5ABFB

Structure of gh84 with ligand
Total Genus 240
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
240
sequence length
713
structure length
651
Chain Sequence
QVSLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISVEIELDAIYPGENIQINRLEISLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 240
structure length 651
sequence length 713
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2015-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
B PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
B PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 5abfB03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5abfB02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5abfB01
4AW7A 2WB5A 3RM4A 1Q6CA 2E9BA 4KRTA 1MYRA 5DT5A 3AMGA 3TP4A 2WCGA 2XVLA 1PIGA 4DWSD 3AHYA 2WZHA 1MQQA 4XX6A 3AISA 2XM2A 3TOPA 5BYWA 4MB5A 1GONA 1UR9A 5CLWA 1QW9A 3NJ3A 4RE3A 1IV8A 3MV01 2BHYA 4AIEA 4TVCA 5KEZA 4WJXA 1RD6A 1PPIA 3GZAA 1HKJA 2MANA 1CBGA 1JYVA 4AZIA 4CU8A 3EDEA 5A6MA 1H41A 3AMDA 4W5UA 2ZX7A 2GSJA 3ARTA 4D6HA 3NDZA 2WWCA 3MANA 1ITXA 4TVDA 3WNLA 4BQ3A 3W28A 1HL8A 5C71A 3WUGA 2OWCA 4JFUA 5A6AA 4F9JA 2ZXAA 2QF8A 4BF7A 3I3BA 1C7TA 1ISYA 2A3CA 3IJ9A 5CSYA 3GBDA 3VIJA 1UKSA 3MO4A 4UNIA 4QLLA 3CZLA 2W66A 3FHAA 5BRQA 3TTOA 3VIOA 4X0VA 2HISA 5E6ZA 1QPKA 2XGIA 3QGVA 5HPOA 1QNOA 2CBVA 4AD5A 3SCQA 1TZ7A 1J0KA 1UOKA 2VMFA 2VOTA 3LMYA 1UQYA 2QMJA 2WLZA 4TXEA 2CNCA 2D0GA 1GNXA 3MUZ1 3A3HA 3CBWA 1E6PA 3SCRA 1GUVA 3CZEA 2XSAA 1W9DM 3U5YA 2W91A 3L4XA 1HVQA 2VNCA 1C8QA 1BTCA 1SMAA 3II1A 4GO8A 5A6SA 2YOCA 1J9YA 4AZ7A 2XPKA 2GK1B 2WMJA 3AJ7A 4YN5A 2FHFA 4HTYA 4M82A 2WYSA 4AISA 3UR8A 4FLOA 3VNZA 1MXDA 4UQEA 1NP0A 5E0CA 1E6ZA 3O6AA 2XFYA 4OBSA 1J0HA 1G1YA 4E4PA 3VDAA 1UWIA 3CLWA 3BGAA 2J79A 1FHLA 3MS8A 1ISZA 3K4DA 3UESA 5I0DA 2XHYA 3FHQA 4GQRA 1R8LA 1OD8A 4AMCA 3PZNA 1CXHA 1VFUA 2BXZA 1BYCA 1CIUA 1X1NA 4HPHA 2VRQA 4PMXA 1KXVA 1KGWA 1C91A 5A6BA 3VGDA 1VEPA 1LG2A 2NT1A 3MMUA 2VCCA 4F8XA 2QPUA 2WPGA 1WAWA 2DIEA 1V3HA 2G3JA 3CUGA 5I24A 