4AIS | Genus

Total Genus 243

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	243
sequence length	712
structure length	637
Chain Sequence	SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMPLQVKANRVLISPVEIELDAIYPGENIQINAGLQKAPVKFVRQFVLTIEK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Metabolism of Vertebrate Amino Sugars with N-Glycolyl Groups: Intracellular Beta-O-Linked N-Glycolylglucosamine (Glcngc), Udp-Glcngc, and the Biochemical and Structural Rationale for the Substrate Tolerance of Beta-O-Linked Beta-N-Acetylglucosaminidase. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron vpi-5482
molecule keywords	O-GLCNACASE BT_4395
total genus	243
structure length	637
sequence length	712
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2012-02-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase
A	PF18344	CBM32	Carbohydrate binding module family 32

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.460	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	Hyaluronidase post-catalytic domain-like	4aisA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4aisA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	4aisA01

3CIVA 3AIRA 2BV9A 2YA1A 1QNOA 2WSKA 5BROA 1FH7A 4BS0A 3RO8A 1W3KA 2XGBA 2ZXAA 4UOJA 4HPGA 3GXMA 1BYDA 1PBGA 2O9OA 3CLWA 4PTXA 4AMCA 1HJUA 4MDPA 4CVUA 1DWIM 1UOKA 1G9HA 5A8MA 3VMPA 3IK2A 3O6AA 4FLQA 3WEOA 4LYQA 2FH8A 5I6SA 3WD1A 2TAAA 3WUEA 4W93A 2G3MA 3LPOA 5KEZA 4MNLA 4QLJA 3AQUA 2PWHA 1K9DA 2XVLA 2WCSA 5M3WA 4M1RA 3VMNA 1H0IA 3K1DA 4GZIA 5GNZA 4X9YA 5M03A 2GJPA 3OGSA 2EPKX 1JNEA 1W9XA 2YBTA 1WNOA 1JI2A 4AYSA 5FKYA 1VEOA 3THCA 5FD0A 1O6IA 1ISYA 3IAPA 3PZ9A 2WLZA 1D7FA 1LWJA 2V3GA 2WZIA 2GFTA 3RDKA 2ZX6A 1GZJA 3ECQA 5AC4A 2VRKA 2RGLA 2J7CA 1R7OA 2Z1KA 2YJQA 4RL3A 1G0CA 3L4XA 4HOXA 3OLGA 4C90A 3NSNA 3WUFA 1HL8A 4A3YA 1UWSA 5A95A 1UD4A 4FLRA 2Z1SA 2VX4A 3WSUA 5CSUA 1K9FA 1V6WA 2DIJA 1V6UA 2A3AA 3PTKA 3GTNA 2VQTA 3VIJA 5JIPA 1E71M 4CCEA 2J79A 3GXFA 5AYIA 2W91A 1MW3A 4JIEA 5LYRA 2GK1B 5CGTA 4QCFA 3NUKA 1JYVA 4P8UA 2XTKA 3N15A 3WD4A 