5FKYA

Structure of a hydrolase bound with an inhibitor
Total Genus 244
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
244
sequence length
712
structure length
644
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMLPLQVKANRVLISPVEIELDAIYPGENIQINFLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Analysis of transition state mimicry by tight binding aminothiazoline inhibitors provides insight into catalysis by humanO-GlcNAcase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 244
structure length 644
sequence length 712
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2015-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 5fkyA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5fkyA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5fkyA01
2XVPA 5E70A 4AEEA 1TMQA 3THCA 2O9TA 3T2OA 1E6ZA 3AROA 1HN1A 2J8GA 4IISA 3WELA 3ARYA 4MB3A 3WF3A 4HPHA 4DWSC 1B90A 2QHAA 1TUXA 4MJ4A 3WH5A 1C7SA 5ABFA 1HJUA 2VZTA 3N18A 1GJUA 3AICA 1W9BM 4OBSA 3IK2A 4CD8A 1SMAA 2YLAA 2XUCA 1FHLA 1CPUA 4UOJA 2D3LA 2X8RA 2DT2A 3WNOA 4HMEA 2NT0A 3W25A 2FGLA 5ABEA 4QLKA 2VZUA 1JXJA 3NIYA 4ZEPA 1AQ0A 1NP0A 4L4PA 1H5VA 2O9PA 3BCDA 3SCOA 1UA7A 4M29A 2BY1A 5HDRA 1B0IA 1UH2A 3PZMA 4PSPA 3ARRA 5BXPA 1HX0A 3VINA 1MQPA 5D4YA 2Q8XA 1W1VA 1BGGA 2G3IA 3SUUA 3WH7A 1OIFA 3AZSA 4PTXA 1E4IA 4WKFA 1JZ2A 2ZIDA 4GQRA 1MW1A 1VFFA 1B9ZA 3DECA 2ESCA 3ARWA 3W37A 5EBAA 4J3VA 2JF6A 4ZXOA 3A3HA 3BSHA 3CZGA 3W53A 1RH9A 3F4VA 5F7UA 1HJVA 1V3IA 3O9NA 3WEZA 4D72A 2OWCA 3UR8A 2X0YA 4DWSD 1BAGA 3AFBA 3AS3A 3CTTA 3OGRA 5A94A 5DFAA 3SCNA 3RMEA 2J62A 1XCXA 4HMDA 3GXFA 1O6IA 5HPCA 4MDOA 1CGWA 4P8WA 3U5YA 3UG4A 2OWWA 2V3FA 2ZX5A 1JYVA 1QOXA 1NOFA 3B9AA 2X2YA 3WSUA 3KE0A 1OINA 5FCZA 4CVWA 2D24A 4W89A 4P7QA 4RE2A 1QPKA 3WNLA 4TTUA 4PTVA 1E43A 2J7BA 5CQ1A 1JIBA 3M07A 1H2JA 5C71A 4FLRA 1MWOA 1OGGA 3K46A 5ABGA 3VUPA 2FDMA 2CERA 3BCFA 3OGVA 2J75A 3WD1A 1KQZA 2DSWA 3THDA 4ZFMA 3HN3A 3VNZA 2VX6A 2WW5A 3EDFA 3BAJA 2Y5EA 3AS2A 3CBWA 3G6LA 2W66A 4P7NA 1UHVA 3OLIA 5A6BA 2VUYA 1HT6A 1CXHA 