5ABFA

Structure of gh84 with ligand
Total Genus 237
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
237
sequence length
712
structure length
663
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISNNLPLQVKANRVLISVEIELDAIYPGENIQIGRLEISTDGKEWKTVDLKSAGLQKAPVKFVRFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 237
structure length 663
sequence length 712
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2015-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 5abfA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5abfA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5abfA01
2BY0A 2W61A 2D0FA 3PTMA 4GI8A 1MWOA 4J3SA 4P8UA 4AEEA 3WDHA 3K1DA 2DIJA 1GJWA 4P8XA 1QPKA 2OYMA 3GTNA 3PTQA 2DSWA 3LPFA 1MYRA 4W8AA 3NDZA 3THCA 3WDIA 3SCOA 3VNYA 1KCKA 3M6DA 1H2JA 3L2LA 4WSJA 1C8QA 2D3NA 1PX8A 4W7UA 4P7QA 2D23A 1JZ2A 1XHGA 3MS8A 1UR0A 1ECEA 1R7AA 2DT1A 2PWDA 1V3JA 1W32A 2W62A 4C7DA 1BG4A 5C70A 3GNRA 4U2YA 2EPMX 4AZ5A 1E5NA 3CO4A 3CHDA 1FP8A 2QHAA 4UR9A 3ZOAA 2Y8KA 3OLGA 2VX4A 2XWEA 2WVTA 8CGTA 2Y24A 2J62A 2XVKA 1KR1A 3POHA 3CZGA 3VPLA 4JFUA 2JEPA 4BQ3A 4JAWA 4Z2GA 3TTOA 4LPCA 4NZCA 1R8LA 5EB8A 1E6RA 2XVGA 3UG4A 3CUJA 2V3GA 3GH5A 2OSYA 2EPLX 2QPUA 3ALFA 4HZ6A 1H4PA 1AMYA 3D3AA 1JGIA 3WDJA 2WWDA 2EPNA 1OWQA 2BVTA 2CKSA 2VI0A 5GNXA 2YL5A 3GM8A 3PZNA 2X8RA 1E73M 2W67A 4D72A 2J7FA 1JD9A 4U3AA 1BYBA 3AIVA 4H2CA 2VZUA 1QNRA 1A3HA 1DEDA 1W9DM 2J8FA 3AIBA 5BXSA 3CBWA 3WD0A 4AEFA 4IUGA 4S3KA 3CMJA 3AHZA 4WJXA 2EXOA 1B3WA 3WD4A 1ZBVA 3QGVA 1WDSA 2ZOXA 3W25A 4YPJA 3CZKA 3WFZA 2WVVB 2Y4SA 1JL8A 1TFVA 2FH6A 1W91A 1ISVA 4C7GA 2VQTA 5TD4A 4R27A 1JYXA 1UA7A 4AZCA 3VX0A 4Z2LA 2VX7A 3N12A 2ZWZA 1W1TA 3DHUA 1QI2A 4U5IA 2WC3A 5E0CA 3SCTA 1GVIA 3WDRA 1BYDA 1VRXA 4QFUA 1C93A 4WKHA 3AIQA 2PC8A 1GUVA 2WANA 2ZUWA 1ODUA 2JALA 1ZJBA 4ATDA 1C8XA 4XX6A 1LL4A 1NQ6A 4BS0A 3WIJA 2W5FA 3EBVA 1C8YA 3O6AA 4M8UA 3AYRA 2D24A 4M80A 3B9EA 2V3DA 4HOWA 7A3HA 3NUKA 5JBEA 1HP4A 1BYCA 2YDSA 3BGAA 4AZBA 4PMZA 3SCVA 4CVWA 4AZGA 4D6HA 4IM4A 