5ABG | Genus

Total Genus 239

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	239
sequence length	712
structure length	663
Chain Sequence	SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISIKNLPLQVKANRVLISPVEIELDAIYPGENIQINEISTDGKEWKLSAGLQKAPVKFVRFLRQFVLTIEK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron
total genus	239
structure length	663
sequence length	712
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2015-08-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase
A	PF18344	CBM32	Carbohydrate binding module family 32

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.460	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	Hyaluronidase post-catalytic domain-like	5abgA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	5abgA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	5abgA01

5A6BD 4W85A 3VM5A 3WELA 1NQ6A 2XTKA 1JAEA 1WZMA 3VILA 1UWUA 3LPOA 3ARVA 4PMZA 3TP4A 1JD7A 3PBGA 4R27A 5D9NA 3L4YA 1KGXA 1KFWA 2YJQA 3VX1A 1WDPA 1OINA 1HT6A 2DH2A 2W91A 3DYOA 3KWXA 2V3DA 1GOOA 3PZUA 1RH9A 4BQ5A 7A3HA 3EDKA 3FAXA 3KL5A 5A95A 2PBOA 3SUUA 4M8UA 2D23A 3AHZA 5CSYA 1KQZA 3T0AA 3EBVA 2FHCA 4H7VA 4NF7A 1B3ZA 2VURA 4D72A 4PMNA 4LYQA 3HJEA 4UZSA 1KCKA 3MUY1 1B3VA 1VFOA 1FOBA 1BFNA 3BAYA 1FFRA 1LG1A 1L0PA 2DSZA 3CBWA 4B3KA 5C70A 1UA3A 3WDJA 1OGSA 4HU0A 2GUYA 1BVNP 4HU8A 2E0PA 4F9DA 3GH5A 2OYLA 4P7LA 3U5UA 3GM8A 1CNVA 3SURA 4W8LA 5AC5A 4UFKA 1V0LA 5BCAA 1RP9A 1GOQA 4KRTA 2CHOA 3BCDA 3ZJKA 1ESWA 5ABHA 2A3CA 4QLJA 3VD4A 1PIFA 3VDBA 3WN6A 1ZB5A 3WNMA 4MJ2A 2ZX7A 3WNOA 1LL4A 3VIFA 4HZ6A 2WW5A 1B9ZA 1P6WA 2XFRA 4WF7A 2VRQA 3EMCA 3MO4A 2YIHA 4Z2IA 1UR1A 3AROA 4S3JA 3ZSTA 5HOSA 3GXIA 2GSJA 2QPUA 2GDVA 3VPLA 1B3YA 2CERA 1QNOA 4J27A 2F8QA 4MDPA 2HISA 2VJXA 3MSDA 5A3HA 3UERA 3VIGA 4AD0A 4P8XA 3VIKA 4UR9A 1ISVA 3AS2A 3WF3A 4PCTA 3QOKA 2ZUVA 3AIBA 1H4PA 4WIWA 1MVYA 4JFWA 3IAQA 1UD6A 4PRWA 4AIOA 1ISWA 2PC8A 2WVUA 1NOUA 3ARUA 3RILA 1XCXA 3F5LA 2YL6A 4P8UA 2F61A 4EAMA 1KXQA 2IXVA 3IJ7A 1VIWA 3WBEA 1QW9A 4JIEA 4K68A 4D6GA 1WZLA 3T2OA 1V3IA 1QNPA 3WD0A 5IDIA 