3OYXA

Haloferax volcanii malate synthase magnesium/glyoxylate complex
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
428
structure length
348
Chain Sequence
RHDREFVRTFFTSPTAVEGEDDSAKMLRRAAGLRGMQAPDVWVPDNEDATAPSMRDEGAENIVEVISEQGAEFPGEIHPRMVWHRDSPETRYQGFQHMLDITDPERGAVEHIHGFVIPEVGGIDDWKKADEFFTIVEHEHGLDEGSLAMSVIIESGEAELAMGDLRDEMGKPTNNLERLFLLVDGEVDYTKDMRAMTPTGELPAWPELRHNTSRGASAAGCVAVDGPYDDIRDVEGYRERMTDNQAKGMLGIWSLTPGQVVEANTSPLPPKTGSWLLDAEELLGLTSYVPSMDDIVDSMEEFWDEATYQAAMTPISLFQDVYENRPDQHEELEERYGAGVVERAMEVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of a halophilic archaeal malate synthase from Haloferax volcanii and comparisons with isoforms A and G.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
molecule keywords Malate synthase
total genus 128
structure length 348
sequence length 428
ec nomenclature ec 2.3.3.9: Malate synthase.
pdb deposition date 2010-09-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03328 HpcH_HpaI HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.1560 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 3oyxA02
3.20.20.60 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Phosphoenolpyruvate-binding domains 3oyxA01
2KX9A 2VWSA 3PUGA 4TV6A 1KBLA 3EOLA 1E0UA 3KHDA 4HYVA 1A3XA 4JPGA 1A3WA 4YJ5A 3SRDA 3BJTA 3FA3A 4L7ZA 4ROQA 3QV7A 4QG8A 1O66A 2XZ7A 3T0TA 3HQNA 2DUAA 3U2ZA 1IZCA 2L5HA 1OQFA 3GR4A 3BJFA 1O5QA 4B5WA 2QIWA 3T05A 3EOEA 3E0VA 3FA4A 3M0KA 1AQFA 2HJPA 3E0WA 5TAOA 4QG9A 4FXFA 2DIKA 4QGCA 1F3WA 1VBGA 1E0TA 3EZ4A 1KC7A 3I4EA 3OYXA 1F8MA 4B5SA 3B8IA 4B5XA 4WJ8A 3QZ6A 3SRFA 1F8IA 2HROA 1PKNA 3LYEA 2OLSA 3OYZA 1U5HA 2HWGA 4KCTA 4KCUA 4IQEA 2BG5A 2V5KA 4HYWA 4QG6A 3MA8A 3PP7A 3VAVA 1DQUA 2XZ9A 2VWTA 3KTXA 1DIKA 1M3UA 1Z6KA 4L9ZA 4B2DA 4L9YA 3IS4A 1GGOA 4KCVA 2VGBA 3G2GA 1ZLPA 1S2WA 3QLLA 1VBHA 4KS0A 2VGGA 2R82A 4B5TA 4KRZA 1U5VA 4TV5A 4IP7A 2V5JA 3M0JA 1PYMA 