4AIUA

A complex structure of btgh84
Total Genus 226

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
226
sequence length
585
structure length
576
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFNDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVERNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATT

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
publication title Metabolism of Vertebrate Amino Sugars with N-Glycolyl Groups: Intracellular Beta-O-Linked N-Glycolylglucosamine (Glcngc), Udp-Glcngc, and the Biochemical and Structural Rationale for the Substrate Tolerance of Beta-O-Linked Beta-N-Acetylglucosaminidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 226
structure length 576
sequence length 585
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2012-02-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 4aiuA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4aiuA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 4aiuA01
1V3LA 3WF1A 5I23A 4JIEA 2A3BA 4JFTA 3DHPA 4AIEA 1UWTA 1MW2A 1QOXA 3UR8A 4ATDA 2PF0A 3IAQA 2XFFA 2QMJA 2BFGA 3GNRA 1N82A 4PTXA 3WSUA 2G3NA 3BC9A 5CG0A 1XSIA 1QI0A 3WUBA 5JBFA 4AZGA 3AIBA 5CGMA 1AQ0A 1HT6A 4W8LA 2PWFA 5E0FA 2QPSA 2UY4A 2YBTA 3CIVA 1GOOA 1IZJA 3WBEA 5A6AA 3OBAA 3T2OA 4P8XA 1X6LA 4PN2A 3BAXA 1FP8A 3EDFA 3OIHA 1P6WA 3QHOA 2VO5A 4PUDA 1KXVA 4JKLA 3POHA 4BZYA 2EPMX 3SEPA 4UOQA 3M46A 3RJYA 2W4XA 3RM9A 1E0VA 1LL4A 1ISYA 1HKIA 1QBBA 2EPNA 3AIQA 2CBJA 1QHPA 1C90A 4MNLA 5A6MA 4JAWA 3CUJA 1GOWA 1DHKA 5ECUA 1OIFA 1UKTA 2O9PA 1JZ2A 3SCNA 3CMJA 3NSNA 4BQ2A 1W3LA 4J3TA 1GNXA 1OM0A 2E9LA 2VTFA 4AW7A 4XV0A 1V3JA 6TAAA 2J62A 3SUVA 1UR0A 4W8AA 1UR8A 4CU6A 5A6SA 4Z2KA 5E9AA 4IPLA 5A8NA 2X8RA 4KRUA 1PBGA 3ZJ8A 3K4DA 1RPKA 2Z1SA 4W89A 3QR3A 4HZ7A 2YJQA 3NDZA 3GXMA 1FH9A 4D6JA 1CXKA 1E72M 3B9DA 1KXHA 3E1F1 4GKLA 1MVYA 3N13A 