5ABF | Genus

Total Genus 240

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	240
sequence length	713
structure length	651
Chain Sequence	QVSLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISVEIELDAIYPGENIQINRLEISLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors. pubmed doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides thetaiotaomicron
molecule keywords	O-GLCNACASE BT_4395
total genus	240
structure length	651
sequence length	713
ec nomenclature	ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date	2015-08-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
B	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
B	PF07555	NAGidase	beta-N-acetylglucosaminidase
B	PF18344	CBM32	Carbohydrate binding module family 32

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.20.58.460	Mainly Alpha	Up-down Bundle	Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1	Hyaluronidase post-catalytic domain-like	5abfB03
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	5abfB02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	5abfB01

4PMOA 2W91A 3N12A 3ALFA 1HKIA 1ISXA 1WKYA 2D3LA 2F61A 2PB1A 2A3HA 5A6BA 1E6ZA 2VRKA 4IUGA 4UZUA 5BCAA 4MNMA 1MWOA 4KWUA 2BVDA 1O6IA 1UR8A 3RMEA 4PCSA 1HJSA 1E15A 3NSXA 3SIMA 2CERA 1V6WA 1KBKA 1WDQA 2HISA 4GIAA 4WIWA 4OUEA 2DGAA 1FFQA 3VGDA 4PTXA 5A8OA 3VD4A 3U7BA 3S2CA 3EDEA 3CZLA 1LG2A 1D7FA 1JD7A 2WMHA 1C7TA 3K8LA 5A8QA 1NOUA 3KZSA 4PMYA 1J0ZA 3W0KA 4MDPA 1E3ZA 2WWCA 1WE5A 4PMDA 4P7QA 1VRXA 4H2CA 4KRUA 1J10A 2JE8A 4WK9A 4D6EA 2QF8A 1WP6A 3F5LA 5A6AA 1K9FA 3AIRA 3OLDA 3S6TA 4ZEPA 3AISA 3BGAA 3WDRA 3I3BA 3WQVA 4AYSA 5I24A 4OJYA 3FAWA 3IAQA 4AIOA 1OT2A 3CZGA 2EQDA 2BXZA 1V6UA 4P7LA 2J8GA 2XVNA 2PWFA 3HJEA 4UQ9A 4UR9A 4AD0A 2BVYA 2GK1B 2YLLA 4QP0A 3CUFA 3GNPA 1W1TA 4UZSA 1VFMA 1UYQA 3NUKA 5A94A 1BYAA 4ZFMA 1HJXA 2DIEA 3J7HA 3T0BA 2J47A 2V3EA 2EPLX 2W61A 