5FL0A

Structure of a hydrolase with an inhibitor
Total Genus 241
100200300400500600050100150200250
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
241
sequence length
712
structure length
668
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISKNLPLQVKANRVLISPANEVEIELDAIYPGENIQINLEISTDGKEWKTVDLLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIEK
100200300400500600600500400300200100
050100150200Genus Matrix

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Analysis of transition state mimicry by tight binding aminothiazoline inhibitors provides insight into catalysis by humanO-GlcNAcase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 241
structure length 668
sequence length 712
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2015-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 5fl0A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5fl0A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5fl0A01
4AZ7A 2B31A 2WM0A 1BGGA 1DWGM 2A3AA 4D1JA 2CETA 2WZEA 1DWFM 5FL1A 2CKRA 2WSKA 4PTVA 5E6YA 3A4AA 4D6DA 5ABFB 2DQXA 1R87A 1XH2A 2Z1SA 3T2OA 3CHFA 4QAWA 1QI3A 1WPCA 1H1NA 4UOQA 2XSAA 4D72A 3GNRA 1US2A 1UQYA 3N04A 4D6IA 3QHNA 1TA3A 1W32A 3RIKA 3EDKA 3RDKA 1VAHA 1EHAA 2JFEX 3IJ8A 3FHAA 4F9JA 1VBUA 2EXOA 4AZ5A 4L4PA 1BYAA 2DSKA 2VZTA 1RPKA 1E72M 1V0LA 3IK2A 3DYMA 4LYPA 4TTUA 2XYLA 2W66A 4W8LA 2D0GA 4U5IA 3RM4A 4PMZA 1H0IA 2VRJA 3VGGA 3ZQ9A 1E5JA 2CYGA 3AISA 1FP8A 3MUZ1 4UFHA 3ZJ6A 4H41A 3S2CA 2MANA 3WNOA 2VO5A 1WNOA 4W93A 1C92A 1CNVA 2GJXB 3TP4A 3OBAA 1W3LA 1OWQA 3KE0A 1JYXA 3W6MA 5GPRA 2WMIA 2WC3A 3SCOA 2HVMA 2X0YA 2DT1A 2XVPA 3F5JA 4BF7A 1HL8A 4C7GA 1IZKA 2CESA 3VGEA 3POCA 3II1A 3THCA 4H04A 4CVWA 1H5VA 4A3HA 4HOWA 5CLWA 4MAZA 2AAAA 3KWXA 1H4PA 1H0GA 4F66A 4MADA 4GZIA 4UFJA 2RGLA 4XZWA 3K46A 3VU2A 1KCLA 1KXQA 2D0FA 1Q4NX 1S46A 4PMOA 4EKJA 4HA4A 4Z2JA 