5ABGA

Structure of gh84 with ligand
Total Genus 239
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
239
sequence length
712
structure length
663
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISIKNLPLQVKANRVLISPVEIELDAIYPGENIQINEISTDGKEWKLSAGLQKAPVKFVRFLRQFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title A Convenient Approach to Stereoisomeric Iminocyclitols: Generation of Potent Brain-Permeable Oga Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 239
structure length 663
sequence length 712
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2015-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 5abgA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5abgA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5abgA01
1ZBKA 3WH8A 1HP5A 4HA3A 3ZQ9A 3ARZA 4PMNA 2V38A 4W87A 4WKAA 4HTYA 1H1NA 1W9VA 3BAYA 1OINA 2VC9A 4JAWA 1D2KA 1NP2A 3MUIA 3EYPA 1UKSA 2WMIA 4OBRA 2CBVA 5TD4A 4S3KA 1TFVA 5ABGA 4PUDA 3SUUA 2Z1KA 4IPNB 1C7TA 3VM7A 4W84A 1K9EA 1HL8A 1XCWA 3WUGA 2XGBA 4FLQA 3TTSA 2WHMA 4ML4A 1Q6GA 4E8DA 5M3WA 3RM8A 2JIEA 5ABFB 3SCWA 1PIFA 1GJUA 1J18A 1JAKA 2GJXA 3VU2A 3T08A 2DEPA 2RGMA 3CZ8A 4NI3A 1I75A 1QI3A 1WPCA 3SIMA 4CUCA 3WF1A 4LX4A 1J0IA 4PSPA 1KQYA 2ZXAA 1J11A 2CCRA 3AXIA 2YBUA 1J12A 4MADA 3VX1A 1KCLA 3T2PA 3W4RA 1KGWA 1OWQA 2QMJA 2XVNA 1BLIA 3SCSA 3WQ4A 1XCXA 2GK1A 2VR5A 1K6AA 4HA1A 4EE9A 1E5JA 3WN6A 2WMIB 4GINA 4AZCA 2ZWZA 2WCSA 2YBTA 3VIJA 1KBBA 5FD0A 4D6EA 4D6IA 3PTKA 3OA5A 4J7RA 1XH2A 5A8OA 5IHSA 2JEPA 1JYVA 1XHGA 5C70A 2JF6A 3AXHA 5CPSA 1CDGA 3AROA 3MS8A 5A6AA 4EANA 3U57A 1WDRA 3GTNA 2XTKA 1E40A 4ZXLA 1FHLA 5BYWA 1CXEA 4HOWA 4PTWA 3VO0A 1B2YA 2VX4A 4ZFMA 4D6JA 2GJXB 1JZ2A 4GPNA 5CJ5A 4C7GA 1UWQA 3WENA 1V3LA 1U33A 4JZ5A 5D9PA 1W1YA 3VIGA 1YHTA 1EO5A 4NSBA 5HPOA 2EPLX 1NOWA 2WM0A 1BYAA 3N17A 3PZQA 4PTVA 2VCCA 3PZOA 4Q7NA 4AZIA 2ZXBA 5FCZA 4CGTA 3N9KA 3WDRA 1CLVA 3EDKA 2GK1B 2X0HA 1TR1A 4MDPA 1E55A 2DDXA 3VGDA 2XGIA 4W93A 4PYSA 2WLZA 4JFVA 2HISA 3GBDA 3VIPA 1H09A 2VURA 3CBWA 4W8BA 3PN8A 4P8WA 