4AIUA

A complex structure of btgh84
Total Genus 226
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
226
sequence length
585
structure length
576
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFNDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVERNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Metabolism of Vertebrate Amino Sugars with N-Glycolyl Groups: Intracellular Beta-O-Linked N-Glycolylglucosamine (Glcngc), Udp-Glcngc, and the Biochemical and Structural Rationale for the Substrate Tolerance of Beta-O-Linked Beta-N-Acetylglucosaminidase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 226
structure length 576
sequence length 585
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2012-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 4aiuA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4aiuA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 4aiuA01
3J7HA 4UQDA 1J0KA 1NOUA 3APGA 2G3IA 3W82A 2UY4A 1E43A 1EA9C 3PZGA 1WZMA 3CTTA 3O2LA 1KQYA 1R7OA 1JYXA 1CXIA 1Q6GA 2FDMA 1HJXA 4CU6A 1QI0A 4OUEA 4U33A 2GJRA 3MV01 2PBOA 2GK1A 1J0JA 3ARXA 3WQ4A 4TVCA 1BSIA 2GJXA 4E4PA 4CN6A 1X1NA 3SUSA 3PHAA 1VEMA 4MNJA 1WCGA 1QOXA 4GI6A 3CZGA 1R86A 3W27A 2WC4A 1GOIA 3A47A 1QHPA 3VPLA 2D20A 7TAAA 1CYGA 3WH8A 3LPOA 3ZJ7A 3BLPX 1ECEA 3AS1A 3W37A 5A6KA 2GK1B 2WMIA 3G6LA 1V02E 3VD4A 1SFSA 1FHDA 1KR0A 1PIGA 4CD7A 5ABFB 5GNXA 1QBBA 1PX8A 4HOXA 3MU7A 4NZCA 4UOZA 1HKMA 4DUWA 5HPOA 4PMZA 2WVUA 2WMIB 1EO7A 2MANA 5A2BA 2X8RA 3SCWA 3FY1A 1UWIA 3OGSA 2VURA 4TTGA 2FH8A 2ZX7A 3CZLA 3WDPP 5BXRA 3WEZA 1WZAA 2EPMX 2WBGA 5DMYA 1ZB5A 3AHZA 1UH3A 1BG4A 2GFTA 2YL8A 5D9MA 4GKLA 1HKIA 2CIPA 3UG5A 5DFAA 1TA3A 1UKPA 2QPSA 5BROA 1XRVA 2XM2A 3RM8A 1Q6EA 5A8PA 3POCA 4M56A 1MFVA 4FMVA 4XB3A 5A2AA 5EBAA 2YBTA 4PMOA 3WY1A 2J62A 3GH5A 3GBEA 3JUGA 1SMDA 3IJ8A 3RM9A 1G5AA 3AI0A 1E6SM 3O9NA 8CGTA 5BXPA 1GJUA 1G1YA 4CD5A 4W89A 4PTMA 2ZXQA 4D6GA 2AMGA 3RM4A 1C8XA 1TA3B 3OIHA 1DWAM 2XGIA 4R5EA 4ZXOA 1E1EA 3D3AA 3TTOA 3W25A 5BRQA 4NF7A 1KFWA 4QCFA 3GH7A 3GZAA 1ZS2A 2V5DA 1E73M 1EQCA 3AYSA 3CIVA 