5FKYA

Structure of a hydrolase bound with an inhibitor
Total Genus 244
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
244
sequence length
712
structure length
644
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPVEIELDAIYPGENIQINFLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
publication title Analysis of transition state mimicry by tight binding aminothiazoline inhibitors provides insight into catalysis by humanO-GlcNAcase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 244
structure length 644
sequence length 712
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2015-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 5fkyA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5fkyA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5fkyA01
2V5CA 1H2JA 1P6WA 4UOJA 4FMVA 3WQ8A 1SMAA 1V3KA 4V27A 1ISZA 3ARUA 2EJ1A 3T09A 1MFUA 5I0DA 1OCQA 2WHMA 4AZIA 5HPCA 4CVUA 1VEOA 4QLJA 1QNRA 4N42A 3K46A 4ZE5A 4DWSB 1CLVA 2CXGA 2XSAA 3PN8A 5EB8A 1UH3A 3O2LA 3VGBA 4PTWA 1ODUA 3L4ZA 1FHDA 1GQLA 4JKLA 2WMHA 4GO9A 4MNMA 2D20A 3G6MA 4W93A 1JDDA 4CCDA 2YDRA 8CGTA 4GXPA 3KZSA 4V28A 2GJRA 2ZWZA 1XCWA 1PIGA 3ARQA 4MB1A 1E0WA 3DYMA 5CQ1A 4P7OA 2CBIA 5KEZA 2WLYA 1CZ1A 3K8LA 2WVTA 4RE4A 2B31A 1E0VA 1MQQA 4UQBA 2DGAA 1QNQA 2W61A 5AC4A 3VD9A 1V3LA 3VIMA 3BAKA 1XH0A 3SUTA 1A47A 1MW2A 3ALFA 1GOQA 4U5IA 4GI9A 1KR1A 1AQHA 3CUJA 2VMFA 3AXIA 4HA3A 4WF7A 3RPMA 2CKSA 1B2YA 4PMZA 3UCQA 2FHBA 3GXIA 1CXKA 3AZSA 3FNDA 3TP4A 1CGYA 2OLHA 3N04A 1BTCA 3WNPA 3WDPP 2XHYA 1KXTA 1CGWA 1FFQA 4IPNB 2O9TA 4U2ZA 3ZJ7A 3QOMA 3A3HA 4B9ZA 3N13A 2W67A 2J75A 1OWQA 3VD3A 3VINA 2FH6A 2WC7A 3OGRA 1BG9A 1NWSA 2W63A 3RM4A 3CHEA 5CPTA 1E55A 5GNZA 1E9LA 1HX0A 2YL5A 1GONA 2X05A 2ZXQA 1UWSA 2CYGA 5AYBA 1K9TA 3BH4A 3IJ8A 1UWTA 2GUYA 1CXFA 4X0NA 2RGLA 1BF2A 2A3HA 1CXLA 1G0CA 1FP8A 