3PUGA

Haloferax volcanii malate synthase native at 3mm glyoxylate
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
431
structure length
349
Chain Sequence
TERRHDREFVRTFFTSPTAVEDDSAKMLRRAAGLRGMQAPDVWVPDNEDATAPSMRDEGAENIVEVISEQGAEFPGEIHPRMVWHRDSPETRYQGFQHMLDITDPERGAVEHIHGFVIPEVGGIDDWKKADEFFTIVEHEHGLDEGSLAMSVIIESGEAELAMGDLRDEMGKPTNNLERLFLLVDGEVDYTKDMRAMTPTGELPAWPELRHNTSRGASAAGCVAVDGPYDDIRDVEGYRERMTDNQAKGMLGIWSLTPGQVVEANTSPLPPKTGSWLLDEELLGLTSYVPSMDDIVDSMEEFEWDEATYQAAMTPISLFQDVYENRPDQHEELEERYGAGVVERAMEVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of a halophilic archaeal malate synthase from Haloferax volcanii and comparisons with isoforms A and G.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Malate Synthase
molecule tags Transferase
total genus 135
structure length 349
sequence length 431
ec nomenclature ec 2.3.3.9: Malate synthase.
pdb deposition date 2010-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03328 HpcH_HpaI HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.1560 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3pugA02
3.20.20.60 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Phosphoenolpyruvate-binding domains 3pugA01
3M0JA 4KCVA 1Z6KA 3FA3A 2HROA 4B5WA 3PP7A 1S2UA 1PKMA 1PYMA 1S2WA 3KTXA 3T07A 1JDEA 4HYVA 1F61A 3EZ4A 3QV6A 4KS0A 4B5SA 5TAOA 1SGJA 4KCTA 4WJ8A 2VGFA 3GQYA 2X0SA 4FXFA 3PUGA 3GR4A 3SRKA 4YNGA 2HJPA 1S2TA 2HRWA 3QV8A 4B2DA 1PKYA 4L80A 4QG6A 2XZ7A 1IGWA 4KCUA 3ME3A 4RPPA 1S2VA 3LG3A 2BG5A 4JPGA 4L7ZA 5JVLA 1O68A 2V5KA 1F3XA 4B5TA 3T0TA 3G2GA 1KBLA 1E0UA 2XDFA 1ZJHA 4G1NA 3QLLA 2VWSA 2HWGA 3EOLA 3HQPA 3HQOA 2VGIA 2ZE3A 1VBHA 4B5UA 2E28A 2WQDA 4B5VA 1A3WA 3N25A 1XG3A 2KX9A 1DIKA 3E0WA 1U5VA 3QQWA 2VGBA 1VBGA 3EOEA 4ROQA 2G50A 3QTGA 3VAVA 4DRSA 1MUMA 3SRFA 1AQFA 1O66A 3MA8A 3QV7A 3I4EA 1GGOA 1DXFA 4TV5A 4QGCA 3P0XA 3R4IA 3FA4A 2V5JA 1M1BA 4FXJA 2VWTA 4L9ZA 4LSBA 3M0KA 4KRZA 1DQUA 1PKLA 4IP7A 3OYXA 3E0VA 1T5AA 1ZLPA 4TV6A 3B8IA 4L9YA 4IQDA 3T05A 2VGGA 3GG8A 2DUAA 3U2ZA 4IQEA 3OYZA 1A49A 1F8MA 1A3XA 3LYEA 2R82A 3KHDA 