5ABFB

Structure of gh84 with ligand
Total Genus 240
100200300400500600050100150200250
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
240
sequence length
713
structure length
651
Chain Sequence
QVSLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISVEIELDAIYPGENIQINRLEISLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIE
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
publication title A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 240
structure length 651
sequence length 713
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2015-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
B PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
B PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 5abfB03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5abfB02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5abfB01
4ML4A 4PSRA 2MANA 4A3HA 1CPUA 3SUUA 2VUYA 4IUGA 1UWRA 1ODZA 1KGWA 4E8CA 1KWKA 4D6IA 4AIEA 2WPGA 2W63A 2XFYA 3VGDA 1CXEA 4AZIA 3ZM8A 5IDIA 2NT1A 5E6ZA 1KR1A 3MV01 1ZBWA 4AD5A 4WSKA 4UQDA 2FHFA 5A8OA 1EA9C 2ZXBA 3AMKA 2D23A 1B3WA 1WDRA 5A8QA 1JXJA 1CTNA 1HVQA 1VENA 2DPEA 1UD8A 2WVSA 2F61A 3OZOA 1ZL1A 4M1RA 1FFQA 4GO8A 4KRTA 1EXPA 2GDUA 2EXOA 1MQRA 3DYPA 1R86A 3OLGA 5JBEA 2GK1A 2FHBA 1VFFA 2E9LA 2WVTA 4PRWA 2WXDM 7CGTA 2GDVA 1WCGA 5AYIA 1R87A 1XH0A 3T0AA 2OYMA 3WL0A 3O9NA 5CLTA 1PAMA 1D7FA 3OGVA 2OWWA 1UR0A 3SCVA 4AZBA 1V0LA 4D71A 1H3GA 3GXFA 1LG2A 2VZSA 4W87A 4ZE4A 4HZ7A 1FFRA 4W7WA 1GQLA 1B1YA 1PBGA 4MPKA 2WMIB 2VZUA 1E71M 5BXTA 5EFFA 3WQWA 1KR0A 4PMYA 1QHOA 3W81A 1W3JA 3CUFA 4GPNA 2V3GA 2RGLA 3CZLA 4C90A 2A3EA 3RDKA 3CIVA 3VTRA 2RGMA 3BAIA 2DSKA 3BSHA 3AIEA 4DWSD 3PZTA 1MW0A 1E1EA 1CGVA 3GH7A 1V6VA 1HP4A 4MB1A 5LA2A 1HL8A 4ATLA 1JFHA 1W9XA 3I3DA 1IV8A 2JEPA 3N11A 2CHNA 3MUY1 2D20A 2DQXA 4A3YA 1W32A 2J7CA 1ISWA 3AICA 4GO9A 3ZJKA 5I77A 4UFMA 2DT3A 1CGUA 1O6IA 2CEQA 1V3IA 2WVVB 4AZ7A 1B9ZA 3NSNA 4M24A 4KH2A 2XYLA 3KE0A 4U2YA 2CBUA 4V27A 1XYFA 3VIMA 3FXYA 3WQVA 2XHYA 2W67A 5CLWA 1C8QA 1TVPA 4ZE5A 5DFAA 3SURA 