4URIA 1BQCA 4PMRA 1UKQA 2VCBA 1U30A 4WLCA 4E8DA 5A8NA 3RIKA 3WN6A 1WP6A 2XYLA 2J47A 3WUGA 1Q6FA 1V3JA 1XSJA 1BG4A 4TOQA 1QW8A 3GBEA 4H7VA 5A1AA 1GOOA 1EO5A 5BXRA 1WKYA 3AISA 5F7UA 3NSXA 4DUXA 4AWEA 3O9NA 3ZM8A 1US3A 3VGDA 1Y7VA 1JZ8A 5LYRA 1OD8A 3FXYA 4UQDA 1TE1A 3L4UA 1UR2A 3WIJA 3AIVA 2DT1A 4W7WA 1HP4A 2DSUA 1NP2A 1PJ9A 3W25A 3AYRA 1LQ0A 4MDOA 2XSBA 3UR7A 2VTFA 3CUIA 3MMWA 4J28A 1XYFA 3WNNA 5BXTA 3VDAA 1WE5A 4AEFA 5DMYA 1GVYA 1OIMA 1HVXA 1W9XA 1JYXA 1OB0A 1ESWA 3CBWA 4J27A 1X6LA 3O6AA 2F2HA 3BLKA 3W29A 2WW5A 3A4WA 3AHYA 3AZTA 3CHCA 1E6XM 2VRJA 3MO4A 1BAGA 1HJUA 1D7FA 4BQ5A 2NT1A 1PX4A 4KGJA 2D0FA 2EPOA 3AHVA 3OG2A 2WBGA 4PTVA 2XG9A 2ZUSA 3VNYA 5JUVA 4HOXA 1H4PA 3WBEA 3L2LA 3VD7A 4JKMA 1JF6A 1QHOA 4MTVA 2VL4A 3NCOA 1W1PA 1NQ6A 3VIIA 1ZJAA 2ZUUA 4LYPA 1R85A 3ARZA 4HZ7A 2BNJA 4U3AA 3AIUA 3WELA 4D6EA 3AS0A 1LL7A 1XV8A 4LGXA 4B3LA 5E6YA 2OWWA 5CXPA 2Y4SA 4D1JA 1E4IA 5LA0A 1PZ3A 1VFOA 3KEHA 1EA9C 2WAGA 2ZOXA 3EYPA 3N17A 4HMDA 2V3EA 4H04A 3D5HA 1M03A 3MV11 3OLEA 1E4MM 4YHGA 3VDBA 2CESA 4P7NA 4FK9A 4BZYA 3T2QA 3WF1A 3AHXA 3L4WA 5BXSA 3AIWA 1GOIA 1I75A 3MUY1 3RMEA 2BHUA 4H8HA 4DUWA 1W3HA 1DWAM 2G4FA 1WDQA 3RO8A 4D1IA 5GNYA 5M03A 4KMQA 2CPUA 3J7HA 3PZOA 1H0IA 3WNMA 2WMIB 2PBGA 2IXUA 1B1YA 2GJXB 1W1VA 4H41A 1JFHA 1PAMA 2XVGA 1WDRA 2ZX5A 2YBTA 3QGVA 4X0VA 4NRSA 3VPLA 3EMCA 5GNXA 4H8UA 2GSJA 2IUZA 2XVNA 3M7SA 1MQRA 4Z2GA 1ZBCA 2VZSA 1DWHM 1VF8A 1Z32X 2WHJA 5CJ5A 3GZAA 1WCGA 4QFUA 4W85A 3ECQA 3CZ8A 4KH2A 1TG7A 5A8OA 1FH8A 4TTUA 2W5FA 3AMKA 3AS2A 3N18A 4IPLA 1FFRA 2EBNA 3PTMA 4UCFA 4AEEA 1J0JA 1KQZA 4CU8A 3KE0A 4GPNA 2FDMA 1W2PA 3G6LA 1JDAA 4AISA 2E40A 3GH4A 2WMJA 3BCFA 1JD9A 1KXHA 1JNEA 5FOOA 2WHKA 5CGMA 1XH2A 3BCDA 4IM4A 2DSZA 4C90A 2YIHA 3WF3A 4TVUA 4KRUA 4NI3A 2CIPA 3SCNA 4F66A 2WWCA 1R87A 1XCXA 1B3XA 2WVVB 2X0YA 1WB0A 1B0IA 3VD5A 2BY0A 2V3DA 5ABEA 2ZXBA 