2RGMA 4D6IA 1V6VA 5FCZA 1E6QM 1ZL1A 1LL6A 3T0DA 4Q7NA 4B3KA 1K9EA 2BS9A 1TA3A 3L2MA 1HVQA 3VMPA 1FFQA 1MXGA 2BHZA 1UHVA 5BROA 2GJXB 1JI1A 3ARQA 1EO7A 4CN1A 2O9RA 2OWCA 1KGWA 3VD7A 1UZ1A 4ACYA 1D2KA 3BCFA 3ARRA 4M29A 1W3JA 1IZJA 5GQBA 1V3HA 5CQ1A 1E1EA 1BAGA 4B9YA 1JDAA 1Q6GA 4UNIA 3AS1A 5I6SA 1CDGA 2VQUA 5A6JA 2XFYA 5A8OA 4CU8A 4W86A 1UD8A 4PTVA 4NRRA 2X1IA 3ZMRA 4BQ2A 3BAJA 1UKSA 5E70A 4A3YA 3A4AA 3QHOA 5IFPA 1HKKA 3WDPP 5I79A 4HZ7A 2W92A 2ZUTA 1BPLB 1W9VA 3L4TA 1QVBA 1J0JA 4TTGA 4AD4A 4HPGA 5A94A 3CLWA 4MNMA 3W6LA 5E09A 4TTUA 1EQPA 4GQQA 3CUHA 2QMKA 1MQRA 2IUZA 3MV01 4ZE4A 3T2OA 3KL0A 2ZIDA 4XB3A 3ARSA 4U3CA 1V3MA 4Z2HA 4M81A 1FH7A 3CZLA 3CHFA 1YHTA 5HOSA 4EAMA 3ARWA 1E1FA 2CERA 2BV9A 1JZ8A 4DWSC 3UG3A 5A6SA 3GDBA 3O9NA 1EXPA 5A8NA 1WDQA 2YLLA 4HP5A 1CXLA 2CIPA 4HOZA 1U33A 3WY1A 2XTKA 4W88A 1NWSA 1GONA 1CIUA 2E9MA 1BSIA 3UCQA 4DUWA 1XV8A 1J0HA 1CGUA 1GQJA 1VFMA 4JCLA 4PTWA 3SUTA 2HVMA 1FFRA 1U2YA 2YDQA 3IJ9A 1VFUA 1NOFA 1CLVA 1VEOA 3THDA 1CPUA 2UWFA 2GJPA 4MDPA 5M3WA 4PCSA 5A6LA 5CSYA 4F9JA 1OT1A 2ZUMA 2YL6A 4QLKA 2J74A 2WC7A 3TP4A 1UA3A 1PAMA 4WIWA 3ARPA 4S3JA 4PMUA 2O9PA 1JDCA 3OLIA 1UD2A 4X0NA 2NSXA 3FXYA 1AQ0A 1MXDA 2EPOA 3SCSA 3CH9A 3KL3A 3NCOA 1XSIA 4PBGA 2WMFA 3CGTA 4PEEA 5D9OA 1J0YA 1EDTA 5GPRA 1G01A 3VTRA 1H3GA 1KQZA 3O2LA 5CGMA 3VGGA 2V3EA 5I3DA 3AXIA 4B3LA 4D1IA 5A2BA 3TTSA 4AW7A 2A3AA 1C92A 4UFHA 1UD6A 1UZ4A 4OBSA 2E40A 2BVYA 1VAHA 2YBTA 1G9HA 4MJ2A 3VU2A 1EDQA 3A3HA 1VBUA 4M24A 1VFFA 3RM8A 3WF1A 1Q6DA 1ISWA 4AISA 1UH3A 3MUZ1 4V27A 1E0VA 3W38A 3T09A 1KBBA 2UY4A 2CHNA 1VF8A 4BQ4A 4XZBA 5FD0A 3CIVA 3A4WA 3VIKA 4PMVA 5ABFB 1G1YA 1LLOA 1HJWA 2VR4A 3RMEA 3QHNA 4UZSA 3VM7A 1JZ4A 1OIMA 4W5UA 4AWEA 2ZX8A 6A3HA 4KRUA 4WKFA 4UTFA 1ITCA 4HMEA 1CGTA 3N04A 1CYGA 5DF0A 1LWHA 3MANA 3PZIA 4EKJA 1NWTA 3RPMA 3PTKA 4QLLA 4W85A 3NSMA 3OLEA 1V6UA 2XGIA 2DQXA 3NJ3A 3AIWA 1UKPA 1B1YA 1V03A 2NT0A 1V3LA 3SEPA 1E0WA 4NI3A 5JIPA 2WYSA 2DSZA 3VM5A 1V6YA 1DWGM 1EH9A 4U5KA 2ESCA 3QOMA 3AHTA 2WZIA 5M03A 3ZSTA 4UOZA 1KCLA 5BWFA 