5ABFB

Structure of gh84 with ligand
Total Genus 240
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
240
sequence length
713
structure length
651
Chain Sequence
QVSLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISVEIELDAIYPGENIQINRLEISLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 240
structure length 651
sequence length 713
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2015-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
B PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
B PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 5abfB03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5abfB02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5abfB01
1W1PA 1Z32X 1JXKA 5CPQA 4HOZA 4AD3A 3E1F1 1HJXA 3W0KA 4AZGA 2DSVA 3IAQA 3WDQA 2EPLX 3ZIZA 5A6MA 2VUYA 1JZ4A 3A6OA 1JXJA 4CU7A 3U57A 2J4GA 3HMCA 1G5AA 3AIQA 2QMKA 1MXDA 2Y2WA 3N9KA 1ZB5A 4GINA 5EMYA 1UR9A 2WZIA 1XRVA 3MS8A 2EPNA 2XHYA 1EQCA 1JDDA 2WNWA 1QVBA 1V6YA 1JNEA 4TXEA 5EBAA 4C7FA 5A1AA 2XVPA 2GJPA 5CPSA 1KWGA 1PX3A 3NUKA 2WZHA 2EPMX 4AC1X 1UH2A 5JBFA 1JAKA 3CTTA 4OIFA 5A94A 2Y8KA 3EDJA 3AZSA 4AISA 2F61A 3GNPA 1HVXA 4PRWA 1C7TA 2DT3A 4PTWA 3CZ8A 1JYXA 5A8QA 4EKJA 3PZQA 1CZ1A 2ZUSA 2CYGA 4J27A 2CITA 3W27A 1XD0A 4JFVA 1BPLB 4FF5A 4C91A 1B2YA 2CERA 2EO7A 2VI0A 2XSAA 4D6EA 2DIJA 1UR2A 4WLCA 1WDQA 4U5KA 4WSJA 2EQDA 1GOMA 1QPKA 4FLQA 5A6JA 3MUY1 2DSKA 1UOKA 2O9PA 3K8KA 4PCTA 1JFXA 3AICA 1TA3B 2J7DA 3HJEA 1V6VA 1OIFA 5D8ZA 6A3HA 1H2JA 2DSUA 3VIJA 3ARSA 3ZQ9A 4MNKA 2V3FA 1OIMA 1J9YA 1V3IA 3VMPA 1B3XA 1FFQA 1C8XA 3D5HA 3WD4A 1VENA 4W8LA 4UQDA 1JF6A 2CKSA 3VGEA 3WF1A 4HA3A 4W93A 1CLVA 2ZUWA 1UKSA 2BHYA 3VX0A 2WCAA 2CETA 3EDKA 5CZKA 4CGTA 2C0HA 2WCGA 1I75A 4HZ6A 3WKZA 3AZTA 3TTQA 3K4DA 3CUGA 1NWUA 1UD3A 5HPOA 1NOFA 2DIEA 2YL8A 3RPMA 4AZIA 1EO7A 