3VM7A 3W38A 1DWIM 4IPLA 4W5ZA 2WK2A 5JBEA 3EDEA 2ZUTA 1H41A 3L4YA 3ZT7A 2VQTA 2CBUA 1OD0A 3L2LA 4AD0A 3NSMA 1EQCA 1JI1A 3F5KA 5C71A 1KXVA 3BSGA 1MW2A 4PMRA 3RJXA 3ARPA 3QOMA 1E43A 2WANA 2XIBA 2EJ1A 2XUCA 2EQDA 1ZBCA 3MUIA 2VCCA 1KWGA 2BVDA 4V27A 1KBBA 3WH8A 1FP9A 1XYFA 4AD1A 2J8FA 1J0HA 3KEHA 1BFNA 2PC8A 2WBGA 2E9MA 4BCEA 1XGZA 4HA3A 1V0NA 5E70A 1KWKA 2QV4A 2GFTA 4Y7EA 5HBFA 4H2CA 3GDBA 4MB1A 3GNOA 3AIRA 1MQRA 5HNNA 3VIOA 3APGA 1H49A 3M46A 2JEQA 2OWXA 1JNDA 3ZJ8A 1TMQA 1HVXA 2VOTA 2CKSA 4MJ2A 1UR8A 1MFUA 1XD0A 2WLZA 1K9FA 3W24A 3BC9A 3W82A 4D6FA 2VX7A 3W26A 1BYBA 1E3XA 4H8HA 3WF0A 4W7VA 4ZXLA 3WD3A 1WZKA 1C91A 4B15A 3ARZA 1P6WA 1BQCA 1Q6FA 3EMCA 1JZ3A 1W9VA 4URIA 3SCQA 4W86A 2AOSA 4PMVA 3UEQA 1FH8A 3ZO9A 2WHKA 3MU7A 3VX1A 1CYGA 2W62A 5DF0A 2WHJA 6CGTA 1OINA 5BYWA 4CKQA 4AYSA 1Q6DA 5I78A 5CGMA 2O9OA 3OB8A 2JF7A 1LG1A 2Q8XA 1GJUA 1OGGA 2DSWA 1HN1A 4MB5A 3VDAA 1KCKA 2YDSA 4E8DA 2VCAA 3TOPA 3AIBA 2E3ZA 1R86A 2EPOA 4GQQA 4UQAA 3CPUA 1YHTA 3AS2A 2J75A 2E0PA 1XSJA 1UZ4A 1CGVA 3EMQA 4DUWA 1ISWA 2GJRA 3WDPP 5FCZA 2BHZA 2WNWA 3AQUA 3CH9A 1V08A 2C8NA 4FLQA 1NWUA 1IT0A 1Q6EA 3B9DA 3HJEA 3ZIZA 4DWSA 4ZE4A 3AMCA 4BA0A 5M3WA 2BVYA 3PZGA 2E8ZA 1C8QA 2JE8A 3VTRA 3O2LA 4HPGA 3NJ3A 1LJYA 1J11A 2J79A 1JAEA 3GM8A 3N12A 4FLOA 2UWFA 1M03A 1BLIA 1C90A 4S3JA 1NWSA 2YOCA 3LMYA 2YL8A 1CGUA 2E40A 1O6IA 4J3XA 3WH7A 2G41A 4JHOA 3VX0A 4TX8A 5A2AA 3OGSA 4UTFA 2J7BA 3RM8A 4UQ9A 1A47A 2NT1A 1EIBA 3BSHA 1B0IA 1OGSA 2J4GA 1GNXA 5DO8A 3DYOA 2VRQA 1ODUA 4TVDA 3WH5A 4ML4A 3WNPA 1CBGA 3AIVA 4QP0A 2WHMA 3UETA 1GW1A 2WVVB 4W84A 1JXJA 3U7BA 1QNSA 1GUVA 3AXHA 2XVLA 1E6SM 5CPQA 3WL0A 1QVBA 3AMKA 4HOXA 1XD1A 3VMOA 3K4DA 3LPGA 4B3LA 4W7UA 1E3ZA 5M5DA 5CG0A 3J7HA 1V6YA 3VIIA 3WD1A 3TONA 5F7UA 1SMDA 2XGIA 5JBFA 3IANA 2D23A 4TOQA 3VIJA 1Y7VA 2XHYA 1HF6A 5FL0A 3W25A 2ZUNA 4KH2A 4E8CA 1BYDA 5A6BA 2JEPA 3ECQA 1DEDA 4D6HA 4FMVA 