4EE9A 5AY7A 1M01A 1CXEA 1JDCA 3W29A 3BAIA 4H41A 2WW5A 2X05A 1KCKA 3WF3A 3N13A 4UZSA 3W6LA 2WCGA 1FP9A 3VM5A 2XG9A 3AFBA 4AD0A 3AYRA 1JZ5A 3EMZA 2BY3A 3K8LA 2YIHA 2ZUVA 1W1PA 1MFUA 1W9PA 1H0IA 1LG2A 3WQ6A 5BXSA 1W32A 2ZUSA 3IAQA 4ML4A 4TOQA 4HOWA 3SUUA 2OWWA 3S2CA 1EQPA 4HP5A 2WVSA 3IK2A 4JHOA 1KXQA 4PTVA 3VIKA 3QR3A 2Y5EA 4W84A 4U3AA 1XH2A 1C3FA 2QF8A 3AS2A 4UFMA 3AMKA 1GZJA 2ZX5A 4D6EA 3QOMA 4J27A 3SCUA 3VDBA 4BQ3A 2GSJA 4ZFMA 2J25A 2YBUA 5HNNA 2VX6A 1ZU8A 1ISVA 1KXHA 2TAAA 3VGHA 4AZHA 1LLOA 3T08A 4GPNA 1FP8A 1CLVA 1Q6DA 3WKZA 1WKYA 4P7NA 1LWHA 3VGGA 3ZMRA 2PF0A 1GQLA 4LXFA 1WNOA 2Y24A 3AXHA 3W53A 3WD2A 2J7DA 2VVSA 1DHKA 4P8UA 2J7CA 5A8OA 4WF7A 3ARWA 1JDAA 2VCAA 2WMHA 4EANA 1CGUA 2EPLX 2DH2A 1JXKA 4ACYA 1GOWA 4YN5A 1Y7VA 2B31A 1ISZA 4M82A 2YKKA 5ABEA 5D9NA 1EHNA 1XD1A 2FGZA 3WNLA 3VTRA 1ISXA 4PCTA 3WH7A 4PCSA 2YLLA 1LJYA 3PTMA 2D2OA 1VFMA 4AZ5A 1CZ1A 3A4XA 4EKJA 5EMYA 2YA0A 3ARYA 3PZQA 4UFHA 4Q7NA 5E6YA 1MXGA 1W3JA 1GQJA 3AHYA 1PPIA 5C8BB 3ECQA 4HPHA 4ZE4A 1ITCA 2EQDA 2J8GA 5A94A 3W24A 3I3EA 2VR4A 4H8UA 4CU8A 5A8NA 1V3MA 2XWEA 4KGJA 3GXIA 4AW7A 4PN2A 3AIVA 1UA7A 1JI1A 1BAGA 1QW9A 5DEZA 2PC8A 1E6QM 4OBSA 5GNZA 5GPRA 2PBGA 2ZXBA 2Z1KA 2CBIA 2WC3A 2Y8KA 4MAZA 5A2CA 2XIIA 1JGIA 3QOKA 4X0NA 3WH6A 2WPGA 3CUHA 1KR1A 3AHVA 4AZ6A 4JIEA 4V27A 4HU0A 3GXFA 4Z2JA 5CPSA 2OLHA 3GNOA 4KH2A 2JE8A 1W9BM 1WZKA 1GNXA 2DSZA 4D6HA 1H1NA 1BYDA 1HF6A 3ZT6A 1K9FA 3CO4A 3SEPA 4B15A 3MANA 1LF1A 1W3KA 5ABGA 3VNYA 1JG9A 1CGXA 5M17A 2J77A 4AYSA 1QNQA 5DO8A 4PMXA 2CKSA 1MW3A 2VNCA 4AC1X 4TX6A 2DSWA 2QMKA 2O9TA 2PB1A 4GI8A 4NRSA 4AZGA 2NT0A 1QNRA 3VKKA 4PSPA 5I79A 1DWFM 4C7FA 3VINA 3KL3A 2ZUWA 2X1IA 2WKGA 3KZSA 3B8SA 4TVDA 5C71A 1UH4A 4GINA 3WFZA 4W7UA 4RE2A 2BXYA 3VIFA 3K46A 1HIZA 2GJPA 5A6BD 4Z2KA 2PWHA 4JZ5A 2VTFA 2JF7A 4IISA 3W81A 1K6AA 1ZBWA 2YA1A 1W9XA 3WBAA 1YHTA 1OINA 4JFVA 1UZ1A 2VVNA 4W5ZA 1GONA 1JFXA 1B90A 1AMYA 2XFRA 3IANA 1Q4NX 1VENA 4AMCA 1V6WA 5A95A 4MADA 3PBGA 5BRPA 3T2QA 3ZJKA 4BS0A 3VOCA 2AAAA 3BC9A 1QNSA 4HOZA 2XTKA 4Z2HA 1HXJA 4JCLA 1V3LA 1MVYA 1UQZA 2VOTA 3NSXA 3NSNA 3SCPA 4BZYA 2WK2A 