4AIS | Genus

Total Genus 243

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	243
sequence length	712
structure length	637
Chain Sequence	SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMPLQVKANRVLISPVEIELDAIYPGENIQINAGLQKAPVKFVRQFVLTIEK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Metabolism of Vertebrate Amino Sugars with N-Glycolyl Groups: Intracellular Beta-O-Linked N-Glycolylglucosamine (Glcngc), Udp-Glcngc, and the Biochemical and Structural Rationale for the Substrate Tolerance of Beta-O-Linked Beta-N-Acetylglucosaminidase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
total genus	243
structure length	637
sequence length	712
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2012-02-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase
A	PF18344	CBM32	Carbohydrate binding module family 32

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.460	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	Hyaluronidase post-catalytic domain-like	4aisA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4aisA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	4aisA01

3CH9A 3JUGA 3T08A 1RP8A 4JFTA 5A94A 3L2MA 2ZE0A 3KZSA 2ZUVA 5C71A 1GQKA 4UQEA 3L4VA 4JKKA 4M82A 4KMQA 1CXIA 2YL8A 2YA1A 4TVDA 3DYOA 1VAHA 1UQZA 2BS9A 1UD8A 4UQAA 1MQQA 1E4IA 4JCLA 2VC9A 3GH5A 4D1JA 3FY1A 1HP4A 4QLJA 3BAYA 1KXHA 3MUIA 5DO8A 1ITCA 1G1YA 4BQ5A 3F5LA 2ZUSA 5A2CA 3OLIA 5GNYA 4RL3A 1JZ3A 1GOOA 4AISA 1V0LA 2VZUA 2UY3A 1GJWA 4OZOA 1IT0A 1LL4A 3G6MA 4KRUA 1JAKA 4DM2A 1E6XM 4U33A 5ABFA 1CGYA 4J3UA 3RM4A 3MS8A 4XB3A 2B31A 3VD3A 5A6LA 1I75A 3MV01 3ZM8A 3LPGA 3CZ8A 2BVYA 2YBTA 3GXFA 5I79A 5A6BD 4XZWA 2YL9A 2YL6A 3CHDA 1W1PA 3VD5A 4EAMA 4W8AA 5A2BA 5IHRA 3WD3A 4DWSC 2WZIA 4CD5A 5I0DA 4IUGA 3T2PA 3CUHA 2E9BA 7CGTA 1R7AA 1OT1A 3D5HA 5CLTA 3F5KA 4TTGA 3ZR5A 2ZX8A 4MNKA 2J7GA 4Z2GA 1JI1A 4UOQA 4FLOA 3AMGA 3GDBA 1J0JA 2PI6A 3QGVA 1QVBA 2EQDA 1WDSA 3GNPA 2WMJA 3SUUA 3THDA 5GNZA 3DHPA 1BGAA 3AS0A 5CPQA 2WK2A 4HU0A 5FIPA 4RE4A 2UY2A 2F8QA 5C8BB 1PIFA 4AZGA 3VIGA 2DSZA 1N82A 