1HN1A 1GVYA 2V3GA 5DMYA 4NF7A 2VT0A 3FHQA 4QP0A 1J01A 2GUYA 3ARTA 3A4XA 1CGYA 2G3MA 5LA0A 1NOUA 3AMDA 2J7DA 1GOKA 1W1VA 4DUXA 3TOPA 1V0KA 3B9EA 3AOFA 3OBAA 1JZ6A 1ISWA 1JNDA 6TAAA 3VILA 4U2ZA 1GQJA 4UFJA 1CXHA 4FLSA 1W9XA 3II1A 1FP9A 4PBGA 1WCGA 2V3DA 4XV0A 1CZ1A 1OIFA 2QF8A 2DGAA 4TOQA 1GHSA 2VZTA 1V0NA 1XYZA 1JGIA 2ZUUA 3K1DA 4E2OA 1V0LA 4MNLA 1BYDA 2WCAA 4UFHA 3CO4A 4URIA 3WD0A 4D6GA 2CETA 2XFFA 2G8ZA 3GXMA 1CTNA 4QLKA 3ZT5A 5A8PA 4JIEA 1EOMA 3IJ7A 2YA1A 1OT1A 1GJWA 5ECUA 1ODZA 1UUQA 1K9FA 3BGAA 3UG5A 1BVNP 3L2LA 1B30A 1GQIA 1R7OA 1V6YA 2YL8A 3CUIA 1GW1A 1QHZA 1TVPA 4WK9A 1AQ0A 3K4DA 1JD7A 4K68A 4Z2GA 3BAXA 1I1WA 3KL5A 2CBJA 4D6CA 4HA4A 5D4YA 3NDYA 5BXTA 3QOKA 1GOMA 4P8XA 2D1ZA 4B9YA 1W1TA 5GNXA 3VUPA 3UG3A 2WVSA 2NSXA 1OB0A 1VEMA 3GXDA 1PJ9A 2J7EA 1FH7A 3QR3A 2XG9A 1BYCA 1ZJAA 2WMHA 2WWDA 2Y5EA 3ZIZA 3L4YA 3PTMA 4QLJA 2AAAA 3VNZA 4JFSA 3GYCA 2DT2A 1J0KA 1HT6A 1VBUA 3BSGA 4BQ3A 4MAVA 1G9HA 2QMKA 3LPGA 1R87A 1GORA 3WUEA 3L2MA 1FP8A 2YA0A 1LQ0A 4QCFA 2XM2A 1TE1A 5E0CA 5JBEA 7TAAA 2BVYA 3F5KA 4B3KA 3O6AA 1AQHA 2YDRA 4AYSA 3AZTA 1J0YA 4UQBA 4LYQA 2BXYA 3L4VA 4D6HA 1HJXA 3QGVA 3W0KA 1RD6A 4TVCA 4B16A 1V6WA 3MO4A 3NCOA 4BQ2A 4M29A 4RE2A 3ARPA 4MB3A 3AIEA 3WIJA 3W24A 3MUAA 2J7GA 3CPUA 3EBVA 3VD3A 4PRWA 1JDCA 3J7HA 3WFLA 2WVTA 1MW2A 3OLIA 4J3UA 1UWUA 3AHVA 2OYLA 1V03A 3SURA 4M81A 3M07A 1CBGA 5FL0A 3BLPX 1G01A 1EHAA 3LPFA 4HPGA 4PTXA 2D24A 2CBIA 2O9PA 2W4XA 5F7UA 1W1PA 3D5HA 1UHVA 1UD3A 1HX0A 2DSUA 1PZ3A 3DHUA 3VDAA 1E73M 3WH7A 1EIBA 1XD1A 4CVUA 3QOMA 3PZMA 1QNRA 3MU7A 1E1FA 2UY3A 2EPOA 4XZBA 4W88A 2BVTA 3GDBA 4AC1X 3RCNA 2VX5A 3IANA 4AWEA 2DSVA 3N13A 3WL1A 1ZBVA 3WD1A 2OWWA 5I79A 4HMCA 4TXEA 3W27A 3DYOA 5IXEA 4KRTA 3CHEA 3UG4A 3WH9A 1TG7A 2A3AA 5AYIA 3GXFA 1OD0A 2WCGA 4MNMA 1H0GA 1VB9A 4FK9A 4F9JA 1UWIA 1U2YA 2VZVA 4EKJA 2EXOA 4AD2A 4AZ5A 4ZEPA 2VO5A 3RMEA 1EGZA 3UERA 2AOSA 3L4UA 4RE4A 1UR9A 3WDHA 1B1YA 2J8FA 1UD4A 4R27A 1O7AA 2GJRA 1BTCA 4TTUA 3ZJKA 2EPMX 3WQVA 3PZNA 3GM8A 3RJXA 1R86A 2F61A 4IM4A 1JF5A 4W89A 1V6VA 5I3DA 3SCOA 