4UR9A

Structure of ligand bound glycosylhydrolase
Total Genus 233
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
233
sequence length
713
structure length
685
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISIKNLPLQVKANRVLISPANEVVKGNSVEIELDAIYPGENIQINFLEISTDGKEWKTVDLKSRLSAGLQKAPVKFVRFTNYLRQFVLTIEKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Discovery of Selective Small-Molecule Activators of a Bacterial Glycoside Hydrolase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 233
structure length 685
sequence length 713
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2014-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 4ur9A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ur9A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 4ur9A01
2V3EA 2VZOA 1NWUA 4QP0A 4CUCA 4MB1A 4LYRA 2PWGA 1VIWA 4UZSA 4NI3A 2VC9A 2CBUA 2F61A 3EMCA 4Y7EA 4QLLA 8CGTA 3WF4A 1CXKA 3L2MA 5AC5A 2VX6A 4D1JA 1KR0A 3KL0A 3NDZA 1V02A 1J0ZA 1E4MM 2MANA 2VX7A 2ZUSA 3NUKA 5CPQA 2WZIA 1HXJA 4LXFA 4BA0A 1XRVA 4QLKA 1BGAA 1FHDA 5EFFA 5EB8A 2X05A 1FOBA 1JD7A 3L4VA 3ARQA 1B3YA 3G6LA 4ZFMA 1C3FA 4GIAA 3WNLA 2YA1A 5HBFA 1PX8A 1GQKA 3W24A 4P8VA 4ACZA 1WCGA 3K8MA 4AZGA 1CXFA 2QHAA 2CHNA 2XM1A 3ARSA 4MPKA 3K8KA 2WBGA 5A6AA 4PMQA 2CNCA 3GH7A 1MWOA 4BF7A 4W89A 4CCDA 3AS0A 2EQDA 3GYCA 1HNYA 4M56A 4NZCA 4CCCA 2VZTA 4M24A 5DFAA 1CTNA 2XYLA 1R87A 3U5YA 3L4UA 4HZ7A 5M03A 2CERA 2J7FA 1Q4NX 3UCQA 1AVAA 4KRUA 3BCFA 3DHPA 3N18A 3B8SA 4KRTA 4CU8A 1QW8A 3MMDA 2ESCA 4X0NA 2B31A 2ZIDA 1HKIA 1FH8A 5E09A 1JI2A 4XZBA 3FXYA 4AC1X 4DM1A 3K46A 3II1A 4DM2A 4URIA 3GDBA 2J25A 4PCTA 1JZ5A 1DWIM 4AIUA 1BVZA 2WANA 1CEOA 2FHCA 1QBBA 5E70A 2YBTA 3CTTA 4H2CA 2CXGA 1E55A 1KGWA 1SMDA 2V5DA 3RMEA 3WMBA 4UFLA 1ESWA 1AQMA 1JG9A 4DWSB 2VUYA 3OIHA 3T2PA 1C8XA 1JYNA 1PX4A 2AMGA 1NARA 1V0NA 1JZ4A 3ZJ7A 3EDJA 1CGTA 1J0IA 1JZ7A 3HJEA 1TA3B 2EPOA 5DT7A 5M5DA 3WH6A 3WQ6A 3AXIA 2VZUA 5IHSA 4WF7A 1HKMA 3WQ4A 3AYRA 4UTFA 3PZVA 3VIIA 1PX3A 2OWCA 3K4AA 3O2LA 1MQRA 3WNNA 2G41A 5CZKA 4GO8A 