5ABEA

Structure of gh84 with ligand
Total Genus 254
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
254
sequence length
713
structure length
681
Chain Sequence
VSLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISNIKNLPLQVKANRVLISPKWAAGNSVEIELDAIYPGENIQINFLEISTDGKEWKTVDLKLSAGLQKAPVKFVRFTNLRQFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 254
structure length 681
sequence length 713
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2015-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 5abeA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5abeA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5abeA01
1MQQA 4BS0A 3HU7A 3S6TA 1JXJA 4OKDA 4BQ4A 3WKZA 4UQEA 1UD2A 1WDPA 3BAKA 1M03A 3A6OA 2ZUUA 1VEPA 2W91A 4U5IA 1EDGA 4QFUA 1KB3A 1C8XA 2D24A 5FL0A 1C91A 1X6LA 3ZSTA 1C3FA 1KQYA 1UR8A 3VIKA 2V3DA 1YHTA 4J3VA 2WC4A 2DPEA 1CXKA 3SCUA 1UWIA 4TUFA 3U7BA 3PHAA 1GCYA 3WEZA 4W7UA 5FD0A 4W86A 3MMUA 1KGXA 1B9ZA 1LG1A 2YL5A 2IUZA 3GXMA 3AHZA 3E1F1 4TX6A 3VIJA 3OA5A 3VDAA 2Q8XA 4Z2IA 3EDFA 5LA0A 2GDUA 1XSKA 2OWWA 3ZR5A 3RPMA 2BVYA 3AICA 1HJWA 3K8KA 3WQ5A 1Q6DA 1W1YA 3VGEA 2W62A 1Q6CA 1JYXA 1G5AA 4JIEA 2DGAA 1KFWA 3ARQA 4MDPA 3G6MA 1EXPA 1QW8A 2IXVA 4UFKA 1R7OA 4FLOA 2V3GA 2HVMA 4OBSA 3GDBA 3GXFA 1FH9A 2D20A 4J3WA 2D1ZA 2VQTA 3GTNA 4P8WA 2VRQA 4AZ7A 4Z2GA 1SFSA 4W84A 3W28A 3AMCA 3CHDA 3CIVA 5A94A 1ODZA 2EXOA 1E4NA 3VGDA 3VMOA 3EBVA 3AZTA 2HISA 4P7NA 4HOZA 5ABEA 1UKTA 3FY1A 2BXYA 1GOQA 2J75A 1HKJA 1Z32X 1M53A 2G3IA 3CGTA 1J0JA 4V28A 3M6DA 2W67A 2PWGA 4UQDA 5D8ZA 2V5CA 4TTUA 5FCZA 2CKRA 4UQBA 5ABFA 2YDQA 3VIIA 3AHVA 4D6HA 4EAMA 2VVSA 2NSXA 3WMBA 3TONA 1K6AA 2GDVA 6A3HA 2EJ1A 2XG9A 4MNLA 4JHOA 4J3TA 3WH7A 1OINA 2CKSA 1NM9A 2Z1SA 4WF7A 1E4LA 2NT1A 3CUFA 4MNJA 3F5LA 3ZM8A 2QMKA 3UERA 1E6XM 1UZ1A 4CD8A 1TZ7A 