3WUFA 1V6YA 1Q6GA 2ZUWA 1VFOA 4QCEA 3T0BA 2XVNA 5D4YA 4NRSA 3UR7A 2WB5A 2Q8XA 3TA9A 3GXFA 4A3HA 3WEZA 1HJUA 1PEZA 4N42A 2G3IA 4RE2A 4F66A 3WFZA 4OOZA 4N0RA 3N9KA 4W86A 2DH3A 3CTTA 2V5CA 3AICA 3TTSA 3AROA 1ECEA 1BVZA 2UY3A 2J79A 1CGXA 4HA1A 1QBAA 4XUYA 1RP9A 5DEZA 3EBVA 1ESWA 1SMAA 2FHFA 5A8MA 4F79A 5D9PA 4D1IA 3UG4A 1CLXA 1GJUA 1Q6DA 3CHCA 5EMYA 4MNMA 4CD8A 2WMJA 4R27A 5IFPA 1R7OA 3WDPP 1UD2A 1HNYA 3VD7A 3L4VA 2J4GA 2ZX7A 5EFFA 2A3EA 1JZ6A 1W2VA 2AAAA 2GJRA 1CZ1A 4GO9A 2XSBA 5D9MA 3VKKA 3HMCA 2NT1A 1W9BM 2DSUA 4DM1A 1O7AA 2F8QA 4AD2A 4M80A 4TTUA 2GK1A 3T0DA 1V0KA 4TUFA 4V27A 3VDBA 1DWJM 2CYGA 4D6HA 1SYTA 4MAZA 1HJWA 1B3VA 1J01A 1PX4A 3K4AA 3HN3A 4NZCA 1I1XA 3VGDA 1B3ZA 2CBVA 1UQZA 1IT0A 4PTMA 1UD4A 4LPCA 4GIAA 3NJ3A 4OBRA 1EH9A 1ZBKA 3VPLA 1VFMA 1JD9A 3U7VA 3IANA 4NRRA 1V0NA 4UZUA 2OLHA 2PB1A 1KCKA 1C8XA 2VQUA 3AIUA 4EE9A 3I3DA 3IJ7A 3SCRA 5ABEA 2W63A 4GI6A 3FY1A 4CD4A 2CNCA 1KGUA 2W5FA 4EAMA 1WZAA 1XSKA 2VR4A 2VOTA 1HJQA 2JFEX 1FHLA 1J0JA 1LF1A 2WCAA 1VJSA 3MO4A 1R87A 1NP2A 3W53A 2X0YA 4BQ4A 1BSIA 3AHYA 3ZOAA 4ZE5A 1NM9A 4ACZA 2OWXA 4UFMA 3VD3A 1GONA 1DWIM 3W28A 3VINA 1FH8A 2DPEA 5HBFA 1EIBA 1TA3B 2ZIDA 4UR9A 5CSYA 3VIJA 5A6KA 1PZ3A 5I0DA 1TUXA 1KWKA 5A95A 1BGAA 1BYAA 4WSJA 4AWEA 1JGIA 1UWRA 5BYWA 3U7BA 2E9MA 3ARUA 2WPGA 1BTCA 1LJYA 2DIEA 2D3LA 1KQZA 3M7SA 2D0FA 4KWUA 1H0IA 1LL7A 2VZVA 4GO8A 3VILA 2PWHA 3AZSA 3BAWA 3SCQA 2GJXB 2BXZA 1E6RA 3PBGA 2WHKA 3KE0A 1HP4A 1NWRA 1VEPA 3VGGA 3ZO9A 4U2ZA 2XM1A 1ZS2A 1OIMA 4UFIA 1CPUA 2WNWA 4WKAA 1NOUA 3F4VA 2E0PA 4J3VA 3WENA 1FHDA 1CGVA 4FLSA 2X0HA 4HTYA 1BAGA 2A3HA 3OGSA 1HVQA 3WNLA 4AD4A 6CGTA 3AS2A 2XFYA 1Z32X 3CZJA 1G5AA 1WZKA 2W92A 2WKLA 3BXWA 5GPRA 4B3LA 1ISVA 3WMCA 1W1PA 5D8WA 1LLOA 3HU7A 1IZKA 4U2YA 1FOBA 5A2BA 4W7WA 1JAKA 4E8DA 1J0HA 1V6UA 4PMNA 4PSRA 1B31A 3CPUA 3ZQ9A 4PRWA 5ABGA 2BY3A 5BCAA 2WVSA 4H7VA 2CXGA 4IUGA 1JZ3A 2C7FA 2E4TA 1ZJBA 