4HOZA 6A3HA 1E6PA 2Y4SA 3HN3A 1OT1A 5I0DA 2FH8A 2GUYA 1H2JA 3WQ8A 3SUTA 2D1ZA 1H5VA 2JFEX 3A4XA 4ACYA 1ZS2A 2OSYA 1BHGA 1N82A 3MV11 1E5JA 4OIFA 4F9JA 1KR1A 4MDPA 3UEQA 3WIJA 4Z2IA 1UR9A 1HL9A 1QI4A 3T09A 3OLIA 1GJUA 2ZXDA 4U5KA 2W92A 1KXQA 3CUIA 2DIEA 5D8ZA 2X0YA 1CBGA 3LPOA 1J11A 4UQDA 3OBAA 1H41A 3ZR6A 1QNRA 2O9PA 1OD8A 1GOOA 4AWEA 2VNCA 3L2LA 1VEPA 4F66A 1O6IA 5AYIA 1X1NA 2A3EA 1FHLA 3CHCA 1WO2A 5GQBA 3VIOA 2YLAA 4CCEA 2A3CA 1JNDA 3N9KA 1L8NA 1UR1A 4A3YA 1MW1A 2WMJA 3F4VA 5JUVA 4P7RA 1KWGA 1XD0A 1B31A 4W7UA 1BQCA 3ZOAA 2VX5A 3K8LA 1WB0A 2D0FA 3NIYA 3CZKA 4NSBA 2YKKA 3NJ3A 2VURA 4W88A 3WQVA 2OSWA 4GZIA 4UFHA 3SEPA 4JL2A 2WVSA 4LYPA 3K4DA 1R7AA 4HZ8A 3CHDA 3WL0A 3LPFA 1CXHA 1UZ1A 3N15A 4Z2GA 3AMGA 4HA4A 1E6ZA 1PBGA 2JEQA 2GJXB 1W2VA 3WUGA 2J62A 4AMCA 1GW1A 4KH2A 1V0KA 1G5AA 1UWIA 1H11A 1ISWA 3THCA 4D6DA 2WSKA 1PJ9A 2WCGA 3PZTA 3VDHA 3RM4A 3AJ7A 4ATDA 3SURA 1HP4A 2J8FA 4PEEA 1CGXA 1U33A 5CPSA 1EXPA 1E4LA 4H7VA 2WVVA 3F5LA 1HVQA 2E0PA 4EAMA 2GK1A 3VGBA 2OWXA 1MQPA 3O9NA 2WCSA 4AISA 3OGVA 5A6BD 2WK2A 2GJPA 2J7HA 2WLZA 1IV8A 3N12A 4PBGA 1BYCA 3VINA 1ZBCA 1E72M 1GONA 3ZJKA 2ZX9A 5A8QA 3VVGA 4M1RA 3VIKA 2D2OA 2YJQA 1B2YA 2V3GA 1CDGA 4DWSD 3RM9A 3VNYA 1JYXA 1YQ2A 2JIEA 1JI1A 2WVUA 1VJSA 2E40A 2ZX6A 3W28A 1ZBWA 1CGYA 1NWRA 5ECUA 3UR8A 1C92A 4EK7A 4BZYA 1FFQA 1W91A 3T08A 1ISYA 2OWWA 4EANA 4MNMA 4MADA 1XHGA 3RILA 2YA0A 3EYPA 4B15A 1R8LA 4L4PA 5LA1A 3APGA 4B9YA 1GOMA 1LF1A 1CIUA 1H1NA 2Z1SA 5A1AA 1OT2A 2WCAA 1QI2A 3WELA 4AZBA 5A6JA 3LPGA 3BMVA 2VCBA 4JKKA 2E9LA 2FDMA 1P6WA 1I1XA 3TP4A 3N17A 1J18A 6CGTA 5DT5A 1NH6A 4H41A 1ITCA 2J7CA 4L4OA 2DT2A 3TTOA 4MB5A 4Q22A 2G3JA 2VR5A 3ARXA 3WD4A 3TONA 4XX6A 1JZ8A 2C0HA 3CZJA 1QI0A 2CCRA 2BXZA 3DECA 3WH8A 3RPMA 2WB5A 1NP0A 4AW7A 1NOUA 2W66A 1XSKA 1OIFA 2GJRA 1X6LA 3EMQA 3N04A 4WSKA 3IJ8A 4J3TA 2W63A 2JE8A 3AZTA 1OM0A 3FAXA 1JDDA 4RE4A 4B3KA 1QHZA 2X0HA 2WKGA 4CVWA 2PI6A 3PN8A 3M6DA 1U2YA 5IFPA 2DT0A 2ZUTA 1HX0A 4YHEA 1BG9A 3L4YA 1W1YA 3AMKA 4D1IA 1K9FA 2GDVA 4AZIA 2ZE0A 5A6LA 1DWJM 1VRXA 4PTWA 1DWGM 