3WY1A 4ZEPA 3VMPA 3AYSA 4U5KA 2BHYA 1VRXA 1A3HA 1V03A 3EYPA 4A4AA 4TX8A 2YOCA 3AQUA 1UZ4A 2EPMX 4C90A 2DSUA 3T0BA 3BH4A 2RGMA 1JXKA 1J0KA 1IV8A 3AROA 1M53A 2WWDA 5HBFA 1JL8A 2WWCA 5LA1A 4JIEA 1QBBA 4U5IA 1EOMA 4CN1A 1NP0A 4W5ZA 3ZT5A 2ZX7A 5A1AA 4AZCA 1A47A 1GOQA 5DMYA 2F61A 2WB5A 2ZUWA 5E6YA 3IK2A 4C7DA 3VMOA 1CECA 3N12A 4P8XA 2A3HA 5BCAA 3OLGA 4J28A 3WEOA 3WFLA 1AQMA 1B1YA 1KFWA 2VURA 2BXYA 4P7QA 5FKYA 4AMCA 4FF5A 1CXKA 2JIEA 3WDQA 1OWQA 3AHVA 2OWXA 3K4DA 4UOJA 1VJZA 3SCSA 3VDBA 2QLYA 5KEZA 2D3LA 1XCXA 4W7UA 3SEPA 1XYZA 1L0PA 1PX8A 1YQ2A 4TUFA 2BVDA 4B16A 1V3JA 4PMNA 4BQ2A 1CTNA 4Z2JA 1PZ3A 2GDVA 2ZUTA 3RDKA 5DFAA 4B9ZA 4UOZA 1FP9A 3W6MA 2VRQA 3PZIA 2WXDM 4GI6A 3DC0A 2CBIA 3ZT6A 3WD4A 1HJQA 4UFKA 1FH9A 2BY0A 4E8CA 1B3XA 3AICA 1US2A 1HJWA 3WQ5A 3MMDA 1J12A 4X0NA 4JHZA 4RE2A 4DUXA 2CNCA 1E71M 1E40A 2ZXDA 1BTCA 5A6MA 4M56A 2WMIB 4ZE5A 3WDIA 5D9MA 4J7RA 2JALA 2AOSA 3AIVA 2BNJA 1HX0A 2W63A 1CNVA 5KZ6A 3W28A 3RCNA 3KWXA 3W82A 2IUZA 3QR3A 3AHZA 1FOBA 3N11A 1CGTA 3VOCA 3L4UA 1UWQA 1W9VA 2OWWA 1V6VA 3WL0A 2PB1A 1E55A 4QDMA 2WZHA 3VILA 1W3KA 5A8QA 3HN3A 1CYGA 5A6KA 2DT3A 2O9RA 4K68A 1B3YA 2VVSA 3PZNA 4H8VA 4TOQA 3T09A 1B0IA 1MVYA 3ARPA 4WJXA 2EO7A 2XM1A 2VCCA 4XZBA 4CKQA 1DHKA 1E70M 1E72M 5I5RA 3ZOAA 1NP2A 5DT7A 4WIWA 5EBAA 4MADA 3TTSA 3EMZA 2YKKA 1C90A 3MKKA 1US3A 2A3EA 1JG9A 1K9EA 1BVNP 1EHNA 1GUVA 1WZMA 2WPGA 1E15A 4LQ1A 4BZYA 1HJXA 4M29A 3CTTA 2D20A 1DEDA 5GPRA 2J74A 1WZKA 3WH6A 1EDGA 4P7RA 3SUTA 5HOSA 5ABFB 4UNIA 2WMGA 1WPCA 4OOUA 1Q6GA 1V6WA 1ZBCA 2ZUMA 1UR0A 2V3GA 4FLSA 2EPNA 4PMDA 3WMBA 3WD0A 3WDJA 1H4PA 1KBKA 3I3EA 1MFUA 3VGDA 3W29A 3PZGA 4CD4A 2D3NA 4HOZA 4PTXA 3W4RA 2E8YA 5A6JA 4D6EA 4U3AA 2XHYA 4W88A 2J62A 4MNJA 2BY1A 2ZUNA 3ALFA 1VBRA 2DH2A 2FHFA 4L4OA 5LYRA 2DIJA 4J27A 1UOKA 2D0FA 4AZ7A 1KGWA 3AFBA 2CIPA 1EA9C 5A2AA 3OIHA 3ARWA 3WNMA 4EKJA 3WNLA 4D6IA 1K9FA 1WDRA 2GJXA 2Y4SA 5JBFA 1CLVA 1E4LA 1E73M 1HVQA 1BG4A 1E0VA 4JL1A 3WUGA 1NOUA 3BXWA 3CO4A 1E6SM 3UERA 1BGGA 2FHCA 3SUWA 5CJ5A 8CGTA 4TVUA 2J79A 2Z1KA 3NSXA 3WDRA 1H49A 2WMKA 5CXPA 3BLPX 4V2XA 4JKMA 