4J3XA 3QGVA 1R7AA 1WO2A 2YA0A 3CPUA 3SUSA 3AQUA 4C7DA 3L2MA 1V3HA 4UOZA 1EH9A 1E6RA 2VI0A 1ISZA 5EBAA 1WNOA 4QCEA 1CWYA 2ZWYA 5BXTA 2J7DA 2ESCA 1WDSA 2WSPA 2YDQA 3EDDA 2D0FA 4BQ2A 1K9DA 1VFUA 1BLIA 1BF2A 4XX6A 1BTCA 1CBGA 2BHYA 4PCSA 5FOOA 1IZKA 1JF5A 4U33A 2VVSA 2WKGA 2PF0A 1LWJA 1G0CA 1AQMA 4JL2A 1W1VA 3W38A 1HNYA 1VBUA 2YL8A 2CKSA 3MU7A 4LPCA 1MQQA 3GH7A 2ZXAA 5I78A 2ZX9A 1DWGM 4MTVA 1M53A 4AZHA 1XD1A 2XM1A 1FH7A 1PEZA 2D20A 2UWFA 4PTXA 1OM0A 3CMJA 4HMDA 1JXJA 3W37A 4KGLA 5A2BA 5JIPA 3CZJA 1DWJM 3QOMA 1CYGA 3FXYA 1VFMA 1GVIA 1UA7A 2OSXA 1K6AA 1WAWA 4E8DA 5JUVA 4D6FA 2WMIB 5E70A 2XVGA 4GQQA 4AZIA 2EPMX 4NZCA 2O9PA 1NWSA 3LMYA 3ARQA 2XWEA 4Z2LA 4UFIA 2VCCA 2XUCA 3M6DA 3AIRA 3L4UA 4GO8A 3SCPA 1LL6A 1EHAA 1JYNA 2W67A 1E0VA 1F4AA 4EKJA 5C71A 2X0HA 2PWHA 1B3XA 2V3EA 4IPLA 4W87A 3PZIA 3WH5A 1ZBKA 1RP8A 3GBDA 2IXUA 3N15A 3N9KA 1UR9A 4UOQA 3WBAA 1BGAA 1CPUA 1UD8A 3B9DA 3L4ZA 3SCQA 1ZBCA 3B9EA 3VGEA 3T2PA 4P8WA 3VDAA 1OD0A 3WQVA 3CUIA 3SEPA 1FH8A 3UR8A 1UR4A 2CESA 2XGIA 1GHRA 1QBBA 2G41A 1UQZA 3MV11 3OIHA 1E70M 4TTGA 2B31A 3OG2A 4DWSA 3KZSA 3M46A 4GXPA 3VMPA 4KRUA 3BSHA 3WDHA 4M80A 3WEZA 5A8OA 1CEOA 1SR0A 3NYDA 1HJWA 3UR7A 1QI4A 2XG9A 1KB3A 4GI9A 1LWHA 5EB8A 2EXOA 4QCFA 5IFPA 4UFMA 1ECEA 3ZT6A 4MDOA 2XPKA 3VU2A 1OIFA 5BXSA 3RJXA 2J74A 3VIOA 3A3HA 3CZGA 3WSUA 1UKOA 1E72M 1ZU8A 4MB3A 1XSKA 1VEPA 3IANA 2DIJA 1J0JA 2J4GA 4XB3A 4NI3A 1FHLA 3WQ8A 2ZOXA 3GBEA 4PMDA 3VVGA 1H41A 3JUGA 3THCA 3HN3A 5ECUA 1TA3A 2A3EA 4HA1A 1UH3A 1C7SA 4M24A 1X1NA 4WKHA 3NUKA 4U5IA 1PX8A 1W9BM 2WSKA 3BAJA 3I3DA 2WHJA 3AICA 3ALFA 3VGGA 4DM2A 1Q4NX 1FP9A 5BXPA 2XIIA 3UEQA 1CXFA 4NRRA 4JL1A 4JFUA 1HX0A 1HXJA 1MW0A 2BXZA 1TG7A 2OWWA 2CHNA 2WMJA 1HL8A 3M07A 3BCFA 3PHAA 3U7VA 3CHCA 4OIFA 2E3ZA 3MS8A 4TTUA 3K8KA 3VO0A 4CVWA 2BS9A 3L4TA 5I3DA 5A8PA 2XGBA 4MNJA 3WIJA 1WB0A 4W89A 2GDUA 5AY7A 1I75A 1J12A 1J18A 2YL9A 2WHMA 2G3MA 4EANA 3VD5A 1HKKA 5A2AA 3RM8A 1UD2A 1NH6A 3GNPA 2PB1A 5A8MA 3AHXA 1TE1A 4A3YA 1TFVA 2DSKA 2QMJA 5I23A 4HZ8A 1J11A 3IAPA 4D6IA 3HMCA 2CIPA 2VR5A 3SCUA 3AS1A 4PTMA 1EO7A 3WFZA 3LPFA 4MJ4A 