2X0YA 2CEQA 5HNNA 1ZU8A 1V03A 5HDRA 3RPMA 5BXTA 3W0KA 5D8ZA 5EMYA 4P8UA 1EQPA 2ZUNA 2XVPA 4GINA 1OGGA 1M7XA 1QBBA 4U5IA 1B3VA 3DECA 1I1XA 3AFBA 1E4NA 4ZE5A 3WDHA 3GYCA 1W2PA 1WDSA 2J78A 4D6GA 4W7UA 3PTKA 3OGRA 1C8YA 1V3JA 1D7FA 1DEDA 2BVDA 4FLSA 3THDA 4A4AA 3MKKA 1U2YA 4UOJA 1B0IA 1CGTA 1UZ4A 2J8FA 3GXMA 1BLIA 1E1FA 1E43A 2JF6A 4ML4A 2CITA 3WY1A 4V2XA 3NUKA 4AXNA 1X6NA 4J3WA 3QHOA 2VTFA 2BNJA 1WZAA 4MB3A 3PTMA 3EMCA 3HMCA 2FH8A 2C7FA 3EDFA 3OBAA 2VR5A 3ZR6A 1TR1A 1LWJA 4PUEA 3J7HA 4B9ZA 3U5UA 1B31A 3A4AA 3G6LA 1CNVA 2VCBA 3ZIZA 4AD0A 2J7DA 1UR8A 2WMIA 1UKQA 1TG7A 5BXSA 3MSDA 2CKSA 5BROA 1VENA 3OZOA 1ZBKA 1OD0A 4M1RA 2PWDA 5EFFA 4NRSA 3EMZA 2EJ1A 2VQUA 4IPLA 3WN6A 1BAGA 3OB8A 5I2UA 4C7FA 1U33A 2Y4SA 3WQVA 3CGTA 2V38A 4R5EA 1EGZA 4H8UA 1H4PA 4BA0A 4Z2HA 1EA9C 2VURA 2F61A 3W29A 1ECEA 2J62A 4FF5A 1E9LA 1UG6A 3W6LA 4ZENA 3BMWA 5CGTA 1V6UA 2FHCA 5JIPA 2PB1A 5E70A 3AZRA 5E9AA 1LG1A 2WHLA 2WBKA 5DMYA 5M17A 2BY0A 1R7AA 3AI0A 2PBOA 3IAQA 4CVWA 3M6DA 7CGTA 3G6MA 3VGHA 3SCWA 3ZJ8A 3DYPA 3AXIA 3ZSSA 1EHNA 4FLRA 2V3GA 1YHTA 4QLJA 1XCXA 4TVUA 3CZJA 1LL6A 2EPKX 5A2CA 3L2MA 2CPUA 1H09A 2BHZA 1LL7A 3L2LA 1R86A 3OLDA 3W26A 3VGGA 2EQDA 3WD1A 1GORA 4J3SA 2VQTA 3CUJA 7A3HA 1NOFA 5HOSA 1UR1A 2VUYA 4AZ5A 4L4OA 4QCEA 3CHDA 1VFOA 1E6SM 4DWSC 2D0HA 4J7RA 4WKFA 1CPUA 1VBUA 4UQAA 6TAAA 3IJ8A 2Z1SA 5GQBA 3N12A 4H8VA 1CGVA 2G41A 1V0LA 2ZX6A 3WEZA 1NWRA 5A3HA 4MPKA 4MNJA 1C8XA 2DDXA 1E4MM 3OG2A 3PTQA 3ARWA 1R87A 3WQ5A 1JYXA 3VDCA 4HP5A 2VX7A 3VD4A 4TOQA 1FFRA 2ZXDA 1HXJA 2DT2A 2J25A 4EKJA 3N04A 1BG9A 3AIEA 3ECQA 3MU7A 1TA3A 1E55A 4HZ7A 2CIPA 4AIOA 1PZ2A 1ZBVA 1H5VA 5LA1A 4V27A 5HBFA 3VGEA 2EEXA 1CXLA 3OGSA 2VVNA 1FA2A 1UD4A 4W7WA 1W2VA 3IJ7A 1ZJBA 5C8BB 2WLYA 3OA5A 1GJUA 4GI6A 2X0HA 1E0VA 1HJUA 2WMHA 1DHKA 3EDKA 4ACZB 2PWHA 1CECA 2BFGA 2VZSA 4U5KA 4QP0A 1LLOA 2J74A 2V5DA 2BY3A 3FY1A 4HZ8A 5E6YA 2J7BA 2VCAA 3ARYA 5JBDA 5AYIA 2XTKA 1KXQA 3BSHA 2OWXA 1VEOA 2D20A 3RM8A 4HU8A 1TUXA 1UH4A 2GJXB 3AIRA 2UWFA 1H0GA 3GDBA 1JD9A 1WDQA 5AC4A 2YLLA 4IISA 