4MNKA 2XFRA 2VT0A 5FCZA 1TVNA 3OG2A 5KZ6A 1W9VA 2XG9A 1KFWA 1GQJA 1KQYA 1GOKA 1H49A 2VRKA 4MB4A 3WMSA 1QNQA 3WSUA 3W4RA 1E5NA 1H09A 2X09A 3U57A 3MUY1 1UWQA 5D8WA 3SCQA 5M3WA 3MUZ1 1KGXA 4TVDA 2PF0A 3AHTA 3EDFA 1WKYA 3T2QA 1CLXA 1UR0A 3W37A 1ZU8A 2JALA 4HU8A 3W6LA 2D0GA 1G01A 3GXDA 3QHMA 2WZHA 2Y8KA 2BV9A 3CHEA 2CBVA 3WQ5A 5EFDA 1QNSA 5I79A 2WC3A 4J7RA 4A4AA 1RP8A 5DO8A 3SIMA 4BQ3A 4UR9A 2NT1A 4PN2A 1V0LA 3IANA 4CD8A 4AZHA 3VD5A 1Q6EA 4WSJA 5CSYA 3ARUA 3CZEA 4U5IA 3CGTA 1E3ZA 4GI9A 4W8AA 3BSHA 4PMDA 3VUPA 1R7OA 4DUVA 4C7FA 1UR4A 4PTVA 2XUCA 3AICA 4PSRA 4KGLA 1BYDA 4RE3A 4CD7A 4AZCB 2VX4A 4D6FA 1VFUA 4V2XA 1KCKA 1WDQA 4Q7NA 4J3VA 4GINA 5ABFB 1WP6A 1SMAA 2OLHA 3POCA 3ZJ6A 3FY1A 2VZVA 1PIFA 4AD3A 5BCAA 1UD4A 2GFTA 1DWAM 3WFZA 2O92A 4CD6A 4CD4A 2E4TA 1UWUA 2GK1B 1A3HA 3BAXA 3AIBA 5ABHA 2WHKA 4C90A 2NSXA 5AYBA 4J28A 4XB3A 4HTYA 2IXVA 5JIWA 2UY5A 2V3FA 1JXKA 1XC6A 2A3BA 1UYQA 2Q8XA 4U3AA 4AIOA 3AHXA 1GHRA 2BHUA 1RH9A 3AMDA 3ZO9A 4HP5A 2IUZA 4B3LA 3W26A 4CN4A 5A2BA 1V6XA 5I23A 1L0PA 2WW5A 3A6OA 3WF2A 3N11A 3AHZA 2VL4A 4FLOA 3T0BA 4OOUA 2DIJA 3DYOA 1XYFA 3BAIA 3BH4A 3VM7A 3MSDA 5FL1A 1TMQA 3OLDA 4JHOA 5GNYA 3KEHA 5A2CA 2J47A 2BHZA 3WH7A 2UY3A 4UFIA 5F7UA 2OYLA 4D71A 2WMKA 5A8NA 1VEMA 1J9YA 1KCLA 3ZMRA 3PTKA 2ZUVA 1J0KA 3VGGA 3GXFA 3L4XA 1QNPA 1UD6A 4ML4A 1UUQA 2WHMA 4UNIA 1NOFA 2FGLA 3ZR5A 1QNOA 2W62A 3TTYA 3VDCA 5DF0A 5CLWA 2WMHA 3N13A 1M04A 4P8WA 2WYSA 3HMCA 2OSXA 1ZBKA 2O9TA 1GQIA 1DWFM 3WDJA 5CSUA 1GCYA 1E71M 5BXTA 1V02E 2C8NA 2E9MA 4E8DA 3OB8A 4PMRA 3OLGA 2VCCA 2CESA 3AS1A 3RIKA 2CEQA 3AMCA 3VIFA 1EDGA 1PEZA 4IM4A 4AEFA 1BSIA 1QVBA 2QV4A 2WM0A 2BVDA 4U33A 4WIWA 1Y7VA 1W9XA 1G1YA 3ZJ8A 1C93A 5FL0A 4ZXLA 3ZIZA 2D24A 4W7VA 5ABGA 2DSZA 1VBUA 1FP8A 3CZGA 5A3HA 4UQ9A 1GJWA 1BLIA 2WMGA 2CETA 4C91A 3DYMA 2WHLA 3WDHA 1UKTA 2WXDM 3VD4A 1HN1A 4KGJA 4IUGA 2QPSA 1H0IA 5E6ZA 3M46A 1E0VA 1NP2A 3U7BA 3I3DA 4XZWA 1W32A 1E70M 3AMLA 4GZJA 4N0RA 1QBAA 5LYRA 2V5CA 2W61A 3I3BA 5FD0A 5HXMA 3AROA 4F79A 1JAEA 3ARPA 2J78A 1VEOA 1D7FA 1WZAA 1ZB5A 3OGSA 4JL1A 2XGBA 