5ABE | Genus

Total Genus 254

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	254
sequence length	713
structure length	681
Chain Sequence	VSLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISNIKNLPLQVKANRVLISPKWAAGNSVEIELDAIYPGENIQINFLEISTDGKEWKTVDLKLSAGLQKAPVKFVRFTNLRQFVLTIEK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron
molecule keywords	O-GLCNACASE BT_4395
total genus	254
structure length	681
sequence length	713
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2015-08-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase
A	PF18344	CBM32	Carbohydrate binding module family 32

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.460	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	Hyaluronidase post-catalytic domain-like	5abeA03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	5abeA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	5abeA01

1G5AA 4HOZA 3K8LA 1FHLA 2DSKA 1UA7A 4D72A 4OZOA 4AZCB 5F7UA 4C90A 2QV4A 3DYOA 3CO4A 4PMDA 1MW2A 1EDGA 5HXMA 3WQ5A 1UR4A 1CGXA 1GORA 1Z32X 4URIA 4PMNA 4OJYA 2WAGA 4DUWA 2IUZA 5FOOA 4FLRA 3UERA 2WB5A 3I3DA 3PZIA 1FP8A 1BGAA 1CGTA 4QAWA 3KEHA 2OWXA 1FHDA 1AVAA 1HL8A 4HA4A 1UKQA 4AZ7A 2XVPA 4AWEA 3VNYA 3W38A 1EQCA 3GNOA 3M07A 4PUDA 1H09A 4V28A 4AD0A 4WKAA 3MU7A 4W7WA 4D6EA 4WF7A 5CGMA 1QHOA 4UQCA 2ZIDA 3WQ4A 1XYFA 2EBNA 1FH8A 1OT2A 5JBEA 3SCTA 4CCDA 3VIGA 1Q6DA 3K46A 4W87A 2W5FA 2J7DA 5A94A 3NSXA 1VIWA 3MSGA 3VMPA 3KL5A 1UH2A 4JCMA 4W7VA 2VO5A 2J47A 3TOPA 1M04A 2D1ZA 3AMKA 4MDOA 4CUCA 5CQ1A 4BQ3A 4F9DA 1HVXA 1VF8A 3W37A 2JF7A 1IZKA 1V02E 3AS3A 4HZ6A 2Y8KA 5D9PA 4UFJA 3VDCA 1JYVA 2W61A 1D7FA 2FHFA 3WFLA 2F61A 2CESA 1NOUA 2X2YA 4W85A 1CXIA 2GDUA 4TTGA 4HA1A 1W9BM 2CBIA 1C8QA 4HPHA 2YA0A 3L4YA 3VX0A 2ZWYA 3A6OA 3VIFA 2DGAA 4NF7A 3W28A 2NW0A 3VD7A 4MTVA 2X0YA 2CKRA 3O2LA 3VIHA 2WC4A 1KFWA 3EDFA 2D22A 4J27A 