1B0IA 1EXPA 4HZ7A 2NT1A 2FH8A 2WZIA 1OIMA 4FLRA 2CITA 1MW3A 3M46A 3ZT6A 1JG9A 3UESA 1LQ0A 4J28A 1UKOA 4F8XA 3AFBA 3AI0A 2Y24A 4D1JA 1B2YA 2J7GA 1GOIA 4DUWA 4BS0A 4JHOA 3ARUA 8A3HA 1QHZA 3MU7A 4D6HA 3VX0A 2RGLA 2CETA 3A47A 3UG3A 2BHZA 4M81A 2XGBA 2PC8A 2CHOA 5A8MA 2OYLA 3IANA 3PZTA 5A6LA 4EANA 5HPCA 4URIA 4D71A 2DEPA 1BYDA 2OSYA 2FH6A 3GXDA 5ECUA 1VF8A 5A2CA 4F9DA 2YL6A 3EYPA 3SURA 1QNOA 3VD7A 2XHYA 4JKKA 2MANA 1UWUA 1ZJAA 1M04A 3ALGA 4C7FA 1QBAA 5I6SA 1ZS2A 1F4AA 2ZUSA 1B3VA 3CIVA 4Z2LA 1QI2A 3WDJA 2ZIDA 5CG0A 4DWSD 4AY1A 4U33A 5IDIA 3TP4A 1H11A 2PWEA 1PX3A 3TA9A 4LX4A 4MB4A 5HNNA 4WKFA 5AY7A 3FNDA 4BA0A 3W38A 5EBAA 5ABHA 4UFMA 3W27A 1LG1A 1WB0A 4U3CA 3W6LA 2WMIA 4JAWA 2TAAA 3CO4A 3VU2A 4EE9A 2WC7A 4Z2HA 1U33A 3AMKA 5FL1A 2VCCA 4BCEA 1KFWA 3CMJA 1Z32X 2DH2A 4PUDA 1JAKA 1C3FA 2W62A 4TUFA 2JEQA 1B1YA 1AQMA 5I0DA 2GJXB 2O9RA 1B3XA 1QNQA 4JFWA 7CGTA 3KE0A 1DWAM 4HA3A 1V3HA 1H4PA 4GZEA 1L8NA 3WDQA 3VGEA 3ZSTA 2XM2A 4W5UA 2VX4A 1K9DA 9CGTA 5BXRA 1NWTA 3WH8A 1WAWA 1BTCA 3VIMA 3WEOA 4A3HA 4GI8A 1BLIA 4IM4A 5D9NA 1W9PA 2DQXA 2JALA 2EPNA 4C91A 3GZAA 4BQ4A 1W9VA 1TE1A 4Z2IA 4LYRA 3THDA 1E71M 1CXEA 1E55A 2ZX6A 2XM1A 1E4NA 3ZJ7A 1DP0A 2YIHA 3GBDA 1J0IA 5GNXA 2UY2A 1FP8A 1FA2A 2VVSA 4Q7NA 3L4ZA 2J7HA 3FAXA 3AIBA 4PN2A 1OGSA 4HMDA 3AHVA 5LYRA 1KWKA 2JFEX 2PWHA 4RE3A 2WC3A 3D5HA 4D6FA 3FHAA 4KMQA 4JCMA 1NOFA 1E4LA 5A8NA 4M56A 1KGUA 3B9EA 1E72M 1U2YA 2VMFA 1E0WA 2J7BA 2GK1A 2YA1A 2NT0A 1TFVA 1V3MA 2AAAA 4CD8A 1MVYA 3AICA 1EH9A 4CVWA 3WF1A 1KGXA 1UR2A 1B31A 1OINA 1UKSA 4M1RA 1E6SM 1EOMA 4CD7A 2VZVA 1HIZA 5GPRA 2IUZA 2CYGA 1UG6A 2WCSA 4AZHA 3MO4A 4WSKA 3T2PA 1XD0A 4TX8A 3W4RA 2GJRA 5CGTA 2X0YA 2BY1A 1JZ3A 2YLAA 2ZX5A 2J62A 3CHCA 2X0HA 2XYLA 4KRTA 1PEZA 1W1PA 2FHFA 2Z1KA 4NSBA 2EPOA 1UKTA 3WUFA 1HT6A 1E6XM 3VVGA 3WY1A 1OM0A 1R85A 1XSKA 3RM9A 3WNLA 1Q6FA 3RJYA 1U30A 4U5IA 3AXXA 1DWGM 4M82A 3WMBA 2UY4A 3ARQA 1KWGA 4UOQA 1I1XA 4UTFA 2XVPA 