5FL0A

Structure of a hydrolase with an inhibitor
Total Genus 241
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
241
sequence length
712
structure length
668
Chain Sequence
SLQPPPQQLIVQNKTIDLPAVYQLNGGEEANPHAVKVLKELLSGKQSSKKGMLISIGEKGDKSVRKYSRQIPDHKEGYYLSVNEKEIVLAGNDERGTYYALQTFAQLLKDGKLPEVEIKDYPSVRYRGVVEGFYGTPWSHQARLSQLKFYGKNKMNTYIYGPKDDPYHSAPNWRLPYPDKEAAQLQELVAVANENEVDFVWAIHPGQDIKWNKEDRDLLLAKFEKMYQLGVRSFAVFFDDISGEGTNPQKQAELLNYIDEKFAQVKPDINQLVMCPTEYNKSWSNPNGNYLTTLGDKLNPSIQIMWTGDRVISDITRDGISWINERIKRPAYIWWNFPVSDYVRDHLLLGPVYGNDTTIAKEMSGFVTNPMEHAESSKIAIYSVASYAWNPAKYDTWQTWKDAIRTILPSAAEELECFAMHNSDLGPNGHGYRREESMDIQPAAERFLKAFKEGKNYDKADFETLQYTFERMKESADILLMNTENKPLIVEITPWVHQFKLTAEMGEEVLKMVEGRNESYFLRKYNHVKALQQQMFYIDQTSNQNPYQPGVKTATRVIKPLIDRTFATVVKFFNQKFNAHLDATTDYMPHKMISKNLPLQVKANRVLISPANEVEIELDAIYPGENIQINLEISTDGKEWKTVDLLSAGLQKAPVKFVRFQFVLTIEK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Analysis of transition state mimicry by tight binding aminothiazoline inhibitors provides insight into catalysis by humanO-GlcNAcase.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
molecule keywords O-GLCNACASE BT_4395
total genus 241
structure length 668
sequence length 712
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.169: Protein O-GlcNAcase.
pdb deposition date 2015-10-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF07555 NAGidase beta-N-acetylglucosaminidase
A PF18344 CBM32 Carbohydrate binding module family 32
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.58.460 Mainly Alpha Up-down Bundle Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 Hyaluronidase post-catalytic domain-like 5fl0A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5fl0A02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5fl0A01
