5ABG | Genus

Total Genus 239

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	239
sequence length	712
structure length	663
Chain Sequence	SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISIKNLPLQVKANRVLISPVEIELDAIYPGENIQINEISTDGKEWKLSAGLQKAPVKFVRFLRQFVLTIEK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron
publication title	A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule keywords	O-GLCNACASE BT_4395
total genus	239
structure length	663
sequence length	712
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2015-08-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase
A	PF18344	CBM32	Carbohydrate binding module family 32

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.460	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	Hyaluronidase post-catalytic domain-like	5abgA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	5abgA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	5abgA01

1E9LA 1EH9A 2X09A 1E73M 1CGTA 1ZJAA 5BXSA 1V3HA 1QPKA 4E2OA 2OYMA 1JZ6A 1XYZA 3K8LA 1MYRA 1A47A 3DYMA 4Q22A 4GPNA 2W66A 3FHQA 4ATLA 3APGA 3RJXA 3W53A 2EPOA 2Y2WA 1W1PA 2GJXB 2ZUNA 2JEPA 2V5CA 3LPPA 4C90A 1W9PA 5CXPA 3AHZA 3OGSA 5I3DA 3GYCA 2CBJA 2J7CA 4H8HA 4KRUA 2NT1A 4CD7A 4P8XA 4AY1A 3AS3A 2D1ZA 1AVAA 3N12A 3PZMA 4MAVA 1ECEA 4P8UA 2J8FA 4AZCA 2A3BA 3U7BA 6CGTA 4F9DA 4F8XA 3WDIA 2WMGA 3VKKA 2ZX7A 2VRJA 1V6YA 2O92A 3LPFA 2ZE0A 2J7GA 1UD6A 2O9PA 4H04A 1CXHA 1WO2A 1U2YA 2XFRA 3WL1A 4U5KA 2J7DA 1XCXA 1CDGA 2EPMX 1HVXA 4YN5A 5FL0A 1UWSA 3TTOA 5I79A 2X2YA 3CUJA 4CCDA 3HMCA 3WEMA 3ARQA 1E6RA 1JZ4A 5E6YA 2Z1KA 3OGVA 2J7FA 4QLKA 2RGMA 1ODUA 1E6PA 4XZBA 4AD1A 4U5IA 4TX8A 1BLIA 5A8MA 5E6ZA 1HT6A 2YKKA 3MUY1 4B3KA 3IJ7A 2AMGA 1E0WA 4GZEA 2Y4SA 3SCQA 2CXGA 2X8RA 2IXUA 2A3EA 3N9KA 1QI5A 1JYVA 1FP8A 5CLWA 4AZ6A 3AZRA 2OWWA 1XGZA 1V0KA 5CZKA 3AHVA 5A6SA 4HOXA 2C0HA 