3OYZA

Haloferax volcanii malate synthase pyruvate/acetyl-coa ternary complex
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
428
structure length
376
Chain Sequence
RHDREFVRTFFTSPTAVEGEDDSAKMLRRAAGLRGMQAPDVWVPDNEDATAPSMRDEGAENIVEVISEQGAEFPGEIHPRMVWHRDSPETRYQGFQHMLDITDPERGAVEHIHGFVIPEVGGIDDWKKADEFFTIVEHEHGLDEGSLAMSVIIESGEAELAMGDLRDEMGKPTNNLERLFLLVDGEVDYTKDMRAMTPTGELPAWPELRHNTSRGASAAGCVAVDGPYDDIRDVEGYRERMTDNQAKGMLGIWSLTPGQVVEANTSPLPPKTGSWLLDADELREELLGLTSYVPSMDDIVDSMEEFEAAKEAGRGAIAMTQSATIEKDRMWDEATYQAAMTPISLFQDVYENRPDQHEELEERYGAGVVERAMEVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
publication title Crystal structures of a halophilic archaeal malate synthase from Haloferax volcanii and comparisons with isoforms A and G.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Malate Synthase
total genus 141
structure length 376
sequence length 428
ec nomenclature ec 2.3.3.9: Malate synthase.
pdb deposition date 2010-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03328 HpcH_HpaI HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.1560 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3oyzA02
3.20.20.60 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Phosphoenolpyruvate-binding domains 3oyzA01
3BJFA 3I4EA 2VGBA 4JPGA 4KCUA 1F8IA 1XG4A 2WQDA 4B2DA 4FXJA 2DIKA 4RPPA 3LG3A 3LYEA 1U5VA 3EOLA 4KCVA 2OLSA 1KBLA 4YJ5A 3GQYA 2QIWA 3EZ4A 1M3UA 3KHDA 3H6OA 1IZCA 4QGCA 3P0XA 2DUAA 1A3WA 4L80A 2HRWA 3QTGA 3QV9A 2R82A 2VGIA 4TV6A 3FA3A 1O68A 3SRHA 3T05A 1E0TA 1S2WA 4HYWA 1A49A 2XZ9A 3SRFA 1Z6KA 1UJQA 4IQDA 4TV5A 3EOOA 1S2VA 2VGGA 1PYMA 2VWTA 2XZ7A 2XDFA 1PKNA 2ZE3A 3QV7A 5TAOA 4QG6A 3KTXA 1S2UA 3HQNA 1IGWA 4IP7A 1E0UA 3M0KA 4L7ZA 3VAVA 1DIKA 4L9ZA 3E0VA 4B5WA 1F8MA 4HYVA 4MG4A 2BG5A 1KC7A 4B5XA 3QLLA 1VBGA 1O5QA 3QZ6A 1SGJA 3ME3A 1PKYA 3SRDA 4B5SA 3B8IA 4KS0A 2KX9A 3G2GA 4MF4A 2L5HA 5JVLA 1U5HA 3PUGA 3E5BA 3HQPA 1MUMA 1A5UA 3QQWA 4KCWA 3GR4A 3T0TA 1XG3A 4QG8A 4B5VA 1JDEA 3T07A 3R4IA 1A3XA 2G50A 2E28A 1O66A 1ZJHA 1F3WA 4IMAA 2VGFA 3QV8A 1AQFA 1F61A 2V5KA 1DXFA 2VWSA 2HWGA 4IQEA 2X0SA 3IS4A 1ZLPA 1OQFA 4WJ8A 4QG9A 1PKLA 3BJTA 1GGOA 1DXEA 3EOEA 3SRKA 4G1NA 1DQUA 3M0JA 