5ABFA

Structure of gh84 with ligand
Total Genus 237
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
237
sequence length
712
structure length
663
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISNNLPLQVKANRVLISVEIELDAIYPGENIQIGRLEISTDGKEWKTVDLKSAGLQKAPVKFVRFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 237
structure length 663
sequence length 712
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2015-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 5abfA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5abfA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5abfA01
4RE2A 6CGTA 3ARTA 7A3HA 4C7DA 1HJQA 2XVGA 1GUVA 1MW2A 5IHRA 4WKHA 3W81A 3IJ8A 3K46A 4AZ6A 3QHMA 3O9NA 3OB8A 2OYKA 3CZGA 1UWRA 4V27A 3AHTA 2GJXB 2W67A 5E0CA 5M17A 2OWCA 2DT2A 1W1TA 2QMKA 4M1RA 1EDGA 3BAWA 4PMQA 3N1AA 1XCXA 3VMPA 1W9UA 3VDAA 2D0FA 4JKMA 2GJRA 3B8SA 1UUQA 2JEQA 3VGHA 4QLKA 1H0GA 4ZFMA 4IUGA 3WD0A 2WZEA 5A8MA 5HBFA 3UG5A 3KE0A 3WDHA 3EDJA 3WIJA 1HX0A 4M80A 2WVVA 1DWAM 2VO5A 3SCPA 2W62A 4UNIA 1UG6A 4PSPA 3RM8A 4P7LA 3N12A 1OIFA 3L2LA 1LLOA 1I75A 2VC9A 3VGBA 1QPKA 3OZOA 1V0LA 3W25A 4FLQA 1MWOA 2XIBA 4F79A 1J0ZA 1BG4A 2QPUA 1E6SM 1EHNA 5DT5A 1ZU8A 2DSKA 4MNKA 2VCAA 1GQLA 1F4HA 1Q6GA 4DM2A 2UY4A 3VD9A 3CUGA 3T0DA 3WH7A 4UQEA 4U5IA 2WKLA 3UERA 1NH6A 1PIGA 2WLZA 1UR2A 2D23A 2VVNA 1US3A 4ZXOA 4EAMA 1NWSA 1K6AA 2WMJA 3WQ4A 1VJZA 2DH2A 1K9DA 3ZSSA 1U2YA 1EDQA 1DHKA 4AWEA 2V3GA 5I0DA 3VIGA 3SIMA 5DEZA 2VOTA 1V3JA 3VILA 5I24A 5BXPA 3D3AA 1GORA 3ZT6A 1C92A 3K4DA 1OGSA 2XFRA 2YL5A 1KR1A 4JFTA 3SCSA 4WF7A 2EPNA 1C90A 1QVBA 2FHFA 4W7VA 4LGXA 4NZCA 1O6IA 3CO4A 1E1FA 4BF7A 2PF0A 1PX4A 4QCEA 2A3AA 4CD4A 2QHAA 4J27A 2AMGA 1HJVA 4GI8A 4J3SA 2IXUA 1H11A 4FLRA 1VBUA 1OCQA 2D22A 1E4MM 1B30A 3CUHA 4P7NA 4PEEA 3WF3A 3AYRA 2VZSA 5CZKA 2VI0A 1H0IA 1SR0A 2WVTA 3GH5A 1MW0A 1HL9A 4HA3A 2Y24A 4UZUA 1JDAA 1RP8A 1EOKA 2EJ1A 1JL8A 5A6BD 3RPMA 3RJYA 3AMKA 1MQRA 2Y4SA 1UHVA 3SUWA 4NRRA 2TAAA 1HKJA 4D72A 1CLVA 3VX0A 