4QLJA 3VIHA 1OD0A 1E56A 3GXDA 2WWCA 2XUCA 3BAKA 2IXVA 1MW2A 4J27A 3WMCA 3T2OA 1UKQA 1J11A 2OSYA 5KZ6A 4GQQA 1M7XA 5A95A 4P7QA 1CTNA 1I1XA 3VPLA 3SCWA 4B15A 4D6DA 4PUDA 1NH6A 3CZ8A 5LA0A 1FOBA 3KWXA 1OINA 4JCLA 4HZ6A 1DWHM 1RH9A 3MO4A 3CO4A 1TA3B 1CXKA 1QBAA 4D1IA 4M24A 2YA1A 1KGUA 1VBRA 3WUBA 4Z2LA 5CQ1A 4HMCA 4W7UA 3MKKA 3AZSA 5TD4A 1WZMA 3GBDA 3MV11 5HPCA 3SCVA 3MMWA 1IZKA 3SCUA 2WZIA 1W9DM 2VZOA 2W67A 3F4VA 1GOOA 1V0NA 4N42A 3OG2A 4W7WA 3VIGA 3W26A 3GH4A 1Z32X 1K9EA 1JYXA 1HJVA 7TAAA 4HMEA 5CGTA 3L2MA 5DFAA 2W4XA 1DWAM 2W5FA 1UKPA 3IAQA 3WD2A 4QFUA 3GH7A 1D3CA 3CZEA 1UR0A 3GNRA 4LXFA 4AEEA 2JIEA 1W1YA 2PI6A 1UKTA 3UERA 1V6UA 4M80A 1FH7A 5D9MA 3WFLA 2YL6A 1H5VA 1CLVA 3RIKA 5A3HA 4MB3A 4GKLA 7A3HA 5HDRA 1H49A 3WUFA 2E40A 1NOUA 2WWDA 3ECQA 1UH2A 3O6AA 4Y7EA 2PBGA 2NW0A 2VX5A 3VD7A 5KEZA 3VDHA 1CPUA 2WYSA 3RPMA 4F79A 3AHTA 4PBGA 2UY5A 3OBAA 1H1NA 3A3HA 4UOQA 4AZ7A 4LX4A 2J7EA 1JZ2A 1JYWA 3RMEA 2VURA 1V3IA 1ISXA 4TXEA 2VCAA 3FW6A 1W1VA 1GOIA 1U33A 2XFYA 2J78A 5DT5A 3WF0A 2YDSA 2E9LA 3T2QA 3VILA 3AIQA 3VUPA 4QP0A 2HISA 1ZU8A 2GK1A 3AZTA 3AMLA 2YDQA 3EMCA 2XWDA 4AD2A 1MQRA 3VGFA 2VZVA 3PZQA 1BGGA 1FFQA 3WF3A 1VEMA 1E4MM 1G94A 3CIVA 3DHUA 4GQRA 1FA2A 1X1NA 2BY1A 4MNLA 4PCSA 5HXMA 4CD5A 5JBDA 2G3JA 2A3CA 3WNNA 1EO5A 1K9TA 1EIBA 1J18A 5A6AA 1XC6A 1QW8A 1MQQA 1J0KA 4J7RA 2GDUA 2A3AA 1UWUA 4D6GA 4UOJA 1HNYA 3W28A 3NSMA 1F4AA 3T0DA 4JFVA 4UTFA 1QW9A 3WH8A 3CZJA 2EPNA 3BCFA 4M82A 1JAEA 3ZIZA 3B9EA 3WFZA 1UD4A 2VZUA 3EMZA 3ARVA 1ISYA 4AZCB 2JEQA 4D6IA 2EJ1A 1BPLB 4CVUA 2OWXA 1JZ8A 1V08A 1NP0A 3CPUA 2BFGA 4HOZA 3RDKA 3ZJ7A 5EFFA 1AMYA 2WC7A 1J0JA 1WKYA 3HU7A 5BXTA 3NDYA 1ZL1A 5A2AA 1SMAA 3VD5A 1GHSA 3QR3A 5M03A 4MNMA 4AZIA 2GJPA 3EDFA 3AIVA 1QNPA 1HX0A 2UWFA 4N0RA 2IUZA 4A3YA 4CD4A 2WAGA 3SUUA 2V38A 2YLLA 3IJ9A 5AY7A 3QOMA 1HJUA 1G0CA 2E4TA 1Q6FA 1J0ZA 1ISWA 5A2BA 4WF7A 3DYPA 3F5JA 3SEPA 