3SRKA 3QV9A 3OQ8A 1UJQA 3QQWA 1S2VA 3QTGA 4DRSA 2E28A 2G50A 4YNGA 3GG8A 4LSBA 3ME3A 3R4IA 2VGFA 2ZE3A 2WQDA 1F3XA 4B2DD 1S2TA 1PKLA 4B5VA 1DXFA 3E5BA 4KCWA 3QV6A 1A5UA 1F61A 2X0SA 2XDFA 1PKMA 3EOOA 1OY0A 1S2UA 1T5AA 3HQPA 1ZJHA 4IMAA 5JVLA 3T07A 2HRWA 4G1NA 1XG4A 1XG3A 1DXEA 4B5UA 2VGIA 3LG3A 3SRHA 1A49A 3N25A 4FXJA 3HQOA 3P0XA 4RPPA 4L80A 3QV8A 1M1BA 4IQDA 3H6OA 1MUMA 3GQYA 1IGWA 4MG4A 1O68A 1SGJA 4MF4A 1PKYA 1JDEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MSSA 3PUGA 1V6VA 3PNUA 3VKHA 1KQYA 2J62A 3QGAC 1ZY9A 3L0KA 1CGVA 2WLZA 4UFIA 3HQNA 4UBPC 4AZHA 1W37A 2G4JA 3Q58A 4IPPA 4H19A 4QIUA 2XFRA 1HP4A 1EGMA 1R38A 5KX5E 2G97A 3OVRA 2FVKA 4AZ6A 5KMYA 2ZM8A 4P8UA 4YVPA 4J9JA 4JY9A 3EHZA 3C2EA 3AXJA 4UV8B 1DYSA 3R94A 3T44A 3PG8A 4KEMA 3Q5EA 4HJFA 4UTHA 2CLKA 1EPVA 3WCZA 3CT7A 3HA4A 1HG3A 1OD8A 3RUBL 3RF1A 1H1YA 5HMEA 5H1WA 4W9TA 4FHAA 1HKMA 1ALDA 4QH4A 1CGTA 2VRJA 2CETA 1I2PA 4A8LA 3QJAA 1B0IA 1L8PA 1W5MA 1O12A 4JOMA 3NYZA 4HFBA 2ZUTA 3SN4A 5FNVE 2VDGA 1SU5A 2YA1A 3P4QA 1VBRA 3GFXA 4YNGA 2IKGA 2DZVA 4DNHA 2XAHB 2A7NA 5BOOA 2DVTA 1HR0T 5ABFB 4S3KA 2ZZ5A 1YBQB 4KCWA 2BXYA 1HZYA 1HNXT 1PO9A 5D05A 3FHQA 1K9EA 4IISA 2FBWA 1L0VA 4O10A 1ZALA 2VDHA 4PRRA 3MDUA 1ZP3A 2Q9QB 7TIMA 2D0TA 1YXRA 2LLEA 4RZ4A 4MHCA 3UY8A 1XPGA 3BQLA 3NZ1A 2C5IT 1TRDA 2DZTA 1BQCA 3ZWSA 7ENLA 2UY3A 4DWSB 4V33A 2EKCA 2WSQA 4HN4A 3Q5XA 4L1GA 1WBJA 1JDDA 1N34T 2L5HA 2DQWA 3OODA 2C0SA 1ITQA 4X1IE 2QULA 3UWVA 5G1TA 2CWYA 3LRLA 1EX1A 2LSYA 5AQVB 2XH4A 1MEHA 3K3OA 1E73M 4ZE5A 4EPEC 1VENA 5HR6A 4JI1T 4LEQA 3LQLA 2VUYA 1BLIA 4QJ3B 2OYLA 3N5LA 1W0BA 3L2IA 3VFCA 3PUQA 1XYZA 1FWHC 3WENA 1UHVA 1MZHA 3ITXA 4O4WA 2EPOA 2R14A 3OLIA 1BTCA 2D3NA 1TO3A 2NTXA 4YY3T 2FB3A 1OYBA 3MB9A 5AQGB 3ZXWA 4E0CA 5BU6A 3THQA 1XLBA 4MWAD 4PNIA 5JDGA 4CEUC 5A2CA 2YEVC 1V77A 3B9DA 4AIBA 4HNOA 3THUA 1MDRA 5D2TA 5DJQC 4F2UA 1NAFA 2XQ4A 3HF3A 5KZDA 2VCCA 3FAXA 3N2MA 4GVHA 4M6UA 2XAFB 