5ABEA

Structure of gh84 with ligand
Total Genus 254
100200300400500600050100150200250
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
254
sequence length
713
structure length
681
Chain Sequence
VSLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISNIKNLPLQVKANRVLISPKWAAGNSVEIELDAIYPGENIQINFLEISTDGKEWKTVDLKLSAGLQKAPVKFVRFTNLRQFVLTIEK
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
publication title A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 254
structure length 681
sequence length 713
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2015-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 5abeA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5abeA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5abeA01
3AISA 3TONA 2QMKA 2NT1A 5M17A 3AFBA 1KGWA 4F79A 4JKLA 4JIEA 3W27A 2W92A 1JYVA 1C93A 2DT2A 1R85A 2A3HA 1H4PA 2CBUA 1U2YA 4HA1A 4X9YA 3WF1A 1E6NA 5HXMA 1GQIA 2YL6A 2VNCA 4M56A 3DHUA 4QFUA 2J7HA 1J10A 4W86A 1Y7VA 1JDCA 3AMDA 2YOCA 4D1IA 1CGVA 1XRVA 1ODZA 3NDYA 1OD8A 3W4RA 3WD4A 1XD0A 1KXVA 4AZIA 2W4XA 1Q6DA 3GNOA 1W1TA 1HX0A 3WQ4A 3L4XA 2C7FA 4DWSC 3ARQA 2E8YA 2WSPA 3GNRA 4E2OA 2UY5A 1E4MM 5IFPA 4MAVA 2XVNA 2X1IA 1MFVA 4W87A 2ZUTA 1XGZA 4AZ5A 3GTNA 2ZXBA 3MV11 2QLYA 3FN9A 3FY1A 5FL0A 5JIWA 1W9BM 5AC5A 1MQQA 3MSGA 4AD2A 1U33A 5LA1A 2WWDA 4UFMA 2ZXDA 1UZ4A 1HP5A 3SIMA 1BSIA 2YL9A 3BGAA 1GQKA 3D3AA 3QHOA 5ECUA 5JIPA 4BQ2A 4HA4A 3VO0A 4BQ5A 2GJXA 3I3EA 2CETA 2ZUMA 4U5IA 2XSAA 2CKSA 1HP4A 3ZJ7A 4W84A 4M8UA 2IUZA 1W9DM 2XHYA 1C8XA 3IAQA 5A2AA 1DEDA 4JFSA 2VJXA 2PBOA 3B9EA 3IJ8A 6CGTA 4JFUA 5C8BB 1XH1A 3HJEA 2VO5A 4IISA 4TX6A 1XYZA 1ISXA 4UOJA 5E9AA 3BSHA 1B0IA 5A95A 2YA0A 5FKYA 1QBAA 1J18A 3WQWA 3LPGA 4W85A 3SCVA 1UQZA 1K9DA 5HBFA 1KR1A 1MXGA 3WDQA 3WNMA 3F5LA 1J0IA 2E9MA 3GXIA 1KWKA 1GOMA 1M01A 5CPQA 1DWIM 