5ABFA

Structure of gh84 with ligand
Total Genus 237
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
237
sequence length
712
structure length
663
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISNNLPLQVKANRVLISVEIELDAIYPGENIQIGRLEISTDGKEWKTVDLKSAGLQKAPVKFVRFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 237
structure length 663
sequence length 712
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2015-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 5abfA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5abfA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5abfA01
5BCAA 1LL4A 3LPPA 4GQQA 3WH7A 1PPIA 3GTNA 4PMOA 4Q7NA 2JFEX 1ODUA 1V03A 4P7NA 1J0ZA 1M04A 1EQCA 5I5RA 3OGRA 3PZOA 3WH8A 1HVQA 4MJ4A 2VQUA 1E9LA 3WQ5A 3AHZA 1XH2A 5A6KA 1C93A 1PEZA 3AXIA 2BVTA 1C91A 1G94A 4QAWA 5A95A 3ARVA 4U2ZA 2D1ZA 1KGWA 2D22A 3BSHA 1W3HA 4ZENA 4GXPA 1B3XA 1B3VA 2ZWZA 2G8ZA 3IAQA 4J3UA 1K9FA 3VINA 3AQUA 1RP9A 4WIWA 3SUVA 2WNWA 1E4LA 3ZJ7A 3ZMRA 1M53A 1K9DA 3TTOA 2QLYA 3CLWA 4HP5A 2J4GA 3OLDA 2J7GA 4V27A 5C8BB 4YN5A 3WD4A 5M03A 1E6ZA 3RM9A 1E4MM 1JFHA 2D20A 1WDQA 4XZBA 2VRJA 4DUXA 2AMGA 4TUFA 5A8OA 1OCQA 2E4TA 2PC8A 1GOQA 3WUEA 2CEQA 1V08A 4HZ8A 3OZPA 3OIHA 3UETA 3SCNA 1R8LA 3HMCA 1UR9A 4U3AA 3RMEA 1DTUA 3CIVA 3TOPA 3K1DA 2UY4A 3VIMA 3WDIA 3N1AA 4X9YA 2WVVA 4CGTA 1MWOA 4GZJA 5CPQA 2OYLA 2FHFA 2ZXQA 1EHNA 1TVNA 3RDKA 2W63A 2BHYA 2XGBA 3WH9A 1KXTA 4K68A 3WFLA 2GK1B 2DT0A 3VGFA 3W53A 1SYTA 3N9KA 2E0PA 2VI0A 4W7UA 3SCRA 3MANA 4ACZA 1J0YA 2Z1SA 2D0GA 7A3HA 1KFWA 3CUJA 1WPCA 1XD1A 4J7RA 2GVYA 1R87A 1VRXA 1QVBA 3AMKA 1H0GA 2G4FA 4IPLA 3AMGA 1HP4A 1EIBA 2YLAA 3EYPA 4CU8A 2ZUSA 3E1F1 5ABFB 1GOOA 3AS3A 4HA3A 5EB8A 4WKHA 4BQ2A 1UR1A 4WSKA 2CKSA 4W8BA 1OIMA 1B3ZA 1H3GA 1DWFM 4JFSA 5BROA 4FMVA 2Y5EA 4DWSB 5IDIA 