1F3XA 3PP7A 3FA4A 3OQ8A 1VBHA 1M1BA 2V5JA 3N25A 4DRSA 4KCTA 3GG8A 4LSBA 3OYXA 4B5TA 1OY0A 3U2ZA 4FXFA 4YNGA 1S2TA 3MA8A 3QV6A 4B5UA 4KRZA 2HROA 1PKMA 3HQOA 1T5AA 2HJPA 3E0WA 4ROQA 4B2DD 3OYZA 4L9YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A8QA 3S5YA 1VZWA 4DV4T 3LERA 3W86A 1DJNA 5L9FA 4A05A 4B90A 2ZC1A 4GO9A 1S46A 1P7TA 3COTA 2V5CA 1UG6A 4GY7A 4ENLA 4JEUB 3UU4A 1FP9A 2QXWA 2RGMA 4KW2A 2Y5SA 1WBHA 3LCIA 4AKRB 1IEWA 4CQBA 3QZAA 4WIWA 3TQPA 3RIUC 3B4UA 3RIUA 1XI3A 4IE5A 4UV9B 4WBNE 1I8JA 3FXEB 1S2UA 3ZLIA 4I7UA 4Y9PA 4CKQA 4MPKA 4H9RC 3U3HA 1ME7A 1H7WA 1A5MC 2PLKA 5LIWX 3AYVA 4CCCA 4F6RC 1SFTA 4MF4A 2QGYA 4GVGA 1BGAA 3BQ6A 3E2VA 1U5HA 3HG5A 5HMEA 2FBWA 2TPSA 3CAKA 3WLHA 1LOQA 1S5WA 4K3ZA 1J12A 4AZ7A 4Q25A 3N3MA 2J8GA 2HS8A 2TSYA 3AMGA 1ZS2A 2NT1A 4KRTA 3VKHA 2V9DA 3KVKA 1R8IA 1O60A 3MANA 2VT0A 4Q8WA 8RUCA 4YSXA 3V7PA 1LOSA 5FEXA 2UZ9A 4X63A 2GVGA 3UT5E 3MJXA 5B7YA 2K24A 5F1VA 4HBKA 5DO8A 3ANVA 4FF5A 1QAPA 5AQJB 2YCLB 1WDRA 1AA1B 3U57A 1QI0A 3L3PA 2BFGA 1LZOA 3LLXA 1V6TA 2VKDA 3WAKA 4HFCA 2KAUC 3UJEA 1C3FA 1UA3A 2I56A 1H50A 1JUBA 4FX8A 1LG2A 4IICA 3M0XA 3P67A 5AQHB 2LKHA 1AH0A 4O52A 5L3BB 2YFNA 3PY2A 5J5RA 5E93A 3LTSA 1QNRA 2LOSA 2WWVA 1O1HA 4M81A 3UUMA 1QI2A 3TFXA 4RE0A 5FAGA 1A47A 5LOVE 1MXDA 3PZOA 1U1JA 4JTCA 2V3EA 3AXXA 3VD4A 4DMVA 1N8FA 2L8KA 4BF7A 2PGRA 5I3IA 3SQSA 4EOZB 3TMQA 3BG5A 2D3NA 2OZTA 3NL2A 3WLLA 1YTKA 3GXFA 4DXVA 1ONXA 1FA2A 2IAKA 3HPZA 5HNTA 3RYFE 2F4VT 3VK5A 4XKYA 3EXRA 4C6OA 3W27A 1H4PA 1I9CB 1H1NA 1I0BA 1XBYA 1XG3A 4UMBA 4LWWA 5CZSA 3LA4A 5CSSA 1N33T 3ESLA 2WSYA 1MEIA 1XIJA 1XQLA 4MFRA 3B8UA 2OKOA 3S3GA 4AIEA 1TV8A 3CQCB 2DZTA 2Q9QC 2Q9QA 4AC7C 2NQ9A 3LPPA 1HJVA 2ATSA 3F4VA 4JTQA 3LQLA 1EYEA 1P0KA 4PZVA 1FX6A 4OGZA 4DRSA 3ZWTA 3VDHA 1MIWA 4MWAB 4NIRA 3FXGA 4MUZA 1OCQA 2CA5A 3S2CA 3IPWA 2QA7A 3CO8A 1K4GA 1VIZA 2O7QA 3AE3A 3GA8A 3IIZA 2CRBA 1I2PA 1R7AA 1LOLA 1KFKA 3KDOA 4L1WA 3AIVA 4UBPC 5HATA 4DBEA 3N14A 2WQDA 4UMCA 3JZEA 4N6EA 5SWUA 4Q22A 1PTGA 3QY8A 3NR0A 1GNXA 3FJNA 6REQB 4MIMA 4Q7IA 2PAJA 3B5MA 2Y24A 3ZJ8A 4LVDA 3G77A 2VQFT 4DI8A 4DUVA 5C0QA 4E7SA 1US7B 2PDKA 3VFLA 5D9NA 3ITYA 4WDTA 5AYZA 3SM0A 1ITUA 1RVGA 4MB3A 3Q2MA 3L4YA 4CCEA 1ZU8A 3TLWA 