4TOQA 2ZUNA 4MDOA 3NCOA 2WBKA 4Q22A 3CUIA 4H8VA 4AZ6A 4ZXOA 5DT7A 1CIUA 2DT3A 4HPHA 1L8NA 1YHTA 4AISA 3W4RA 1JYXA 4AZ7A 4M56A 2UWFA 1JYNA 1UKPA 5CSUA 4LYPA 3AMLA 2BVYA 2YDRA 2J75A 3F5JA 3VM7A 4C90A 2VZTA 1E73M 4CCCA 1UHVA 3L4ZA 1DWHM 5GQBA 1OGGA 1KBKA 3A6OA 3TTQA 4CU7A 2JEQA 3W24A 1B3WA 2V3GA 4RE4A 4DUXA 3I3EA 3SCVA 3W82A 3AJ7A 1WP6A 2WMIB 2XIIA 1EO7A 4J3XA 3WH7A 4WKHA 3BLPX 2XJ7A 5C70A 4C91A 1AMYA 3BAYA 1KWGA 1US3A 3N11A 3VDHA 1GOQA 4GINA 4JL1A 2O9RA 2BY0A 2FGZA 3FW6A 4MJ4A 5EBAA 4P7NA 3EDDA 1OSEA 3U5YA 1V02E 1JDAA 1QI3A 2QLYA 3BSGA 5A94A 1US2A 3BLKA 3KEHA 2B31A 3ZJ6A 2XSAA 1RP8A 1BQCA 3MV01 4AEFA 1M53A 3SUTA 3SUUA 3THDA 5F7UA 3MKKA 4F9DA 3AZRA 1VF8A 2BHZA 2XVKA 1BG9A 3AIEA 2WLZA 1H5VA 1X6NA 2DEPA 5LA0A 2XM2A 4Q7NA 2GJPA 3TTYA 4XB3A 4JCLA 5C8BB 4JFUA 4U31A 5CPTA 3PZNA 5A8QA 2WSPA 3VMOA 5KZ6A 1E1FA 4KGLA 2J8FA 3AS3A 3S2CA 5KEZA 2YL8A 3KL3A 2IXVA 3ZT7A 1J12A 3WIJA 4AZCA 2DSKA 2DIJA 3VMNA 2PI6A 5BXRA 3UESA 1QI4A 1UD6A 1K6AA 3MMDA 4AXNA 4CN1A 1UKQA 1GHRA 3AQUA 3KL5A 4K68A 3W26A 1VIWA 3WQVA 3AIRA 2X05A 1XGZA 3BAKA 1K9EA 2J7EA 1V08A 3OA5A 3K46A 2Y8VA 1ZU8A 4GI8A 4M82A 5A6LA 1E9LA 3ARRA 4CN4A 3AMGA 1CXLA 4TVCA 1W9VA 2V3DA 1QNPA 1TCMA 2VURA 3VM5A 2J74A 3ARQA 3VOCA 1JL8A 3N1AA 1WZLA 3K1DA 1V02A 4PSPA 3K8LA 5I24A 3W6MA 1DWGM 3I3BA 3MMUA 5BXTA 4MNKA 4YN5A 1TZ7A 4WK9A 1DEDA 1E5NA 3VIGA 2VX5A 2QV4A 4UCFA 4BQ5A 1I1WA 1UR2A 2OYMA 3WF0A 3WEOA 3M07A 4PEEA 5I77A 4AC1X 1AVAA 5LA1A 5CGTA 2MANA 4OZOA 3O9NA 1CTNA 3FHQA 1E70M 4CCEA 2XUCA 4D6DA 3L2LA 4TX8A 1TFVA 3EYPA 4P7QA 1VRXA 1UR1A 3BMVA 3B9AA 4HMEA 1SR0A 1GQJA 1JZ8A 3NIYA 4H8UA 3LPFA 3WMBA 5BRPA 3K8KA 3WH6A 1HVXA 2O9TA 4JL2A 1C92A 1CGWA 1E6XM 3VIKA 2XGBA 1VBRA 3WMSA 4TTGA 2GDUA 3AMKA 1F4AA 1R86A 4NSBA 4KH2A 3VU2A 4ZE4A 2VJXA 3WNOA 2NW0A 2WC7A 3POCA 3IK2A 1LWJA 1AQHA 3WUGA 1JZ7A 1W9PA 4Y7EA 2WC4A 4OIFA 4H04A 3CZEA 1H4PA 1FA2A 4JHZA 4D1JA 3LPOA 5ABFA 