3OYZA

Haloferax volcanii malate synthase pyruvate/acetyl-coa ternary complex
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
428
structure length
376
Chain Sequence
RHDREFVRTFFTSPTAVEGEDDSAKMLRRAAGLRGMQAPDVWVPDNEDATAPSMRDEGAENIVEVISEQGAEFPGEIHPRMVWHRDSPETRYQGFQHMLDITDPERGAVEHIHGFVIPEVGGIDDWKKADEFFTIVEHEHGLDEGSLAMSVIIESGEAELAMGDLRDEMGKPTNNLERLFLLVDGEVDYTKDMRAMTPTGELPAWPELRHNTSRGASAAGCVAVDGPYDDIRDVEGYRERMTDNQAKGMLGIWSLTPGQVVEANTSPLPPKTGSWLLDADELREELLGLTSYVPSMDDIVDSMEEFEAAKEAGRGAIAMTQSATIEKDRMWDEATYQAAMTPISLFQDVYENRPDQHEELEERYGAGVVERAMEVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of a halophilic archaeal malate synthase from Haloferax volcanii and comparisons with isoforms A and G.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
molecule keywords Malate Synthase
total genus 141
structure length 376
sequence length 428
ec nomenclature ec 2.3.3.9: Malate synthase.
pdb deposition date 2010-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03328 HpcH_HpaI HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.1560 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3oyzA02
3.20.20.60 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Phosphoenolpyruvate-binding domains 3oyzA01
1A5UA 3MA8A 2KX9A 3EOOA 1A49A 1F8IA 4HYVA 3I4EA 3E0VA 1S2UA 3M0JA 3OYZA 1GGOA 1PYMA 2VGIA 3H6OA 2VGGA 3HQNA 3OYXA 3GG8A 4QG6A 3EOLA 1PKLA 1OY0A 1S2TA 2VWSA 1O5QA 1JDEA 1DXFA 3QQWA 5JVLA 1M3UA 2DUAA 4KCTA 1O68A 1A3XA 1PKNA 3T0TA 2VGFA 4IMAA 4KRZA 2VWTA 3P0XA 4B2DA 3GR4A 4YJ5A 3QV9A 3E0WA 1ZLPA 3LG3A 3EOEA 4FXFA 1KBLA 1PKMA 3SRKA 3SRFA 4L9YA 1F3WA 4ROQA 1F8MA 3G2GA 3IS4A 1E0UA 2HRWA 4QG9A 1DIKA 3VAVA 4B5VA 4JPGA 3E5BA 1O66A 4KCWA 4L9ZA 1F3XA 3PUGA 4B2DD 2XDFA 4B5SA 3FA4A 3HQOA 4B5UA 2XZ9A 2G50A 3M0KA 1S2VA 4WJ8A 1A3WA 3OQ8A 1DXEA 2QIWA 1E0TA 2XZ7A 2L5HA 1MUMA 1Z6KA 3QV7A 4B5XA 4HYWA 4IP7A 2OLSA 3QV8A 5TAOA 1F61A 2HROA 4MG4A 4TV6A 2WQDA 3FA3A 3N25A 1T5AA 4QG8A 2ZE3A 2HWGA 3QLLA 1XG4A 3KTXA 1KC7A 2X0SA 4KCVA 1IGWA 4IQDA 4B5TA 4G1NA 4RPPA 1PKYA 3QTGA 1U5HA 2R82A 3T05A 2HJPA 1AQFA 1XG3A 4LSBA 4QGCA 4L7ZA 1DQUA 4FXJA 3SRHA 3PP7A 3R4IA 4IQEA 4KCUA 4YNGA 3BJFA 3QZ6A 4KS0A 3B8IA 3U2ZA 