5TAOA

Haloferax volcanii malate synthase lead(ii) complex
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
428
structure length
356
Chain Sequence
RHDREFVRTFFTSPTAVEDDSAKMLRRAAGLRGMQAPDVWVPDNEDATAPSMRDEGAENIVEVISEQGAEFPGEIHPRMVWHRDSPETRYQGFQHMLDITDPERGAVEHIHGFVIPEVGGIDDWKKADEFFTIVEHEHGLDEGSLAMSVIIESGEAELAMGDLRDEMGKPTNNLERLFLLVDGEVDYTKDMRAMTPTGELPAWPELRHNTSRGASAAGCVAVDGPYDDIRDVEGYRERMTDNQAKGMLGIWSLTPGQVVEANTSPLPPKTGSWLLDLTADELREELLGLTSYVPSMDDIVDSMEEFEAAKWDEATYQAAMTPISLFQDVYENRPDQHEELEERYGAGVVERAMEVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray analysis of Lead(II) binding to Haloferax volcanii Malate Synthase
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Haloferax volcanii (strain atcc 29605 / dsm 3757 / jcm 8879 / nbrc 14742 / ncimb
molecule keywords Malate synthase
total genus 140
structure length 356
sequence length 428
ec nomenclature ec 2.3.3.9: Malate synthase.
pdb deposition date 2016-09-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03328 HpcH_HpaI HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.1560 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 5taoA02
3.20.20.60 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Phosphoenolpyruvate-binding domains 5taoA01
1S2TA 1UJQA 4YJ5A 1O66A 2VGGA 3QV6A 4KCVA 2QIWA 3EOLA 2V5KA 1T5AA 3QLLA 1U5HA 1KBLA 4YNGA 1F3WA 3E5BA 3QTGA 4B5TA 3SRKA 1PKMA 2XZ7A 3GQYA 3QZ6A 4KCWA 1KC7A 3QV8A 4DRSA 4TV5A 2XZ9A 5JVLA 1OQFA 4IQEA 2HRWA 2BG5A 3EZ4A 1XG4A 3R4IA 1DXFA 2HROA 2DUAA 3QV7A 4WJ8A 3G2GA 4B5SA 4B5XA 1O5QA 3BJTA 3HQOA 1A5UA 4B5VA 3OYXA 1F3XA 4KS0A 4HYVA 4B5WA 3ME3A 4RPPA 1E0UA 1Z6KA 3VAVA 4TV6A 2DIKA 3N25A 1AQFA 1U5VA 3KHDA 4QGCA 4L7ZA 3U2ZA 3E0WA 3FA4A 3EOEA 3T0TA 4JPGA 3M0KA 3KTXA 3P0XA 3OQ8A 2VGFA 3T05A 4FXFA 4IQDA 3I4EA 4B5UA 1O68A 2VWSA 3SRDA 1IZCA 4L80A 2VGBA 3GR4A 3HQPA 2X0SA 2HWGA 1A49A 1VBHA 3LG3A 