5ABHA

Structure of gh84 with ligand
Total Genus 252
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
252
sequence length
712
structure length
677
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISNVKNLPLQVKANRVLISPANEVEIELDAIYPGENIQINFGKDAPGRLEISTDGKEWKTVDLSAGLQKAPVKFVRFTFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 252
structure length 677
sequence length 712
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2015-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 5abhA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5abhA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5abhA01
2VNCA 1O6IA 2WVVA 2Y4SA 1E9LA 1CZ1A 1WAWA 3THDA 2ZUMA 4AW7A 2Q8XA 1ISZA 1EH9A 4PTXA 2PWDA 2W61A 2F2HA 1H4PA 4OOZA 1YHTA 2J62A 2DIEA 4AZIA 4PMVA 3BAIA 4W8AA 2CPUA 1CTNA 3I3DA 3ZR6A 1QVBA 2WANA 3AYRA 4CN6A 2XSBA 4PMXA 1BG9A 1M01A 5ABFA 4U2YA 5A8QA 1QBAA 1M04A 3KEHA 3UEQA 2O9TA 4XZBA 3W4RA 3CHFA 1FH7A 2E8ZA 2CKSA 2J47A 4HPGA 3AXIA 3WMBA 3T2QA 4P8UA 5CGMA 3S6TA 3SUTA 1BGAA 3AOFA 1UWUA 1WKYA 3MS8A 2GSJA 1B3YA 4R27A 2XG9A 1GJUA 1JGIA 1NWTA 1V0KA 1ISXA 1F4HA 1ESWA 3DECA 3QHNA 1JG9A 2EPOA 4PUDA 2VQUA 5LA0A 3CMGA 3M07A 4ATLA 1OIMA 4W85A 3SCRA 3L4UA 4D6HA 3M6DA 2V5DA 2FHFA 1UZ4A 3ARXA 1Q6GA 3W25A 3CH9A 1R87A 2XUCA 3WH7A 3WQ4A 3AIQA 2X8RA 1HJVA 5F7UA 3UG4A 4A4AA 2VTFA 4U3CA 1NP0A 3WFZA 5D9OA 1JAKA 3BAKA 1OBAA 4PUEA 4JKKA 1TVPA 3VIGA 2QV4A 1JZ2A 1E0WA 3IAPA 5FOOA 2CBVA 1EDQA 2G41A 2E3ZA 1OGBA 3A4XA 4NRRA 2J8FA 3O2LA 4B3LA 1VF8A 1HKIA 3ZSSA 1Y7VA 3SUUA 4E8CA 3CUGA 3U5YA 2WWDA 3U7VA 3UR7A 2J75A 1UA7A 1EGZA 4Q22A 4BA0A 1GNXA 2WYSA 1JF5A 3LMYA 1QI2A 5A3HA 5BRQA 3CMJA 1EDTA 3VILA 2O9OA 3KE0A 3L2LA 1OT1A 1VJSA 1MYRA 3BLPX 3ZJ6A 2BY2A 1DWJM 4JKMA 4TX8A 4D6FA 3FAWA 2O9RA 1MFUA 4UOZA 3WL0A 2E9LA 1ZBWA 4CD8A 1AVAA 4QCFA 1PIFA 