5ABF | Genus

Total Genus 240

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	240
sequence length	713
structure length	651
Chain Sequence	QVSLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISVEIELDAIYPGENIQINRLEISLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron
total genus	240
structure length	651
sequence length	713
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2015-08-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
B	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase
B	PF18344	CBM32	Carbohydrate binding module family 32

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.460	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	Hyaluronidase post-catalytic domain-like	5abfB03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	5abfB02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	5abfB01

4JL2A 1P6WA 1UR0A 2J8FA 4MB1A 1K9TA 3OG2A 5EBAA 1A47A 3WY1A 1TCMA 4XZBA 2YL9A 3ARRA 2XIBA 4BQ5A 1QW8A 2W92A 1CGWA 1W9VA 5LYRA 2ZX6A 5CG0A 1H0GA 1JYVA 1QPKA 1OBAA 3U7VA 3U57A 2ZXDA 3APGA 1ISWA 3ARZA 4PMRA 4JKMA 1AVAA 4LYPA 5HBFA 3AHZA 2D3LA 1MWOA 3QR3A 4BCEA 3NSXA 1Q4NX 1QNRA 1J0IA 1PIGA 1XD1A 3ZJ8A 1KWKA 3BAJA 4QLLA 4JZ5A 4JKLA 3W81A 1BGAA 4RL3A 3RCNA 1RP8A 5CLWA 2J8GA 1V3MA 4AIEA 1QHPA 4M80A 3AIQA 3PBGA 3CZKA 2G4FA 4PMQA 2D24A 1UD8A 4J3UA 1H11A 4W8LA 1J18A 1JYWA 2E4TA 4UFJA 1TMQA 1WZMA 3M6DA 4JIEA 4AZBA 2A3CA 2QV4A 3NDZA 1CXHA 1TG7A 3O2LA 3FAWA 3L4UA 2XSBA 2CXGA 2XG9A 4QLKA 2CITA 2WZHA 3ZMRA 3OLDA 3AIEA 4QP0A 2OWCA 1JNEA 4DWSD 1JI2A 1KB3A 5BXTA 3SCOA 1LJYA 4AD4A 1HKJA 3GNPA 1Q6GA 2VL4A 5A6JA 4V28A 1VEOA 1BLIA 1E6PA 4MB5A 1VRXA 1ZBWA 3BAWA 1J0HA 2HISA 2XGBA 2J7BA 3VIGA 3NJ3A 2AAAA 4CD4A 1UYQA 4C7GA 3ARPA 2WANA 3WH9A 1XD0A 3RJYA 1JXKA 3UERA 1NWSA 4LQ1A 5ABFA 4A3YA 4OOUA 3ARWA 1WKYA 1UR2A 2NT0A 5D8WA 1V3JA 5BRQA 3WIJA 4GI6A 3VNYA 4CGTA 4X9YA 3VIFA 3WEZA 4HA3A 2JEPA 2GK1A 1UR8A 1MW1A 3AI0A 4JKKA 1GQKA 3WNOA 4Y7EA 3AHXA 4GO9A 3FHAA 4AZIA 4KWUA 1V08A 4BQ2A 1A3HA 3DYMA 4WSKA 5GPRA 