4MNKA 2Z1SA 1K9TA 4URIA 2BY3A 4W85A 4HA4A 2QMJA 2YA0A 1EO7A 2C0HA 1V0KA 3AMGA 1JNDA 1XGZA 1GQJA 2XJ7A 4Z2IA 4B3LA 2VQUA 3QGVA 1VB9A 5A6MA 2XSAA 4GQQA 3ZJ6A 2AAAA 2DSUA 3WN6A 4ZXOA 2Y8VA 3I3EA 5A2AA 4FK9A 2YDSA 1UKTA 2BNJA 2QMKA 4FLOA 1L0PA 4MB5A 5JBDA 8CGTA 3W25A 3M7SA 1M7XA 5FL1A 1UWUA 3UR8A 2Y4SA 4WIWA 1XC6A 4KGLA 3PN8A 4NI3A 4W5ZA 1E73M 2GFTA 2QHAA 1HJUA 1M53A 1UR2A 4NRSA 5FD0A 2YDRA 2E0PA 2V3EA 1Y7VA 3WMSA 1QI5A 1UKQA 2PB1A 1W3LA 3N9KA 5KZ6A 2OYKA 3QHNA 3MU7A 1W9VA 2VC9A 1F4AA 3SCUA 2O9RA 4BZYA 4DWSC 4PMQA 1GZJA 1GORA 3LPPA 2Y5EA 4OUEA 4MJ2A 1YQ2A 1BSIA 1JIBA 2YLAA 1LWJA 1GOWA 2V5DA 1KXVA 4MNJA 1XH1A 3L2LA 5E70A 4JFSA 3SCQA 2CBIA 2QLYA 3CZEA 1XSIA 2EPKX 1MVYA 2G3JA 5CPTA 1GHSA 1BQCA 3FAWA 1LL7A 1V3HA 1ZS2A 4ACZA 1E4IA 1UWTA 3GBEA 4N0RA 2CITA 1JI2A 2D0FA 3WBAA 2WZEA 1UQZA 1WB0A 4JL1A 2XWEA 4UQBA 3WIJA 3WF2A 2XUCA 2JEQA 4D1JA 2VX5A 3F5JA 3FNDA 2XGIA 3K1DA 2NSXA 3EBVA 3WY1A 1WZKA 1CGWA 1VEOA 3WFLA 1HJXA 4UFLA 1NOUA 4P8UA 2F8QA 1VIWA 3IJ9A 3BH4A 3WD4A 3WENA 2W91A 1QOXA 1D2KA 2PF0A 3WH9A 3ZR6A 3UESA 3T08A 4EANA 1HJVA 3N18A 1KFWA 3EMZA 5BYWA 1Q6EA 3VMOA 3WUBA 3RJXA 4KGJA 3L4ZA 2JIWA 3EDEA 2YKKA 1TR1A 1JDCA 4OIFA 3AZRA 3VD7A 4E8DA 3SCPA 3AQUA 1JG9A 1TA3A 1WZMA 3WEOA 4LYPA 1XD0A 4XB3A 3UEQA 4W84A 5HPOA 4PCSA 1V3KA 4W7UA 3BXWA 2ZUNA 5JIPA 3IANA 3AI0A 3SEPA 1FOBA 4PMXA 3RMEA 1W1TA 3AHTA 1BHGA 2V3DA 3OZPA 2XVGA 1O7AA 2XM2A 1C90A 1RP9A 1QVBA 4F66A 1UG6A 4PCTA 1H11A 1RD6A 3OGRA 4AZ5A 1VBRA 1CNVA 3AIRA 2V3FA 4QP0A 3DYMA 4R27A 4OBSA 3WQ6A 3EMCA 1NWSA 1VF8A 2VRQA 4L4PA 3U7BA 4Y7EA 3W24A 1LWHA 3TP4A 3T0BA 3ALGA 4P7RA 4PBGA 5KEZA 3VM5A 2WC3A 1UKPA 3WNPA 1OSEA 3VINA 1WZLA 3QOMA 1A47A 1IT0A 3WNOA 3T2OA 4CN6A 5ECUA 1TMQA 4WKFA 3CPUA 5FIPA 2PWFA 1GVIA 1HJQA 1OIMA 1J9YA 3VPLA 2QF8A 1M03A 2VVSA 2X09A 1JYXA 1QPKA 1RP8A 1UH2A 1JGIA 2WC4A 1CXHA 1KGXA 3SCOA 1GOQA 3AXHA 1E6NA 3T2PA 1UR1A 3G6LA 1GOMA 1KCLA 1AQHA 2BVDA 4UZSA 1C7SA 1KQZA 4TX8A 2DT2A 3ECQA 1FHLA 3THCA 1MFVA 2X05A 3L4UA 4TOQA 3CGTA 3WF1A 4QCEA 1W1VA 2OYLA 5I2UA 2VOTA 2ZUSA 4CD4A 2EPLX 1G01A 3W82A 2GJXB 5HBFA 2O9OA 