5FKYA

Structure of a hydrolase bound with an inhibitor
Total Genus 244
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
244
sequence length
712
structure length
644
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPVEIELDAIYPGENIQINFLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Analysis of transition state mimicry by tight binding aminothiazoline inhibitors provides insight into catalysis by humanO-GlcNAcase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 244
structure length 644
sequence length 712
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2015-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 5fkyA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5fkyA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5fkyA01
2YBTA 4UQCA 4ATWA 3AICA 2G41A 1YHTA 4UOJA 4YHEA 4MNJA 3GXMA 1JD7A 1W1VA 4M8UA 4BF7A 3WDPP 4CD7A 5DFAA 5JBDA 3WBEA 1XD0A 3SCPA 5FKYA 4WLCA 2GK1B 1RPKA 3MKKA 3T2OA 1PAMA 5A6MA 4W84A 5A6LA 3EMCA 3BLKA 4CCCA 1KWGA 2XVKA 1DP0A 2XVLA 4R27A 5AYBA 1BLIA 4OJYA 3UEQA 3EMZA 3VOCA 3WSUA 1QHPA 4DWSA 4E2OA 2ZWZA 4PEEA 1KB3A 1DWHM 5JBFA 3ZT6A 1J0IA 2XGIA 2X05A 1JAKA 1CXKA 2UWFA 4HA3A 2VCCA 3VD4A 4MB5A 2A3HA 2CHNA 4PMYA 4AZHA 3HN3A 1MXGA 4OOUA 1QPKA 1OIFA 3VINA 1HJWA 1L0PA 5M3WA 4AEEA 1WDQA 2BY1A 3WH5A 4P8XA 3AISA 1RP9A 3CLWA 3WF3A 2F2HA 4X9YA 2VCBA 4LX4A 1RH9A 2DT1A 4AXNA 3RILA 1C91A 3W53A 2OLHA 4UFIA 1KXTA 2WZHA 2CHOA 1WDSA 3PZQA 3WH9A 1UZ4A 3EYPA 2A3AA 1M03A 4QCFA 1FH8A 3WF2A 3QHNA 3T08A 2VCAA 4TVDA 1QNQA 2JF7A 1E72M 2C0HA 3B8SA 3IJ8A 1CGXA 1HVQA 3WD0A 1VFUA 2VMFA 3NDZA 5A8PA 5IDIA 1JG9A 3O2LA 3M46A 4QLJA 1JD9A 2CIPA 4F9DA 1A3HA 3CZJA 1HP4A 3OLIA 3T0BA 1OD8A 3PZUA 4P7NA 5A6JA 2DIEA 4AZ7A 2ZUMA 1JYWA 3W6MA 1NWTA 4AD0A 1WNOA 1OGGA 3OLGA 2VVSA 4K68A 4CN1A 3ZSSA 3MUAA 3KWXA 8A3HA 2J7CA 4B3LA 3W28A 1V3MA 4E8DA 