5JBFA 5KZ6A 2VRKA 1XYZA 4ZXOA 3ZSTA 2VC9A 2W63A 2DEPA 2VX4A 2WZEA 1HJVA 2XSBA 4MDOA 2Y8KA 5CQ1A 1GPFA 1TFVA 1I75A 4CVUA 5FCZA 3UR7A 4JKKA 3ARZA 4OUEA 3RCNA 1TVPA 2DSUA 2V3EA 1WKYA 4P7OA 4DWSA 4E8DA 3F5LA 3VD7A 5D9MA 3SUWA 1FFQA 1PJ9A 2YDQA 5I23A 4W8LA 2J75A 3WDPP 1Q6EA 2PI6A 4WIWA 4JCMA 3BMVA 5I3DA 4LGXA 2PWFA 3BXWA 4XZBA 1SYTA 1WB0A 2XJ7A 3B9EA 3PBGA 3AMLA 3VD3A 1DTUA 4PMZA 4D6IA 4GPNA 4J3UA 2J7HA 1KGXA 2VL4A 1EOMA 1MW1A 3MMWA 3UCQA 4ACYA 3VDHA 1B3XA 2J7GA 1UH3A 1JNDA 2WKLA 1K9FA 1GCYA 1JXKA 1V02E 1QOXA 3HN3A 2WVUA 3WUFA 3QHMA 4K68A 1GJWA 1Q6GA 1ZL1A 2WVVA 1J0YA 2J7EA 4C7DA 5AC5A 2CXGA 3AHZA 4KRUA 3BCDA 3ZMRA 2VO5A 4Z2KA 1SMDA 1WDPA 1EOKA 4CKQA 4UFIA 4UFHA 5I78A 1JNEA 1CLVA 3TONA 3WUEA 1JZ6A 1QBAA 3QOMA 3RIKA 2YA2A 3E1F1 1GZJA 3WF1A 4AC1X 3WD4A 3N15A 1B3YA 1OCQA 3IANA 3T2PA 3WQWA 1HKMA 4HA3A 1E3XA 1JAKA 5CPTA 3NSNA 4M8UA 5D9NA 5I5RA 1BVZA 1IZKA 3WL1A 5C70A 5A6JA 1UA7A 3FAWA 4CGTA 1ISXA 1OGBA 3AYRA 1KQYA 3KL3A 2C8NA 3L4TA 3AHVA 4N42A 1GOOA 3GNOA 4M80A 1NARA 3BLPX 4CD4A 3VKKA 3FAXA 1UR0A 4CN4A 1KR1A 4D6JA 1VJZA 4W88A 2WMKA 3VNYA 3EMQA 2YLAA 1CGUA 2VRJA 1H3GA 3WNNA 4CU7A 1QVBA 1BHGA 5GPRA 5EFDA 4NZCA 4GKLA 3L4WA 3KL0A 1CLXA 2XIBA 4Y7EA 4P8WA 1WPCA 3WEMA 1WO2A 4MNMA 5LYRA 1MFVA 4LPCA 3AYSA 3GBEA 4F79A 4ATDA 1MW3A 3VU2A 2E0PA 4HMDA 3WELA 4UZUA 1W9BM 2D23A 4JFSA 2XVKA 3AS2A 3W37A 4CD7A 4AD2A 5ABGA 1ESWA 3K4AA 1OB0A 3CUIA 1EO7A 1UWSA 3DYMA 3PZMA 2O92A 2HVMA 4GO9A 1B90A 3ARPA 2CHOA 4PMYA 3KE0A 4W8BA 2IXVA 5GNZA 3UG3A 3BH4A 5ABHA 1E72M 2QPSA 2ZWZA 2ZUVA 1J10A 4D72A 2OSWA 1GQKA 2XUCA 5CLTA 1WNOA 4P8XA 1VF8A 1XV8A 1C92A 1E15A 3WH7A 1H11A 2WXDM 1PX4A 2OYKA 3DC0A 1E71M 3VD5A 3ARXA 3CO4A 2X2YA 4AD1A 2FH6A 4HMCA 3WDJA 1L0PA 4RE4A 1E5JA 4H41A 4UR9A 4LYQA 2G3NA 4JFWA 3VIHA 3VMPA 1W91A 5FOOA 1J0ZA 1HJSA 3WD3A 1XYFA 1W9XA 3VO0A 5BXRA 3B8SA 2WVSA 3W4RA 4GQQA 4DUXA 4D71A 4V28A 2QLYA 5DF0A 6A3HA 2UY5A 1E56A 1SR0A 4A3YA 4EE9A 2CHNA 5BXPA 4M81A 3VIPA 1E6XM 4URIA 4UCFA 3TTYA 2XVGA 2BVYA 3RM9A 3WFZA 1JI2A 2D24A 5I6SA 2F8QA 2GK1A 3L4VA 