3QV6A 4DRSA 2DIKA 2V5JA 2BG5A 2V5KA 4MF4A 3T07A 4TV5A 2E28A 4L80A 1OQFA 3LYEA 1S2WA 3SRDA 1SGJA 1ZJHA 3ME3A 3GQYA 1UJQA 2VGBA 1VBHA 4B5WA 3BJTA 1IZCA 1M1BA 3HQPA 3EZ4A 1VBGA 1U5VA 3KHDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LNRA 3VKGA 4O1DA 1GVYA 3WO8A 3QN3A 5CGQA 3RPMA 3BSHA 4LF4T 1HJXA 3B9OA 1XIDA 3LLDA 1VHNA 3EXSA 2Y61A 1JCNA 4H9XA 2QPUA 1KTCA 8A3HA 1LOLA 5CPOA 3MUIA 3WCZA 1CENA 4RW5A 2DZBA 4CKQA 2A21A 4HPHA 3GWQA 3HG3A 5ABEA 4O1AA 4URIA 5BYWA 3HKBE 1IWAA 4O1CA 3RYIE 1ISWA 1MNSA 3NEVA 2WSSV 3WQ5A 3ONCA 1A0EA 2PRMA 2H3DA 1QPNA 5D38A 4JTSA 4C6JA 5BOFA 5EFDA 4DJED 3HJEA 2FJBA 4Q8OA 2JGQA 4OK0A 3PBGA 2IKHA 4JQ3A 1CLVA 3C64A 2REQB 3L67A 1Q2RA 3C0LA 5AYYA 4G9PA 2ZYFA 5C2GA 2D20A 3LMYA 4PMXA 2M6IA 2VOTA 2F7FA 2I9EA 3B8SA 1N7KA 5I06A 2HCVA 1TMHA 4AYSA 4L4MA 2K3WA 4TTUA 3N2TA 1LLZA 3FDKA 3J9X1 4QHRA 1FWBC 4E2OA 3EDJA 2SPCA 3FN9A 2BVYA 3C4UA 4LFBT 3GNOA 4CNTA 2XM1A 4L5GA 1Z89A 3URQA 1UD8A 4TX6A 2WHJA 3ZXWA 4PBGA 4RDYA 3ZJ6A 1K03A 3PDYA 1FX6A 3I4KA 3VD9A 4H63H 1PDYA 4D72A 3GIPA 2HNHA 2PLKA 4V28A 4B90A 1JCYA 3TYDA 2Y63A 2H88A 3AXKA 2PE4A 3IF8B 4KWUA 1RPXA 2E2AA 4QX4A 4DBSA 1EF3A 5CZ0A 4H9YA 1W1B1 5AYZA 1HZYA 3MANA 4N9BA 1DJWA 4IIBA 4JQ1A 1VCGA 4IIJE 5CG7A 2GVEA 3G1VA 2FLIA 3WQEA 3VM5A 1ZS2A 2YYTA 4JAWA 5FJPA 2ZRWA 1PCWA 4PUWA 4RDWA 3ERPA 3HO8A 1HFAA 2QUMA 5HEHA 4S3GA 5AC4A 3CTTA 3W26A 4KFNA 1ONXA 4JI6T 1QVBA 2FH6A 1NF0A 1PZ2A 2GQAA 3WDPP 3TLLA 3W27A 4D71A 2KNDA 1EXPA 4XVDA 2X8RA 4YHGA 3ZJ7A 3Q45A 1QW8A 4D6JA 4UMCA 3SADA 2Q01A 2ZE3A 4CQIA 3A7MA 4DO6A 3E9AA 1E1EA 1GQJA 1P0EA 3HGOA 3PZVA 5M4YA 3DESA 3EHZA 2BY3A 1A0CA 1FWJC 4Q4RA 3V5CA 3QTGA 4UTWA 4V1Av 3PG8A 4AISA 4QEHA 2UXBT 4WJEA 3WH8A 5BZAA 2E6AA 2V38A 3AYTA 2RPAA 4AHOA 1RUSA 4ZZ9A 5BXTA 1B5TA 2QCGA 1VFOA 2PUZA 4GX8A 5CJ5A 3L09A 1VPQA 3UA3A 1VKFA 4I55E 2LSKA 4JTQA 1B1YA 3FK4A 3O1NA 4B3KA 1QATA 3B04A 5FI8A 2H3BA 4HZMA 3KLKA 2VKJA 3DTOA 3UU5A 4FX8A 2EHOD 3BH4A 4NZJA 1HJUA 3W1XA 1ZP0A 2I9UA 2RJHA 3QPEA 1CXKA 2QPXA 4JCMA 3KAOA 4YHEA 1M53A 5KX5E 2XFYA 4MVAA 3W7GA 1R2SA 1JYVA 2MANA 5DXYA 1KM4A 1MMAA 4K3ZA 5KDMC 3DIPA 5LYJE 2HPJA 4JL1A 2WAGA 5B7ZA 3VNZA 2ODOA 4KRZA 4ZL1A 5I00A 1VYSX 2J8GA 3UCQA 3AAAB 2ISVA 4JCLA 3AYVA 4TMBA 