2YA0A 1TE1A 2VJXA 1OGGA 3GBEA 3IJ8A 4L4PA 3BAIA 3W81A 1W9PA 5D4YA 3DC0A 2PWGA 5A6AA 1UWSA 4GI9A 3UETA 3BAKA 5ABGA 1VENA 1V02A 1V3IA 5E6ZA 4QCFA 3N9KA 1UR1A 4D6FA 4CKQA 1CGWA 4CVUA 1NWRA 2OSXA 2QMJA 5I24A 2IXUA 1KQYA 5D9MA 2XVLA 4QLJA 1OSEA 3AMDA 4XZWA 2FHBA 3WH5A 1H1NA 5EBAA 2IXVA 1B0IA 2VL4A 1LQ0A 5BXRA 3AS2A 3WD1A 4LXFA 1CXEA 5JBDA 4PMDA 4E2OA 1UD3A 4LYPA 1GZJA 4AIUA 3DECA 4W84A 1LJYA 3HJEA 3T0AA 4RE2A 1E40A 4W8LA 2J78A 1VB9A 3CHEA 1VEPA 3KEHA 4H7VA 5EMYA 2J7BA 3EYPA 2CEQA 1V6XA 2OWXA 2ZXBA 1A47A 2OWWA 2WHMA 2DPEA 2J7GA 1QHOA 5I2UA 2WCGA 1ZJAA 1V0MA 4GZIA 4W93A 5A2AA 2V5CA 1TVNA 3VIFA 1XYFA 4FLOA 2DSUA 3J7HA 3BMWA 4JKLA 1R86A 1KBKA 2GFTA 4ZEPA 3WUBA 1RH9A 4DWSA 3UESA 4D6JA 3WQVA 1WNOA 3MO4A 1HL9A 1NM9A 3ZT5A 4P7OA 1XCWA 5AYBA 1E4NA 3W24A 1E6SM 5HPCA 1GQLA 3PZQA 2GK1A 5ABEA 3POCA 5BYWA 4CUCA 1CGVA 1HF6A 3WEZA 3G6MA 2WAGA 1XH1A 2UY3A 4JHOA 4DUVA 1HXJA 1R7OA 2ZWYA 4LYRA 4GZEA 4MDOA 1B31A 4LYQA 4OZOA 4J27A 1H0GA 4MAZA 3ZR6A 4PMOA 2Y2WA 2BHUA 2CBJA 1HJSA 5GNYA 2CBIA 3I3EA 2ZXQA 3ARXA 5CPSA 2WMIA 4HZ8A 1OD8A 4H04A 1WPCA 4WSKA 1K6AA 4D6DA 1W2VA 1HL8A 2NT1A 2WHKA 2CITA 2BVDA 4FLSA 1CGXA 4FF5A 4WKAA 1GOKA 3QHMA 1ZS2A 4AZIA 1US3A 5HXMA 5A95A 4D6CA 3L4VA 2W66A 3WH9A 3TTQA 3WMCA 2O9TA 4B16A 1ISXA 1KXTA 1UR2A 1BVZA 2CETA 2WNWA 3CZ8A 4J28A 1JNDA 1CENA 2J7HA 1OCQA 1XSJA 2EJ1A 5HNNA 1V0KA 2WMGA 2ZX7A 3MSDA 4J3VA 5IDIA 4A3HA 3WUGA 1JYNA 3VD5A 1JF6A 5EFFA 1Q6EA 4OIFA 3BAXA 2VR5A 1Q4NX 4PMXA 3SCRA 1XD0A 2YOCA 1QNSA 3FHAA 4KGJA 4FLQA 5D8WA 3W26A 5CLTA 4C91A 4H8UA 4NRSA 1S46A 3ZR5A 2GSJA 4AZCB 1HKMA 1TR1A 3ARZA 3RJYA 1OINA 2E9LA 2VURA 4ACZA 1ZBWA 1KFWA 2C0HA 1UWQA 4IPLA 4V28A 4TVDA 4TXEA 1NP2A 5D9PA 1CECA 2ZX9A 2CCRA 1ZU8A 2G3NA 3WQ4A 2V38A 1DWHM 3WNMA 4GIAA 5FOOA 1J10A 1TZ7A 2WPGA 4MB4A 4Z2KA 2J75A 2WWCA 2YKKA 3QOKA 3T2QA 3VNZA 4W87A 4HPHA 3AS0A 5BRPA 1JIBA 1KWGA 3NSXA 2FHFA 1K9FA 5AYIA 2J7EA 4NSBA 1V6WA 1MW2A 1DP0A 1HN1A 1DTUA 2ZUVA 2JE8A 1OB0A 3VIMA 3BLKA 5A8QA 3F5LA 1BHGA 2AMGA 3VD4A 2YA1A 2TAAA 1I1XA 4Z2JA 2V3FA 1TA3B 