5CGTA 3KE0A 2UY5A 2CHOA 3POHA 3WEMA 1QHPA 3GNOA 1V02A 2EPNA 1UA7A 2OWWA 1VFMA 2YBTA 3BC9A 4V2XA 2VNCA 3VUPA 1GOWA 3SCQA 4EE9A 5A2BA 3L4ZA 4Z2GA 3IJ8A 6A3HA 3RJXA 2WMHA 4JAWA 2DIJA 3GNPA 4DWSC 1JF5A 3G6MA 3AMKA 2UY4A 3CMJA 4MB5A 2YBUA 4F79A 4Z2IA 1GHRA 2V3FA 5M3WA 1YQ2A 1IV8A 2O9OA 1CWYA 3T2PA 1XSKA 1K9EA 1UD3A 4JL2A 1D7FA 5A8NA 5DT7A 4CGTA 1JZ8A 4QLJA 4KRTA 3POCA 2ZUVA 1LF1A 5A6AA 1PZ2A 1NM9A 3T0BA 1G0CA 3ZO9A 1SFSA 8CGTA 4AZ6A 1JD9A 2W61A 3AIBA 1WAWA 2WMIA 2YIHA 3ARZA 1A3HA 1CNVA 1HJWA 1CXEA 3KEHA 4GZJA 1CLXA 3K4AA 4D1JA 2JFEX 1V02E 1GOKA 2BVDA 4AEEA 2DDXA 3EDEA 1CYGA 5CPSA 1OD0A 1VEOA 2PI6A 3W26A 1FH7A 3VIHA 1MXDA 3WDRA 5CQ1A 1B2YA 2BV9A 1XH0A 5CLTA 5IDIA 2DH2A 3I3EA 1VAHA 1MVYA 3WH9A 2WHKA 2JF6A 2OSYA 4ZE5A 4BF7A 3AOFA 2PB1A 5ABFA 1DHKA 5LA0A 4B3KA 1QNOA 2WVTA 2JIEA 1V6XA 1GQIA 3TTYA 4H8HA 1GHSA 3LPPA 2OYMA 3WDPP 4AZ5A 1E0WA 2FH8A 2ZWYA 1DWAM 4RE3A 3CZGA 5ECUA 1HKKA 1KCKA 4BCEA 3WNKA 4FLQA 3MANA 4MB1A 4RL3A 2OWCA 1X1NA 5CZKA 3U57A 5I3DA 1E6ZA 3CGTA 5JBEA 1UR8A 3VNZA 4D1IA 4DUXA 2VOTA 3CBWA 2WVSA 4W84A 1EDTA 1TFVA 2DSKA 4PMVA 2ZUNA 1ISVA 1TZ7A 4DWSD 2GFTA 1V3MA 3M07A 3FN9A 3S2CA 2BHZA 3L4VA 4KWUA 3OG2A 4BZYA 2WANA 4TTGA 2XFYA 3E1F1 4YPJA 4OKDA 2WBKA 2OLHA 3SCVA 4MJ4A 1C8XA 2D20A 4WSKA 4AD5A 2J8GA 1VJSA 2ZUSA 3SCUA 2G8ZA 3RCNA 5M5DA 1GNXA 1M7XA 1UG6A 2PWFA 3VPLA 4W7VA 3VD3A 1HKIA 2WW5A 2A3BA 3UESA 1QI4A 5M03A 4IM4A 1UR1A 4OJYA 4AXNA 4ML4A 5GNXA 1M04A 4H8VA 5D9MA 2IXUA 3VDHA 4XX6A 4ACZB 1CTNA 1OSEA 1QW9A 3OLEA 1SMDA 3QOMA 1IZJA 3O6AA 4A3HA 2D0GA 3AMCA 1V3HA 1WZMA 1B90A 4C90A 1BYBA 1GOQA 2FDMA 3VX1A 4PMOA 5EB8A 2GJXB 3WY1A 1OGSA 1RH9A 3AXXA 4LYPA 4WJXA 4TVDA 1J0IA 1KGUA 3PZQA 3UETA 2ZIDA 3A4WA 2QMJA 3WEOA 1TE1A 1JYXA 3AHZA 1E5NA 4PTWA 3VGDA 4AY1A 5A94A 3CPUA 3NSMA 4GI9A 1SR0A 2UY3A 1D3CA 2DSZA 1HX0A 1Q6FA 1EH9A 4W87A 1J18A 4JL1A 4W5ZA 4TUFA 3AI0A 1AVAA 1C8QA 4D71A 1D2KA 2WKLA 3CLWA 4IPNB 1E40A 2YOCA 5A6LA 3ECQA 2CBJA 1WZLA 2WHLA 4AWEA 4WIWA 1FFQA 1QI2A 2YL9A 3BSHA 2DT1A 4D6JA 4DUVA 4W88A 1RPKA 4P8XA 5E09A 4OBRA 2ZX6A 4XZWA 1LL6A 2VUYA 1J0ZA 3L2LA 2XHYA 1MWOA 3WF4A 2OYKA 1CGYA 4P7RA 2G3NA 1KXTA 3AIVA 1E3ZA 4M1RA 2WC7A 4AZCB 3GXDA 1ESWA 1QNQA 2DIEA 1UWIA 1I1WA 4MB3A 2WKGA 1DEDA 3OA5A 3EDJA 3VTRA 3N04A 3THDA 5I5RA 2HISA 2YL8A 5KEZA 2XM2A 1QVBA 1BLIA 