2DT3A 4L4PA 3WNPA 3VU2A 4XUYA 1WZLA 2ZIDA 3WDIA 2J7CA 4JCMA 2VC9A 4AW7A 2YBTA 1HKKA 3CHDA 2XWEA 1CPUA 3PZQA 3BC9A 1MYRA 2RGLA 1J0YA 2E40A 1E4IA 3TP4A 4GO9A 4LYQA 5BXPA 5BRPA 5CQ1A 1QHZA 3TTYA 1C90A 1E3ZA 1QW9A 3U57A 1V0LA 5ABFA 2WZHA 3GM8A 1NWUA 2ZICA 2EPOA 2JFEX 4HP5A 4P7OA 3RM8A 1NP0A 5E6ZA 3T2QA 3W26A 3AHZA 1VEMA 2WMIB 4S3JA 3CTTA 1HKIA 1JXKA 2D3NA 5CJ5A 2ZOXA 1KR0A 1LWHA 2VOTA 4ATLA 1XH2A 1CGWA 2YIHA 5A1AA 3L4YA 1EDTA 4C7DA 1H2JA 2WHKA 5C70A 2BVDA 2ZUSA 2EEXA 1EIBA 3AZRA 3K1DA 4CCDA 1B3YA 3WENA 2WC4A 4JFTA 2XG9A 3U7VA 3WEMA 4PCSA 4CN6A 1QOXA 4L4OA 2CCRA 1CLVA 3AIEA 2AAAA 3IJ9A 4YHEA 2E9LA 4RL3A 2J7GA 5A69A 4HMDA 2YDQA 5M5DA 3AOFA 2PWHA 2D22A 1ZU8A 1FFRA 4XV0A 2OWCA 4B15A 3QR3A 2WHJA 1CIUA 3VIJA 5EMYA 1TZ7A 2NW0A 2DGAA 3OGSA 4CU8A 4AISA 4W89A 1GCYA 1IZKA 1PZ3A 3VDCA 4U2ZA 4B9ZA 3MMDA 3RCNA 2W63A 1W3HA 1H11A 1PIGA 4JFVA 2ZX9A 2E4TA 3ZT5A 3WDPP 3ARZA 4M81A 5KZ6A 4D6DA 2VUYA 5A2CA 3AIUA 3KL3A 4D6GA 2CITA 1V6YA 2PBGA 2WCGA 4QDMA 4CCEA 2XWDA 4BA0A 3RPMA 4AZBA 2JF6A 5A2BA 2X2YA 4P8VA 1ZBCA 1V02E 4GZJA 3S6TA 3UR7A 5BCAA 3ARWA 4U31A 2WMFA 4OOZA 3AMKA 4QAWA 4D6JA 4UQEA 3AQUA 1TVPA 4J3UA 1CGYA 2PC8A 3SUVA 1E1EA 1GJWA 1DWFM 4Z2LA 2WKLA 2WKGA 3PTQA 3BH4A 1HJUA 4UFHA 3L2MA 3BAIA 4U3AA 2WMGA 1U30A 1RH9A 1L8NA 3O2LA 1O6IA 4V2XA 1H1NA 2GJPA 2J7BA 1C7TA 4H2CA 1C8YA 3K4AA 4AZGA 4RE4A 3BAJA 1EXPA 1E71M 3DC0A 5AC4A 2J8FA 2QHAA 1DTUA 2DSUA 1JFXA 1D2KA 4TUFA 3CZGA 3FAWA 2WPGA 5DFAA 3WQ8A 1CBGA 3KL0A 4DM1A 3VDHA 3FAXA 1VFOA 2WAGA 4E8DA 4LQ1A 3PZNA 1OSEA 3CZLA 2VL4A 1H41A 2AMGA 3JUGA 3MUZ1 4ZE5A 1W3JA 8A3HA 4IPNB 1KCLA 5BWFA 1SMDA 4GPNA 1CXLA 4GZIA 4KRUA 1QPKA 5DO8A 3AXXA 1SFSA 1KXQA 2VVSA 2GJXB 3VIMA 1ZS2A 4AIUA 3WF2A 4MNJA 4U2YA 4H04A 4UOQA 2GK1B 4AD3A 5D9MA 1X6LA 4Y7EA 3CO4A 1HNYA 3L4WA 3WY1A 1EQPA 4Z2JA 3ZSSA 1KGUA 4MADA 4B9YA 2PI6A 2FGLA 1WB0A 4MB5A 3PZ9A 