1ZLPA 1S2VA 2WQDA 3PP7A 4B2DD 4LSBA 1M1BA 4IMAA 4MG4A 1VBGA 2ZE3A 3M0JA 2L5HA 3E0VA 2V5JA 2HJPA 2G50A 4KRZA 2E28A 1F61A 2KX9A 1F8MA 1PKYA 3EOOA 4G1NA 3H6OA 3HQNA 2VGIA 4L9YA 3GG8A 3BJFA 4MF4A 1PKNA 4B2DA 1S2UA 1OY0A 4IP7A 1IGWA 3QQWA 4FXJA 2R82A 1DQUA 4KCTA 3B8IA 1M3UA 1MUMA 3LYEA 3T07A 3FA3A 1SGJA 1S2WA 2XDFA 3IS4A 4KCUA 4HYWA 1PKLA 4QG8A 5TAOA 3MA8A 1JDEA 1XG3A 4ROQA 1PYMA 1ZJHA 4QG6A 4QG9A 2OLSA 1DIKA 3OYZA 1A3WA 2VWTA 3QV9A 1E0TA 1GGOA 3PUGA 1DXEA 1F8IA 3SRHA 3SRFA 1A3XA 4L9ZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1FUYA 5BMVE 5JBDA 1J1JA 4BR1A 1K70A 2PC8A 1OEDC 3COTA 4O15A 1F3WA 2XZ7A 2VRJA 3W7MA 1GOXA 2IPWA 2VEKA 4CQBA 1NELA 2VZOA 1S5VA 1M62A 4JFWA 4GK5E 5A69A 1ZJIA 2L8KA 4HIBA 1DTUA 2NQHA 2E9LA 2E77A 2OLHA 1SJDA 1U5VA 1YKEB 5DT5A 4PRTA 1MNZA 4FI4A 2WM0A 2QJMA 3F03K 3BO9A 3EX3A 1N7KA 2YB4A 2OJPA 1L9WA 2CLYC 5D8ZA 4IIJE 4O1EA 4W8BA 3VDAA 2SFPA 1ITUA 3NM1A 4PEKA 4WVXA 3ANVA 4OV4A 3CEUA 2DVXA 3ARRA 2WO5A 2ZQ0A 5CC3A 1LOQA 4YHEA 5CC5A 4RE0A 3R0UA 4M5PA 1OFAA 3AZTA 1TKKA 3VC6A 1EIBA 1FBAA 3W7PA 4I0UA 2J9ZA 1NTHA 5HUOA 1EX1A 3CQGB 4DPPA 1UR9A 1T8XA 5DANA 3MSYA 2XZEA 2X2GA 3M9YA 4J35A 4H9XA 2PTYA 2GPTA 1JD9A 2JGQA 1HL9A 1WDPA 2DGAA 4XBJA 2A3DA 2AL2A 4H9PC 1KFBA 3ABVA 4K8HA 4KCWA 7REQA 3OU8A 2ZRWA 3IACA 3I6TA 2FBWA 4M1RA 5H6QB 3UVIA 3RLUA 4ILCA 2CPUA 2D2SA 4DV5T 5L3CB 2BGQA 2FH6A 2YL5A 3LEPA 1A5UA 2ZA3A 3F31A 4GIEA 4Q7BA 3PZOA 4IGSA 1MEHA 4JTCA 4MLKA 4J2CA 4YVPA 4DJEA 2BHZA 4MJ2A 3MI6A 2CNCA 1LBFA 1SR0A 4AHOA 2J47A 4DQWA 1I1WA 1QSDA 4Q4SA 3CL7A 4MPQA 4GK0E 1HXJA 2VB6A 5IFTA 4H7ZA 2G50A 3QC9A 2PMQA 3SJNA 2DFAA 3GC4A 1LORA 3AA6B 2FPTA 1V6YA 4HK6A 2VURA 1GPFA 5DMYA 2CIPA 3RAOA 2R1LA 4US6A 2PTWA 1OEDA 3QMSA 5EZYE 1BTMA 4HK5A 3HPXA 4MWAD 1TTQA 3GG0A 1XYBA 3Q5WA 1IBKT 1LQ0A 3HB9A 4CI3B 4MBQA 4TV9E 2PDIA 3NSNA 3LM3A 2DZWA 2BBFA 4LF4T 3ITVA 5LGTB 1DJNA 4NYYA 2CETA 2E2AA 3VNYA 2BS4A 