4UR9A

Structure of ligand bound glycosylhydrolase
Total Genus 233
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
233
sequence length
713
structure length
685
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISIKNLPLQVKANRVLISPANEVVKGNSVEIELDAIYPGENIQINFLEISTDGKEWKTVDLKSRLSAGLQKAPVKFVRFTNYLRQFVLTIEKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Discovery of Selective Small-Molecule Activators of a Bacterial Glycoside Hydrolase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 233
structure length 685
sequence length 713
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2014-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 4ur9A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ur9A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 4ur9A01
4AZHA 1V3KA 3NSMA 3RPMA 2W67A 3W25A 2GVYA 3BAXA 2WM0A 3FY1A 1WKYA 3SUSA 1QBBA 4CU7A 1GOKA 3AXXA 3RM4A 5HPOA 4JFUA 1OGSA 1V3IA 2E3ZA 3BGAA 2W61A 5A8OA 1GVIA 2VZVA 1GNXA 2XFRA 4WKAA 2JEQA 1GZJA 1V3JA 3BSGA 1XYFA 2XTKA 3AZTA 4FLRA 4V27A 2JEPA 1JYNA 2J75A 2WBGA 2WSKA 1PPIA 4W93A 2JE8A 2FGZA 5A6BA 1H2JA 3AS3A 2DIJA 1JZ7A 1CYGA 1Q6CA 2VRQA 4QAWA 3UG5A 5EB8A 1J10A 3BAWA 5M03A 1R8LA 4BF7A 2ZUTA 3HMCA 2YBTA 3VTRA 1UZ4A 1B3XA 2V3GA 3GXDA 4H04A 4JZ5A 1W3KA 3UR7A 4AW7A 6A3HA 3U57A 1BSIA 4DUXA 4AY1A 3EBVA 4DM1A 3CUGA 3GXMA 3WDIA 4TOQA 3PTKA 3QHMA 5CPTA 2YL8A 3PZUA 3WUEA 1G01A 1XD0A 1DP0A 2XFFA 5E70A 3GXFA 4Z2JA 5ECUA 2D0FA 1UD5A 1VEPA 3POCA 1I75A 3PZNA 4IPLA 1TFVA 3UCQA 1B31A 3WSUA 3ZR5A 1BF2A 1UQZA 2OWCA 1JZ6A 2J7CA 5I23A 3IANA 3NUKA 1JF5A 1JZ5A 2YL5A 1E1FA 5FOOA 2IXUA 3CHFA 1CECA 2EJ1A 1W9UA 4KRTA 1XSJA 1BAGA 1OD8A 3SCNA 1KGWA 1V02A 3GYCA 2E9LA 3VIMA 1W3JA 2DQXA 2DSKA 2ZICA 3VNYA 2VOTA 4D6EA 2A3CA 3ZT7A 1DWJM 1JI1A 2A3BA 5BWFA 2OSWA 4JFSA 5CPQA 4ZXOA 3N11A 1PIGA 1XSKA 4PMXA 1J12A 3AMLA 