5BXPA 3GZAA 5F7UA 1ZBKA 2WZHA 3EMZA 2HISA 3OA5A 4MNJA 1UD5A 2XM1A 4M1RA 1U30A 3VUPA 5CXPA 2C8NA 1V0NA 3OGSA 5D9NA 1GW1A 1V3KA 2DT0A 1WDRA 3WEOA 5HDRA 4FK9A 3UERA 2E8YA 2VVSA 3FN9A 1M7XA 4LGXA 3PZ9A 3SURA 4D6GA 5LYRA 1OT2A 3APGA 4F66A 1K9DA 1XRVA 3BAYA 3CUIA 5IFTA 4KWUA 1WB0A 2PF0A 4YHGA 1MFVA 5I77A 4AYSA 3WQ8A 4M82A 8A3HA 3NIYA 3SCPA 1W2PA 2VX6A 3GBDA 5DFAA 4AD1A 2Z1KA 3WUFA 1JFXA 2CXGA 3MUAA 2ZICA 3RDKA 1WAWA 2AAAA 2DT2A 3NDYA 4URIA 1AVAA 3NSNA 3L4WA 1WZMA 2VZOA 1WZKA 2A3BA 3AZTA 4X0VA 2RGLA 2X05A 5HPOA 4CU6A 2XFFA 5A6MA 3WELA 4PSPA 3LPPA 3ZIZA 3TA9A 3AHXA 3MUY1 3B8SA 1BG9A 2G3MA 4F8XA 1SFSA 2GJRA 1ISZA 4HA4A 5DMYA 1BVNP 2QPSA 4E8CA 4TX8A 1BTCA 1XD1A 1JD7A 1XC6A 3FW6A 5DEZA 5BRQA 2J4GA 1RP8A 3BC9A 1CXHA 1HIZA 1NH6A 2XFRA 1E4LA 2WXDM 2NW0A 1X6LA 4CN6A 1JYWA 2J77A 3WH8A 2D0HA 1F4AA 5DO8A 3ZSSA 1UR9A 2XM2A 3RJXA 3IAQA 4PUDA 2WC4A 2XHYA 4PRWA 9CGTA 3MMWA 1NARA 2XVNA 3HN3A 3N18A 2GVYA 1E72M 1QBBA 5FL1A 1PBGA 1QW8A 1NP0A 3IANA 4CGTA 2QV4A 2G4FA 4AD2A 3WF2A 3CHCA 1E15A 4W7WA 4OUEA 4ZENA 1Z32X 4B9ZA 1V02E 2CKRA 1FH8A 3OIHA 4CN4A 3S6TA 3M7SA 1JFHA 1US2A 1CLXA 3N11A 3AISA 3AICA 4OJYA 1H09A 3WNKA 3OG2A 3VIPA 4OBRA 1TCMA 4UFIA 3ARTA 3W82A 3UR8A 3WQ5A 5CSUA 1V08A 4F9DA 2EPKX 1GHRA 1J0ZA 3MSGA 3OGRA 4NF7A 5CG0A 3PZVA 3W6MA 5A69A 3G6LA 1HJVA 1UQZA 2WB5A 1R85A 1UWUA 3AIEA 2FH8A 3I3BA 1JF5A 1TUXA 3WN6A 4MB3A 4AD0A 1HJQA 2XSAA 1B3YA 3ALGA 1M04A 2VUYA 3A4XA 2E0PA 3ARUA 4AMCA 3UR7A 3S2CA 1PZ3A 3ZT6A 1FH9A 4PMNA 2OYKA 1W3KA 3CUFA 4D71A 5GNZA 3EDFA 3KE0A 1HJXA 4UQ9A 4C7FA 1TMQA 1ITXA 4OKDA 2JF6A 3AHVA 2MANA 3TONA 1C91A 3SUWA 4AZ6A 2BY3A 1XCXA 3BXWA 4UQDA 1UWRA 1UR8A 3OBAA 1UWIA 1P6WA 3PHAA 2YL8A 5ECUA 2XYLA 1W1PA 4P8VA 2VRKA 3FHQA 4XV0A 3WNNA 1E6NA 4BF7A 6TAAA 2WCSA 3SCNA 1JAEA 1E0XA 4ZFMA 1FA2A 4RE4A 2XG9A 1H0IA 1QOXA 2DT3A 2ZUNA 4B15A 3SCWA 1GOWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2BY0 A;  2W61 A;  2D0F A;  3PTM A;  4GI8 A;  1MWO A;  4J3S A;  4P8U A;  4AEE A;  3WDH A;  3K1D A;  2DIJ A;  1GJW A;  4P8X A;  1QPK