1GQJA 4DM1A 2WMIA 3S2CA 2VNCA 5AC5A 1JD7A 4CCDA 1NQ6A 4D6FA 1E43A 3K4AA 4CKQA 2VVNA 1R7AA 3W0KA 4NRRA 4D6DA 4GO9A 3U57A 1ISYA 1D3CA 4LPCA 2PI6A 4MB5A 1TCMA 5D9MA 4P7QA 5FL1A 1BPLB 4Z2LA 4EKJA 2WBKA 4AW7A 2VUYA 2C8NA 2Y24A 1BF2A 2XTKA 1Q6GA 1TUXA 3TTQA 4LXFA 4JFWA 1XCWA 5A69A 1QBAA 1EQPA 3II1A 2V38A 4H7VA 3VX1A 4UFLA 5IXEA 4MB4A 2CKRA 1BGAA 1WKYA 3SCWA 4BQ5A 1CBGA 1HF6A 4M80A 3AYRA 3T2OA 3VD4A 1VJZA 2RGLA 1JZ7A 4WF7A 1B2YA 1K9TA 1DWJM 2ZOXA 2J7BA 4U5KA 3WNPA 2YLLA 5D8ZA 5AYIA 3FHAA 1ISXA 5TD4A 1LLOA 5I2UA 5JBDA 1NOWA 1BG9A 3AYSA 3DYOA 3I3DA 3VIOA 4AIEA 2NT0A 3M07A 1JF6A 3BLKA 3SCQA 2OYKA 3LPOA 1C8QA 1F4AA 1JDCA 1GOIA 2HVMA 2Y4SA 2WZEA 1JNEA 1JF5A 3KWXA 4AEFA 2ZXBA 3PTKA 4MNLA 3M46A 2J8FA 4HMEA 1SMDA 1H5VA 5M3WA 1KWKA 2VX7A 5A6SA 3GH4A 5JIPA 1KCKA 1AVAA 4B9YA 4FLRA 1W3JA 1Q4NX 2ZX9A 2XPKA 4JCMA 3VD3A 1U33A 2J25A 2CXGA 2A3BA 3CGTA 3WH6A 4MAVA 1NWSA 4M82A 3F5KA 1JD9A 2BS9A 2PB1A 2VO5A 1GOWA 4L4OA 3BH4A 2GK1A 3PZNA 1JDAA 3F4VA 4J3VA 1LF1A 4V2XA 2O92A 2Y8KA 4HMCA 3UR7A 2YA0A 1TVPA 4Z2HA 1JZ8A 4W86A 1QHZA 2W67A 4OKDA 1PX8A 1A3HA 3CUIA 4UQDA 3PHAA 2WWCA 1CGXA 5ABFA 3OLEA 3WD0A 2X05A 1LWHA 3W6LA 3SCTA 1V6XA 1W1TA 4ZFMA 1X1NA 2J78A 3K4DA 1E0VA 2V5CA 4UOZA 1EO5A 1HKJA 2EEXA 3WEZA 2J7HA 3OA5A 1G5AA 2CYGA 3EDEA 4LX4A 1GUVA 4D72A 2E9MA 2FDMA 1PBGA 4H04A 4P8WA 4PMXA 3OLGA 1QI3A 2ESCA 3IAPA 3SCVA 6CGTA 1GHSA 2J62A 3OGVA 1BVNP 2OWXA 1V0KA 1HL9A 2VRKA 1UR8A 1OD0A 2XIBA 2ZX7A 3AS0A 1WZLA 3ZSSA 2PWDA 3VNYA 3CHEA 4B3KA 1E70M 4Z2IA 3WIJA 3NSNA 5I23A 1GOMA 1XYFA 3CUGA 3GZAA 5HXMA 4GIAA 1J0IA 3W26A 3EDDA 2C7FA 1KR0A 4PMZA 2VMFA 3KE0A 3CZ8A 1W9PA 1FHLA 1HJUA 1R7OA 3MV11 1TG7A 3DHUA 3DC0A 4CN6A 1R85A 3BAYA 3CMGA 2VQTA 1KQZA 4J3XA 2JIEA 1LL7A 3GNRA 3JUGA 3L4UA 3VUPA 3BMWA 4DWSC 3T08A 1XSJA 4KGLA 4WK9A 5EFFA 3FHQA 3PZQA 1E55A 1B9ZA 