3VINA 3WF2A 2WVSA 4WIWA 4TTUA 2ZUSA 1OT2A 1W3HA 2ZX9A 1K9EA 4PUDA 3RILA 1X1NA 3TTYA 2BVYA 3AROA 5A6KA 4AZIA 4GQQA 2JALA 1NOFA 2DT1A 1BFNA 5JBDA 3WDPP 4PMVA 3WDRA 3T09A 2BY0A 2BFGA 3WBAA 3VDBA 1Z32X 1W9DM 3AIUA 2QMJA 3ZJ8A 2CBIA 5A8QA 2RGLA 3S2CA 4XX6A 4WLCA 1WE5A 3VPLA 2VUYA 2WNWA 3ARZA 5BXPA 4OOZA 1MW0A 2ZOXA 1DWGM 1JDCA 1LL6A 2CHOA 3PTMA 3IJ7A 3VIKA 2XM1A 1PX3A 4XZBA 4U31A 3NJ3A 4AISA 5C70A 1MYRA 1H41A 4PSRA 1DHKA 1YQ2A 2W92A 3CLWA 1E0WA 4GZIA 2BY1A 2V5CA 1NP2A 1KCKA 4S3KA 2XWEA 1ODUA 2ZWYA 1KGUA 2C0HA 2DSZA 5JUVA 1E4IA 4JAWA 4XUYA 4MADA 2ZXDA 4HU0A 2DT0A 1OB0A 1RP8A 2VTFA 1UUQA 2Q8XA 1GCYA 1CXLA 4GIAA 1PX8A 4WJXA 3AMCA 3WDHA 2A3AA 1JXJA 3LPPA 2ZE0A 1EA9C 9CGTA 4W8LA 3SCUA 3GH4A 1GHRA 3MV01 1W1TA 2CYGA 2ESCA 4M82A 4W87A 2O92A 1O6IA 4U3AA 2QMKA 3OIHA 1BLIA 1J0KA 1V03A 1IZJA 4D6GA 3FHQA 4S3JA 2EEXA 4DUWA 1KXVA 3QHNA 1N82A 2E9BA 4Z2IA 2VVSA 2J74A 3ARRA 4WK9A 3WIJA 2OSXA 1E15A 4F66A 2WZIA 3VX0A 1SYTA 3VGGA 3ARVA 4JIEA 4UFIA 2BV9A 3QGVA 3DYOA 1UWIA 4JFVA 1BPLB 1XSIA 1OINA 2VQTA 4GPNA 4C7GA 4UQBA 3LPFA 4IUGA 1AQMA 2A3EA 3ZO9A 2UY4A 2PWHA 1BG9A 1TA3B 1FA2A 1ISZA 3MANA 4U5KA 4DWSA 1WAWA 4D6JA 3BCFA 2BY2A 1KB3A 5HPCA 1US3A 4D1IA 1B9ZA 4ATDA 1V0KA 3GNOA 3MMWA 3HU7A 5E6YA 4AEEA 3F5LA 2FH8A 4LXFA 1UH4A 3DHUA 4HA4A 1M03A 1GQKA 3L4UA 4C7FA 1E73M 4NI3A 3BH4A 3WMSA 3AYSA 3CUHA 4JKMA 1RPKA 3TTQA 5CJ5A 3CTTA 4AIUA 5CXPA 1CDGA 1ZB5A 5I6SA 4P7LA 4KRUA 5HNNA 2NT0A 3VD9A 3AS1A 1F4AA 2VX7A 2Z1SA 2ZX7A 4YHEA 1WZMA 3WUFA 4RL3A 1J11A 4W8AA 3ZSTA 3W27A 3FNDA 4HTYA 5AY7A 5GPRA 4L4OA 4ML4A 3VIGA 4HP5A 1B0IA 4JKKA 3VGHA 1V6XA 3EMQA 4H41A 1KQZA 3WEZA 1W1YA 3WKZA 2C8NA 4P7OA 4HPHA 4B3KA 5A69A 2VO5A 4UZSA 3VDHA 3N13A 3GZAA 4JFTA 3J7HA 1EXPA 1H3GA 3HJEA 3ZIZA 5E0FA 3WF0A 4TVCA 4D72A 1GJUA 2WMJA 1RD6A 4HU8A 2E8YA 4MNKA 3O2LA 1Q6EA 2OYMA 2CBJA 5ABEA 4HA1A 1E72M 4OIFA 1WO2A 1V6VA 