5TAOA

Haloferax volcanii malate synthase lead(ii) complex
Total Genus 140
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
140
sequence length
428
structure length
356
Chain Sequence
RHDREFVRTFFTSPTAVEDDSAKMLRRAAGLRGMQAPDVWVPDNEDATAPSMRDEGAENIVEVISEQGAEFPGEIHPRMVWHRDSPETRYQGFQHMLDITDPERGAVEHIHGFVIPEVGGIDDWKKADEFFTIVEHEHGLDEGSLAMSVIIESGEAELAMGDLRDEMGKPTNNLERLFLLVDGEVDYTKDMRAMTPTGELPAWPELRHNTSRGASAAGCVAVDGPYDDIRDVEGYRERMTDNQAKGMLGIWSLTPGQVVEANTSPLPPKTGSWLLDLTADELREELLGLTSYVPSMDDIVDSMEEFEAAKWDEATYQAAMTPISLFQDVYENRPDQHEELEERYGAGVVERAMEVG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title X-ray analysis of Lead(II) binding to Haloferax volcanii Malate Synthase
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Haloferax volcanii (strain atcc 29605 / dsm 3757 / jcm 8879 / nbrc 14742 / ncimb
molecule keywords Malate synthase
total genus 140
structure length 356
sequence length 428
ec nomenclature ec 2.3.3.9: Malate synthase.
pdb deposition date 2016-09-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03328 HpcH_HpaI HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.1560 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 5taoA02
3.20.20.60 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Phosphoenolpyruvate-binding domains 5taoA01
1KC7A 1UJQA 3EOEA 3U2ZA 4LSBA 1DIKA 3R4IA 1PKMA 4L9YA 4HYVA 4B5TA 4B5UA 1E0TA 3EZ4A 3ME3A 2VWTA 4KCTA 4ROQA 2XDFA 3OQ8A 4B5VA 1DXFA 1U5HA 3T05A 1OQFA 2DIKA 4B2DA 3QV6A 4TV6A 1F3WA 1OY0A 3E5BA 1A3XA 2BG5A 4TV5A 2X0SA 3GR4A 1JDEA 1ZLPA 4L9ZA 3HQNA 1DXEA 1F3XA 3SRFA 1A49A 1PKNA 1A5UA 4QG6A 3G2GA 3B8IA 1MUMA 3T07A 3QV9A 4WJ8A 5JVLA 1GGOA 4B2DD 1SGJA 2QIWA 4IP7A 3BJTA 3PP7A 1PYMA 1VBGA 1M1BA 1S2WA 3QV7A 1KBLA 1Z6KA 4DRSA 2ZE3A 3KHDA 3IS4A 1F61A 2VWSA 3SRDA 2DUAA 1ZJHA 3H6OA 3LYEA 2VGBA 3QQWA 1IGWA 2VGGA 3QLLA 4QG9A 4IMAA 1E0UA 5TAOA 3SRHA 3EOOA 3MA8A 4G1NA 3GQYA 1PKLA 3PUGA 1U5VA 2VGIA 1AQFA 2WQDA 2G50A 3FA4A 4QG8A 1M3UA 4KCVA 3E0VA 2V5KA 4B5XA 3BJFA 3T0TA 4KCUA 3P0XA 3QTGA 4HYWA 4KCWA 4JPGA 1O66A 4YNGA 1F8MA 2L5HA 3HQPA 4MF4A 1S2UA 1XG3A 2HJPA 3QV8A 3GG8A 4FXFA 4RPPA 2OLSA 2E28A 4KS0A 1PKYA 3EOLA 3OYZA 3QZ6A 4KRZA 3HQOA 1O68A 4MG4A 1IZCA 