3PUGA

Haloferax volcanii malate synthase native at 3mm glyoxylate
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
431
structure length
349
Chain Sequence
TERRHDREFVRTFFTSPTAVEDDSAKMLRRAAGLRGMQAPDVWVPDNEDATAPSMRDEGAENIVEVISEQGAEFPGEIHPRMVWHRDSPETRYQGFQHMLDITDPERGAVEHIHGFVIPEVGGIDDWKKADEFFTIVEHEHGLDEGSLAMSVIIESGEAELAMGDLRDEMGKPTNNLERLFLLVDGEVDYTKDMRAMTPTGELPAWPELRHNTSRGASAAGCVAVDGPYDDIRDVEGYRERMTDNQAKGMLGIWSLTPGQVVEANTSPLPPKTGSWLLDEELLGLTSYVPSMDDIVDSMEEFEWDEATYQAAMTPISLFQDVYENRPDQHEELEERYGAGVVERAMEVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of a halophilic archaeal malate synthase from Haloferax volcanii and comparisons with isoforms A and G.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Malate Synthase
molecule tags Transferase
total genus 135
structure length 349
sequence length 431
ec nomenclature ec 2.3.3.9: Malate synthase.
pdb deposition date 2010-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03328 HpcH_HpaI HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.1560 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3pugA02
3.20.20.60 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Phosphoenolpyruvate-binding domains 3pugA01
2DIKA 1S2UA 4IQEA 1XG4A 4QG9A 4IQDA 1PKYA 3U2ZA 4B2DD 3M0JA 3SRDA 4QG8A 4L7ZA 4B5UA 3QV8A 4TV5A 2VWSA 1DXEA 2R82A 4KCWA 3QZ6A 2V5JA 3BJFA 4QG6A 1JDEA 1ZJHA 1M1BA 3OQ8A 4WJ8A 3OYXA 3M0KA 1O68A 2L5HA 1Z6KA 3E5BA 3LG3A 3SRHA 4L9ZA 3HQNA 4LSBA 1KC7A 3T07A 1VBHA 1XG3A 3KHDA 2HWGA 1PKNA 3LYEA 4L9YA 2QIWA 1A3XA 3QQWA 4KCTA 4YNGA 1E0UA 1A3WA 3QV6A 3T05A 4B5TA 1MUMA 1A5UA 3SRFA 3GG8A 1OY0A 4HYWA 4G1NA 4MF4A 4TV6A 3R4IA 1E0TA 3N25A 2VGGA 2ZE3A 2G50A 2BG5A 5JVLA 3GR4A 3QV7A 1F3WA 1UJQA 3BJTA 4B5XA 3EOLA 3G2GA 1PKLA 1DXFA 4B5VA 1F8IA 1U5VA 2KX9A 3MA8A 3T0TA 1IZCA 4KS0A 5TAOA 1IGWA 3HQPA 3QV9A 2DUAA 2X0SA 3ME3A 3QLLA 3EZ4A 4JPGA 1KBLA 1OQFA 1GGOA 4HYVA 1S2WA 2HJPA 1F3XA 3HQOA 4B5SA 4FXFA 3OYZA 3GQYA 4ROQA 1O5QA 2VGBA 4DRSA 2VGFA 3E0WA 4FXJA 1A49A 3IS4A 2VWTA 3EOOA 3I4EA 4KCUA 3P0XA 1PYMA 1VBGA 2E28A 4IMAA 2OLSA 2XZ7A 3SRKA 1F61A 2V5KA 1PKMA 3PP7A 1DIKA 1T5AA 2XZ9A 1S2VA 2HROA 3PUGA 1O66A 1AQFA 3KTXA 4QGCA 4B2DA 