5BWFA 3VIFA 3CZKA 3OLIA 1NWTA 3S6TA 5HPOA 3WQ6A 1XGZA 4HTYA 3PZTA 4FF5A 1PBGA 1VB9A 1GZJA 3WL1A 2YL6A 2J7EA 4UZUA 2XGBA 4JAWA 5EFFA 1BPLB 4M80A 1GVIA 2JIEA 2J7DA 2WVSA 5D9NA 1QVBA 3WEMA 2E0PA 4WKFA 5A6LA 1DTUA 1HJVA 4PMDA 5I2UA 5A2AA 1B31A 1E4NA 2FGZA 4AMCA 2OYLA 3K8MA 1FHLA 3RDKA 4GQRA 4P8WA 4FLSA 4AZ6A 4XV0A 1E6RA 3SIMA 2Z1KA 1EDGA 1HKKA 5FIPA 3GNPA 4EK7A 2D3LA 1MQPA 3ARWA 3W24A 4BS0A 3A47A 2BHYA 4KRTA 4UFLA 1V03A 3FAXA 4CN6A 2VX4A 2VUYA 4DM2A 2WBKA 2PWHA 3ZT7A 3F5KA 1DWJM 3DYOA 3VIPA 2X8RA 3CIVA 3AMDA 1KCLA 3MANA 3SCVA 4PMXA 4B16A 1E43A 1XD0A 2YKKA 3DHUA 4W89A 3IAQA 1Q6DA 2C8NA 3N9KA 4PCTA 5ABFA 1HIZA 2QMKA 2WK2A 2GK1B 3AROA 1W3JA 3CO4A 4R5EA 5I23A 1UR1A 2EPNA 2O9PA 3NYDA 4BQ2A 3WF4A 5IHRA 1IT0A 1TMQA 1J0HA 3FY1A 1E6PA 4YPJA 1W9VA 2ZUTA 2WHLA 2O9RA 3WQVA 4PUDA 1LL6A 1UKPA 4JL1A 3AHTA 2V3FA 1H09A 1RP8A 1C8XA 1EOKA 4GKLA 4W8LA 3NIYA 5TD4A 2BHZA 2EPKX 5ABHA 5A8QA 1L8NA 3B9EA 3LPOA 2VT0A 5A6MA 1ZBKA 3WH5A 1V0NA 3MU7A 4XX6A 5D9MA 1HKMA 2VZUA 2XVPA 5FD0A 2OSXA 3BXWA 4KGLA 3FW6A 3OLGA 4AYSA 1DWGM 1L0PA 1V0KA 3CUFA 3WNLA 4EKJA 2WKGA 5I5RA 1MW3A 3UG4A 4JCMA 1VRXA 1VJZA 3ARSA 3AZRA 1ZU8A 4ATWA 1KBKA 3DC0A 3CHFA 5D8WA 3NDZA 3THDA 5D4YA 4LQ1A 4D6GA 1J0KA 3EDEA 5I3DA 1ZBWA 3CH9A 1KWGA 4LX4A 2FHCA 4P7QA 1QI0A 3POHA 4W84A 1W91A 4ML4A 1MYRA 3E1F1 4FLQA 3WEZA 2VX7A 4E2OA 1F4HA 3AS1A 1RH9A 4Q22A 2D0GA 2D2OA 4PMUA 2JE8A 3ARRA 5A95A 1UA3A 4HA4A 1JAKA 2WC3A 4HZ8A 2C7FA 2EQDA 2PWDA 3AS3A 4D6HA 5A69A 4PRWA 1UWIA 3PTQA 4WK9A 5BYWA 3OB8A 1JDCA 3ARVA 2J79A 5BRQA 1JFXA 3WMBA 8A3HA 2WCAA 3AIQA 1UR4A 4DWSC 1C90A 1QBAA 3VOCA 3MMUA 1GOWA 3WD3A 5A6BA 1O6IA 1E56A 3MV01 4J7RA 2CETA 4AD4A 1G5AA 2WCSA 3MSGA 5GPRA 3BMVA 1WDPA 1VIWA 4W7VA 4QLKA 5JBFA 1I1WA 4JFWA 3IJ9A 3ZQ9A 4GZEA 1J01A 2OYKA 3ZT5A 2GVYA 1JXJA 1C92A 4P8XA 4AD5A 3K1DA 4JZ5A 4MB4A 1W32A 2BV9A 4PSRA 1NWRA 4MJ2A 