2VGFA 3VAVA 4B5SA 1S2VA 2V5JA 1F8IA 3I4EA 1O5QA 1XG4A 3KTXA 3FA3A 4L7ZA 3SRKA 4L80A 2XZ7A 1A3WA 2HWGA 1S2TA 2KX9A 2R82A 3OYXA 3E0WA 3LG3A 3N25A 2HRWA 3M0JA 4B5WA 1VBHA 4YJ5A 4IQDA 4FXJA 2HROA 4IQEA 1DQUA 1T5AA 4QGCA 2XZ9A 3M0KA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1KC7A 5F8PA 3QHMA 1C9WA 1UP2A 3LJCA 3DGBA 4M6UA 1DWIM 1HFAA 1XSJA 3T7VA 5JDLA 2BG9B 4M0XA 4LCRA 2PDYA 4V28A 4PJNA 3F5KA 1D3CA 4XIAA 1MZHA 1TJRA 3ARTA 4I55E 4WD0A 4S1FA 3ZYMA 1N82A 1WDWA 3J9X1 1KF6A 2BY1A 4Q8PA 5A6LA 2VXNA 3VYLA 1OWAA 3S83A 4WR3A 1XWMA 1C8XA 3KRZA 3H7RA 4H1ZA 2V1DB 2Y61A 1QOPA 2AL2A 3B0XA 4Z2LA 1EO5A 4DJFC 3CZGA 3MKDA 4NJGA 3H23A 2WSKA 2HDJA 6TIMA 4MWAA 3B4UA 4UNKA 3R8GA 1PIIA 1VJZA 1RALA 2NOXA 4L4LA 1RJQA 5TBOA 2XFWA 4K68A 1TV2A 4O8SA 3PJAA 3O0KA 2BG9A 4JLEA 2H9AA 3PJXA 4LUTA 3BL3A 2M6IA 3E0ZA 1TE1A 3QR1A 3CEPA 1V5XA 1E7PA 3AZSA 4EPDC 3GAYA 1JAKA 2D22A 3N18A 3UJRA 2K9AA 3BANA 3C98B 3VHLA 2D2HA 3OVUA 2CXEA 2ZA2A 2J7FA 4QNWA 1ZBKA 2KMFA 2AOSA 4WOZA 3GZ3A 3V18A 4C6OA 3P7IA 1IQ8A 3MI3A 4RE3A 1MVYA 6REQA 5JREA 3M3ZB 3IJIA 3L4WA 4YJ2E 4IT1A 3MCOA 3SADA 4Z90A 5GJMA 2INEA 1QOXA 4HT3A 2I6HA 1ZQ5A 5KINA 4IL9A 3C4UA 1N8IA 4RNIA 3V0UA 1EJTC 1E9IA 3ZWTA 4WVXA 5FNVE 4JKMA 3FZLB 1VFMA 3LHVA 1SJAA 2VRJA 3QVQA 2YXXA 4M3PA 4A3UA 3LFMA 4WYVA 4BR1A 1FFRA 4AHPA 1E4LA 5FEPA 4LBUA 4TX5A 1JPKA 3NZQA 3W87A 1A5CA 3G1XA 3BURA 1JRCA 2QPSA 3DHFA 1IEVA 1PX4A 3BE7A 4M51A 5I3HA 4GYRA 1OFAA 4BI7A 5JBFA 4JYAT 5A8PA 1FWHC 2YIHA 5I2UA 5HA7A 2WDRA 4GI9A 1KM1A 3PUEA 1QK0A 3W37A 4UVBB 4I5XA 4BQ4A 3QBUA 3VU7H 4WRHA 5EFFA 1OYCA 4UFLA 2Q9QC 2V7KA 1H7RA 3TLTA 3K13A 3W83A 3MWAA 1F76A 1HNZT 4MF4A 1Q6EA 4UWMA 4UFKA 1I2OA 2HJPA 1XLBA 3BLKA 2ALRA 3G1AA 3GXDA 1QPKA 4AEEA 3NQCA 4B90A 1SO4A 3KP0A 3IEBA 1J11A 1V51A 4L1WA 3CL7A 2JQ9A 4DHGA 1UX4A 3S6OA 4LAZA 2XAFB 4JR5A 3F31A 1J2BA 2OOGA 1DV7A 2PLMA 1Q7MA 3CB8A 4S3AA 2QIIA 3DGRA 4TVUA 4F8XA 4LC8A 3ABVA 1ZL1A 4QLJA 3SBFA 1P48A 3RCYA 1E4NA 4LH8A 1LG2A 1X98A 4A8LA 4UF0A 1FH8A 1Q6LA 5KTLA 1WZKA 3BMVA 1K7EA 3VD7A 4TV5A 5T9CE 4GYKA 4C6QA 1ZV4X 4PK4A 3O15A 1OEPA 1J6PA 3PBYA 3LD5A 5BU6A 4EKJA 2CHNA 1K8XA 1UC5A 1R7AA 4NNCA 4DR6T 2CCQA 2XYLA 4D8LA 1OSEA 3ZLGA 3SRDA 1MNEA 4W89A 4HKPA 1KXQA 3EDVA 2UXDT 1S39A 