3VO0A 3WUGA 4M81A 1I1XA 3B9AA 2VUYA 5GNXA 3LPOA 2CBJA 1GOQA 4V27A 4H8HA 1VJSA 3BAWA 2VZTA 5A69A 3MO4A 3W82A 5HXMA 3SCUA 4PMOA 3QOMA 1ISZA 1H41A 4W5ZA 4BZYA 3NCOA 2QF8A 1UD2A 2YDQA 2CEQA 2WPGA 4L4PA 1JZ8A 2JFEX 1UR4A 3BLPX 4JAWA 3W37A 1OM0A 3CUFA 2NT0A 4M29A 5CSUA 4HZ6A 3ZR5A 3NUKA 3VX0A 4CD8A 4BQ3A 3CZEA 3WNPA 1ZBCA 1X6NA 3SCWA 4AW7A 4UFLA 3CTTA 3WY1A 4HPHA 4MADA 2WAGA 1UWTA 2GSJA 2DGAA 3N04A 2X0YA 2GDVA 4KGLA 2OYMA 4AYSA 2WANA 3GNOA 4UQAA 5BYWA 3BAJA 2VNCA 3ARSA 3EMQA 4A4AA 1BYDA 1V03A 3ARYA 2VRQA 3NJ3A 1B0IA 4ML4A 5DT5A 1E6SM 3FY1A 2WMFA 2VZSA 1NOWA 3AOFA 3D5HA 3DYPA 4B9YA 3ARPA 2FHBA 5ABFB 1JF6A 4TOQA 2NSXA 2W91A 2X8RA 2WMIA 3VIGA 4B15A 1V0KA 1OSEA 5CGTA 2D0GA 1IZKA 1LWJA 3WD4A 1NP2A 3F4VA 5A6BD 5CPQA 3PBGA 2D3LA 4WSJA 3WMBA 3EDDA 4UCFA 4QCEA 5E0CA 1FA2A 4FMVA 1C90A 2EPMX 4LPCA 1QNPA 1XH2A 4C7FA 3BGAA 1TFVA 2XPKA 3TTSA 2BY3A 4MAZA 1JDAA 4M82A 3WNNA 4V2XA 4DUXA 5KEZA 4D6EA 1MYRA 4J3XA 1V6VA 2J7FA 3TOPA 2O9OA 2BXYA 1CGYA 1BVZA 4ZE5A 1G1YA 2PWGA 1JI1A 1LL6A 4UNIA 1S46A 1DWJM 2JEQA 4X0VA 1HX0A 3MMUA 1WKYA 3GDBA 2GJPA 2XSBA 4TVUA 9CGTA 3L4TA 2DSWA 3BCDA 1UWIA 4B3KA 1DWGM 5CG0A 1VIWA 1B3VA 5HDRA 2W62A 3WBAA 4ATLA 1EQCA 3MUZ1 2Y8KA 2WXDM 1VBUA 1U33A 1B9ZA 4JFTA 1V08A 1UR0A 3WQ6A 1UR1A 2DT3A 3WQ5A 1R7AA 1WZKA 4M56A 3VDAA 2QLYA 2W63A 1LL7A 2VOTA 2WHLA 1GONA 1LLOA 1KGUA 3VGBA 3F5LA 1I75A 2PF0A 4WSKA 3CZ8A 1CXLA 1Q6EA 1W2VA 2BVDA 1JI2A 5A3HA 5D9OA 4RL3A 1CEOA 1VBRA 3PN8A 1WO2A 3IAPA 4NF7A 1MQPA 2YDRA 4ZEPA 1J12A 1W9BM 2X09A 3NYDA 3VGDA 1Q6FA 3ARWA 4MPKA 4CCDA 1R8LA 4PTXA 4QLKA 1ZBVA 1U30A 4OUEA 3BH4A 4DM2A 5CQ1A 1JYVA 2VZVA 3EDEA 1B3ZA 5FOOA 3BAYA 3FN9A 3QGVA 1GOOA 3VU2A 3T2PA 3WEMA 4AIOA 1TA3B 2XWEA 4MJ4A 4AZCA 4F79A 3WD1A 4GO8A 3PZ9A 1QOXA 2ZUSA 3MUY1 1E55A 1JZ7A 1W1PA 2O92A 3AZRA 4H7VA 5M03A 2OSYA 3VIOA 3O9NA 5ABEA 5M17A 4D6JA 1CTNA 3AIQA 1JAEA 