3AOFA 1VIWA 3LPFA 1BF2A 4W85A 1V08A 3M7SA 5FIPA 1UZ4A 1VENA 2GJPA 2BS9A 1LL4A 4W93A 3I3DA 1UH2A 5D4YA 4MJ2A 2OWXA 5BXPA 1FP9A 3AMDA 4M80A 2XVGA 1UQYA 3AROA 2DSZA 2G4FA 5BRPA 2V38A 1UKQA 2E0PA 1CGWA 3SCOA 2WNWA 3HU7A 1OCQA 3WN6A 5IXEA 3VD3A 3VIOA 4NF7A 3BAYA 5I5RA 2QLYA 1UOKA 5A6KA 3ZM8A 3IK2A 3LPGA 3WF4A 1CXFA 5GNYA 1US3A 4GZIA 4U3AA 3ARYA 3RPMA 4HTYA 3DYPA 1GQLA 5D9MA 4JZ5A 5CLWA 3ZJKA 1V6YA 2VTFA 3F5KA 1UD5A 5E70A 5JIWA 2C0HA 1G1YA 1H49A 1UH4A 2Z1SA 1XYFA 2WMKA 2WXDM 4B9ZA 4ATDA 4NRSA 1DWFM 4CCCA 3U5UA 4JKMA 3VM5A 5C8BB 3CUJA 3T0AA 4U2ZA 3QOKA 4BZYA 1GHSA 1TVPA 5DMYA 1CXLA 5EFFA 2EJ1A 2GDUA 4D6DA 4JL1A 4V27A 1EHAA 3CLWA 3AS0A 3L4TA 1VJSA 3BXWA 4CU7A 3A3HA 4YN5A 3AZRA 4PCTA 1JI2A 2DSWA 2WVVB 2XTKA 2W92A 4P8UA 4W7VA 1X6NA 3BCFA 1KR0A 4CU6A 2EXOA 3THCA 3WF2A 3PN8A 4QCFA 2YDRA 1J12A 4JIEA 3AQUA 4X0VA 3W26A 4C7DA 2E9BA 1LWHA 4CGTA 4TVDA 3EMCA 4HOZA 4V28A 1CECA 4A4AA 1BFNA 5IFPA 1JDCA 4F66A 1Q6CA 4JFVA 3FY1A 3WD1A 2BY2A 3O2LA 3AHXA 1ZL1A 3W25A 2X1IA 2O9TA 2VL4A 3SUUA 3PZNA 1OSEA 2E8ZA 4MJ4A 3L4VA 3W6MA 2WK2A 5D9PA 4M24A 2YL9A 5FCZA 4W8LA 3WH6A 2PF0A 4U31A 1GOQA 2HVMA 2XPKA 3QR3A 1QW9A 1V3IA 4TTGA 2DH3A 3LPPA 2VR4A 1E5NA 1CZ1A 1JF6A 2YA0A 3N13A 4S3KA 3WUEA 4AZIA 2XFFA 1CPUA 2Y2WA 1ZBVA 3VGBA 1BHGA 4H04A 1D2KA 3BAWA 2J7CA 1C8XA 2GFTA 4W8BA 4XZWA 4DM2A 2DT2A 3AHYA 3ECQA 4MB5A 2CIPA 2WZEA 4P8XA 2EPKX 5AYIA 2E4TA 2UWFA 3APGA 4MNJA 1ISYA 2VX7A 2XVLA 4FMVA 1UR9A 2GVYA 2G3MA 4N0RA 1ZBCA 3N18A 4WJXA 4PYSA 1UWSA 3GH7A 1HKJA 5A6BD 1Q6DA 4NRRA 1DWJM 3ARPA 1CENA 1V3JA 4MNLA 3ARSA 1XH2A 4ZE5A 1W9DM 2VX6A 2DT3A 3AXHA 1GOKA 4OBSA 1K9TA 3UCQA 4CKQA 3WNKA 1E56A 2D24A 3PZMA 4Z2KA 3EDDA 1VFUA 1ISVA 4AD2A 1PX4A 1GORA 3LPOA 2AOSA 5IHSA 3PTQA 1OT1A 4CD6A 2WANA 1US2A 4MNKA 2WBGA 4B15A 2WC4A 2BXYA 3VOCA 3QHMA 1JYXA 5BRQA 3RCNA 3PBGA 1JYNA 5KZ6A 4KGLA 4IPLA 3W24A 4W8AA 2XFRA 2WVTA 2ZX8A 2WKGA 3UR7A 4H8VA 1TA3A 1WDPA 1H3GA 4PEEA 5DT7A 3EMQA 