3NZGA 4NU7A 3TYBA 1OZQA 2DZBA 3SO7A 1KM5A 4MHCA 3AHZA 3ZT7A 3ALGA 3NPXA 3VIIA 4M19A 3T0TA 1OX4B 3GNDA 4EEBA 1WQ5A 3EABA 3ES8A 3C50A 1KFLA 3FKRA 1UPPA 3TLLA 2CBIA 5LIKX 3VRBA 4RPPA 3SECA 4FNSA 1JYNA 1XX1A 3TNBA 3UESA 1Q45A 5D32A 3UR8A 1WDSA 2VUNA 1QVBA 4YVVA 2GVJA 4CVWA 1LRNA 3SRKA 1EHNA 2H7OA 1A3WA 1NDYA 1P7TA 2CWOA 3CHFA 5CPMA 1QJWA 2PLCA 3QHNA 4JYEA 4RZBA 4CCZA 1JZ5A 1NEKA 4FLQA 1VCSA 1EGVA 1F6YA 3V75A 4ILUA 3K3QC 4DBRA 3D46A 1UQZA 3WBWA 4BQ5A 3VNIA 2AL1A 4LT9A 3W7RA 4PCNA 3WLMA 3NURA 4LNYA 1YXYA 1T98A 1KEYA 3GBEA 3I7QA 5BOFA 1V3MA 2LT3A 3L2IA 3AUOA 3C4ZA 1Z8UA 3VFLA 2OJPA 5D2XA 4I8YA 4W7WA 3NL2A 3SW6A 5CJNA 3ARSA 3RYCE 4WJ8A 3UG4A 2X16A 1LLWA 5LHHB 4IE0A 5LGUB 2C0SA 1S2CA 2PDQA 1WZMA 1B31A 2QEZA 9CGTA 1CGUA 1SGJA 4ASTA 2FB2A 4JEHB 4QS5A 3S2LA 1K7FA 2YDAA 4PMVA 4UMAA 2E7FA 3WMSA 4OYJA 1HJQA 2E4TA 1EQPA 3SUTA 1XIDA 1CLVA 3S4TA 2R1MA 2FFIA 2IMRA 5H91A 5EK3A 1FRBA 3CV1A 2D3LA 3GQYA 3LDVA 4WLCA 2MNRA 2ZVRA 3MUCA 2EHOC 3DOPA 3QPYA 4G9PA 5AVHA 5GNXA 1EDGA 1FHUA 1O95A 1K4GA 1T40A 4EWND 4GJIA 3NQDA 3A12A 3S5ZA 2OSWA 3P50A 3KFWX 4H7VA 1VYSX 3WLOA 1JCTA 4DR7T 1GVQA 4S3KA 2KX9A 1LZOA 3NO5A 3FB2A 2CFFA 1NP0A 5CJ5A 2FZBA 4GPNA 3JR2A 4QSHA 3VR8A 4KEUA 2BZBA 1PKMA 5JR9C 2W66A 3T40A 3P6LA 1HP5A 3GNRA 4ROQA 1SFJA 3ZM8A 3X1DA 3VK5A 4ZTYA 5AQGB 4AKIA 1VF8A 1GW1A 4KESA 3W86A 1KRBC 1W56A 1H4PA 3QEZA 1QO2A 5AHEA 3W0KA 5M2FX 1TPH1 2FPYA 3FBLA 5E9XA 4CQAA 3BARA 1WYCA 3EMZA 1O60A 3UTKA 1ZY9A 3RX4A 5H8MA 4A3HA 1NTHA 1OM0A 4OV9A 3GBDA 3T42A 1XR2A 3TQPA 4JQAA 4ATWA 1EO7A 1KBKA 2E5CA 4ZA0A 1ZAJA 5JMUA 3FZKB 3N9OA 1DHKA 1KLYA 2QDEA 3H2FA 3LYEA 3WBXA 2GSJA 5TAOA 2HPIA 4UTUA 5JDHA 2PGRA 3UZYA 4IDOA 4MNLA 1A0CA 4HKAA 4L6HA 2WJZA 1JNZA 4AEFA 2VM8A 3M5ZA 1QUUA 1K4HA 2XASB 4JI1T 1YDYA 3EDEA 3NPVA 2VKHA 2WNNA 2ZBTA 3BXWA 4J3ZA 4PC8A 5BROA 2Y5SA 3EAMA 3LN3A 4ZQOA 4TR9A 3VOIA 1AH0A 4GY0A 2G37A 3I4EA 4KRTA 1QPOA 3URNA 4O4WA 4F0MA 1XYMA 4MY9A 4PFHA 4BQ3A 3KTCA 4NP7A 3WNOA 2QCEA 5HQMA 1AK5A 3VU2A 2ZA1A 2V67A 3NVDA 4OGZA 4U7YA 5D04C 1D0ZA 2LSKA 2B31A 3N4FA 2QJIA 3AC0A 4GISA 3NRYA 2VD9A 2E09A 2C14A 1FIOA 1SJDA 4FOUA 1XLHA 3PU8A 1CGTA 4PK6A 4Z0JA 2PI6A 1W9UA 1D0YA 1IEWA 4NVTA 4HSOA 5FAGA 1BQGA 1D3GA 4GYSA 4C60A 5EMUA 3T09A 