4XX6A 1TVPA 1WAWA 4PCSA 2VRKA 1QHZA 1WP6A 4J28A 4UTFA 2CPUA 1JYNA 1HKJA 2G3JA 3BXWA 1CIUA 3WMSA 3DYMA 1E70M 2YKKA 2OWXA 1QW9A 2YA0A 1MW0A 4RE3A 3AXIA 2PI6A 2BY2A 1UD4A 1BQCA 3WKZA 2BNJA 5JIPA 2V3DA 3AQUA 2FH8A 3PHAA 4GI6A 5FD0A 1ODUA 3MSGA 1O6IA 1EDTA 3ZJ8A 3L4YA 3BC9A 4NI3A 4Y7EA 1CXIA 5HNNA 2XG9A 1US2A 1US3A 2VZOA 1LQ0A 1NWSA 2D1ZA 4MDPA 4J27A 1H0IA 3GBDA 3A6OA 1KGWA 1W2PA 1ISXA 2XM1A 3LPPA 5C8BB 1R7OA 1C92A 4LQ1A 3WNMA 1H3GA 2WSPA 1OCQA 3WDQA 4ACZA 1TG7A 4EAMA 1KWKA 3GM8A 2VX4A 2V5CA 1W3LA 2CCRA 1EOMA 2EPKX 3RMEA 4FLOA 4H41A 2YDSA 4HOWA 3BSHA 1V6YA 4CCEA 3VDBA 4AD5A 4JHOA 3RDKA 1N82A 5A2CA 1KR0A 1K9EA 3AROA 4MJ2A 2WW5A 2WMHA 1OGBA 1GQLA 1B90A 1VFOA 3VNYA 1KQZA 2ZUVA 4U31A 3FHQA 1HJXA 3I3DA 3ZM8A 1JF5A 1QNRA 1V3KA 3J7HA 1BHGA 2E9LA 4MNKA 4W7WA 3VVGA 4CGTA 5C71A 2AMGA 3EDJA 1Q4NX 2J8FA 1GOMA 3RM8A 5I2UA 4FF5A 4H2CA 3W0KA 2CERA 4GI8A 1PX8A 4AD2A 1B3XA 2G4FA 4U33A 2ZX7A 2WZIA 1MW2A 1GOKA 4W5UA 1H1NA 3PZVA 5BCAA 2D24A 2GK1A 5ABHA 2ZOXA 5DMYA 3AIWA 1V3IA 5A2BA 2XVPA 5E6ZA 3VIHA 2GVYA 3AMCA 1LG1A 4OBRA 4JL2A 1GUVA 5A8MA 1M53A 3CH9A 3TONA 1D7FA 4UQ9A 5D9NA 4BQ4A 3ALGA 3APGA 2J78A 3CUIA 4UFJA 5I78A 5D8ZA 3KZSA 1JYXA 4M1RA 2UY4A 3AYSA 3WENA 2YJQA 2WMKA 4CN4A 1G5AA 4J3VA 1UD5A 2EPNA 2F61A 1UZ1A 3VMOA 1D3CA 1WDPA 4AISA 3CIVA 4XZBA 4D6IA 1EO7A 1GPFA 1UA3A 2B31A 4Q7NA 2J77A 3B9DA 3II1A 3K4AA 2J7EA 4DWSC 4W7VA 3WQVA 4JFWA 2UY2A 2W67A 2DIJA 2D22A 4CD6A 1SFSA 3SUWA 4PSPA 1HNYA 1VEMA 3L4XA 4JFSA 3N15A 5EBAA 2X1IA 1GHSA 1MWOA 1WB0A 3VD5A 1IZJA 1QBBA 1DWIM 3U7BA 2GDUA 3TTOA 5CLTA 3CUGA 1C7SA 2QMKA 3OGVA 3VIJA 1ECEA 1EO5A 3VPLA 1J18A 3BAIA 1QI3A 2J74A 4JKLA 4XZWA 1UG6A 1BYCA 4LGXA 5AY7A 5GNZA 3A4XA 5CGMA 1E4IA 1NQ6A 2WHKA 1PIGA 3WQWA 5BRQA 1KBKA 2ZX8A 1GJWA 5CPTA 1UOKA 4QFUA 2XFYA 2JALA 2W66A 2WC4A 2WVTA 4PMRA 1FOBA 4YN5A 3WD2A 4PMNA 1DWFM 2WVSA 1FP9A 