4W89A 2D20A 1EDTA 1JG9A 1HN1A 1GQLA 1BYBA 2XVLA 4BZYA 2D0HA 3BXWA 4P7RA 1VJZA 2WMFA 4XB3A 5HNNA 3PZOA 1LWHA 1M04A 4J3SA 2VC9A 1UR2A 4KGJA 2Y24A 1J0HA 1CGWA 3WD1A 3BLPX 2DPEA 3MUZ1 3J7HA 4TVDA 1CGVA 9CGTA 4FF5A 5A6KA 2E3ZA 4PMOA 4ZFMA 3U57A 1B1YA 5BRQA 2J62A 3VVGA 1UWIA 3CZKA 3QHOA 3VIKA 1B9ZA 2ZXBA 1A3HA 3VNZA 3ZSTA 1QI2A 4MJ2A 5I2UA 4LYPA 3THCA 4UFHA 1GUVA 4XUYA 1Y7VA 3WQ6A 4OJYA 5IFTA 3MS8A 1GOQA 1EDGA 1PPIA 3VIJA 3HN3A 5CG0A 3L4XA 1B3YA 3AIEA 1MFVA 3L4VA 1CGXA 2CNCA 4ATDA 3WDHA 3BAWA 3EDKA 3WD0A 4HA4A 1BSIA 4AD5A 1E0XA 5ABFA 2BV9A 3CH9A 1H3GA 1TVNA 3WNKA 3VX0A 4H7VA 4PMYA 4UQBA 2WANA 1GJUA 3VTRA 1UG6A 3F5LA 1GZJA 4BF7A 1J10A 2J7HA 4YHGA 2V3GA 3MU7A 2BXZA 1V3KA 1KXTA 2PC8A 1AQMA 4UR9A 3TA9A 3ARTA 2EEXA 4M8UA 1J9YA 1J0IA 3N1AA 4BS0A 5I6SA 1KXVA 1G5AA 3AIWA 1VRXA 4J3UA 2O9RA 2FHCA 1EOMA 3AXXA 1Q6GA 3AICA 1E6NA 3WNOA 2Y5EA 5A6BD 3AISA 1BYDA 4WLCA 2XM2A 3GDBA 2CETA 4UFJA 4J3TA 2D22A 1QHZA 2BNJA 3RO8A 1PZ2A 2A3HA 2WCGA 3OLEA 1OM0A 5A2CA 3A4WA 1E5JA 3UEQA 3D5HA 4XX6A 1YQ2A 1BGAA 4XZWA 1E6ZA 1E4IA 3CMJA 1E4LA 3VGDA 3OLDA 1W3JA 4JHZA 2W63A 4FK9A 2ZXDA 4Z2IA 2VOTA 2VR4A 1Q6DA 4JKKA 1H09A 2YIHA 1KQYA 4TOQA 2CCRA 1KBBA 4WIWA 4OKDA 1NOWA 2OYLA 5A6BA 3UR7A 2WMHA 3CUGA 1UH4A 4MPKA 2ZX5A 3NIYA 2XGIA 3AMGA 1GQKA 2WMIB 1SMDA 3ALFA 1ZS2A 3WH5A 4JFUA 2CERA 2Z1SA 2YL9A 3W6MA 4C7DA 1UH3A 4P8VA 2DEPA 3GXMA 2GK1B 3KEHA 4R27A 3VDBA 3PHAA 1XYFA 1LWJA 4PSPA 1GQIA 2VX4A 3ARUA 3BSGA 5E0FA 4AZBA 3AROA 3WH9A 4CCCA 3T09A 1KXQA 3VM5A 1ZBWA 4UQDA 2EQDA 1UD5A 2DSUA 4QAWA 4ZE5A 3WD3A 3VMNA 4W93A 4ZXLA 3LPOA 1XD0A 3WDQA 1K6AA 3WEOA 1E55A 3WN6A 2VUYA 1PZ3A 4DWSC 5JUVA 2WM0A 1EOKA 5CGMA 2J77A 1Q6CA 3WQ8A 2OWCA 4NI3A 3EYPA 4CN4A 5D4YA 1JDDA 1N82A 5ABEA 4ACYA 4F9JA 3UG3A 4FMVA 2ZUMA 4W87A 4W7VA 1WE5A 2PWGA 1PX4A 1V0MA 3BLKA 2EBNA 2ZWZA 3I3BA 1OB0A 3ARPA 1W2VA 1E4NA 1WZLA 3BAXA 2ZX6A 3M46A 5A1AA 1NWSA 5HBFA 3NYDA 