1PPIA 1QNQA 2ZICA 2WC7A 3N11A 5A94A 4P8VA 9CGTA 4H8UA 1E6PA 2J7GA 1KXTA 5IFPA 1FFQA 5ABFA 2DGAA 2EPNA 3WMBA 2F2HA 4J3SA 3MANA 1FH7A 4KWUA 1QBBA 1UUQA 1EDGA 1RD6A 5AC4A 1V3JA 4UNIA 1HJQA 3PTKA 3AS0A 4JCLA 3MKKA 5A6AA 1E6RA 4JAWA 3RJYA 5JBDA 2GVYA 3DHUA 4HMDA 3T2PA 4HZ8A 2V3DA 3FAWA 4PSPA 5TD4A 4U5KA 3NDYA 1G01A 3CO4A 1VEMA 4Z2IA 5C8BB 2DIEA 5GNXA 1B2YA 3WBEA 4NF7A 1ZBWA 2VI0A 3TA9A 3SUVA 5LA1A 1LL7A 1GOIA 1MWOA 1CXLA 4JKMA 3WFLA 5ABHA 1HJVA 2CEQA 1EOKA 5A8MA 3D5HA 4QDMA 2GJXA 1A3HA 1DP0A 1TG7A 2FH6A 4JKKA 1ZBKA 2QPUA 5FOOA 3VIGA 1RP8A 3PZNA 1JF5A 2BY1A 3WQWA 1QI0A 5DT7A 4M8UA 3RCNA 3N17A 2CIPA 1QOXA 1J0JA 1I75A 1TFVA 2BVTA 1CGXA 3L4UA 3CGTA 4V28A 2QF8A 4B9ZA 2EPKX 5EMYA 1BHGA 4PMXA 3RMEA 2J7CA 3U57A 2J8GA 1G9HA 1UHVA 1KGXA 2FGLA 1JYVA 2J7DA 5CQ1A 4KGJA 4PMDA 2DIJA 4PUDA 5E0CA 1KR0A 5D8WA 5A8OA 4JFUA 2YL5A 3WDJA 3WQVA 4L4OA 1MW0A 4QCEA 3MUAA 3ARTA 2YIHA 5HOSA 4MB3A 1EO5A 3T0BA 1K6AA 3OLIA 1EH9A 1U33A 2VX4A 1C8YA 5AYIA 1BPLB 3I3BA 5A2BA 2XVKA 3OA5A 3S6TA 3W4RA 3FHQA 4AIEA 5AY7A 5A6SA 2W61A 4AW7A 3OLGA 1B30A 3W53A 3SIMA 1UWSA 4FF5A 3SCSA 3G6LA 1HJXA 4HU8A 3FN9A 4NI3A 2ZUSA 4OZOA 2DSZA 2X0HA 2BV9A 3NIYA 1B31A 3MO4A 3VM5A 2WC4A 4JFTA 2VCBA 1UD2A 4GXPA 2V3EA 1KXHA 2WMJA 1E71M 4JCMA 3CBWA 4P7LA 1E0VA 3WF4A 2XWEA 4PYSA 4W88A 1M01A 4AC1X 2PI6A 1JD7A 1V6VA 1TUXA 2ZX8A 4W85A 4WIWA 4WKAA 4W89A 3N1AA 3PZ9A 2WWDA 5FD0A 3OLDA 3LPOA 2G3JA 4JHZA 4AD5A 4AXNA 4MB4A 1HKJA 1NOUA 1ZB5A 2BNJA 2XM1A 1QI4A 4B16A 1CXHA 1EDTA 4V2XA 5A8NA 3OG2A 5BXRA 2W63A 5I24A 4UZUA 1OB0A 2D20A 5I79A 2JF6A 5I23A 5I5RA 3N18A 1J0KA 3TTQA 3FNDA 5AC5A 1XC6A 2E8YA 4Q7NA 3WF2A 1ISYA 2QHAA 1NP2A 2UY2A 3L4XA 1TE1A 3AOFA 3WDIA 1EQPA 4UQCA 1DWJM 4M82A 4WF7A 4AD4A 3WDHA 3IAQA 1OCQA 3DHPA 1UKQA 3TTOA 4AD2A 2A3CA 4W5UA 2WAGA 1JGIA 4F9DA 3SCWA 2DPEA 4X0NA 1LG2A 3CHEA 2QMKA 4EE9A 1UWTA 2J7FA 1B3WA 2A3EA 2QMJA 4WSKA 2ZXQA 1JXKA 2RGMA 