5D9PA 1ZBCA 3QR3A 1CGYA 3W37A 1FHDA 2YIHA 1KGUA 1GNXA 1P6WA 3MS8A 4C7DA 4BQ2A 4B3KA 1QHZA 2E3ZA 3AMLA 4PMZA 3SIMA 3AHXA 1CWYA 5A8NA 3IAQA 4AIUA 2J25A 1TFVA 5EBAA 4D1IA 3HN3A 3UR7A 3G6MA 1UWSA 3MSGA 3BMVA 4CCDA 3QOKA 3NDYA 1QHPA 3N12A 5EB8A 1XV8A 1FP8A 3UCQA 1CEOA 2W4XA 4TXEA 3BAYA 2WB5A 3WH6A 5E0FA 2NT0A 5CXPA 3WQ5A 1QNOA 1DWJM 1J18A 4JKKA 1E3ZA 1E43A 4C7FA 5DEZA 1UD3A 3FN9A 3AS3A 3DHUA 2BXYA 2CESA 1FP9A 2VT0A 4Z2LA 3A4XA 3HU7A 1B3ZA 1QBBA 3OG2A 4PMVA 1UH4A 2G41A 1OD8A 3OLIA 1FH9A 4U3AA 3N17A 1Q4NX 4M81A 1E6PA 1UD6A 1GW1A 1QBAA 2AMGA 1PZ2A 2IUZA 2E40A 3KL0A 3KWXA 4V2XA 1KXTA 4QLJA 2WHKA 1MYRA 1NH6A 4RE3A 5D9OA 2CPUA 3TTOA 4IISA 1PIGA 2YL5A 3CUGA 3B8SA 5A6LA 1V6UA 2D2OA 2GVYA 3ARYA 2TAAA 3A6OA 2CCRA 4PTVA 5CSYA 3VGGA 1MFUA 1TUXA 2ZXAA 1TZ7A 1TCMA 4OBRA 1GJWA 3VIFA 4JFUA 4UQAA 1R8LA 2EEXA 3W4RA 1W91A 2GK1B 4UTFA 2WW5A 1NM9A 4AD2A 4L4OA 3WF0A 3WF3A 2DH3A 1H0GA 3WUEA 4FLSA 1W2VA 1CDGA 4WLCA 4GIAA 1C92A 3VILA 4GI8A 3AIQA 4J27A 1E0WA 1ISYA 2WNWA 4XV0A 4BF7A 1R7OA 1DEDA 3WDRA 1W3HA 4UOJA 2XM1A 4HA1A 1WPCA 3RPMA 3RM8A 1E3XA 4PEEA 2X8RA 3EDKA 5LYRA 1CXIA 3AFBA 1UUQA 2BXZA 1XH2A 1LG1A 3AIBA 1JF5A 3T2QA 4MDOA 2ZWZA 3BGAA 1S46A 2G3IA 2UWFA 1LLOA 3WEZA 5F7UA 3BCDA 5A6BD 4FLQA 1GPFA 3WL1A 1KXQA 1E55A 4JKMA 4QFUA 3NYDA 2XSBA 4HMCA 2YA1A 4ACYA 2WMJA 3LPOA 1D3CA 1EQCA 1SMAA 4CGTA 2J79A 1WKYA 4OOUA 4ZXLA 2UY3A 2FHCA 1B3VA 4MJ4A 2HVMA 3F5LA 3K4AA 3WDJA 2OLHA 1DHKA 5FKYA 2VRJA 4PUEA 4CD7A 1EIBA 2OSWA 4MAZA 2ZX7A 1OBAA 4NRRA 1BVZA 3EDJA 5A2CA 1H2JA 1W1YA 5AC4A 4QLKA 3N13A 2PI6A 5C8BB 4BS0A 2WLYA 3OA5A 2DSWA 1FH8A 3AIUA 4X0VA 3TTYA 3K8KA 3HJEA 3W29A 2CBJA 4BA0A 3GH5A 4OZOA 3U7VA 3DC0A 2D1ZA 1I75A 1L8NA 4DM1A 1E6ZA 4QLLA 3PZVA 2IXVA 2VO5A 1V0NA 5ABGA 5C71A 4AXNA 2WCAA 4X9YA 1WO2A 2WSPA 3I3BA 1UYQA 1US2A 4H8VA 5BRQA 4D6JA 5CSUA 4BQ5A 3EDDA 1K9FA 1KBBA 2O9TA 1W1PA 4MNMA 2AOSA 1Q6DA 4BQ3A 2A3CA 2J77A 2V38A 3PZMA 4Z2GA 2VCBA 3VIJA 2WHLA 3ZIZA 4GXPA 4UCFA 3CUHA 2XVPA 3RILA 2WMIA 3T0DA 1GHRA 1VFMA 3WDPP 4TTUA 1B2YA 3VDHA 2O9PA 3DECA 4IM4A 2J74A 2J7DA 2BVYA 3AYRA 1XSJA 2OWCA 