4E2OA 2XG9A 1H0IA 1TMQA 3AIRA 2ZUNA 2E9MA 5HOSA 4W89A 4LX4A 4J28A 1MW0A 3AZRA 2X1IA 1E6XM 2UWFA 1UWRA 3QGVA 2VOTA 2WBKA 1C91A 3GZAA 4CU6A 1KXVA 3GNPA 3WELA 4AISA 1WKYA 1QBBA 3AXHA 2DPEA 1R7OA 1X6LA 1JZ8A 1CGYA 5A6KA 3CUHA 2HVMA 3AJ7A 3BGAA 4LYRA 2FH6A 3W4RA 1WZAA 1S46A 1NWUA 1FA2A 3NCOA 3AXXA 3B9DA 2ZUVA 3W82A 4XX6A 5E70A 4U5IA 2OSYA 3ECQA 2PWDA 3T08A 1C8XA 1ECEA 1NWSA 1WPCA 4V27A 3N1AA 3N18A 3CLWA 4TX6A 1QNPA 3F5JA 4OBRA 3AIBA 2EO7A 2C8NA 5FCZA 1MW1A 1ODZA 2FGLA 1W9DM 4PMQA 4D6HA 1GOIA 2YBUA 3GH7A 3MV01 1E6RA 3N12A 3GBEA 1CGWA 1HJWA 3ARSA 3DC0A 1MQQA 4P8UA 4TOQA 3AFBA 4HMCA 1MQPA 3TONA 2VZSA 4CGTA 4ZE5A 3GXMA 5I24A 4MB5A 5E9AA 2XVGA 1GQJA 4D6FA 2D3NA 2BV9A 2EPNA 3PZTA 1ZB5A 3WQ6A 2PF0A 1BF2A 3UETA 3LPFA 1A47A 3SCWA 4H2CA 1BYBA 4N42A 2IXVA 3UG5A 2VZOA 3E1F1 3CZJA 4JKKA 1J12A 2GSJA 2DSWA 3WNLA 3VINA 1BGGA 1VFUA 3AROA 2O92A 1E5NA 2A3BA 2WMIB 3ARXA 1KXQA 1R87A 2ZX7A 3BCDA 2WHKA 1UQZA 4CD4A 3VGGA 1GUVA 4MAZA 3AOFA 4D1JA 3WBAA 2QPUA 4AZCA 2F2HA 4JHZA 1GJUA 1JYXA 1NOFA 1OWQA 3OLEA 3OLDA 2CPUA 1PJ9A 1E56A 5D4YA 2YOCA 3HMCA 1NWRA 1ZJBA 4C7FA 2BHUA 3CIVA 2BXZA 4U2YA 5A6BA 4GPNA 4MADA 1HF6A 1UD4A 1E3ZA 1UR1A 1TFVA 1NOWA 3RJYA 1CXKA 4Z2JA 4H41A 2D24A 3POCA 4AEFA 3CUFA 1PIFA 3AIQA 4MNJA 4K68A 3AHVA 3PZVA 1BQCA 2VCAA 1BPLB 3W27A 4LGXA 2VR5A 3OLIA 1E6SM 3PHAA 4JHOA 1E6NA 3FXYA 5I78A 1GPFA 1GOQA 3AIVA 4AEEA 5HNNA 1DWIM 4RL3A 3A4WA 3AMCA 1B0IA 2Y2WA 1C3FA 1E73M 1TG7A 5IHSA 1XD1A 2WSPA 1LL6A 1QI0A 3WD0A 2WHLA 4Y7EA 1CECA 1HJXA 1NARA 2WMGA 2J62A 2O9TA 1VFFA 4HOWA 2W67A 3T0BA 1G1YA 3VMOA 2G8ZA 4JFUA 1OD8A 1X6NA 1CIUA 1PX3A 4PN2A 5LA0A 4IISA 2V5DA 3DYMA 3CZLA 3M46A 2WWCA 4GO8A 1GNXA 4PTMA 5ABHA 1QOXA 5A2AA 5DFAA 5HPCA 1B9ZA 4XUYA 1OT1A 2DSUA 3AXIA 1JD7A 3WL1A 4B3LA 4UOZA 1UZ1A 1LG2A 1E43A 3ZR5A 1L0PA 4PMOA 3T2QA 1UA3A 3KL0A 3WUFA 4EANA 3J7HA 3K8MA 2WCGA 2WZIA 4MNLA 3W53A 3BAWA 4DUVA 5JIWA 3BLKA 1V3LA 