2BBJA 4Y9NA 3AIQA 1SJAA 1XIMA 4AXKA 3W25A 1XYLA 4URIA 4V1YA 2Z24A 1A3HA 4DMVA 1GOMA 3GKAA 2PG8A 2LEHA 3TOYA 3ZQ9A 3WJSA 4TVUA 2A4AA 3BARA 4KPLA 3WH7A 2V6XA 5FEZA 3BW4A 4H9SE 3RCYA 2PBOA 3RIUA 2TSYA 3VMOA 2M6BA 4ZI7E 3VIPA 1NWSA 3RGTA 1XLEA 1RP9A 4E4FA 2E8IA 2WSYA 3C5QA 2X68A 1V79A 7REQB 3A21A 3NOYA 1VIWA 4CXWA 3MVTA 4F66A 3ZZ1A 3O06A 3FZFB 1KR1A 3S3GA 2FPVA 2HTMA 1P4CA 4AZ7A 3BOFA 3VPLA 3I65A 1Y65A 4R27A 1XBXA 5LGTB 4IIHA 4FMVA 5CC6A 3CAWA 1RV8A 4I7WA 1POJA 1AD4A 4QWNB 2ZM0A 1JCNA 3HQ1A 4LFAT 5HPCA 1EEPA 2RPAA 2VXNA 4O8RA 4ZO7A 4K6AA 1UP0A 1D0XA 3CPGA 2NSXA 1RBLA 4Y8FA 1MIYA 1YQ4A 1L8NA 1NH6A 4GX9A 1NENA 1E9IA 3CAKA 3BLPX 3V18A 3E1F1 4JQ4A 1OEDC 2XGIA 5XINA 3SCPA 4PEKA 4EKJA 3LDQB 4E4PA 3M44A 3A7MA 1GT8A 2YL8A 4A2RA 4C7FA 3TONA 4LQ1A 2YXGA 4LAMA 2WMIB 1W0MA 2RFGA 4W7VA 2LM2A 3N2TA 5F2MA 1PKLA 5A6MA 2GJXA 3RMEA 3GK0A 2WKGA 1KQZA 1JGMA 5CJ5A 2UXDT 3N9LA 1GKPA 2D22A 4GLEA 2QCFA 5U4NA 1A53A 3GDKA 1XG3A 1XLAA 4GYPC 2MBGA 3AE9A 3DFQA 4OV4A 1UD4A 3CIWA 2FH6A 2LSKA 4DZIA 3GQYA 3RM8A 1TX0A 4WJEA 1XRVA 4DEFA 4ADZA 4X2RA 1Y64B 2N1GA 1DV7A 1K1DA 2K48A 4JEHB 4ROQA 1UZ1A 4J3ZA 1ZOYA 4C6BA 4Y8EA 3GVRA 4HPHA 3M0YA 2ACUA 2V30A 2G0UA 3MW7A 3IACA 3GDMA 1D2KA 2YDSA 2ZRUA 1WAUA 2H9AB 3ZVIA 4HA0A 2FQIA 4BJHA 3OLGA 2VFGA 3W2UA 5FJIA 2ACQA 2B0MA 2J7BA 3PPCA 4D6CA 2GWNA 3SURA 2CA5A 3JZUA 2OELA 3UWWA 5I0DA 3BQ6A 5CLWA 2LRLA 2QJGA 4DQWA 3TNBA 4G9PA 2K5BB 4K2SA 3CMFA 3EWWA 2C3ZA 1IEWA 4FNTA 2IPGA 3QH2A 3QBUA 4HN9A 3UQ4A 1BWKA 5C2GA 3I3EA 2CITA 1TIMA 2WB5A 5G2IA 1WBHA 3BQKA 4MY9A 2NXIA 1KGXA 1RQBA 2F2HA 5L3DB 3TLLA 2DI4A 4IGMA 4X2PA 3VZYA 1T99A 1WV2A 3FN9A 1DIEA 3KV9A 3CUGA 2G3IA 2V6YB 3B5MA 3W74A 1OGGA 1QR7A 2PLKA 3GY1A 3MS8A 5EMYA 2OODA 4BEQA 3OZMA 4LNYA 1UZ4A 2I59A 3KFWX 2C0HA 2NUWA 3WNPA 3EI0A 2OCZA 3GR7A 3KRSA 3SEPA 4KF1A 1XIJA 4LGXA 4R7JA 1TRIA 3IJ7A 1JCXA 1JL8A 4EAMA 3WF1A 1J5TA 4QKNA 4OGZA 1OX4A 3AXXA 2W67A 1H60A 2ASHA 1UASA 2WCGA 