2XGBA 1K9EA 3CHFA 4Z2JA 4PMOA 5GPRA 5D8ZA 2VCCA 2XVNA 2ZWYA 3UG5A 3VNYA 1IZKA 1VEMA 1VBUA 4C91A 3M07A 1LL4A 1JL8A 5HPCA 1JXKA 2WLZA 1U2YA 6TAAA 1ZJAA 1BYAA 1HF6A 1E72M 4ATWA 3TONA 3BSGA 4HPHA 3CHCA 2C8NA 5IFPA 3SCSA 5CJ5A 1V3JA 4JCMA 3WNLA 3WELA 3AXIA 5CGTA 1TE1A 1V6XA 1UR4A 1H49A 3GM8A 4FLRA 1GOKA 2XTKA 2J4GA 5I23A 4EAMA 5I6SA 4ACZB 3W53A 3CZJA 2BHYA 4J28A 3PZIA 3L2MA 1EHAA 1EH9A 4XX6A 2ZX8A 3BAKA 3VD3A 4D6EA 3ARPA 4B16A 2JF7A 1R85A 3CH9A 3B9AA 3QHOA 2YBUA 3VX0A 1E0XA 1JZ2A 3ARTA 5BXRA 4ZEPA 5LA0A 3ZOAA 1KB3A 4CVWA 1PX3A 1LJYA 3GNPA 3PZUA 2QPSA 3VIKA 1XCXA 2CXGA 1J0ZA 3AS1A 4UOZA 4WJXA 2HISA 1VEPA 3MKKA 1ESWA 1W9DM 1B3XA 1Z32X 3BCFA 4S3KA 1ZB5A 4J7RA 4JIEA 1PPIA 3NSXA 3SCNA 3VO0A 1VRXA 2CNCA 2X0HA 1MQQA 1DWIM 3MMWA 5A8MA 4AEFA 4PTWA 3E1F1 1JZ6A 1TA3B 1PEZA 3W38A 4XZWA 4WKHA 4GZIA 4W8BA 2ESCA 2WAGA 3CZGA 1EGZA 6CGTA 2J7BA 3WH5A 1E4MM 2G4FA 3FHAA 1JZ5A 4W7VA 3GXIA 3EYPA 4WKAA 2J78A 2ZX5A 1UWQA 1HKMA 4MDPA 3WKZA 1J12A 5BXPA 4CU7A 1R7AA 3N1AA 1ZBVA 5A6AA 1NWTA 1HX0A 4H41A 4AZHA 5BXSA 1QNPA 2ZUUA 2GJRA 2QV4A 5BROA 3GNRA 1NOFA 5DF0A 3PHAA 2DSZA 2D22A 3QHMA 4HZ8A 2ZX6A 4U5IA 2JALA 2DSVA 1OGBA 4UNIA 5LA1A 2J47A 3ZQ9A 3VD4A 1JZ4A 1OT1A 3WNNA 3ALFA 1G1YA 3TOPA 3VDCA 1MW1A 1BYCA 1OT2A 1YHTA 3IAPA 3VIIA 4JZ5A 2EPMX 2UY2A 5A2BA 2VQTA 2VR4A 1UOKA 3FAXA 3PTKA 1NOWA 1HP5A 5A8PA 3WEMA 4MB4A 2DT0A 2J7GA 1AQMA 1OGSA 4LGXA 2VX6A 4JAWA 1CECA 3FW6A 3SUTA 1PZ3A 4AY1A 1M01A 4AYSA 1JYVA 3ARRA 3S6TA 4AZCA 3ARZA 2XG9A 4D6HA 4EKJA 1JYNA 1NP0A 2BVTA 1HN1A 3BLPX 4TVUA 3SUWA 1E6RA 4PN2A 1LL6A 2VRKA 4YHGA 1RH9A 4PTMA 1U33A 1JZ3A 3D3AA 5AYBA 1E6QM 1NWRA 2WKLA 3THDA 4PMRA 4J3VA 5ABFA 2VJXA 1WZAA 1UKOA 3WD1A 2X1IA 1E6SM 3WMBA 2G3MA 5E09A 3VVGA 1JF6A 4H04A 3WMCA 1OWQA 4S3JA 3UG3A 5A1AA 5M3WA 4HOZA 3M6DA 3VGFA 1BF2A 3ZJ7A 1CGTA 5FOOA 3NCOA 3WBEA 4HA3A 2DH2A 1VJZA 2CBVA 1DWHM 4Z2HA 3WD2A 4XZBA 1AVAA 1LQ0A 4AMCA 2FH8A 4R5EA 1OGGA 2YDQA 2PWGA 1V02E 1BG4A 2DGAA 1MW2A 1SMDA 2W66A 1XCWA 2VX7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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