3O6AA 3WQVA 3DHPA 1V6VA 4D1IA 1UWSA 5IDIA 2ZUMA 2E3ZA 4H8HA 2XSAA 1X6LA 4H2CA 1JNDA 2DEPA 4WKAA 2NSXA 1C7SA 1R8LA 4DWSC 5FL1A 4OJYA 1CENA 2GVYA 3WIJA 2OWXA 3WD3A 4UFLA 3WENA 1E5NA 4QP0A 4UNIA 1JZ8A 2WZHA 4JL2A 4AZIA 1GOKA 1HP5A 4HZ7A 3T0AA 3CUIA 3EDKA 4W7VA 4HA1A 5I0DA 4P7RA 3AQUA 2JALA 1UKQA 3MMUA 2WZIA 4M1RA 1IZKA 1W2VA 2DT0A 3WSUA 3GH4A 2FHBA 4F8XA 3W6MA 4D6IA 2XPKA 9CGTA 1V0LA 1ESWA 5I24A 4Z2GA 2J74A 3N1AA 1NP0A 3NIYA 2V3EA 5I23A 1W3LA 4LYRA 1GJWA 5A3HA 1KWKA 2V38A 4J3TA 4X9YA 4BA0A 3VIIA 1HJVA 4M80A 4A3YA 1GCYA 3L4VA 3LPPA 3K8MA 3PZNA 3TTYA 1OT2A 2F2HA 4MAVA 1BQCA 2W92A 2XFFA 1ZBVA 1KWGA 1UKTA 4NSBA 3ZJ6A 2IUZA 2WNWA 2C7FA 4JFUA 2QMJA 2AOSA 3AS3A 4AD5A 4WLCA 1TG7A 1OD0A 4V2XA 4CD8A 4CD6A 4NI3A 2D23A 5A1AA 2EPKX 1Q6FA 2J7BA 1U2YA 4MJ2A 4PUDA 1UD2A 2BY2A 1JAEA 3QHMA 1UKSA 4PMQA 3GM8A 2ESCA 2VQTA 5ABHA 4OKDA 3CHEA 1W9VA 1NWUA 2DT3A 2WCSA 4PMNA 1XCXA 3AIBA 2D24A 5I77A 4OZOA 4HMCA 4AD1A 5ECUA 1H2JA 3CPUA 3VIMA 3AIQA 1EDTA 2CEQA 3IJ7A 4OBRA 3CHFA 1VEOA 3E1F1 4N0RA 1D2KA 3WMBA 2XUCA 1XH0A 2UWFA 1XV8A 3VX1A 2E9BA 4FLRA 3ZIZA 2W63A 3HJEA 3SCSA 3ZOAA 1HJQA 1VBRA 1EGZA 1VAHA 3B9AA 2UY2A 2VUYA 2GJXB 2GDVA 5C70A 4M24A 3VDAA 1SMAA 5HBFA 4A4AA 5CLTA 4MNLA 4JHZA 1I75A 3TOPA 4LYPA 2EJ1A 1CEOA 4IUGA 1MXDA 2V3GA 2WBKA 2ZX9A 3UEQA 4J3UA 4PUEA 1B3XA 4Z2IA 5JUVA 4C90A 1J01A 1ISYA 1KQZA 3OLGA 3ZJ8A 2E4TA 5KZ6A 2WMGA 3VUPA 3WFLA 2DPEA 3MSDA 2HISA 1FFRA 3T0BA 3VMNA 5FKYA 1MQPA 4ACZA 3OZPA 1CLXA 4XV0A 2X2YA 1H0GA 1AVAA 2JFEX 2UY5A 5CG0A 2BHYA 2WM0A 4MJ4A 1JL8A 2YL9A 3ARTA 2EEXA 1PX3A 2JIEA 1P6WA 1BYCA 2D3LA 2YA2A 2D0HA 1H49A 1BLIA 4JL1A 3D5HA 2XM1A 4AY1A 1JYNA 2CITA 2YOCA 4AD3A 2O92A 1GHRA 3A3HA 1JF5A 3ARQA 3AZRA 4PMVA 4TXEA 4ACZB 5GQBA 1K9EA 3WNNA 3VIHA 2IXUA 2CETA 4AXNA 4P8XA 1NWSA 4RL3A 3F4VA 3B9EA 4HPGA 1TCMA 3MUIA 1JDDA 3WBEA 1NOFA 1EHAA 4XZBA 4D6DA 1CGWA 1M03A 1R85A 3MMDA 4TX8A 2YL5A 3GYCA 1VJZA 1RP8A 5AYIA 1A3HA 2E0PA 2J78A 4LYQA 4N42A 1QVBA 1GOQA 4KMQA 2VCBA 1SR0A 1E9LA 2QPUA 3LMYA 4CVWA 2YDQA 4WKFA 2CESA 4ATLA 2WCAA 1MW2A 3K1DA 1R7AA 1R87A 4ZXLA 1F4HA 4F9JA 2O9RA 1WZLA 1M04A 3VD7A 5HOSA 