4R33A 4IX2A 1DORA 1ZBWA 1S5NA 1V77A 4UMAA 1OF6A 4MMWA 1H2JA 1EUAA 1JCNA 4IQJA 2PBIA 1AK5A 8XIAA 3GR4A 3E02A 3AE2A 4LUTA 1UWUA 1VPQA 3V0UA 5AHLA 1H1ZA 2PP0A 3ZYZA 1OBAA 3B8WA 4GUFA 4FOKA 3NQDA 1TPFA 3SJNA 4TZ4C 4AEFA 1XC6A 3V35A 4Q3MA 5GVJA 4R7OA 2H8ZA 3WUFA 4AYGA 4UTLA 1RA5A 1AFSA 4CU6A 3T2OA 5FL0A 3AU2A 3G1AA 4W7UA 1I2QA 4CNNA 3R0UA 4BA0A 4O4LE 5D2YA 4DR5T 1GVOA 3OYZA 4US6A 4ASKA 2FVKA 4B3LA 3RX3A 2PWVA 4N9EA 3URQA 3CIXA 1B57A 3CUXA 1VFFA 3IACA 3AEBA 4Z2KA 4RXGA 3V1HA 5A6KA 4JX5A 2NR4A 5HAXA 1M3UA 2YB4A 2PDIA 2IKHA 4PULA 3E0IA 3HG3A 3QBUA 2W67A 3VUSA 2A72A 4PB5A 2VGIA 4XAYA 1O4UA 4HIBA 3KS5A 4E4PA 2PFHA 4RR4A 4TO8A 3QNUA 1VRBA 4GY1A 3TXZA 3G3DA 4RK8A 4G63A 1UR4A 5CG0A 3ES7A 3SFWA 4YVPA 1TZ9A 2I9UA 3W00A 2BASA 4R7JA 3RMJA 4LV9A 4HTEA 3CPRA 1L6FA 1QW9A 4B3MT 4LCSA 4QX7B 4Z1AA 4FXSA 5CPSA 2QV5A 3V5CA 4FXRA 4MY1A 3CH9A 3N04A 1BKSA 1S2AA 2E6AA 3EX3A 2LM9A 3IIPA 3N9NA 3VKDA 4BJNA 7PTDA 4MVAA 1K9DA 1FXQA 2PDYA 4ATWA 3IAQA 2V8ZA 3WUEA 3E6EA 1G7VA 1KXQA 2HWGA 2X9WA 4ICCX 4JTLA 1ICPA 4WKAA 2Y70A 2E09A 3NWIA 3VMOA 4W8BA 1KCXA 4OFZA 5EMLA 1MNEA 1RBAA 4A2SA 2J79A 3PUYF 5I23A 3ITGA 2WCGA 3AE1A 4H6EA 5LB7B 1NIUA 3TZFA 4I0UA 2DT2A 1TV5A 3RUBL 2RPAA 3MZKB 4FNUA 2EHHA 2F7FA 2WHLA 4WSJA 5G1TA 1Q6FA 4JPGA 4ADUA 3V36A 4H01A 4Y2WA 1QO5A 3ZLHA 3NJ3A 2G37A 1W3IA 5RUBA 3WQEA 3WNOA 1E6SM 4RXFA 4FF7A 3RLVA 3LU2A 4W8AA 4XUYA 1ZV4X 1W2VA 3NWRA 4AMCA 1QT1A 2BMBA 3IANA 1WCGA 3RDKA 4GNJA 1A3WA 1R8LA 3QTGA 1E1CB 1O68A 3QGVA 3WH9A 3P8JA 4IQDA 2VOTA 3R6IA 1TPB1 4LRSA 3AZSA 2ZRVA 4GISA 3N19B 4KGJA 3CXOA 2YPIA 4QQUA 4AU0A 1NY1A 3H2CA 1GZGA 3PWAA 4EK7A 1B54A 1P5BA 1JRBA 1LLZA 3B0PA 5LGUB 1JGMA 3HMJG 2DUZA 1JQVA 4GOAA 4HMCA 2ZZ2A 1KGXA 4EF9A 2X7WA 1WX0A 3O1IA 3FOKA 4MKSA 3SCVA 4WY0A 4XBKA 4N02A 2GGHA 3LK42 2V5KA 1FY6A 3ZOAA 1VOMA 1UR2A 3DGRA 1H09A 3W7JA 5C9UA 4UF0B 1OM0A 3GG7A 2CKSA 3IV8A 3E2SA 4AYSA 4WK9A 1HF8A 4O1FA 2JQHA 2P8CA 5FP3A 4WGXA 1IHIA 3DC0A 1MMDA 4KBXA 3UBPC 5AYYA 4GVIA 2D22A 3OGRA 1Q6QA 3G18A 1CB7B 4S3GA 4D72A 3PTKA 3IF8B 2VWAA 4HWFA 3CB8A 5MKGB 2FDSA 3APGA 3C2EA 4KCUA 3ARZA 4K37A 5I6SA 1QJWA 2VKZG 1K8CA 4EGWA 3ARSA 3K4WA 4Q4QA 4H9SE 4HHLA 3UA3A 1WKFA 1OC6A 4PUNA 1WKDA 4A3RA 3LEPA 1LJYA 5LA6E 1D8WA 