4WF7A 2WZIA 3NDYA 4UFJA 5M3WA 1NM9A 3MMUA 3DHPA 3ZJ7A 1J0YA 4GIAA 1XSJA 2PWGA 8A3HA 3CHFA 4GPNA 3IJ8A 2WZHA 3U7VA 1MXDA 4JCMA 2EBNA 3APGA 2Z1KA 2UY3A 1JL8A 2DH3A 3MSGA 4PTMA 2FH6A 3QR3A 1Q6DA 3UCQA 1JF5A 2Y4SA 3GBEA 1KWKA 4CD5A 1VEOA 2GJPA 2XFYA 3BAYA 1JDCA 2ZX9A 1A47A 1TCMA 1XYFA 2VVNA 4RL3A 4KMQA 1EO5A 2WCSA 1CGVA 2DEPA 5GPRA 3TTOA 1CGUA 1IT0A 1WP6A 1K6AA 1UKQA 2WWDA 3KL3A 4GZIA 1LLOA 1E5NA 1WDSA 4D6DA 2J77A 3ZSTA 2ZX8A 1LL4A 4E8CA 1FFQA 1GW1A 4W88A 1DHKA 4CCDA 4W7WA 1AQMA 5CLTA 2YLLA 2JF7A 3N11A 3VU2A 4HZ7A 2PBGA 1UH4A 2NT1A 2ZICA 2VZVA 4Z2JA 3VIJA 5AC4A 3JUGA 2WSKA 4V28A 3EMCA 4PTWA 3SCVA 4JHOA 4ACYA 1FP8A 4MTVA 2CEQA 4PUEA 5FOOA 4ATDA 3QGVA 2WYSA 1R85A 1X6LA 1J0IA 3T08A 3WQ5A 4CU7A 5I0DA 3WDJA 3O6AA 1QW8A 1V6YA 2UWFA 4TVCA 1JYWA 4TVUA 3W6MA 1ODZA 2CKRA 1CNVA 1SYTA 3ECQA 1GQLA 1WCGA 4OOZA 3N1AA 4GI6A 1DEDA 4ML4A 4YN5A 3EDJA 2WMJA 3BH4A 5A69A 5DT5A 1TG7A 1QI5A 1DWFM 4FLOA 2EPNA 2XFFA 3WQ8A 3L4TA 4P7LA 3VIIA 2ZXDA 3WF2A 1XC6A 2Y8VA 5A6BD 3CHCA 1KR0A 1JD7A 4S3KA 1UR1A 1BYAA 4HTYA 5I78A 3TP4A 3RM4A 1DWAM 4C90A 3SUTA 1UUQA 3ZT5A 1KXTA 1UWRA 4UNIA 2ZUVA 1V3KA 2IXUA 2A3EA 3OB8A 3FY1A 3UERA 1E6NA 2YL8A 5DMYA 1I1XA 1CGTA 3VMNA 1HL8A 4JKLA 2XM2A 1LL7A 4C91A 2E9LA 4AW7A 3CUFA 4RE3A 2WPGA 4QAWA 4PUDA 1KR1A 2XVGA 2XM1A 3CZKA 4WJXA 4E4PA 2VZOA 5BWFA 2V3GA 3NSMA 4DUWA 3AMGA 4H8UA 4OZOA 1QW9A 2G3JA 4H7VA 3DHUA 4F9JA 1UWIA 5I23A 1UZ1A 3ZJ8A 1VEPA 1U2YA 3WUEA 3WDHA 2J7HA 3WDIA 1X1NA 3B9EA 1AMYA 1XH0A 4UQ9A 4CN6A 4D6JA 3A4XA 5E0FA 3EDKA 4UFHA 3MMDA 2BVDA 1VFUA 3AIQA 2CBIA 4JFVA 3CMGA 1C90A 3POCA 1CBGA 1V6XA 1VENA 2Y24A 1E56A 1CWYA 1W3HA 4UOZA 2DSUA 4J3UA 4MADA 4NI3A 1DWIM 1FFRA 1BQCA 3PTMA 3AXXA 2F2HA 2UY4A 1UZ4A 3AJ7A 2G3NA 2Y8KA 2WCGA 4CU6A 1BGAA 1E3XA 3RM8A 3ARPA 3CIVA 2X09A 5BXTA 5CSYA 1ZBKA 3BAWA 4OUEA 3VM7A 4D1JA 2VCBA 4N42A 5IFTA 1UWSA 1OGSA 3AXIA 2PWDA 4Z2IA 4AD4A 1B3ZA 2W61A 5GNXA 3VGEA 6TAAA 5JIWA 3AIVA 2PI6A 4BF7A 2WLZA 4W8BA 1E1EA 4L4OA 3RILA 2VX5A 1VJZA 4Z2GA 2GDUA 2O9OA 1J12A 1JAKA 2WKGA 1LWJA 2DT1A 1HIZA 1UQYA 3WD3A 2PWFA 4HOXA 