7NA 1JNZA 1DXFA 3V16A 2MAWA 2XQ4A 2W2UA 3REQA 5ABHA 1TB3A 2WMIB 4F66A 2XVPA 6CGTA 1XLIA 1YTDA 1QT1A 3N29A 1WUEA 2H9AB 2IKIA 1MMDA 2ZE0A 4IZGA 3N18A 3OBKA 3AXJA 3RRAA 2XIMA 1UKTA 3ZQ9A 1BSIA 5C7HA 2PC4A 2BVWA 1N33T 1Q65A 2F8QA 2WQPA 2ACRA 2HV5A 4C6OA 1ZCCA 2PDYA 5HNUA 3AHXA 1VFTA 4QX7B 5FJUA 2RGLA 4W86A 4B90A 2OJPA 3LBCA 1LLOA 1R47A 1A5OC 1JFHA 4MG4A 1S1RA 4DV7T 4GOAA 3LSCA 4ZQMA 4DO5A 3BG3A 4WY0F 3OZOA 1R46A 1J9YA 2P0OA 4MKNA 3OQEA 1JCLA 3OJGA 5GJMA 2NQZA 4JFSA 1E9IA 1HKMA 1Q6OA 3IAPA 5TF0A 5JR9B 3IV8A 5FF7A 3C56A 4CNSA 1JCTA 4M56A 2P10A 2XH2A 4EYYR 2ODOA 5F5WA 2YFNA 3NM1A 1UK5A 2E8ZA 3VOHA 3ZLIA 3N9OA 1UMYA 1UWRA 1OYBA 2VDHA 1OHLA 4EZHA 1J8VA 2VR5A 1US7B 4S23A 4QS6A 3ZVIA 4QCFA 3MPGA 1XD0A 2CE7A 5DBTA 1B31A 4WBNE 3B8SA 1FUYA 1TPVA 4BF9A 5FXVA 5D2YA 1JCXA 1XBYA 2FQIA 2YYTA 4GGHA 4HGXA 2WK2A 4H8NA 1U5VA 1RA5A 3B8TA 1ADOA 4XBFB 4ACZA 1DE6A 4NZ3A 4Z0SA 2PLJA 2QYWA 5FESA 1H11A 4D8LA 4DR5T 3GDMA 1QI2A 3OVRA 1T41A 4CQAA 4LH8A 1GCYA 2IC6A 1THFD 1I2OA 2E5DA 3BQ6A 1TJ1A 4LBRA 1X38A 1UIPA 1BG4A 4GI4A 2V8ZA 4V28A 5HEGA 1R0MA 4ROPA 3W2LA 1JZ3A 3RKOA 3RO8A 4O4LE 2HZGA 2R6OA 4AKHA 2NWBA 2XQ6A 5L3FB 4CN1A 3PUAA 4LVFA 3AEGA 3HFYA 1FH7A 1P0BA 1R2SA 3TR9A 2DT1A 2E0PA 2OKTA 4O19A 2FVLA 2XWEA 1UX4A 4OKDA 3RHGA 1XDPA 1US3A 2YU1A 1W9UA 3LZ5A 3GXFA 4OBRA 3WUFA 3ZR6A 3WUBA 4UEMA 1B90A 4ZE5A 3TKFA 3SCPA 4FAMA 1CLVA 2ZZ2A 2QYGA 3CWNA 3X1DA 2XTKA 1GHRA 4YPJA 5JRCB 1H61A 3F5KA 3WMBA 1I6ZA 1L6YA 4MALA 4A2RA 3FSTA 1MEHA 3MP4A 4DO4A 3CT2A 4IT1A 4GI6A 4DEFA 4F3HA 1T72A 1EA9C 4NRSA 1IR1A 3P4RA 4RDZA 4WY0A 5HWYA 3TYCA 1SSGA 4OV4A 3ITXA 1AD1A 2GOUA 2B4GA 1UWTA 3IARA 3EWXA 5KMYA 4YHEA 1XF0A 4US5A 4NIQA 1TV5A 1J0ZA 6TIMA 4IQJA 3H8AA 3CK6A 4LBSA 2DQWA 1J1JA 3NXLA 5FJPA 3WL0A 1HW6A 2YK0A 3EB2A 2CETA 5J2TE 5LZLA 3LPFA 3LV5A 3LHZA 1I45A 2WZHA 1UOKA 3CH0A 2DWGA 1IZCA 3WF2A 5FVKA 3ZJ1A 4LC8A 4B3ZA 4JZ5A 4GVFA 5HATA 5KZMA 2F6UA 3M7WA 4WKAA 3ZSTA 4AD2A 3IBPA 3WSUA 4R85A 4A8LA 4ERAA 5HWXA 3WQEA 4K0KT 1CXLA 1UWUA 3EXTA 2YCLB 3ZJ7A 3N2CA 5AECA 3LY0A 4LOCA 1F07A 4U7YA 1EKOA 1PHQA 1CI1A 1KFWA 5BMXA 2ISWA 3C4WA 5CLTA 1BGGA 3VAVA 2JQXA 5C55A 4UVCB 3EOLA 4C6EA 3SUTA 2EQDA 1OF8A 4HTBA 2J8GA 3H37A 2PDBA 3VNLA 4X1KE 1UKPA 3S46A 4AIEA 4Y9PA 1HR0T 1OM0A 5C9WA 1FWJC 1OGSA 3RR1A 1IQ8A 2OR2A 1PZ1A 3RRCA 3HV8A 2J7GA 2OLTA 2B7OA 4B2DD 5CAKA 3MUZ1 5H6HA 3XINA 3GZ3A 4IL9A 1FP9A 3TZNA 4O53A 2QLYA 4AQYT 1YMYA 5F2MA 1XLHA 3WD3A 5D9OA 4JTEA 3LTSA 1VJIA 3C4XA 2GSHA 3JAFA 3WQWA 4DYEA 2D0HA 4KS0A 2ODVA 3MXZA 2XQYA 3VKDA 4FOKA 1DIKA 1OBAA 1XRFA 4LB3A 1N34T 2IIUA 3WCZA 2XWDA 1XYFA 1O66A 5AQKB 1EGVA 1GQNA 3EUHA 4KFPA 5CGQA 5I3JA 4CQ9A 4CVWA 2D5UA 2Z1BA 2EKGA 1BWVA 3UU0A 1VYPX 1UA3A 4N9BA 2ZXAA 2I17A 2IMRA 3QRHA 4OFZA 1KRBC 1WOBA 1IT8A 4JIQA 4OBTA 2NWRA 4L9XA 1W1ZA 2DZXA 3BAKA 3MKCA 1MIVA 4G63A 1OB0A 4EVZA 2Q3RA 1XICA 3GDKA 3WEMA 3TJIA 3WD4A 1SPQA 4HU0A 4RW3A 4D6EA 2DUZA 2YB1A 1G4SA 2VJXA 2PGWA 3C4ZA 4R27A 5D30A 4JN8A 2DFAA 1R6WA 3BQIA 2E67A 3WLHA 2BHYA 2WLYA 3CK5A 3CYJA 3KLKA 3P7YA 1KF6A 3HV9A 2LJLA 4Q8MA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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