2J77A 4PMVA 4MJ2A 1NP2A 4AXNA 1XSJA 5BXTA 3QOKA 3OIHA 1CXEA 2V3EA 4M24A 3NJ3A 4JHZA 4P8WA 4PBGA 3EDEA 3WFLA 3GBEA 4GQQA 2OYKA 2JF6A 4UNIA 3GZAA 1G0CA 4UQEA 1NOWA 5LA1A 4W88A 5I78A 2BV9A 4U5IA 1EH9A 2WMIA 3WDIA 3GH7A 1V02A 3TTOA 1QNOA 3ZT6A 1Q6DA 4D6HA 1UKPA 2QPSA 3O9NA 1EHNA 3POCA 1JD7A 1GOIA 1E15A 3ALFA 1HJUA 4XZWA 4DUWA 2X2YA 3SCOA 5A3HA 3RJYA 1TFVA 2WLYA 3WF2A 1QHPA 4XUYA 1EOMA 1OB0A 2XGBA 1JL8A 3PTKA 5DEZA 2YOCA 2WANA 3VIKA 3IAPA 1EIBA 1BG4A 1XGZA 1XSIA 4Z2JA 4MB5A 2EPKX 2Q8XA 5E0CA 4CVUA 3WF0A 3WQ6A 1PJ9A 1H11A 2WHKA 2CXGA 1FOBA 3GTNA 4JIEA 1R7AA 3QOMA 5E9AA 3CGTA 3WH8A 4TX8A 1V3JA 1GOOA 1JDAA 3MV11 4H41A 3ZSSA 5IFTA 3W82A 3ZO9A 1C90A 1MYRA 3MUZ1 2VRKA 2WVUA 1UUQA 5I5RA 3KL3A 4GIAA 4J28A 2EPOA 1DWFM 1GZJA 2YA2A 3CUHA 3AYRA 4LYPA 1V3LA 1NM9A 3IJ8A 3WBEA 3WSUA 2C8NA 4GKLA 1K9TA 1KXVA 3VD7A 4E2OA 2V5CA 1C92A 3O2LA 1E9LA 1VB9A 1FA2A 1TG7A 4ZXLA 4M56A 3PN8A 2HVMA 4HU0A 4X0VA 3VDCA 4TUFA 5D9OA 1QBBA 1QI3A 4GQRA 3FXYA 3AS2A 4L4OA 1XYZA 3WNLA 5GQBA 3PZUA 3A4XA 1GCYA 2VZUA 3DYMA 4GPNA 4FMVA 1US3A 5IHRA 2RGLA 1VJSA 1LQ0A 3WL0A 2VJXA 2B31A 2FHBA 1ZU8A 5FD0A 1X6NA 1WE5A 2BHUA 1U2YA 4J3SA 2VZSA 3W6LA 4JFUA 3T2OA 5IHSA 4OOUA 1EDGA 2QPUA 3L4TA 4YN5A 2UY2A 3SCWA 1JDCA 3FAWA 5AC4A 3T2PA 5LA0A 1MW1A 1LL4A 3POHA 5GPRA 2DT2A 1W9BM 2JF7A 4UQBA 2WC4A 1H5VA 3W6MA 1KCLA 3MSDA 5JBDA 1E56A 1Q6CA 3K46A 5HOSA 3WMBA 4V2XA 3WL1A 3ZSTA 4Q22A 2EBNA 3SCUA 1J01A 2VQUA 1B3VA 5CG0A 3SUTA 4Z2IA 1NP0A 3WUBA 2WBGA 2XWDA 5M3WA 3NCOA 4UFIA 3BAJA 5AC5A 2ZX8A 3T0AA 1LL6A 4U2YA 1M04A 1UR1A 1XD1A 2WB5A 4HA4A 1JYWA 3CHFA 2XFYA 2WZEA 1QHOA 3VNZA 1NWRA 2XGIA 1V0LA 3AS3A 5BXRA 1GPFA 5ABEA 5DT7A 4CD7A 4DUVA 4ATLA 3PZGA 2D3LA 3PHAA 4W85A 1BAGA 1E0XA 2WSKA 5FL0A 2BXYA 4AZBA 1YQ2A 4QLKA 5CSUA 3CIVA 5BXSA 3AFBA 2ZUNA 1HP4A 7TAAA 3ARYA 5ABHA 1M7XA 2CHNA 3WF4A 2XG9A 4CVWA 1E0VA 