4IP7A 2WQDA 1ZLPA 4L80A 2HRWA 1M3UA 2VGIA 1S2TA 3FA4A 1U5HA 4B5WA 1F8MA 3H6OA 3VAVA 4MG4A 1SGJA 3EOEA 4KRZA 3FA3A 4RPPA 1DQUA 3QTGA 4KCVA 3B8IA 2XDFA 4YJ5A 3E0VA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1E0WA 3BUVA 1TX2A 3WDRA 3WQFA 1XJBA 5AQQB 4LMLA 3KV9A 3DI1A 4UZUA 4HPNA 3RJXA 1UQZA 3EPNA 3F2EA 1RP9A 3M0KA 4XAZA 3JADA 2XYLA 4HE8A 3PG9A 4ILAA 4NUUA 4JKLA 4RR4A 5GJPA 3M4HA 4YCOA 3MKVA 4G2DA 3AA7B 9XIAA 1OFQA 2WAUA 4HFBA 2YINA 3FK4A 4HKPA 3OZOA 3PU3A 2E6AA 5SWUA 3RYCE 1XIBA 1L0VA 4PMDA 1U1UA 3CL6A 2D2SA 1VR6A 3BOLA 4UFMA 1XP3A 5I23A 1V7AA 1W1ZA 1IWAA 3GC2A 4ZQOA 3W25A 4YHJA 2Z28A 4DO5A 1T98A 4L5GA 4KS0A 3Q9DA 1XGEA 2G41A 4AZ7A 3BOFA 1E73M 5F4XA 5U4NA 2WSPA 3AXJA 4IIFA 1M53A 2HE5A 3ONJA 1KCLA 3RQUA 3HG5A 4B16A 1NOWA 3P84A 3BXWA 4ROQA 2IC9A 2GQ8A 3VE7A 4L1XA 1PS9A 1XLCA 3PJXA 3W82A 1E6XM 3ZOAA 4ZR8A 1IXNA 4Q7IA 3E0IA 4W8AA 2ZXAA 1XS2A 4XQ6A 3WBAA 1U33A 4MFRA 3RGTA 1F3TA 3AE7A 4XG1A 1Q13A 1EF2A 3CWOX 2HRWA 1M3UA 2OR2A 3RPDA 1GVYA 1H5VA 1WBHA 2E68A 5DABA 3V5FA 3LG7A 3U78A 2V6YB 5IWAT 4KH2A 1CZ1A 3ZSSA 5L9FA 4LVGA 4DYKA 5M03A 4L65A 3RIUC 1DWIM 3PJAA 3CH0A 4L4OA 1S5MA 4UTIA 3LTPA 4EAMA 5BCAA 1IGSA 3EGJA 2W0GA 2WCAA 4BF5A 4ZI3C 2BXZA 1CGYA 3I1AA 3WQ6A 5F3JA 3BLFA 2XGBA 3F2BA 5FXVA 2PDUA 1NDZA 3PG8A 1M68A 3UWYA 5A95A 5AQSB 2WPBA 2Q6ZA 1F3WA 3INPA 2VOMA 3M64A 2CKRA 1HGWA 3ABZA 3MWCA 1XX1A 4L9IA 1Y7VA 3BARA 2FTWA 3UXLA 2GK9A 1BVZA 3TZNA 3W7DA 1E3XA 4WJEA 1RQEA 4PBFA 4Q4PA 4K36A 3VNDA 4OGZA 5D38A 3ZEFB 4DRSA 1X39A 4CEXC 3G22A 1H1NA 1TWZA 3KWSA 5FY7A 3Q67A 2PTYA 1KWGA 1V0NA 4LCQA 4H9MA 3AHTA 2DIEA 2VKDA 2XZ7A 3W73A 1UD2A 5AQFB 2Y1HA 3SI9A 3TYEA 4NZ3A 1H1YA 3AS0A 4R34A 3S8HA 4LF7T 3NSXA 3W7NA 1J5TA 3PTMA 3K8MA 3NL2A 5C9XA 4F79A 3K8PC 1QNRA 1SZEA 4OBSA 1HT6A 4PYSA 1VKFA 4XO6A 1TX0A 2RGMA 2CE7A 1AVAA 2WWCA 3LERA 7TIMA 1QI3A 1UIOA 1XQKA 3RF9A 1W0BA 5LBQB 4KCWA 2DJLA 4PTMA 4TMBA 2D9DA 2W91A 1AZ1A 3T44A 2PBIA 1PCWA 3AEBA 1EYWA 3B0XA 1Q6DA 1EGZA 4H9XA 3ZCIA 5HEOA 1GVQA 2VVSA 3HA4A 4FSAA 3HQ1A 3I3BA 2B7NA 4KRUA 4XBSA 2D23A 1VCFA 1YXRA 4PMUA 1Y5WA 4RDZA 2ZWZA 3OIXA 6PTDA 5CKSA 5D9OA 4PCSA 3RCMA 2QCDA 4JYEA 5FJOA 3ZJ2A 3A22A 5LXXA 3CO4A 4FNUA 1UJQA 1IIGA 3EDUA 1J12A 3N6HA 