3AMLA 1GOMA 4QDMA 2CNCA 3WEZA 3VD9A 3BC9A 1OIFA 3K4AA 4FLSA 3WH9A 4GI6A 3ZJ8A 1X6LA 2PWGA 2WW5A 4PBGA 3VIFA 3PHAA 1R87A 3W29A 4YHGA 3IJ7A 1SMDA 1B3WA 3AZTA 5JIPA 4AZ5A 3WDIA 3VDHA 4EK7A 4TTUA 1DTUA 4H8UA 4ZXLA 2J7DA 3NIYA 1OWQA 1DWHM 1FHLA 4JFUA 2RGMA 3MV11 3WQ4A 4J3SA 3AIQA 4HOWA 1VBUA 2C7FA 4EKJA 3DHUA 1XH0A 2A3EA 1HP4A 2XJ7A 1EQCA 4RL3A 4LPCA 1M7XA 3QHOA 1TZ7A 1NWRA 1Y7VA 4OZOA 1OGBA 3ZO9A 1EDGA 2CEQA 2OYKA 1HXJA 1PBGA 1F4HA 4PMNA 4J3WA 2VC9A 1XH1A 2WKLA 1LL7A 3GBEA 1C8YA 2VRJA 3NJ3A 1H2JA 1ITXA 1JZ4A 1HL8A 3AXIA 3WNOA 2DSVA 4HA4A 1UWRA 4H41A 1RPKA 2WHMA 4TX6A 3AS1A 1B30A 1ZBKA 1PIGA 2YBUA 4PMUA 4P7OA 4CD5A 1UD4A 3WQ5A 3PTMA 2DPEA 5CZKA 3RILA 1GW1A 1XSIA 1Q4NX 1V03A 2WLZA 4ACZA 1I75A 2G3JA 2EEXA 1QOXA 5AC4A 2WVVA 4WSJA 4PMXA 1K6AA 2Y8KA 3L4YA 5GQBA 4MB1A 1MQPA 2F2HA 1GPFA 1GVIA 1LF1A 4GZJA 3VTRA 1OD0A 4C90A 3GNRA 4A3YA 4AW7A 5DT5A 5BYWA 3OLEA 3UR8A 5LA2A 4CCEA 1GZJA 2W66A 2VR5A 3DECA 3RIKA 2V3GA 2XVKA 2WCGA 2CHNA 1EHNA 5TD4A 3E1F1 1TG7A 4HPHA 5M17A 3QOMA 1W2PA 1PX8A 1V3KA 3U5YA 4UFKA 5CPQA 3VDBA 3WD4A 1W1VA 3ZJ6A 4XUYA 1B3YA 1CEOA 4D6JA 3MKKA 1QVBA 2Y4SA 1QI3A 2NSXA 3PZGA 1Q6GA 4E8DA 3MS8A 1Q6EA 1E9LA 1CGYA 4IISA 2J78A 2VRQA 3K1DA 1GQIA 1XGZA 1HL9A 2J7EA 1WZAA 1W9UA 3B9AA 1WCGA 1UWTA 5EFDA 4Z2JA 1E70M 1UD8A 1HJQA 3ARZA 2OSXA 2D0FA 1AQHA 4J3VA 2PI6A 2QMKA 3T2QA 5I77A 5HBFA 4ZE4A 5D9OA 3MUY1 3VX1A 3DYMA 3IAPA 3CMGA 1J0JA 3PZQA 1CXIA 2YKKA 4UQBA 3PTKA 1SYTA 3BMWA 3ZMRA 3T2OA 5JUVA 1XSJA 1V6VA 2WAGA 3A6OA 3NDZA 3VINA 1W1YA 2QV4A 3CUIA 1E43A 1QHOA 4PMZA 2X8RA 1KGWA 3B9DA 1C93A 3NSMA 1PZ2A 1NWSA 1HX0A 1CGUA 4AIUA 3O6AA 1KR1A 4Y7EA 3VIGA 2XWEA 3BLKA 2VNCA 1GNXA 5DFAA 5KEZA 2D23A 4ATWA 5C70A 3WDHA 1EO5A 3NCOA 4MADA 1BG4A 3PZVA 1W2VA 3WD2A 4D6CA 4D6IA 2WMJA 2OWWA 2DT0A 3WL0A 4UFHA 3EBVA 4HP5A 4LGXA 2BHUA 5BXTA 2ZXAA 1HVQA 1TCMA 5CPSA 8CGTA 5CGMA 1W3LA 4E8CA 4P8VA 2WMFA 3ARWA 1HP5A 2DSKA 3L2MA 1BGGA 4W5ZA 2XWDA 3VM7A 