1TVPA 3RM9A 4B9YA 4H8UA 4JFWA 3N9KA 1HVXA 2J47A 2W61A 4CD8A 3CPUA 4H8HA 1IZKA 1WZLA 1JD9A 2ZXBA 1HJSA 3EMQA 2VI0A 4QCFA 2QF8A 4URIA 4UQ9A 2J25A 1JFXA 5JUVA 1GW1A 4KH2A 4AZCB 1W1YA 5GQBA 4MTVA 2W91A 3M46A 7A3HA 4F9JA 3U5UA 3CZGA 4BS0A 2BY3A 2WM0A 4PSRA 3A4AA 2VJXA 2EPLX 1UD3A 1CGWA 1ZBVA 2D0GA 3AIUA 5ABHA 2VZSA 1UH3A 4WKHA 4M1RA 3UCQA 5I6SA 2W4XA 3CZEA 2XGBA 1EOKA 6CGTA 3E1F1 3WMSA 1PX4A 3W81A 5D9OA 4FLRA 4OJYA 1JNEA 3ZT7A 1B9ZA 1HL9A 2YBUA 1W2VA 1OT2A 1HXJA 5IFTA 3VD7A 1QNSA 1UWIA 1MFVA 3UR7A 1OINA 5M3WA 4J3SA 1KXVA 3L4ZA 1HF6A 2GJPA 2HISA 4D6DA 2XVLA 2XYLA 2VCAA 4W8BA 4CCDA 2DEPA 1KCLA 3PZUA 3VDAA 2J7DA 2PWDA 4PRWA 1DWFM 3VVGA 5A8PA 3WH9A 3ARYA 4EK7A 1LL6A 3NJ3A 4HPGA 3W0KA 1LWHA 1ISVA 2BXZA 4HPHA 1UD2A 3WKZA 3LMYA 3CHEA 2BVTA 2DGAA 1PPIA 4JL2A 2VQUA 1PAMA 2WVVA 3FHAA 3ZO9A 2Q8XA 3WEZA 1PBGA 1JDCA 4B3KA 1UKPA 2V3FA 3PZMA 1E9LA 1QI0A 4M24A 1UWRA 3AHTA 2YLAA 1HN1A 1E1FA 5I3DA 2WVUA 4DWSA 3AI0A 4S3KA 1C93A 2YA2A 5HPOA 1O6IA 5F7UA 2Z1SA 4GZIA 5A3HA 5CG0A 1VB9A 2QMJA 1WKYA 1GOKA 2Y8VA 4NRRA 2MANA 4P8UA 5CZKA 3WFZA 1UWTA 1UR1A 1VEMA 2O9PA 1TUXA 5LA2A 4BCEA 3PZOA 1BAGA 3CLWA 2WKLA 2ZWYA 3IJ9A 3VNYA 2CHNA 3VX0A 1XSKA 3AS2A 3ARZA 4LXFA 5IHSA 2W66A 3WL1A 2V3EA 2WLZA 2DT2A 2HVMA 4WKAA 3VM5A 1XSIA 3PBGA 1NM9A 3PZVA 3NDZA 4PCSA 2CYGA 4GZJA 3MSDA 3II1A 3U7BA 2J7HA 5CSUA 1MXGA 2OSXA 5D8WA 1I1XA 2A3CA 1MWOA 5JBEA 2XUCA 5M03A 5AC5A 4P8WA 4H41A 2G3IA 3I3BA 3VIKA 3U57A 2G3NA 4DM1A 4UFHA 2UY5A 3ARUA 2ESCA 1F4HA 3TONA 1W9DM 4ZFMA 4V28A 2CKSA 1JZ7A 2IXVA 1NWSA 2BV9A 2J78A 2ZX5A 3AIRA 3W38A 5HXMA 4GO9A 1JZ8A 1VFOA 1QOXA 2VX5A 2DT1A 3NCOA 4P7OA 1K9TA 2GJXB 2G3MA 1FH7A 2VX4A 2ZOXA 4HZ8A 2PWFA 4JZ5A 4QFUA 5EB8A 3VIHA 4JAWA 2WC7A 5CLWA 1GQJA 1UWSA 4NI3A 3UEQA 3W25A 2WMHA 3ZSTA 3MUAA 2ZXAA 4CD6A 1MQPA 4TTUA 3A4WA 1W9XA 5ABGA 2J75A 2QPSA 1OB0A 1SMAA 2CPUA 4LX4A 3SCTA 4UFLA 1E5NA 3WQVA 1QHPA 4D1IA 1C91A 3AJ7A 3HMCA 3AIQA 2E0PA 3PTMA 4F66A 3UG3A 2JIWA 3WNKA 3NSNA 1WB0A 1SFSA 3WENA 3VKKA 4OIFA 5BXTA 2IXUA 3CMJA 4YN5A 3THCA 4PTMA 1BYCA 3M7SA 1TCMA 3S2CA 1SYTA 4MB3A 1M03A 3K46A 5D9PA 1G0CA 1OD8A 