5I79A 4LYRA 3U7BA 4CU8A 4OOUA 3VD4A 2WVVB 4CVUA 3W28A 1US3A 3WQVA 2O92A 1B3WA 2ZX7A 4QP0A 1B2YA 2G4FA 4GZJA 5A3HA 3AI0A 4UFMA 1D3CA 3NDZA 1W3KA 3N17A 2CKSA 4AZ7A 3W6LA 1CXFA 3K1DA 3CO4A 1UOKA 3N15A 1JDAA 1HF6A 4ATLA 1UQZA 3NJ3A 1XV8A 4H2CA 5EFFA 5EMYA 3HMCA 4UZSA 2A3HA 3W4RA 2W67A 1J10A 4KRTA 2WLYA 3TTYA 1QNOA 5C70A 1OT1A 5A8NA 2TAAA 3WMSA 4M24A 4KWUA 1CLXA 5IHRA 3QHNA 1ISZA 4PN2A 5ECUA 4LPCA 2A3CA 4U33A 2XIIA 2WKLA 2WMIA 1WZKA 2J7DA 3BAXA 2WXDM 1LJYA 4YHGA 4EAMA 4MAVA 1C8XA 2QMJA 5M03A 3VGBA 2YDSA 1TR1A 1IZJA 1VBRA 3GZAA 4BQ2A 2ZX6A 3GYCA 3SCQA 1K9EA 5E09A 3VIHA 4V2XA 3ALGA 1TE1A 4YPJA 3CPUA 4K68A 3AHTA 4ZXLA 1VRXA 3AISA 4EK7A 1FH8A 5ABHA 1JZ7A 5A2CA 1KXQA 2D0GA 2VMFA 1V6WA 3VPLA 3WF4A 1OGBA 2VX4A 5AY7A 1CLVA 2PB1A 2J74A 2OWXA 1GNXA 1KCKA 1NWSA 4DWSB 1C91A 4F9DA 2JEQA 3SCWA 3WD0A 2OSXA 5AC5A 1PEZA 3MKKA 4P8UA 3VIMA 1PIGA 4QLJA 2FHFA 4WK9A 1CXLA 3WDPP 3AYRA 1V03A 2DH2A 2XGIA 2D1ZA 3SUSA 3PZTA 1HKIA 1WO2A 4PMUA 4UQAA 4Z2LA 1GOWA 4LXFA 3A6OA 4WKAA 4KRUA 3MANA 2WVTA 4GI8A 1FH9A 1MVYA 4HA1A 3AS0A 3A4WA 1C3FA 4AZCB 1E71M 2EPOA 4FK9A 1Q6GA 1ZBVA 1EOMA 4CCCA 3QHMA 5A1AA 1H4PA 1Y7VA 2HVMA 1JF6A 4JCLA 4PCSA 4BS0A 3WH9A 3QOMA 3DYOA 3FXYA 3WL1A 1XH2A 4PMOA 2JALA 3A47A 3ARXA 3VDCA 1BF2A 2QLYA 4W84A 2YDQA 1MXGA 4H04A 3CHEA 4JFWA 2WMGA 3M7SA 4QDMA 1FH7A 2YOCA 4V27A 1WDQA 1VJSA 3GH5A 1UD8A 3WF1A 2ZUUA 1NOWA 2WHMA 3VIOA 4JL1A 1JG9A 1PZ3A 4H8VA 1PJ9A 1GOKA 2VJXA 2UY2A 1GORA 3MUAA 1JFHA 5FD0A 4HOZA 4LGXA 1CXKA 3S2CA 2J79A 3MUY1 4B15A 5A6LA 3NSXA 5JBDA 2VURA 2GUYA 3BC9A 1E9LA 3BLPX 1KBBA 4HU8A 2E9BA 1UKTA 2YIHA 4P8XA 3WN6A 3AHZA 1K9DA 5CG0A 3FN9A 4OBRA 4CD4A 1HJXA 4LYPA 4PMQA 2J7GA 4BQ3A 4AISA 2WVUA 1UYQA 1XD0A 1JNEA 3AIWA 1YHTA 2ZUMA 3DYMA 1C8QA 4M80A 1B30A 2YL9A 3WQ6A 1K9FA 2QPSA 1J0ZA 1QI4A 3VKKA 3VILA 3ZR6A 5IDIA 4AY1A 1VFOA 3OBAA 4B9YA 9CGTA 2GK1B 5DT7A 3PZNA 4D71A 2W63A 3BAKA 1XCWA 1L8NA 6CGTA 2XIBA 2WHJA 4MNLA 1WZAA 1EH9A 3CGTA 3WENA 2W92A 4IPLA 1Q6CA 1QHPA 5A8OA 1OT2A 3WD2A 2WANA 2CBJA 2JIWA 1V0MA 1W9DM 2F61A 2OYKA 1ISVA 1TA3B 1Q4NX 4GO9A 