3GXMA 2WM0A 4PTMA 4TOQA 4F79A 3SUTA 2ZWYA 3M6DA 1E4IA 1GHRA 5CLTA 1BYCA 3MSGA 4XV0A 4D72A 5HPOA 1RP9A 2WZHA 2F8QA 4D1IA 3GH4A 1EQPA 4W84A 1WZKA 2ZUTA 4W86A 3CGTA 1AVAA 1CLVA 2EPMX 1TA3B 4ZXOA 1E1EA 3OLGA 1AMYA 3G6LA 4C7GA 1LJYA 3UETA 4TXEA 2GSJA 1XRVA 3SCRA 1C90A 4IPNB 4BQ5A 4PSRA 1QI4A 3CUGA 7A3HA 4AZ6A 2ZUNA 1JDDA 4OBRA 3DYOA 4EAMA 3TTQA 3NYDA 2CBVA 3CZEA 2O9PA 1CXHA 3SUSA 5C71A 2ZUMA 5CXPA 3CBWA 1V3LA 1MW2A 1W3KA 4B3KA 2X09A 3FW6A 4MTVA 1RP8A 2NW0A 3TOPA 1J0YA 4AZBA 1A47A 2EBNA 1HJVA 5CSUA 1R8LA 1UR0A 1HF6A 4AC1X 1B9ZA 4AZ7A 1TMQA 4QLJA 3OLIA 1MFVA 3MANA 2E8YA 4M8UA 5A2BA 3AIVA 4KH2A 3SUVA 3WENA 4CD4A 3KEHA 3BSHA 3WQ8A 3UEQA 5JBEA 1UD2A 1CIUA 2DSUA 5DEZA 3QHNA 4UOJA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3ZMT B;  3UZW A;  2XIQ A;  3C2R A;  2CHO A;  2PTZ A;  1IWA A;  5A6L A;  2NXI A;  5HPC A;  1U1U A;  1BYD A;  2OSY A;  4GXW A;  4LCQ A;  4ERA A;  2FH6 A;  3GXD A;  4RLI A;  4PAG A;  4O13 A;  4PRT A;  4DUO A;  1ME7 A;  3W73 A;  4ZOD A;  5AHN A;  2QCG A;  4GYF A;  3TU9 A;  1Y0E A;  2E6Y A;  2XHY A;  1UWU A;  1M04 A;  3GHU A;  4LNY A;  3CQI A;  3LLD A;  3MZN A;  3LTP A;  4RNF A;  3GIQ A;  4KUM B;  4HU3 A;  2GVE A;  3EAU A;  3GD6 A;  3SFE A;  3RYF E;  5KXJ A;  3WDJ A;  5CG0 A;  4YTP A;  2ODV A;  2RJG A;  4M1P A;  1XIE A;  3GVV A;  4J40 A;  1PX3 A;  1B57 A;  1M3U A;  3TOY A;  4IDQ A;  3P61 A;  4WKF A;  4JQA A;  1MO0 A;  3KDN A;  2N1G A;  1Z44 A;  1ZY9 A;  2BBH A;  1LG1 A;  1XYL A;  4IZG A;  2N9D A;  4AQF C;  3VNI A;  4LU0 A;  3SN0 A;  2R91 A;  3CO4 A;  3VU2 A;  2H8X A;  4IFK A;  1LBM A;  3BK0 A;  5K9D A;  2BOD X;  3TNB A;  1EYW A;  5E0O A;  3MP4 A;  1RVG A;  2ALR A;  4PUD A;  1JAK A;  3VKC A;  4TUF A;  3BLD A;  5L3E B;  2YU1 A;  2OOD A;  4JIH A;  3LCI A;  1PL9 A;  3L67 A;  4CEX C;  3UPB A;  7REQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5ABFB

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