2YIHA 3WNLA 3MV11 2VURA 2J7DA 3CUJA 4GO9A 4LYPA 4U2YA 1GCYA 4ACYA 4HZ7A 3SUSA 1K6AA 1E3ZA 3A3HA 3VIFA 3U5UA 1EXPA 3CZKA 2V3EA 3TTQA 1J0HA 4IPNB 2ZUNA 1BGGA 1E4NA 3N11A 1UYQA 2DDXA 5F7UA 4W86A 4B16A 1GW1A 3U7VA 1XCXA 2O9PA 2JF6A 3SCVA 2G3IA 3W29A 3ZIZA 1ISWA 3OB8A 1XSIA 2WHMA 1R85A 3VIKA 4CD4A 4D6HA 2O9RA 2JEPA 4TTUA 4EKJA 1FFQA 1UWRA 1HP5A 4UFKA 2VT0A 2WWCA 3ECQA 2YL6A 1KXVA 1F4AA 1GVYA 1UA7A 3UR8A 4LYRA 4PCTA 3IK2A 3SUTA 4BQ2A 4QLLA 1BYAA 4D6GA 1KGXA 3VD9A 1GOWA 2E0PA 4UZSA 3ZJ7A 3PTKA 2VZUA 2Z1SA 5ABFA 4NRSA 1W9VA 3L2LA 2V5DA 1PX4A 1ITCA 1VFFA 2J7GA 1YQ2A 5CJ5A 2ZX9A 2G8ZA 1DTUA 2D23A 3FAWA 1B3YA 3LMYA 4QP0A 4GXPA 4JCMA 4GZJA 2GJXB 4NZCA 1AQMA 1XYZA 4HOXA 3W6LA 1A47A 3UERA 4MNMA 3VM7A 3PZIA 1VJZA 3AXXA 3ALFA 3VUPA 3DHUA 3VX1A 4A3YA 3G6MA 3SURA 3PZGA 2YA2A 1W9UA 1XRVA 4KMQA 4P7RA 4PRWA 2WC7A 2BS9A 3DC0A 3EDKA 4HU0A 4TTGA 4TUFA 3IAQA 3W38A 1IT0A 2PWDA 3AIBA 4A3HA 2WLYA 1XD1A 2CBUA 1CGWA 2WK2A 3ARQA 2WNWA 2VX7A 2ZXQA 4UQDA 1MW1A 1H0GA 1WZLA 5HPOA 4Z2JA 1AMYA 3EDFA 2G3NA 3RO8A 2DPEA 3KE0A 3AFBA 1E6ZA 2O9TA 5D8WA 3WH7A 4MNLA 4BS0A 3WNOA 2Y5EA 1MQQA 4PBGA 4GPNA 2WVVA 1CZ1A 2X0HA 1OINA 1CLVA 3N9KA 1NM9A 4W89A 5A6BA 2J25A 3KL3A 4IPLA 2CESA 6A3HA 5FL0A 2FGLA 2V3GA 3AIEA 1JZ4A 4AD3A 2CKRA 2VR4A 5I24A 3A4AA 2TAAA 1JZ5A 1XSKA 4PYSA 3AHVA 2PWEA 1UR8A 2FHCA 2HISA 3WNKA 4DM1A 2J8GA 3I3EA 2W4XA 3AZTA 3OZOA 5IHSA 3RCNA 4JL1A 3S2CA 1XV8A 2ZE0A 1W1YA 4HPGA 1HKKA 1VF8A 3THCA 1E6PA 2J7HA 3K46A 1JGIA 1UKOA 3RIKA 4UOZA 3OGRA 2W5FA 1Q6CA 2CITA 1HN1A 3VKKA 2A3CA 2JIWA 5A8OA 5DEZA 3MMDA 4WJXA 2A3EA 4HA1A 1MVYA 1E73M 2JE8A 4HOZA 4C7GA 1OT1A 1TA3A 1M7XA 2JIEA 2PWFA 2BVYA 7A3HA 5A94A 3TA9A 4C7DA 3THDA 4OZOA 4HMCA 2WZEA 3W27A 1EGZA 1J0ZA 4H8UA 1JXJA 4CU6A 3IJ9A 3NIYA 1UQZA 1JL8A 1WPCA 3NSMA 5A1AA 5D4YA 1H09A 2D2OA 1DEDA 2IUZA 2DSZA 4PMVA 2ZX5A 1Z32X 1C8QA 1V0LA 1UH4A 