4B9ZA 2VURA 1E6PA 2ZUTA 1B3WA 1GOQA 4H8UA 5D4YA 2YOCA 2X05A 2NT0A 3ZJKA 2PBOA 4HPGA 2VR4A 1S46A 4AIEA 3ARVA 1KGXA 1WCGA 3RM4A 4JKKA 2O92A 1M04A 1NP0A 2JF7A 1Q4NX 2FHBA 3CBWA 4PTWA 4MAZA 5AC4A 1W3LA 5CLTA 3CPUA 1ISWA 4P7QA 3UG3A 4ATDA 3WF1A 1B90A 1H49A 4W87A 1K9FA 1UQZA 2WVVB 3GH4A 3U7VA 3VD5A 4CN4A 1CGXA 4TXEA 1Z32X 1K9TA 1PPIA 2J7CA 2Y8KA 3GNOA 3ZOAA 2YA2A 2Y2WA 2DIEA 5ABHA 1GVIA 2WAGA 4TUFA 3SEPA 3WH8A 4XUYA 5A6KA 3I3DA 4JL1A 2WC7A 1VJSA 3L4XA 2DIJA 1XYFA 4D71A 1XYZA 1W91A 3ZM8A 1FHDA 1D7FA 1B2YA 3PZ9A 3K8MA 3T0BA 1ZBVA 4GQQA 2XVLA 5DF0A 1E6NA 3OGRA 2E0PA 3W24A 3SURA 2OSYA 4J3TA 3MV01 2CXGA 2W66A 4PMVA 1CBGA 3BCFA 3TTYA 1Q6CA 4BQ5A 1MYRA 1Q6EA 3GNPA 4UTFA 3RILA 1X6LA 4PN2A 1OGGA 4C7GA 3PZTA 3S6TA 3B9AA 2EPKX 3F5KA 1H1NA 1QHPA 4W93A 3MANA 3DECA 3ZT7A 1E56A 3KZSA 5FOOA 2ZWZA 3VIJA 3NDYA 4JHOA 3BLKA 1GVYA 4GZEA 4U3AA 1K9EA 2WC4A 4JKLA 4P7RA 4EE9A 1EXPA 1E0XA 5CXPA 4C7FA 3OBAA 2J4GA 1KR0A 4MB4A 2J7BA 1UWTA 2GDUA 1HT6A 3VDCA 2WHMA 3AHXA 2DDXA 2BHZA 1CGUA 3K4AA 1UWIA 1HVQA 4L4PA 3A4AA 1UQYA 2VZOA 2DSZA 1DWGM 4W8BA 1JDDA 3SUUA 1ODUA 2YDQA 1E5NA 4R27A 2Z1KA 1V3MA 3FN9A 1G9HA 1PIFA 4UFJA 1W2PA 4ZE4A 4AIOA 1UD8A 1UD6A 4MNJA 4AD2A 1CENA 4HMCA 4LX4A 4H8VA 1V0NA 4CD5A 2F2HA 1KBKA 1W1PA 4QFUA 3CUIA 4B9YA 3NJ3A 1CXLA 5CSUA 2GVYA 2HVMA 2BHYA 4J3VA 4W88A 2VVSA 3JUGA 1CECA 4TVCA 3APGA 1UH3A 4Z2GA 2YIHA 2YA0A 1E4LA 4LPCA 2W91A 3VD4A 1NOUA 1DWFM 3AFBA 3ZQ9A 2O9TA 4H2CA 4D6GA 4JZ5A 4W8LA 2XSAA 3VM7A 2WZIA 2V5CA 2J75A 3AHVA 1HJXA 1OIMA 3MV11 5E09A 1VB9A 1HKIA 2WC3A 3WL1A 1VFFA 3W38A 4BA0A 1XSIA 4A3YA 1JZ5A 2WPGA 1KGUA 2YLLA 2CEQA 3ZJ6A 1P6WA 1LWHA 3N9KA 3U5YA 3MUIA 5GNYA 3L2MA 4X0VA 3UCQA 1V0KA 1PX3A 3A4WA 3ARWA 4URIA 1E5JA 4JFSA 3O2LA 4D1IA 1FH7A 2Y8VA 2CPUA 5JUVA 1GJWA 3OZPA 4W89A 2D20A 2X1IA 2A3EA 2DT0A 2YJQA 4K68A 2ZICA 4ZEPA 3AIUA 3RM9A 1GQKA 2ZX9A 3U57A 3WL0A 5A6LA 1J12A 2JFEX 3QHNA 1VFUA 2XVNA 1KXQA 8A3HA 4TTUA 3MSGA 1CLXA 2VMFA 3AROA 1TG7A 3BC9A 1JNDA 4GZIA 3HU7A 1W3HA 3UR7A 3AXHA 1KXVA 3OA5A 3CZ8A 