3MKKA 2Y2WA 5ABGA 6CGTA 2DSZA 4P7QA 3WY1A 4XUYA 4MNJA 3WBEA 2VCAA 5I0DA 1JZ7A 2B31A 1E6XM 4C7GA 1U2YA 1JFHA 2CHNA 1JXKA 3AZSA 3EDDA 2D0HA 4D6CA 3TP4A 3PTKA 5A69A 4RE2A 3MMUA 2PWFA 3T2OA 2C8NA 2WCSA 2WMJA 4JKLA 3WDJA 1PZ3A 4FLQA 4DWSA 4JFVA 2WHLA 2WCAA 3A47A 5HNNA 3N13A 1OT2A 1GOWA 1WZLA 2D3NA 3MUZ1 3VGEA 1ISVA 1O7AA 1CLXA 4C91A 3WNPA 1W9VA 4BF7A 2VZSA 1GCYA 2GDVA 1HN1A 4GXPA 2WNWA 4EE9A 3WDIA 1CENA 3MU7A 1E4MM 1MVYA 5A2CA 1E43A 2X2YA 3WKZA 1R86A 3MUY1 2X0HA 4QDMA 4TXEA 3TTSA 2EEXA 1HKMA 1ODZA 1W9DM 5CXPA 5EB8A 2A3HA 1V0NA 2JE8A 1U30A 1M53A 1VRXA 1TG7A 1UYQA 2PBGA 4F79A 1YQ2A 1W3JA 3VGGA 4ACYA 1V6YA 4GQRA 3GTNA 4DM2A 1E71M 3PTQA 2WCGA 2WVSA 4AMCA 2GJXB 1EA9C 5A8MA 2IUZA 1DWGM 1ISYA 3WDPP 1W1TA 2J4GA 3WF3A 3CZLA 2DT0A 3W24A 2GFTA 3HJEA 1UOKA 2ZUUA 2ZX7A 1MW0A 4EK7A 1JI1A 4UFLA 2W4XA 2D1ZA 1UD6A 1K9EA 2DSKA 4WSKA 2G3IA 1RP8A 2YA0A 1V3KA 5C8BB 2D3LA 1HKKA 3AS0A 1E4LA 1XC6A 2UWFA 2BHUA 1G01A 3ZO9A 4E4PA 1BYDA 3CO4A 4DWSC 4MB5A 1R7AA 3PZGA 4AEFA 3RJXA 3F5JA 1E4IA 3WFLA 1FA2A 4JZ5A 2E8YA 2XVKA 5CPTA 3BMVA 1H3GA 2X09A 2JF7A 3ARUA 1KWGA 5A94A 3PHAA 2VOTA 3ZT5A 1QI5A 1DWIM 3BGAA 5I2UA 3TTQA 4B16A 4YPJA 2G8ZA 1C92A 1CXIA 5JIPA 3MO4A 1DEDA 1VAHA 1SMDA 4A3HA 2CIPA 2W91A 1TUXA 3VD4A 5C70A 1G0CA 2WKLA 1JYXA 7CGTA 2J77A 4AZ6A 1LLOA 4CGTA 1CYGA 5DF0A 3OIHA 4CUCA 1MW1A 2BNJA 1Q4NX 4HZ6A 2WZIA 3WH6A 1NARA 5A6SA 2RGLA 4UQBA 1WNOA 2W67A 1BLIA 4H8VA 4PTWA 4WKHA 1QPKA 3RDKA 2CKRA 3CZGA 3L4TA 1WZAA 1KXHA 1OD0A 2X05A 1UR9A 9CGTA 5I79A 3AJ7A 1CGTA 3WDRA 1W3HA 1E73M 3EDKA 3VDHA 4JHZA 5BYWA 1WO2A 2XM2A 1ECEA 1E6SM 1LL6A 1H41A 4FF5A 3W6MA 3SUVA 1UD4A 2GJXA 3VKKA 4PSRA 2RGMA 5FL1A 1V02E 2YOCA 1X6NA 1UWQA 4Z2IA 4V27A 4GO9A 5IFPA 1JZ5A 3ARZA 1UH4A 2CNCA 4D6EA 3GDBA 2BXYA 2WMKA 1B9ZA 1IT0A 5A95A 1QNRA 1TE1A 1V3IA 3CHDA 4CU8A 2V3GA 4P8XA 3T0BA 