1E0TA 4YJ5A 3QZ6A 3H6OA 3SRHA 3E5BA 1IZCA 3IS4A 1PKNA 1M3UA 1U5HA 3OQ8A 2XZ9A 4B2DD 3QV9A 4MG4A 1KC7A 4KCWA 2DIKA 3EOOA 2QIWA 3BJFA 4MF4A 1O5QA 1UJQA 4QG9A 4IMAA 1A5UA 4HYWA 3SRDA 1DXEA 1XG4A 1F8IA 1OY0A 2L5HA 4B5XA 1OQFA 3HQNA 2OLSA 4QG8A 3BJTA 1F3WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4XX6A 3PB2A 1QATA 4UFLA 3FCPA 3B8VA 1V0KA 4PAGA 3GR4A 4HNLA 4CVUA 3MKKA 2P0OA 1UA3A 5MHBA 1A5OC 4HOWA 2L8KA 4AYGA 2EPMX 4GKLA 1VBJA 2OLHA 2NP9A 4DJDC 1QNVA 3NO5A 4DR2T 2VEGA 1IIGA 5DBUA 3HJEA 1T0OA 3EWXA 2BX7A 2O7QA 3MI2A 3WDQA 3ZOAA 4RK8A 4LAUA 3DFYA 3EOLA 8RUCA 3TKLB 2VMFA 4PR4A 3DC0A 4Q8TA 4RZBA 3D0CA 4PMUA 5EFDA 3MP3A 3NPXA 2DSKA 3P6LA 3I4EA 3UCDA 1QASA 2XFRA 5BRQA 4ZB0A 2C18A 5F4XA 3WNMA 3WUGA 1R2TA 5LHIB 4GVHA 4DF1A 2ZVIA 4JEUB 3MSGA 4OHFA 5I00A 1UWIA 5HXMA 2PMQA 2HEJA 2UXCT 4M6VA 3BH4A 2BBFA 4OV9A 1A53A 1W1VA 5AVHA 1PO9A 3AALA 4U72A 1XH1A 3B03A 2VZVA 3WBYA 2WDRA 3VDAA 4LMLA 3TK7A 1DXIA 1HP4A 3CZKA 3E02A 1P6WA 2LJLA 2R8WA 4Z0JA 2GK1A 2FGBA 5JH7E 1IQ8A 2CKRA 3CHDA 4MDPA 4Y9NA 3K8PC 4YN5A 4B3KA 1OWQA 4QP0A 4HNNA 3FA5A 1DXEA 3S2CA 4UFHA 4GC3A 5BR8T 2RP4A 2Z28A 5LIYX 3WQDA 3OLIA 4CI3B 3C3NA 1JUEA 5CSSA 1GWJA 2GVJA 3KE0A 3WFZA 5FAJA 2WBLA 5BXSA 3S6TA 2J25A 3GTNA 4NZ4A 4HGAA 3UG3A 3PUAA 2QUVA 1N2VA 1DORA 1E55A 3EPOA 3M9YA 4IIBA 1IGSA 2HHHT 2D22A 2BOEX 3GHRA 4IHCA 2DZWA 1BLIA 4GKKT 2BVWA 2DZAA 1B31A 4TMBA 4W9TA 4DQWA 4OYKA 1BVZA 1SVDA 4JKKA 4ZSUA 3WLPA 4WSHA 3LNPA 2OGJA 1YQ4A 3LN3A 1SZEA 2W79A 5EGRA 1WZKA 2PWEA 3NQCA 4R7JA 2BHYA 3HPAA 4JNMA 3CV7A 3WQ5A 3M4HA 1SPQA 3TKFA 1X1OA 4B6XA 4KRZA 4PEKA 3LENA 3HG4A 5DN1A 2FTPA 3LXBA 1EO5A 3AMGA 3T2OA 3WUFA 4G2DA 3LSBA 1A0CA 1VCSA 4YY3T 1VFMA 1C29A 3OIHA 2J7FA 4Q4PA 4ERAA 1MMNA 1RUSA 4FNPA 2YIHA 4AX7A 3AS1A 4AQLA 2G3FA 2XUCA 4HWIB 4HD5A 3THAA 4HYRA 5HK4A 4TNWA 5CSYA 1L0VA 1VF8A 3MMWA 4GUGA 4BQ4A 3ALFA 4EACA 4XB3A 4TMCA 3AIWA 2K9AA 4CCCA 1XYAA 3A4JA 3RFAA 5LYJE 2NV1A 4HPGA 4NJIA 3VDHA 3PY2A 4WGXA 2HROA 3WDJA 1MYRA 4BR1A 1NFGA 1H63A 1S35A 3RH3A 4MPKA 5JDLA 4ZOAA 1V7AA 3PJAJ 4ZS3A 3NZRA 5DXYA 1IXOA 4NG3A 4V1YA 3O1IA 3W83A 3MXZA 4LB4A 4DYEA 1JULA 