4UQ9A 2ZWYA 3SCRA 2C7FA 2JIEA 4B16A 2VRKA 3WQVA 4W8AA 1JYWA 5JBEA 3WD4A 2XPKA 1JGIA 2ZX8A 1GZJA 3OGSA 4D6FA 1X1NA 2E8YA 1VAHA 3EDFA 1GHSA 1BSIA 1SYTA 4HPHA 1KXHA 2E40A 3POCA 3N17A 2BXZA 4D6JA 4DM1A 4JAWA 4KGLA 4PMYA 2XYLA 3ARPA 3OGVA 1WDQA 1JD7A 1KGWA 1XV8A 3W37A 1CEOA 3M07A 1FP9A 3RDKA 3POHA 1UD3A 3VIFA 1E73M 4HZ7A 3AHZA 4HZ6A 4X0NA 3TTSA 4CU8A 1E70M 1KCLA 4OOUA 4MAVA 1G01A 3N13A 2DSWA 1UH4A 3M46A 3WUBA 3VKKA 4J7RA 1EO5A 1O7AA 3W26A 4PMXA 1TZ7A 5AC5A 2VUYA 1RP9A 3LPGA 2J74A 6TAAA 2QMJA 5EFFA 3CHFA 1HJSA 1QBBA 3UESA 1NM9A 4XV0A 4ZE5A 3WNKA 2GFTA 3SUVA 2X0HA 1JAKA 1H3GA 2GDVA 1EQPA 3UETA 1V0MA 3L4YA 1V02E 3WKZA 3WQ6A 3WNLA 8CGTA 4FK9A 3ARSA 2DSUA 1N82A 1BPLB 4U5KA 4QLJA 1OWQA 3HMCA 3AIWA 3CMJA 1FP8A 4D6EA 2PWHA 4UZSA 2VL4A 4LXFA 2WCAA 1X6NA 2WYSA 4RE3A 3WQWA 1JZ8A 3ZT5A 1UKQA 2ZUSA 1IZJA 4MB3A 3QGVA 4WKFA 5E6YA 1EHAA 1QI3A 1UA3A 1Q6DA 4UOJA 2FGZA 4M81A 2VRQA 2EBNA 3VNZA 1U33A 1JFXA 1UKSA 1AVAA 4NSBA 2WMFA 2BY3A 5AYBA 2V3EA 3WBAA 2VX6A 3AIBA 4BQ4A 2ZX7A 2A3CA 2XJ7A 1ESWA 1GJUA 2PWGA 3AQUA 4CVWA 1CZ1A 1UYQA 2DEPA 3FHQA 1H2JA 1BTCA 3WSUA 1C93A 1R86A 1RH9A 4MDOA 4OUEA 5IDIA 2RGLA 2XGBA 1NARA 3MMWA 1LL7A 4EANA 2O9PA 2XG9A 3MMDA 2PBGA 2YBUA 5CPQA 3IAQA 2G3NA 1WNOA 4ACZA 4DWSD 3PBGA 4D1JA 3AIEA 3WNNA 1W32A 3OLGA 2ZUMA 1OD0A 4W86A 1BFNA 2EPOA 2PWFA 4TVDA 3ZSTA 3K8LA 4RE4A 3VIKA 2VT0A 4DUXA 3ARUA 1WZKA 1NWUA 2FDMA 4OOZA 2QPSA 1B3ZA 1HJWA 2WVUA 5CPSA 4MADA 1NOFA 2D1ZA 2BNJA 4Z2KA 3AS1A 3WNMA 5CPTA 1XRVA 1ZJAA 3AMLA 3AHYA 1GQJA 2PI6A 5CG0A 4UFHA 1XH0A 4WJXA 3WMSA 2ZUUA 3NSNA 3KEHA 3KL0A 2EPMX 4PCTA 4AZ5A 2WHLA 3WDQA 1US2A 1GOIA 1WZAA 3BAIA 2ZE0A 3VD7A 4W85A 3ARRA 1BQCA 4HOWA 5FL0A 2V5DA 3WDIA 1SMAA 4F9JA 1E3ZA 2WZHA 1EIBA 4U2YA 4CD8A 2DQXA 4UQAA 3EDDA 2OSXA 1QW8A 1NWRA 1GONA 1EGZA 2WWCA 5A3HA 2XTKA 3ARQA 1OB0A 2E8ZA 1HP5A 1BF2A 1ZB5A 5CQ1A 1MFVA 1VEMA 2DH3A 3MUY1 2ZUNA 4CD6A 1ISXA 1TE1A 1ZJBA 4PCSA 4KRUA 4CU6A 5A1AA 5HXMA 3RCNA 5EFDA 1CGVA 1HKKA 2G4FA 4PTVA 1OINA 3QOKA 4WKAA 3NDZA 4UQBA 1R87A 3SCQA 