3NSNA 1ZJBA 2J62A 4NZCA 1BLIA 3OGRA 1KGXA 3APGA 2XYLA 2CIPA 4J3XA 4TVDA 5E6YA 1V08A 2FH6A 5IDIA 1UR4A 2WMFA 1LJYA 1OD0A 4AZ5A 1SMDA 1VIWA 1XYFA 2F8QA 1CXHA 2CBIA 1HX0A 1GUVA 4PMUA 3RO8A 4PMOA 1PIGA 1CTNA 2ZICA 4V28A 1C7SA 4OBSA 3L4UA 3BAIA 2Y24A 1HJVA 5CLWA 5A2AA 1X6LA 3K4AA 1BVNP 2X0YA 3EYPA 3ARQA 1W9DM 1JZ7A 4B16A 3MUAA 2BXZA 2W66A 4WSKA 1GQLA 5D4YA 5D9PA 1HL9A 1UD4A 3GNOA 1W9VA 1FHLA 2UY4A 2XVNA 1GOQA 2YL6A 2PWHA 4CCEA 4MADA 3RM9A 1D2KA 4P7LA 5M5DA 5LYRA 1WPCA 4JFWA 2GK1B 3WH9A 1E4IA 3OB8A 3BAYA 2AOSA 4PTVA 2WVTA 4AY1A 3AS1A 1QW9A 2XPKA 1R87A 3W4RA 2XWEA 5AYBA 2DT0A 4AEEA 4BS0A 2UY5A 1I1XA 1RH9A 1GHSA 2W91A 2AMGA 3UETA 4AIEA 2CBVA 4RE3A 1RPKA 3KZSA 3HN3A 3U5YA 1DWGM 2WLZA 2HISA 2VT0A 8CGTA 2VCBA 3KL5A 1W1VA 1UWTA 1B1YA 3VILA 3I3DA 3WNPA 4L4PA 2IUZA 1UHVA 4D71A 1X1NA 4PMRA 1UH3A 1V3MA 2ZX5A 4MNLA 5I79A 3TA9A 3SCNA 2XFFA 3BMWA 1BYBA 3L2LA 4BZYA 3KL0A 3VIPA 1YHTA 4PSRA 4GO9A 5BXPA 3I3BA 1HP5A 2WMIB 4HZ7A 4W7UA 1LWJA 4ATWA 5DT5A 3DHUA 3SUWA 4H8HA 5FKYA 3CZEA 3T0DA 2DH2A 1MW3A 1KBBA 3VTRA 3AHZA 2WM0A 3VNYA 3TONA 4P7OA 1H09A 1KXTA 2ZXBA 1JNDA 4ZFMA 1UKQA 2Z1KA 3IJ9A 2DQXA 3AMGA 1O6IA 1XH0A 1E6QM 5I2UA 3VDBA 1TR1A 4UFMA 4OZOA 2VVSA 1XH1A 2V5DA 4WKHA 1O7AA 4QFUA 3MU7A 4PYSA 1FHDA 3WQ5A 1DTUA 3VVGA 2YLLA 1WCGA 1TCMA 4MDPA 3SCPA 5C70A 4HMEA 1V3HA 3BSGA 3PZTA 1HKMA 3VD9A 2JALA 1JI2A 4W7WA 3EBVA 1H0IA 1GJUA 5EB8A 3GXIA 5CPTA 1V02E 1V6WA 3W25A 2FHCA 3RMEA 1W91A 2FGLA 3VD3A 2E3ZA 4PSPA 4QP0A 3WDHA 2W62A 1CGTA 8A3HA 2WYSA 1E0WA 5DMYA 4KH2A 1V0NA 1V6XA 1G01A 4JFTA 2CESA 3AQUA 5KZ6A 1W1TA 2WCSA 4AD5A 3B9AA 3SCQA 3SUUA 3ZM8A 2G41A 1US2A 5E09A 1C91A 4WKFA 1D7FA 3VIOA 4B3KA 1JI1A 1CYGA 1MFUA 4A3YA 4KWUA 4C90A 1UYQA 1CXFA 3MKKA 2UY3A 4QCFA 1BSIA 1FP8A 2FGZA 4U3CA 6CGTA 3ZOAA 2EEXA 4IM4A 1CIUA 2ZWZA 2ZUUA 2W67A 3EMCA 5JIWA 1F4HA 1MQPA 2PWGA 1BVZA 