4M80A 1HF6A 3VM7A 3PZMA 4HZ8A 3O9NA 5GNYA 3CZEA 4BQ3A 3N18A 1OIMA 4ZXOA 2ZXQA 1LWHA 1KGWA 2EPOA 1WDQA 2XSAA 1V6XA 1SR0A 5HXMA 3F5JA 4H04A 5I3DA 3EMQA 2XPKA 2XTKA 2G3MA 4ZENA 2FHFA 4EKJA 3NSMA 4UNIA 5E6YA 4ZEPA 3SCTA 1GVIA 4KMQA 3SCOA 1NWTA 2UY5A 4GI8A 1CBGA 2AOSA 3WBEA 2YIHA 2ZUVA 3WNKA 2YA2A 4H41A 3CUHA 2GVYA 2YL6A 2BVDA 1AMYA 5ABFB 3W24A 3AIRA 5GNZA 1BFNA 4PMUA 2EEXA 1KQZA 1WP6A 3VGFA 5BXPA 5E70A 3EYPA 2G41A 3WH5A 3ZIZA 1W1TA 3SCWA 4HA1A 5EFDA 3U5UA 4UOZA 4LYPA 4B9YA 1BYBA 3SCPA 3ARVA 4HMDA 2J4GA 4AC1X 5A6BD 2XIIA 3L4TA 1B90A 5BXTA 1J10A 3EDJA 3BLKA 1IZKA 4YHEA 4DM1A 4PCTA 1W3LA 3BAIA 3VILA 5CG0A 3VIGA 2WVVA 4M8UA 2Y8KA 1G1YA 1MW0A 1LQ0A 2YOCA 1V0LA 1CLVA 3VDBA 1QI5A 1B3ZA 3SUVA 1ODUA 2J7BA 4XB3A 3TA9A 4UOQA 3TP4A 3ZJKA 1UQZA 5CQ1A 4FLSA 1VIWA 5M5DA 2VZSA 1RP8A 4PN2A 1QBBA 2BY3A 5HDRA 5FOOA 5DEZA 4QCFA 3U57A 3VU2A 2CERA 4PYSA 2OWXA 4OZOA 3MUIA 2JIWA 3WBAA 1BSIA 3VM5A 4LQ1A 2GUYA 3IJ7A 5CPQA 2QV4A 3WD0A 2WCSA 1HL8A 1XSJA 1CEOA 3PZTA 2X0YA 2XVPA 1QBAA 2WVUA 4Y7EA 3PZIA 3RO8A 2VZOA 4JZ5A 1EOKA 1EA9C 3HJEA 1FFQA 3II1A 1GVYA 1LL4A 1IV8A 1E6SM 3PN8A 5A6LA 3ZSSA 2A3EA 1TVPA 3PZQA 2ZUMA 2ZUTA 1GPFA 2WVVB 1C90A 1GQKA 4B15A 3RM8A 5LA1A 3KEHA 4HMCA 5EMYA 3MUAA 3QGVA 1A3HA 3GBDA 4TVDA 3BCFA 1KXHA 2V5DA 2VTFA 1XYZA 4PMRA 4LPCA 4D6CA 2VVNA 3UESA 3MV01 4C7GA 1HVXA 1V02A 3PZNA 3SCNA 4BQ5A 2BY2A 3BXWA 2GJPA 4PTWA 4RE2A 4OUEA 1MXGA 4WKAA 2DT2A 2VJXA 2VQUA 3ZMRA 1JZ3A 5CGMA 1H3GA 3LPPA 1YQ2A 2VR4A 4PSRA 3RCNA 1AQ0A 2CCRA 1J01A 2VCBA 1B3YA 1I75A 3N12A 3MKKA 3AIEA 2O9TA 2WMFA 5E0CA 1QPKA 1ISVA 3VGGA 4FMVA 2Y8VA 4IM4A 3W4RA 4NRRA 4U2ZA 1OD0A 4KH2A 4PCSA 1OWQA 1LL7A 2XHYA 4AZIA 3OGVA 3THCA 2BY1A 3WQ6A 1HKMA 1V3KA 1UR2A 4AIEA 4AW7A 2E8ZA 3WF0A 1EO5A 4H7VA 3I3BA 1ITXA 4ACYA 4KWUA 1DWIM 2OSWA 3WENA 3CLWA 1UD4A 5CJ5A 1HJUA 1XH0A 6TAAA 1XHGA 