1SFSA 3N1AA 5A6BD 3QHNA 1QNSA 4E8CA 2XYLA 2PC8A 3G6MA 1QI5A 4ATWA 4V27A 3VD3A 3WF0A 3RMEA 1XCXA 3PZMA 5ECUA 3VDBA 3RM4A 3WD0A 1FP9A 2D0HA 4PUDA 4AIUA 3NCOA 3WF4A 3M46A 4CCDA 4QCEA 4CD6A 2W62A 3AMLA 2PBGA 2W63A 3MUZ1 2WVUA 1CBGA 2WK2A 1LL4A 7CGTA 3AXIA 1HKMA 3OGRA 1SMAA 2ZXBA 3F4VA 2WZIA 2VZOA 4FK9A 2GJPA 3MU7A 3SCSA 1GUVA 4UOQA 1ZL1A 3EDEA 2WC4A 1PZ3A 3PZOA 3WFZA 1B30A 2CIPA 2YJQA 3CZJA 2WWCA 1TFVA 3BAKA 1V0MA 2C7FA 5FL0A 5D9MA 2PF0A 3PZUA 1OT2A 3NIYA 2OWWA 2V3FA 1DP0A 4PSRA 1C8XA 4QAWA 1QI4A 3EMCA 2WC7A 3WUFA 1CXEA 4UNIA 3ZSTA 5IFTA 4MDPA 4AZCA 1UKPA 1W3HA 3WMCA 1JFHA 2ZUNA 4U31A 1W1PA 3PTKA 2VI0A 1UWTA 3VMOA 2CBJA 1E4LA 3WD1A 4D6IA 3CZ8A 1BG9A 1WAWA 3QOMA 2EPOA 1V3KA 2PWEA 4PCTA 4U5KA 2NT1A 1JAKA 3IANA 2IXUA 5FOOA 3IK2A 3PZVA 3RIKA 2QF8A 4DM2A 3T0AA 1V0LA 2ZIDA 3MS8A 3WF1A 1V03A 3VM5A 4AY1A 1V6YA 1VJSA 3GYCA 2TAAA 3VOCA 5AC5A 2QPUA 3GM8A 1QNQA 1JFXA 2X05A 4IM4A 1WDPA 3BXWA 3WH7A 4TVCA 4Z2KA 4U33A 1BF2A 4AISA 3WH6A 5FKYA 4MAVA 1GJUA 5CGTA 1BYCA 3VUPA 1TA3B 4E4PA 3ZQ9A 3SEPA 3AIBA 4JCLA 3FN9A 4ACZB 1CNVA 3UG4A 3U5YA 3CH9A 2NSXA 4PMOA 1E3XA 1EDGA 3B9EA 1V6WA 4J3VA 2Y4SA 5E6ZA 3CPUA 1H2JA 2FHCA 1JXJA 2CCRA 2W66A 2X0YA 4GQQA 3PZTA 2OSWA 1LF1A 3LMYA 3QOKA 5BXPA 3SCRA 3OLEA 1BSIA 2C8NA 4UFIA 2WMIB 3IAQA 1TE1A 3PHAA 3L2MA 2D1ZA 3AIRA 3AMGA 4MJ4A 4HOXA 1CENA 4J27A 3GH7A 4RE4A 4GZIA 3W37A 4OBRA 1WNOA 1W91A 4MNKA 3TTQA 4B3KA 3RILA 1MQRA 1Z32X 2WC3A 2E9LA 1X1NA 3WNLA 1MXGA 4W84A 4TTGA 1UQYA 1GW1A 1UD6A 4XX6A 3CHFA 5TD4A 1JZ5A 2G8ZA 1ZB5A 4KGJA 4AZ6A 5HPOA 3AYRA 3N04A 3T09A 2E8YA 1UD2A 1HJSA 1V3IA 1HNYA 1LG2A 1NWUA 3WFLA 1GVIA 4CD5A 3ARXA 1HN1A 1M04A 1KXQA 1AMYA 2UY4A 4EANA 1VFFA 3AS2A 5AYIA 2VRJA 1JYNA 1NOUA 3UEQA 3THDA 3N13A 3MKKA 1KXTA 3GXFA 4DWSA 1V6UA 1ZBCA 2BNJA 2G3JA 4AXNA 3WNMA 1WDSA 1MW2A 1Q6EA 5IXEA 3N17A 5IFPA 1WDQA 1FP8A 4B16A 3UCQA 4AZ7A 6A3HA 2Q8XA 1NQ6A 1EO7A 3WH5A 1Q6FA 4JFWA 3ALFA 4Z2LA 3SIMA 3VD9A 3IJ9A 1UR9A 3IAPA 1V3HA 3N12A 1OCQA 3PTQA 2A3EA 1QHZA 3EYPA 5HNNA 3KWXA 3LPPA 1DHKA 3FW6A 2GUYA 4AEEA 3WDRA 