1TE1A 5GQBA 3VU2A 4UQAA 4RE2A 1B3WA 1C8XA 1V3KA 4AIUA 4WSJA 4AEEA 3WF0A 1CXEA 3BSGA 3HJEA 2CHOA 1UZ4A 3GXMA 4Z2JA 4WLCA 1ODZA 1UWSA 3WDHA 1AQMA 4JFUA 1UKTA 3ZT7A 4GINA 2AOSA 3POCA 4UTFA 3NSXA 4EE9A 1U2YA 3LPGA 2WSKA 4CD5A 2VZOA 2BY0A 1VFUA 1GW1A 3VNZA 1Z32X 3WQ4A 3A4XA 1W1YA 3DECA 3RM4A 3ZR6A 3QR3A 2X09A 3PTMA 3ARSA 4AD3A 1HT6A 3SUSA 3FAXA 3EMCA 1GVYA 5HDRA 4CVUA 2OSWA 5E09A 1DWHM 1KBKA 3SUUA 4W89A 3GYCA 3CZKA 4D1IA 5AYBA 1HX0A 1HN1A 3RIKA 3I3BA 3W37A 1NOUA 1US2A 5I79A 2YL6A 5DMYA 1ISWA 1IZJA 1XV8A 1EOMA 2X1IA 4W84A 2ZUUA 4C91A 1EA9C 2ZICA 2GSJA 4TOQA 3T0BA 2WLZA 3CHFA 3PZ9A 3MV01 2VR5A 4QP0A 3VDCA 2E9BA 1E3ZA 3L4VA 4PRWA 4LYQA 3ZM8A 2BVYA 4ZXOA 1HJQA 3S6TA 8CGTA 3F5JA 4PSRA 4TXEA 3UCQA 4HA1A 7TAAA 2VCBA 1JXJA 1UOKA 3CO4A 3HN3A 2EJ1A 3B8SA 1V0NA 3DHPA 5GNZA 4M81A 2WCSA 1V3IA 2BY2A 4JFTA 4OUEA 3NIYA 1MXGA 4JCLA 3AS2A 1CECA 4HPGA 1JI2A 2A3CA 5CPSA 1CNVA 3MMDA 4BA0A 4E2OA 3ZSTA 2O9OA 3FXYA 5I78A 1XGZA 2JALA 1VF8A 4WKFA 3ARUA 1VAHA 5I6SA 2CHNA 2J47A 4PSPA 4ZE5A 1OGGA 1FOBA 3L2LA 2E9LA 4KRTA 1KGXA 1QNQA 2BVDA 3MUY1 1W91A 2WKGA 3MSGA 1LG2A 4NF7A 4D6IA 4ZE4A 2YA2A 3DYPA 5BYWA 2GDVA 1G0CA 1QW9A 3N04A 4XUYA 3VIKA 2YA1A 2YDRA 3KL3A 1W3KA 1M03A 4W8AA 4GKLA 2JEQA 4GI9A 3QOKA 1PJ9A 2PWHA 3CPUA 4UNIA 1E56A 5I3DA 1HVXA 3AXXA 3UEQA 1BYBA 4J3SA 5FIPA 5ABGA 1EXPA 1QBBA 1V0LA 2NSXA 5DEZA 3SCUA 1EDGA 4X0NA 1GHRA 3AXHA 5DFAA 3G6MA 5EFDA 2G3IA 2E8YA 1QI0A 2GDUA 4M1RA 4MB3A 1KB3A 3K8KA 2NW0A 3T0DA 2WMHA 1ISVA 2WVSA 4P7LA 2EPMX 4RE4A 4L4PA 3AIRA 5BXSA 1W32A 1UH3A 2G41A 1OINA 4W88A 1CEOA 1JYNA 2XWEA 4NI3A 3L2MA 1U30A 1QNRA 3PZGA 1HJSA 1UA3A 1Q6CA 4YHGA 4AIOA 5A6BA 1OWQA 4M24A 2Y8VA 1XSIA 3SEPA 1E1FA 3O9NA 4H2CA 3AISA 2XSAA 2VVSA 4JHOA 4GQRA 1UWIA 2J7EA 3MO4A 3AOFA 5A6JA 2XM2A 2YDQA 4W93A 2O9PA 3PZVA 6TAAA 3L4WA 4PTMA 3BAIA 4PEEA 1UH2A 