1R3VA 1UBPC 3W83A 3KVLA 3P5ZA 5HEOA 5JXQA 2PP1A 1WA3A 5ENLA 2YZ5A 3AMCA 4CN1A 3FXYA 2G3FA 4ZS3A 3TTEA 4TX6A 2KMFA 3QFEA 1KO0A 3TYDA 3OQEA 5I3IA 4QAIA 2QCDB 1X7IA 4NSBA 1KM3A 2YPIA 4C6FA 3VKKA 1R6WA 4F4RA 1GG1A 3PSWA 3W7NA 3WLHA 4NJKA 3SW6A 4Z1BA 5LXTE 5AQPB 2CLYB 1S2AA 3WQDA 2R91A 4FLOA 3ARQA 1HJUA 4GCXA 4O12A 3WH5A 4YPJA 2CESA 1SHZC 5AHNA 1I45A 3DYPA 4I9AA 3W27A 3PR2A 4JS3A 2FDMA 4X60A 5LA1A 5C5YA 4XZIA 1E72M 3M0VA 5LZLA 1W3JA 1YKWA 2NUXA 5LSMA 3NQ6A 5D37A 4F2TA 2D9DA 4FNQA 4I5RA 1IZKA 2E68A 1MMDA 5CG0A 2Q71A 5LNWA 2DJXA 1KM4A 3MY9A 3OPSA 3G6LA 3HKEE 5HMDA 2DZWA 4FXJA 2EJAA 4NXNT 2E6YA 5LNVA 3V5UA 2N2NA 4INFA 3A4JA 2GQ3A 5IHRA 5AQLB 4EXBA 2E9XA 1AQHA 5JDQA 3K1SA 4JI0T 4C6CA 1HIZA 5I3KA 1MEWA 4GHRA 2A9UA 2ZA3A 3RLUA 1G1YA 3VGHA 4WY0B 1LUCA 2CXGA 4MZYA 4S1FA 1CZ1A 2DZPA 3VKGA 4HNVA 1JPMA 1VH7A 3SSZA 3WLNA 4B5SA 3MYOA 3UWZA 3IVUA 5KETA 1GQKA 1R7AA 2ZE0A 1QOXA 3VOCA 2PTFA 2BZBA 2BG5A 2CCQA 4NNCA 1WCGA 3QF0A 3TLSA 3T42A 4PB5A 1N36T 1QO2A 1DE6A 2BGSA 1I6NA 3H2NA 2WVUA 3WQPA 1IXNA 1GKQA 3FS2A 4IGHA 5FP3A 2VOTA 3AU6A 3D6NA 2G96A 4PRWA 5IUXA 1QUMA 2HN1A 4Z42C 3H21A 5MF5A 3GBDA 1RSCA 4A4AA 1WXJA 1WKYA 3AS2A 2ATMA 4ADTA 2BODX 3OQ8A 4IE6A 2E28A 3AXIA 4UFLA 4OYJA 5L3GB 1OC5A 2IPFA 1FFRA 4QP0A 4YHEA 3O2LA 5T91A 1DXFA 4H6QA 5AY7A 3R25A 4H3DA 1PB0A 5BXPA 2E9BA 1TPWA 3QSTA 3WELA 3I9YA 1GQNA 2BBFA 3T07A 4L6DA 1RLDA 1UJPA 4UOJA 3WO8A 1Q6EA 4L80A 4ZQNA 5DX7A 4G7EB 4GXMA 4YTNA 3HURA 3TZFA 5DN1A 3WD3A 3C4XA 4DBQA 3NZGA 2XIIA 3LB0A 1XQKA 5JRCA 4YJ5A 2HV5A 3SJ3A 3L68A 3TSDA 4A3YA 2ES0A 3VX1A 4C6IA 5FCZA 1NQ6A 3U2ZA 2D2SA 3RRAA 3W1MA 4AYSA 5F4WA 4X64T 1LL7A 2ALDA 2IC6A 4KFPA 4PBFA 2V2CA 2OWXA 1XLHA 1D7FA 1WDSA 1XMOT 3OYXA 5H2ZA 1CXEA 1JI2A 4ZGYA 4JDYA 3LDVA 1JPKA 4Q4RA 2V5CA 3JC6D 3EWYA 5U7SA 1UB3A 2QRXA 1DJQA 3OZOA 4OKDA 3SR7A 2YW4A 4QXIA 3RKOA 2GDUA 1VHNA 1KK7A 1ZGDA 1M3UA 3J9X1 1H11A 2XHEB 3JR2A 5CJMA 1IE7C 3C51A 4PJNA 4ZQRA 4JI7T 