3SCNA 1C7TA 1QW8A 4DWSB 5DMYA 5BRQA 4E2OA 4A3HA 1I1XA 2V38A 3VKKA 5CGTA 4TVCA 4AZ5A 4W5UA 2QLYA 1V02A 1I1WA 4HTYA 1JDDA 4W93A 1JNEA 5HBFA 1JZ5A 5ABGA 1ZJAA 4JKKA 2E8ZA 3VTRA 2J8FA 5I77A 3AMGA 3CO4A 3CLWA 3W24A 2DEPA 4CD4A 3MMDA 1E6PA 4B15A 4WKFA 4LXFA 3KL0A 5A6BA 3GH4A 1D7FA 2YDSA 1V0MA 1IV8A 1MQPA 2PI6A 5GPRA 2UY2A 3ZO9A 4MNKA 4M82A 1EDQA 4P7OA 4ACYA 2WBGA 2CXGA 5EFDA 3SUTA 3D3AA 4PTVA 1E4LA 3CGTA 1OT1A 4MPKA 3NDZA 4CCCA 7TAAA 1XYFA 2CBIA 4CN1A 2J7GA 2BHZA 2X0YA 3ZMRA 1BGGA 1GORA 3QHMA 5CPTA 1VRXA 2VX7A 2ZX5A 3QHOA 4YPJA 3BLPX 1JD9A 1UKTA 1BQCA 4LYRA 1TZ7A 3BC9A 2X05A 3VD9A 1CGUA 3TTQA 3OLDA 1UZ4A 2Y4SA 2ZXBA 2FH8A 1VEOA 1IT0A 4PSRA 1GW1A 1UWSA 1HP5A 1F4HA 2DSWA 2ZX8A 1C8YA 3W25A 2DSVA 3OGSA 1OGGA 4PN2A 1C90A 2EJ1A 3MUAA 8A3HA 4NSBA 3VIPA 3T0BA 2UY5A 2X09A 1B0IA 1OSEA 1UKPA 2CEQA 2F2HA 4ATLA 2DT0A 1E6ZA 4HA4A 3VGHA 5A6SA 1G94A 2X8RA 2VZOA 3VGDA 1HKIA 2OLHA 4X9YA 3VIIA 1OT2A 4AZGA 1HIZA 1C8QA 5D9PA 4W8AA 4CKQA 4GO9A 1KR1A 4M81A 2V3FA 3WNLA 2Y5EA 2RGMA 1DWIM 1UWIA 3GYCA 3AHTA 5GNXA 1DTUA 5GNZA 1DWFM 3VNYA 3EMZA 1KWGA 1HL9A 5DF0A 3CZ8A 4S3KA 2WMKA 2J78A 1M04A 1UQYA 2ZIDA 1W2VA 1EQPA 1V6UA 5I2UA 1ITXA 4OOUA 4XUYA 4JCLA 1QHZA 2WANA 3ZQ9A 1E71M 5CXPA 2V3GA 5CQ1A 3TONA 5A8NA 1B2YA 2UY3A 4B9YA 1CENA 3WD1A 3CHDA 1KXHA 4RE4A 3ARRA 3RMEA 3WQWA 2W63A 5CG0A 4TXEA 1MWOA 1U33A 4H2CA 3ARWA 5LA2A 1H09A 1H0GA 1JI2A 4CU7A 2JEQA 4W7UA 5A6JA 3AOFA 3PZVA 2VOTA 2WXDM 2O9OA 2WVVA 5JBDA 3U5YA 1UD3A 2XVPA 1UD5A 1H5VA 6A3HA 2JFEX 4YHGA 2J47A 1QVBA 3WH7A 1DWHM 3BSGA 1DHKA 3AFBA 2WLZA 1R8LA 4MAZA 3W6MA 1A3HA 3A4AA 1XC6A 4W7VA 2BV9A 4RE3A 2WMFA 2GJXB 4PMRA 1CECA 3DYMA 4CD8A 4AZ7A 3ZR6A 3BAWA 5BRPA 3W81A 3WF1A 2BFGA 1C92A 1AQ0A 3O6AA 4H04A 4ACZA 5HXMA 1HJXA 2GFTA 4GIAA 1BYBA 1GQJA 4DUXA 2CCRA 1UWTA 2XYLA 3CHFA 1JNDA 3GTNA 4CN4A 3WL1A 4JZ5A 4GZEA 2D24A 4ZENA 5A8QA 1UOKA 4P7NA 2JALA 3OLEA 4U3AA 2BXYA 1WE5A 3VNZA 1QHOA 1PIGA 1GOMA 1PZ3A 2BY2A 4TX6A 4CD5A 5CGMA 4B16A 1E4IA 2WK2A 2CPUA 3UG5A 5EFFA 2W5FA 3WUEA 2WC7A 4AC1X 1KXVA 1KBBA 4FK9A 3AZRA 2DT3A 1R86A 3CUGA 3VGBA 3NSXA 1W1YA 1WCGA 3MMWA 1E3ZA 2BVYA 