1OGBA 1D3CA 1HKMA 3N15A 3KL3A 2VUYA 1VF8A 5EFDA 1JZ6A 3IJ7A 4GZEA 4GI9A 1PZ2A 1KR1A 2WVTA 4LYRA 2WBKA 4DWSD 4KMQA 2OYKA 5A8PA 1M04A 2WVVA 5KEZA 2VZOA 1E6ZA 3AROA 1HIZA 3UCQA 1Q6GA 2PWEA 4WJXA 5I6SA 1W2VA 2YLLA 1VEPA 1QHZA 4TUFA 4HMEA 2QPSA 4K68A 3B9EA 1XSIA 3ARXA 1MQQA 4D6GA 3ZMRA 2YA2A 1SYTA 2XIIA 4M29A 2Z1KA 1HKKA 4AZIA 3AIEA 4EK7A 1CIUA 1LQ0A 3BAIA 4PBGA 1B1YA 1KQYA 4XB3A 3WEOA 4UOZA 3AYSA 3THDA 3WEMA 4R5EA 1VFUA 1W9UA 2ZX5A 1BAGA 2X09A 2X8RA 1OD8A 1J12A 3CUIA 4Z2KA 1WP6A 3EDJA 1KGWA 5CZKA 4IISA 3M07A 2WLYA 3FAXA 3T0AA 3VD5A 2WVUA 1YQ2A 1Z32X 4FLRA 5E0FA 2EBNA 3ZSTA 2VVNA 1TVNA 4KRTA 1GONA 3VMNA 5A69A 3RM9A 4FLSA 4MTVA 1HL9A 3EDFA 4M24A 3AS1A 2YDQA 4CCEA 5ABGA 2VNCA 2WHLA 3AI0A 2WCSA 4W7WA 1GOQA 3ZOAA 1UH2A 5BXSA 2WKLA 1LWHA 2XFRA 3G6MA 4AZHA 1UR4A 2X2YA 3CZLA 4CD4A 1HXJA 3WD2A 3NYDA 1UD6A 2GUYA 1MXDA 3ARVA 3WUEA 5A6BD 5IHRA 4WK9A 4DUXA 1MXGA 1G94A 5D9OA 1ZU8A 1NP0A 1B3XA 4H8VA 3WMSA 2PWFA 5D9NA 3DECA 1JL8A 3WKZA 5IXEA 3AHXA 4M80A 1U30A 1GQIA 4MJ4A 2CPUA 3AZSA 1E55A 2J25A 2VRKA 3GXFA 2YBUA 6TAAA 1GOWA 3BMWA 2JIWA 4LPCA 3SCTA 3U5UA 3VOCA 1JFHA 1EA9C 2D24A 2PWDA 3WENA 1OIMA 3CLWA 3OIHA 4CVUA 4P8XA 2J77A 4P7QA 1PX3A 3MV11 2VZUA 3OLEA 4UOJA 5A6JA 1WAWA 3VIFA 4UZSA 3AMDA 1EGZA 1VBRA 3L4VA 3VNYA 4YHEA 3VIKA 1PEZA 1W3JA 1BVNP 3ZSSA 2G8ZA 4P7NA 1E4MM 1L8NA 3NSXA 4QLLA 2XTKA 4HP5A 1XSKA 2WW5A 5I3DA 3U5YA 1F4HA 1CPUA 1LWJA 1J0IA 3VGFA 2WMKA 2ZE0A 2E9BA 1GHRA 3I3EA 3JUGA 2D1ZA 2BXZA 3ZJ7A 1PIGA 1ESWA 4RE3A 1PBGA 2VQUA 3VPLA 2BHYA 2EO7A 2WMFA 1PIFA 3MSDA 4PMNA 5LA0A 3ARUA 3VD3A 1J01A 3AIWA 3ARRA 2DSUA 4XV0A 3IAPA 2DH3A 2YLAA 4PMUA 4PTWA 3L2MA 3WF1A 1E0WA 3WY1A 5IFTA 3ARSA 4P7OA 4UCFA 1J10A 5E09A 3VIHA 5A6LA 4LGXA 3QHMA 1DWHM 4LYQA 3ZM8A 3PN8A 3QHOA 4GIAA 5CXPA 1K9EA 5IHSA 4QLJA 4P7RA 4CCCA 2Y4SA 1VJSA 1FHLA 3ALGA 5ECUA 1DWAM 1GORA 3POHA 2GDVA 4OKDA 2YBTA 1JZ7A 4ZEPA 2G4FA 1HJUA 3MS8A 