3IK2A 1WDRA 4MJ2A 3OLEA 1XSKA 2QLYA 1E6XM 1V03A 2D0GA 5A6JA 2DSVA 1H5VA 3GZAA 3FW6A 2CNCA 2FHCA 3WDRA 3RJXA 1DTUA 3TA9A 2WANA 1HF6A 1EOMA 2YLAA 3MUAA 4MDPA 1CXHA 3GXDA 4LYPA 1CIUA 3PTMA 4GI9A 3SUTA 2VX4A 3OLDA 2J77A 2A3HA 4UFKA 2WMIA 3UEQA 3GH7A 3T09A 3BSGA 5ABGA 3WFLA 3SCTA 5ABFA 1E3XA 2WSKA 2XM1A 2WVSA 5HDRA 1JZ3A 3PZQA 3AMDA 4TTGA 2WLYA 5FCZA 5FKYA 2G41A 3NYDA 2CKRA 1TFVA 2O9OA 1J0KA 1UWQA 4S3JA 1W9PA 3EDKA 4HOZA 2CBIA 4TX6A 1E1EA 4GI6A 3VIIA 1BVNP 4JFUA 3MO4A 4OBSA 4B15A 1JZ7A 1AQMA 4ACZB 7TAAA 4PBGA 2V3FA 2WW5A 3J7HA 3W29A 1J11A 1PEZA 3AZRA 4DWSA 2EXOA 1JNEA 3IJ7A 1W3KA 3CGTA 4CUCA 3L4WA 1OM0A 2ESCA 3DYOA 1NP2A 3AMGA 4Z2JA 1B1YA 2CBUA 2CHOA 3DHPA 2WMKA 4TOQA 5LYRA 1H4PA 9CGTA 1W2VA 2O9RA 3FXYA 1V6UA 4PMUA 4XB3A 1OT1A 2CYGA 1V08A 1GPFA 2W63A 5D9OA 3TTQA 1MFUA 2WHJA 2OWXA 5IFTA 3BAKA 2X0YA 1B3YA 3WY1A 1R7AA 4Z2LA 4PMZA 1TA3A 3GXFA 2XIIA 4MJ4A 3BLPX 4PMRA 1LG1A 3BAJA 3KL3A 2WCSA 1BAGA 4NRSA 1HKMA 4DUVA 2WWDA 5I23A 1MVYA 4AD1A 4PMDA 1YHTA 4WLCA 5A95A 4UFMA 3WFZA 1UD4A 1UR8A 3SCNA 2Z1SA 2VQTA 2BHUA 1E0WA 1M53A 5A6MA 2VQUA 1TVNA 3BAYA 1TMQA 1GOKA 2BXYA 3VGFA 3AS0A 4MB1A 2J7HA 7CGTA 3SCOA 5M3WA 1UKTA 1JFHA 1UWSA 4U33A 2DT1A 2WNWA 4GO9A 2BVYA 1KBBA 3VIPA 3OLIA 2NT1A 4UCFA 1MXDA 2FGLA 2HISA 4LQ1A 3AXIA 1W1VA 1HNYA 4Y7EA 5CSYA 2YL9A 3WQ8A 2YL6A 1DWHM 1GNXA 1I1WA 1I1XA 1GCYA 4B3LA 4M29A 2JIWA 1WZLA 1UWUA 3WELA 4D6CA 3WD3A 4J28A 1LL4A 1TUXA 4QAWA 4P7OA 1C3FA 4OJYA 2FH8A 1ECEA 3ALGA 2DT3A 2W5FA 3AS2A 3PHAA 2VZUA 3WDJA 3CZLA 2F61A 2X2YA 3VGGA 4XZWA 2DPEA 1W3JA 4WK9A 2OSWA 2VRJA 3VMOA 3RO8A 5A6SA 1C8QA 5A8PA 2VX5A 1UKOA 2WMIB 3VUPA 3VIHA 1HJUA 3GBDA 5ABFB 3WF4A 3U7BA 3VO0A 3UR8A 2E9MA 2IUZA 1B31A 1UA7A 1B3XA 4HP5A 4YHEA 1J0JA 1U30A 3A6OA 2RGMA 3ZO9A 3THCA 1QOXA 3LPFA 2EEXA 4AZIA 3FHAA 1LQ0A 2J7EA 4E8CA 3VX1A 2J78A 3N18A 1BG9A 1CYGA 1JD9A 4FF5A 2OYLA 4DWSC 2PB1A 4Z2HA 1LL6A 1GQIA 1V6YA 1W9BM 2J25A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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