3S9YA 1F8MA 1XUZA 4GNKB 2VDGA 3PZGA 1A5KC 4Q8VA 1OCBA 1ZJIA 3I0QA 4GYPA 1QOQA 3MS8A 1GCYA 2VRJA 1RY0A 1G9HA 2X1UA 3OQ8A 1E0TA 1V3IA 1ODZA 3THQA 3FXYA 3PV0F 3TTYA 4MZ8A 3BW3A 1KCZA 1TUXA 4H8UA 4GQRA 2HVOA 1AVAA 3M6DA 2Y6XA 1XZYA 4KEVA 3CUGA 4NAEB 1XIBA 2QJHA 4LH8A 3ONXA 3OG3A 5JQ9A 2TSYA 1UROA 3N18A 2DSVA 4JIPA 3QK6A 3VR8A 4Q4PA 2E28A 2XVKA 2BVDA 4QNWA 4D9PA 1XLBA 4WLCA 1L9WA 3ME3A 3S2MA 1RP9A 3MU7A 4QKNA 3PB2A 2PBOA 3KHDA 2QJGA 1BQCA 3HR0A 1E5NA 4GD0A 2R8WA 3P8JA 4XD4A 3AU2A 4A21A 1J5SA 4UXNB 3UQNA 3U8GA 1ZNNA 2PP1A 4Q8NA 3O06A 3PTMA 1LQ0A 4IMDA 4NI3A 5FXXA 1TVNA 1Y5WA 4I9TA 5M3WA 2QAPA 1F73A 3DCPA 3WQ4A 2H9AA 3VIFA 2ACQA 3O6AA 2ZRYA 2EPOA 2YCKX 4B5VA 1HL8A 1EXBA 1XIHA 5AQQB 2YCIX 4AZCA 2QXWA 3V1PA 2XM2A 3WUGA 2QCEA 1W2PA 3PPCA 4UTLA 3BK9A 3PUZF 1MEWA 1LM1A 3AHTA 1NDZA 3CGTA 3U2CA 2NT1A 1UBSA 2V3EA 3UPWA 4E5TA 2QF8A 3QB5A 2QR6A 2XIBA 5EMKA 1HJWA 1B3VA 1RVKA 1UR9A 4WSKA 4FHAA 2LM9A 3JZEA 4KEUA 2CLMA 3PBVA 5C7VA 2X0HA 1UUSA 1RCQA 4GRSA 3W1MA 1BF2A 3AYSA 4MWAC 2Q8XA 2A5HA 1BVWA 3NVOA 2I0MA 4RDVA 2D2GA 3G8EA 2YDQA 1XIFA 5CPSA 3PHAA 1F05A 2V6YA 1HGYA 7A3HA 2Z1VA 3L5AA 2GFTA 4DIAA 5JBEA 4S39A 2VHLA 1CT5A 5DMLA 3VILA 4UMBA 2NSOA 4ILCA 3B9AA 4DI8A 4UVBB 4X2PA 5CSRA 4BJMA 1Q6QA 4G56A 1YPFA 4A3HA 4AW7A 1F76A 1VHCA 2WM1A 2KMFA 4PRRA 5LHFA 3WBEA 2V6XA 3NQ8A 1OVDA 3LBCA 2AOSA 1C8QA 2PDNA 2BP1A 5L3FB 2J13A 3Q58A 3IEBA 1MRQA 3P50A 2HHHT 2H89A 2HRWA 5IBXA 1FWSA 4MKVA 4DM2A 3MCMA 3AXHA 5L47A 3UXKA 3JCFA 4F0KA 3IVUA 2OQHA 1B31A 4CCZA 2VURA 2YU1A 1VIWA 3A8YC 3EVYA 3RIUC 3AEGA 4DO0A 2G4FA 3L4VA 4B3ST 4HA3A 4RXGA 3TW6A 4RXFA 4QIUA 1CW2A 4IIDA 3PU3A 4GX9A 1S2AA 1F6KA 3MVTA 4WGHA 3UXDA 3TJLA 2WDVA 1BXBA 5JDNA 3B9DA 2L8KA 2X0SA 2WJEA 4O4WA 1QI0A 2O92A 1EX1A 4O57A 2VL8A 1RXOB 1XG3A 2PDFA 2XAFB 1XISA 5HWJA 2WU2A 3FBLA 4DJEC 1W5NA 3U7BA 1BSLA 2X1RA 5CC6A 2DZAA 3VKHA 2Y7EA 3B9NA 2Y6ZA 4AY1A 1AH4A 3WDJA 5FP3A 5LOVE 1S38A 2JMHA 3G6LA 3KTSA 3O3RA 3UD6A 4PTDA 1S2WA 4L64A 3C2OA 4OKDA 4KUMB 1IWPA 4DV2T 4PSPA 2NT0A 1JRBA 4HNVA 1EYEA 3KVBA 2JE8A 2ZLYA 3S4UA 2PD5A 3L7RA 2D0GA 2Y8UA 1X7IA 1KM6A 2QPSA 2VP8A 3GR8A 5HWXA 5BRQA 2V6YB 3WF2A 2BGNE 3HA4A 2GGJA 4X20E 3HZ3A 1IEQA 2VYOA 4LRTA 4OGZA 1Q7MA 3PFRA 