3PTMA 2YA0A 4C7FA 3ZQ9A 4HPGA 2E40A 1UHVA 1BG9A 3WMSA 1OGBA 5A1AA 1PJ9A 4ACZA 4D6FA 4P8XA 1JNEA 3AXHA 4WK9A 1G0CA 4ATDA 2J77A 1O6IA 2QPSA 3BLPX 1E72M 4UOJA 3VDHA 1ZBWA 2ZUSA 1E0VA 1UWRA 2GJXA 1G9HA 2CESA 2J79A 2PBOA 1KGUA 3CTTA 1WE5A 4OJYA 3OLIA 1M01A 3IJ9A 3I3DA 3FXYA 4H8HA 3ZT7A 4B9ZA 3VINA 2PWFA 4PUDA 1JZ7A 3EMZA 1QI2A 1HT6A 1VRXA 5BYWA 3BMWA 3W25A 2VX6A 3U7VA 5JIPA 1E6NA 3ARPA 4ATLA 1VFMA 4JFVA 3LMYA 5E6ZA 3GXDA 3ARUA 1RD6A 4W5UA 1UKQA 4MB4A 2WNWA 3ARSA 2PBGA 1E1FA 3LPGA 5KZ6A 1QNSA 5C70A 1E9LA 3CMGA 2CITA 2DSKA 3MS8A 2BHYA 1E0WA 1UA7A 3DC0A 3WNMA 2CBIA 1PAMA 2RGMA 1HJSA 1Q6FA 1J0ZA 1CGXA 2QF8A 2WK2A 4UQAA 1HX0A 1XC6A 1TA3A 1NWUA 3WD2A 1UD5A 3KWXA 3S2CA 2QLYA 4PBGA 3I3EA 5I6SA 1J0HA 4ACZB 4NF7A 2WAGA 4A4AA 4MB3A 2DSWA 1C8YA 3MMDA 1ZBKA 5LA2A 3GH7A 2XFRA 2J7HA 1A47A 2GJXB 3K4DA 5HPCA 1CXFA 1XCXA 2ZICA 4MTVA 1E56A 1J0YA 3SCVA 3WIJA 5A6BA 1HVQA 2VUYA 3AIQA 1DWAM 4D6IA 3K1DA 3POCA 1L0PA 1UWTA 2PC8A 4MAVA 4D6DA 1JI2A 1KXQA 1US3A 1MFVA 3WQWA 1CLXA 1V6VA 2E0PA 4QLJA 1D2KA 1R85A 3BSGA 4GQQA 4KGLA 2YL9A 4OBRA 5BWFA 1QOXA 1D7FA 4AD2A 4AWEA 2Y4SA 4IPLA 3L2MA 2VNCA 3N17A 1UD3A 2J7GA 2A3CA 3SUUA 1LL6A 2UWFA 2D3LA 3BC9A 4UFLA 2CYGA 3CZKA 4AYSA 1J0KA 5DMYA 1N82A 3MANA 1TA3B 1CGWA 3AYRA 1K9TA 3AIBA 4W88A 4Z2KA 1E6PA 3CHEA 2WVSA 4ZE5A 2WC7A 5M3WA 3AS1A 1HKIA 1AQMA 3KL0A 2ZUNA 4N0RA 5BRQA 4B3LA 4DUXA 2VL4A 2DT0A 4CVWA 1FH8A 2ZX6A 2GK1A 2J25A 2VZUA 2ZIDA 2J7EA 1RH9A 5LYRA 5A6JA 2CBJA 4Z2JA 2VO5A 1Y7VA 3K8MA 5GNXA 2AAAA 2YLLA 1R7AA 1WPCA 4LXFA 2VURA 4H2CA 3UCQA 3WELA 2E9LA 4BA0A 3AROA 4TXEA 4PMXA 3SCRA 3CH9A 4JL2A 1PIFA 2X2YA 1E5JA 3OZOA 4PMOA 1C7SA 1FHLA 1E73M 1VAHA 4P7QA 1V3HA 3NJ3A 2DEPA 2PWEA 3PZUA 1W1PA 3PZGA 1V6UA 1GJUA 3RJYA 1UKSA 5M17A 4W7VA 2CNCA 4PMNA 2ZE0A 4HPHA 4C90A 2WMKA 1TUXA 4QLLA 5IDIA 4U33A 1GNXA 2Y5EA 4NSBA 4U3CA 