1WNOA 3WUBA 5EB8A 1MYRA 3WUGA 2J7CA 5FL1A 3ZJKA 2EJ1A 4Z2HA 2QMKA 3T0AA 1GUVA 2CNCA 3II1A 3GNOA 5I6SA 2JIEA 4PMZA 4PMVA 1E1FA 1XHGA 4DM1A 2WC4A 4UQBA 2C8NA 3RJYA 1F4AA 1E6QM 4J3WA 2V3EA 1QI0A 1LQ0A 1OBAA 4UTFA 1QI2A 2YJQA 5CGTA 1KWGA 2Y2WA 3ARUA 1C8YA 2DSKA 3T0BA 4D1IA 5A6SA 2WMKA 4AWEA 1GZJA 1H49A 1VFMA 2VCCA 4NSBA 5HNNA 5A6JA 4P7RA 2B31A 2D20A 1E55A 1KCLA 5HBFA 4N0RA 4D6GA 1WKYA 1E4LA 4AZIA 3T0DA 1KQYA 3AIBA 2FHCA 1QNQA 4QLLA 1JI2A 1GONA 2XSAA 3RPMA 5A95A 3OA5A 3SUWA 2J7FA 4XZWA 1K9TA 1MQRA 2X0HA 3KZSA 4IUGA 1J0KA 1QI3A 1B31A 1R8LA 2YL6A 3OIHA 1QBAA 3LPFA 2OSWA 2O9RA 4M8UA 1W32A 3MU7A 1M01A 1UR0A 3QOKA 2WMFA 2D0HA 5LYRA 3GXDA 3NYDA 4GINA 1UKOA 2OYMA 1MFUA 3WEMA 1ITXA 4D6IA 1X6NA 3W38A 4W93A 2VNCA 2PWEA 3WL0A 2MANA 1HJSA 3PZIA 2CETA 4NRRA 1J0HA 1EA9C 3ZT7A 4TUFA 3CUHA 2GDVA 1ECEA 5E9AA 3VO0A 1NWTA 4ACZB 4JFUA 3VMPA 1V0LA 5CPTA 3L4UA 2G3MA 3CMJA 4EE9A 5GNZA 2FHBA 1OM0A 1WPCA 1GQIA 5CXPA 2AOSA 3OGSA 4QCFA 1GCYA 2WBKA 2YKKA 3EDEA 3AMLA 2VC9A 1V3LA 4U31A 5M5DA 1P6WA 5I3DA 1QHZA 2HISA 4RE4A 2EPKX 3EDDA 2PF0A 2JEPA 3W29A 5DO8A 4JZ5A 1EOKA 4D6CA 3WNKA 1PX8A 3I3EA 1GOMA 4BQ4A 1NWUA 4AMCA 3PBGA 4DUXA 1E4NA 4B16A 3RDKA 1UD5A 2BY0A 2ZUNA 3W81A 4AD1A 3OZPA 2RGMA 4OKDA 2VTFA 1LG1A 2GJRA 4R5EA 3BMWA 2VQTA 2BXZA 1BVZA 1GHRA 1JZ6A 3AIEA 1G94A 3WNNA 4MNJA 3PZOA 2QPUA 3WFZA 1ISWA 3IANA 4TVDA 1TVNA 1XSKA 3VGGA 4HU0A 3AXHA 1KGWA 1H1NA 3WUFA 4AZ5A 2AMGA 3SUVA 1G5AA 1E40A 1QNRA 4FLQA 3ARQA 4W5ZA 1CENA 1XRVA 4UFLA 2WHKA 3CZLA 3WQ4A 2YBTA 4F66A 1VBUA 3AIUA 3UR7A 1BG4A 1N82A 3VIFA 1M7XA 1H3GA 4XX6A 4R27A 3PZQA 1YQ2A 2XWEA 1JD9A 2GJXB 4AC1X 1BYCA 1I75A 1ZBCA 4CN4A 2WWCA 3ZM8A 4UQDA 2XWDA 3PTQA 2PBOA 3FHQA 1CXIA 1WE5A 3BGAA 4U2ZA 5LA1A 2OYLA 2YA2A 7TAAA 2DT3A 4AZGA 3FHAA 1SMDA 2E8ZA 2V5DA 3AS1A 3HJEA 1E0VA 4A3YA 1KFWA 4IPNB 3VX1A 3WFLA 4P7OA 3PZ9A 5FL0A 1EO7A 4F8XA 3FNDA 2EEXA 3WNMA 1HJWA 5E6YA 2DIJA 1B3XA 2BV9A 3GM8A 2C7FA 1OD0A 3F5KA 3SCTA 3G6MA 3AHYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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