4LGXA 3WEOA 4FLRA 1WE5A 4OJYA 1W9XA 4V2XA 2O9RA 2DH2A 1CZ1A 2CBVA 1HX0A 3AJ7A 4H8HA 1G0CA 3HMCA 5AC4A 3BCDA 5BXSA 3OZPA 1JZ8A 5KEZA 1HJXA 4JAWA 3WQVA 2BXYA 3AZSA 1C8YA 2G3MA 3CO4A 4DUWA 1MQQA 1BYBA 1ISVA 2BHUA 5E9AA 5A6BA 3ZSSA 1VFOA 3SCNA 4H7VA 5I24A 3MMWA 1NOFA 4MPKA 4U5IA 1CYGA 4YPJA 2Y2WA 4KGLA 2CNCA 2BXZA 3GTNA 2OYMA 3LPOA 3W53A 1W1TA 4HU8A 5A3HA 3CUGA 4IPNB 2VX6A 5CXPA 3W4RA 3TA9A 3GXIA 2Y8KA 4IPLA 2J7FA 4CN4A 5A6LA 1GVYA 2WCGA 5A8OA 2J7EA 2XVNA 2VOTA 2OSXA 4ZEPA 1J10A 1OD0A 1XSIA 1VENA 4HTYA 5JIPA 4YHGA 1Q6CA 1B3XA 1TUXA 3F5JA 4D6DA 3RDKA 1EGZA 4P8XA 2EXOA 4HP5A 3SCUA 4A3HA 1MFUA 1UKSA 1AQHA 3CLWA 4X0NA 1CLVA 4B9YA 3WH8A 3MMDA 3OA5A 2J7HA 2BV9A 1GJWA 3CHCA 3VNZA 1KQZA 3W27A 1H41A 4S3KA 1I75A 2CKSA 2OWXA 4Z2IA 1VBUA 2X2YA 3WNPA 3A3HA 1CGUA 1CLXA 2EEXA 3MUAA 1KGXA 4P7QA 4W87A 2X8RA 3WNNA 5EMYA 3L2LA 3BSGA 3F5KA 2DIEA 1KCLA 5CZKA 3VDCA 5A8QA 5A8MA 5BCAA 3SCQA 3UR8A 2BY1A 5E0CA 2DSVA 3POCA 5E70A 3VPLA 2VX7A 1IT0A 4CVUA 1U2YA 1XH0A 3U5UA 1VBRA 5FCZA 4H2CA 1O7AA 3ARQA 2WAGA 5A6KA 3MMUA 4BQ4A 4PMZA 1QVBA 4ATLA 3L4WA 3AHTA 2VT0A 5IHSA 2OSYA 3AYSA 3WL1A 2YA0A 1TVNA 3WL0A 2IUZA 1FHLA 3MSDA 1JYXA 4R5EA 2DGAA 2FHFA 3KE0A 4AD3A 1VJZA 3VDAA 1PIFA 1VEMA 4M24A 2D23A 3GH5A 2O92A 1MQPA 1GPFA 2EPLX 1CTNA 3PN8A 1J12A 2CERA 3NDYA 3EMZA 2VRQA 2CEQA 5AYBA 2WM0A 1LQ0A 1BAGA 1MXDA 2WHLA 4CU7A 1WZAA 2VVSA 4YN5A 3VIPA 2WMHA 4OBSA 5M03A 4FLSA 2CETA 4AZCB 2XFYA 4FLOA 1G94A 2ZX8A 1PX4A 1CXFA 3BMVA 5LA0A 4D1JA 1PBGA 2JE8A 4GPNA 4B15A 1PX8A 5IHRA 3ECQA 4UQAA 1UKQA 5BRPA 1L0PA 1XYZA 4AD1A 3A47A 4IUGA 5DT7A 4KRUA 1EHAA 1OIMA 4AW7A 2ZX9A 1GHRA 1V3LA 4JFTA 5JBEA 4MB3A 2JF6A 1EH9A 4MNJA 4F9JA 3WDQA 1CXKA 4UZSA 4CCEA 4W7WA 1B0IA 5CSYA 4NRRA 1GCYA 1VFUA 1R86A 2PB1A 1UQZA 4LYQA 2VTFA 2FH6A 5D9PA 3ARTA 3L4VA 4P7OA 1HKIA 4AD2A 5HXMA 4MADA 5ABGA 3GNOA 2D22A 2ZX7A 4NRSA 3CUJA 3UG3A 3VIMA 4PMXA 5HPCA 2ZXQA 3VIHA 4DWSC 1MYRA 2GFTA 3MUY1 4ACYA 1E72M 1G01A 3PZIA 2MANA 2YLAA 1E71M 4UQCA 3WQ5A 4M8UA 1DWAM 3N11A 3GBEA 1BG4A 4JFVA 5A94A 2BY0A 4GXPA 5A69A 