3WDIA 1ZQ5A 3BAXA 3E3HA 3PBGA 4Q8WA 1F74A 4EZ4A 3NTYA 4MBQA 2ZZ4A 4K39A 4RXFA 1K7XA 1M01A 1AH4A 4Q7NA 2PRLA 3U8GA 1S2TA 3S83A 5HANA 1H49A 2FDSA 3T0CA 3K8MA 1F61A 2OWWA 3CEUA 3FCPA 4NT0A 3TKFA 1ME9A 1DHKA 4NRRA 2FZBA 2PDCA 4HTBA 3FFSA 2AGKA 3AE1A 3R7MA 1AG1O 4OECA 3TOPA 4MFRA 3FNDA 1UWSA 4FX8A 4MJ2A 1HVQA 3KOWA 5CXPA 1I2NA 2WJEA 4QCFA 2NXGA 5K3VA 4TV6A 3IHRA 2DSVA 3EOLA 4ZSUA 5ETWA 4MZ1A 5LBQB 5L47A 1EP3A 1VR6A 2VT0A 5AECA 1JG9A 3WBWA 2REQA 3BVJA 5BU9A 1QHZA 4H6KA 2P3EA 4GIAA 1ME8A 4LBUA 1W9VA 3ESLA 1HJVA 4OTKA 4M0XA 1F8MA 5CC7A 2F9RA 3WNNA 3ZLGA 2XSAA 3GDBA 4W87A 1T8BA 1VJZA 2RJHA 3H54A 2J75A 4M24A 1XQLA 1R3RA 2VUNA 1XSJA 1QBAA 3H7RA 3ZMUB 1J4EA 2Q3RA 1YQ3A 4TWFA 3DFSA 2QCGA 1QVBA 2VRKA 1V3LA 2CFFA 1SR0A 4L9YA 4GK8A 3VOGA 1GTHA 5AHLA 3NZPA 3T8QA 4L1WA 4D6GA 1JYWA 1UD2A 4JYAT 1TV4A 5EMKA 1PIFA 3JRKA 2V5JA 4AQFA 1GZ1A 1FVPA 1W2VA 3RM9A 2QF7A 4RE3A 3RDKA 5D32A 3LU2A 1UX5A 4S3CA 4J35A 2O92A 2WO5A 1LJYA 2I57A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3RCM A;  1Y5W A;  2OEK A;  3N17 A;  2WZE A;  4XUY A;  4Z17 A;  2XDF A;  3CS2 A;  3LGE A;  1NEY A;  3ARX A;  3XIN A;  4ZQP A;  4FLR A;  4MM1 A;  4XZ9 A;  3GLC A;  3LGD A;  3MSY A;  2EPL X;  3S2J A;  3RIF A;  4P8X A;  1VYS X;  2VI0 A;  4N2Y A;  4UZU A;  2W3Z A;  4XX6 A;  5JIP A;  1HN1 A;  4F9J A;  1ZCC A;  4CNU A;  3ONC A;  1O6I A;  4FNU A;  3NVD A;  5JR9 A;  5FVK A;  3SIZ A;  2Z1X A;  1FH8 A;  2OQH A;  3P74 A;  2BDQ A;  1KNR A;  2POT A;  3QC3 A;  4HCL A;  4GI6 A;  2XAJ B;  3CWH A;  3VNZ A;  1YTK A;  4S38 A;  5BR8 T;  3GXP A;  2GQ9 A;  2XUE A;  3S4T A;  4HWD A;  1XDJ A;  3PWG A;  2WJD A;  3P7I A;  1BQG A;  3BSH A;  3GNO A;  4H7V A;  3UWY A;  1ZL1 A;  4LCR A;  3CZE A;  1EOM A;  1VPY A;  2D0G A;  3C0L A;  4IG2 A;  3AIV A;  2V3E A;  1VS1 A;  3IF8 B;  2V5D A;  1AD1 A;  1DIK A;  1L6F A;  4GAC A;  5MHB A;  3N4E A;  2QT3 A;  2XQ3 A;  2HCV A;  2ODV A;  3NAV A;  3ZLF