3ZJ6A 3LPGA 1PX8A 2G8ZA 1D2KA 5LA2A 1UA7A 4MAVA 3VM7A 1NOFA 5E70A 1BVNP 1X6NA 4MB3A 3BC9A 5IDIA 4CCCA 5E09A 2Y2WA 4AIOA 3VGFA 2YA2A 2WYSA 3BAXA 4TXEA 4WJXA 1BSIA 2VQUA 1OGGA 3VGGA 3TA9A 3CHDA 2WSKA 4CN1A 1CIUA 1QHPA 1CGTA 4GZIA 5M3WA 3U5UA 2VVSA 3EMZA 4A3HA 3W81A 3W0KA 3APGA 2WMFA 2BVTA 3TTYA 1K9FA 3W6LA 3A4XA 5EFDA 4PMOA 4AZCA 5HXMA 3VIHA 3ZJ8A 5JBDA 4MADA 2ZX6A 1CWYA 1FH7A 2D24A 1H5VA 1B90A 4BQ3A 4W87A 1BHGA 1KGXA 2WZEA 4J3UA 2BVDA 1BVZA 4UTFA 1HL8A 2D23A 5BCAA 1JZ7A 1UQYA 3ARPA 4CN4A 2ZICA 1X1NA 4HP5A 2J25A 1JF5A 4AIUA 2J4GA 2VC9A 2WMKA 5BRPA 1ZL1A 4V2XA 1JG9A 1V6UA 4P7LA 2XJ7A 4MNLA 4F79A 3CZJA 1F4AA 1UD8A 1UD2A 1HVQA 5M5DA 4LPCA 2DSVA 1CXHA 3F4VA 2F8QA 1SR0A 5BROA 3EDJA 5FKYA 1EQPA 4MJ4A 3VNZA 1UKOA 1ZB5A 4A3YA 4AD0A 2A3AA 4CD7A 3A4AA 2BXYA 1OIFA 4BQ4A 1AQ0A 1JZ6A 1H41A 3RM8A 1TR1A 5D8ZA 4N0RA 3WMCA 5ABGA 1V6VA 2CKRA 4M8UA 1FP9A 4HZ6A 1C91A 2ZXAA 5BXPA 2ZUMA 5CSYA 3WBAA 4OOZA 4HOWA 3BAJA 1UD6A 3GDBA 4GIAA 1B3VA 3WL0A 4YN5A 1OINA 2G3IA 1VFMA 4QCFA 3N12A 1J0ZA 1UWQA 5C71A 1I1XA 4W88A 1WAWA 1EXPA 1GOKA 3GNOA 2VRQA 1QNOA 4C91A 3ZJKA 3NJ3A 1JYVA 3ALGA 3WUEA 1HNYA 1ITXA 1K9EA 3WNKA 1W3KA 3WD1A 1QNPA 3BMWA 5FCZA 3EDFA 3DYPA 2ZXDA 3W82A 3AQUA 3LPPA 4CD4A 2XPKA 3EDKA 1KWKA 3SEPA 2E9BA 1JYNA 4EE9A 2OSWA 3ZOAA 4W8BA 1SFSA 1O7AA 3SUSA 1E6SM 4XZBA 4OUEA 4C7DA 4L4OA 3M07A 3EBVA 1OGSA 3LMYA 4HOZA 1E0XA 2G41A 3WF2A 4CKQA 4H2CA 5FL0A 1V08A 2PBOA 2HVMA 5DO8A 2A3CA 4AD1A 2BFGA 3WKZA 4AZ7A 3VD4A 4CD5A 3I3BA 1SMDA 1B9ZA 1W2VA 1W1YA 4GINA 3A6OA 4JCLA 1UZ4A 1GOMA 1KQYA 3GXFA 1LJYA 5DT5A 1V6XA 3VTRA 3B9DA 3PZUA 1UR8A 2E9MA 4DM1A 1J12A 1CGVA 1TA3A 3AMLA 1B3YA 2X1IA 1LWJA 3VMNA 4HU0A 3LPFA 3BLPX 3CLWA 3K4DA 3SUVA 1TVNA 2YA0A 2UY2A 2CHOA 1GCYA 1GQJA 1BGGA 1EH9A 4K68A 5EBAA 3QHNA 3AXXA 4AW7A 1CXIA 4PBGA 2WWDA 1BYCA 2VX6A 3IAPA 5IFTA 3TTQA 5GQBA 1E6QM 1QBBA 4PMQA 3I3EA 