1K7EA 3ABZA 4H00A 4NUUA 2BWGA 3LQLA 3E96A 3QC0A 4J2CA 3T1HT 2CESA 5AQMB 4D6DA 3H2NA 2XGBA 4P5UA 4K3ZA 4G1NA 4M24A 1W2PA 5LJNA 3A47A 2N1GA 4H8NA 4J2MA 5CAKA 2BKPA 2PF8A 4ZBCA 4XD6A 5HXHA 4O2AE 4NXSA 3ABVA 9CGTA 2XYLA 1JDDA 1X7IA 1UURA 1MUMA 3TTEA 5KETA 3H2FA 2Q9QD 3M7SA 3N9QA 4P7OA 4EP8C 4F2TA 3S1UA 3HBLA 1OSEA 2EG8A 2E5DA 3E49A 3T05A 2YLAA 4O0ZA 4W8AA 3ARQA 3ITXA 4F66A 3NM1A 5CZSA 3ZKRA 4HFIA 4PUNA 1KCXA 1LM1A 4GCXA 2EHOC 3LV5A 5L3FB 3G1HA 4YTQA 3G18A 3AECA 8CGTA 1Q5MA 1UGOA 3U8GA 4H8HA 1DHKA 4C6PA 2W27A 3W1XA 3GXMA 3SRDA 3NO3A 4EANA 1LBMA 3ICJA 3P81A 1UP3A 3BQ5A 4QLJA 1GVQA 3OGSA 1V0MA 4TWDA 2AE9A 1E56A 4MYAA 4AW7A 3UCQA 4BJMA 3I0OA 3V35A 3R0UA 1NU5A 3T55A 1XP3A 3FJ6A 3GWQA 3AYSA 3RG6A 2J9YA 3TCSA 4AWTA 2O7SA 3UF9A 2MOZA 4A3YA 3G8RA 3CT2A 3VX0A 2BDQA 1KTNA 4KWWA 5I07A 1IJ5A 3KTSA 4S38A 4JGDA 2CLPA 4NXKA 2H3BA 3BGAA 2JMKA 3HM7A 5BU6A 2DQXA 3NL2A 2QUNA 4ACZB 4U5IA 2ZX9A 2PGRA 5LIWX 1OGGA 4IWWA 4HU3A 4IL4A 2RA1A 2ZZ2A 4GYSA 5BW6A 4EOUA 3WIJA 5DMNA 3J9X1 3RX6A 3LI1A 3G3DA 4E8GA 1R3TA 3LBOA 2ZX8A 4V15A 4GD0A 1M5WA 4JYDA 3CWOX 3F2CA 1JYVA 3KV5A 3N2BA 4JIQA 1QWKA 4LOCA 2E9XA 3HFTA 2FPVA 3RIUA 1SSGA 4YTUA 2QF7A 2Q71A 4PGLA 4FNQA 4R5EA 1FH8A 4DWSA 5DQVA 3UZZA 1UG6A 3NIYA 3ZYLA 4ZENA 3O2LA 2OVLA 4AMCA 3GBDA 1A49A 4M1RA 3LYEA 3ARTA 4UELA 4MY8A 4UQEA 3P82A 5CPNA 2ZC8A 1P6CA 3QN3A 3EDJA 1CIUA 3MW7A 3NL5A 2ZM2A 3ZJKA 1SJBA 3C51A 2X42A 1L8PA 3EDFA 3BOFA 3FYPA 1LP6A 1DJXA 4Q32A 3S1GA 5AC6A 2DWGA 1H7RA 4IISA 3N1AA 5AQRB 3G3MA 4KCVA 1RA5A 3W53A 3OTOT 4HGXA 3WLRA 3FX4A 3QOFA 4WIWA 2G0UA 2NQHA 3MZKB 1G0CA 5AZ0A 2FHBA 3MO4A 5TAOA 4B3ZA 3WBEA 4LF1A 3A13A 4YYCA 4M1PA 2W6RA 5FESA 4IGMA 1EBGA 2VEFA 3SDOA 4HHPA 5DLCA 1J1JA 4WXZA 3J7Yq 3RPDA 4Q8VA 3GVVA 2QYWA 4HWCA 2C1GA 1OF8A 4X61A 3CMLA 1SZGA 3CIVA 4YT0A 2C16A 1RD6A 3N17A 2HDJA 1V6VA 7TAAA 3I1AA 3AEAA 3AUJA 3UFGA 3O1HA 1U2YA 3ES8A 1EXBA 4RCXA 3F31A 3ARYA 1RR2A 2HSAA 2DZPA 4Z1BA 1WKDA 1VHNA 1SO3A 4I5XA 1EHAA 2WMJA 1J0HA 5H8PA 3MCOA 3R0DA 4RXGA 1YNYA 3VIJA 4KRUA 5IDZA 2LM2A 4L9ZA 5HEUA 3OZMA 3SUTA 4MOZA 4GKJT 7PTDA 1SJAA 3BW4A 2UY5A 3IK4A 3DFOA 