4MY9A 2ODUA 4N0RA 2NXIA 4IISA 5JR9C 1W31A 4F2BA 4CN4A 1HCIA 3EWXA 1RLCL 2GOKA 3LSCA 1ZUAX 1NARA 1VPXA 1MRAA 4ZOLE 2V67A 3RCYA 2ZADA 4RX0A 1LWHA 1R8LA 1OFAA 4ISTA 3L23A 4GVFA 4EZ4A 3ORWA 7CGTA 4XZIA 3WJXA 1C9WA 3KS5A 5LHGB 4JNMA 4ZS2A 1OGSA 4MNJA 3CWOX 2BVTA 4GVIA 1XDLA 1RVGA 4PBEA 4Z42C 1BG9A 5HNTA 3AUOA 3NA8A 4IE6A 3JUGA 3BQLA 4M8UA 3W00A 3TROA 4GI6A 2Y7DA 4TN7B 1KKOA 4O8RA 2PTWA 3PNZA 3T09A 4C6KA 3SUUA 3GH4A 1G7VA 4Z2GA 5H91A 4PMUA 4DB7A 5BR8T 1PVNA 3ZVHA 3WFAA 5LMUT 3SQSA 3G8RA 1JZ6A 1A4MA 3QV6A 4YHJA 2OQYA 4NXMT 3ONBA 3KVKA 4J40A 5I24A 4TZ4C 4AUBA 3OZYA 2X9YA 3FX4A 4OV4A 1GWJA 4TUFA 1T98A 4HJFA 4O54A 5I09A 1XIEA 3WFLA 1ZZMA 3TP4A 4NASA 1J0ZA 4H9VA 4S2CA 3JADA 2ATSA 3KCOA 4PFHA 4AC1X 2AAAA 3EKLA 2OWXA 2ADAA 3GU2A 1CZ1A 3C2RA 1IEWA 5C70A 3DECA 1XIJA 4XBFB 2CEAA 1NWRA 3SGGA 3TFXA 4TMCA 3BW4A 2BLEA 1LVKA 5LHIB 1XWYA 4FIRA 1XDOA 2WSRA 3W88A 2OLTA 3MWCA 3LGEA 4IL0A 3KXQA 3HL6A 2OOFA 4AMAA 2EHOC 3FAXA 3BQIA 4U2YA 2SFPA 2PS2A 1FA2A 1DJYA 4IMGA 4UIOA 1MZHA 2O4MA 2PFHA 3IV8A 4PMOA 1TZ7A 4JD4A 3I6RA 5I07A 4MB1A 3C2VA 1UURA 4LBRA 4B3MT 4HCLA 3NSXA 4M81A 3CX8B 2HK1A 1ZB5A 3AIRA 4DBWA 3M16A 1O7AA 2C1IA 4PEKA 1Y65A 4A56A 5HQMA 2VR4A 1YDOA 3STFA 4HU4A 3N9KA 3UYIA 1WKFA 2NWBA 2GSJA 4CQBA 3AIQA 4PCFA 5KZ6A 1VENA 3UEQA 4GE8A 1CGUA 2KLQA 1KR1A 3MZKB 1I0DA 3L2LA 3N04A 2BS4A 4UR9A 1W37A 2C13A 3SEPA 4XX6A 3RCNA 4KESA 3P80A 1PZ0A 3M0XA 3O9NA 3ZLIA 1V6XA 3GX9A 1M7XA 2NP9A 1HNZT 2GGGA 5TF0A 4S3JA 1TSIA 4MMWA 1VFHA 3VOCA 2YKKA 3QY7A 4QISA 3ZVHB 4BR1A 5AB3A 2W6RA 4O11A 3O1IA 3AWOA 2JQKA 1RK5A 2PCQA 3SM0A 3HG4A 4Z0SA 1U5JA 1QT1A 2Q8ZA 4GQGA 4O17A 5KETA 5DT5A 1PSCA 1D0YA 1I60A 5C2TA 2CBIA 3UNDA 4OIFA 3WUEA 3PNUA 1XFBA 4CXXA 4JTJA 5D04C 4LMKA 4MNKA 4ZQRA 3DEQA 4Q6XA 1GOXA 3SRKA 1UD2A 1FWWA 4MY8A 3DDMA 3IS4A 1KRBC 3E0FA 5GJNA 3HGRA 1E15A 1UUMA 3V1HA 2W2UA 3PS7A 3L4TA 1FKXA 4V1YA 1R8IA 2VCAA 2VT0A 5IOBA 1S2VA 4YFSA 4HWFA 2ICSA 4Z91A 2WSYA 3BL3A 5K9DA 4PCTA 1WBJA 2W00A 3AE1A 2PB1A 4PTVA 3UERA 3H26A 2ZX7A 4TU1A 2GDUA 2BZNA 4HKAA 3CVRA 2PU1A 4HMEA 4O18A 3PPFA 1K77A 1XRSA 2BY2A 4HSOA 4LEFA 2IPJA 3C8FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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