3NSNA 1FOBA 2DGAA 3N15A 1UOKA 2O9OA 2EPLX 2PWEA 4ZE5A 1HVXA 2WWCA 3OZOA 3SCOA 3AHTA 1D2KA 3SCPA 4FLQA 5DO8A 1NWTA 4GI6A 5BXSA 3IJ9A 2YOCA 3MMDA 4MB5A 1V08A 3OLEA 3VD7A 2QF8A 1B3VA 4PBGA 3CPUA 5IDIA 3RM8A 1BTCA 2NW0A 2DDXA 2G8ZA 3A47A 4HMDA 1FH9A 5AYIA 5D9PA 1UWQA 2YA1A 4DUVA 1LJYA 1FFQA 4U5IA 5A94A 2BVTA 2MANA 1CGUA 3CMGA 1IV8A 2AAAA 2O9PA 3AOFA 1SFSA 4GI9A 1M04A 1RP9A 4AEFA 4CD7A 3K4AA 5FL0A 4AZ5A 5I24A 3WMCA 5GNYA 2D1ZA 3GH5A 5ABGA 1BQCA 3SCTA 4ZXLA 1HN1A 4PMUA 1HL9A 5HDRA 1QHPA 2JF6A 3SCVA 2XFYA 5LA2A 2BXYA 2CKRA 2DT2A 1B1YA 2VURA 2JIEA 2XHYA 3RCNA 3RIKA 5E6ZA 2OYKA 3DECA 1EQPA 3W53A 4E4PA 3PZTA 3FW6A 3AMGA 3VGEA 1JDAA 3D5HA 3II1A 4UOZA 5EFFA 4AYSA 2ZX6A 2VX6A 4H8UA 3SCRA 2W66A 1H11A 1E6SM 1PEZA 1UKSA 6TAAA 4C90A 1EO7A 4D1JA 1G9HA 1WDRA 1HJWA 3SCWA 1E0VA 1DEDA 1K9FA 2WANA 4J7RA 2YIHA 5CLWA 4TX8A 1DWAM 3VIJA 2Y2WA 4CU6A 4PMDA 4X9YA 2OWXA 4AZ7A 4W84A 3W28A 1CGVA 2EPNA 3ARWA 2WMKA 3OLGA 5DMYA 2WPGA 5CZKA 2EO7A 4NRRA 5FD0A 2J62A 4BA0A 2HISA 4TVUA 2O9RA 1HKMA 2WCGA 4OZOA 2YL6A 2YDRA 4JL1A 1E9LA 1VB9A 4HZ7A 4W7VA 3UESA 4MB1A 1UR0A 2VR4A 2F2HA 3SUWA 4AZGA 3WNKA 4W89A 3SUVA 1TVNA 3M6DA 2DIEA 3T08A 5JIWA 5DEZA 2YL9A 4UR9A 4YHGA 1H49A 2GJPA 1OCQA 3PZVA 1JD9A 1NWSA 3OBAA 1KXHA 4PCSA 1MW3A 2Z1KA 5LYRA 1D7FA 3POHA 4MDPA 2PBGA 3ARYA 5IHRA 5I0DA 1IZKA 2G3MA 1UKOA 4E8CA 4ZENA 2VCBA 2VX4A 2OLHA 1UR2A 3B9AA 4GXPA 1UD4A 1CTNA 2WC3A 1GONA 1XD1A 1XGZA 3MSGA 3W0KA 1JXKA 1QI2A 4HOZA 3FHAA 1OSEA 2UY3A 1GPFA 3VIPA 4J3WA 4MNMA 1EHNA 2GDVA 5A95A 3DYMA 2W91A 2JFEX 2YBUA 3AI0A 3CZ8A 3GBDA 2CHNA 2IUZA 5CSUA 2VC9A 4MPKA 2EPMX 2BXZA 5I3DA 3G6MA 2VT0A 5E0CA 2ZX8A 4MB4A 4GO9A 1S46A 3K8KA 1UD6A 1UYQA 1W9VA 3VNZA 4W8BA 4X0NA 3WDJA 1D3CA 1H0IA 1UA3A 3FAXA 2WZHA 4JHZA 3GDBA 4OJYA 2VZUA 2ZIDA 1H0GA 3UERA 3NCOA 1YHTA 4HMEA 3ECQA 1BYBA 1JDDA 4Q7NA 3CBWA 1EQCA 4OKDA 1JAKA 1JFHA 