2ZX5A 3RILA 1NWSA 1BFNA 3RO8A 5F7UA 3WFZA 2WLZA 2WBKA 4EK7A 1GW1A 2O9OA 2V38A 3VGDA 1BGGA 3WMCA 1JL8A 1JYNA 1UKPA 5CSUA 1DWGM 2JIWA 1FHDA 1E0XA 4M29A 4ACZA 2W91A 1UD3A 1Q6CA 1SYTA 2WWCA 3KZSA 5HPCA 3FW6A 1GOWA 4UQBA 1V6WA 1UWSA 4WSKA 5A8OA 2FDMA 2WMIA 1R87A 4CD4A 3ZSTA 3WN6A 1LL6A 4ZE4A 3BLPX 3D5HA 4XZWA 5ABFB 4D72A 5I23A 1ISWA 3QOKA 1WDRA 2VX5A 3WQ5A 4ATWA 2Y2WA 3MUIA 2WLYA 7TAAA 1CXHA 1WDQA 4JL1A 3PZOA 2PWGA 4PBGA 2YDSA 2F61A 1BF2A 3GXFA 4PMUA 1OM0A 3GH7A 3PN8A 3T2OA 4OBSA 2MANA 4W7WA 3EMZA 1EHAA 1GQLA 4MB3A 4V27A 3AYSA 3WKZA 1GONA 1KGXA 1ISZA 4MAZA 2X09A 2TAAA 3ARXA 2JF7A 3WIJA 3ZJ6A 5I77A 3IAPA 4P7NA 1Q6EA 2J47A 4W7VA 1JF5A 1JYXA 3SCSA 1CDGA 5E6YA 4PEEA 5HNNA 1UR8A 1KFWA 1HJXA 4NSBA 3AHTA 1EO7A 4Z2HA 5D9OA 4CGTA 2UY3A 2D24A 2QPSA 1WNOA 2XUCA 1PAMA 3NSNA 3VIPA 3ARPA 4TX8A 1WZMA 3OGVA 1E55A 2WSKA 1CYGA 1JD7A 3B8SA 5A6MA 3CGTA 1EH9A 3W6MA 2DH3A 5EFFA 3FHAA 3T2PA 4P7QA 2VZUA 5BROA 3GXDA 1FH9A 4A4AA 1H0IA 3AMCA 3THCA 2YL5A 3O6AA 4HPGA 4BQ4A 2WHLA 4Q7NA 1R7AA 3B9DA 3BCFA 3UCQA 1RPKA 1VAHA 3ALFA 3U5YA 3BLKA 3W81A 1W9UA 5M03A 2IXVA 1V0NA 3L4UA 1FFQA 2F2HA 1NWTA 2VVNA 3GBDA 1KXHA 1OGBA 2PB1A 3GXMA 2FHBA 3A4XA 1QW8A 5I5RA 3AMLA 4MJ2A 1CGXA 2Z1SA 3AHXA 1WCGA 5CGTA 1GVYA 3VMPA 4ACYA 3OA5A 2BY0A 3WNOA 4S3KA 1Z32X 5BRQA 4J3XA 4HTYA 1G01A 3GDBA 2BNJA 1G5AA 2WYSA 2YL8A 2DT0A 4QCFA 2J74A 2EPMX 3WBAA 2JEQA 5DF0A 3UG5A 1BVNP 4CU6A 2GSJA 1HN1A 2OYKA 3HMCA 3VX0A 1W1PA 3PTMA 3L4TA 3AS2A 3WNLA 1WKYA 3PZGA 4BZYA 3WH5A 3N13A 4KGLA 2BY3A 3L4VA 5FD0A 1BYBA 2XSBA 4Z2KA 2UY2A 4D6IA 1R86A 3K8LA 4W5UA 2J75A 4WKHA 2FH8A 1J12A 4B16A 1QI5A 4MJ4A 3WUFA 2ZXQA 5E0CA 4WIWA 5TD4A 1E15A 2PWFA 4UFLA 3PZIA 2CERA 3EDFA 1HVXA 1UHVA 4UQ9A 3OLEA 1W91A 1CNVA 1QBBA 4GXPA 2QPUA 1XD1A 2O9PA 1ECEA 2FH6A 1UR9A 2EBNA 1X6NA 2GK1A 3GZAA 4FLOA 5D8ZA 2YJQA 3TTQA 4PMDA 1E6QM 4GKLA 4DWSA 