2QHAA 2BNJA 3WF4A 4PMOA 1CDGA 2QV4A 4OBSA 4X0VA 4KH2A 4W86A 2NT1A 3UG3A 4ZE4A 3POCA 2WVSA 4J3WA 1XSJA 1E55A 1R85A 3FAWA 5CZKA 2G3NA 3W6LA 4AYSA 2YLAA 3FNDA 3WH8A 4AWEA 1ZL1A 1W1TA 4DWSC 2Y24A 1SMDA 3OGVA 4HZ7A 4AD3A 3GXDA 3U57A 3FY1A 1JDCA 1XGZA 1CLVA 3OLIA 3M7SA 3T09A 3GDBA 3SCTA 4F66A 4PYSA 3W4RA 3OA5A 1V6WA 4JKLA 1W1PA 1ISYA 5I0DA 3BAIA 5A94A 2WVVB 2DSUA 2QMKA 3RM9A 3AXIA 3AHYA 3DHUA 4E4PA 2XHYA 1VBRA 1BG4A 4BQ4A 5E0CA 3QR3A 2WMGA 4Q7NA 1HJVA 1EIBA 4AIUA 1J0KA 1QNQA 3II1A 3W0KA 4J3TA 3ARZA 3PTQA 3NSMA 1V0KA 2VZSA 1LL7A 1B30A 4X0NA 2VQTA 1J10A 1UH2A 5DT7A 1J0ZA 5CLTA 3TA9A 1SMAA 3DYPA 4ATWA 3K4DA 1W9XA 5A6LA 1H11A 5BROA 5BYWA 1ODUA 1VB9A 1QI5A 2JF6A 1US3A 3VM7A 4OBRA 4ACZB 3ZT5A 1V6VA 1U30A 1EOKA 4AEFA 2CYGA 5JBFA 3WUGA 3WEMA 4AD2A 2WKLA 5HPCA 3FHQA 5BWFA 1EHNA 3EDJA 4MNLA 2XFFA 1Q6EA 2J25A 1G1YA 3N12A 2XWDA 4LGXA 1TUXA 2HVMA 2VX4A 2PWEA 3GXFA 1GHSA 5LA0A 4M1RA 3WMCA 4BQ3A 1WKYA 3AMKA 2Q8XA 4D6EA 1XSIA 2ZUNA 1W91A 2AAAA 2UY4A 2W92A 1WZKA 3TTYA 2Y2WA 5AYIA 4CUCA 1E0WA 8CGTA 1WDRA 1AQHA 4PMYA 1KGWA 4GI6A 3WH6A 2VCBA 2OWCA 4AZCA 2XVNA 5KZ6A 3PZQA 1NWTA 1J9YA 3VUPA 4WJXA 4LQ1A 3T08A 3T2QA 3MSGA 1HP4A 2CETA 3W29A 1OD8A 1JL8A 1HJUA 4V27A 1Q6CA 3DC0A 1K9TA 2DDXA 1UG6A 1QI3A 3CZKA 1W3LA 4UFJA 3RDKA 4UOJA 1MYRA 1CXIA 1CGWA 4UQBA 2OSWA 3BAKA 3K46A 4C7FA 4AMCA 1EXPA 4AD4A 3UCQA 2EBNA 2ZXDA 1PJ9A 2WZIA 1M01A 2VRKA 1QNSA 1ZBWA 5GQBA 3FN9A 2GJRA 4ZFMA 1MW2A 1CZ1A 2XVKA 2VO5A 4Z2KA 4C91A 5CLWA 3GXMA 4NRSA 1JFHA 5I6SA 3CTTA 1GQIA 2J8GA 3AIUA 3I3BA 2WB5A 1CTNA 1FH9A 1B3WA 2XJ7A 4WSJA 2OYMA 1JFXA 2W4XA 2CBJA 4IISA 1S46A 2VQUA 1BSIA 3AYRA 1JZ6A 1CIUA 3TTSA 2D0HA 1W9UA 2OYKA 2JIWA 1VF8A 1D2KA 4OZOA 3B8SA 3PZNA 2VZTA 3WUFA 4UQEA 2CKRA 1GOWA 2VVNA 1XH0A 3WDQA 1A47A 1UR0A 4J7RA 3BH4A 2WWCA 1WPCA 2E9BA 4AZ6A 2BY1A 4FLSA 1LG2A 5I24A 2G4FA 5HPOA 1UZ1A 1QI0A 1M7XA 3ZJ8A 2XVLA 3U7BA 3AS0A 3VDCA 1YQ2A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5ABGA

Total Genus

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Chain Sequence

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