3S6TA 5A6JA 2J8GA 1EHAA 1C90A 2D22A 4MTVA 4TX6A 1I1WA 3AS0A 1V3LA 2CNCA 2WLYA 4P7NA 3AIWA 1TA3A 4CVWA 1TE1A 1QI5A 2NT1A 3APGA 3ARQA 4QCFA 3A6OA 4TTGA 1HJQA 1Q6FA 3WD1A 2J25A 5I5RA 2PBOA 2DH2A 3O9NA 3W24A 3T0BA 2ZUVA 1VJSA 1Q6DA 4AZBA 3WNMA 2PWGA 1UD8A 5I78A 5GNXA 5D8ZA 1M53A 4QFUA 3AHYA 3U7BA 2GK1B 4M81A 4W5UA 1GUVA 4GINA 3ZT5A 1EOKA 1TCMA 3AJ7A 1QPKA 2QHAA 3WFZA 2ZUUA 4D6FA 2WB5A 1QOXA 3AHZA 2EPOA 1UKTA 1HT6A 3VGFA 1TMQA 1HP4A 1CWYA 2BHYA 2J7EA 2WWDA 1QNOA 4JKLA 5A2BA 2J4GA 5IFPA 4C91A 1B3ZA 5ABFB 1WP6A 1MW1A 1VFMA 3AZSA 1GORA 1QNQA 2WHKA 4HPGA 3SURA 4HZ8A 1CZ1A 1GQJA 2TAAA 2XUCA 3AS2A 1MVYA 2VCCA 3VGDA 1MFUA 4PRWA 4B9YA 3MUZ1 5A6BD 1GJWA 1H1NA 4M29A 3SCSA 4FMVA 2D3NA 1UR4A 5D9OA 1NP0A 5CSYA 4V2XA 5I79A 3F4VA 1FP8A 1HNYA 3CZEA 1OD0A 2VNCA 1LWHA 4D6CA 4V28A 4NF7A 4YPJA 1RH9A 1WCGA 1E4NA 2J8FA 3BLPX 2PC8A 2ZXQA 1W91A 2D20A 3CZJA 2J79A 1AMYA 1VFOA 1HJXA 4Z2GA 3FXYA 3U7VA 2QLYA 2VCAA 1QNRA 4JCLA 4DM2A 1CNVA 1G1YA 1WNOA 4CN1A 4Z2KA 2CXGA 1MQQA 1UR8A 1B30A 2BHZA 1E6NA 3PZ9A 1E43A 3WQ4A 5A1AA 5HBFA 5A8MA 2JIWA 1EDQA 2EQDA 4BQ5A 1BYDA 4CCEA 1UD3A 3CHEA 3I3BA 4UQCA 1E4LA 4ZFMA 2ZXBA 2XGIA 5M17A 2PWDA 2CBUA 5DT5A 3VM5A 1CPUA 5BRQA 3PZQA 1XH1A 3WELA 1W2VA 3VILA 3M46A 1R87A 3A4WA 4J3SA 3GXIA 3WENA 5CG0A 3WUGA 3CMJA 1L0PA 1EIBA 2VJXA 1KBBA 2X0YA 1H5VA 2BS9A 2PF0A 3U5YA 3ARSA 2GUYA 1OT1A 2Y8KA 3N04A 3EYPA 3CH9A 3W29A 1FHLA 3KE0A 5IHSA 2CESA 1QI3A 4M24A 4XB3A 2G3JA 1MXGA 1P6WA 2OWWA 1ISVA 1HX0A 1UWRA 3HN3A 1JGIA 3WH8A 1LG1A 1VENA 5CQ1A 4EKJA 3IAPA 2WVVB 3K46A 1J0ZA 7A3HA 2YDSA 1NH6A 3WF3A 4YN5A 3WD2A 5CLTA 1JIBA 1C3FA 2W5FA 1V3MA 2QV4A 2VRJA 2XYLA 3ALFA 1JYWA 4LYRA 1GOWA 4CN4A 4PSPA 5A6MA 4BCEA 1ISXA 1EGZA 2FH6A 2CERA 3ALGA 3B9EA 1LL7A 1ZJAA 1TR1A 2WHJA 3PTQA 5A8NA 1H4PA 3N1AA 3VIFA 3TONA 4D6IA 5F7UA 4PYSA 2EXOA 3BAIA 1W1PA 2GJXB 1UZ1A 2YDQA 1W9XA 3WY1A 1UQYA 