3PHAA 1E4LA 3VIHA 1NOFA 1OCQA 2VZUA 2XWEA 2J7FA 3ZSTA 4UQBA 4ATLA 3OZPA 2Z1KA 3TOPA 4B16A 3GDBA 2ZUTA 2WM0A 5E0CA 2ZICA 4RE3A 1G01A 2VL4A 3AISA 2ZX6A 5HPOA 3WNPA 3WQ6A 4UQDA 4W84A 2WSKA 1WO2A 3CUGA 1EXPA 3FHAA 4LYQA 5CZKA 3UG3A 1BF2A 2YLAA 2WHMA 4PMDA 1G1YA 5IFTA 3ARZA 1UR4A 3QHNA 1XD0A 3ARTA 4UQAA 4E4PA 5DFAA 1J0KA 2YA1A 3LPGA 2D0HA 1W1YA 4PMVA 1W9DM 2WC3A 3UEQA 1W91A 5JUVA 1EGZA 5HXMA 2QPUA 5AY7A 3VD5A 2OWWA 3WD3A 1V3MA 5GNZA 1EQPA 2RGMA 4A4AA 1VAHA 3ZJKA 1UD3A 1HN1A 1GOIA 1V6VA 2WZEA 3EDJA 1UOKA 2ZXDA 1ITCA 3WQ5A 1DTUA 1XC6A 3EMZA 3IAPA 5E70A 1YQ2A 4UTFA 3N12A 2G41A 2OSXA 1FP9A 2WVVA 2ZE0A 4HPGA 3IJ8A 4PUEA 1EQCA 1IV8A 1KR1A 1JXJA 1BVNP 4J27A 1C8QA 3OG2A 4WIWA 3T2PA 4MADA 1LQ0A 2D1ZA 1K9TA 1UH3A 4GI9A 2VVNA 3FAXA 2WLYA 4HU8A 1JI2A 1E40A 2J7CA 2G8ZA 1RD6A 1CEOA 2DSWA 4FF5A 1GQKA 5AYBA 1CGYA 4QLKA 1UWUA 4DWSC 3A4WA 3BGAA 1PX8A 1EOMA 2G3MA 4D6FA 2J8GA 4W87A 1HP5A 4YHEA 1V03A 5E6ZA 4KRTA 3RPMA 4J3UA 1MQPA 2OSWA 1ZL1A 4FLRA 5FKYA 3WUEA 4MB3A 3SCUA 4B9YA 2WMGA 4BF7A 2G4FA 1HJXA 1QI5A 1EDGA 2BY1A 3W25A 1JIBA 5BXSA 3CMGA 3RDKA 3SCTA 2ZOXA 4L4PA 1B1YA 1E6PA 1JAEA 3PTKA 1CXHA 4HU0A 3T2QA 3AXXA 1NWSA 4MB4A 2VI0A 4UQEA 4W93A 3G6MA 1JDDA 3CBWA 1OB0A 2E9BA 1TG7A 1D3CA 1R85A 3EMCA 4OKDA 2DT2A 4QDMA 5JBEA 2XIBA 4D6IA 2X1IA 3WELA 1BFNA 4AD5A 3DYOA 1HKMA 4UFLA 1QNQA 5I5RA 2ZWZA 3WDHA 3MV11 4QAWA 3SCOA 5A6JA 4PMOA 1QI2A 2VX4A 1WZMA 1E4IA 3GTNA 1X1NA 1XCWA 2ZX8A 1WB0A 4MNJA 4BQ3A 3D5HA 1CWYA 1E4MM 2XWDA 4HOWA 2EPLX 4UQ9A 2JIEA 4D6CA 1QW8A 1BYBA 3TTOA 3NSXA 2V3EA 3CUFA 3PZGA 3NSMA 2IUZA 2WCSA 1OT2A 4BS0A 2XVPA 5ABHA 5GNXA 2J7HA 2Y4SA 1GQLA 1ZBCA 3OGRA 3WNNA 2D22A 2ZUSA 4FMVA 1GPFA 5DF0A 1E5JA 2PBGA 1BYCA 3RMEA 1EA9C 3WL0A 1UKOA 5A8PA 1JZ5A 5BXPA 3PTMA 3CZKA 1MWOA 2XGIA 3VNYA 1MQRA 3MMWA 5LYRA 1KXQA 4MPKA 4Z2IA 1WE5A 2J77A 1ODZA 1LWHA 1XV8A 2HVMA 1CXFA 2EEXA 1E3XA 2DSVA 4AYSA 3II1A 3THCA 3VIIA 3AYRA 