3N04A 3VM7A 5CGMA 1CENA 2WC3A 4UTFA 3EBVA 4HA1A 1QNSA 4D1JA 4QCEA 4JKMA 2D22A 4PN2A 2WM0A 3AS3A 5HOSA 1GOMA 2WWCA 2Y24A 3WH5A 1LG1A 3O2LA 2D3NA 1P6WA 1UA7A 5AC5A 4AD2A 1H09A 3G6LA 1JZ4A 1FFQA 4TVDA 2YL5A 5E0CA 4W85A 1W9VA 1TA3A 4CU6A 3BAXA 1RP9A 3VD9A 2CXGA 4Q22A 3PZIA 1UKOA 1NOUA 1CGTA 5E6ZA 1UWQA 4OUEA 5A2BA 3OBAA 2Q8XA 4F79A 1WAWA 2BHUA 1H11A 1ODZA 1J9YA 2F61A 5HBFA 1UHVA 1OWQA 3FNDA 1BLIA 3CZEA 3CUHA 3WFLA 1KGUA 2OSYA 2VNCA 2G41A 3CTTA 3W6LA 4J3WA 1GPFA 1H2JA 2GDUA 1E55A 1W1VA 2J7HA 2VZOA 1WZAA 3BAKA 3VGEA 3WF2A 1B3YA 2VO5A 3MUY1 3QHNA 5M5DA 3ZOAA 1KWGA 3VNZA 1WDRA 1FA2A 1IZJA 2AOSA 1UUQA 2CCRA 3S6TA 3SURA 3WFZA 2WCGA 3NJ3A 3K4DA 3AYRA 2D3LA 1MW2A 2FGLA 3AMKA 2V5DA 1V08A 2V38A 1QW8A 2VCAA 1B3XA 4TUFA 4GINA 1E70M 4UFMA 1HVQA 3D3AA 3CZJA 3GBDA 5IFTA 4MB4A 2V3DA 3VD7A 4J27A 4JFUA 3WF3A 5A69A 4UQBA 4Z2JA 4CKQA 4AEFA 2DIEA 2X1IA 1E0VA 1E4LA 2DSUA 4UOZA 2CIPA 1KXQA 1UYQA 1HIZA 1GW1A 3PZTA 2X0YA 3AHYA 4LYRA 2QPUA 3G6MA 5A8NA 3GM8A 2BHZA 2XM1A 1ZJAA 1VFOA 2PWDA 3CUFA 1QI5A 3T2QA 3W28A 2A3EA 4GIAA 1E0WA 3A6OA 3POHA 4PTVA 4AD4A 3WQWA 3S2CA 4BZYA 5DEZA 3PZGA 2WW5A 3MKKA 3AFBA 1UWUA 3U5UA 4JZ5A 1DWGM 1C92A 1TCMA 4AD3A 2VRJA 4MB3A 1KGXA 1K9TA 2CBIA 4CD5A 4HU0A 2WVVA 1IT0A 1V6VA 4GI6A 1V6YA 1BFNA 4BQ5A 1FP9A 1DEDA 1OBAA 1OGGA 1FHDA 4WIWA 5DT7A 1JD7A 3AS1A 2YBUA 7TAAA 3AOFA 1KBKA 1B0IA 3SCUA 1E6RA 3KEHA 5CPSA 2BXYA 5I0DA 2XSBA 2ZOXA 2OWCA 4OJYA 1OINA 3MMUA 3TTYA 3CHDA 2E9BA 1PX3A 1OGBA 1R7AA 2JEPA 5FIPA 4QDMA 3ZSSA 2FGZA 3WKZA 3WH8A 1E6XM 1IZKA 1EOMA 1RH9A 3WDRA 3CUGA 3CHCA 1MYRA 2C8NA 2ESCA 1UKSA 1D2KA 3VIIA 2O92A 3AJ7A 2EPOA 4DUWA 9CGTA 1KCKA 1QI3A 1V0MA 4EE9A 1M01A 2E4TA 3TONA 3ZR5A 3VX0A 2Y4SA 3CMGA 1M04A 1W1TA 3ZSTA 1PAMA 5FL1A 1JZ2A 3APGA 4XZBA 3SUTA 2WMKA 3OLIA 3WH6A 6TAAA 4PSPA 3N17A 1FOBA 3WQ5A 1EIBA 2QLYA 1X6LA 4W8LA 3LPFA 2QPSA 3EDKA 1C90A 5D4YA 1ECEA 4UR9A 3VIMA 2CEQA 2DH2A 3F4VA 5ABFA 3CH9A 1UQYA 1CGVA 1QNQA 4PMDA 5HPCA 1B31A 3L4TA 4H8UA 2ZE0A 3VILA 3FW6A 5A2AA 3DYMA 4ACZA 2UY2A 5D8ZA 4ZENA 3WDJA 3SCOA 1W9PA 4KGJA 1CXLA 3WH9A 3WN6A 2W61A 1J10A 1B9ZA 2ZWZA 5AYBA 3SUUA 