3W26A 3B9AA 2W5FA 1HT6A 3PZIA 3AROA 1KBBA 5A1AA 3DHUA 1F4AA 7TAAA 3THCA 1E56A 2FGLA 2XM1A 1PAMA 4KRTA 2GK1B 4ZE4A 2WKGA 1UH3A 1NWRA 4QFUA 3B9EA 2GVYA 1V6VA 1QW9A 3ZR5A 4GINA 3IANA 2ZXBA 3WQ8A 2WK2A 4F8XA 2V38A 1MQRA 1VFMA 2WSPA 1W2PA 4P8WA 2WHKA 1UG6A 5C71A 1VFOA 1C3FA 1GPFA 1UWRA 1J0JA 3BXWA 5A6MA 3VIIA 3VIOA 1HP5A 2ZUVA 1V02A 1XRVA 4LXFA 3CUFA 2CHOA 4CD5A 1NH6A 1HX0A 2DH2A 1JFXA 1EIBA 2WB5A 3AHYA 4HOXA 2CEQA 1WZKA 4GZJA 1GQLA 5M3WA 1J12A 1XD1A 4WF7A 2OWCA 3VIPA 3VNZA 4BS0A 4OBSA 5A6BA 3VMNA 3GH4A 1OGGA 1V3HA 2J25A 1QI3A 4PMNA 1JL8A 4B9YA 2WXDM 4D6DA 3RJYA 2XWDA 1DWHM 4M80A 4UFHA 3WUGA 2DT1A 2WSKA 1L8NA 4YHEA 3WNOA 1GORA 1E6QM 3CLWA 4UOQA 4J3XA 3PN8A 3WIJA 1UH2A 1XH2A 4F9JA 3AIWA 3OB8A 4ZENA 3FNDA 3L4ZA 3WD0A 4H2CA 3APGA 4XB3A 5IHSA 1TR1A 3RO8A 4MDPA 2J7FA 2W62A 1CIUA 3WUBA 4E8DA 2GK1A 3CUJA 2WMIB 3DYPA 5GNXA 4RE4A 4GI8A 3AMDA 1H0GA 1JXJA 2Y24A 2BV9A 1H0IA 5JBDA 1E4NA 4QLLA 1NOWA 4PBGA 4TVCA 4GZIA 4JCLA 2YKKA 3ECQA 2XFFA 1A3HA 5KEZA 1J01A 4EANA 4NRSA 5CGTA 1QW8A 4W7WA 5E6YA 4DUWA 2FH8A 2VJXA 4AZHA 1BVNP 1H1NA 3ARYA 2FH6A 3N17A 3OZPA 3VIFA 3OLDA 1GOOA 1LWJA 5FL0A 1ZL1A 5HOSA 4D71A 3AYSA 1JZ6A 4CCCA 2J7BA 1BF2A 3PZMA 1EHNA 2YBUA 4ZFMA 5E70A 1E0VA 4P8VA 2EPMX 3O6AA 2BFGA 3K8KA 3N12A 1J10A 1W91A 2E9MA 2VC9A 2FHCA 2J74A 3HU7A 7A3HA 4UFJA 3AXHA 3W53A 1KR0A 1OINA 3L2MA 4MB4A 4P7OA 1UWSA 3NSNA 1E6NA 3SCPA 1B30A 5A8OA 1EQPA 2WC4A 3L4VA 3II1A 2W63A 1B3XA 2VVNA 2VCBA 3BAWA 1UKPA 4J27A 4PMOA 4MB1A 4OBRA 4J28A 3T2PA 3F5LA 1UD2A 2EQDA 4HZ7A 1GOQA 1S46A 3AS1A 3D5HA 3KL0A 2CITA 5JUVA 2XJ7A 1ZBCA 1VENA 3GXIA 4CVUA 2JIEA 1SR0A 5AC5A 2IXVA 3TTOA 4U2ZA 4NF7A 3W28A 1BQCA 3CHCA 1W2VA 1UWIA 3BAJA 4MJ4A 5IDIA 4ZXOA 2J7EA 1W9UA 1HP4A 1QI0A 2J8GA 2CBJA 1B3ZA 3K4DA 5HPCA 1HNYA 1QOXA 1HJXA 1QNPA 3POCA 4AIUA 4UOJA 2WMIA 4W86A 5FIPA 5HDRA 