1VIZA 4TWDA 4EPDC 2QIWA 4HKPA 4RE3A 1MDRA 4X2RA 1LUCB 1LCOA 2P10A 1FTXA 3AMKA 2VEMA 3C51A 4JI0T 4EIWA 3IGUA 4HWHA 5D4YA 3TU9A 2QCLA 3U5YA 4QX4A 5FF2A 1CB7B 3BSGA 3CGTA 3ES7A 3H2MA 3ANYA 4U10A 2PB1A 2R1MA 4GIYA 1W32A 4B5VA 4DHGA 4HN4A 4B5WA 3WK2A 2LHRA 4ACYA 1A4LA 4WZHA 3TNOA 2Y8VA 3SFDA 1SO6A 2P8BA 4KW2A 2NW0A 1EHAA 3VIKA 3W88A 3MCOA 2YYTA 1P0NA 3NG3A 1G1YA 3W0KA 3AROA 1FDZA 5C5YA 4IFKA 1CNVA 1GQIA 2K24A 1DEDA 2BG9E 1H2JA 3DX5A 1B0IA 4LY4A 2CW6A 1QOQA 2VR5A 3HGRA 4O8SA 1ZLPA 3WH9A 2LOSA 3CU2A 3PK7A 1BVNP 1XRSA 3GFZA 5AZ1A 2Y6XA 3GG7A 3TC3A 3VM5A 1NH6A 2XWEA 3AFBA 2LHNA 3IBPA 1J5WA 1YLVA 3KM8A 3ANUA 3E96A 2JEPA 3LBXA 1O60A 2ZX5A 4QXIA 5CQ1A 2CA5A 5FXVA 4IJRA 3MU7A 1VOMA 2JEQA 5JDLA 5L6UA 5BWAA 1MIYA 1JCXA 5FEPA 2YYUA 4MYXA 1AZ2A 4GO8A 1A5KC 5TAOA 1BXBA 3ETVA 4BFAA 1CB2A 3L67A 3PC0A 3VGBA 3L2MA 4B16A 1D3CA 5EB8A 4DV2T 1QNVA 1QO5A 2ZUTA 1BKHA 1LJYA 4U74A 5EBAA 3I3EA 3VIOA 2X09A 3GG1A 3AECA 3PHAA 1WR6A 3E38A 4OBTA 4CQAA 1QT1A 3UTKA 3EDFA 1OIFA 2WYSA 3TYAA 4TX8A 5HINA 4Z8XA 2NT0A 4BEQA 3UGVA 1POKA 4L5GA 2LLEA 3W7IA 2YCLB 4ZCWA 3PBWA 3W2MA 3W7DA 1LF1A 1E9ZB 1T41A 2NTYA 3SRDA 4AVNA 6ALDA 1XRTA 3VU7H 3TLSA 1K6AA 1PIFA 2H3RA 3AWNA 5GNYA 3UG3A 3WIJA 3GTXA 4JTLA 4GUIA 1SO3A 4C7DA 1XLLA 3WQPA 2ABBA 1VFLA 4TNWA 2UXXB 4G1NA 3IGSA 2G3NA 1AFSA 1XIGA 1YPIA 2V6XA 4NYUA 4Q32A 1VAHA 2FVMA 3VUPA 3PU8A 1E9LA 4ZTXA 1PX4A 1JPIA 4MB5A 3RHGA 3E2VA 3URQA 1YMYA 3CUHA 4I90A 1A80A 1S5TA 3GNRA 1YIXA 3N3TA 3NVTA 1UD4A 3Q5EA 1XKJA 2JGYA 4K8EA 3SRFA 3USZA 1UJQA 5FACA 3VM7A 1J0JA 3CQXC 2DIEA 3AISA 3SZ8A 2VC7A 4JTAA 3E5BA 3TMLA 3ZWTA 3B8TA 4FP1A 1HKWA 4DR3T 3VE7A 1PCWA 4FOJA 2IW5B 4DYJA 4HFBA 4QDMA 3EX4A 3ENLA 4UQDA 4K1WA 2A4AA 3HQOA 2GVEA 3KV9A 5EMMA 1V3JA 5CZ0A 4CNTA 3LZ5A 2Y6ZA 3LLDA 3DI0A 4FSAA 1M03A 4GUFA 3XINA 3SCSA 3UQ4A 1VIWA 3RCYA 4DIDB 4DZAA 2J7BA 5KZEA 1RBLA 1XLFA 5XINA 3FY1A 2RPAA 1XD0A 3WCZA 1O68A 3UXIA 3WLSA 