3ZMRA 2DH3A 4CGTA 1JAKA 3ZT6A 2VRQA 2CBUA 3WQ5A 1UA7A 3TTQA 1DP0A 3JUGA 1U30A 3CGTA 4PMNA 1KQZA 1WCGA 3SCRA 4PEEA 2EXOA 2DH2A 1ITCA 1TUXA 4B9ZA 4PUEA 1J12A 5CSUA 1KCLA 1VEOA 5HPOA 3SIMA 4UQCA 4S3KA 5ECUA 3VGEA 4QDMA 4OOUA 3SURA 2FHBA 3EDEA 2NSXA 5FKYA 3TTSA 1V6VA 1EHNA 1VB9A 1JD7A 1E72M 3NSNA 1LG1A 2VO5A 1QBBA 1CGYA 3QOKA 4OOZA 1DTUA 4KMQA 3IJ8A 4L4PA 1ZBVA 1M53A 2J4GA 1OWQA 1DWIM 4HA1A 1XRVA 2XTKA 1D2KA 1QOXA 3G6LA 5A8QA 2YL5A 1VIWA 1TE1A 3W37A 3ZR5A 1O7AA 1C7SA 1GVIA 3VOCA 3O2LA 5BROA 1AQHA 3MANA 4WKHA 3M07A 3WMSA 2V3DA 2WHMA 4UNIA 4GI9A 3SUTA 3AHXA 4AZHA 1LL4A 2J79A 3AMCA 3ARYA 4HZ8A 5IHRA 1E1FA 4Q7NA 3KL3A 1KCKA 1JXJA 4MJ4A 4UFKA 1UR8A 3CUHA 4MAZA 1E6SM 3K1DA 3AYSA 5I23A 3W0KA 1JDAA 3MMDA 3I3EA 5I5RA 5A8PA 3RCNA 2PWEA 2WZHA 3VMOA 1KGWA 3NSXA 1VF8A 1CECA 4J3WA 2WXDM 1Q4NX 4PTMA 2WB5A 1JXKA 3UG4A 1W1TA 1UKSA 1HL9A 4BQ5A 5ABFB 3VINA 3AMDA 1CENA 3W4RA 2G4FA 2GJRA 2PBOA 3AI0A 3BH4A 2O9OA 4WK9A 1K9FA 4M81A 3WENA 4U2ZA 3ZM8A 2ESCA 4U3AA 2VCBA 4D72A 1W9VA 1OGSA 4CCEA 4UFIA 1FFRA 2UY3A 3GNOA 3OGRA 3POCA 1UWRA 1UZ4A 1KXHA 4TVUA 1LQ0A 4D6FA 3D3AA 1UR4A 5GNXA 2XJ7A 1UQZA 1DWJM 3CUIA 3WH7A 4HOWA 4AISA 2W92A 1V02A 1SR0A 1HJWA 3B9DA 3PZUA 1TVPA 4EKJA 2J25A 3WQ4A 2J75A 4AD0A 4A3HA 2ZUUA 1H0IA 2XVPA 5FIPA 2BHYA 2C8NA 3AIRA 5CJ5A 2D3NA 2QF8A 2JFEX 1QHPA 4BQ2A 4W88A 1XSKA 5D9PA 4UQEA 3T0AA 1TG7A 1CEOA 3PZTA 5D8ZA 2QV4A 3GZAA 1XSIA 3SCSA 5A69A 5JBEA 2XSBA 1FP9A 2J47A 5BWFA 2DT3A 2YJQA 5D9OA 4JFSA 1VFUA 1W3HA 4ZE4A 3AQUA 2VX7A 3B9AA 3ZT7A 3VIPA 3K4AA 2DSWA 2WVTA 2X1IA 3DC0A 3WNLA 1US2A 2XGBA 1QNOA 4H2CA 1WDRA 2GUYA 5M17A 1OGBA 1NARA 3A6OA 4UQAA 1RD6A 3IANA 1OGGA 4D6JA 1R87A 1MVYA 2CEQA 2D24A 5HOSA 2BY3A 4GZIA 1EO7A 1GOKA 4AIEA 2X0HA 4WKFA 3M6DA 4A4AA 1BAGA 1EA9C 2WC3A 3W38A 3ZOAA 1FHDA 1QHOA 1UD2A 4U33A 3K8KA 3OZPA 4Z2HA 2ZUTA 2VQTA 1K9DA 3U5YA 4AZGA 2JIWA 5CLTA 1MW3A 4FLQA 1JF6A 3MMUA 2BXYA 3BAIA 