4KMQA 1H4PA 3RJXA 3FY1A 1UD4A 4UQDA 2EPNA 2Y8VA 1UR4A 2DT0A 2WZEA 2XJ7A 2VQUA 4W8AA 2VURA 2BVTA 2WNWA 4MDOA 1JGIA 4D6JA 4WKAA 5CSUA 1E4IA 3W29A 4E8DA 1E6XM 2AOSA 4W7UA 3ZJ7A 3VKKA 2YKKA 3AICA 3KL0A 1B90A 3HJEA 1OSEA 2X1IA 3A6OA 4J3TA 4MB4A 2PWGA 4PTWA 3VGGA 2UY2A 3OIHA 4M1RA 1XYFA 1JZ7A 1KCKA 1D3CA 3ZM8A 3ZR6A 4NF7A 2FGZA 2YA2A 2VZVA 4DWSB 1UUQA 3AMCA 2WBGA 3KL5A 3T0BA 4NZCA 1GOIA 2C0HA 4XUYA 2YL8A 5I2UA 2XWEA 1W9UA 3BC9A 1SMDA 2VR4A 2B31A 1JF5A 1JIBA 1N82A 3WSUA 2WVSA 1VAHA 3BH4A 3L4XA 3VO0A 1EQPA 3B9AA 3CZEA 1W9PA 2FDMA 2ZICA 3VTRA 3WELA 3FHQA 4HMCA 1ECEA 3F5LA 1UWRA 1ZBVA 3TTYA 1NP0A 1ODUA 3ZO9A 1OINA 1H5VA 4ZFMA 4R27A 2QHAA 3W26A 1VEPA 1JDDA 2EBNA 2XHYA 3K4DA 1WO2A 5A1AA 4XV0A 1UH3A 2GSJA 1W2PA 3DC0A 2BHYA 1E55A 5FL1A 5E09A 4QFUA 2DT2A 3K8LA 1XHGA 4AEFA 1V02A 3ARSA 4DUVA 2VVNA 2YL5A 3TOPA 3SCVA 2ZX5A 4NSBA 4W5ZA 2JF7A 4EAMA 1GONA 3A4WA 2O9PA 2E9BA 3M7SA 1W3KA 1C7SA 3W82A 1H0IA 2VCCA 4P7NA 2D0GA 3GZAA 1GOMA 4J28A 4CVWA 1HVQA 4NI3A 1KBBA 4PMVA 3CGTA 3BMWA 4KH2A 4OIFA 3O6AA 1W32A 1CGTA 4UFMA 4P7RA 1E6QM 1QNPA 4W88A 4UTFA 3AXXA 5HOSA 1HT6A 4HMEA 3UR7A 1KR0A 3IJ7A 4TX8A 4UFHA 1HJWA 4B9ZA 2BVDA 1LG1A 1BHGA 4C7DA 2RGMA 1K9EA 3CIVA 4WJXA 3SURA 5KZ6A 1CXLA 3CMJA 2E40A 3GDBA 1CDGA 5D4YA 7TAAA 1NWRA 3IJ8A 1EXPA 4W89A 3VMNA 3WUGA 4JL1A 3ARVA 3E1F1 4UCFA 4H8UA 2V38A 2VX4A 3HN3A 4FLQA 1B3ZA 1XSJA 4D6GA 1SYTA 2W4XA 1UWSA 1JG9A 3KZSA 2O9OA 4PCSA 3EBVA 2BVYA 1UG6A 2WVVB 3B9DA 3KL3A 2NW0A 2DEPA 3SUUA 1HJQA 2VUYA 2ZUTA 1NARA 1UHVA 5CQ1A 2PBOA 4UQ9A 1W9BM 4ZE4A 4U2ZA 1HJVA 3I3EA 1D7FA 3K8MA 2ZUMA 2J4GA 2AMGA 4HPHA 2XVPA 3MSGA 3WBAA 3UESA 2OYLA 2VZTA 3GBDA 4MNMA 3VD4A 1J0YA 3HU7A 1EOKA 1BVNP 5LA2A 5IDIA 4ZXOA 5D9NA 3AS3A 4JHOA 1J9YA 5EB8A 1ISZA 4C91A 5CPQA 4PMYA 2VNCA 3VIIA 3OZOA 4QCFA 3AHVA 1OIFA 3VIOA 4WKHA 1IV8A 2VRKA 3VGHA 4AMCA 2D2OA 5I3DA 2W91A 2WYSA 5A2BA 1E5JA 3RPMA 1BFNA 4ZENA 2DSZA 2Y24A 4S3JA 1K9FA 1GOOA 1FH7A 3N18A 4P8VA 4W85A 1LWJA 1QNOA 3II1A 2J74A 3AXHA 3TONA 2XIIA 3AZRA 1W1YA 1M01A 1QI3A 2XVGA 4Q22A 5AY7A 1JZ4A 1GZJA 