2EEXA 1IV8A 2VR5A 3UR7A 4HZ7A 3VNZA 1QW9A 2F61A 4MNJA 5A95A 3VIMA 1GOKA 3DC0A 2NW0A 1VFMA 3AIQA 4N0RA 1W1PA 4YN5A 1H3GA 2WZIA 4NZCA 2CHNA 4PMQA 4GO9A 5BRQA 1UR9A 1UWQA 2VZVA 4BZYA 5DFAA 2WVSA 1IZJA 5JUVA 1CXKA 1WDPA 5BRPA 3PBGA 1E1FA 4AZCB 4CD7A 4PTMA 3SUUA 3BCFA 4ACYA 3CHCA 2G3IA 1FOBA 2BY3A 4GI6A 3OGRA 1HJSA 3U7VA 1AQMA 4C7DA 3T0DA 4CGTA 2WCGA 3SUWA 1BYCA 5I77A 1H11A 4MNKA 1UZ1A 4F8XA 2F8QA 2ZOXA 3SCPA 2GJPA 1NOWA 1HJWA 1E0XA 3UR8A 3BXWA 4CN6A 2D0HA 4XZBA 3WD4A 4CD6A 1CGWA 5I0DA 4J28A 3CZGA 1ITCA 3CZ8A 4JL2A 3KL0A 1V6UA 4UFLA 1PZ3A 4UFIA 4E2OA 4M1RA 4PEEA 1E6NA 3CIVA 2OYLA 1X1NA 3SURA 1OM0A 1HP4A 2DT3A 5M03A 1UWRA 2OSXA 3VD7A 3GXDA 4OUEA 1JFXA 5HPCA 2PWHA 1BTCA 4BQ5A 2O9RA 4UQEA 4AMCA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 4AZ7 A;  2B31 A;  2WM0 A;  1BGG A;  1DWG M;  2A3A A;  4D1J A;  2CET A;  2WZE A;  1DWF M;  5FL1 A;  2CKR A;  2WSK A;  4PTV A;  5E6Y A;  3A4A A;  4D6D A;  5ABF B;  2DQX A;  1R87 A;  1XH2 A;  2Z1S A;  3T2O A;  3CHF A;  4QAW A;  1QI3 A;  1WPC A;  1H1N A;  4UOQ A;  2XSA A;  4D72 A;  3GNR A;  1US2 A;  1UQY A;  3N04 A;  4D6I A;  3QHN A;  1TA3 A;  1W32 A;  3RIK A;  3EDK A;  3RDK A;  1VAH A;  1EHA A;  2JFE X;  3IJ8 A;  3FHA A;  4F9J A;  1VBU A;  2EXO A;  4AZ5 A;  4L4P A;  1BYA A;  2DSK A;  2VZT A;  1RPK A;  1E72 M;  1V0L A;  3IK2 A;  3DYM A;  4LYP A;  4TTU A;  2XYL A;  2W66 A;  4W8L A;  2D0G A;  4U5I A;  3RM4 A;  4PMZ A;  1H0I A;  2VRJ A;  3VGG A;  3ZQ9 A;  1E5J A;  2CYG A;  3AIS A;  1FP8 A;  3MUZ 1;  4UFH A;  3ZJ6 A;  4H41 A;  3S2C A;  2MAN A;  3WNO A;  2VO5 A;  1WNO A;  4W93 A;  1C92 A;  1CNV A;  2GJX B;  3TP4 A;  3OBA A;  1W3L A;  1OWQ A;  3KE0 A;  1JYX A;  3W6M A;  5GPR A;  2WMI A;  2WC3 A;  3SCO A;  2HVM A;  2X0Y A;  2DT1 A;  2XVP A;  3F5J A;  4BF7 A;  1HL8 A;  4C7G A;  1IZK A;  2CES A;  3VGE A; 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