1SZNA 3K8PC 4H6RA 4BS0A 3W74A 2Q02A 5EYWA 3IIOA 2C5IT 1RD6A 3CU2A 4TV8E 4ZSTA 5F5WA 2FZMA 3QYQA 4XISA 4XBSA 3TJXA 3BOLA 3E12A 4JKLA 3HV9A 3WQVA 1QHPA 1US3A 1DBTA 3P62A 3KS5A 4GKKT 4ILSA 5HEHA 1E72M 2Z1KA 3AO0A 3NM1A 4FR6A 5A3HA 4PB5A 3EWDA 2PRMA 4U28A 2VGGA 3WI3A 1DJZA 2LRLA 4CEXC 2I57A 3H7VA 2I56A 3Q58A 1R86A 4ERGA 1GWJA 5HYAA 4JL1A 3FKKA 2RDWA 3M64A 2PEVA 4XKYA 3U57A 2Q8XA 2ESCA 1RBAA 3ARUA 4ILAA 1GG1A 4CQCA 5K7JA 3KV5A 1KNRA 2W6RA 1HO1A 4M6PA 2C16A 3AHXA 1V7YA 5LYRA 3T1HT 4B3KA 2ZUMA 4GINA 5F4WA 3EWBX 1PHWA 1J5TA 4HCHA 4H2CA 3WUEA 1J96A 2YA2A 1EJSC 4YTUA 3TA9A 2ZICA 2D3NA 3E38A 3N25A 1HZYA 5DCDA 4MKVA 1U5JA 3SFEA 3CIWA 4MWAC 4CU7A 4O4HE 1O94A 2WQPA 2PWGA 4W8AA 1DHPA 4GGHA 3ZYLA 4UCGA 4TVDA 1FOBA 1JCJA 1EOKA 2A6LA 5HCJA 3E2SA 2HXTA 3AE9A 4XBFB 1P0NA 2H90A 2ZUWA 3UG8A 2YKSA 3ZR4A 1JGMA 1J6OA 5LA1A 1IEQA 3RK8A 5BXTA 1A5MC 1TMQA 3TXVA 5FJJA 3WLQA 2HISA 3S2CA 3KRBA 5M4YA 3UXDA 1YKEB 5HJXA 4UBPC 2GQ9A 3I3DA 1XUZA 4D6CA 1WO2A 1EJUC 2WJDA 1RV8A 4QXBB 3DFHA 1O5RA 3L66A 3MUAA 4GGBA 1L2QA 4LUIA 4AKGA 3TROA 3WJWA 4QXIA 2BBFA 3VKAA 5LNSA 2H3RA 4O11A 4RR4A 3OKQA 2GJNA 3OIXA 3PVFA 3FA4A 4NZCA 2G5WA 3AXHA 2YU1A 4DPPA 5LXEA 1XH1A 1QNPA 4AFYA 4KFOA 4M6VA 3P67A 1O66A 2VEKA 3I6TA 3NJ3A 3BK9A 1VP5A 3VZZA 3PUYF 3TYCA 3L5MA 4PTVA 4XUGA 4XZBA 5HEUA 3TSDA 3KDSE 1XP3A 4GKTA 4HIBA 2LSYA 3HURA 2Z1BA 3TLQA 4NAEB 2CMRA 2ZUVA 4LAMA 4S3JA 1N8FA 3WF2A 1E1CB 4IXXA 2BGNE 1O5QA 3QF0A 3WUFA 4ALDA 3LBOA 3TW9A 4JEJA 3MHGA 3CQHA 3P5YA 3H26A 1AFSA 2DY3A 4IQDA 3R1ZA 2QLYA 2DSUA 4DO6A 3WL1A 2CE7A 1UD8A 2HVNA 3G1FA 1XLJA 4ILCA 1G01A 1BLIA 2X1SA 1I4NA 1XCXA 5CGQA 3I7RA 4DWSB 3C52A 2O9TA 4E6MA 2OT1A 4F8HA 3NQ8A 5FXXA 2XINA 3C3UA 2Y48B 4NL1A 2EPOA 4A5XA 5JBEA 3OOQA 3VNYA 4CQIA 1B30A 2DVTA 3NPUA 2C19A 1RA0A 1E70M 3KBNA 5CJMA 4E8DA 5E0OA 1LL7A 4EP8C 1JNEA 1E1HB 2D2JA 1KGWA 4JEQA 1TQXA 3LI1A 3VMPA 2HE8A 4NAEA 5DCBA 2FPVA 3I4KA 3CPZA 1SFLA 1K6WA 4O10A 3MDUA 2HVOA 4HU0A 5RUBA 1RY0A 5FD0A 3IV8A 2VKOA 1JD9A 3QB5K 1EEXA 4K6AA 2G50A 1SYTA 3RN6A 2HZGA 1RCOB 4FR1A 1GONA 3RYIE 1PAMA 3HA4A 1UR0A 1YEYA 4GC4A 1V6YA 1VJIA 2AKZA 4I7VA 3STFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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