1V3HA 3K8KA 5AYIA 4JFUA 1J0JA 2RGMA 1OIMA 3CMJA 3MUIA 4RE4A 3UG3A 2DEPA 1FHLA 2VL4A 1LWHA 1HKIA 2WSKA 4XB3A 3ARVA 3MS8A 1BAGA 4U5IA 1V02E 1B30A 8CGTA 3AMLA 4AZ5A 2XTKA 5CLWA 4GZEA 4IM4A 3ZT7A 2E4TA 3M6DA 2VO5A 2WCSA 2OWWA 1W9DM 1K9FA 1CBGA 2CXGA 2EO7A 2QV4A 5E9AA 5IHRA 3VGEA 1HJUA 4F8XA 3WL0A 2XFFA 2CKSA 3CHEA 3WH6A 1UQYA 1FH7A 3SUVA 2VVNA 2XIBA 2VC9A 1NWUA 2XWDA 2IXVA 2XHYA 1C7TA 1MW3A 1BYBA 4RE2A 1W9PA 3OZPA 2WMJA 3OBAA 1J01A 1PIFA 1HJSA 1CENA 5TD4A 1UWSA 2QMJA 2C7FA 4JIEA 5BXRA 1JDDA 1NOFA 3FW6A 3UG5A 1OWQA 1ZS2A 2WM0A 2XSAA 4N42A 1H5VA 4AZBA 1JDCA 3M7SA 4R5EA 3CBWA 2D20A 3L4ZA 2FH6A 2ZUTA 2BV9A 2WWDA 3TTYA 1B3WA 3N12A 4YPJA 4Z2LA 4HA4A 5I79A 2J4GA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2YBT A;  4UQC A;  4ATW A;  3AIC A;  2G41 A;  1YHT A;  4UOJ A;  4YHE A;  4MNJ A;  3GXM A;  1JD7 A;  1W1V A;  4M8U A;  4BF7 A;  3WDP P;  4CD7 A;  5DFA A;  5JBD A;  3WBE A;  1XD0 A;  3SCP A;  5FKY A;  4WLC A;  2GK1 B;  1RPK A;  3MKK A;  3T2O A;  1PAM A;  5A6M A;  4W84 A;  5A6L A;  3EMC A;  3BLK A;  4CCC A;  1KWG A;  2XVK A;  1DP0 A;  2XVL A;  4R27 A;  5AYB A;  1BLI A;  4OJY A;  3UEQ A;  3EMZ A;  3VOC A;  3WSU A;  1QHP A;  4DWS A;  4E2O A;  2ZWZ A;  4PEE A;  1KB3 A;  1DWH M;  5JBF A;  3ZT6 A;  1J0I A;  2XGI A;  2X05 A;  1JAK A;  1CXK A;  2UWF A;  4HA3 A;  2VCC A;  3VD4 A;  4MB5 A;  2A3H A;  2CHN A;  4PMY A;  4AZH A;  3HN3 A;  1MXG A;  4OOU A;  1QPK A;  1OIF A;  3VIN A;  1HJW A;  1L0P A;  5M3W A;  4AEE A;  1WDQ A;  2BY1 A;  3WH5 A;  4P8X A;  3AIS A;  1RP9 A;  3CLW A;  3WF3 A;  2F2H A;  4X9Y A;  2VCB A;  4LX4 A;  1RH9 A;  2DT1 A;  4AXN A;  3RIL A;  1C91 A;  3W53 A;  2OLH A;  4UFI A;  1KXT A;  2WZH A;  2CHO A;  1WDS A;  3PZQ A;  3WH9 A;  1UZ4 A;  3EYP A;  2A3A A;  1M03 A;  4QCF A;  1FH8 A;  3WF2 A; 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