3S6TA 1UD8A 1W9XA 3B8SA 3AXIA 3BGAA 4HMDA 4DM2A 4MNKA 2GDVA 1ZJBA 1WP6A 3VD4A 1GVYA 3LMYA 1SYTA 3CUFA 4PMUA 3AMKA 4PTXA 4B16A 2OLHA 4URIA 3OIHA 4X0NA 2V5DA 4AC1X 4GO8A 1GOMA 3AXHA 5A6LA 2DT2A 4X9YA 1XCWA 5DT7A 2GSJA 3VGHA 4B9YA 3L4ZA 4JKLA 2FH8A 5CPSA 3FXYA 3WELA 2WSPA 1CBGA 1XH0A 5EBAA 3PZ9A 3TOPA 3RM4A 3A4XA 4JFTA 5E9AA 2AOSA 5A8OA 4TTUA 1E0VA 4YPJA 1JNEA 3ZQ9A 2J74A 1ODZA 2HVMA 2GVYA 3UCQA 1W3KA 1WDSA 1KFWA 4BQ4A 5IFPA 3QGVA 2WLYA 2WMJA 1X6LA 4M1RA 2DDXA 3M7SA 4CD8A 4IPNB 3RM9A 3N04A 3OLIA 4MDPA 1TA3A 3CZGA 4H8UA 3BAJA 4MTVA 2ZX9A 1C90A 2XVNA 2YDRA 3T0BA 6TAAA 4R5EA 2BHZA 2JE8A 2Y8KA 1JD9A 2G3MA 3VO0A 1BVZA 1RPKA 3WF2A 2ZICA 1HJSA 5IDIA 5M3WA 3BCDA 2BVTA 1BTCA 1YHTA 3VDCA 3WD4A 1BQCA 3I3DA 5LA2A 1WDQA 2RGLA 4V28A 4W8BA 3RILA 2XVKA 5IHSA 4PSRA 2WKGA 4L4OA 3OA5A 3WUGA 4LYQA 2YOCA 3W6LA 3N17A 2BY0A 1B3WA 3WL0A 4JL1A 2UY2A 5CPQA 2XIIA 2MANA 3AIUA 1NP2A 2WBKA 5JIWA 5CSYA 4KWUA 1JYNA 4FLRA 4AXNA 3AJ7A 2F2HA 2YA2A 4PTWA 2VZTA 1KR1A 1EQPA 1QNQA 4IUGA 2CESA 1R7AA 4M56A 4JL2A 4V27A 3U5UA 5D9NA 4P7OA 5CPTA 3PZNA 1W9UA 1HL8A 1BVNP 4P8WA 5AYBA 2DSZA 1H4PA 1GHRA 1EGZA 1S46A 2J7BA 3NDZA 1WZKA 2W61A 3VGGA 1OT2A 2CKRA 1Q6EA 2WKLA 4NRRA 1ITXA 1J0YA 1H0GA 3NJ3A 2XWEA 2YA0A 1OD8A 1B0IA 5A6MA 1W32A 4CU7A 2QMKA 1B3VA 4HPHA 2ZOXA 4GI6A 5EB8A 4W85A 2WVUA 4QCFA 1CYGA 2DSKA 3DECA 8CGTA 5F7UA 3UESA 1VBUA 2DIEA 1CXEA 4EAMA 1MW0A 1CLXA 2V3EA 3RM8A 1HKMA 2E8YA 1R8LA 4OZOA 2XSAA 3II1A 4RE4A 5FCZA 2UY4A 2V3FA 4D6CA 3F5KA 1JI2A 2BY2A 6A3HA 3VIFA 4EANA 3ARSA 2EPKX 4E8CA 3CMGA 3N15A 1FH8A 4PMVA 1NQ6A 5EFDA 4U31A 2WCAA 1GORA 3WMBA 1OIFA 3WKZA 1BFNA 4D6HA 3WNMA 2E0PA 1GCYA 2WC4A 3VM7A 1C8YA 2QMJA 1XD1A 1MFUA 4UFMA 2AAAA 2PWFA 1VENA 1CGUA 1GJWA 2D23A 4PN2A 3RJYA 2QHAA 5BXPA 1HP4A 3IAPA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5ABGA

Total Genus

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