A;  2OYM A;  3GTN A;  3PTQ A;  2DSW A;  3LPF A;  1MYR A;  4W8A A;  3NDZ A;  3THC A;  3WDI A;  3SCO A;  3VNY A;  1KCK A;  3M6D A;  1H2J A;  3L2L A;  4WSJ A;  1C8Q A;  2D3N A;  1PX8 A;  4W7U A;  4P7Q A;  2D23 A;  1JZ2 A;  1XHG A;  3MS8 A;  1UR0 A;  1ECE A;  1R7A A;  2DT1 A;  2PWD A;  1V3J A;  1W32 A;  2W62 A;  4C7D A;  1BG4 A;  5C70 A;  3GNR A;  4U2Y A;  2EPM X;  4AZ5 A;  1E5N A;  3CO4 A;  3CHD A;  1FP8 A;  2QHA A;  4UR9 A;  3ZOA A;  2Y8K A;  3OLG A;  2VX4 A;  2XWE A;  2WVT A;  8CGT A;  2Y24 A;  2J62 A;  2XVK A;  1KR1 A;  3POH A;  3CZG A;  3VPL A;  4JFU A;  2JEP A;  4BQ3 A;  4JAW A;  4Z2G A;  3TTO A;  4LPC A;  4NZC A;  1R8L A;  5EB8 A;  1E6R A;  2XVG A;  3UG4 A;  3CUJ A;  2V3G A;  3GH5 A;  2OSY A;  2EPL X;  2QPU A;  3ALF A;  4HZ6 A;  1H4P A;  1AMY A;  3D3A A;  1JGI A;  3WDJ A;  2WWD A;  2EPN A;  1OWQ A;  2BVT A;  2CKS A;  2VI0 A;  5GNX A;  2YL5 A;  3GM8 A;  3PZN A;  2X8R A;  1E73 M;  2W67 A;  4D72 A;  2J7F A;  1JD9 A;  4U3A A;  1BYB A;  3AIV A;  4H2C A;  2VZU A;  1QNR A;  1A3H A;  1DED A;  1W9D M;  2J8F A;  3AIB A;  5BXS A;  3CBW A;  3WD0 A;  4AEF A;  4IUG A;  4S3K A;  3CMJ A;  3AHZ A;  4WJX A;  2EXO A;  1B3W A;  3WD4 A;  1ZBV A;  3QGV A;  1WDS A;  2ZOX A;  3W25 A;  4YPJ A;  3CZK A;  3WFZ A;  2WVV B;  2Y4S A;  1JL8 A;  1TFV A;  2FH6 A;  1W91 A;  1ISV A;  4C7G A;  2VQT A;  5TD4 A;  4R27 A;  1JYX A;  1UA7 A;  4AZC A;  3VX0 A;  4Z2L A;  2VX7 A;  3N12 A;  2ZWZ A;  1W1T A;  3DHU A;  1QI2 A;  4U5I A;  2WC3 A;  5E0C A;  3SCT A;  1GVI A;  3WDR A;  1BYD A;  1VRX A;  4QFU A;  1C93 A;  4WKH A;  3AIQ A;  2PC8 A;  1GUV A;  2WAN A;  2ZUW A;  1ODU A;  2JAL A;  1ZJB A;  4ATD A;  1C8X A;  4XX6 A;  1LL4 A;  1NQ6 A;  4BS0 A;  3WIJ A;  2W5F A;  3EBV A;  1C8Y A;  3O6A A;  4M8U A;  3AYR A;  2D24 A;  4M80 A;  3B9E A;  2V3D A;  4HOW A;  7A3H A;  3NUK A;  5JBE A;  1HP4 A;  1BYC A;  2YDS A;  3BGA A;  4AZB A;  4PMZ A;  3SCV A;  4CVW A;  4AZG A;  4D6H A;  4IM4 A;  2RGM A;  4D6I A; 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