4YHGA 1KXVA 2VOTA 3AHTA 4JFTA 1V3IA 3I3BA 1KBKA 1VJSA 3L4WA 3WF2A 4EAMA 5BRPA 4CD8A 1G5AA 3L4XA 4FF5A 2GDUA 1EDQA 4PEEA 1C90A 1B0IA 5A3HA 1CEOA 3AS0A 3WQWA 1ZBCA 3W6MA 1NARA 2CYGA 3ARQA 4JFWA 1GPFA 5KEZA 1JZ7A 2PF0A 3VMNA 1HVQA 3VX0A 2PB1A 5FIPA 3UETA 5I24A 5E6YA 2G41A 1HP4A 1ISXA 1V3HA 7A3HA 2W61A 3PHAA 1Q6FA 8A3HA 5M17A 4A3YA 1CGTA 1XSIA 3CHDA 4M82A 4AW7A 1KR0A 1E5NA 3WD3A 4W7UA 1FA2A 2VZSA 1JG9A 2FGLA 3FAXA 3CLWA 3IK2A 3VIIA 3L4ZA 1R8LA 2XHYA 3G6LA 4OJYA 1CGXA 2WC3A 3OZPA 4W85A 1HJWA 2O9TA 4GI8A 1W2VA 3WY1A 4FLRA 2ZXDA 4P8VA 4TVUA 1BVZA 1UKPA 2WPGA 4OKDA 3HU7A 1KR1A 4HZ6A 1LL6A 1JD9A 4LYPA 4U5IA 2BXZA 1CPUA 5CGMA 4ZE5A 3MMUA 5I78A 1KGXA 4LPCA 3ZJ7A 1E6SM 2J7FA 1KXQA 5CPQA 4WKHA 4UR9A 5I2UA 1PPIA 1KXHA 5A6BD 2JALA 5ABFA 2A3CA 5A6KA 2YDQA 1UZ4A 2D3NA 5AC5A 4YPJA 2CEQA 2HVMA 2XIBA 2BVDA 2CXGA 1BSIA 2G3JA 2ESCA 4AISA 2ZUVA 3PZVA 2X2YA 4LQ1A 2QV4A 1WP6A 1ESWA 2ZE0A 1QW9A 1EH9A 5KZ6A 2D20A 5FL1A 4TX8A 1GCYA 1VAHA 1WZLA 3A4AA 1WB0A 3U5UA 2YKKA 3NIYA 4CVWA 2X05A 1JYNA 1EQPA 3K8MA 4HU0A 3WH6A 1C91A 2A3HA 2W5FA 2VCAA 3FY1A 1LF1A 2FHCA 2XSBA 2DIEA 1US3A 1NM9A 1QVBA 3CMGA 4RL3A 2WK2A 1B3ZA 1UG6A 3IJ8A 4R5EA 4CCCA 5HPCA 2YDSA 4UQAA 5I0DA 1PBGA 3WNLA 1W9BM 1UWTA 2V3FA 1CGWA 1UD2A 5A6JA 2VR4A 2ZICA 4H8UA 2MANA 1E3XA 4QDMA 5EFDA 5A2AA 3IJ9A 1VEOA 1QI0A 2EJ1A 1MYRA 2VX7A 5IDIA 3GNRA 1IT0A 3BSHA 3W25A 1UA3A 3SCNA 2Y2WA 1DWIM 1FH9A 1VBRA 5BWFA 4V28A 1OIMA 1WZAA 3MSDA 1FHDA 2DPEA 2J8GA 3U5YA 4GZIA 1V3MA 2VRQA 4M80A 1M7XA 4QLLA 3BMWA 5A94A 2F8QA 2YL6A 1DWFM 3SCUA 1E6ZA 1E72M 2GJPA 3T2QA 3KE0A 3U7VA 1FH8A 1NH6A 3A47A 3NSXA 2OSWA 3SUTA 3SUVA 4KGLA 2DT3A 3VDCA 2BV9A 5LA2A 3NSNA 1WDQA 4GI9A 2BHYA 2WYSA 3VGEA 1QI2A 1HL9A 5DFAA 4D71A 3VD7A 1E15A 2X1IA 5E09A 5DT5A 3VDHA 3VGGA 2ZOXA 2BFGA 3EMZA 3NYDA 3ZO9A 2BHUA 1UWRA 1QNSA 5E0FA 2CIPA 3CH9A 2C7FA 4P7NA 1V08A 2PC8A 2WWCA 2WZIA 3ZT7A 1JF6A 1B3VA 4GZEA 1GZJA 1DWHM 3T0DA 1UR0A 4D6DA 1DP0A 5CZKA 4CD6A 4JL2A 4XB3A 4F9DA 5E9AA 3OGRA 3RDKA 5HDRA 5JIWA 3BXWA 6CGTA 3AYRA 3SCVA 3OZOA 1DTUA 1HIZA 2FH6A 1BGGA 2XFYA 