4EANA 4P7RA 5A6AA 3LPFA 1K6AA 4HA1A 3F5KA 2J7FA 3DHPA 3GXDA 1W1YA 3WEOA 1DHKA 1L0PA 3B8SA 1P6WA 1UH4A 4J7RA 3W37A 1EXPA 1HKIA 2WHJA 2GK1A 3OGSA 4ACZB 2J8FA 1CGVA 4AZ6A 2BVDA 4LQ1A 1BYCA 3SUSA 4X9YA 3WQWA 1BFNA 1XHGA 3WELA 4B3LA 1C8QA 4P8XA 2DPEA 3GYCA 4JKKA 4ATDA 5D9NA 4GI6A 4JL1A 3WFZA 3ARVA 3O6AA 3CZGA 1KCKA 1XC6A 3II1A 1QBAA 5BWFA 2YBUA 5ABGA 1CXIA 2DGAA 5E0FA 4MJ4A 1WB0A 1B3ZA 3DYOA 1F4AA 1CGWA 3WIJA 4S3KA 4OOZA 3L4XA 4AD1A 1ZJAA 2XM1A 1BYAA 5A6SA 1H1NA 4CD5A 2ZUVA 3BLPX 1ISWA 2D2OA 2J7EA 3WENA 1C3FA 1GQJA 3OLGA 4LPCA 3W28A 3FAXA 4H8VA 4XZBA 3AJ7A 4GZIA 3NSMA 2VZOA 2NT1A 3BSHA 3T0BA 3NYDA 1CXKA 3AROA 5F7UA 3AIVA 5FOOA 3AMKA 3PZIA 3THCA 3ZT7A 9CGTA 1CXLA 2W5FA 4HP5A 4KGLA 2ZXAA 2BS9A 5CJ5A 1AQMA 1G1YA 5DF0A 2NT0A 1NH6A 1UR0A 2XSBA 4AYSA 3OLDA 4A3HA 1OGGA 4AWEA 2Y8VA 3L2MA 3OZPA 3BMVA 2PBOA 1VBUA 2YKKA 4H7VA 2QLYA 5A8OA 3WQ4A 3AZRA 1AVAA 4MPKA 4F79A 3VKKA 1SFSA 5JUVA 4PUEA 3GBDA 1J0ZA 3ZR6A 4M82A 4E8CA 2BY1A 2PWDA 1GVYA 2VZVA 3IANA 3JUGA 2VO5A 4H8UA 2CNCA 2X1IA 1J18A 4U31A 3W26A 4CU8A 3OLEA 3AIUA 3EMZA 3ARTA 3ZJ8A 4H04A 4PMXA 4QLLA 2PB1A 4ZE4A 4AZ7A 1HKJA 3AHVA 2ZWYA 3N17A 5IXEA 3G6LA 3VUPA 2J7HA 4UOZA 2O92A 3VO0A 4PMYA 1MW2A 3BC9A 5C8BB 2CCRA 3WUFA 1J11A 1WO2A 3RM8A 1CGYA 4QCEA 2D24A 5AYIA 1HF6A 1GJWA 3AHXA 3WMSA 4BQ4A 4UTFA 1LLOA 2WMKA 4HOWA 1V0KA 3N18A 1E6PA 2OSXA 3GNRA 3T2QA 3WH6A 3UCQA 4CCDA 4UFHA 3WUEA 2GSJA 5I23A 2VTFA 4ML4A 4IPLA 5A2BA 1DWJM 2PF0A 3VINA 4CCCA 2VRJA 4MAZA 2V3GA 3AIRA 3LPGA 2ZX6A 2YIHA 4F9JA 4TTGA 1WZLA 4M8UA 2E9LA 2E40A 1ECEA 2Y4SA 4UFLA 1K9EA 2ESCA 2WXDM 3WN6A 5ABFB 3ARZA 4WIWA 3B9DA 1G94A 1ZBVA 1KXQA 5DO8A 3VGBA 3WY1A 3WF3A 2J7CA 4BQ5A 2XVKA 1FH8A 2WHLA 5IFPA 1VAHA 1TUXA 1KQYA 3UERA 3ARPA 3CPUA 2A3CA 3WD0A 3WUGA 1JYVA 1OT1A 1MFVA 4D6CA 2NSXA 5KEZA 3DYPA 1UD5A 3BAWA 5A95A 3OA5A 4J3UA 1CEOA 1ISZA 1BF2A 