3VR8A 4TX8A 3QR3A 1OBAA 5C8YE 3F57A 5FXZA 4DIAA 2W62A 5RUBA 3IUDA 2D5UA 3QOMA 1KKRA 3S42A 2TMDA 1LT7A 3B57A 2XISA 5FY1A 1HS7A 1IT7A 3ARSA 3N2XA 1ONXA 1V6XA 2VC6A 3K8KA 3ZQ9A 1K7FA 2ZYFA 2BVYA 1BSLA 3SZ8A 2BODX 1OVDA 3HPZA 3V1PA 3TOPA 3WMCA 2BKOA 4HNNA 3IIZA 5I24A 2DH3A 1SUMB 1S2AA 4PBGA 4WKFA 3WMSA 3N2TA 4AKRB 1W2VA 4V15A 2Z1XA 4MADA 4UQBA 2ZIDA 1HNYA 4ERAA 5JBFA 1W37A 1Y5XA 1ADOA 5IBXC 3AAMA 1V7YA 2XFWA 4XD6A 2GJLA 1QOPA 3F2CA 2C19A 1QT1A 2HVNA 2RDUA 3ID7A 3W27A 1B3ZA 4KCVA 4H00A 2PTDA 4M6UA 5I78A 5BRQA 1J1JA 2J25A 4GQ0A 3SO7A 2V6XA 3TQPA 4PC8A 1IXQA 2ABBA 1JNEA 2GDUA 3UW6A 4C7FA 2E8YA 4O57A 2HQAA 4Z0JA 1QI2A 2EQDA 5JIPA 3IJLA 3KM8A 2W92A 3E5BA 5LA2A 3UZJA 4FO4A 2WSYA 3CGTA 5AHIA 4K8HA 1U2YA 1YXYA 4DB7A 1MMFA 2YFNA 3HM7A 3WQ4A 2Q8ZA 2SFPA 3UUBA 4DNMA 3W7KA 4MFDA 4AMAA 1NJJA 3BQ5A 5AQKB 2ZA1A 3NXLA 5DCDA 4O8RA 2XAFB 2OVLA 5CLTA 1Q6CA 4P8XA 1H50A 4YVVA 4E3VA 2NX9A 1B54A 3UZ5A 2KX9A 3DEQA 2ZA3A 4H4IA 3SCVA 2IAKA 3WD1A 2XHEB 1Q6QA 3SW6A 3A8YC 4I5UA 1KBLA 1I0BA 4J27A 4O1FA 1YDOA 4JXCA 2FHCA 4KESA 4XUYA 3T0CA 2DVXA 2Z2BA 1FUYA 2BOEX 2QCMA 2PWHA 5CA0E 3AI0A 1CPUA 5D8WA 2ODVA 4JTAA 3ABVA 3VD3A 4KWVA 1EB3A 5CZKA 4AHPA 2NSOA 1H1ZA 3B03A 1JJKA 2H7VC 3RM9A 2XM2A 4HKAA 1V02E 4UIOA 3KV4A 1OCBA 1G8XA 3GH5A 3O6YX 3GBDA 1PWMA 4S1FA 3JR2A 1W17A 3HBLA 1Q65A 2V7IA 4F4RA 3R0KA 3N5LA 3QQ0A 1SGJA 2YCKX 4BQ2A 3OVUA 2BG9E 2J8GA 4CQAA 1XCXA 4E2BA 4EV6A 4PCFA 1FH9A 3SCUA 4ADUA 1L2UA 4ZOEA 2NLIA 1VB9A 2TPSA 3G0XA 1R47A 2BWGA 3FJNA 2I9EA 1XGDA 4J3UA 1NFBA 1MO0A 2VQET 3FZKB 4YIWA 2Z1WA 3IIXA 5IM51 1ONRA 4DR4T 1H7OA 2XAJB 3MPGA 1J5WA 4XBFB 4OV9A 4ZFMA 3NOYA 4F3HA 4N9CA 4O1AA 3OKQA 5DY2A 2Q8XA 4R53A 4Z17A 2HNHA 3KCLA 1IHIA 3NQ6A 4YY3T 3HU7A 2O56A 2QAPA 4EE9A 2VFFA 4KQNA 5HXCA 2D2OA 2C8NA 3CUXA 5HANA 4HN4A 1FH8A 1R3WA 3EAMA 4J3TA 1KFCA 4AKHA 1SJDA 2OZ0A 5AQHB 4JCMA 2DCFA 4PA8A 3KLLA 4LMKA 2QKFA 4GK0E 3CZEA 4JI6T 1V0LA 3OODA 4DV5T 4MJZA 4HWHA 3VGEA 4J9JA 4ADZA 5CGTA 1E7PA 3W2UA 1FH7A 4PR4A 4P8UA 2OODA 2F9RA 5HMDA 3RK8A 1V51A 3YPIA 1K03A 1TA3A 2GVLA 4MYXA 3OGVA 1GORA 6XIAA 3EXRA 4L1WA 3LHWA 4HFIA 1OEDB 3IV8A 1LRNA 3WF2A 1NENA 1XIFA 1W1B1 1BRLB 4LYRA 4GOUA 4JTSA 2DZXA 4D8AA 5HNRA 2BX7A 1LL7A 4DO4A 