2E9MA 1WO2A 6TAAA 3GXIA 4E8DA 2GDUA 3VIMA 3QHOA 3GXDA 4AD2A 4UQDA 1UR2A 1MW2A 2E3ZA 3SCPA 4CN4A 3A47A 3SCVA 1HKMA 4NF7A 3CGTA 4JCMA 1UUQA 4HZ7A 3VINA 1EHAA 3LPPA 1CXHA 1H11A 4Q7NA 2DH3A 1I1WA 3NIYA 1PZ2A 4A3HA 3BGAA 4HOXA 1CZ1A 2DSVA 3AISA 3GH7A 2D22A 4ZENA 1GVIA 3CUFA 3RJYA 2ZXQA 1FFRA 4CU8A 2JF6A 4GQQA 5LA0A 4AW7A 3WNNA 1XV8A 4PMYA 4Z2HA 3D3AA 4GIAA 3TTOA 3B9DA 1UA7A 5E6ZA 1X1NA 1E4MM 3WH8A 4ZXOA 3O9NA 2YA0A 3SCWA 5D8ZA 5A6BA 4D71A 1VEOA 1O7AA 1H5VA 2XSAA 4CUCA 3UETA 2GFTA 4B3LA 4CCEA 1EGZA 2WVVB 1QNOA 3AHXA 1E1EA 3WEMA 5A6SA 8A3HA 2O9TA 4PMUA 3MANA 3N15A 1BVZA 4PEEA 4AD0A 4TXEA 5DF0A 3WBAA 5TD4A 3SIMA 4P8VA 3VU2A 1E43A 5DEZA 1QI3A 5HNNA 4WKFA 3BCFA 1W9PA 1E0XA 5E70A 1IZJA 1VEPA 4DWSB 4CVUA 5FL1A 2GSJA 1KCKA 4BQ4A 3UG5A 3RIKA 4ATDA 3PTQA 1OM0A 1OGGA 2D24A 1BFNA 1WP6A 1J01A 2FDMA 1UD5A 2GVYA 1UQYA 2VMFA 3EDDA 1PIGA 3BC9A 1TA3B 4PSPA 5DT5A 3OGRA 4AY1A 2DDXA 4YHEA 1E5JA 1DWAM 4ACZA 1DWIM 3VIOA 2BHUA 2FGZA 4D6CA 2UY4A 2BY2A 2A3BA 1ODUA 2WW5A 1W91A 1ESWA 1UG6A 3W53A 3L4TA 1Y7VA 3WD2A 1EIBA 4XUYA 1QW8A 3OBAA 1S46A 1XH2A 3GYCA 3GBDA 1KR1A 1OGSA 3NSMA 4U3CA 4DUVA 2NW0A 2VRKA 4UR9A 4J3VA 4KRTA 5A95A 3LPOA 5GNXA 3RJXA 3WBEA 3UESA 5IFPA 3NUKA 1JZ2A 1CGXA 1M7XA 3ARVA 2G3JA 4TX6A 1NWTA 3W6LA 3AZTA 2OSYA 3MUY1 2VZTA 2VZVA 3GH4A 1BSIA 3KL5A 1V3LA 3UR8A 3VIIA 3BCDA 1R85A 3OA5A 4M81A 4CCCA 3WSUA 1AVAA 3WD1A 4AIUA 3K8KA 2C0HA 3SUSA 2TAAA 3WH7A 9CGTA 3BMWA 1CXEA 2OSWA 5E09A 1E3XA 3F5JA 1NQ6A 3SCQA 2VR5A 3WNOA 2X1IA 1JYNA 1W1TA 3EDKA 4AYSA 3W37A 1GVYA 5ECUA 1W3JA 2CKRA 1ODZA 4Z2IA 1W3HA 1AQ0A 3DHUA 4F79A 4M8UA 1RD6A 2VO5A 1J18A 4OBSA 4MDOA 1R7OA 1EH9A 3WQ4A 1QI4A 4R27A 5FL0A 3VO0A 1JYVA 3N18A 3W24A 4PMVA 2YJQA 1V3IA 2X09A 4PTVA 2WVTA 3MUZ1 3I3DA 3WF2A 1GOWA 1NWRA 2XVPA 3POHA 1Q6FA 2DQXA 4OBRA 5ABEA 2NT1A 4KGJA 4PMQA 1BG9A 1AQHA 4D72A 3B8SA 3AMKA 3QOMA 4AXNA 2OLHA 4Y7EA 1MQRA 5M5DA 3RPMA 3VMNA 5BYWA 1HKKA 2AMGA 3OG2A 3QHMA 2W62A 1FP8A 3AXHA 3CHCA 3TOPA 1J0HA 1ECEA 2ZIDA 4J3WA 1L8NA 2XTKA 3QHNA 1XCWA 2XIIA 2Y5EA 3T2QA 1GCYA 1U30A 3IJ8A 1RH9A 4YHGA 3EMCA 2FGLA 2UWFA 4L4PA 2JF7A 3LPFA 