4MAZA 3W7IA 2V6YB 3EA2A 1T8XA 2E1DA 1SFSA 1A0DA 5D4YA 1FDYA 4L5GA 3LGDA 2LT3A 3M0YA 4LBSA 1D1BA 3TDFA 1KV5A 1EJWC 3DU0A 3GRIA 1MW2A 4CQIA 3SFWA 2A3HA 5FKYA 5KZEA 2BY3A 4AD2A 4YMZA 1OINA 2QRXA 4ZFCA 3P2VA 3LDVA 2XAQB 1KBJA 3ENLA 4QBXA 1PZ1A 4G56A 5ABGA 5CPQA 5E1QA 5EK3A 4IIFA 2AQVA 1S2TA 2JF7A 5A6AA 5C9UA 2KT9A 3MV11 1Q3NA 4KUMB 5LHGB 3CHFA 6PTDA 1WDDA 4FIRA 4EXQA 1BFNA 3FAWA 5CZJA 3K13A 1JRBA 3QLLA 1A80A 1H62A 5FJJA 2V3FA 4BA0A 1EZ3A 1ESWA 3W88A 3AS2A 2YDRA 3RKGA 3IV8A 1TYGA 4K0KT 1E1EA 2PGWA 3OPSA 5FJIA 4PTDA 4LYRA 4A2SA 3LRMA 2X1SA 2GUYA 1B30A 2YFOA 1NM9A 3I7SA 4JFUA 1XIBA 2A7RA 3TC3A 4AEEA 3AXKA 3S9IA 2C19A 1REQA 2Y63A 2X2GA 2QPSA 3PM6A 1E3XA 2GK9A 5HEGA 4RNFA 1DP0A 3RCYA 4CCEA 3VU7H 5FJPA 1XLMA 1Z8AA 3W26A 1OFRA 1U5HA 1V9DA 5HMDA 5HUOA 4J3XA 2Y48B 4JN8A 3LCGA 4QS5A 4O0KA 3GH5A 4U5KA 2J4GA 5GNZA 2NT0A 4GK5E 3CLWA 3BQLA 1QOXA 1ISVA 3M41A 1PHWA 3KEHA 2X7WA 1SHZC 1LRNA 3TFCA 4U2YA 3EX6A 3W07A 1NQKA 2DY3A 3TYZA 3C2YA 3VIOA 4XKMA 2VVNA 1R3YA 2ACSA 3UR7A 2CNCA 1W09A 3QBUA 3EKGA 4V1Av 3G1XA 2JQXA 2OG9A 3TYCA 2NQZA 3LG3A 4ROPA 3EX2A 3LHVA 3HURA 1S2CA 4KMQA 4N9EA 1QWGA 1ZV4X 5FJOA 4L64A 4ZOCA 1X1ZA 1SYTA 1QI2A 3LGGA 3VGDA 1XIFA 2BOFX 4R9XA 1XDMA 2D2HA 3H2EA 2WMKA 3E6EA 1HJWA 3KZPA 2V3GA 2QVAA 3WMBA 3ONXA 3T2QA 3AUOA 2PDYA 5CSRA 2A3LA 2YPIA 3R5EA 3NZGA 4HWDA 3EX4A 1NELA 3R2GA 2NVDA 4QXIA 3IGXA 2XQ7A 3AVRA 4YSXA 2HS8A 4P8XA 2YCKX 4HMDA 3AC0A 3N6JA 1TJ0A 2QDDA 4E3VA 1RP9A 1UBSA 2IKIA 3P4SA 1RXOB 1K4GA 3HR0A 4H9YA 3IRSA 2E9MA 4ACZA 3ZN1B 1Y5XA 3M0VA 3R79A 3GU1A 3ZT7A 2E9BA 4A5XA 3I65A 3WLHA 4O19A 3OG2A 4CNUA 1Z7AA 4FEZA 1J96A 4PBFA 1J5SA 1XI3A 3W7QA 1U4QA 1J2BA 3KV4A 2YZRA 4W8BA 3MHUA 1UD4A 4FOJA 3AS0A 2NUXA 2PDMA 4MJ4A 3TQ0A 3T8OA 4I7UA 1XISA 2XQ5A 1UKSA 2H8ZA 4H9VA 3RK8A 2P0IA 3KVJA 2X0YA 4DBEA 4BI6A 1UUMA 1D1CA 4JNYA 2ISDA 1VPYA 5DCEA 1QBBA 3E0LA 4S3KA 3W74A 2WY2A 4JHZA 5JVLA 5IWAT 1XLFA 2CC0A 2IKHA 3SS1A 4US5A 3UGRA 1ZB5A 3LTSA 1UD8A 4AQYT 2QIIA 3WG6A 5CBIA 1K77A 1P43A 2VQUA 4PTWA 1KXQA 3K8MA 2XY8B 4O52A 4J35A 5LMUT 5A6KA 1AL7A 4HN8A 2GSHA 4ILCA 2EXOA 3O9XA 2POTA 2ZX6A 5CH9A 2NWSA 