1GONA 2QPSA 4J3VA 3RIKA 4DWSD 4M1RA 3VDAA 3WF2A 3AMGA 2WVUA 3RM4A 3SCSA 1WCGA 1V6UA 1E0XA 4BF7A 3PZMA 4MDPA 1DWFM 1QPKA 2J79A 1E9LA 1QHPA 2BY1A 4R5EA 2XIIA 3AHXA 4PMYA 4U3CA 2RGMA 4CD6A 3W6LA 3MMDA 2YBTA 3ARWA 2PBOA 3IAPA 5DT5A 3VX1A 4MJ2A 2O9OA 1GOMA 2ZICA 3ZJ6A 1JL8A 4Z2KA 3DHPA 3K1DA 3WDJA 1IT0A 1VEMA 3AIEA 3ARYA 1N82A 3NIYA 3OGRA 3AMLA 1J0YA 2EPOA 3WEMA 2EPMX 4PUEA 4D71A 4D1IA 2PWHA 3VOCA 3EDJA 1BG4A 1K9DA 1SR0A 1XH2A 2ZUTA 2WCSA 4ZEPA 1GHSA 2NT1A 3SEPA 3ZMRA 1I1WA 3WBEA 4HZ8A 4QLKA 2XGIA 5JBFA 1E40A 1W3JA 4F79A 4AIOA 2CKSA 1EH9A 5KEZA 4MAVA 4J3SA 3UESA 2D23A 1B90A 3WQVA 1QI2A 3VILA 2WNWA 4GQQA 4U2ZA 1JZ7A 3T0AA 2WKGA 2WYSA 4U3AA 4PMXA 3ZSSA 1JNDA 1NWTA 4GZEA 4WK9A 3ZQ9A 5GNYA 5CZKA 2ZUUA 2WVSA 4P7NA 3TP4A 1DHKA 5A3HA 3NDZA 2VJXA 3KZSA 3ALGA 2GVYA 5AY7A 1ZS2A 3KL3A 4JIEA 3W0KA 4E8CA 4E8DA 2E8YA 4PMZA 1B3XA 3MO4A 5E0CA 2TAAA 4CN4A 3SURA 2ZE0A 3CH9A 3CMGA 4W84A 3UG3A 1VAHA 3SCOA 4WJXA 2EJ1A 1KWGA 2YDRA 3GH5A 4QP0A 4WLCA 4H7VA 2QF8A 5HPOA 4ML4A 1FP9A 5HDRA 1KQYA 3WY1A 2JIEA 5A6LA 1W3KA 3WDQA 4CU7A 1WDPA 4W86A 3VO0A 1U2YA 2WCAA 4PBGA 4PRWA 2G4FA 2CBVA 2BY0A 4H8UA 3GXDA 1XGZA 2JEQA 3AYRA 2ESCA 1CNVA 4UOJA 3AIWA 4TUFA 2B31A 1JZ4A 1V3KA 3B9AA 1DWHM 4FLQA 3UG4A 1B3VA 1HXJA 4AYSA 3WMSA 2W92A 4W5UA 4QFUA 1RD6A 2BHYA 3WQ8A 1WDQA 2UY3A 2BVDA 3ARPA 3AHYA 1CZ1A 4JKLA 3MUAA 2ZX6A 3WENA 1ITXA 2ZXAA 3ARTA 1V3HA 3FY1A 3WD3A 4D6DA 2XWEA 3ARUA 5D9MA 1Q6CA 1JNEA 4HMDA 4M80A 1BYCA 2OSWA 3PZOA 1IV8A 1Q4NX 3F5LA 3W24A 3QOKA 1GOWA 2PI6A 5DMYA 3VKKA 1XH1A 4LQ1A 2ZUSA 4QLLA 1QBAA 4HPGA 5BRPA 3CZ8A 1OINA 1K6AA 2DEPA 1XV8A 3WF4A 1WAWA 3ZOAA 4CU8A 1R8LA 1WZLA 1W1TA 3M6DA 2CNCA 5BYWA 2GK1B 2CERA 1UKSA 3VUPA 4PEEA 2CIPA 1E15A 3LMYA 4FMVA 1CXLA 4NZCA 2BHZA 4MB4A 4CD7A 1E4IA 4PSRA 3KWXA 3BAYA 4AD1A 1B1YA 5IFPA 3VIIA 2VZUA 1JIBA 3T09A 1ISVA 1EIBA 1LLOA 4S3KA 2VX7A 2VRJA 2XTKA 3RDKA 3U5YA 4NSBA 4WKHA 2UY2A 4J3XA 