1I1WA 1C92A 4GI9A 3AXXA 4NRSA 3VIMA 3NUKA 3WEOA 2EPLX 3W6MA 1ZBCA 3ALFA 3F5KA 3VX1A 4B3KA 3VIOA 4W7WA 4DUVA 1F4AA 4AD0A 5CZKA 3UR8A 3VD5A 1M7XA 1HP4A 3DHPA 4AZCA 5ABGA 2XJ7A 1ZBVA 2X0HA 2GK1B 4DWSC 1E3XA 1MWOA 1XH2A 3AJ7A 3HMCA 4HA4A 1TMQA 1G94A 2BV9A 1JAKA 5I2UA 4ATWA 3AZSA 1B1YA 5I78A 2FGZA 1GZJA 2V3FA 4UFIA 2O9PA 3B9EA 1U2YA 3BAYA 3W6LA 3NDZA 1JZ4A 4JFSA 2DT1A 4D72A 1CGYA 4IISA 4AIOA 1UQYA 3WUEA 4J3UA 3FAXA 3QOKA 3AOFA 2XWDA 4CN6A 4NZCA 1BTCA 2BFGA 1JF6A 7CGTA 5IHSA 1NOFA 5AC4A 1UKOA 3AQUA 3BAXA 4JFTA 1MW2A 3U5YA 4HU8A 2J7DA 4AZ6A 1HP5A 1QI0A 3RILA 1GHRA 1JYNA 3NSXA 1E15A 1JI1A 1W1VA 1AQHA 2XSBA 3BGAA 3IAPA 1UA3A 1WDRA 1B3VA 5DT7A 3VO0A 4CD7A 3T08A 3GNRA 1ISXA 4Z2LA 2WWDA 3WY1A 1OD8A 1WKYA 4J3SA 2YLAA 1QW9A 2O9OA 1RP9A 4AZCB 1E4MM 3VMPA 2YBUA 4BZYA 2WYSA 4MNMA 4WKFA 2OSYA 3GBEA 3AXIA 3RM9A 4AZBA 1MFUA 2CHOA 2FDMA 3GH5A 5CXPA 1V0MA 3T2OA 3K46A 4JFWA 2BNJA 1B31A 2J7FA 2J47A 3N04A 2WZHA 1VFFA 2CEQA 3L2LA 4L4PA 2YA1A 5A69A 1KBBA 1B30A 3L4WA 5JBFA 5A8PA 4HZ7A 4F79A 4UTFA 3W38A 4P8UA 1ZL1A 1U30A 1UG6A 1PZ2A 1JYVA 5I23A 3AIWA 3OLEA 2DSUA 1CPUA 5CSYA 3FNDA 3GZAA 1WZLA 4UQ9A 2UY3A 2WZIA 3VOCA 4IPNB 4MPKA 2VR5A 2W61A 1GW1A 2OSXA 3PZOA 1HIZA 1QHZA 1W9XA 4HZ6A 3BAWA 2OYMA 2B31A 1GUVA 4AZHA 1E6RA 3LPOA 1AVAA 1TR1A 1BAGA 1OB0A 1HJVA 5BXSA 3WEMA 4W5ZA 5C71A 3CO4A 3MMWA 2JF6A 4JCMA 4E2OA 4GINA 1OSEA 4MNKA 2A3AA 2V3EA 1JNDA 2ZOXA 2VMFA 2ZX8A 4AD3A 1PPIA 1CDGA 1XYFA 2W92A 1JL8A 2DQXA 1K9FA 3WUBA 2CXGA 2J62A 2G8ZA 4H8UA 1UWUA 2D2OA 3N11A 2IXUA 4EANA 4L4OA 3O2LA 3L4ZA 2OYKA 3GYCA 4M24A 4D6GA 4LX4A 1MYRA 1QNPA 2WM0A 1E0XA 2WMIA 1VEMA 1ZJBA 2XYLA 4W89A 3T0DA 2WANA 2JFEX 3KZSA 3OGRA 5A2AA 1BGAA 5HNNA 1H0GA 1MW1A 2ZX7A 1QHOA 1EOMA 1H11A 3OG2A 3WN6A 3VUPA 3ECQA 3W0KA 1E40A 2PI6A 2TAAA 3ZJ7A 2JALA 4RE3A 5AC5A 3WH8A 2XFFA 3QHNA 5JUVA 4ZFMA 