2A3BA 3OGRA 4L4PA 1DWGM 3UR7A 2ZUNA 3SUWA 4B3LA 2J4GA 2J7HA 4OOZA 2A3CA 5EB8A 1J0HA 4MDOA 4WSJA 1J10A 2XVGA 3GBDA 1KGWA 4JKKA 3ARRA 3CGTA 2A3HA 2DT2A 4KGLA 4PMRA 2PWDA 4W93A 2ZXAA 1B3WA 2V5CA 1BG9A 3KE0A 4IPLA 2D3NA 1QNPA 2PWGA 5CPTA 2XJ7A 3N04A 3AMGA 1VJSA 3KL0A 5AYBA 4AIOA 1FH7A 1RH9A 4GZIA 1JFHA 1GVIA 1UR9A 4UQEA 3OA5A 4FF5A 2C0HA 1L8NA 3S6TA 4B16A 3WELA 1QI5A 2WVTA 3POHA 4XUYA 3UESA 1TUXA 3OGVA 2ZWYA 4RE3A 3WQWA 1VRXA 3VU2A 2W61A 3WD0A 4J3VA 3SCQA 4GO8A 1LL7A 4KRTA 1AQ0A 3EYPA 4UQ9A 3L4YA 2CYGA 4W8AA 5BYWA 2IXVA 5CSUA 1UA3A 1V6UA 3KEHA 3BSGA 5E6ZA 1E6XM 2E9LA 4H8VA 4C7GA 4AD4A 1BFNA 3WQ8A 3TA9A 5DT5A 1VB9A 4Y7EA 1EOKA 2WMJA 2DSVA 1O7AA 4DUVA 1E40A 1E6NA 3K4AA 2OYMA 2X0YA 3NJ3A 3M07A 1CPUA 4HTYA 1I1XA 4GI9A 1IZJA 3PZ9A 1W9DM 4QAWA 1OGSA 1WB0A 2ZXDA 3L2MA 2ZUTA 1D3CA 2VZVA 1NM9A 3L4UA 4NRRA 1CXKA 2C8NA 1V3KA 1UG6A 3SCRA 1VBUA 5F7UA 4FLSA 5LYRA 3BH4A 2VCCA 2J75A 3AS0A 3IJ9A 1PZ3A 1HVQA 2G3JA 3VGFA 1QI2A 2CBVA 3SCTA 1BF2A 1NOWA 1BYAA 1HVXA 1XGZA 1KXVA 2VR5A 2WYSA 5CZKA 1UYQA 3ARPA 2BHZA 3ARUA 1V03A 3B9DA 3WNPA 5A6BA 4TUFA 1G01A 4XX6A 3MO4A 4MNKA 1J0ZA 3PZVA 4V28A 3ZR5A 1H5VA 1BYBA 2QLYA 4F9DA 1SYTA 4JKLA 3WUEA 1KGXA 1ZJAA 3WF4A 3ALGA 2BXZA 1E0VA 5D9OA 3DYMA 5A6MA 2XHYA 3AZSA 4BQ4A 5LA0A 6TAAA 3VIOA 5FOOA 1XCWA 2O9PA 1CGYA 4AZCA 3DECA 2Y4SA 5IHRA 1JZ3A 4JFSA 1E4LA 2OWCA 4JFWA 1BGGA 3EDFA 2VZOA 4QLJA 3HN3A 4X0VA 1WO2A 1K9DA 1J9YA 3GXMA 1I1WA 3NCOA 3WF1A 3VIPA 4JCMA 1V0KA 1B3YA 1EH9A 3FN9A 3M7SA 1QHZA 5AC4A 1QW8A 2BY0A 3RJXA 4Z2LA 1KCLA 1E55A 1WDQA 3MUAA 4AZCB 4MPKA 3I3DA 1QPKA 4J3WA 4L4OA 3TTQA 2VZTA 4U5KA 3ZT5A 5E70A 1H3GA 4P7OA 2DSKA 4H04A 4E2OA 4CVUA 3VIJA 2VL4A 1PBGA 1V3JA 1NH6A 4B3KA 3WEMA 1B1YA 2W66A 1B30A 1LL6A 2WZEA 1US3A 2W62A 3AXIA 4LGXA 4LPCA 3PZMA 4P7QA 1E0WA 3BMWA 2OSXA 2YDRA 3AIRA 3TONA 1J0IA 2J7EA 2YLAA 2Q8XA 1OT1A 1GHSA 1CNVA 1NWRA 3GDBA 2CHOA 3WQ5A 4UR9A 3LPGA 1CWYA 2XYLA 2VO5A 3CHCA 1HNYA 4TVUA 1XC6A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3PZI A;  5LGU B;  1IGW A;  1OCB A;  2C5K T;  4DBE A;  1KFE A;  4JIH A;  3I7Q A;  3AML A;  4QH5 A;  2QV5 A;  