2WCSA 3GXFA 1ZBWA 2YJQA 1OINA 1W1YA 4Z2GA 4TUFA 1HF6A 3FXYA 4GIAA 1OT2A 4AD3A 3CHCA 3T0BA 1OWQA 3DHPA 4BZYA 4B9YA 2X8RA 4CD6A 4W8AA 1JG9A 2UY2A 3GNPA 5HPCA 3N11A 1DWFM 4B3KA 3AMKA 3ARRA 1TVNA 2JEQA 4MDPA 1OT1A 4HPGA 1NOWA 2CERA 1UQZA 1B30A 2EO7A 4DUVA 2NSXA 6CGTA 2WSKA 1C90A 3POCA 4TTUA 1BG4A 1E73M 2D2OA 2CBIA 2OSXA 4QDMA 3RILA 3NYDA 3WF3A 3U57A 2CBJA 4TX6A 1KBKA 1HNYA 1JGIA 2EPLX 1JFXA 3ARQA 1E5NA 5GNXA 7TAAA 3SURA 1W9UA 3W53A 4IM4A 3KZSA 3W6MA 1AQMA 5A8QA 3BAWA 1ZBCA 2XG9A 3ZOAA 2ZXQA 3RDKA 3MUAA 3VIMA 4M56A 1RPKA 4LYPA 4U33A 4IPNB 1PAMA 2VZUA 3RJYA 1MFUA 2C0HA 1PZ3A 3ARSA 5BRPA 3AZTA 3AOFA 2J8GA 2DSZA 4FMVA 1J0IA 2AOSA 3WNMA 1GQLA 1B1YA 3FNDA 5CGMA 1JF6A 2BY1A 1ISWA 3AIBA 3AS0A 5A6BD 1NWUA 4EAMA 4KGLA 1UZ1A 1E4IA 3PZVA 4PTXA 5A6KA 1HP4A 5E0FA 1AQ0A 3WDQA 1K9EA 5GNYA 1CXIA 1VRXA 2ZICA 3SUTA 5LA0A 4JHOA 3D5HA 1KR0A 2GFTA 3ZT6A 1BFNA 1VB9A 1H49A 4UOQA 4GXPA 5A1AA 2D3LA 2YL5A 5M3WA 1EO5A 5A8NA 3AHTA 4RE2A 1V6VA 1PEZA 2WWDA 3EYPA 2XYLA 3WF0A 4UFLA 3VIGA 5M03A 1XGZA 3AS3A 3W38A 4GZIA 5EB8A 3UEQA 3WNOA 4F66A 3PZIA 4J28A 4CD8A 3MUY1 4J3VA 1KBBA 3UG4A 3SUSA 2G8ZA 1J0JA 4P7LA 3QHNA 2DPEA 2GJRA 1Z32X 2JIEA 1UD8A 4NRRA 5FL0A 1KXHA 1NH6A 3I3DA 2BV9A 3UETA 4HOZA 1GQIA 1G5AA 2WVTA 3SCOA 1UH2A 1G9HA 2XFFA 2J4GA 4U3AA 4F9DA 2VZOA 4AZCB 1FP8A 1CXFA 4XUYA 4S3KA 4UOZA 1BGAA 5IFTA 2ESCA 3MUIA 1NM9A 4LXFA 3WF4A 2ZXBA 4C7GA 3WKZA 3W25A 1DWGM 1B3WA 3WD2A 1KCKA 1ODZA 1KFWA 2V5CA 1HT6A 3WD0A 2V3DA 1XSKA 4EK7A 5FIPA 3ZT7A 1JZ3A 4QLKA 1EXPA 1GOQA 4H2CA 2WAGA 2NW0A 3AHXA 3TTQA 2ZOXA 3N17A 3EDJA 8A3HA 2GUYA 1US3A 2VVSA 1LJYA 2G4FA 3IAPA 1YQ2A 5TD4A 3WSUA 5A94A 4KMQA 1K6AA 2W61A 4B16A 1HKKA 3AXXA 4P7RA 2O9TA 2J77A 4PMDA 2JFEX 5IHRA 1A47A 4OOUA 4PMQA 1XH1A 2ZUMA 2O9RA 4WKHA 2D1ZA 4UQDA 1GOMA 1HJQA 3BAJA 1QHZA 3GH5A 3WBAA 1Q4NX 2PWGA 2JIWA 3PZGA 2W4XA 3ZJKA 4WK9A 3T09A 2F2HA 1UYQA 2WMFA 4JHZA 3WEOA 5A8MA 3AXHA 4OOZA 3MV11 1JYNA 1MWOA 1BYDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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