1WAWA 3ALGA 2XVGA 3MMUA 1B3VA 4HMCA 5IDIA 3VGHA 1BYDA 2WSPA 1OIFA 4HP5A 3WN6A 1E6RA 1JZ6A 1TMQA 3RM8A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1MXD A;  4PMZ A;  1K6A A;  2PWE A;  3CZJ A;  3WIJ A;  1C3F A;  1OGB A;  2J7E A;  5BRO A;  2FH8 A;  3ARR A;  4PUD A;  5E0C A;  1J0Y A;  4ACY A;  5JIP A;  1CEO A;  1LG1 A;  2QHA A;  3AS3 A;  3A6O A;  4GPN A;  4AIE A;  1VEN A;  3PHA A;  3FN9 A;  1V0M A;  5JBD A;  4H04 A;  3AOF A;  3SUR A;  1JND A;  4HA1 A;  1VIW A;  1CGV A;  4MDP A;  2WMI A;  4UQB A;  1J0I A;  2EEX A;  4FK9 A;  2QPU A;  1UKT A;  4RE3 A;  4AD4 A;  1M01 A;  1JFH A;  1TFV A;  4NRS A;  3ECQ A;  1JDA A;  2WHJ A;  2WAG A;  4AZH A;  2CXG A;  3VIJ A;  1KB3 A;  3B9A A;  4HZ6 A;  3WQW A;  2CBV A;  1EDT A;  4MNL A;  4WSJ A;  4WK9 A;  1Z32 X;  3PTK A;  1CEN A;  3ARS A;  4QP0 A;  4GI8 A;  4D6F A;  4UQC A;  2WCA A;  1YHT A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2E1D A;  2PDI A;  3RKG A;  2HE5 A;  4XK2 A;  3PBV A;  3C8N A;  2ZE0 A;  2ZUV A;  5C71 A;  1G4P A;  4FNP A;  1KM6 A;  2QZR A;  4HPN A;  1J1J A;  3L4V A;  4KMQ A;  2YA1 A;  4TVD A;  3IAR A;  1BR2 A;  1OG0 A;  3LLX A;  3QZE A;  1MQQ A;  1E4I A;  4H9T A;  4WDT A;  4K36 A;  4H6K A;  4AFY A;  3MUI A;  3BGG A;  3CAW A;  5DO8 A;  1TWW A;  5CC6 A;  3F5L A;  1HQT A;  4NJH A;  2D2S A;  1KCZ A;  2XN2 A;  4PJN A;  4RL3 A;  2P0I A;  2X68 A;  2VZU A;  2UY3 A;  4OZO A;  4KRU A;  3C4W A;  2HPM A;  1E6X M;  3QR0 A;  3RM4 A;  4KRZ A;  4IDP A;  5CC3 A;  5D2V A;  3EB2 A;  5CZJ A;  1I75 A;  3MV0 1;  2YCL B;  3LB0 A;  1OFP A;  3T78 A;  4BF5 A;  3H3A A;  1RJQ A;  1TRE A;  4EAM A;  4F0K A;  3OP2 A;  1H61 A;  4NZ1 A;  1XYA A;  4HGX A;  4JDY A;  5I0D A;  1XID A;  3CUH A;  7CGT A;  4MWA A;  4GBD A;  3OHI A;  3D5H A;  2V5K A;  3F5K A;  3PJA A;  5LIY X;  3E5B A;  3W1M A;  1I94 T;  1DKW A;  2VGG A;  4FLO A;  1OQF A;  4ZO7 A;  1OYB A;  3NTY A;  2DZW A;  4B92 A;  1XNQ T;  3HFT A;  2PI6 A;  3QGV A;  2VAS A;  4GQ0 A;  4P0A A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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