3VGBA 2VCBA 3SCSA 4XZWA 4H2CA 4DM2A 1E0XA 4AZHA 1HKJA 3S6TA 4P8VA 1CGTA 1MQQA 2Y5EA 3EDKA 1UG6A 1XHGA 2D3NA 1WAWA 2FH8A 1OD8A 2EPKX 5I79A 1B2YA 1CECA 3VIOA 4NI3A 4C7DA 4DUWA 5I2UA 3RO8A 1CGUA 2WWCA 5CLTA 1OWQA 3A4AA 2OYLA 3ARWA 4P8WA 5TD4A 3W6LA 2WMHA 1G0CA 5D9OA 3VIPA 3WFLA 3UETA 1SMDA 3ALFA 2VZSA 3F5LA 4GQRA 1MW0A 1UWQA 3PN8A 2EBNA 1EO5A 3ARYA 2G3JA 1KFWA 5IXEA 2CBIA 3VVGA 2DDXA 4WF7A 2DT1A 1M7XA 2W62A 1V3KA 5IHRA 1E6QM 5CJ5A 8A3HA 2XVLA 1UWIA 1A47A 1ZB5A 3DC0A 4Z2LA 2WHLA 1UWSA 5HPCA 1MW3A 1VJZA 3RCNA 2VCCA 1B30A 3WDRA 1E6ZA 2DH2A 1EDQA 3BCFA 1GJWA 3T09A 2ZUMA 2JF7A 1E6SM 1XCXA 2FGLA 1WCGA 2WBGA 1GW1A 1HJSA 3OZOA 1KXTA 4ACZB 2FHBA 1QNRA 3VDAA 1W9UA 1PAMA 4M8UA 1G94A 4GZIA 1UD5A 1W2PA 3W81A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1V3L A;  3WF1 A;  5I23 A;  4JIE A;  2A3B A;  4JFT A;  3DHP A;  4AIE A;  1UWT A;  1MW2 A;  1QOX A;  3UR8 A;  4ATD A;  2PF0 A;  3IAQ A;  2XFF A;  2QMJ A;  2BFG A;  3GNR A;  1N82 A;  4PTX A;  3WSU A;  2G3N A;  3BC9 A;  5CG0 A;  1XSI A;  1QI0 A;  3WUB A;  5JBF A;  4AZG A;  3AIB A;  5CGM A;  1AQ0 A;  1HT6 A;  4W8L A;  2PWF A;  5E0F A;  2QPS A;  2UY4 A;  2YBT A;  3CIV A;  1GOO A;  1IZJ A;  3WBE A;  5A6A A;  3OBA A;  3T2O A;  4P8X A;  1X6L A;  4PN2 A;  3BAX A;  1FP8 A;  3EDF A;  3OIH A;  1P6W A;  3QHO A;  2VO5 A;  4PUD A;  1KXV A;  4JKL A;  3POH A;  4BZY A;  2EPM X;  3SEP A;  4UOQ A;  3M46 A;  3RJY A;  2W4X A;  3RM9 A;  1E0V A;  1LL4 A;  1ISY A;  1HKI A;  1QBB A;  2EPN A;  3AIQ A;  2CBJ A;  1QHP A;  1C90 A;  4MNL A;  5A6M A;  4JAW A;  3CUJ A;  1GOW A;  1DHK A;  5ECU A;  1OIF A;  1UKT A;  2O9P A;  1JZ2 A;  3SCN A;  3CMJ A;  3NSN A;  4BQ2 A;  1W3L A;  4J3T A;  1GNX A;  1OM0 A;  2E9L A;  2VTF A;  4AW7 A;  4XV0 A;  1V3J A;  6TAA A;  2J62 A;  3SUV A;  1UR0 A;  4W8A A;  1UR8 A;  4CU6 A;  5A6S A;  4Z2K A; 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