2WZHA 3WQ5A 1C92A 3NUKA 2WAGA 4U5KA 2DQXA 4H8UA 3II1A 2FHBA 3T0AA 2G3JA 5GQBA 1OCQA 2WC4A 2F8QA 1NH6A 1KXVA 1V6VA 1E1EA 3W82A 1KWKA 4PYSA 2CYGA 2VT0A 2XWDA 1JZ2A 4PMYA 5BWFA 1JG9A 3CUHA 4EAMA 1NQ6A 2ZOXA 4W5UA 3MV01 1W91A 3AISA 5HBFA 3WDQA 1XSIA 3FY1A 3W37A 1QPKA 4C7DA 1HJXA 4GZEA 2CEQA 1KR0A 4J7RA 3A3HA 4ATDA 3M7SA 2EEXA 3HU7A 3VGBA 2ZXAA 3VIPA 4MADA 2W66A 4JHZA 1DWGM 1JL8A 3PZUA 1V0LA 4UQCA 2VZUA 2CXGA 5E6YA 2J75A 4X9YA 1BYDA 1J10A 1ITXA 2J78A 1JXKA 2QPSA 2E9MA 4BQ3A 2VR5A 3PTKA 4WK9A 3WH7A 1E70M 5CG0A 1BYAA 2ZUWA 3A4AA 2FGLA 2D24A 1EHAA 2XVGA 1JYVA 1NP2A 1MQPA 2W67A 1CGXA 3GDBA 4PCSA 1K6AA 4TVCA 5A6JA 2X09A 4M24A 1J9YA 1TVNA 2AOSA 5FOOA 3SCWA 3ARUA 1QW8A 4D6DA 2X2YA 4P7OA 2W63A 2XVPA 4MTVA 5D9PA 2WMGA 2CCRA 3DHUA 3NSNA 1CGWA 4AZHA 1MFUA 3BLKA 3WFLA 3AROA 4NZCA 4R5EA 5A2AA 2XG9A 2VR4A 2E8YA 2WHMA 3RM8A 4ACYA 1GORA 3OGSA 4PBGA 5LA2A 1TG7A 1US3A 4UFJA 3SUWA 2CIPA 3CUGA 2BY1A 3WENA 2Y8KA 1JDCA 2YKKA 2XYLA 2WLZA 1PX3A 3L4TA 5CXPA 3WDIA 2VTFA 1HKMA 5E70A 5I79A 2E9LA 3AFBA 5BCAA 1NARA 5EBAA 1UHVA 2VRQA 1V3JA 4PTMA 4XV0A 1C7SA 1JAKA 2YLAA 4LGXA 1EA9C 9CGTA 2WSPA 4KRUA 1Q6EA 1TR1A 2ZE0A 5JIWA 2NT1A 2WMKA 2E4TA 1E55A 3WN6A 3PZIA 2A3CA 2JEQA 1CGTA 1WCGA 4LPCA 5A2CA 1H11A 3N18A 4F9JA 3WMCA 3A4XA 3ZJ8A 3MSDA 5IXEA 4C91A 1QBAA 1UKQA 2V3GA 2O9PA 2ZXDA 3CUFA 3WH8A 1KXHA 3CHDA 4W89A 1QNRA 1UWUA 3VDAA 3IJ9A 3RPMA 1V6WA 4HP5A 1HT6A 3AXHA 1Q6GA 1M03A 3VMPA 4PMDA 5I78A 1XH2A 2A3HA 3QGVA 4OBSA 4U3CA 4TOQA 4U5IA 2NW0A 5A6KA 1PEZA 3WNOA 1C8YA 1VJZA 1W3HA 2WCAA 4PMRA 3CUIA 5DF0A 5CPQA 4Y7EA 4HOZA 5C70A 3VVGA 4FLRA 2QPUA 5KZ6A 1UD2A 3SIMA 2C8NA 4CD5A 3BMVA 1ISYA 2J7EA 1FH9A 5EMYA 4BQ2A 1QBBA 1ZL1A 2AAAA 2VC9A 4LQ1A 3MUZ1 3ARVA 1XC6A 3EDKA 3U5UA 1H49A 2OYLA 3KL3A 2JALA 2Y2WA 4P8VA 1VB9A 2CESA 2DT3A 1IT0A 5I2UA 2BXYA 3VGGA 1BQCA 2DPEA 2GUYA 3T2OA 1DWIM 4W8LA 1PIFA 5GNYA 4U2YA 2XFFA 1UQZA 4GI6A 3W81A 1XCWA 5GPRA 1OM0A 3SCRA 3F5LA 1HP4A 1QI3A 4S3JA 1UD6A 2VZVA 3BLPX 4Q7NA 4GI8A 1B9ZA 1QNSA 5DEZA 2ZX5A 4GO9A 1PPIA 1R86A 1E4IA 2TAAA 3AZRA 1LL7A 4P8UA 1KFWA 4JCMA 