4J3SA 2ZWYA 1LG2A 3PZMA 4P7RA 1W1TA 2W66A 1ISWA 2PC8A 1ISXA 2XFRA 1UWUA 1G01A 3GM8A 2WSPA 4W8AA 1KFWA 1E15A 3OBAA 4U3CA 4FLRA 5M17A 1VBRA 1DWFM 5DEZA 1MW0A 1H11A 1YHTA 5A8MA 2YJQA 4PMYA 2PB1A 2CHNA 2E9LA 3WEOA 1CNVA 4NZCA 2XFYA 4CD8A 1UKTA 1W3LA 3NSNA 2UY4A 4PMNA 2OYMA 5DT7A 4L4PA 3FHQA 2DIJA 1KR0A 2NT0A 3KWXA 4CUCA 5HDRA 5A8PA 4MB5A 1WO2A 4B9YA 2D22A 1N82A 3ARYA 7CGTA 2DH2A 2Z1SA 2OWXA 2XUCA 5LA1A 3OGSA 3WD2A 1PX3A 1US2A 4TVDA 4C7FA 4QLLA 2C0HA 3VGEA 2V38A 2RGMA 5CLTA 5EMYA 3WDJA 1CECA 1RPKA 2JEQA 3VILA 3WH8A 2J7FA 6CGTA 1UHVA 4OOUA 1QOXA 1MFVA 3WQ4A 3W38A 3BAIA 4DUVA 3PTKA 1J11A 4XB3A 3UEQA 4HPHA 1A3HA 1IV8A 1VEMA 2BY3A 3VMOA 1OT2A 1GQIA 4ACYA 1E3XA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 2V5C A;  1H2J A;  1P6W A;  4UOJ A;  4FMV A;  3WQ8 A;  1SMA A;  1V3K A;  4V27 A;  1ISZ A;  3ARU A;  2EJ1 A;  3T09 A;  1MFU A;  5I0D A;  1OCQ A;  2WHM A;  4AZI A;  5HPC A;  4CVU A;  1VEO A;  4QLJ A;  1QNR A;  4N42 A;  3K46 A;  4ZE5 A;  4DWS B;  1CLV A;  2CXG A;  2XSA A;  3PN8 A;  5EB8 A;  1UH3 A;  3O2L A;  3VGB A;  4PTW A;  1ODU A;  3L4Z A;  1FHD A;  1GQL A;  4JKL A;  2WMH A;  4GO9 A;  4MNM A;  2D20 A;  3G6M A;  4W93 A;  1JDD A;  4CCD A;  2YDR A;  8CGT A;  4GXP A;  3KZS A;  4V28 A;  2GJR A;  2ZWZ A;  1XCW A;  1PIG A;  3ARQ A;  4MB1 A;  1E0W A;  3DYM A;  5CQ1 A;  4P7O A;  2CBI A;  5KEZ A;  2WLY A;  1CZ1 A;  3K8L A;  2WVT A;  4RE4 A;  2B31 A;  1E0V A;  1MQQ A;  4UQB A;  2DGA A;  1QNQ A;  2W61 A;  5AC4 A;  3VD9 A;  1V3L A;  3VIM A;  3BAK A;  1XH0 A;  3SUT A;  1A47 A;  1MW2 A;  3ALF A;  1GOQ A;  4U5I A;  4GI9 A;  1KR1 A;  1AQH A;  3CUJ A;  2VMF A;  3AXI A;  4HA3 A;  4WF7 A;  3RPM A;  2CKS A;  1B2Y A;  4PMZ A;  3UCQ A;  2FHB A;  3GXI A;  1CXK A;  3AZS A;  3FND A;  3TP4 A;  1CGY A;  2OLH A;  3N04 A; 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