2X0H A;  3LCH A;  2YCL B;  2BVD A;  1URO A;  1Q6R A;  2XVN A;  4AHP A;  3EMC A;  4LS0 A;  1KTC A;  3NQF A;  4DV6 T;  2XWD A;  3G0S A;  4Q7B A;  3LHW A;  4GOU A;  4KWU A;  1A5A A;  4DXK A;  2WAU A;  4M6V A;  1TTJ A;  1PCW A;  4S3F A;  5D04 C;  1UJP A;  4GX9 A;  4P7L A;  3OHM B;  2BX7 A;  4WX2 A;  2QZR A;  4TMC A;  2CLE A;  3N9P A;  1BPL B;  3JU2 A;  3ARO A;  4AKH A;  1BGA A;  2Y48 B;  2NW7 A;  2QJJ A;  4JPG A;  2D22 A;  5CSY A;  2E1W A;  4PK6 A;  1QBA A;  2TMD A;  1UUM A;  5GNY A;  2LT3 A;  4EWJ A;  1KM0 A;  4OBT A;  1IZN B;  4TN7 B;  4ZVJ A;  3W2M A;  2GVJ A;  1X6N A;  3ZYM A;  3C8N A;  1TPD A;  2HE5 A;  1DXI A;  3USZ A;  3VVG A;  4R3U A;  1UD6 A;  5JR9 A;  1W91 A;  1DP0 A;  3LJC A;  5HA7 A;  5I5R A;  1DVJ A;  1R3T A;  3PUO A;  3TDF A;  1XSI A;  2CNC A;  5E0C A;  4HK5 A;  4NNC A;  4WDW A;  4PTW A;  4IDP A;  3TQ0 A;  3VD3 A;  2XQ7 A;  1Z0P A;  2HH7 A;  2FKP A;  3KIN B;  2WJE A;  1K7E A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3J7H A;  4UQD A;  1J0K A;  1NOU A;  3APG A;  2G3I A;  3W82 A;  2UY4 A;  1E43 A;  1EA9 C;  3PZG A;  1WZM A;  3CTT A;  3O2L A;  1KQY A;  1R7O A;  1JYX A;  1CXI A;  1Q6G A;  2FDM A;  1HJX A;  4CU6 A;  1QI0 A;  4OUE A;  4U33 A;  2GJR A;  3MV0 1;  2PBO A;  2GK1 A;  1J0J A;  3ARX A;  3WQ4 A;  4TVC A;  1BSI A;  2GJX A;  4E4P A;  4CN6 A;  1X1N A;  3SUS A;  3PHA A;  1VEM A;  4MNJ A;  1WCG A;  1QOX A;  4GI6 A;  3CZG A;  1R86 A;  3W27 A;  2WC4 A;  1GOI A;  3A47 A;  1QHP A;  3VPL A;  2D20 A;  7TAA A;  1CYG A;  3WH8 A;  3LPO A;  3ZJ7 A;  3BLP X;  1ECE A;  3AS1 A;  3W37 A;  5A6K A;  2GK1 B;  2WMI A;  3G6L A;  1V02 E;  3VD4 A;  1SFS A;  1FHD A;  1KR0 A;  1PIG A;  4CD7 A;  5ABF B;  5GNX A;  1QBB A;  1PX8 A;  4HOX A;  3MU7 A;  4NZC A;  4UOZ A;  1HKM A;  4DUW A;  5HPO A;  4PMZ A;  2WVU A;  2WMI B;  1EO7 A;  2MAN A;  5A2B A;  2X8R A;  3SCW A;  3FY1 A;  1UWI A;  3OGS A;  2VUR A;  4TTG A;  2FH8 A;  2ZX7 A;  3CZL A;  3WDP P;  5BXR A;  3WEZ A;  1WZA A;  2EPM X;  2WBG A;  5DMY A;  1ZB5 A;  3AHZ A;  1UH3 A;  1BG4 A; 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