1X1NA 1QBAA 1DWAM 3SCQA 2WAGA 3POHA 5HBFA 1R85A 3N18A 1WDPA 2BY1A 3S2CA 5A6BA 1GOWA 3F5LA 4C90A 4OIFA 3AIRA 2DH2A 4Z2IA 1QBBA 1W3KA 1BG4A 3A4WA 2J7BA 2VVSA 5A69A 4X9YA 4ACYA 4AIOA 3ZR6A 1N82A 3BAJA 3O9NA 1BPLB 2OWXA 3FN9A 1MXDA 1PX4A 3AZRA 3ZMRA 3BCDA 1JI1A 1Q4NX 4AEEA 5EMYA 1CXKA 1D3CA 4PMOA 1W3LA 3RJYA 2PI6A 3L4TA 5CXPA 3DHPA 4MB5A 3GH5A 3DYPA 2E3ZA 3EDFA 1H4PA 1E6QM 4W86A 1UKOA 3OGSA 3OIHA 4U2YA 2VNCA 4WLCA 1HKKA 1JNEA 2B31A 3VDBA 3UR8A 3ZJ6A 3O2LA 1UH2A 3B8SA 4JFUA 5D8ZA 1HJSA 3CUHA 4HZ8A 4PMUA 1VFUA 2DT1A 1A3HA 1E6PA 1GONA 3VGHA 2J77A 4EK7A 2C8NA 3SCRA 1BAGA 2YIHA 3ARRA 2XM1A 2WMGA 4F66A 3ARUA 3QHOA 4B3LA 3LPOA 2WXDM 3AI0A 1LG2A 2WMFA 4XZWA 2W91A 4CD4A 3CHCA 3VKKA 3WDJA 4J3VA 4AZ6A 4P7QA 4DM2A 1J9YA 1B3XA 3WBAA 4UQDA 1CWYA 1E4MM 2VUYA 1OCQA 3N12A 4H7VA 3PZIA 1NWUA 1RP9A 3T0AA 2EPNA 2CKSA 3A6OA 1Q6DA 1VFFA 4M8UA 5EBAA 2OLHA 3WNKA 5IHRA 4PMVA 1JZ5A 5I77A 2WNWA 1QI5A 2E4TA 1E6XM 5A6MA 2J75A 5M5DA 7CGTA 1VRXA 1PX3A 4MJ2A 4JHZA 1WKYA 2BHZA 3DYMA 2CHNA 4JCMA 1J0HA 1WAWA 2F2HA 1J0JA 2EQDA 3F4VA 2WLYA 1XYFA 2ZUTA 1GVIA 2QPSA 3BAKA 4UZUA 2RGLA 2UY2A 3ZSTA 1PZ2A 3B9AA 3MV11 5EB8A 2WVUA 3WSUA 1W3JA 1WZKA 4D72A 3ALGA 2WMJA 1J10A 4CKQA 5LA1A 1UH3A 4CCEA 5HXMA 4PCSA 3AIUA 1JFHA 1PAMA 1SFSA 2PWFA 2NT0A 2BY2A 1C92A 4AEFA 4AZGA 3RILA 4A3HA 1GOOA 4LXFA 1F4HA 2E9MA 3AXXA 4L4OA 4ZXOA 1PX8A 3SUWA 5A2CA 1DWJM 2E9LA 4PTMA 1XGZA 3HJEA 2Y8VA 4PMXA 1YQ2A 2FH8A 5JBFA 1ISVA 1MW0A 3CHFA 3RM4A 5I23A 5CSYA 2XVLA 1JAEA 1DWGM 4MNJA 2VRJA 4E4PA 1QHOA 3BC9A 4WSJA 2NW0A 1CXFA 3ARYA 1TMQA 4H41A 1H41A 4TUFA 1WZMA 4OZOA 1E6RA 2XWEA 2PWDA 4GKLA 2GDVA 4H8VA 3WF4A 4GXPA 1B9ZA 2UY4A 1V0MA 4GQQA 1MXGA 3IAQA 1HKMA 1QPKA 2OWCA 2CERA 3FNDA 4UZSA 2G4FA 3CUGA 4UQCA 2W92A 1EHNA 2BS9A 2CPUA 2XPKA 4KGJA 4JHOA 1KXTA 2FHFA 4B9ZA 3OLEA 4IUGA 2CNCA 1LG1A 1LL7A 1XV8A 3ARXA 4CD7A 4WIWA 1E0WA 1E1EA 2XUCA 4OBSA 2DIJA 1EQCA 4IISA 2DQXA 1B3WA 3UCQA 4HU8A 4AD0A 1HF6A 4B15A 4QFUA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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