2QA7A 3PM6A 1R30A 2H88A 5C2GA 3O05A 4JHZA 3WY1A 4H7VA 1QFEA 1QHZA 1FWDC 2YU2A 1XYBA 3BW4A 2E5CA 2YZ5A 1R8LA 3T07A 3MU7A 3LV5A 1MQRA 1LT8A 2M6BA 1YQ4A 3BH4A 3NG3A 3Q58A 4ZEPA 3ITCA 3VKBA 1XDJA 3DFOA 4WCJA 1W5MA 4NI3A 2I14A 1GVOA 3EX3A 3OZMA 4ATDA 3GVGA 2YCLA 1BR2A 2FZ9A 4U74A 2J66A 4UBPC 2E2AA 4JHMA 1AJ3A 4PTNA 3ARUA 5G1YA 4MLRA 5C7VA 1D1CA 3CHEA 2F8QA 3T78A 3LN3A 5LZLA 1YIXA 3BL3A 1BQGA 3UG3A 3VFCA 4J3WA 4JKMA 3S6TA 1LWJA 9CGTA 3IVSA 3Q2MA 5AYYA 4JOMA 1J01A 1M04A 4CI2B 3AWOA 3MCNA 1XBXA 1HO4A 3PUSA 5HAXA 3UXIA 3P82A 2CWNA 1F76A 5MKGB 2QCFA 3UA3A 3BOXA 2J78A 3EA3A 1KXHA 1WQ5A 4LUTA 5J1GA 1UX5A 3WH9A 1R3YA 4PTXA 2HBXA 2PDBA 2JF7A 4ASKA 5F2GA 3CUJA 1OINA 4AIOA 2NUXA 2OQLA 3B05A 3AU6A 1E43A 3PJAJ 3CZKA 4GQRA 1OXZA 1YXCA 1SR0A 5AZ1A 3CH9A 3W2KA 4A29A 3L5MA 1PXGA 4FMVA 1M62A 3FFSA 5K9CA 3T42A 1VIZA 1QUMA 2WNWA 4PUMA 3W23A 1PDZA 4J2MA 1OGGA 2X1TA 3WAKA 2BHUA 4Q6JA 3HG3A 4GX9A 5CZSA 1WDWA 4JI1T 1N8FA 1ZQ5A 1GOXA 1JNZA 2OYMA 3TYZA 2VFEA 1ADDA 2VKOA 3PJTA 8TIMA 2IKGA 4E2VA 2QLYA 4JFSA 2W9MA 2C79A 3KOFA 2HXTA 2CHNA 4LF5T 4D6EA 2OO6A 3CQJA 2CPTA 4F48A 1WBJA 3AVRA 2VGBA 2C71A 3VC6A 3WNOA 3CAQA 4JX6A 3DERA 6XIMA 4HPJA 1YTDA 1G1YA 3NQBA 2CLFA 2EPMX 2ZX5A 2ZZ5A 2DNXA 3FBZA 4PMYA 4X1YE 4BHYA 5HMFA 3MUIA 3S46A 4CVWA 3J7Yq 1IZJA 3C6CA 4BEUA 3EABA 1TG7A 2RGLA 3VNKA 4K7YA 4XZWA 3HJZA 4JTIA 1CWYA 3P7IA 1GHSA 4HHPA 3E6EA 1EWEA 3C52A 4A35A 1J0YA 1W1PA 4G5DA 3ZJKA 4A98A 3BAKA 4GVIA 2J47A 1H11A 2VKHA 2QS8A 4XUGA 2C0SA 2G3MA 2R6GF 5EMKA 4YXGA 2UXBT 3HKEE 3DC0A 1QRQA 5LGZA 3UZZA 3Q5EA 1VLWA 2GK1A 2VR4A 3WK3A 3LI1A 1KCKA 4GO8A 3N9SA 1XQLA 1PTGA 4DJDC 3OA5A 3IJ7A 1X7IA 3R4IA 1AG1O 1AW1A 5FJJA 4QLJA 3VDGA 2DSUA 4X22A 3K13A 5JVDE 3G2GA 4JTEA 3DECA 3OPSA 4UV8B 3FSUA 2XN2A 3VYLA 5FVLA 5IDIA 4BCEA 4UOQA 2VCAA 2VZTA 3UERA 2NUYA 2QDDA 2AMXA 1WA3A 2M67A 2VCCA 5L3FB 3URAA 4HCHA 1WKEA 1S35A 3TOYA 2ZUTA 2OQHA 2DZWA 4CQBA 3QC3A 3P67A 4MKVA 3EWZA 3AEDA 5LIYX 2VXNA 3UD6A 5DMYA 3OJGA 2J7GA 2WO5A 1GOKA 4E8DA 4ZMGA 1VC4A 3APGA 4NZFA 3BLKA 1XIJA 1Q4NX 1WOBA 5CFBA 4Z2HA 4NNCA 1GVSA 2J8TA 4C60A 4KF1A 2VDHA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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