4J7RA 3FHAA 1E73M 2J62A 2X8RA 1M53A 4UCFA 3AHZA 4JFSA 1W1PA 4H04A 4QP0A 4CN1A 3UG3A 1CWYA 1U30A 2CKRA 3BH4A 4HP5A 1EHAA 2J7GA 1G5AA 3F5LA 5EMYA 4B16A 1NQ6A 3WF0A 1OIMA 1JFXA 4JL2A 1HJSA 3B9AA 2Y5EA 3K8LA 4J3UA 2CITA 4Q7NA 4FMVA 2WC7A 4ATLA 2JIEA 1UD6A 3NDZA 3KWXA 1DWAM 4U31A 4XX6A 3GXDA 1E3XA 1E6PA 3PZVA 1NP0A 1SFSA 1MVYA 2CNCA 2DT0A 2NSXA 5I5RA 4HMDA 1V02A 1W32A 3VGFA 4GXPA 2BY1A 4IISA 1YQ2A 3CZ8A 3F5KA 4J3TA 1FHLA 5JUVA 3W53A 3VD4A 2W92A 3VU2A 1U33A 6A3HA 2WBGA 3EDFA 1EH9A 4TX6A 1NP2A 3AISA 3L2MA 2QMKA 4PSRA 2F2HA 1JDDA 1B2YA 1JAKA 3M6DA 1BHGA 4J28A 4W86A 1SMAA 3II1A 1C8QA 3AMLA 3VDHA 3UR7A 2E8YA 5BRPA 4JHOA 3AXHA 1MW0A 4ZEPA 2DEPA 2WKGA 1GJWA 5A8OA 3UEQA 4AZHA 3N1AA 4LX4A 1TUXA 8A3HA 1J11A 3W81A 2YDQA 4PMNA 2FHFA 3M46A 4M24A 4OKDA 5DFAA 4ZXLA 4W89A 5BXTA 3RPMA 1FFRA 3AICA 4IPNB 4MAZA 1ITCA 3T0BA 1ISWA 3SCTA 4P8XA 2PF0A 1G1YA 2WKLA 2W63A 3AIEA 4ZE4A 1OCQA 3RM8A 1DWJM 2OYLA 4U3CA 2WBKA 3BGAA 1VFFA 3WDQA 1PIFA 4B15A 4CCDA 1UR2A 4UFJA 1JDAA 1BYAA 3KL0A 3PN8A 5A6JA 1E4IA 1SMDA 4AZIA 1EDGA 2E9LA 2GJXB 1ISVA 2PI6A 3AXIA 4M8UA 5D9PA 4E2OA 5BCAA 4CVWA 1W2VA 1BSIA 3I3BA 4OOUA 3ZJ8A 2ZX7A 1K6AA 1V0KA 4HA3A 1V03A 5FL0A 4GO9A 2DT1A 2GVYA 1J0IA 2B31A 2CHNA 3ARVA 3RILA 3BSGA 4GO8A 1VENA 5IHSA 1KGWA 4AZ7A 2XPKA 2XVPA 2GUYA 3AZSA 4UZUA 4EANA 4PCSA 5ECUA 5HDRA 7CGTA 5E9AA 3E1F1 1XD0A 1VAHA 3TOPA 3UESA 4C91A 1AQ0A 4W7UA 3IJ8A 1VIWA 2WK2A 3ARYA 3VIGA 4WLCA 5GNXA 3MMWA 2JALA 1UD8A 2O9PA 1TR1A 4AD0A 5EB8A 1V3KA 2ZUUA 2JFEX 2BS9A 2VVSA 4IPLA 4P7RA 1W3LA 3ZIZA 4AIOA 1GOQA 4B9YA 4UNIA 2XGIA 3SCSA 1NWTA 5GNYA 1HX0A 3WNLA 4CU8A 3CO4A 2AAAA 2JF7A 4KH2A 4N0RA 3I3DA 3U57A 3MS8A 1E6SM 3AHVA 5I79A 4CD6A 2W5FA 1ODUA 2NT0A 1E15A 4AZCA 3HN3A 3SUVA 4D6JA 1KWKA 5A6LA 1B3ZA 1CEOA 4PUEA 1UR8A 4R27A 1Q6GA 3T0AA 3L4VA 1ZS2A 4ZFMA 3AIWA 3SCPA 1BG4A 1HKKA 3W27A 5A8PA 3J7HA 3AMDA 1WP6A 4CCCA 2PWFA 1W9BM 2WANA 1GOWA 2VL4A 4YHGA 1WB0A 3GBEA 5CPQA 4AW7A 2WWDA 5D9MA 5D8WA 2QF8A 3BMWA 3IJ7A 1WPCA 4PEEA 1ZBWA 1MXDA 1C7TA 2XWDA 2DGAA 4ATWA 4WJXA 1XH0A 4L4PA 4GQQA 3VIKA 4AD1A 2G4FA 1WDSA 2PWEA 3N9KA 2BVTA 3WQVA 3PZUA 4UQEA 