A;  1K7F A;  5GVJ A;  4QLJ A;  4CD7 A;  4GC4 A;  6REQ A;  3QEZ A;  5LMU T;  3UUL A;  3H2F A;  3WLP A;  4LRS A;  4HPJ A;  3WD2 A;  4YFS A;  2YU2 A;  3HKB E;  4CQ9 A;  1VEM A;  4LUT A;  3I68 A;  3TLT A;  2EEX A;  3KM8 A;  2G50 A;  3NXL A;  3DES A;  1P6C A;  3ME3 A;  1ZB5 A;  2AL2 B;  1TCM A;  2GGI A;  4O2A E;  2WZT A;  4J1O A;  4F8H A;  3P61 A;  1M68 A;  3KP1 A;  3EB2 A;  4O1E A;  5KEZ A;  4H63 H;  4TUF A;  4TUY E;  2PGR A;  2V7K A;  2CIP A;  2JKE A;  5HJX A;  3M0H A;  2FB2 A;  4I0U A;  2V2D A;  4NIQ A;  4NJJ A;  3W75 A;  2WM9 A;  2WJZ A;  5HNR A;  5LIK X;  4LCS A;  3W23 A;  1QU4 A;  4C1L A;  4I3G A;  2EF9 A;  1SZN A;  1SE7 A;  1RA0 A;  2YK0 A;  4I7U A;  3VU2 A;  3WMS A;  2QPS A;  3ITY A;  4OU1 A;  3H26 A;  5CFB A;  4PFP A;  1XR2 A;  4M51 A;  3GHT A;  1FWE C;  4JFV A;  3U9I A;  2A2I A;  1T41 A;  1GEH A;  3REQ B;  1LRO A;  1FWA C;  4AHP A;  1TPE A;  3BUV A;  1FHV A;  1X6U A;  3LOT A;  5H6Q B;  3HPS A;  3GFZ A;  1N8I A;  2W00 A;  5CAK A;  1TE6 A;  1R47 A;  3ABO A;  4QX7 B;  3C56 A;  1QT1 A;  3K13 A;  3RQU A;  2ZX8 A;  4IGN A;  4XBF B;  3GXF A;  2PTW A;  3NDZ A;  2KWH A;  4ILA A;  3AZT A;  3HG4 A;  2WS3 A;  4Q4P A;  2CYG A;  1CHU A;  4W4Q A;  5JBF A;  3FBZ A;  4YTM A;  1V08 A;  2WVS A;  1GWJ A;  5DQW A;  3FVM A;  4RL3 A;  5ECV A;  3F4D A;  1H3G A;  3KWS A;  2A3C A;  3G77 A;  3M0J A;  1EGV A;  2HPI A;  3EPN A;  2O4Q A;  4XD6 A;  4PTX A;  4QRN A;  3UJF A;  1MYR A;  1V0L A;  2I56 A;  4EOZ B;  1EB3 A;  2LOP A;  1FWT A;  3EMZ A;  3COT A;  5LCY A;  4PMJ A;  4GME A;  4QH1 A;  1CIU A;  5CZS A;  2PI6 A;  5E09 A;  4DUX A;  4KET A;  3WK1 A;  1G73 A;  2YCL A;  3WQO A;  1D0Z A;  3VIN A;  5TBO A;  2V38 A;  3QKZ A;  2ZFA A;  2BG9 C;  3GH7 A;  4K7V A;  3UTK A;  2BVD A;  3ITV A;  3R84 B;  4DR7 T;  1FH9 A;  1SGJ A;  4F40 A;  1Q63 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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