1VFUA 2CHOA 3UEQA 1J0JA 1OBAA 1ZL1A 2VX7A 3MV01 4M80A 3VD3A 4AD4A 1CXKA 1WAWA 3K46A 1BLIA 1V6UA 3T09A 1XSIA 2GUYA 5A6BD 8CGTA 4C90A 1W9VA 4NRSA 4PN2A 3WH6A 4CD7A 3SUSA 2AOSA 1JAEA 2DQXA 4HZ7A 3SEPA 3CUFA 5E70A 1DHKA 1QI3A 3VGFA 4PTMA 2ZWZA 4HA3A 4CVWA 2XFFA 2VRJA 3WL1A 4IM4A 1TMQA 3FNDA 4OJYA 1GOOA 2CBVA 1EO5A 3N9KA 3VGEA 2Y8VA 2E8ZA 1E0VA 1E6SM 1LQ0A 3N1AA 5C71A 3L4ZA 2VR5A 4ACZB 1JZ8A 1AVAA 1UD8A 4PYSA 2VX4A 4PUDA 2DSVA 4P8WA 3SURA 1JDAA 1PPIA 1TA3A 5JBDA 1VEOA 2ZE0A 5GNZA 5CXPA 3UETA 1EDQA 1PX3A 3VPLA 2EJ1A 2WVVA 3VVGA 4UQCA 1V08A 1JF6A 1B2YA 3ZT6A 4UQAA 3TTSA 4P7RA 4D71A 3A3HA 1JIBA 1H5VA 2A3EA 1H09A 2DPEA 5ABGA 1XH0A 1C91A 3EBVA 4NF7A 4GIAA 1NQ6A 5M3WA 1OIFA 5A6AA 4E8CA 1QVBA 4PMYA 2XVLA 4PSPA 4CD8A 3WELA 1V3KA 3LPPA 3K8MA 5AYIA 3O9NA 3WH9A 2WCSA 4PMXA 3PZVA 2YLAA 4UQDA 2Y5EA 1PBGA 3FHQA 4HMEA 4WKAA 4TXEA 2VURA 4PRWA 3T0BA 1DP0A 1HJWA 3OIHA 3IK2A 4AZ6A 1E72M 1HKMA 4CVUA 4EAMA 2OWWA 3IJ7A 5D8WA 3WD0A 3VTRA 3AROA 4AD0A 3WDJA 1NARA 1BYAA 1KCKA 3SCPA 1X1NA 1WO2A 4UOZA 4TOQA 5A6BA 4UR9A 1JNEA 3ARYA 4C91A 2GJRA 2VCAA 1VFMA 1M03A 2RGMA 1XSJA 1WZAA 1W32A 1UKQA 1LG2A 1B90A 1UA3A 4MB4A 2WBGA 4J7RA 1MW0A 1OIMA 3WBEA 3VD4A 1MW2A 1B1YA 3N17A 4HZ8A 1LL4A 1B30A 1UWQA 2D0HA 2Q8XA 2G4FA 2G3NA 1UWRA 1L0PA 1WP6A 3BMVA 5FIPA 3NYDA 1LG1A 3OLIA 1FP8A 3WH7A 1VBRA 4P8XA 4WKFA 2BVTA 3AS3A 3VINA 2WXDM 3VILA 3OZPA 3ZT7A 2G3JA 1SMAA 3W24A 3VDBA 3WUGA 1UKSA 3W25A 2VRKA 4ML4A 4PSRA 1Q6GA 3ZIZA 1G0CA 2BV9A 1CEOA 1ISYA 1LF1A 4PMRA 3WF0A 3T08A 1F4HA 3DHPA 4QLJA 1J0ZA 2XFRA 4KMQA 1N82A 2NT0A 4ZXLA 4EANA 1UZ1A 1ZBWA 1JZ5A 1DWAM 2WMHA 3ZR6A 1MW1A 1CGTA 4LGXA 3VKKA 3CBWA 4GI8A 4HZ6A 4WK9A 4DUXA 1V3HA 1CWYA 1RP9A 1E43A 5DT7A 1Q4NX 1VJSA 1W3KA 2WC7A 3M6DA 1LLOA 1ZJAA 5AYBA 4OKDA 1PIFA 1E0WA 3PZTA 3GH5A 1UR1A 5DEZA 4AC1X 5DT5A 3OB8A 1CTNA 4JKMA 2V5DA 2B31A 4F66A 3N15A 1KBKA 