5ABFB 4AD2A 3FNDA 2BFGA 2VURA 2G41A 4CN4A 5D9NA 4NSBA 3VM7A 1W1YA 1HVXA 1NOUA 3PN8A 2J79A 5DFAA 2PWHA 5BYWA 2PWGA 5DT5A 1VRXA 4E2OA 3U7BA 1XV8A 2J8FA 4CU7A 4CUCA 1E43A 4YHEA 1KBKA 8A3HA 5AY7A 2WPGA 3AS0A 1MW0A 2PWDA 4PTVA 3LPFA 4HOWA 4FLSA 4JFWA 3WL1A 3IJ7A 1BHGA 3NCOA 3W38A 1R85A 4JFVA 1G01A 3CZEA 2CKRA 3W0KA 2WMJA 4CVUA 2VX6A 3VINA 6TAAA 4TVUA 5I23A 2D3NA 1XYZA 4CCCA 3BH4A 2J7CA 4DWSB 3N13A 4WSJA 3VU2A 1CGVA 2WHJA 3PZVA 2E8ZA 3EYPA 4PMQA 5A8PA 1E3XA 3AJ7A 3ZR6A 1L0PA 5BXPA 3AS3A 1SMAA 3OIHA 1B3ZA 1B30A 2E0PA 1MW3A 1H0IA 1FFRA 5A6BD 4MAVA 1CXHA 3EMCA 3NSXA 3VKKA 3UEQA 1KB3A 5CSUA 1GQKA 5LYRA 2WK2A 1RP9A 5A6BA 1V6YA 1QNPA 2VCCA 4FLOA 4H7VA 4J3SA 3A47A 3VIJA 1V6UA 1QHZA 3B8SA 4B15A 3FHAA 4D72A 4GQRA 3D5HA 4UOJA 5FIPA 1V08A 1PIGA 4RE2A 1GPFA 3AZSA 3M46A 1W3JA 4C7FA 4OZOA 3NIYA 3VGFA 2VVNA 2D0FA 4CD4A 3KWXA 3WUFA 3BAIA 3UCQA 4JZ5A 1H09A 4ZEPA 1K9FA 1FHDA 1UKTA 1H4PA 1U2YA 3MUAA 3BSGA 2EPLX 1HL8A 2VZTA 1E71M 1LWJA 4D6HA 4AZIA 4E8DA 2CBVA 2Z1KA 4M81A 3GXMA 4MB4A 3RILA 3MUIA 1ISZA 1OB0A 4C7GA 3VIIA 1V0KA 1CPUA 1WE5A 4GQQA 3G6LA 1GUVA 4PMNA 1JZ4A 3SUTA 4JKLA 2ZUUA 2J7DA 1C7TA 3PZGA 4L4PA 1DP0A 4W85A 3WMBA 2WZIA 4JCLA 1XCXA 3TONA 1WDRA 1NWUA 1ZJAA 4QDMA 1ZBKA 4F66A 5BXRA 3WNNA 5BXSA 1UR4A 5D8ZA 1C91A 5C8BB 4DUWA 4HA4A 1G1YA 3ZOAA 1LLOA 4P8WA 2WCGA 3WQ4A 2VJXA 1G9HA 3LMYA 1TVPA 2DGAA 2Y24A 3EDFA 1ISWA 4HPHA 5BXTA 1XYFA 1E0XA 4UR9A 3WF1A 2CHNA 3PTQA 2CETA 1UR2A 5HOSA 2CBUA 3TTQA 4CU8A 3GBEA 3VDBA 5IHSA 2G3MA 4P7NA 5M17A 1NWTA 3JUGA 1BG9A 1JXJA 3ZMRA 1TA3A 1WDSA 2ZWZA 2CPUA 2UWFA 3MV11 1JIBA 1O7AA 3QHOA 3AQUA 3WFZA 4BQ4A 1J12A 3NDZA 5I24A 5BRQA 3WBAA 3WQWA 3QR3A 2QHAA 3N9KA 4MNMA 2E3ZA 5CPTA 1NOWA 1Z32X 1XHGA 3FW6A 2WXDM 4J27A 2WLYA 5HXMA 3TTSA 1E56A 3WUGA 1H2JA 3ZIZA 4EK7A 2A3EA 2VZSA 1KXQA 1XH1A 3B9DA 1L8NA 1UWRA 4HA1A 2RGMA 1CBGA 1JZ5A 4UOQA 3K1DA 3M6DA 3AMGA 1KGWA 4D6GA 1DWJM 2V3EA 1HP5A 1MQQA 3DYPA 3VGEA 1CECA 4TX8A 3T09A 4HU8A 1KGXA 3ARRA 3W27A 2EJ1A 3MMUA 1CEOA 1VBRA 5A1AA 2DEPA 3ZT7A 2DH3A 1OGGA 2VZOA 3UG3A 2DSUA 3SCOA 3UG4A 4W8BA 5AC5A 