1TMQA 3TP4A 3VOCA 2G3JA 3W81A 3CHEA 1TVPA 3RCNA 3UG3A 3QR3A 2G4FA 3AIEA 4XV0A 1HJSA 5EFFA 1UKOA 1MQRA 3ZR5A 1E6RA 2WVSA 1E72M 1B30A 4ACZA 3W29A 1CGUA 1E4MM 1TE1A 1LG2A 5A6LA 3WBAA 1W9XA 4PN2A 3AISA 1ESWA 4Y7EA 2VX5A 3OZOA 2JFEX 4P7NA 1MQQA 3FNDA 3A4WA 2WMGA 1FP9A 2J75A 2J79A 4NRRA 2PWFA 2IXVA 1J10A 1E73M 1KGUA 4AEFA 1KBKA 4IISA 3WMCA 3VX1A 3DECA 1KFWA 1NQ6A 3SURA 1E40A 3MUIA 5HNNA 4CN1A 1W32A 4Z2KA 4UQAA 3IK2A 2J8GA 1CGXA 4FLOA 3BLKA 2TAAA 2XVGA 3VM7A 1EDTA 3ZMRA 5CGTA 3VIMA 5CGMA 2D0HA 1OCQA 1S46A 2YBTA 3M07A 2GFTA 1M53A 1QNQA 4B15A 2VL4A 1Q6FA 1GHRA 4AMCA 4S3JA 3DC0A 3ALGA 2DEPA 2EXOA 4KGJA 2UWFA 4U33A 4EAMA 3CZKA 1UQZA 3F5LA 3F5JA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 1W1P A;  1Z32 X;  1JXK A;  5CPQ A;  4HOZ A;  4AD3 A;  3E1F 1;  1HJX A;  3W0K A;  4AZG A;  2DSV A;  3IAQ A;  3WDQ A;  2EPL X;  3ZIZ A;  5A6M A;  2VUY A;  1JZ4 A;  3A6O A;  1JXJ A;  4CU7 A;  3U57 A;  2J4G A;  3HMC A;  1G5A A;  3AIQ A;  2QMK A;  1MXD A;  2Y2W A;  3N9K A;  1ZB5 A;  4GIN A;  5EMY A;  1UR9 A;  2WZI A;  1XRV A;  3MS8 A;  2EPN A;  2XHY A;  1EQC A;  1JDD A;  2WNW A;  1QVB A;  1V6Y A;  1JNE A;  4TXE A;  5EBA A;  4C7F A;  5A1A A;  2XVP A;  2GJP A;  5CPS A;  1KWG A;  1PX3 A;  3NUK A;  2WZH A;  2EPM X;  4AC1 X;  1UH2 A;  5JBF A;  1JAK A;  3CTT A;  4OIF A;  5A94 A;  2Y8K A;  3EDJ A;  3AZS A;  4AIS A;  2F61 A;  3GNP A;  1HVX A;  4PRW A;  1C7T A;  2DT3 A;  4PTW A;  3CZ8 A;  1JYX A;  5A8Q A;  4EKJ A;  3PZQ A;  1CZ1 A;  2ZUS A;  2CYG A;  4J27 A;  2CIT A;  3W27 A;  1XD0 A;  4JFV A;  1BPL B;  4FF5 A;  4C91 A;  1B2Y A;  2CER A;  2EO7 A;  2VI0 A;  2XSA A;  4D6E A;  2DIJ A;  1UR2 A;  4WLC A;  1WDQ A;  4U5K A;  4WSJ A;  2EQD A;  1GOM A;  1QPK A;  4FLQ A;  5A6J A;  3MUY 1;  2DSK A;  1UOK A;  2O9P A; 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