1NWSA 1KCLA 3WENA 3U57A 2WZEA 1CPUA 2ZX8A 4U5KA 2WHJA 4MNKA 4WLCA 3AICA 8A3HA 4JL1A 1TFVA 4AZ5A 2DT2A 4Y7EA 3WMSA 2X0YA 1UR4A 4D1IA 4JHOA 3LPOA 4AZ7A 4BQ3A 1XCWA 3UETA 3OGSA 2XHYA 2QPSA 2XFYA 3CZJA 1XH0A 3GNPA 4OIFA 1V6WA 1XCXA 2UY3A 2D22A 1B2YA 4LQ1A 1Q6DA 3WF2A 4HMCA 1JZ4A 1WDRA 4XZWA 1ISWA 2JALA 1UA3A 1UD8A 2YL6A 1HJSA 1W32A 1W3LA 2CXGA 3ARWA 1QHOA 3BAXA 3VD3A 2BS9A 4L4OA 5AY7A 3W6LA 1GVYA 1JZ8A 5IHRA 3NYDA 3AMLA 4UQAA 1E1FA 3KL5A 1C8XA 2Y5EA 1BPLB 3CUHA 4S3KA 1FHLA 5CLTA 4HMDA 2BY1A 1US2A 4W5UA 4AWEA 4JL2A 4TTGA 2VR5A 4AIEA 3AIRA 2OSWA 3IAQA 3EDFA 3VX0A 1HJQA 4CD4A 4B9ZA 1UR2A 1P6WA 3QHOA 4KGLA 4CD7A 1J18A 2WMFA 5IFTA 3S2CA 1XHGA 2BHZA 2E40A 1R8LA 3VMOA 4PEEA 1JDAA 4DWSD 3PZOA 3WD4A 4AD0A 1GOMA 3UCQA 5I24A 3W38A 1UD3A 4D6GA 3FN9A 1RH9A 1C91A 3MANA 4W8BA 3OLIA 5BXPA 3ZMRA 2JFEX 1C8QA 1J0YA 5BXSA 3WQWA 2CERA 3OLGA 1GW1A 1GJWA 3K1DA 3OGRA 2YDQA 1FP8A 5A6LA 1AQMA 5CZKA 1BYAA 4DUXA 5E09A 1PZ2A 5D9MA 3VIMA 2PWEA 1R7OA 5I77A 2IXUA 1UQYA 3VTRA 1EOMA 3AFBA 3BC9A 4QLKA 1VEPA 1HJUA 5A2AA 1QHZA 1MFVA 4P7NA 4YHGA 1JD7A 1D7FA 3W29A 5AYBA 1JDDA 1PPIA 1E72M 1OIFA 1PX4A 2D2OA 2OLHA 2ZXDA 3AHXA 3NDZA 2XVLA 4IPNB 3F4VA 2WZHA 1RD6A 3UESA 3AS2A 2Z1KA 5BROA 1M03A 3VD7A 3PZQA 1FH9A 1CNVA 4JFUA 3LPPA 3A4WA 3FHAA 1WZMA 2WLZA 2HVMA 2QHAA 2VX5A 4AIOA 3A4AA 4W84A 1CDGA 2E4TA 3CZKA 4TX6A 3IJ9A 1ZS2A 2VO5A 2PI6A 3BMWA 3OBAA 1CXKA 8CGTA 3BLKA 3VNYA 4QLJA 4J3TA 4OOUA 4H8UA 5BRPA 3M46A 2A3AA 2JEQA 3BSGA 3K46A 4M24A 4UFKA 4H8HA 3VIHA 1WP6A 1M7XA 1EO5A 4JFTA 1NOFA 1GVIA 4W88A 3OZOA 4HA1A 4BQ4A 4P7RA 1VFFA 1GQJA 2FGZA 1XV8A 3N11A 1B3WA 1AMYA 1GOIA 1W9PA 2V3FA 1B31A 2WW5A 3GM8A 4NZCA 1B1YA 4IM4A 3EYPA 1H2JA 2PBOA 1KBKA 3AIBA 4PN2A 4WK9A 5FCZA 3RIKA 4N42A 4UZSA 4AXNA 3N04A 3LPGA 2PWHA 4UFIA 2EO7A 5CJ5A 1EDGA 4CN1A 3ZOAA 4W8LA 2DSUA 2WVUA 3WEZA 