1PPIA 1LL6A 2ZXAA 4CU8A 3BAYA 1TR1A 5GNYA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4LXF A;  3WMB A;  3VD7 A;  1WP6 A;  5ABF B;  1BYD A;  2WMI A;  4CN1 A;  3CHD A;  1LWH A;  1M7X A;  2J79 A;  3CUH A;  3SCT A;  3K4A A;  1B9Z A;  1E4M M;  1UH4 A;  2BFG A;  3VIK A;  4YHE A;  2F8Q A;  3AIW A;  2X0H A;  2DIJ A;  1DWG M;  1OT1 A;  1EOM A;  2DSK A;  2GK1 B;  3SUW A;  5DO8 A;  1V6X A;  3BLK A;  3K1D A;  1R85 A;  5I23 A;  2YBU A;  2YIH A;  3WF2 A;  1J0J A;  3NYD A;  1PJ9 A;  2W61 A;  4J7R A;  2DT3 A;  2IXV A;  3T2Q A;  1RP9 A;  2UWF A;  4A4A A;  2VJX A;  1C93 A;  2J7G A;  3GH4 A;  1E1E A;  2WCA A;  2OYK A;  4D1I A;  1JD9 A;  1E0X A;  2QMK A;  1G9H A;  2VR5 A;  1C91 A;  2YL6 A;  1H49 A;  2XM2 A;  1HIZ A;  3T2O A;  5A6S A;  2D20 A;  2YDR A;  3D5H A;  3BAI A;  3DHU A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LRZ A;  4JL2 A;  3SW6 A;  3M0L A;  3GTF A;  3G77 A;  2X9H A;  3S4T A;  1Q8A A;  5EBA A;  1A47 A;  3BW2 A;  4WDW A;  3HQN A;  2YL9 A;  4LC8 A;  5AN7 A;  5DRC A;  2W92 A;  3N6H A;  3N2G E;  5C9W A;  3NGF A;  3M9Y A;  4MY8 A;  2ZX6 A;  3FKK A;  5CG0 A;  1JYV A;  3U7V A;  1LYX A;  4QRO A;  3G24 A;  3AEC A;  2ZZ3 A;  1LBM A;  4V15 A;  3APG A;  1ISW A;  4PMR A;  3L0G A;  3FJ4 A;  1RSC A;  4DO4 A;  2VDH A;  3OYZ A;  1W6T A;  1RJR A;  3AHZ A;  3UUB A;  1S5T A;  3M43 A;  4PFH A;  4LUJ A;  3NSX A;  1QNR A;  4H9R C;  5CLW A;  1RQH A;  4AIE A;  7TIM A;  3R6N A;  3D3F A;  4MLK A;  2A1Y A;  3CZK A;  2AQW A;  3F1Q A;  1TV8 A;  3GIP A;  4J3U A;  1TX0 A;  3WFA A;  4P02 B;  2FB3 A;  4TV9 E;  2GPT A;  2HH7 A;  2V0T A;  4UFJ A;  3LTS A;  3LI1 A;  1KO0 A;  3VR9 A;  1JCT A;  1AJ2 A;  2IIU A;  3V16 A;  2N2N A;  2HK1 A;  5D2W A;  2QV4 A;  1XLL A;  1CXH A;  4YTQ A;  4FB7 A;  2EHO B;  4PFP A;  2CLL A;  5I09 A;  2XG9 A;  3L9C A;  5DY2 A;  2WZH A;  2XQA A;  4H6K A;  3TSD A;  3LK4 2;  4DJF D;  4DWS D;  2OT0 A;  5BXT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5ABFB

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