1EGZA 1B3WA 4ZEPA 2GDVA 3CH9A 3PZUA 1G1YA 3WD2A 5JUVA 1IV8A 2CYGA 4C7FA 1ITCA 3AXHA 1E6PA 3F4VA 3WNNA 2NSXA 5LYRA 4CD5A 4RE3A 2JIEA 3SCUA 3BSGA 4U3CA 1OINA 5BXSA 1HJVA 1US3A 3CHCA 3THDA 1H0GA 5I79A 4DWSB 1XCXA 1TUXA 1MXDA 4GZEA 3N04A 4W5ZA 3AS0A 1PEZA 3DYPA 4R5EA 3CUHA 1NWRA 2BXZA 2VX6A 4BQ3A 2EPLX 3AICA 3VUPA 3ZQ9A 2ZX6A 3SUWA 1D3CA 1D7FA 2VTFA 1G9HA 3AMGA 2X05A 1WDSA 2EXOA 3AJ7A 4AWEA 1NH6A 4PMQA 4JHOA 2CNCA 3ZJ8A 5HPOA 4J28A 4MB1A 5JBEA 1JGIA 2E9BA 1JD9A 5AY7A 4QLKA 4WLCA 2HVMA 4KGJA 5IXEA 2CKRA 4MDOA 3ZO9A 5GNXA 2VRQA 4GQQA 2E0PA 4MNMA 3WUEA 2OSXA 1FOBA 1GHSA 2IXUA 1DWJM 2PWDA 6A3HA 4M82A 2WCAA 2WB5A 1BG4A 1TA3B 5ABHA 2EPKX 4GI9A 3TOPA 2VI0A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3AIS A;  3TON A;  2QMK A;  2NT1 A;  5M17 A;  3AFB A;  1KGW A;  4F79 A;  4JKL A;  4JIE A;  3W27 A;  2W92 A;  1JYV A;  1C93 A;  2DT2 A;  1R85 A;  2A3H A;  1H4P A;  2CBU A;  1U2Y A;  4HA1 A;  4X9Y A;  3WF1 A;  1E6N A;  5HXM A;  1GQI A;  2YL6 A;  2VNC A;  4M56 A;  3DHU A;  4QFU A;  2J7H A;  1J10 A;  4W86 A;  1Y7V A;  1JDC A;  3AMD A;  2YOC A;  4D1I A;  1CGV A;  1XRV A;  1ODZ A;  3NDY A;  1OD8 A;  3W4R A;  3WD4 A;  1XD0 A;  1KXV A;  4AZI A;  2W4X A;  1Q6D A;  3GNO A;  1W1T A;  1HX0 A;  3WQ4 A;  3L4X A;  2C7F A;  4DWS C;  3ARQ A;  2E8Y A;  2WSP A;  3GNR A;  4E2O A;  2UY5 A;  1E4M M;  5IFP A;  4MAV A;  2XVN A;  2X1I A;  1MFV A;  4W87 A;  2ZUT A;  1XGZ A;  4AZ5 A;  3GTN A;  2ZXB A;  3MV1 1;  2QLY A;  3FN9 A;  3FY1 A;  5FL0 A;  5JIW A;  1W9B M;  5AC5 A;  1MQQ A;  3MSG A;  4AD2 A;  1U33 A;  5LA1 A;  2WWD A;  4UFM A;  2ZXD A;  1UZ4 A;  1HP5 A;  3SIM A;  1BSI A;  2YL9 A;  3BGA A;  1GQK A;  3D3A A;  3QHO A;  5ECU A;  5JIP A;  4BQ2 A;  4HA4 A;  3VO0 A;  4BQ5 A;  2GJX A;  3I3E A;  2CET A;  2ZUM A;  4U5I A; 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