1R85A 3L68A 2HVOA 3CAKA 2WC3A 1R8LA 1ML1A 3LCIA 4PR4A 3GMIA 4RPQA 4OZOA 1XXXA 4OK0A 4ATWA 3EMCA 5CG0A 5EMJA 2VEIA 2XQ9A 4GRSA 4NRRA 3R11A 4KHZF 3LGDA 4GABA 3ZJ6A 1ZB5A 2Q8ZA 4JTTA 2IPFA 4MNKA 3NYZA 2AMGA 5LSMA 1EPVA 4X5TA 4AD5A 4PZVA 4K0KT 2ZXDA 4EWJA 4JCLA 4HTYA 3I9YA 4HFCA 4HNVA 3AUOA 1AJ2A 1EA0A 2L9QA 1UR0A 4E8DA 1N82A 1A3WA 5CA0E 3V5SA 2EPMX 1PVNA 1BFNA 2RDTA 4ZZBA 2X05A 3QOFA 4REQB 3TKFA 4IDQA 3EOLA 3L2LA 4H8VA 5D2TA 3P14A 4GQBA 1ITXA 1WP6A 3H53A 3MHGA 4HU8A 4QDPA 2D0TA 4GNVA 2A7RA 2XSBA 1YE4A 1UW9A 4HHHA 2VOTA 2QRXA 2PWHA 1Z42A 2IHR1 3K5XA 3QHNA 3EWYA 1AG1O 1AQMA 1ZTVA 9RUBA 1VEPA 3AXIA 3H3AA 3F5KA 4O54A 3ZVHB 1M7PA 4CD6A 1CI1A 2ALRA 4JXCA 2DSVA 1H4PA 4LAMA 1C3FA 4UTWC 3DC8A 3MSDA 1HGYA 4KWUA 3VRBA 1W91A 4IPIA 5LGNB 1XBZA 1FMWA 1EKOA 2D0UA 1SVDA 4CU7A 3HGJA 3PANA 1TQXA 2VX4A 3B97A 1HIZA 4CD8A 4XAZA 3MV11 4YTUA 5F7UA 3TCEA 2HE5A 1OFPA 2A2FX 4UF0A 2IDOB 3T81A 5JH7E 3TQVA 1O7AA 3G1AA 3EDUA 4H8HA 2HEJA 3CO8A 3VVGA 3ZJ8A 3UZZA 1HL2A 3QGVA 1SPQA 3CUZA 4WBNE 3E0LA 4OGZA 4R85A 4BI7A 4R3UA 2UXNB 4LALA 1A5CA 1YXDA 2X40A 1OG6A 3OYZA 2W66A 4GQQA 2JRKA 1RHCA 4F9JA 4E4FA 2OPJA 2Y7FA 4TTUA 2EPKX 2QGHA 5TQLA 3OODA 4M1PA 3NGFA 5JIPA 2R94A 3WBXA 4HHPA 1EJUC 2TRSA 3VD3A 1E9YB 4DBWA 4WHBA 6XIAA 4I6KA 3CM4A 2E6FA 1JI2A 1KFLA 1RJPA 2PD9A 4P7NA 3RO6A 1CXFA 4EB6E 4Q8UA 1EHNA 1BD0A 5LJNA 3KFWX 2ZXQA 5HNNA 3NQEA 1UX4A 5JRCB 3F4VA 5I5RA 1XNQT 2O55A 3CTLA 1T8BA 4G7FA 1D7KA 3INPA 3RGTA 4X3ZA 4IIDA 2FHCA 1DIEA 3MHFA 2OU4A 2DSUA 2NW8A 1VR6A 1E0UA 2CLOA 3OGRA 4OBRA 3IF8B 3DJBA 2CXGA 2EKGA 3RYIE 1WV2A 1G9HA 2VL8A 2Z0IA 3OGVA 3JUGA 1W5NA 1IIGA 5TF0A 3RLHA 1FQ0A 1BR2A 1B4KA 3ABQA 1PAMA 3AXMA 1JF5A 1O5RA 1ISXA 1JF6A 2RGMA 4AZIA 1UJPA 3UWZA 5T8GA 4H6RA 5AC8A 5H91A 2O56A 4DUOA 3LI1A 1B54A 2PRLA 3R1ZA 4UXNB 4O11A 1PKNA 5IHYA 3UW6A 3ALGA 1T99A 3CV6A 2F8QA 1WDQA 3MUY1 4N0RA 4C6KA 1XBYA 1PTGA 5DCBA 3H2NA 3TWBA 3QOKA 