2GDUA 1JNEA 4WF7A 3EDFA 1V6UA 1V0NA 2WK2A 4PTMA 5CGTA 2XM2A 1CXKA 1R85A 3OG2A 1B90A 4FLOA 1ODZA 2CIPA 4UFKA 3N9KA 3ARPA 4KMQA 3IJ8A 2J7FA 2W4XA 1HKKA 3VDCA 4W7UA 1HJSA 2ZUWA 3BMVA 4CD4A 4PCTA 2CITA 4TVDA 1US2A 1DTUA 1WDQA 4KGLA 4AD0A 3WH9A 1BG4A 2WBKA 1UR9A 3L2LA 4R27A 3L4XA 2XVPA 2AOSA 3F5JA 2C7FA 4MNLA 1E40A 5A6LA 2E4TA 4N42A 3F5KA 4E8DA 3AIVA 2DSUA 2Y4SA 1OGBA 5AC4A 1LL4A 3NDYA 1C8YA 3MS8A 1HIZA 3TA9A 4E2OA 2X05A 1HKIA 3CHDA 4W88A 1G94A 2G3IA 1J9YA 1KWGA 1XC6A 2V5DA 4EE9A 1TG7A 2RGMA 3BAJA 1IT0A 5BXRA 3WBEA 1VAHA 1B3WA 2J7GA 1JYXA 2PI6A 3ZMRA 3LPOA 4J28A 1CEOA 4AD5A 2D3LA 4CUCA 1EO5A 3PZOA 3MV11 1PIFA 4AIOA 1XCWA 4KGJA 2BHUA 4BZYA 4F79A 3SIMA 2W62A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4AZH A;  1V3K A;  3NSM A;  3RPM A;  2W67 A;  3W25 A;  2GVY A;  3BAX A;  2WM0 A;  3FY1 A;  1WKY A;  3SUS A;  1QBB A;  4CU7 A;  1GOK A;  3AXX A;  3RM4 A;  5HPO A;  4JFU A;  1OGS A;  1V3I A;  2E3Z A;  3BGA A;  2W61 A;  5A8O A;  1GVI A;  2VZV A;  1GNX A;  2XFR A;  4WKA A;  2JEQ A;  1GZJ A;  1V3J A;  3BSG A;  1XYF A;  2XTK A;  3AZT A;  4FLR A;  4V27 A;  2JEP A;  1JYN A;  2J75 A;  2WBG A;  2WSK A;  1PPI A;  4W93 A;  2JE8 A;  2FGZ A;  5A6B A;  1H2J A;  3AS3 A;  2DIJ A;  1JZ7 A;  1CYG A;  1Q6C A;  2VRQ A;  4QAW A;  3UG5 A;  5EB8 A;  1J10 A;  3BAW A;  5M03 A;  1R8L A;  4BF7 A;  2ZUT A;  3HMC A;  2YBT A;  3VTR A;  1UZ4 A;  1B3X A;  2V3G A;  3GXD A;  4H04 A;  4JZ5 A;  1W3K A;  3UR7 A;  4AW7 A;  6A3H A;  3U57 A;  1BSI A;  4DUX A;  4AY1 A;  3EBV A;  4DM1 A;  3CUG A;  3GXM A;  3WDI A;  4TOQ A;  3PTK A;  3QHM A;  5CPT A;  2YL8 A;  3PZU A;  3WUE A;  1G01 A;  1XD0 A;  1DP0 A;  2XFF A;  5E70 A;  3GXF A;  4Z2J A;  5ECU A;  2D0F A;  1UD5 A;  1VEP A;  3POC A;  1I75 A;  3PZN A;  4IPL A;  1TFV A;  3UCQ A;  1B31 A; 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