3A47A 1IV8A 1CIUA 1UKSA 2XVNA 1WDPA 1KXQA 2W62A 1UD4A 4HU0A 1K6AA 4WJXA 1UUQA 1GZJA 4KMQA 5CQ1A 2XGIA 5E0CA 1ITXA 4HZ6A 4N42A 5D8WA 4AD2A 2BFGA 3AFBA 3THDA 1VBRA 3CMJA 3THCA 3MUAA 1QNPA 1BTCA 4H41A 3WNOA 4X0VA 2JF6A 2GJXB 2FGLA 1ZJBA 2G3NA 1BLIA 1RPKA 3A4WA 4OBRA 4B9ZA 4DUWA 3RJXA 1G9HA 4BS0A 4M56A 1UD2A 2BXZA 4OIFA 4FLOA 4UQBA 2D3NA 1UKQA 3L4YA 3WNNA 3WBEA 1UD3A 1OSEA 4U31A 1JYVA 3M7SA 1GONA 3ALGA 3N18A 4AD4A 2EXOA 1JYXA 3K8MA 4PTWA 4UQEA 1SMAA 4HMDA 4AISA 4UFKA 4E8CA 2J7CA 3AIVA 1ITCA 4EAMA 2YKKA 1D2KA 1NWRA 4PCSA 4HPHA 2HISA 2D24A 3SCPA 4NZCA 3AIUA 5BXPA 2VX6A 3WFZA 2JE8A 4CD6A 3NDZA 2DSZA 1W9DM 3RM8A 4GPNA 4UZSA 5E0FA 2WANA 3WDRA 3CZJA 2QV4A 3OLIA 1EHAA 2XVKA 3ZJ6A 3WQWA 5E70A 3EMZA 1WO2A 4BQ3A 3EDJA 5JBFA 3W38A 2DGAA 3AMDA 1DWIM 4IM4A 3N17A 4W7WA 2PBGA 3NUKA 2W61A 2OYMA 3VMPA 5FOOA 4E8DA 5FD0A 2CPUA 1UYQA 3WMSA 1BGGA 3VGBA 3WD1A 1NARA 3VIFA 1QHPA 1WNOA 4PN2A 1V3LA 2W4XA 2ZXDA 2DSWA 1FH9A 1JG9A 1JAKA 3T0AA 2JIWA 1N82A 3MMWA 5A3HA 1SR0A 2BXYA 2OWCA 4B3LA 1OM0A 5DT5A 4MNJA 3DYMA 1V3JA 2ZX6A 5CLWA 2ZWYA 3AS1A 2WM0A 1J0KA 1BG4A 1W9UA 4LYPA 5LA1A 1PAMA 4P7RA 4XV0A 4JAWA 1JYWA 1BYDA 5A2BA 4C90A 4HOWA 1CGUA 2V5DA 1MW1A 4PMYA 2IXUA 3WBAA 1H1NA 3B9EA 3B9DA 3CZGA 4GI6A 1DWGM 1FFQA 5AY7A 5C70A 1EDQA 3U7VA 4GO8A 3A4AA 5A2CA 3AZRA 2WC3A 3T2PA 4JKMA 4Z2GA 4LGXA 1E5NA 1E4NA 1WDRA 1H11A 4ATWA 3AHTA 1XCXA 4PTXA 3QGVA 1J9YA 2DSUA 2X8RA 4H8VA 2GFTA 1QNOA 3VIIA 2XUCA 1X6LA 3GH7A 4LYRA 3VKKA 1W9BM 2FHBA 1MFUA 3VM5A 1CDGA 4AC1X 4YPJA 3ZR5A 4A4AA 1PZ3A 4J27A 1E72M 1H09A 2YJQA 1GJWA 1GPFA 5A6AA 3D3AA 3AHXA 2PF0A 3AIQA 4W85A 1CGYA 5D9PA 2E40A 2WSPA 3U5UA 1W2VA 4AZIA 2TAAA 1ECEA 3PZTA 1MQPA 1JZ2A 4JIEA 3GXFA 4B15A 4U3CA 3VPLA 2DSVA 3WUBA 1WZKA 4JKKA 2OSYA 1V3MA 1DEDA 3SUWA 4FLQA 3UG4A 1H41A 2GJXA 5I0DA 5CJ5A 2DT2A 4DWSA 4CCEA 3VILA 