3HI2A 3I10A 4JIQA 3KL5A 3L23A 1F76A 3DKJA 3ZC0A 2WHMA 1KM4A 5JTGA 3UEQA 4WYVA 4DWSB 1QTWA 2V3DA 3NZRA 4IT4A 1B3YA 3HPZA 2HBVA 3BTNA 1XUUA 3N2KE 3GC2A 3QZEA 4YXGA 1XF0A 4AI6A 2AXDS 2BBJA 3LMZA 3OJAA 4DI9A 2BFGA 1HJQA 5BMXA 1YYAA 3QMTA 3NQ8A 3TA6A 2XQ7A 4JI3T 2C19A 2Q9QB 2LLYA 4M7TA 2XVNA 3T4CA 3UFEA 2Y0FA 3S1UA 1OSEA 4DM1A 3AMDA 1ZPTA 4GWEA 1TFVA 3FIGA 1KK7A 3C56A 2V8SV 4GC3A 4NIQA 3JC6D 1AH0A 1FWDC 4L7ZA 4PMVA 2XQ3A 3VPLA 1LBMA 3P8IA 4EWND 4ZQRA 1NWTA 2GQ3A 3TYDA 3PUOA 4ZI2D 2PDFA 3A5XA 5CA1E 1JFXA 5AC6A 2J66A 5C9RA 4DJDA 2V3GA 1XWMA 1Q2RA 4KI0F 1E0VA 1TJRA 4WJXA 2PWEA 1EB3A 2V5JA 4GD0A 4AQLA 3PJTA 3UZXA 3EB2A 4P1NA 1J93A 1LM1A 2VDHA 2E40A 3VNIA 4UEMA 1XLEA 4K3ZA 2J7GA 3P74A 3ZT6A 2XTLA 3G5EA 4M7SA 2G4JA 4E3VA 3RRAA 2VVNA 3T7VA 3CIWA 3II1A 5A95A 4M19A 1HX8A 1R0MA 3VKKA 3L5AA 5C9UA 4PMQA 1KM3A 3BAIA 4LF8T 4QDWA 4NAEA 1GOWA 2V7KA 1A0DA 3VK5A 4S2BA 1U5PA 3W07A 1GORA 1B30A 2Q71A 1RLCL 4BJNA 1V7AA 3FHNA 5KMYA 3SS1A 2RDWA 4HCHA 5EY5A 2QCDB 3U3HA 2BODX 1CLXA 1JDFA 5I7GA 3SY8A 5JR9A 1GVIA 2Z4GA 2FQIA 4Q22A 3G1YA 1DORA 3O07A 5HEUA 5ENLA 5GJPA 3GVQA 5EFDA 4OECA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1XYZ A;  2H89 A;  3AAA B;  5JIW A;  1AL7 A;  3IA3 A;  1F07 A;  1GT8 A;  3PPH A;  4DV3 T;  4IIB A;  2XWD A;  3N9Q A;  1F3T A;  1UCW A;  5M2F X;  3CJP A;  3T1G A;  1VBG A;  4ZL1 A;  1ZQ5 A;  1G7U A;  2B31 A;  2L3L A;  4KF1 A;  8A3H A;  3SIM A;  1F61 A;  4DJE C;  2UWF A;  3PWI A;  4PFP A;  2WMH A;  5I03 A;  3I7R A;  3CAV A;  4B2D A;  3L2I A;  5AQM B;  2QMJ A;  4YHH T;  4US5 A;  1N2V A;  2RKX A;  3LYE A;  3AE6 A;  2XN1 A;  2XDF A;  3MZ2 A;  1EJT C;  4GY7 A;  4U3A A;  4ERR A;  1QU4 A;  4H4I A;  1OGS A;  3DFN A;  3QQ1 A;  2DHR A;  3RKO A;  4G8T A;  1JYN A;  2KWH A;  4D1I A;  4PUE A;  4YLH A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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