4PTMA 4CKQA 1E56A 3WD0A 1JD9A 5IHRA 4S3JA 5I2UA 2Z1KA 1B3VA 3AZRA 2EPLX 1KXVA 1VF8A 4AD5A 1KGUA 1XSJA 1JFHA 4JIEA 4XV0A 2D3LA 5DMYA 4V28A 3WY1A 4QAWA 4UQAA 4P8UA 1LWHA 1MFUA 2YL5A 3OZOA 1V3IA 1H3GA 2X1IA 1BFNA 2A3HA 3VPLA 2W67A 2XIBA 4BCEA 2BY1A 2DT1A 5CJ5A 1KXTA 1ODUA 3VD9A 4U2ZA 3GZAA 3VGFA 5EMYA 2G3IA 3E1F1 3VDAA 1E6QM 1LL4A 3AIUA 2QLYA 4J3SA 1OCQA 3SUWA 4D6IA 8A3HA 4ZEPA 3WENA 1C8YA 5ABEA 2ZX5A 3VMNA 4HOWA 1I75A 2EPKX 3JUGA 1OWQA 1OD0A 4K68A 4AXNA 4D72A 1E4NA 1NM9A 1US3A 1FFRA 2D20A 5E0CA 4X0VA 3SCPA 4RL3A 4TXEA 1EQCA 1AQHA 1UD2A 2PBGA 2VJXA 4JCMA 3VTRA 3GH5A 5A8MA 1E1FA 3L4TA 4ACZB 3B9AA 2ZWZA 5A95A 1Q6CA 2CIPA 1VBRA 2HVMA 3ARWA 5I77A 1K9DA 4HOXA 1IZJA 1EA9C 4TTGA 7TAAA 4D6JA 2QF8A 1MW2A 1HF6A 4DUWA 3CMGA 1HJUA 4D6EA 1D3CA 2WAGA 2ZUUA 2WSPA 3NYDA 3NSMA 3PTMA 2XVKA 3WEMA 2JF6A 4LX4A 4MAZA 3BMWA 4PCSA 2XWDA 1B3ZA 3A3HA 4MNJA 4AD2A 1EHNA 1ZJBA 4E4PA 3RJYA 2ZICA 3AIQA 1OINA 1OGGA 3WDIA 2EPMX 2WBKA 3AOFA 3BLKA 3KL3A 2D3NA 3ARVA 3LMYA 4V27A 5E9AA 3UR7A 5FIPA 1BTCA 3GNRA 2PWHA 5CLTA 4H8HA 4OBRA 1UR8A 2JEPA 3MU7A 4P7OA 3W53A 3CZLA 2YBUA 2WLYA 4WLCA 2PB1A 3HU7A 1OIMA 3SCTA 3GBDA 1ZBVA 3AI0A 1W9PA 1UD8A 3FHQA 1E6SM 1RD6A 1QI5A 3BGAA 3W81A 2EEXA 3A4AA 2J75A 1W3JA 5E0FA 1Q6DA 1GOQA 4AY1A 5IFTA 2XSAA 3WL1A 3TOPA 2DSUA 3ARTA 4LGXA 1AMYA 7A3HA 3SCRA 1UD5A 3MUIA 4IPLA 3SCSA 3MANA 4NF7A 3KL5A 1EGZA 5D9OA 4W85A 4E2OA 1JNEA 3D3AA 1W9UA 1HKKA 4CVUA 4FLQA 1V3KA 4PMUA 5D9MA 3GNPA 3BAWA 5AY7A 4UZUA 2DH2A 3NSXA 2ZXAA 1RP9A 2JIWA 3CBWA 1G9HA 1HL8A 1OGSA 3FNDA 5D9NA 1V0MA 5CQ1A 1XCXA 5GNXA 4EKJA 2BY3A 2XFYA 1C7TA 1PZ3A 2C7FA 3MKKA 5FKYA 5CPTA 4S3KA 4BQ2A 2ZUMA 1TZ7A 3VMOA 1V3LA 1HJQA 5I78A 3EMZA 4QCEA 1IZKA 1TVPA 1JXJA 3PZGA 4R5EA 2EBNA 1BYBA 5JBFA 2XVPA 3F5KA 5A6SA 1JF5A 1OGBA 5HPCA 4C7GA 4XUYA 3OLEA 4JFUA 3VDBA 1B1YA 1MYRA 1WZMA 1US2A 4UQCA 1SYTA 3WDPP 1UKQA 3WNMA 3WH5A 5I6SA 3SUUA 4AZ5A 3CPUA 1NWSA 3AXXA 3MSGA 2GVYA 3IJ7A 1V3HA 4OBSA 3SCOA 1XGZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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