4GO9A 1JAEA 2PB1A 1UR4A 2W5FA 1WZMA 2W63A 2PWHA 2F2HA 5BXRA 4CN4A 3OIHA 1E55A 1R8LA 2WHMA 5BRPA 4JKLA 2ZWZA 4KGJA 3VNZA 3SIMA 2O9RA 3THDA 3AI0A 2J8GA 3AMLA 3K8LA 5GQBA 3ARRA 4D1IA 1OGGA 1HKKA 4F9DA 1EO7A 4M1RA 1JXKA 4AZ5A 2DSZA 1EQPA 1NOWA 1H49A 4AD5A 2XVKA 3NSNA 1BVZA 3CUIA 2VX7A 2AMGA 7A3HA 4V27A 1H41A 3W37A 2WMIB 4HMEA 1BQCA 3FW6A 1US2A 2FHCA 1BPLB 2E9BA 4MADA 4F66A 2XVLA 2WHLA 4QDMA 4CVUA 3WF1A 1VJSA 2X8RA 3T2QA 3OBAA 3T0BA 2D0GA 4UFMA 2FH6A 4W8AA 3WNLA 2V38A 5CLTA 3VKKA 1NOUA 1PZ3A 3RMEA 1LG2A 3MUZ1 2WKGA 1SYTA 2XVNA 2E8YA 3CZGA 1Q6EA 3WL0A 3VIHA 3KL3A 3PZ9A 1MXDA 3A4WA 5I0DA 2WSKA 4E8DA 3BCDA 2FH8A 4HOXA 1GQJA 1DTUA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1MQQ A;  4BS0 A;  3HU7 A;  3S6T A;  1JXJ A;  4OKD A;  4BQ4 A;  3WKZ A;  4UQE A;  1UD2 A;  1WDP A;  3BAK A;  1M03 A;  3A6O A;  2ZUU A;  1VEP A;  2W91 A;  4U5I A;  1EDG A;  4QFU A;  1KB3 A;  1C8X A;  2D24 A;  5FL0 A;  1C91 A;  1X6L A;  3ZST A;  1C3F A;  1KQY A;  1UR8 A;  3VIK A;  2V3D A;  1YHT A;  4J3V A;  2WC4 A;  2DPE A;  1CXK A;  3SCU A;  1UWI A;  4TUF A;  3U7B A;  3PHA A;  1GCY A;  3WEZ A;  4W7U A;  5FD0 A;  4W86 A;  3MMU A;  1KGX A;  1B9Z A;  1LG1 A;  2YL5 A;  2IUZ A;  3GXM A;  3AHZ A;  3E1F 1;  4TX6 A;  3VIJ A;  3OA5 A;  3VDA A;  2Q8X A;  4Z2I A;  3EDF A;  5LA0 A;  2GDU A;  1XSK A;  2OWW A;  3ZR5 A;  3RPM A;  2BVY A;  3AIC A;  1HJW A;  3K8K A;  3WQ5 A;  1Q6D A;  1W1Y A;  3VGE A;  2W62 A;  1Q6C A;  1JYX A;  1G5A A;  4JIE A;  2DGA A;  1KFW A;  3ARQ A;  4MDP A;  3G6M A;  1EXP A;  1QW8 A;  2IXV A;  4UFK A;  1R7O A;  4FLO A;  2V3G A;  2HVM A;  4OBS A;  3GDB A;  3GXF A;  1FH9 A;  2D20 A;  4J3W A;  2D1Z A;  2VQT A;  3GTN A;  4P8W A;  2VRQ A;  4AZ7 A;  4Z2G A;  1SFS A;  4W84 A;  3W28 A;  3AMC A; 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