3OBEA 1GW9A 4NSBA 1J5ET 3SFKA 4B90A 4NJGA 2NW9A 3SZ8A 2H7VC 3H3AA 2CZVA 4B91A 2YL6A 4AKGA 2XQ3A 2BS2A 2LHNA 2NV2A 2E67A 3PZMA 2B76A 2IUBA 3QMTA 3TV8A 2X0LB 5F1UA 4D9PA 4UFIA 1WQ5A 2TYSA 3GAYA 1AW2A 4FXSA 4JTIA 1K03A 4NZ1A 1F4HA 4LBUA 4C60A 3M3ZB 1PKNA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3SQL A;  5B7Z A;  2BVY A;  2R9R A;  5A94 A;  1A0E A;  1J0I A;  1R30 A;  4GIE A;  4JY9 A;  3C0Q A;  3G06 A;  4DM2 A;  4UQA A;  3I6R A;  2Z1B A;  1PX4 A;  1CZ1 A;  1A5N C;  4H6R A;  2OOG A;  1EGZ A;  5L3B B;  4E3T A;  1ZTV A;  4GIA A;  2WCS A;  1UD5 A;  4MF4 A;  3FGC B;  1WAW A;  4I43 B;  3VPL A;  1EUA A;  3ITC A;  1PII A;  3ESL A;  2XHY A;  3TQP A;  2PTY A;  4N2Y A;  2XU2 A;  4H9N C;  2FDM A;  1IWA A;  3TLT A;  1HJU A;  1O94 A;  1QVB A;  5AC5 A;  2ISF A;  4DNH A;  4CNS A;  3ZLF A;  3HV9 A;  4NX5 A;  3SUW A;  4HNV A;  3WQP A;  3QC9 A;  3WJS A;  4C91 A;  5DFA A;  5EFF A;  1QNR A;  5L2L A;  2ALR A;  1DE5 A;  2V6X A;  2JKA A;  1IE7 C;  1EIB A;  2D9D A;  3QKE A;  4U3C A;  3O0F A;  4JYF A;  5D2T A;  2BBH A;  4C7D A;  4N4P A;  2XGI A;  1QML A;  4V2X A;  4B5T A;  1A50 A;  4H1Z A;  3NM3 A;  4YYF A;  2WHJ A;  2Q09 A;  4OJY A;  2Y88 A;  1KLY A;  2QVH A;  4H04 A;  4Y8E A;  1L0P A;  1MXD A;  4Q33 A;  1JDA A;  1AG1 O;  3MAC A;  3GA8 A;  2WQD A;  2PDB A;  2VOT A;  4MNK A;  3BAK A;  1A3W A;  1GQK A;  5XIN A;  1ZEE A;  3QTG A;  1GQE A;  3T42 A;  3G24 A;  2BKN A;  1U83 A;  3DI1 A;  3UZJ A;  3DP7 A;  1QPO A;  4LPC A;  1FHL A;  2HPL A;  5LNS A;  2CXF A;  2PLC A;  1ZJB A;  4IQD A;  1L9W A;  1ZP4 A;  4K8H A;  3BG3 A;  3HA4 A;  3A22 A;  1Y5V A;  1GNX A;  1KXV A;  1NDY A;  2VI0 A;  4Q4O A;  4PFP A;  2QVN A;  3HPF A;  2PWF A;  1EA9 C;  2P3Z A;  3PU8 A;  2IC9 A;  1Z44 A;  3PJU A;  4RW5 A;  4PMV A;  1RAL A;  1MEW A;  2J78 A;  1CXK A;  2OQY A;  1SJC A;  4W5Z A;  3FY1 A;  1CLX A;  3KCO A;  1IIH A;  1DWH M;  3BDK A;  3DYO A;  3L23 A;  4PH6 A;  4DWS B;  1DID A;  1W3N A;  3T0D A;  3U78 A;  2VKD A;  4AAJ A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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