3HN3A 3WF0A 1I75A 3VD5A 5JIPA 3A6OA 5LA1A 4J3XA 3AIRA 1WB0A 5AYIA 3SCPA 2VQTA 4QLKA 1WDQA 3N15A 5HPCA 2GSJA 3AMDA 4ACZA 1JD7A 3L4UA 3DYMA 1UZ1A 4AZ7A 1H1NA 2WB5A 1FOBA 2V5DA 1UH3A 1LWHA 2GK1A 4ZXLA 1CXFA 2CERA 5IFTA 2GJXA 1JF6A 3O9NA 5A8OA 3GBDA 4UZUA 4CVWA 2WVUA 4PUDA 5CGMA 2J7GA 4OOZA 1CDGA 3SCNA 1N82A 5CSYA 1B1YA 4TX6A 2BHYA 2V5CA 4JFSA 4V28A 4WKAA 1EO5A 1EQCA 1GVIA 3TOPA 1XRVA 1JZ6A 1XSJA 1UQYA 3AICA 5JUVA 2XWEA 2EXOA 4CD6A 4ATWA 2WVVA 3WSUA 3KZSA 1BVZA 1J11A 3MO4A 4FMVA 4UFHA 1VFUA 2PBGA 4V27A 1US2A 3N17A 3AYSA 4D6EA 1EGZA 3DHPA 3AS2A 3CHFA 1ZBVA 4QP0A 4R27A 3WIJA 5A69A 1W32A 1HF6A 2W4XA 4UQAA 2OSWA 1W3LA 1E73M 1CIUA 4PCTA 3KL5A 1UZ4A 3CHEA 1A47A 1CXIA 1ODZA 4Z2HA 4HZ7A 4M56A 2EBNA 2OSXA 2OWXA 3RM9A 2D3LA 3B9AA 4AZCA 1J0YA 1E4LA 4AISA 3CIVA 4EANA 1YHTA 1R87A 2ZUMA 2Y8VA 1KQZA 1BGGA 1UOKA 2NT0A 3OZPA 5F7UA 3ARTA 1ISXA 1EIBA 4B16A 1K9DA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 5CGT A;  3KE0 A;  2UY5 A;  2CHO A;  3POH A;  3WEM A;  1QHP A;  3GNO A;  1V02 A;  2EPN A;  1UA7 A;  2OWW A;  1VFM A;  2YBT A;  3BC9 A;  4V2X A;  2VNC A;  3VUP A;  1GOW A;  3SCQ A;  4EE9 A;  5A2B A;  3L4Z A;  4Z2G A;  3IJ8 A;  6A3H A;  3RJX A;  2WMH A;  4JAW A;  2DIJ A;  3GNP A;  4DWS C;  1JF5 A;  3G6M A;  3AMK A;  2UY4 A;  3CMJ A;  4MB5 A;  2YBU A;  4F79 A;  4Z2I A;  1GHR A;  2V3F A;  5M3W A;  1YQ2 A;  1IV8 A;  2O9O A;  1CWY A;  3T2P A;  1XSK A;  1K9E A;  1UD3 A;  4JL2 A;  1D7F A;  5A8N A;  5DT7 A;  4CGT A;  1JZ8 A;  4QLJ A;  4KRT A;  3POC A;  2ZUV A;  1LF1 A;  5A6A A;  1PZ2 A;  1NM9 A;  3T0B A;  1G0C A;  3ZO9 A;  1SFS A;  8CGT A;  4AZ6 A;  1JD9 A;  2W61 A;  3AIB A;  1WAW A;  2WMI A;  2YIH A;  3ARZ A;  1A3H A;  1CNV A;  1HJW A;  1CXE A;  3KEH A;  4GZJ A;  1CLX A;  3K4A A;  4D1J A;  2JFE X;  1V02 E;  1GOK A;  2BVD A;  4AEE A;  2DDX A;  3EDE A;  1CYG A;  5CPS A;  1OD0 A;  1VEO A;  2PI6 A;  3W26 A;  1FH7 A;  3VIH A;  1MXD A;  3WDR A;  5CQ1 A;  1B2Y A;  2BV9 A;  1XH0 A;  5CLT A;  5IDI A;  2DH2 A; 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