4S39A 3VKJA 1EB3A 1KM0A 2ZUMA 3M0YA 3RYHE 1L0VA 1VYSX 2J1DG 3OVUA 1WOAA 3MXZA 3MSRA 4MZ1A 4RPQA 3BMXA 1Q2SA 3TIMA 3EUHA 1UZ1A 3MT1A 4IIGA 2ZUNA 4HCDA 3W82A 5XIMA 3QZ6A 4POCA 1SFSA 3QPYA 4PSRA 3W7GA 5LA1A 4AMAA 1SZFA 4CD8A 3TVAA 2Y0FA 4LT9A 3JVAA 2QUMA 1TX2A 4IPLA 3F1QA 1WZAA 3VMPA 3LI0A 5AQRB 3C51A 3VOIA 2P3ZA 3NO5A 3C8NA 3B40A 3PJTA 4N9CA 2TMDA 3OLGA 4HA4A 1EF2A 1VP5A 1C7SA 4HZ6A 3AS3A 1CXFA 2BVYA 2PRMA 3T78A 5KTLA 4OV4A 3DCPA 1D1AA 3NM1A 1FQ0A 1DWGM 5HJLA 3MUIA 4M1RA 3C98B 2VDGA 5A2AA 1KTBA 2PU0A 3W25A 1WQ5A 3B05A 4C5ZA 1U2YA 2XH0A 3LCHA 2O4MA 5ABTA 1WKEA 3V1PA 4KRZA 4OBTA 3TLLA 3NGFA 5GPRA 5EKYA 3JRKA 2YFOA 4UFKA 1GTEA 4ZOBA 4A8NA 4X9YA 2FZ9A 5HXEA 1W2PA 5EZYE 5TQLA 2NV2A 4UTIA 2OSWA 2B4GA 3ZJ6A 4EPBC 5KMGP 4HFBA 3JUGA 3R43A 2DCFA 3R0DA 3M44A 1WZLA 3MJYA 1S2WA 2OEKA 3CJPA 4OTKA 3LS9A 3V3WA 3T2QA 1REQA 4U3CA 1PYFA 3H2EA 5JDGA 4M0XA 1V3HA 4S3KA 3SY5A 1IBKT 4GJIA 3T09A 2XQ6A 3DJBA 4NQ1A 3NL3A 2RJGA 4LVGA 1BLIA 2G3FA 4MDOA 2JGYA 1QUUA 1LORA 4PUUA 4BI5A 2A3DA 1S38A 3EWDA 3L4VA 2D1ZA 2FTWA 1NP0A 3FGCA 1CWYA 2BY0A 2A7PA 2WM1A 1QNSA 3IGSA 4D6CA 4IHCA 3WO8A 4PB4A 3HOJA 3FZLB 4XZWA 3L0GA 1QHZA 3CEUA 4HKPA 3VZYA 3W24A 2XQYA 2V6YB 1F73A 2P5NA 4HFVA 4GZIA 1K6AA 2NX9A 3NUKA 4Y7EA 3AUJA 4DAIA 5AB3A 3TAOA 2NXHA 4J3XA 2BVDA 3R1ZA 2DEPA 1EQCA 3C56A 4WVXA 2WY2A 1R85A 1B30A 8A3HA 1IE7C 5D2WA 4W88A 1FXPA 1JD7A 4HOXA 2B7PA 4E2OA 1MVYA 1NDVA 3EZ4A 1TA3B 5JRCB 3KDNA 4JIRA 4MHCA 1JCLA 3RJYA 3TTEA 4HA3A 3WN6A 3AS2A 1TPH1 1RJQA 3TLQA 2A3BA 2DVXA 3RM8A 1B31A 3R12A 5LNSA 3I9WA 2FHFA 3FXYA 3WMBA 1GOIA 1SJBA 2BG5A 3RO8A 1QK0A 3WJZA 3MKCA 2EG8A 4E4FA 4GK0E 1V02E 1W17A 2EEXA 1KNZA 4W8LA 2ZICA 3UU5A 1YDYA 2R1PA 4S2BA 1BF2A 1VEOA 4KETA 4KHZF 1LF1A 3HGSA 5H91A 1G4TA 4CGTA 3PN8A 3GKFA 2PF8A 1RJPA 4EYYR 4ZTYA 2Q3OA 4HSNA 4M29A 3S9IA 3QFWA 2GFTA 1NWSA 3T4WA 3N9SA 3W1RA 2ZX9A 3B13A 3GTNA 4ZOAA 2V26A 2XPKA 4UOJA 4GMEA 3S1XA 4LF8T 3GVRA 3VIIA 4HOZA 3DN5A 4LBSA 1JDDA 2H3BA 3S4TA 2W27A 5J2TE 4O54A 3ITOA 3BJFA 5IHSA 1QUMA 5CC3A 3PJUA 4C1NB 3D46A 4QSHA 3I10A 4C6FA 3FLUA 4I50E 1SVDA 1Z0PA 2X2GA 3W7CA 4BJHA 3R94A 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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