3ARTA 4OJYA 2VRJA 3VM7A 4BQ2A 5EFDA 4WJXA 4C90A 2YA2A 4H41A 5M03A 1E40A 1MXGA 5BXRA 3NUKA 5GPRA 3J7HA 4WKAA 4UTFA 3B8SA 2ZUNA 4AD5A 4DUVA 1V03A 3QR3A 5DO8A 2XVPA 3TONA 1IZJA 2VVSA 1DWFM 1J9YA 3SCNA 2YL8A 3WUFA 4HPHA 1VIWA 2XTKA 4KWUA 2QPUA 1J0ZA 4U3AA 2DQXA 2D24A 3VINA 1K9DA 2XGBA 3VOCA 1MQPA 3ZSTA 2D20A 5LA1A 2XSAA 2NSXA 2XIBA 4PCTA 2WM0A 3WQ5A 1MXDA 4CD6A 3DHPA 3CIVA 4M8UA 3VIJA 1BVZA 1KGXA 1MW2A 2O9PA 1XSKA 1JF6A 4M81A 5IXEA 4YN5A 1RPKA 4V28A 3TTYA 1E0XA 4LPCA 2JF6A 4H04A 3WQ6A 1UUQA 4B15A 5CG0A 1V6XA 3W82A 1GHRA 3UG5A 3RPMA 1KQZA 3ARQA 4J3SA 4LGXA 4KH2A 4BQ5A 4J3VA 2J79A 3MUAA 2WVTA 1CGVA 1BGGA 1E6ZA 2WMGA 3WQVA 1KGWA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2VNC A;  1O6I A;  2WVV A;  2Y4S A;  1E9L A;  1CZ1 A;  1WAW A;  3THD A;  2ZUM A;  4AW7 A;  2Q8X A;  1ISZ A;  1EH9 A;  4PTX A;  2PWD A;  2W61 A;  2F2H A;  1H4P A;  4OOZ A;  1YHT A;  2J62 A;  2DIE A;  4AZI A;  4PMV A;  3BAI A;  4W8A A;  2CPU A;  1CTN A;  3I3D A;  3ZR6 A;  1QVB A;  2WAN A;  3AYR A;  4CN6 A;  2XSB A;  4PMX A;  1BG9 A;  1M01 A;  5ABF A;  4U2Y A;  5A8Q A;  1QBA A;  1M04 A;  3KEH A;  3UEQ A;  2O9T A;  4XZB A;  3W4R A;  3CHF A;  1FH7 A;  2E8Z A;  2CKS A;  2J47 A;  4HPG A;  3AXI A;  3WMB A;  3T2Q A;  4P8U A;  5CGM A;  3S6T A;  3SUT A;  1BGA A;  3AOF A;  1UWU A;  1WKY A;  3MS8 A;  2GSJ A;  1B3Y A;  4R27 A;  2XG9 A;  1GJU A;  1JGI A;  1NWT A;  1V0K A;  1ISX A;  1F4H A;  1ESW A;  3DEC A;  3QHN A;  1JG9 A;  2EPO A;  4PUD A;  2VQU A;  5LA0 A;  3CMG A;  3M07 A;  4ATL A;  1OIM A;  4W85 A;  3SCR A;  3L4U A;  4D6H A;  3M6D A;  2V5D A;  2FHF A;  1UZ4 A;  3ARX A;  1Q6G A;  3W25 A;  3CH9 A;  1R87 A;  2XUC A;  3WH7 A;  3WQ4 A;  3AIQ A;  2X8R A;  1HJV A;  5F7U A;  3UG4 A;  4A4A A;  2VTF A;  4U3C A; 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