2NT1A 1E15A 5BXTA 5FL0A 2XFYA 3AMCA 4AZBA 3K46A 1PZ2A 5BXRA 1E6XM 3ZJ8A 3ARZA 1UQZA 3VIPA 1I75A 1GQLA 1UWTA 4PMUA 5E6YA 5IHRA 1R86A 4KH2A 4U2YA 2J75A 1CLVA 1UR0A 1HJWA 4DM2A 2D3LA 3UG3A 1C8YA 1GQIA 1HKIA 2VX5A 2Q8XA 3ARPA 4HA4A 3WEMA 3D5HA 2WHJA 4WKAA 4EANA 1CXKA 2YL5A 1LJYA 2A3HA 1HJVA 4CU7A 3OG2A 1A47A 4J28A 2ZXAA 4PMVA 2VURA 2WWDA 3KZSA 4URIA 4MNKA 1PX3A 1G1YA 4KGJA 3ZIZA 1W3LA 5GNXA 4YHEA 1UR4A 3ALFA 1VFFA 3VDHA 1ZJAA 1JFXA 1KGUA 3POHA 2E3ZA 3GBDA 2WPGA 1X6NA 1K9EA 2XSBA 1O6IA 4B16A 2FH8A 2W91A 2ZX8A 4E4PA 4RE3A 1LG1A 1P6WA 2PWEA 3PZMA 3IANA 2WW5A 2XG9A 3AJ7A 2EPLX 3ZOAA 4UFJA 5CPTA 5CGMA 5IFTA 2XWDA 1C92A 2J7DA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 5BCA A;  1LL4 A;  3LPP A;  4GQQ A;  3WH7 A;  1PPI A;  3GTN A;  4PMO A;  4Q7N A;  2JFE X;  1ODU A;  1V03 A;  4P7N A;  1J0Z A;  1M04 A;  1EQC A;  5I5R A;  3OGR A;  3PZO A;  3WH8 A;  1HVQ A;  4MJ4 A;  2VQU A;  1E9L A;  3WQ5 A;  3AHZ A;  1XH2 A;  5A6K A;  1C93 A;  1PEZ A;  3AXI A;  2BVT A;  1C91 A;  1G94 A;  4QAW A;  5A95 A;  3ARV A;  4U2Z A;  2D1Z A;  1KGW A;  2D22 A;  3BSH A;  1W3H A;  4ZEN A;  4GXP A;  1B3X A;  1B3V A;  2ZWZ A;  2G8Z A;  3IAQ A;  4J3U A;  1K9F A;  3VIN A;  3AQU A;  1RP9 A;  4WIW A;  3SUV A;  2WNW A;  1E4L A;  3ZJ7 A;  3ZMR A;  1M53 A;  1K9D A;  3TTO A;  2QLY A;  3CLW A;  4HP5 A;  2J4G A;  3OLD A;  2J7G A;  4V27 A;  5C8B B;  4YN5 A;  3WD4 A;  5M03 A;  1E6Z A;  3RM9 A;  1E4M M;  1JFH A;  2D20 A;  1WDQ A;  4XZB A;  2VRJ A;  4DUX A;  2AMG A;  4TUF A;  5A8O A;  1OCQ A;  2E4T A;  2PC8 A;  1GOQ A;  3WUE A;  2CEQ A;  1V08 A;  4HZ8 A;  3OZP A;  3OIH A;  3UET A;  3SCN A;  1R8L A;  3HMC A;  1UR9 A;  4U3A A;  3RME A;  1DTU A;  3CIV A;  3TOP A;  3K1D A;  2UY4 A;  3VIM A;  3WDI A;  3N1A A; 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