4D6CA 2IXUA 5BRQA 3B8SA 2D0FA 3K8MA 4NSBA 2DQXA 4RE2A 1WZMA 1J0KA 4OZOA 2XG9A 5EFFA 1KXHA 1E0XA 2VZVA 2YKKA 1N82A 3W0KA 2WNWA 4M82A 4V28A 1LG2A 4HU8A 4BF7A 3W26A 1D3CA 1ZBCA 3WENA 3DYOA 1XYZA 3WD0A 2D0HA 5HNNA 3RCNA 3WUGA 1CGWA 1AVAA 1VJZA 3M7SA 4AIEA 3DHPA 4JKKA 4Z2KA 1JF6A 3ZO9A 3VPLA 1EXPA 4CN6A 3PTQA 4H41A 1TE1A 3WY1A 1KBBA 3ARRA 2VR4A 2DPEA 3WQ6A 1R86A 1KQZA 3W38A 1OGSA 3VKKA 1UKPA 2WCAA 2V3EA 4W5UA 1Q6CA 2DSWA 1H3GA 2W62A 4OIFA 2YL9A 4H7VA 3VUPA 4OOZA 2FDMA 3PZMA 4GI9A 3CUJA 1H0GA 4LGXA 2CYGA 4M81A 1UD3A 4JCLA 3WMSA 3W25A 1JGIA 2ZWYA 4URIA 2ZUWA 1HF6A 1OT2A 1EOKA 1LWHA 4DUXA 4TTGA 2Y8VA 2XHYA 2NT1A 1UG6A 2ZUNA 1UA3A 1JL8A 2IUZA 1O7AA 3T08A 1XHGA 4V27A 2J7EA 2VX7A 1WCGA 5LA0A 2X0HA 1QHPA 2ZUTA 2WHMA 2UY3A 1EGZA 3AZRA 1WDQA 1JZ3A 4U33A 3QR3A 4C7GA 1QI2A 5GQBA 1JYWA 2BXZA 4NRSA 3L4UA 2CPUA 3OIHA 3ZT7A 3PTMA 4OBSA 4P7QA 3VGBA 4PMZA 4RE3A 4H8HA 5I23A 2WYSA 1I1WA 1S46A 4AY1A 3CGTA 1GVYA 4U2YA 4PMUA 4B9ZA 2OWWA 5A6KA 3WNOA 2D23A 4N42A 3ARSA 5C8BB 2W4XA 3POCA 1ZJBA 1TA3B 1A47A 5JBDA 5JBEA 1XD1A 2VI0A 1C8YA 3AXXA 4EK7A 3GNOA 1GONA 4UQCA 3WL1A 1C3FA 1KXTA 3OGRA 1J12A 1VRXA 2QMJA 3WEMA 1NWUA 3QHOA 1R8LA 1NOFA 1KCLA 2DDXA 1UH3A 4KWUA 2J75A 1TVPA 4EKJA 5E70A 4YHEA 3BAWA 1I75A 2YA2A 1QHOA 3ALGA 1LLOA 2OLHA 1AQHA 5IDIA 1HT6A 1E1FA 2BY2A 2HVMA 3KZSA 5CLWA 1ZL1A 4EAMA 1EQCA 1UWTA 1CXFA 1I1XA 4ATDA 5A6AA 3EDDA 3TTSA 4E4PA 1HNYA 1V3JA 2YDRA 1E72M 2XYLA 2WHJA 3VGDA 4DWSA 4PMXA 2BVDA 1XSIA 4JHZA 3UETA 3VVGA 2DSVA 1CGXA 2BY3A 2DSKA 3NDYA 3BLKA 4Z2LA 1WZLA 3NIYA 2YDSA 1GHRA 4YN5A 2WPGA 3T2PA 2RGMA 2X05A 4AEEA 2WMJA 4LXFA 1CDGA 2AMGA 4AZ5A 1QI0A 4KRTA 1LQ0A 3RJYA 4S3KA 2BVYA 3OLEA 5BWFA 2OYMA 3KE0A 1MWOA 4MTVA 2WMIA 1UZ4A 4UQDA 4HOZA 3A3HA 4P7OA 1WZKA 3WNPA 2G3JA 3MSGA 4XUYA 4H8VA 4AC1X 4K68A 5EFDA 3QOKA 2CETA 4U5IA 3NSMA 2CERA 3WEZA 2EPMX 4WKHA 1E6NA 2VOTA 1XH2A 2V5CA 1H5VA 5A6MA 1JZ6A 3EMZA 1JZ5A 1WDPA 1BGAA 4GQRA 5DT5A 1GOIA 4HMEA 4X0NA 4D6HA 3L4YA 1UH4A 5I3DA 5D9NA 2C0HA 2A3HA 3N12A 2XUCA 2CKSA 5AY7A 2WVVB 3GXIA 3CUIA 3ARPA 5HXMA 2ZICA 4UOQA 1HJXA 5FOOA 2XFRA 4FK9A 3AI0A 4D6FA 3CHFA 2WMGA 