5D8ZA 5E6ZA 4FLOA 3W29A 5I23A 4CCCA 1R7AA 1CENA 2ZWZA 5A6SA 4ZENA 3A3HA 1ISZA 2XPKA 5EFDA 2VTFA 4U33A 1JZ5A 2AAAA 5BRQA 3VIMA 5ABEA 5LYRA 1H2JA 3ZJ7A 4J3TA 4TVUA 4KH2A 3RMEA 4C7GA 2BVTA 3T0DA 2UY5A 3BXWA 1WDRA 3FAXA 1QW9A 2YA1A 3CUIA 2W62A 2PC8A 5M17A 2V3FA 2WVTA 3BSHA 2ZX8A 3NYDA 4B15A 3NSNA 4UZUA 4F66A 5IFTA 2YL8A 2OWWA 1XSIA 3L4VA 5CLWA 2GFTA 3BAKA 1DTUA 1I75A 3VU2A 4PTXA 2GJRA 2WANA 2XUCA 3GYCA 1C90A 2GJXB 1E1FA 1V6VA 3RM9A 2X09A 1JFXA 3VIOA 5HBFA 1J0ZA 3VM7A 4KRUA 1HP4A 4XZWA 3MMUA 1TVNA 1KGXA 3ZT6A 4H8VA 3L4UA 3PBGA 1U33A 1ISYA 2YDSA 5CXPA 2YLLA 2EEXA 4R27A 1JZ6A 4KGLA 2CYGA 3EDDA 1PAMA 1KCLA 2ZUWA 1B2YA 3VGEA 5A6JA 1QNOA 1ISWA 2D2OA 2YDQA 3SCRA 4GZIA 2YL5A 1LL4A 3GTNA 1UZ4A 2BY2A 1PZ3A 2J7BA 1BLIA 4UZSA 4AZHA 2VQUA 4X9YA 2E8ZA 2DT1A 5CSUA 1E55A 3VPLA 3N15A 1UWUA 2OYKA 3G6LA 1BVZA 5E09A 3ZR6A 4C91A 2XFYA 5BWFA 5A6AA 4AZ6A 1V6XA 2ZXBA 4WKFA 5GNZA 1HKKA 3MUIA 5GQBA 2VMFA 4RE2A 4AZGA 1PPIA 1QW8A 3WUGA 4Z2IA 4OBSA 1BSIA 4L4PA 1K9FA 5CG0A 1HJSA 4TX8A 4GO9A 3M7SA 2CITA 5TD4A 1JI2A 2E0PA 2CHOA 2VRKA 1CDGA 4UFHA 1FH7A 1HT6A 1L8NA 5BCAA 2CBJA 1J10A 2DH3A 3VTRA 4DWSC 4NRRA 2ZX9A 4ZFMA 3PZUA 1CYGA 3SCPA 1H11A 2XFFA 3OLGA 1ZBWA 3OGSA 1GOOA 1FOBA 2J4GA 3W6MA 1LL7A 1K9EA 1G0CA 1C7SA 1FFRA 4YHGA 4UFLA 4NRSA 1XHGA 1GQKA 5ABFA 4DM1A 1E5JA 2PWGA 3OBAA 4Z2LA 3AIUA 3ZT5A 3GXFA 1JYNA 1W32A 4UR9A 4M82A 1RP9A 2V3EA 2X8RA 3CUGA 2WMFA 4CN1A 5I6SA 2Y5EA 4LPCA 3WUBA 1YQ2A 3T2PA 3U7VA 1HVQA 1JXKA 4KRTA 1JDDA 1KGUA 3DECA 1US2A 1B31A 3UEQA 2NSXA 3CBWA 2XSBA 3ZO9A 4P7RA 2YLAA 2XIBA 2WC3A 2DT0A 4J3WA 4AD3A 4CN6A 4B3KA 1UD2A 1ITCA 4Z2HA 5FD0A 4ATWA 1C8YA 1UD5A 2XVLA 1H49A 1KBBA 3L4XA 2XGBA 4OUEA 6A3HA 2JE8A 4A3YA 4OOUA 1AMYA 1UR8A 1WO2A 2DT3A 3BMWA 1CXEA 1HL9A 3WSUA 4WSJA 1H41A 2VRQA 3WH9A 2DIEA 3AZTA 3WDPP 4GI9A 2J7GA 4D6CA 9CGTA 4AMCA 2FHCA 2WMHA 1M53A 1Q6GA 2Y24A 1E6PA 3MUY1 3WIJA 4GI6A 5A2BA 3EMQA 