2XVNA 2WB5A 1MQQA 3SEPA 3AIVA 4Y7EA 3F5JA 3BCFA 2OWXA 4JCMA 3WDHA 2DT3A 4B3KA 1BTCA 4DWSD 3DECA 3VGGA 4MDOA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5ABG A;  1UD5 A;  1CXI A;  1JYX A;  2PBO A;  2ZX9 A;  3B9D A;  3ZJK A;  4PMY A;  1FH9 A;  2DT2 A;  4PMV A;  3K8K A;  4TVU A;  1CPU A;  5CG0 A;  3W29 A;  1ITX A;  1XCW A;  4D6E A;  4TVC A;  2WMI B;  3AMC A;  2YIH A;  3LPG A;  4B3L A;  3AZT A;  1HVX A;  3I3E A;  3LMY A;  2J77 A;  3UG5 A;  5ABH A;  3MU7 A;  1GQJ A;  4JFT A;  1UQZ A;  2EXO A;  1CTN A;  4KGL A;  5DF0 A;  1H49 A;  3PZO A;  4JAW A;  2YOC A;  4UFL A;  1VEM A;  3N18 A;  1QBA A;  1EHN A;  1E3Z A;  3T2O A;  3KL5 A;  3WBA A;  4L4O A;  4D1I A;  2WSP A;  3KL3 A;  1DP0 A;  1HJW A;  1BVZ A;  3GH7 A;  3UG4 A;  4FLO A;  3VDC A;  2J7F A;  1CXK A;  3M07 A;  1RD6 A;  2BHY A;  4PMR A;  1BPL B;  1JF5 A;  1MQR A;  1QBB A;  2F8Q A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3DFH A;  5K9C A;  2BV9 A;  3CWN A;  3W1X A;  1RQE A;  2WSK A;  5DAB A;  5JVD E;  5BRO A;  1FH7 A;  3FBL A;  4Z0J A;  3DH7 A;  2XGB A;  3TR2 A;  3ZS4 A;  1OXZ A;  4IL4 A;  4UOJ A;  3WCZ A;  2Q01 A;  5CA0 E;  3LTY A;  5AKQ A;  1R9Y A;  1S2T A;  3LV5 A;  4H8N A;  3N2M A;  4MDP A;  4CVU A;  1G9H A;  1WXY A;  1XLM A;  4FOJ A;  3T0T A;  2BG9 C;  3PBW A;  4HPJ A;  3KXQ A;  2FH8 A;  3Q9D A;  2AL1 A;  3TJX A;  1H7P A;  3ABO A;  4W93 A;  2XZE A;  4N9B A;  4MNL A;  1S5W A;  1US7 B;  2PWH A;  3O4X E;  1GVF A;  1MNE A;  4RNI A;  4B3M T;  3BOL A;  3SJN A;  4HNU A;  1VLI A;  4PCF A;  1PVN A;  5GNZ A;  1EX1 A;  4X9Y A;  1DTN A;  4PJL A;  1IR2 A;  1DL3 A;  3RPU A;  4GY1 A;  3NVD A;  4AYS A;  3LHT A;  1VEO A;  5JH2 A;  3W7G A;  1ISY A;  2CE7 A;  1K7E A;  5DQW A;  1D7F A;  4QBX A;  4R85 A;  1OY0 A;  2WZI A;  2GFT A;  4LUI A;  3CWH A;  5HIN A;  5AC4 A;  5C8Y E;  3WG6 A;  3ORW A;  4HU4 A;  2Z1K A;  2QCN A;  4RL3 A;  1G0C A;  1X8C A;  3SAZ A;  3OLG A;  3OBV E;  4RZ6 A;  3RGL A;  3W7R A;  3NZ1 A;  1EC9 A;  4JV5 T; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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