1VBRA 1WP6A 3A4AA 1QHZA 1EGZA 3CTTA 1D3CA 1PZ2A 2GK1A 2A3EA 2PWFA 4UCFA 2C7FA 3D5HA 1JF5A 1EXPA 3OG2A 4BZYA 1QI3A 1OIFA 1DWGM 3WNMA 3MV11 2J7EA 4EAMA 4UQEA 1J11A 1J9YA 3AHZA 3RJXA 1OGSA 1CXHA 1XSJA 3GBDA 3VVGA 3RILA 4JZ5A 3IK2A 4UTFA 4MJ4A 5E0FA 1H0GA 2CXGA 2C0HA 1EDQA 2CEQA 5CSYA 4F9JA 2VVNA 1H5VA 5CLTA 2WWDA 1UKPA 5JUVA 2J8FA 2XWDA 1QVBA 2CBUA 1H1NA 2WHMA 3GXIA 3CHCA 2EPLX 2W91A 1TUXA 1JDAA 2E40A 3N17A 2O9PA 2A3HA 2ZXDA 5A8OA 4PMRA 4HMEA 1KQZA 4TVDA 2D0GA 2XM1A 1J18A 2PWEA 4UQDA 1BFNA 3OZOA 2HISA 1C7TA 1CLXA 1UH4A 4MNKA 4OKDA 2WVVB 4ATLA 3BAXA 4HU8A 1B3YA 1VJSA 2G3MA 1E6ZA 1PIGA 3U57A 1H3GA 1EHNA 1AQ0A 3AS2A 1WB0A 3CZKA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4ZEN A;  4DBR A;  3AJX A;  3GXP A;  1ZFJ A;  1ZEE A;  3ZLF A;  3A3H A;  2XPK A;  4DV6 T;  5GVJ A;  3MAC A;  2VTF A;  5HXC A;  5HAT A;  3M44 A;  2KT9 A;  5ABE A;  3N29 A;  3ZN0 B;  1H2J A;  3NQC A;  4QAI A;  2FZM A;  4J3T A;  4KH2 A;  2BVT A;  2TYS A;  2UUC T;  2YA1 A;  3HQO A;  1RCO B;  1RV8 A;  5AVH A;  4G63 A;  1RAL A;  5U4N A;  1F3T A;  4B15 A;  3F57 A;  2WSY A;  2ZA2 A;  3W86 A;  3V7P A;  3NO1 A;  1XSI A;  3L4V A;  2GFT A;  1UZH A;  1EP3 A;  1DTU A;  3IIO A;  4JX4 A;  1P0E A;  1PS9 A;  4AC7 C;  2XUC A;  2VFI A;  4PFO A;  2DZS A;  4L9Z A;  1JFX A;  4UTM A;  1J0Z A;  1HP4 A;  3V1P A;  3AAE B;  4XZW A;  2JGQ A;  3R2G A;  5IBX A;  3MMU A;  2XN2 A;  1TVN A;  4O19 A;  5AYY A;  4DI8 A;  4XVE A;  4HZM A;  4UXN B;  4H8V A;  4HIB A;  4XZI A;  1U33 A;  1GOX A;  4IGH A;  2YLL A;  1KRC C;  5HAO A;  3HG5 A;  3UU5 A;  1V5X A;  1QNO A;  3MUX A;  4G1K A;  3GWQ A;  3SCR A;  3GD6 A;  3HPA A;  1MXS A;  2YL5 A;  1ZJI A;  3SEC A;  2M67 A;  5L3G B;  3GTN A;  1OFA A;  1YKH B;  1PZ3 A;  2J7B A;  3FYY A;  6REQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5ABEA

Total Genus

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